이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 인천광역시 OOO에서 폐기물 처리업을 영위하고 있는 자로서 2022.7.29. 인천광역시 OOO 잡종지 1,507㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 취득하였다가, 2022.11.8. OOO원에 양도한 후, 유형자산처분이익 OOO원을 손익계산서에 계상하여 2022사업연도 법인세 신고를 하였으나, 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고.납부하지 아니하였다.

나. 인천지방국세청장은 처분청에 대한 업무감사를 실시한 결과, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 법인세를 경정하도록 처분지시를 하였고, 처분청은 이에 따라 2024.5.22. 청구법인에게 2022사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.19. 이의신청을 거쳐, 2025.2.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 쟁점토지를 취득하게 된 것은 “OOO산업단지-OOO우회도로 간 도로확장공사”(이하 “쟁점도로확장공사”라 한다)때문이었고, 쟁점토지 취득에는 청구법인의 사업을 유지ㆍ도모하려는 목적이 있었다. 쟁점도로확장공사 계획이 없었다면 청구법인에게 쟁점토지를 매수할 아무런 이유가 없었다.

인천광역시장은 2019.8.20. 쟁점도로확장공사와 관련하여 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인의 소유 토지가 공사구역에 편입된다는 내용의 손실보상계획 열람 통지를 하였다.

＜표1＞ 쟁점도로확장공사 관련 손실보상계획 열람통지 내역

OOO

쟁점도로확장공사로 인해 인천광역시에 수용된 인천광역시 OOO, OOO, OOO번지 토지에는 청구법인의 현 사업장의 정문을 포함한 변압기, 정화조, 약품 저장시설(탱크) 및 방호벽 등이 위치하고 있었고, 폐기물처리에 필수적인 약품의 입출고를 위해 25톤 탱크로리 차량의 진입로가 최소 9m 이상 필요하였다. 그러나 쟁점도로확장공사로 인해 현 사업장의 일부가 수용될 경우 차량진입로는 채 5ｍ도 되지 않고, 진입로 간 고저차의 심화로 차량 진출입이 어려워져 청구법인이 정상적으로 사업을 운영할 수 없게 되는 상황이었다.

청구법인은 인천광역시에 이러한 어려움을 지속적으로 토로하며 도로계획을 변경하여 줄 것을 요청하였으나 인천광역시는 원칙적인 답변만 할 뿐 계획을 변경하지 않았다. 청구법인은 현 사업장에서는 정상적인 운영이 어렵다고 판단하고 도로계획 변경을 요청하며 대체 사업장을 찾기 시작하였고, 사업장 이전이 불가피하여 쟁점토지를 취득하게 되었다.

(2) 청구법인은 쟁점토지 위에 공장을 신축하는 것을 추진하였는바, 이를 청구법인의 업무와 무관한 것으로 보는 것은 불합리하다.

쟁점토지에 공장을 신축하기 위해 청구법인은 건축허가에 필요한 도면 및 건축공사시방서를 작성하였으나, 쟁점도로확장공사 계획은 청구법인의 쟁점토지 취득 이후 변경되었고, 청구법인은 현 사업장을 그대로 사용할 수 있게 되었다. 그에 따라 청구법인은 공장을 신축할 필요가 없게 되어 건축허가 접수를 하지 않았을 뿐, 청구법인이 쟁점토지 위에 공장 신축을 진행하였다는 사실은 분명한바, 쟁점토지를 청구법인의 업무와 무관한 목적이라고 보는 것은 불합리하다.

(3) 청구법인은 현 사업장을 이전하는 것보다 그대로 사용하는 것이 이익이 된다고 판단하였고, 사업장 이전 비용도 막대하여 쟁점토지를 양도하였다.

청구법인의 폐기물처리업은 정화조, 약품 저장시설(탱크) 및 방호벽 등 공장설비의 구비가 전제되어야 하고, 정상운영 가능 여부가 확인되어야만 운영이 가능하다. 청구법인은 쟁점토지로 사업장 이전이 가능해야 현 사업장 기존 공장설비의 처분을 결정할 수 있는 상황이어서, 쟁점토지에서의 폐기물처리업 운영이 가능한지를 OOO환경청에 유선 통화로 확인한 후 2022.4.30. 쟁점토지를 취득하는 계약을 하였다.

