이유
1. 처분 개요

가. 처분청은 2019년도부터 2022년도까지(이하 “이 건 과세기간”이라 한다) 청구법인이 소유하고 있는 인천광역시 서구 OOO 외 18필지 174,685㎡(화훼산업용지, 첨단산업용지, 주차장용지, 이하 “이 건 토지”라 한다)를「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호에서 규정하고 있는 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지로 보아, 이 건 과세기간 동안 청구법인에게 분리과세대상으로 구분하여 산출한 재산세 등을 부과.고지하였고, 청구법인은 이를 납부하였다.

나. 처분청은 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지로서 분리과세대상이 되는 토지는 주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정되고, 이 건 토지는 산업용지 등으로 분리과세대상 토지에 해당하지 않음에도 이 건 과세기간 동안 분리과세대상으로 구분하여 재산세 등을 부과하였다고 보아 2023.10.16. 청구법인에게 이 건 토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 산출한 세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감하여 아래 ＜표1＞과 같이 산출한 재산세 등 OOO원(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 부과.고지하였다.

＜표1＞ 이 건 토지에 대한 연도 별 재산세 등 부과 내역

(단위 : 원)

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.1.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호는「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제8조의 3에 따른 경제자유구역에 대한 개발사업시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)를 분리과세대상으로 규정하고 있는데, 여기에서 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지를 분리과세대상으로 규정한 입법취지는 경제자유구역개발사업을 보다 효율적으로 수행할 수 있도록 해당 토지를 종합합산과세대상에서 제외하여 예외적으로 저율의 분리과세대상으로 구분함으로써 조세부담을 경감하여 주는 데 있다(대법원 2010.2.11. 선고 2009두15760 판결)고 할 것이므로 위 규정의 적용 여부를 판단함에 있어서는 해당 토지가 경제자유구역개발사업에 실질적으로 제공되고 있는지에 따라야 할 것이다.

(2) 위의 판결에서 대법원은 분리과세대상인 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지를 주택부지 및 산업부지에 직접 제공되는 토지만을 의미하는 것이 아니라 개발사업을 위해 필수불가결하게 수반되는 주택건설 및 산업단지의 시설용토지를 포함하는 것으로 보는 것이 타당하다고 판결하였고, 조세심판원 또한 같은 취지에서 “경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지인지 여부는 사업의 방식이나 토지의 소유형태 등이 아닌 그 경제자유구역개발사업에 제공되고 있는지의 여부에 따라 판단하는 것이 합리적”이라고 결정한 바 있다(조심 2015지1279, 2015.12.30.).

(3) 처분청은 경제자유구역개발사업에 제공되는지 여부를 판단함에 있어 해당 토지가 우선「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 산업단지로 지정된 토지에 해당하여야 한다는 의견이나 이는「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호의 입법 취지에 반할뿐만 아니라 기존의 대법원 판례 및 조세심판원 심판례와도 맞지 않는 해석이다.

(4)「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호에서 분리과세 대상을 경제자유구역 내 주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한 이유는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 ‘산업단지 지정’을 엄격하게 요구하기 위한 것이 아니라 산업시설과 관련이 없는 용지를 분리과세대상에서 제외하여 해당 규정의 입법취지를 살리기 위한 것으로 보는 것이 합리적인 해석이다.

(5)「지방세법 시행령」제102조 제7항 제5호에서「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사에 제공하는 토지를 분리과세 대상 토지로 규정하고 있는 반면, 경제자유구역 내 토지에 대한 분리과세를 규정하고 있는「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호는 경제자유구역 내 주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 규정하고 있을 뿐「산업입지 및 개발에 관한 법률」과 같은 근거 법령을 명시하지 않고 있음을 볼 때, 이 건 토지가「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 산업단지로 지정된 토지가 아니어서 분리과세대상에 해당하지 않는다는 처분청의 의견은 타당하지 않다.

