이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2019.6.28. 경기도 이천시 OOO 토지 28,023㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득(매매)한 후, 같은 날 이 건 토지 중 OOO 토지 20,346㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 「지방세특례제한법」(2018.12.24. 법률 제16041호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제58조의3 제1항 규정에 따라 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면 신청하여 취득세의 100분의 75를 경감받았다.

나. 이후, 처분청은 2023년 경기도 합동조사 결과, 청구인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 경우로 보아, 2023.10.17. 청구인에게 「지방세특례제한법」제58조의3 제7항 제1호에 따라 기 경감한 취득세 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.1.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 토지를 취득하기 전에 토지사용승낙서를 받아 2019.6.10. 건축허가를 득하고 2022.11.3. 공장용 건축물 3,554.50㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)의 사용승인을 득하여 현재 사업을 영위하고 있는 상태이고, 취득일부터 3년이 지났다고 하지만 고작 129일에 불과하고, 또한, 착공도 하기 전에 인근 마을 주민들이 주민대책위원회를 만들어 건축을 반대하고 공사차량 진입도로를 봉쇄하거나 마을 곳곳에 공사반대 현수막을 걸어놓고 격렬한 반대를 하여 접근조차 어려웠고, 2021.7.26. 착공신청이 수리되었음에도 집회시위 등을 계속하고 민원을 제기하여 당시 처분청의 장이 중재를 하였음에도 막무가내로 방해를 하고 청구인에게 힘든 조건을 제시하는 등의 사유로 착공에만 6개월여를 소비하였으며,

건물신축을 위한 성토작업을 외주를 주었는데 수주업체에서 작업을 하던 중 오염된 토지와 우수 유출 등으로 민원이 제기되어 토양오염검사를 하였고, 처분청은 토양오염 우려기준이 초과되었다고 공사중지명령과 동시에 토양정밀조사를 명령(2020.9.18.)하였으며, 「건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률」위반 혐의와 「건물환경보전법」위반 등의 혐의로 검찰에도 고발하였으나 모두 증거불충분으로 무혐의 결정되었고, 오염토양반출정화 및 계획을 적정하게 수립하여 이행하라는 명령에 청구인이 이행하여 그제서야 처분청은 5개월하고도 5일만에 공사재개 통보(2021.2.23.)를 하였으며,

2021년 6월경에는 문화재청으로부터 매장문화재가 있을지 모른다는 통보가 있어 할 수 없이 공장 신축 부지 내에서 재단법인 C원장과 매장문화재 조사 표준도급계약을 체결하여 발굴조사를 진행하였고, 매장문화가 발견되지 않아 공사는 재개할 수 있었으나, 약 2개월여의 공사기간이 중단되었고 2천여만원의 발굴조사비용도 지출되었고, 쟁점 건축물의 신축이 80~90% 이루어진 상태에서 대지를 조성하기 위한 옹벽이 설계도면과 다르고 공작물 축조신고를 하지 아니하였다는 민원이 제기되어 경찰서에 고발되었고, 이에 따라 벌금을 처벌받은 적도 있어 수사기간동안 준공검사를 위한 마지막 공사를 중단하기도 하였는바,

청구인은 이 건 토지를 취득하여 창업하려고 건물 신축을 하면서 무지로 한 차례의 건축법을 위반하여 처벌을 받았으나 무리하고 계획적인 주민의 민원으로 인하여 수없이 많은 억울한 일을 당하였음에도 창업을 위한 건물 신축에 정열을 쏟아부어 마침내 준공허가를 득하여 창업을 하였는데, 단지 취득일부터 3년 이내가 아닌 129일이 초과하여 준공허가를 득하였으니 감면받은 취득세 등을 정당한 사유가 없다고 단정하여 한 처분은 부당하다고 할 것이다.