청구법인은 OOO원에 달하는 쟁점토지를 취득하면서 OOO원의 담보대출을 받았다. 이에 따라 청구법인이 상환해야 할 원리금은 매달 OOO원 상당으로, 비용부담이 컸다. 또한 청구법인이 건설비용을 산출해 보니 철근, 콘크리트 등 자재비가 급상승하여 사업장 이전에 대한 부담이 가중되었다.

청구법인은 쟁점토지 취득계약을 한 후에도 인천광역시에 사업장 이전에 따른 비용이 과다하게 발생하고 영업에 어려움이 있다는 민원을 지속적으로 제기하였고, 인천광역시 종합건설본부는 2022년 6월경 도로계획상에 편입되었던 변압기와 저장시설 및 방호벽을 최소한으로 피해서 공사를 진행하겠다는 내용과 진출입로의 고저차를 최대한 줄여서 차량의 진출입에 피해가 없도록 해보겠다는 의견을 전달하였다. 그 후 공사 현장소장은 청구법인의 피해가 최소화되도록 당초 도로공사의 설계도면을 변경하여 공사를 진행하고 있다고 하였고, 실제 쟁점도로확장공사의 계획은 변경되었으며, 도로공사는 변경된 도면에 따라 완공되었다.

(4) 법령해석상 쟁점토지는 ① 폐기물처리업을 영위하는 법인이 당해 사업에 사용할 목적으로 취득한 토지이며, ② 취득 이후 도시계획 변경의 사유로 사업에 사용하지 아니하는 기간을 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외할 경우, 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

(가) 「법인세법」 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 “토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것”을 비사업용 토지에서 제외하는 것으로 명시하고 있고, 「법인세법 시행령」 제92조의8 제1항은 본문에서 “대통령령으로 정하는 것이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다”고 규정하면서, 제9호에서 “「폐기물관리법」에 따라 허가를 받아 폐기물처리업을 영위하는 법인이 당해 사업에 사용하는 토지”를 명시하고 있는바,

폐기물처리업을 영위하는 청구법인이 사업장을 이전하여 쟁점토지에 공장을 신축하려고 추진하였으므로, 쟁점토지는 해당 규정에 따라 청구법인의 사업에 사용한 토지로 보는 것이 합리적이다.

이에 대해 처분청은 사용할 목적이 있었다는 것은 고려할 대상이 아니고, 실제 사용을 해야 사업용 토지로 인정할 수 있다는 의견이나, 청구법인은 쟁점도로확장공사 계획의 변경으로 인해 단기간 내 쟁점토지를 양도하게 된 것일 뿐이므로 쟁점토지를 청구법인의 사업과 무관한 것으로 볼 수 없고, 처분청의 의견은 공장 신축 목적으로 취득한 토지라고 하더라도 준비기간은 실제 토지를 사용하지 않은 기간이므로 그것을 비사업용 토지로 판단해야 한다는 의견이 되므로 불합리하며, 반대로 법인이 투자 목적으로 토지를 구입한 경우, 그 토지를 실제 사업에 사용하였다고 하여 사업용 토지로 인정하지도 않는 현실을 감안할 때, 사용 목적이나 의도에 대한 고려 없이 비사업용 토지 여부를 판단하는 것은 불합리하다.

(나) 한편, ‘부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등’에 관하여 규정한 「법인세법 시행령」제92조의11은 제1항 제3호에서 “그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지”는 기획재정부령으로 정하는 기간 동안 「법인세법」 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다고 규정하고 있고, 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항은 본문에서 “영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다”고 규정하면서, 제13호(이하 “쟁점규정”이라 한다)에서 “당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지”를 규정하고 있는바,

청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 공장신축을 진행하다가 단기간에 양도하였으나 이는 도시계획의 변경으로 인한 것으로서, 쟁점규정에 따라 동 기간은 비사업용 토지로 보지 않는 것이 분명하므로 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

(5) 처분청의 과세논리를 반박하면 다음과 같다.