(7) 산업단지에 대해서는 2008.12.30.「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호를 신설할 당시 이미 분리과세 대상에 포함하고 있었으므로 그 개정연혁 등에 비추어 ‘경제자유구역개발사업에 제공하는 토지’는「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지인지 여부를 불문하고 분리과세대상으로 구분하는 것이 타당하고, 행정안전부도 그 입법취지를 “기업활동 지원 및 지역경쟁력 강화를 위하여 경제자유구역내 개발사업용 토지 등에 대한 세제지원을 확대”라고 명시하고 있음을 볼 때, ‘경제자유구역 내 산업단지용 토지’에는 산업용지가 당연히 포함된다고 할 것이다.

(8) 처분청은「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제7조의2에 따라 산업단지의 지정이 의제되지 않는 토지까지 분리과세대상토지로 보는 경우 그 범위가 무분별하게 확대된다고 주장하나,「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호의 신설 취지가 경제자유구역 내 개발사업용 토지에 대해 세제지원을 확대하고자 하는 것에 있는 이상 경제자유구역내 산업시설용 토지에 대하여도 분리과세대상으로 구분하여 세제 혜택을 주고자 하는 것이 의도라 할 것이다.

(9) 조세심판원은 OOO경제자유구역으로 지정을 받은 OOO산업지구에 위치한 산업시설용지가 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지에 해당되는지 여부에 대해, 해당 규정에서 분리과세대상 토지는 주택부지 및 산업부지에 직접 제공되는 토지만을 의미하는 것이 아니라 경제자유구역 내에서 개발사업을 위해 필수불가결하게 수반되는 주택건설 및 산업단지의 시설용 토지를 포함하는 것으로 보는 것이 타당하다고 결정(조심 2021지914, 2023.5.4.)하였음을 볼 때, 이 건 토지가「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호에서 규정하고 있는 분리과세대상에 해당된다는 사실은 자명하다.

나. 처분청 의견

(1)「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제7조의2에서 경제자유구역의 지정 또는 변경이 있은 때에는 경제자유구역개발계획의 내용에 따라「산업입지 및 개발에 관한 법률」제6조, 제7조 및 제7조의2에 따른 국가산업단지ㆍ일반산업단지 및 도시첨단산업단지의 지정이 있는 것으로 본다고 규정하고 있는바, 이는 경제자유구역개발계획의 내용에 산업단지에 관한 사항이 포함되어 있어야만「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지의 지정으로 간주하겠다는 것으로 보는 것이 타당하다.

(2)「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호에서 산업단지용 토지에 대해 별도로 규정하고 있지는 아니하고 있는바, 여기에서 분리과세대상이 되는 산업단지용 토지란「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제7조의2에 따라 산업단지의 지정이 의제되는 토지에 한해 산업단지용 토지로 보는 것이 합리적이다.

(3) 반면, 경제자유구역개발계획의 내용에 산업단지에 관한 내용이 포함되어 있지 아니한 토지까지 산업단지용 토지로 보는 경우 “산업단지용”이란 용어에 대한 기준이 불명확해져 분리과세대상 토지의 무분별한 확대를 초래하게 되고, 조세법규의 엄격해석원칙에 반하게 되므로 받아들일 수 없다.

(4) 재정경제부는 2003.8.11. 이 건 토지(인천광역시 OOO) 일대를 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따라 인천경제자유구역으로 결정.고시하였고(재정경제부 고시 제2003-19호), 지식경제부는 2011년 8월 이 건 토지 일대에 대하여 ‘인천경제자유구역 OOO 개발계획 변경, 실시계획 변경 승인 및 지형 도면’을 결정.고시(OOO)하였으며, 인천광역시 경제자유구역청장은 2014년 7월 위의 실시계획 변경을 승인하였다(인천광역시 경제자유구역청 고시 OOO, 재정경제부 및 지식경제부 고시를 포함하여 이하 “이 건 고시”라 한다).