나. 처분청 의견

공장을 새로 설립할 경우 발생할 수 있는 수질오염, 분진 등으로 인해 쟁점토지의 인근 마을 주민의 반대는 충분히 예견할 수 있었을 것으로 보이고, 이와 같은 사유로 유예기간 내에 직접 사용하지 못하였다는 것은 청구인의 내부적인 사정에 불과한 것으로 정당한 사유가 있는 것으로 보기 어렵다 할 것(조심2016지0884, 2016.10.19., 대법원 1997.5.12. 선고 97누1692 판결, 같은 뜻임)인 점, 또한, 무허가 토지형질변경, 토양오염물질의 검출, 무신고 옹벽 축조 등 청구인의 불법행위와 검사결과에 대하여, 처분청에서 한 보완요구 등 시정명령이 법령을 위반한 과도한 행정처분으로도 볼 수 없으므로 정당한 사유로 보기 어려운 점(행정안전부 지방세특례제도과-218호, 2022.1.20., 같은 뜻임), 청구인이 2020.10.13. 1차 건축허가변경을 받을 당시에 처분청(문화관광과)은 증가한 토지가 매장문화재 유존지역이므로 착공 전까지 매장문화재의 발굴허가를 받을 것을 요청한 사실이 확인되어 문화재발굴조사는 청구인이 건축허가와 관련하여 사전에 정해진 협의사항이므로 정당한 사유에 해당하지 않는 점, 그 외 쟁점토지를 감면 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에 법령에 의한 금지ㆍ제한이나 행정관청의 귀책사유 등은 없었던 것으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청에서 청구인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 경우로 보아 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점토지를 취득일부터 유예기간(3년) 이내에 해당사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 이천세무서장이 발급한 사업자등록증명에 따르면, 청구인은 상호를 A으로 하여 2018.12.6. 사업자등록을 한 후, 2019.1.1. 개업하였으며, 업태는 제조업, 도소매이고 종목은 건설기자재이며, 사업장소재지는 경기도 이천시 OOO로 확인된다.

(나) 매매계약서에 따르면, 청구인은 2019.5.10. 이 건 토지에 대하여 잔금을 2019.6.28.에 지급하는 것으로 하여 매매계약을 체결하였다.

(다) 청구인은 2019.6.10. 경기도 이천시 OOO 22,655㎡ 지상에 이 건 건축물에 대한 건축허가를 받은 후, 2021.7.26. 착공하여 2022.11.3. 쟁점 건축물의 사용승인을 받았다.

(라) 처분청은 공익감사청구(OOO) 및 국민신문고 민원(OOO)과 관련하여 2019.8.18. ∼ 9.10. 자체적으로 이 건 토지상의 중소기업 창업계획 승인(공장 승인) 관련 인ㆍ허가 진행상황 및 현장조사 등 실지감사를 수행하였고, 그 결과 관계법령의 규정에 따라 인허가 처리가 적법하게 진행된 것으로 나타났지만, 허가처리 이전에 지역 주민과 수허가자가 충분히 협의하지 못한 점에 대한 유감표명을 하며, 주민들이 겪은 고통과 분노에 대해 위로의 뜻을 전하다는 내용이 포함된 것으로 확인된다(감사법무담당관-OOO).

＜공익감사 청구요지 일부발췌＞

○ 청구인(마을주민)은 2019.8.5. 이천시가 부당하게 A 주식회사에 공사 건설 허가를 함으로써 마을 주민의 안전이 위협 당한다며 아래 사항에 대한 감사를 청구

① 설계상 공장 진입로를 6m로 하여야 하나 2.5m 폭의 마을 진입로를 공장진입로로 동시 사용예정

② 공장 배수로를 농업용 용수로에 연결하여 배출되는 공장 폐수로 인해 농사를 지을 수 없게 함

③ 공장이 마을 주택가와 인접하여 소음, 먼지, 냄새, 수질오염으로 인하여 생존권을 유린당하고 소음으로부터 압박받고, 냄새로 인하여 고통받을 것이며, 근로자들로 인해 마을 주민의 안전이 우려

(마) 처분청은 청구인이 당초 2020.4.22.에 신청한 개발행위허가 신청과 관련하여 보완사항을 통보하였고, 도시계획재심의 결과 조건부로 의결되었으며, 처분청은 청구인에게 옹벽에 대한 구조안정성을 검토할 것을 통보하였다[종합허가과-OOO].

