이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.12.2. 서울특별시 강남구 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 지상의 OOO주택을 신축하여 임대하는 사업을 목적으로 설립된 프로젝트 금융회사이다.

나. 청구법인은 2023.7.31. 쟁점토지 지상에 건축물(지하 5층, 지상 14층, OOO, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)을 신축하여 사용승인을 받고, 2023.9.11. 쟁점건축물 중 공공임대주택 82세대(이하 “쟁점공공임대주택”이라 한다)에 대한 취득세 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2023.12.14. 서울특별시에 표준건축비에 매도한 쟁점공공임대주택이 기부채납에 해당하므로 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 취득세가 비과세됨이 타당하다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.9.13. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 쟁점과 관련된 규정 및 판례 등은 다음과 같다.

(가) 「지방세법」 제9조 제2항 본문은 “국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있다.

이처럼 「지방세법」 제9조 제2항 본문이 국가 등에 귀속을 조건으로 이루어지는 부동산 등의 취득에 대하여 취득세 비과세 대상으로 규정하고 있는 것은 취득자가 해당 부동산 등의 소유권을 실질적으로 취득하거나 배타적 지배력을 행사하는 것으로 볼 수 없을 뿐만 아니라 소유권 취득으로 인해 얻는 경제적 이익도 없기 때문이다.

(나) 기부채납은 주택건설사업계획 승인 이전이라도 얼마든지 가능하다. 즉 주택건설사업계획 승인 이전이라도 이미 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 행정관청과 사이에 기부채납에 대한 협의가 진행되었다면 그 이후에 취득한 토지도 ‘기부채납을 조건으로 취득한 부동산’에 해당하고(대법원 2011.11.10. 선고 2011두17363 판결), 공공시설용지로 편입될 토지에 관하여 기부채납을 하도록 승인조건을 부과한 때에 비로소 기부채납에 대한 의사의 합치가 있다고 볼 수 있다(대법원 2005.5.12. 선고 2003다43346 판결).

(다) 조세심판원 역시 위와 같은 관점에서 “특정 부동산에 관하여 구체적인 기부채납 협의가 진행되었고, 협의 과정에서 기부채납 대상 부동산의 특정성을 해치지 않을 정도의 일부 내용만이 변경되었으며, 실제로 부동산이 기부채납되었고, 기부자가 처분청에 명시적인 기부의사를 표현하였으며, 이에 대한 처분청의 승인 회답이 있다는 사정 등이 있으면 「지방세법」 제9조 제2항이 정하는 ‘국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’으로 볼 수 있다”는 입장을 취하고 있다(조심 2015지1214, 2016.3.31., 조심 2011지311, 2012.6.8. 등 참조).

(라) 특히 기부채납은 반드시 무상의 기증만으로 한정되지 않고, 대가성있는 경제적 이익을 취득할 목적이 있었다고 하더라도 국가가 이를 승낙하는 의사표시를 한 이상 기부채납이 성립하여 취득세 등의 비과세 규정이 적용된다(대법원 2006.1.26. 선고 2005두14998 판결, 행정안전부 지방세운영과-3254, 2011.7.8.).

(마) 이와 같이 국가 등에 귀속을 조건으로 이루어지는 부동산 등의 취득에 대해서는 「지방세법」 제9조 제2항 본문에 따른 취득세 비과세 대상에 해당하고, 이 경우 기부채납은 특정 건설사업계획의 승인 전후 관계없이 가능하며, 대가성있는 경제적 이익의 취득목적이 있더라도 무방하다.

(2) 쟁점공공임대주택은 「지방세법」 제9조 제2항 본문에 따른 취득세 비과세 대상에 해당한다.

(가）청구법인과 서울특별시가 합의한 쟁점공공임대주택의 매매가액은 「공공주택특별법 시행규칙」 별표7 공공건설임대주택 분양전환가격의 산정기준을 ‘준용’하여 ‘별도로’ 정하는 표준건축비를 기준으로 산정되었으므로, 이 가격은 쟁점공공임대주택의 통상적인 시가(공정가액)와 전혀 다른 서울특별시가 임의로 정한 가격이라고 볼 수 있다. 따라서 청구법인이 건축비 일부만을 보전받는 조건으로 서울특별시에게 쟁점공공임대주택 전체를 기부채납한 것이라고 볼 수 있고, 위에서 살펴본 법리에 따르면, 기부채납은 반드시 무상일 필요가 없으므로 청구법인이 서울특별시로부터 건축비 일부를 보전받았더라도 나머지 부분은 기부채납에 해당하므로 적어도 이 부분에 대한 취득세 등은 감면되어야 한다.