(5) 이 건 고시를 보면, 이 건 토지는 “산업시설용지”라고 기재되어 있을 뿐 이 건 토지가 장차 산업단지로서 지정 또는 개발될 것이라는 내용은 확인되지 않으므로 이 건 토지는「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호에서 분리과세대상으로 규정하고 있는 산업단지용 토지에는 해당하지 않는다.

(6)「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조 제7의2호에서 산업시설용지”란 공장, 지식산업 관련 시설, 문화산업 관련 시설, 물류시설 등의 용지를 말한다고 규정하고 있고, 같은 조 제8호에서 “산업단지”란 제7호의2에 따른 시설과 이와 관련된 교육ㆍ연구ㆍ업무ㆍ지원ㆍ정보처리ㆍ유통 시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거ㆍ문화ㆍ환경ㆍ공원녹지ㆍ의료ㆍ관광ㆍ체육ㆍ복지 시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정ㆍ개발되는 일단의 토지를 말한다고 규정하고 있는 이상 타당한 근거 없이 산업시설용지와 산업단지용지를 동일한 것으로 볼 수 없다.

(7) 청구법인은 이 건 토지 중 산업시설용지는 산업단지의 조성과 개발에 필수불가결하게 수반되는 시설이므로 산업단지용 토지에 해당된다고 주장하나 이 건 토지가 산업단지로 지정되었다거나 어떤 산업단지의 조성과 개발에 필수적으로 수반되는 시설인지에 대해 구체적으로 입증하지는 못하고 있을 뿐만 아니라 청구법인이 이 건 토지의 수분양자인 주식회사 AAA에게 통보한 문서에서도 이 건 토지는「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지에 해당하지 않는다고 통보하였음을 볼 때, 이 건 토지는 산업시설용지에 그칠 뿐이고, 산업시설용지의 기능 향상을 위해 지정.개발되는 일단의 토지로서의 산업단지용 토지로 볼 수 없다.

(8) 한편, 지식경제부는 인천경제자유구역 OOO에 있는 토지 중 일부(1,131,000㎡)를 도시첨단산업단지로 결정.고시OOO하였는데 그 고시에 산업시설용지를 도시첨단산업단지로 지정한다는 내용이 명시되어 있는바, 해당 토지는「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호에서 규정하고 있는 “산업단지용 토지”에 해당한다고 할 것이나, 청구법인이 이 건 토지 일대에서 추진하고 있는 ‘친환경복합단지 개발사업’의 경우 산업단지 개발사업으로 지정된 사실이 없으므로 이 건 토지가 산업시설용지라는 사실만으로 산업단지용 토지에 해당한다는 청구 주장은 타당하지 않다.

(9) 경제자유구역 내 산업단지는「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 산업단지로 인.허가를 받지 아니하므로「지방세법 시행령」제102조 제7항 제5호(산업단지 분리과세)에서 규정하고 있는 분리과세대상토지에 해당하지 않게 되므로 행정안전부는 이러한 불합리를 해결하기 위해「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호를 신설한 것인바, 산업단지에 해당하는 경우「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호 또는 제5호에 따라 분리과세대상 토지로 구분하는 것이고, 그 이외의 산업시설용지를 분리과세대상으로 구분하는 것은 지나친 확대해석이라 할 것이므로 처분청이 이 건 토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 토지를「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호에서 규정하고 있는 경제자유구역 내에서 개발사업에 제공하는 산업단지용 토지로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 이 건 토지의 용도와 이 건 과세기간 동안 과세표준은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 이 건 토지의 용도별 과세표준 현황

(단위 : ㎡, 원)

○○○

(나) 처분청은 이 건 과세기간 동안 이 건 토지를「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호에서 규정하고 있는 경제자유구역 개발사업시행자가 경제자유구역개발사업에 제공하는 산업단지용 토지로 보아 분리과세대상으로 구분하여 재산세 등을 부과하였다.