(가) 처분청은 취득 목적에 불구하고 쟁점토지가 실제 폐기물처리업에 사용되지 않는 것으로 보인다는 의견이나, 청구법인은 폐기물처리업에 사용할 목적으로 쟁점토지를 취득하여 공장 신축을 진행하였고, 쟁점도로확장공사 계획의 변경으로 인해 단시간 내 양도하게 된 것일 뿐이다. 따라서 이를 실제 폐기물처리업에 사용하지 않았다거나 청구법인의 사업과 무관한 것으로 볼 수는 없다.

(나) 처분청은 이의신청 당시 청구법인이 법령 등에 의해 쟁점토지의 사용이 금지 또는 제한된 사실이 있었다는 근거를 제시하지 못하였다는 의견이나, 청구법인은 이번 심판청구 과정에서 법령상 사용 제한이 아닌 쟁점규정을 제시하였고, 쟁점토지가 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지에 해당된다는 주장을 추가하였다.

(다) 처분청은 쟁점토지의 취득일부터 양도일까지의 기간이 약 3개월에 불과하고, 단기간 보유하였음에도 불구하고 양도차익이 OOO원에 달한다는 의견이나, 이는 쟁점도로확장공사 계획이 청구법인의 쟁점토지 취득계약 이후 단기간에 변경되었기 때문으로, 오히려 청구법인이 사용하지 않게 된 토지를 장기간 보유하는 것이 비사업용 토지 보유를 방지하고자 하는 법규정 취지에 위배되는 것이고, 양도차익이 단기간에 크게 발생하기는 하였으나, 그렇다고 하여 쟁점토지를 비사업용 토지로 볼 근거는 없으며, 청구법인은 제3자와의 거래로 인해 발생한 정당한 양도차익에 대해 유형자산처분이익으로 신고하여 법인세를 납부하였다.

(라) 그리고 처분청은 OOO 로드뷰에 의하면 청구주장과 같이 도로확장공사로 인해 사업장을 이전하여야 할 만큼 차량 진출입이 어려워 보이지 않는다는 의견이나, 쟁점도로확장공사가 당초 계획대로 진행되었을 경우 도로폭이 5m로 내로 좁아지는 상황이었으므로 로드뷰 화면만으로 차량 출입이 어려워 보이지 않는다는 처분청의 의견은 현장상황을 감안하지 못한 의견이며, 차량 진출입뿐만 아니라 수용된 토지에는 현 사업장의 정문을 포함한 변압기, 정화조, 약품탱크 저장시설 및 방호벽 등이 위치하고 있었기 때문에 사업장 이전을 목적으로 쟁점토지를 매수하게 된 것이다.

(마) 한편, 처분청은 쟁점토지를 양도하기 위한 계약서 작성일은 2022.8.18.인 반면, 도로확장공사의 도면은 2023년 1월경에서야 변경되어 청구법인이 도로확장공사의 변경이 확정되기도 전에 쟁점토지를 이미 양도했다는 의견이나, 도면이 2023년 1월경에 최종 변경되었다는 것은 이미 그 전에 의사결정이 있었다는 것을 의미하는바, 처분청은 행정처리에 소요되는 시간이 있다는 사실 및 도시계획의 도면을 변경하는 것이 하루아침에 이루어지는 것이 아니라는 사실을 간과하고 있다.

그리고 앞서 언급하였듯이, 청구법인은 쟁점도로확장공사 통보를 받은 때부터 계속하여, 사업 진행에 어려움이 있다는 민원을 인천광역시 종합건설본부에 제기하였으나, 민원이 받아들여지지 않아 쟁점토지로의 사업장 이전을 추진하였던 것이다.

청구법인도 영리추구를 목적으로 하는 법인으로서, 2022년 6월경 인천광역시로부터 아무런 통지가 없는 데에도 계약내용에 불구하고 무리하여 잔금을 앞당겨 치를 이유가 없는 것이다. 단순히 도면이 2023년 1월경에 최종변경된 것으로 확인하였다고 하여 그간의 사건경과나 내부사정을 감안하지 않고 청구법인이 단순하게 쟁점토지를 양도했다고 보는 것은 무리한 판단이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 양도한 쟁점토지는 업무에 직접 사용된 적이 없는 비사업용 토지이다.

