이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2023.1.30. 개업하여 대전광역시 대전 서구 OOO에서 부동산업(주거용 건물 개발 및 공급업)을 영위하고 있는 사업자로 2023년에 아래 ＜표1＞의 토지(면적 합계 3,796㎡의 토지로 이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였다가 양도한 후, 2023사업연도 법인세 신고시 쟁점토지를 사업용토지로 보아 토지등 양도소득에 대한 법인세를 신고하지 아니하였다.

＜표1＞ 쟁점토지 내역

○○○

나. 대전지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.3.6.부터 2024.4.4.까지 청구법인에 대한 조사를 실시하여, 청구법인이 쟁점토지를 취득하여 건설에 착공하지 아니하고 양도하였으므로 비사업용 토지에 해당한다고 보아, 관련 자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 2024.9.20. 청구법인에게 쟁점토지 양도에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점토지를 매수하여 목적에 맞게 사용하였으므로 쟁점토지 양도에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 처분은 취소되어야 한다.

(가) 「법인세법」 제55조의 2의 입법취지는 법인이 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용하지 아니하고 재산증식 수단으로 보유하다가 양도하는 토지에 법인세를 부과함으로써 토지에 대한 투기수요를 억제하기 위함이다. 청구법인은 쟁점토지 매수자와 토지 및 그 지상의 건물에 대한 부동산 매매계약을 체결하였으나, 부득이한 사유로 건물이 완공되기 전 쟁점토지의 소유권을 먼저 이전한 후 그 지상에 건축물을 신축한 것으로, 재산 증식을 위한 투기 목적과는 무관하다.

(나) 청구법인이 쟁점토지에 대한 소유권을 매수자에게 먼저 이전한 이유는 그 지상에 건축물을 준공한 후 매수자에게 토지와 건물에 대한 소유권을 이전할 경우 청구법인이 건축물에 대한 취득세를 부담하고, 매수자가 또 한 번 부담하게 되므로 건축물 준공 시점과 양도 시점에 중복하여 취득세를 부담하게 되는 것이 불합리하다고 판단하였기 때문이다. 따라서 청구법인은 쟁점토지의 소유권을 우선 매수자에게 이전한 후, 건축물 준공 시 각 매수자의 명의로 건물의 소유권 보존등기를 하였던 것이다.

(다) 청구법인이 쟁점토지를 보유한 기간은 몇 개월에 불과하고, 보유 기간 동안 토지의 용도 변경, 건축 설계 계약, 인허가 보증보험증권 발급 등을 수행한 후 곧바로 매수자에게 쟁점토지에 대한 소유권을 이전하였으므로 사업목적 외에 투기를 통한 재산증식의도가 있다고 보기 어렵다.

(라) 「건축법」상 건축허가의 유효기간은 건축허가 후 2년이고, 공사착수 및 건축신고의 유효기간은 건축신고 후 1년으로 규정하고 있는바, 청구법인이 2023년 7월경부터 같은 해 10월 사이에 쟁점토지에 대한 건축허가 및 건축 착공신고를 완료하였고, 쟁점토지 인근 주민과의 불화 등으로 공사 진행이 일시적으로 중단되었지만 공사착수 기한이 도래하지 아니하였으며, 2024년 3월경 건축공사가 진행되어 같은 해 10월경 건축물이 완공되어 관할 지자체장으로부터 건축물 사용승인이 완료된 점에 비추어 보더라도, 청구법인이 사업목적에 맞게 쟁점토지를 사용한 사실이 확인된다.

(마) 쟁점토지 부동산매매계약서를 보면, 매매대금에 토지와 건물을 각각 구분하여 기재하였고, 이를 합한 금액으로 거래금액을 명시하고 있으며, 아래 ＜표3＞와 같이 토지와 건축물의 소유자가 동일한 점에 비추어 보더라도 청구법인이 매매계약에 따라 사업을 수행하였다는 사실이 확인된다. 또한 청구법인은 쟁점토지 등의 부동산 개발 및 공급이 완료되지 않았다고 판단하여 2023사업연도에 쟁점토지 가액을 매출액이 아닌 선수금(토지가액 및 건물가액)으로 인식하였고, 2024사업연도에 쟁점토지 지상에 건축행위를 계속하였으므로 결과적으로 쟁점토지와 건축물의 소유권 등기 시점이 불일치 되었을 뿐, 청구법인이 목적사업에 따라 쟁점토지를 보유하고 사용한 것으로 보아야 한다.