＜개발행위허가 보완사항 일부발췌＞

○ 개발행위변경허가 신청지 내 허가를 득하지 아니하고 불법형질변경 사항이 확인된바, 소명자료 제출

○ 「국토의 계획 및 이용에 관한 법 시행령」제55조제3항제2호의2에 의거 부지면적이 심의받은 계획보다 10%이상 증가되는 경우에 해당되므로, 도시계획재심의 대상이므로 관련 자료 제출

(바) 처분청은 청구인이 개발행위변경허가 및 농지전용변경허가 없이 토지형질을 변경한 행위에 대해 「국토의 계획 및 이용에 관한 법」 및 「농지법」 위반으로 판단하여, 이 사건을 이천경찰서장(수사과장)에게 고발 의뢰한 사실이 있다(종합허가과-OOO).

(사) 청구인은 대지면적 증가(21,296㎡ → 23,993㎡) 등으로 건축허가사항을 1차 변경하였으며, 이에 따라 변경된 건축허가 조건 및 행정이행 사항으로 처분청(문화관광과)은 증가한 토지가 매장문화재 유존지역(OOO)에 해당함에 따라, 착공 전까지 「매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률」 제11조에 따라 매장문화재 발굴허가를 받을 것을 요청한 사실이 확인된다(종합허가과-OOO).

(아) 처분청은 2020.9.18. 청구인에게 쟁점토지와 관련한 민원사항 발생을 이유로 현장 점검 후 공사중지 명령을 내리고 2020.9.23.까지 조치계획 제출을 요청하였으나, 청구인이 제출하지 않아 2020.10.26.까지 재차 제출 요청(종합허가과-OOO)을 하였고, 이후 청구인이 제출한 조치계획에 대해 추가 보완 사항을 2020.10.28.에 통보(종합허가과-OOO)한 사실이 있다.

＜조치 요청사항 발췌＞

가. 허가지 인근으로의 우수 유출 관련 민원사항에 대하여 세부적인 처리 및 조치계획서를 작성하여 제출

나. 현장 확인 결과, 보강토옹벽 시공 상태가 불안정하므로 공사지 입구 및 구조물로부터 외부차량 통제 관련 시설물을 설치하시고 증빙자료 제출

다. 현장에 설치된 구조물(보강토옹벽)에 관한 옹벽구조물검토서 제출

(자) 처분청은 2020.10.29. 쟁점토지에서 토양오염우려기준을 초과한 토양오염물질이 검출됨에 따라 토양정밀조사명령을 통지하였다(환경보호과-OOO).

＜일부발췌＞

처분의 원인이 되는 사실

토양오염 우려기준 초과 및 우려농도(우려기준 70%) 초과

토양오염

검사일

조사(검사) 지역

토양오염

물질

우려기준

(mg/kg)

최고농도

(mg/kg)

비고

2020.8.25.

(자원관리과에서 검사)

이천시 OOO

아연

2,000

1,978.5

우려농도 초과

니켈

500

1,044.9

우려기준 초과

처분하고자 하는 내용

정밀조사 대상지에 대한 토양오염물질(아연, 니켈)의 오염정도 및 범위 등 조사[정밀조사 대상지: 개발행위허가 부지(총 23,993㎡)]

(차) 수원지방검찰청 여주지청은 2021.1.13. 주식회사 B(청구인과 계약한 성토작업 수주업체)의 「물환경보전법」위반 및 「건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률」위반에 대하여 증거불충분으로 혐의없다고 결정한 사실이 있다(사건번호 OOO).

(카) 처분청은 2021.2.23. 공사 재개를 통보하였다(종합허가과-OOO).

(타) 처분청은 2022.3.7. 청구인이 개발행위허가 대상 토지에서 발생한 민원을 인지하고도 허가 당시 승인된 토지이용계획(옹벽 높이 미준수)을 준수하지 않고 시공한 사실을 확인하여, 기존 허가에 따라 원상복구를 통보하였다(종합허가과-OOO).

(파) 수원지방법원 여주지원은 2022.6.13. 청구인이 2021년 5월에서 7월경 공작물축조신고 없이 옹벽을 축조한 사실에 대해 건축법 위반으로 벌금 1,000,000원에 처하는 약식명령(OOO 건축법위반 OOO)을 내렸다.

(하) 청구인은 2021년 6월경 (재)C과 매장문화재조사 표준도급계약서를 제출하였고, 해당 계약서에는 공장신축부지 내 문화재 발굴(시굴)조사에 관한 내용이 포함되어 있다.

(거) 청구인은 2023.9.1. 이 건 건축물을 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제16조 및 같은 법 시행령 제12조에 따라 아래와 같이 공장등록을 하였다.