서울특별시가 청구법인에게 쟁점공공임대주택의 매매가격이라는 명목으로 지급한 금액은 OOO원으로, 쟁점공공임대주택의 과세표준 OOO원의 46.23%에 불과하다. 즉 쟁점공공임대주택 전부에 대한 과세표준과 청구법인이 서울특별시로부터 받은 금액의 차액에 대하여는 청구법인이 서울특별시에 무상으로 기부한 것이다.

(나) 만약 쟁점공공임대주택의 서울특별시 귀속과 관련하여 청구법인과 서울특별시 사이에 기부채납의 의사가 없었다면 쟁점건축물의 부속토지 역시 시가에 따라 매매(양도)하는 것이 상식에 맞을 것인데, 청구법인과 서울특별시는 부속토지 중 쟁점공공임대주택의 부지와 쟁점공공임대주택을 목적물로 하는 하나의 계약을 체결하면서 쟁점공공임대주택을 시세보다 훨씬 낮은 저가에 매매하고, 토지는 기부채납받는 다소 특이한 거래형식을 취하였는바, 이는 바로 청구법인과 서울특별시가 기부채납 의사로 쟁점공공임대주택의 부지와 쟁점공공임대주택에 관한 매매계약서를 작성하였음을 의미한다.

＜변경 매매계약서 일부＞

제1조(매매주택 등의 가격) ① 매매주택 등의 매매가격은 다음과 같이 한다.

매매가격총액

건축비

토지비

OOO

OOO

기부채납

(3) 처분청은 쟁점공공임대주택 중 청구법인이 기부채납한 부분에 대하여는 다음과 같이 그 취득세를 환급함이 타당하다.

(가) 쟁점공공임대주택의 지방세 과세표준 OOO원과 청구법인이 표준건축비 상당액 OOO원의 차액에 해당하는 부분이 서울특별시가 청구법인으로부터 기부채납받은 부분이므로 청구법인이 납부한 세액 중에서 청구법인이 서울특별시로부터 받은 건축비에 상응하는 부분을 제외한 세액은 환급대상이라고 할 것이다.

(나) 청구법인이 서울특별시로부터 받은 금원의 비율이 46.23%이고, 받지 못한 비율이 53.77%이므로 환급대상 취득세의 가액은 취득세(OOO원×53.77%) OOO원, 지방교육세(OOO원×53.77%) OOO원, 합계 OOO원이 환급됨이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 「지방세법」 제9조 제2항의 비과세 요건으로 반드시 ‘법률에 의한 무상귀속’이 이루어 질 것을 요구하고 있지 않으므로 서울특별시에 저가에 매매하는 것을 조건으로 취득한 쟁점공공임대주택이 위 규정에 따른 비과세 대상에 해당한다고 주장하나, 「지방세법」 제9조 제2항은 본문에 “국가등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다”고 규정하면서, 같은 항 제2호에서 “국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받는 경우” 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

(2) 위 법령의 입법취지가 조건없이 무상으로 소유권을 국가등에 이전하는 경우에 세부담을 완화해주고자 하는 데 있고(조심 2021지1972, 2023.2.16.), 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그러한 경우 취득세 등을 과세하지 않겠다는 것이다(대법원 2011.7.28. 선고 2010두6777 판결 참조).

(3) 또한 그 단서에서 국가등이 소유하고 있는 부동산과 같은 일정한 반대급부를 제공받는 귀속등의 경우 취득세 과세대상으로 규정하고 있는 점을 고려할 때, 청구법인이 국가 등에 매매대금을 지급받고 쟁점공공임대주택의 소유권을 이전한 것은 동 규정에 따른 취득세 비과세 대상에 해당한다고 볼 수 없다(조심 2023지4308, 2024.5.20., 같은 뜻임).

(4) 위와 같은 규정의 문언 및 그 입법 취지 등을 고려하지 않은 채 ‘귀속’이라 함을 부동산의 소유권을 국가 등이 유상 또는 무상으로 취득하는 모든 경우가 해당한다고 보아, 서울특별시가 청구인으로부터 매매로 취득한 쟁점공공임대주택까지도 「지방세법」 제9조 제2항 본문에 따른 취득세 비과세 대상에 해당한다는 청구법인의 주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점공공임대주택이 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상인지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

제9조(비과세) ① 국가 또는 지방자치단체(다른 법률에서 국가 또는 지방자치단체로 의제되는 법인은 제외한다. 이하 같다), 「지방자치법」 제176조 제1항에 따른 지방자치단체조합(이하 “지방자치단체조합”이라 한다), 외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대해서는 취득세를 부과한다.

② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

(2) 지방세법 시행령

제20조(취득의 시기 등) ⑥ 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서(「도시개발법」 제51조 제1항에 따른 준공검사 증명서, 「도시 및 주거환경정비법 시행령」 제74조에 따른 준공인가증 및 그 밖에 건축 관계 법령에 따른 사용승인서에 준하는 서류를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다.

(3) 사회기반시설에 대한 민간투자법

제4조(민간투자사업의 추진방식) 민간투자사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

3. 사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되며 그 기간이 만료되면 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2020.12.2. 서울특별시 강남구 OOO㎡ 지상의 OOO주택 개발사업의 시행을 위해 설립된 법인으로, 현재 서울특별시 서초구 OOO을 본점소재지로 하여 위 부동산의 임대사업을 목적사업으로 하고 있다.

(나) 서울특별시는 2017.6.20. 서울특별시 강남구 OOO 관련 도시관리계획 결정(변경)안 및 OOO 지구단위계획을 다음과 같이 발표하였다.

○○○

(다) 서울특별시 도시계획위원회는 2017.12.6. 사업 진행을 위한 시의회 의견청취 및 청년주택 분과위원회 자문을 거쳐 용도지역 변경(제3종일반주거지→ 일반 사업지역)을 결의하였고, 공공임대주택 부속토지의 비율을 25.20%(397.79㎡)로 하여 해당 사업 계획을 수정 가결 하였으며, 2018년 1월 도시관리계획(용도지역, OOO 지구단위계획)을 결정(변경)하고 지형도면을 고시하였다.

(라) 처분청은 2019.3.19. 쟁점건축물의 착공을 위한 건축허가필증을 발급하였고, 서울특별시와 A 주식회사는 2019년 2월 쟁점건축물의 건립 및 운영에 관한 협약을 체결하였으며, 2019년 6월 그 내용을 일부 변경하였다.

(마) 쟁점건축물의 건축주는 2019.6.21. 수탁자인 B에서 위탁자인 A 주식회사로 변경되었고, A 주식회사는 C 주식회사, D 주식회사와 함께 출자하여 사업을 위해 청구법인을 설립하였으며, A 주식회사는 2020.12.9. 청구법인에게 쟁점토지, 이 사건 사업 관련 사업권, 각종 인허가 관련 권리 등을 OOO원에 포괄적으로 양도하였다.

(바) 청구법인은 2021.1.14. 쟁점토지의 소유권 이전등기를 완료하였고, 2021.2.9. 서울특별시와 매매계약을 체결하면서 체결한 계약서에는 서울특별시에 쟁점건축물 중 쟁점공공임대주택을 OOO원(2023.12.8. 변경 후 금액 OOO원)에 매도하며, 쟁점토지 중 공공임대주택에 상응하는 부분을 기부채납한다는 내용이 기재되어 있다.

(사) 청구법인은 2023년 7월 쟁점건축물의 신축을 마무리하여, 2023.7.31. 사용승인을 받았고, 2023.9.11. 쟁점건축물에 대한 소유권보존등기가 이루어졌으며, 쟁점공공임대주택은 2023.12.14. 서울특별시로 소유권이전등기가 되었다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 기부채납이 반드시 무상일 필요가 없으므로 쟁점공공임대주택을 서울특별시에 유상으로 매도하였다고 하더라도 취득세 비과세 대상이 될 수 있다고 주장하나, 「지방세법」제9조 제2항은 본문에 “국가등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다”고 규정하면서, 단서 제2호에서 “국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받는 경우” 취득세를 부과한다고 규정하고 있는바, 위 규정의 입법취지는 조건없이 무상으로 소유권을 국가등에 이전하는 경우에 세부담을 완화해주고자 하는 데 있다고 할 것인고, 그 단서에서 국가등이 소유하고 있는 부동산과 같은 일정한 반대급부를 제공받는 귀속등의 경우 취득세 과세대상으로 규정하고 있는 점 등에 비추어, 청구법인이 서울특별시에 매매대금을 지급받고 쟁점공공임대주택의 소유권을 이전한 것은 해당 규정에 따른 취득세 비과세 대상에 해당한다고 보기 어렵다고 할 것이다(조심 2023지4308, 2024.5.20., 같은 뜻임).

(나) 또한 청구법인은 쟁점공공임대주택을 서울특별시에 저렴한 가격에 양도하였으므로 그 차액에 대하여 기부채납으로 보아 취득세 등을 환급하는 것이 타당하다고 주장하나, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인바, 청구법인의 경우와 같이 정비사업 시행 시 국가등에 임대주택을 유상으로 양도하는 방식에 대하여 시가와의 차액에 대하여 조세감면 등의 혜택이 주어진다는 명문의 규정이 없고, 관련 규정을 그와 같이 유추 또는 확장해석하는 것도 합리적이라고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항, 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.