청구법인은 현 사업장이 도로확장공사 대상부지에 포함되어 부득이하게 공장을 이전할 목적으로 쟁점토지를 취득하였다가 공사계획의 변경으로 사업 유지가 가능하여 쟁점토지를 양도하였으므로, 쟁점토지가 사업과 관련 있는 토지에 해당한다고 주장하나,

청구법인은 쟁점토지의 취득일부터 양도일까지의 약 3개월 동안 쟁점토지를 보유만하고 있었을 뿐 폐기물처리업과 관련하여 쟁점토지를 ‘직접’ 이용한 사실이 없고, 3개월의 단기 보유에도 불구하고 쟁점토지와 관련하여 OOO원의 처분이익이 발생한 사실이 확인되며, 토지 취득 후 법령 등에 의하여 쟁점토지가 사용이 금지 또는 제한된 사실이 없음에도 청구법인에게 유리한 사업적 판단과 책임하에 쟁점토지를 사업용으로 사용하지 않고 보유하고 있었을 뿐, 청구법인이 쟁점토지를 사업용으로 사용하지 않을 부득이한 사유는 없었으므로 쟁점토지는 업무에 직접 사용된 적이 없는 비사업용 토지로 보는 것이 타당하다.

(2) 비사업용 토지 여부는 취득 목적이 아닌 법령상 요건에 따라 판단하여야 한다.

토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세제도는 부동산 투기 방지 및 부동산 가격 안정을 위하여 법인이 일정한 토지 등을 양도하는 경우 각 사업연도 소득에 대한 법인세 외에 추가로 법인세를 부과하는 것이고, 비사업용 토지로 사용한 기간 기준 요건과 농지, 임야 등에 대한 범위 기준 요건에 모두 해당될 경우 어떠한 토지를 비사업용 토지로 판단하는 것일 뿐, 당초 부동산의 취득목적이 투기를 위한 것인지, 사용 예정목적이 사업용이었는지를 고려하지 않고 실제 사용현황에 따라 법령상 요건을 충족하면 과세하는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법

제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령(2021.5.4. 대통령령 제31660호로 개정된 것)

제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제92조의8(사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위) ① 법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

9. 「폐기물관리법」에 따라 허가를 받아 폐기물처리업을 영위하는 법인이 당해 사업에 사용하는 토지

제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등) ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다.

5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지

(3) 법인세법 시행규칙

제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. (단서 생략)

1.～4. (생 략)

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

6.～12. (생 략)

13. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간

③ 영 제92조의11 제3항 제5호에서 “기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1.～14. (생 략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 확인된다.

(가) 청구법인의 업태 및 업종은 아래 ＜표2＞와 같고, 청구법인의 대표이사는 청구법인과 사업장 소재지가 동일한 A 주식회사(업종 : 화공약품 도매업)의 대표이사로 나타나는 한편, 2018.3.10.～2023.2.6.까지 B이라는 상호로 인천광역시 OOO 외 4필지에서 부동산(비주거용 건물)임대업을 영위한 것으로 나타난다.

＜표2＞ 청구법인의 업태 및 업종

OOO

(나) 청구법인은 2022.4.30. 쟁점토지를 OOO원(계약금 OOO원)에 취득하는 내용의 매매계약(잔금지급일 : 2022.10.31.)을 체결하였는바, 매매계약서에는 특약사항으로 ‘매수인은 현 임대차계약을 승계하는 조건임(임대차계약서 첨부)’이라고 기재되어 있는 한편, 국세청 대내포털시스템상 쟁점토지의 임차인은 주식회사 C(임대차 계약기간 : 2017.4.28.～2019.4.27.)이고, 주식회사 C은 2022.6.30. 현 사업장에서 폐업한 것으로 나타난다. 이후 청구법인을 쟁점토지의 소유자로 하는 소유권이전등기는 2022.7.29. 이루어진 것으로 나타난다.