○○○

(너) 청구인은 주민들이 이 건 건축물 신축공사를 반대하는 현수막 사진 등을 아래와 같이 제출하였다.

○○○

(더) 위와 같이 이 건 건축물의 신축 관련 주요 추진 경과는 아래와 같다.

날짜

내용

비고

(개월)

2019.5.10.

청구인, 이 건 토지 매매계약 체결

2019.6.10.

청구인, 이 건 토지상에 건축허가 승인

2019.6.28.

청구인, 이 건 토지 취득

0

2019.8.5.

마을 주민, 공사 허가 부당성 주장하며 감사 청구

2019.9.19.

처분청, 공익감사결과 공문 발송 (공장 인허가 적법 처리)

2020.5.26.

처분청, 개발행위허가 신청 보완 요구 통보

2020.7.14.

도시계획재심의 결과, 개발행위허가 조건부 의결

2020.7.28.

처분청, 청구인 토지형질변경 위반 행위로 고발 의뢰

2020.9.18.

처분청, 공사중지 명령(토지오염 우려기준 초과)

2020.10.13.

처분청, 건축허가 변경 승인 및 매장문화재 발굴허가 요청

2020.10.28.

처분청, 청구인이 제출한 조치계획 보완 요구

2020.10.29.

처분청, 토양오염 정밀조사 명령 발송

2021.1.13.

수원지검 여주지청, B 혐의없음 결정

2021.1.14.

처분청, B 오염토양반출정화계획서 적정 통보

2021.2.23.

처분청, 공사 재개 통보(5개월 중단)

2021.6.경

청구인, 매장문화재 조사 표준도급계약 체결

2021.7.26.

청구인, 이 건 건축물 착공

25

2022.3.7.

처분청, 청구인 허가 미준수 사항 원상복구 통보

2022.6.13.

수원지법 여주지원, 건축법 위반(옹벽)으로 벌금형 (100만원)

2022.6.28.

유예기간 3년 경과

36

2022.11.3.

청구인, 이 건 건축물 사용승인(유예기간부터 129일 경과)

41

2023.9.1.

청구인, 이 건 건축물 공장등록 후 사용

(2) 「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에서 「중소기업창업 지원법」 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제7항 제1호에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다고 규정하면서, 그 제1호에서 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점토지를 감면 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 것은 불법행위로 인한 시정명령, 매장문화재 발굴허가 요건 등 내부 사정에 불과하여 정당한 사유로 보기 어렵고, 법령상 금지나 제한도 없었으므로 처분청이 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세를 부과한 것은 적법하다는 의견이나,

청구인은 착공 전부터 주민들의 지속적인 반대, 공사차량 진입 봉쇄, 현수막 시위 등으로 상당한 시간적 손실을 겪었으며, 이는 청구인의 의지와 무관한 외부 요인으로 인한 불가피한 상황으로 보이고 , 건축 중 발생한 토양 오염 관련 행정 명령, 공사중지 명령, 문화재청의 매장문화재 발굴 요구로 인해 청구인은 추가 비용과 시간을 투입한 것는 회피할 수 없는 행정적 요구를 이행하기 위한 절차로 볼 수 있으며, 또한, 준공에 임박해서도 주민들의 지속적 민원과 신고로 인해 경찰 조사 및 벌금 처분 등의 절차가 발생하여 준공검사를 위한 최종 공사가 중단된 것은 외부적 장애로 인한 지연으로 보이는 점, 청구인은 이 건 토지 취득 전에 건축허가를 받고 공사 재개 통보를 받은 후 유예기간(3년) 내인 2021.7.26.에 착공하여 유예기간을 약 4개월여 경과한 2022.11.3.에 공장용 건축물의 사용승인을 받고, 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따라 공장으로 등록하여 직접 사용하고 있는 점 등에 비추어, 청구인이 이 건 토지를 해당 용도로 직접 사용하기 위해 정상적인 노력과 추진을 다했으나 위와 같은 사정으로 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다 하겠다.

따라서, 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 「중소기업창업 지원법」 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 이 경우 제2호의 경우에는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 최초로 확인받은 날(이하 이 조에서 “확인일”이라 한다)부터 4년간 경감한다.

1. 2020년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우