＜표2＞ 쟁점토지 매수인 및 지상건물의 소유자

○○○

(2) 청구법인이 쟁점토지를 아무런 개발행위 없이 보유하다가 그 차익을 노려 양도하였다면 비사업용 토지의 양도라고 볼 수도 있으나, 청구법인은 사업목적에 맞게 이용하였으므로 쟁점토지를 비사업용으로 보아 청구법인에게 한 부과처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지를 건축물이 정착되어 있지 않은 상태로 취득 후 건물 착공 없이 양도하였으므로 비사업용 토지에 해당한다.

(가) 청구법인은 쟁점토지의 양도가 사업 수행 외에 별도로 투기를 통한 재산증식의도가 있다고 보기 어렵다고 주장하나, 청구법인의 2023사업연도 법인세 신고내역을 보면, 총수입금액 OOO원 중 비사업용 토지에 대한 양도차익이 OOO원(64.4%)이고, 총매출액 OOO원 대비 매출원가는 OOO원(35%)이며, 판매관리비는 OOO원 중 판매수당(지급수수료)이 OOO원(87.2%)으로 나타나는 등 청구법인은 비사업용 토지를 취득하여 단기간에 판매하는 부동산 개발 및 공급하는 업체로 확인된다.

(나) 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 기반시설 설치, 토지형질변경 및 부지 조성 공사 수행 등을 통해 관할 지자체에 소규모(공사예정금액 OOO원 미만으로 착공 시 현장관리인 제외 대상임) 건축물(소매점)로 건축설계 및 허가를 받았다고 하더라도, 실제 착공하지 않은 쟁점토지를 청구법인이 사실상 착공한 것으로 보아 업무와 관련한 토지로 인정하기는 어렵다.

(다) 청구법인은 「건축법」상 건축허가 및 건축 착공 신고를 완료하였고, 민원이 발생하여 공사 진행이 지연되었지만 아직 공사 착수 기한이 도래하지 않았으므로 쟁점토지를 사업용 토지로 보아야 한다고도 주장하나, 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호 규정의 ‘건설에 착공한 토지’란 사회통념상 특정 토지에 건물을 신축하기 위한 공사에 ‘착공’하였다고 인정하기 위해서는 기존 건물의 철거나 착공신고서를 제출하는 것만으로 부족하고, 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 최소한 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 ‘착공’ 하였다고 볼 수 있는 것이다(대법원 2018.5.31. 선고 OOO 판결)

(라) 청구법인이 건물 취득세를 준공 시점과 양도 시점에 중복 부담하는 것이 불합리하다고 판단하였다는 사정은 비사업용 토지에 해당하는지 여부와 무관하고, 청구법인이 쟁점토지에 건축신고 등의 절차를 이행하였을 뿐 양도 시점까지 실제 착공하지는 않았으며, 조사청이 ‘실제 건축에 착공하지 않아 비사업용토지에 해당한다‘는 세무조사 결과를 통지하자 착공하여 최근 건축물 공사 완료하였으며, 매수자 명의로 건축물의 사용승인을 받은 것으로 확인되는 점 등을 종합하면, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2) 법인세법 시행령

제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

(3) 법인세법 시행규칙

제46조의 2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에서 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인이 쟁점토지 지상에 건축물을 신축하기 위해 관할 지자체장에 건축신고 및 허가 등을 완료한 상태에서 쟁점토지의 소유권을 매수인들에게 이전하였고, 양도 당시에는 쟁점토지 지상에는 건축물이 실제 착공되지 않았고, 양도일 이후인 2024년 3월경 청구법인이 착공신고필증을 교부받아 쟁점토지에서 건축공사(도급공사)를 진행하여 2024년 10월경 각 건축물에 대한 건축물 사용승인서를 교부받았다는 사실에는 처분청과 청구법인 간 다툼이 없다.

(나) 청구법인은 부동산업을 영위하고 있는 법인으로 주요 사업목적과 사업자등록상 업종은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 청구법인 정관의 사업목적 및 사업자등록상 업종

주요 사업목적 (정관)

업종 (사업자등록기본사항)

- 부동산 매매 및 분양개발업

- 부동산 분양대행업

- 부동산 개발 및 시행사업

- 부동산 건축 및 시공업

- 부동산 중개 및 관리업

- 부동산 투자자문 및 컨설팅업

- 부동산 임대업 등

- 업종: 부동산업/주거용 건물 개발 및 공급업*

- 부업종: 없음

* 직접 건설활동을 수행하지 않고 전체 건물 건설공사를 일괄 도급하여 주거용 건물을 건설하여 이를 분양 판매

(다) 청구법인은 2023사업연도 법인세 신고시 아래 ＜표4＞의 토지를 비사업용 토지로, 쟁점토지를 포함한 아래 ＜표5＞의 토지를 사업용 토지로 보아 법인세를 신고하였는바, 조사청은 ＜표5＞의 사업용 토지 중 토지를 취득한 후 건물의 착공 등이 확인되는 토지들은 사업용 토지로 인정하였으나, 쟁점토지의 경우 그 지상에 실제 착공이 확인되지 않는 등 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 아래 ＜표6＞와 같이 토지등 양도소득에 대한 법인세를 경정한 것으로 나타난다.