(다) 처분청이 제출한 청구법인의 산업단지 여부 회신 공문에 의하면, 청구법인은 위의 ＜표2＞ 화훼산업시설용지 101,462.9㎡가 산업단지에 해당하는지 여부를 묻는 처분청의 질의에 대해 해당 토지는 산업단지가 아니라는 취지로 답변한 것으로 나타난다.

(라) 처분청은 이 건 토지가 산업시설용지일 뿐 산업단지용 토지에 해당되지 않음에도 이 건 과세기간 동안 분리과세대상으로 구분하여 재산세 등을 과소 부과하였다고 보아, 2023.10.16. 청구법인에게 이 건 토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 산출한 세액에서 청구법인이납부한 세액을 차감한 이 건 재산세 등 OOO원을 부과.고지하였다.

(마) 이 건 토지는「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제8조의3에 따른 경제자유구역의 개발사업시행자가 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지로서 2005.8.12.(재정경제부 고시 OOO) 경제자유구역 실시계획 승인을 받은 후 현재까지 공급이 완료되거나 준공검사를 받지 않은 토지이며, 국토교통부장관 등은 이 건 토지 또는 그 일대를「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 국가산업단지ㆍ일반산업단지 및 도시첨단산업단지로 지정한 사실은 없는 것으로 나타난다.

(바) 한편, 행정안전부의 2008.11.4. 입법예고의 개정이유를 보면, 행정안전부는 기업 활동 지원 및 지역 경쟁력 강화를 위해「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호를 개정(2009.1.1. 시행)하여 경제자유구역 내에서 개발사업에 제공하는 주택건설용 토지와 산업단지용 토지를 분리과세대상에 추가한 것으로 나타난다.

(2)「지방세법」제106조 제1항 제3호 사목 및 같은 법 시행령 제102조 제7항 제4호를 종합하면, 경제자유구역개발사업의 시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)로서 경제자유구역개발사업 실시계획 승인을 고시한 날부터 경제자유구역개발사업으로 조성된 토지가 공급완료되거나 준공검사를 받을 때까지는 분리과세대상으로 구분한다고 규정하고 있다.

또한,「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조 제7의2호에서 산업시설용지란 공장, 지식산업 관련 시설, 문화산업 관련 시설, 정보통신산업 관련시설, 재활용산업 관련 시설, 자원비축시설, 물류시설, 교육ㆍ연구시설의 용지를 말한다고 규정하고 있고, 같은 조 제8호에서 산업단지란 제7호의2에 따른 시설과 이와 관련된 교육ㆍ연구ㆍ업무ㆍ지원ㆍ정보처리ㆍ유통 시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거ㆍ문화ㆍ환경ㆍ공원녹지ㆍ의료ㆍ관광ㆍ체육ㆍ복지시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정ㆍ개발되는 일단의 토지를 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제6조 제1항 및 제7조의2 제1항에서 국가산업단지는 국토교통부장관이, 도시첨단산업단지는 국토교통부장관, 시ㆍ도지사 또는 대도시시장이 지정한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대,「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호에서 규정하고 있는 산업단지용 토지는「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지의 토지를 말하는 것은 아니라 산업단지용 토지가 될 수 있는 개별적인 토지로서 산업시설용 토지를 말한다고 보는 것이 경제자유구역 내에서 기업 활동의 활성화를 위해 신설한「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호의 입법취지에 부합하는 점,

「지방세법 시행령」제102조 제7항 제5호에서「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지를 분리과세대상으로 규정하고 있는 이상, 2008.12.31. 개정된 같은 항 제4호의 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지란 산업단지로 지정받지 않은 경제자유구역 내 산업단지용 토지로 보는 것이 합리적인 해석인 점,

우리 원은「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호의 입법 취지와 대법원 2010.2.11. 선고 2009두15760 판결 등을 고려하여「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지로 지정되지 않은 경제자유구역 내 산업시설용 토지에 대해 분리과세대상으로 구분하여야 한다고 결정한 점(조심 2021지914, 2023.5.4.),