청구법인은 2022.8.18. 쟁점토지를 주식회사 D에게 OOO원에 양도하는 내용의 매매계약(잔금지급일 : 2022.12.30.)을 체결하였는바, 매매계약서에는 특약사항으로 ‘매도인은 현재 점유하고 있는 임차인을 잔금 전까지 명도해 주는 조건임’이라고 기재되어 있는 한편, 해당 소유권이전등기는 2022.11.8. 이루어진 것으로 나타난다.

(다) 인천광역시 종합건설본부장의 ‘「쟁점도로확장공사(2차구간)」 손실보상계획 열람 통지’ 공문(공고 및 열람기간 : 2019.8.27.~2019.9.16.)에는 ‘「쟁점도로확장공사(2차)」구간 내에 편입되는 토지 등에 대하여 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 (이하 “토지보상법”이라 한다) 제15조 규정에 따라 다음과 같이 손실보상계획을 통지한다’고 기재되어 있는 한편, 인천광역시 종합건설본부장의 ‘손실보상 협의 안내[쟁점도로확장공사(2차)]’ 공문(토목부-939, 2020.2.11.)에는 ‘「쟁점도로확장공사(2차)」구간 내에 편입되는 토지 등에 대하여 토지보상법 제16조 등의 규정에 의하여 손실보상 협의를 실시하고자 하오니 협의기간(2020.2.17.~2020.3.20.) 내에 계약체결에 협조하여 주시기 바란다’고 기재되어 있다.

이와 관련하여 청구법인은 2020.4.22. 토지보상법 제17조에 따라 위 ＜표1＞의 토지 중 청구법인 지분을 인천광역시에 매도하는 내용의 매매계약을 체결하였고, 해당 토지들은 공공용지 협의취득을 원인으로 2020.4.24. 소유권이전등기가 이루어진 것으로 나타난다.

한편, 청구주장과 같이 청구법인이 인천광역시에게 매도한 토지 중 인천광역시 OOO, OOO, OOO 토지가 청구법인의 현재 사업장 소재지(인천광역시 OOO)와 연접해 있다는 점에 대해서는 청구법인과 처분청의 다툼이 없다.

(라) 청구법인은 2021.10.3. 주식회사 E과 OOO원의 쟁점토지에 대한 부동산 컨설팅 용역계약을 체결하였는바(용역기간 : 2021.10.5.~2022.11.30.), 해당 계약서에는 ‘주식회사 E은 쟁점토지에 대하여 청구법인이 토지매입 후 신규공장을 건축할 수 있도록 위 번지에 점유 중인 임차인을 매도 잔금일 전까지 명도해 주어야 한다’, ‘주식회사 E은 쟁점토지에 신규 공장 8개동을 선분양하며, 붙임 조견표는 청구법인과 주식회사 E의 협의하에 시장가에 따라 결정한다’고 기재되어 있다.

이와 관련하여 청구법인은 주식회사 E로부터 작성연월일이 2022.11.22.(전송일자 : 2022.11.22.~2023.2.3.)인 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서 및 수정세금계산서 7매(품목 : 부동산용역)를 수취하였다.

(마) ‘쟁점토지 일원 공장시설 신축공사-건축허가 접수도면’이라는 제목의 자료(F사무소 작성, 2022년 5월)에는 설계개요상 주요내용이 아래 ＜표3＞과 같이 나타나고, ‘OOO 공장신축공사’ 등의 표현이 나타난다.

＜표3＞ 설계개요상 주요내용 : 쟁점토지 일원 공장시설 신축공사-건축허가 접수도면

OOO

한편, F사무소의 건축공사시방서(2022년 5월)상 공사명은 ‘청구법인 OOO공장 신축공사’로 기재되어 있고, 공사개요 중 주요내용은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 공사개요 중 주요 내용 : 건축사사무소의 건축공사시방서

OOO

(바) 청구법인 사업장 소재지 등의 지적도 및 쟁점도로확장공사의 계획도면은 각각 아래 ＜그림1＞ 및 ＜그림2＞와 같고, 이의신청 결정서에 따르면 이의신청 당시 심리담당자가 인천광역시 종합건설본부에 문의한바, 설계도면의 일부 변경은 2023년 1월에 있었고, 청구법인에게 용이하게 변경되었다고 답변을 받은 것으로 나타난다.