＜표4＞ 2023사업연도 법인세 신고시 비사업용 토지내역

○○○

＜표5＞ 2023사업연도 법인세 신고시 사업용 토지내역

○○○

＜표6＞ 처분청의 토지등 양도소득에 대한 법인세 경정내용

○○○

(라) 청구법인이 제출한 2023년 쟁점토지 양도 관련 계약현황 자료는 아래 ＜표7＞과 같고, 매매계약서에는 토지와 건물(건축) 부분이 각각 기재되어 있는 것으로 나타나며, 청구법인은 쟁점토지 양도가액을 매출이 아닌 선수금으로 계상한 것으로 나타난다.

＜표7＞ 쟁점토지 양도관련 계약현황

○○○

(마) 청구법인은 쟁점토지에 대한 「건축법」 상 착공허가(신고)를 완료(아래 ＜표8＞ 참조)하였고, 건축물 설계계약 체결(아래 ＜표9＞ 참조), 관련 등록면허세 등 납부, 산재보험 가입 등의 절차도 완료한 것으로 나타난다.

＜표8＞ 쟁점토지 착공허가(신고) 현황

○○○

＜표9＞ 건축물 설계계약 명세 등

○○○

＜쟁점토지 착공신고필증 중 일부＞

○○○

＜건축물 설계계약서 중 일부＞

○○○

(바) 청구법인은 쟁점토지 중 전라북도 군산시 OOO 소재 토지는 인근 주민들의 민원으로 착공이 지연되었다고 주장하며, 지역 이장이 작성한 사유서를 아래와 같이 제출하였다.

＜청구법인이 제출한 사유서＞

○○○

(사) 조사청은 청구법인은 쟁점토지를 건축물이 정착되어 있지 않은 상태로 취득 후 건물 착공 없이 양도하였음을 입증하기 위해 청구법인에 대한 조사 기간 중인 2024.3.20. 및 2024.3.26. 쟁점토지를 방문하여 촬영한 현장사진을 아래와 같이 제출하였다.

○○○

(다) 처분청이 제시한 심리자료에서는 청구법인이 쟁점토지를 양도한 이후 쟁점토지 중 전라북도 부안군 OOO 소재 토지는 2024년 4월경, 전라북도 군산시 OOO 소재 토지는 2024년 5월경 건물 건축을 위한 토지 기반공사가 시작된 것으로 나타난다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지 지상에 건물을 신축하여 공급하는 내용의 매매계약을 체결하고 건축허가 등을 완료하였으나, 취득세 부담과 인근 주민들의 민원 등으로 인하여 건물이 완공되기 전 쟁점토지의 소유권을 먼저 이전한 후 그 지상에 건축물을 신축한 것으로 쟁점토지를 보유한 목적이 사업목적 외 투기를 통한 재산증식의 의도와는 무관하므로 쟁점토지를 사업용 토지로 보아야 한다고 주장하나,

법인의 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 중과하는 취지는 법인의 비사업용토지에 대한 과세를 강화하기 위한 것으로서 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기적 이익을 환수하려는데 있는 것인바, 열거된 예외사항에 해당하지 아니하는 한 사업목적 자체에 투기 가능성을 내포하고 있는 부동산매매업에 업무관련성을 인정하는 것은 그 입법취지에 어긋나는 것으로 보이는 점(조심 2022서5966, 2022.9.20. 같은 뜻임) 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 당해 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간 동안 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있으나, 사회통념상 특정 토지에 건물을 신축하기 위한 공사에 ‘착공’하였다고 인정하기 위해서는 건축허가나 착공신고서를 제출하는 것만으로 부족하고, 청구법인도 쟁점토지 보유 기간 중 착공 및 건축공사 등이 없었다는 사실에는 이견이 없는 점, 청구법인이 쟁점토지가 「법인세법」 제55조의2 제2항 제4호 각 목 및 제3항 등에 따라 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지이거나 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지에 해당한다는 자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.