아울러 우리 원은 청구법인으로부터 인천광역시 서구 OOO 토지 101,462.9㎡(위＜표2＞ 참조)를 취득한 주식회사 AAA가 해당 토지를 분리과세대상으로 구분해야 한다는 취지로 제기한 심판청구를 기각 결정(OOO)하였는데, 그 이유는 해당 토지가 산업단지용 토지에 해당되지 않기 때문이 아니라 경제자유구역 개발사업의 시행자인 청구법인이 해당 토지를 이미 매각(공급 완료)했기 때문이므로 위의 결정을 근거로 이 건 토지를 분리과세대상에서 제외할 것은 아닌 점 등에 비추어 처분청이 이 건 토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항,「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제106조[과세대상의 구분 등] ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

(2) 지방세법 시행령

제102조[분리과세대상 토지의 범위] ⑦ 법 제106조 제1항 제3호 사목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만 제9호 및 제11호에 따른 토지 중 취득일로부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 않은 토지는 제외한다.

4.「도시개발법」제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)와 종전의「토지구획정리사업법」(법률 제6252호 토지구획정리사업법폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 것을 말한다. 이하 이 호에서 같다)에 따른 토지구획정리사업의 시행자가 그 토지구획정리사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다) 및「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제8조의3에 따른 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다). 다만, 다음 각 목의 기간 동안만 해당한다.

가..나 (생략)

다. 경제자유구역개발사업 실시계획 승인을 고시한 날부터「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따른 경제자유구역개발사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제14조에 따른 준공검사를 받을 때까지

5.「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지 조성공사에 제공하는 토지. 다만, 다음 각 목의 기간으로 한정한다.(이하 생략)

(3) 산업입지 및 개발에 관한 법률

제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7의2. “산업시설용지”란 공장, 지식산업 관련 시설, 문화산업 관련 시설, 정보통신산업 관련 시설, 재활용산업 관련 시설, 자원비축시설, 물류시설, 교육ㆍ연구시설 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설의 용지를 말한다.

8. “산업단지”란 제7호의2에 따른 시설과 이와 관련된 교육ㆍ연구ㆍ업무ㆍ지원ㆍ정보처리ㆍ유통 시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거ㆍ문화ㆍ환경ㆍ공원녹지ㆍ의료ㆍ관광ㆍ체육ㆍ복지시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정ㆍ개발되는 일단(一團)의 토지로서 다음 각 목의 것을 말한다.

가. 국가산업단지 : 국가기간산업, 첨단과학기술산업 등을 육성하거나 개발 촉진이 필요한 낙후지역이나 둘 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시 또는 도에 걸쳐 있는 지역을 산업단지로 개발하기 위하여 제6조에 따라 지정된 산업단지지

다. 도시첨단산업단지 : 지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업, 그 밖의 첨단산업의 육성과 개발 촉진을 위하여「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역에 제7조의2에 따라 지정된 산업단지

제6조[국가산업단지의 지정] ① 국가산업단지는 국토교통부장관이 지정한다.

제7조의2[도시첨단산업단지의 지정] ① 도시첨단산업단지는 국토교통부장관, 시ㆍ도지사 또는 대도시시장이 지정하며, 시ㆍ도지사(특별자치도지사는 제외한다)가 지정하는 경우에는 시장ㆍ군수 또는 구청장의 신청을 받아 지정한다. 다만, 대통령령으로 정하는 면적 미만인 경우에는 시장ㆍ군수 또는 구청장이 직접 지정할 수 있다.

제16조[산업단지개발사업의 시행자] ① 산업단지개발사업은 다음 각 호의 자 중에서 산업단지지정권자의 지정에 의하여 산업단지개발계획에서 정하는 자가 이를 시행한다.

2.「중소기업진흥에 관한 법률」에 따른 중소벤처기업진흥공단,「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제45조의17에 따라 설립된 한국산업단지공단 또는「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사