＜그림1＞ 청구법인 사업장 소재지 등의 지적도

OOO

＜그림2＞ 쟁점도로확장공사 계획도면

OOO

(사) 청구법인의 계좌(G은행, 311-205-70****)에 따르면 청구법인은 2022.7.29. 은행으로부터 OOO원의 대출을 받은 후 2022.8.29. 원리금 합계 OOO원, 2022.9.29. 원리금 합계 OOO원, 2022.10.31. 원리금 합계 OOO원을 상환하였고(각 적용이율 연 5.6%), 2022.11.8. 나머지 원금 OOO원을 상환한 것으로 나타난다.

(아) 청구법인은 2011.8.16. 인천광역시 OOO 외 3필지, 2011.9.2. 현재 사업장 외 2필지를 취득하였던 한편, 청구법인 소유의 ＜표1＞의 토지 지분은 공공용지 협의취득을 원인으로 2020.4.24. 소유권이전등기가 이루어진 것으로 나타나며, 쟁점토지 거래내역 외에 청구법인의 다른 부동산 거래내역은 나타나지 아니한다.

(자) 청구법인의 대표이사 H 외 1명은 2018.4.13. 인천광역시 OOO 외 4필지를 취득하여 B이라는 상호로 부동산(비주거용 건물)임대업을 영위하다가, 2022.7.8. 쟁점토지의 매수인인 주식회사 D과 인천광역시 OOO 외 3필지에 대한 매매계약을 체결하였고, 해당 토지에 대한 소유권이전등기는 2023.1.27. 완료된 것으로 나타난다. 이후 주식회사 D은 2022.11.8. 취득한 쟁점토지 및 2023.1.27. 취득한 인천광역시 OOO 외 3필지 중 일부를 합병.분할하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 공장 신축 목적으로 쟁점토지를 취득하였는바, 쟁점토지를 청구법인의 사업에 사용한 토지로 보거나, 취득 후 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지에 해당한다고 주장하나,

청구법인이 자신의 사업장에 필수적인 약품의 입출고를 위해 25톤 탱크로리 차량의 진입로가 최소 9m 이상 필요하다고 주장하는 것과는 달리 청구법인이 제출한 ‘쟁점토지 일원 공장시설 신축공사-건축허가 접수도면’의 설계개요상 쟁점토지는 2022년 5월 당시 6m의 도로에 접한 것으로 나타나고, 별도의 도로 확장계획 등은 나타나지 아니하는 한편, 청구법인은 쟁점도로확장공사의 계획도면 변경(2023년 1월) 전인 2022년 8월 쟁점토지 양도계약을 체결한 것에 대하여 2022년 6월경 인천광역시로부터 계획을 변경하겠다는 의견을 전달받았다고 주장하나 이를 직접적으로 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는바, 청구법인이 자신의 사업장으로 사용할 공장을 신축할 목적으로 쟁점토지를 취득하였는지가 불분명한 점,

「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호는 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지를 일정 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 비사업용 토지 해당 여부를 판정하도록 규정하고 있는바, ‘사업에 사용할 목적으로 취득한 토지’와 ‘사업에 사용하는 토지’를 구분하고 있으므로, 청구법인이 자신의 사업에 사용할 목적으로 쟁점토지를 취득하였다고 하더라도 폐기물처리업에 사용된 사실이 확인되지 아니하는 쟁점토지를 ‘사업에 사용하는 토지’로 보기는 어려운 점,

「법인세법」 제55조의2 제3항 및 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 제1호에서 정한 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’ 또는 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호에서 정한 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미한다고 할 것인바(대법원 2023.6.29. 선고 2023두34637 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 공장 신축 목적으로 쟁점토지를 취득하였다고 하더라도 쟁점토지는 법령 또는 쟁점도로확장공사의 변경으로 인하여 공장부지로의 사용이 직접적으로 제한된 것이 아닌, 쟁점도로확장공사 변경의 간접적 영향으로 인해 공장부지로 사용할 현실적 필요성이 없어진 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.