이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2012년 5월 서울특별시 OOO를 사업장으로 하여 설립된 후, 농산물 도.소매업을 영위하는 ㈜A(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주주(40%, 800주)로, 2022.4.14. 쟁점법인의 대표로 취임하였고, 같은 날 부친 B으로부터 쟁점법인 발행주식 1,200주(60%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하여 쟁점법인의 100% 주주가 되었으며, B은 2022.7.26. 쟁점주식 이전에 대하여 양도가액을 OOO원으로 하여 증권거래세 OOO원을 신고·납부(2022.8.8.)하였다.

나. 동작세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 2024.8.5.부터 2024.10.13. 까지 쟁점법인의 2022사업연도 주식변동조사를 실시하여, 청구인의 부친 B이 2022.4.14.을 주식매매일로 하여 2022.7.26. 쟁점주식 이전거래에 대한 증권거래세 신고·납부를 하였고, 쟁점법인이 2022사업연도 법인세 신고시 쟁점주식 거래내역을 반영하여 주식변동상황명세서를 제출하였으며, 쟁점주식 거래의 형식은 매매이나 실제로 매매계약서를 작성하거나 매매대금이 수수된 사실이 없는 것을 근거로 청구인이 쟁점주식을 무상이전 받은 것으로 판단한 후, 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제4조 제1항 제1호 등 규정에 따라 쟁점주식의 증여세 과세가액을 OOO으로 산정하였고, 동 조사내역을 처분청에 자료통보하였다.

다. 청구인은 조사관서의 위 세무조사가 진행되던 기간 중, 쟁점주식의 소유권 변동내역이 포함된 2022사업연도말 주식등변동상황명세서가 착오로 작성·제출된 것이고, 쟁점주식 거래는 실제 발생한 사실이 없으며, 이에 따라 이미 수정신고를 통해 주식변동 오류를 정정하였을 뿐만 아니라 매매계약서나 대금지급 내역이 존재하지 않음에도 청구인을 조사대상으로 선정한 것이 위법·부당하다는 취지로 서울지방국세청을 거쳐(2024.9.2.)을 2024.9.20. 국세청 납세자보호위원회에 권리보호심의요청을 각 제기하였고, 2024.10.14. 동 위원회로부터 ‘시정불가’ 결정처분을 받았다.

라. 처분청은 이에 따라 2024.12.16. 청구인에게 2022.4.14. 증여분 증여세 OOO원을 결정·고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.1.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 이 건 증여세 부과처분은 과세요건사실이 부존재하고,「국세기본법」(이하 “국기법”이라 한다) 제14조(실질과세) 및 제16조(근거과세), 같은 법 제21조 (납세의무 성립) 및 제22조(납세의무 확정) 규정에 위배되므로 취소되어야 한다.

(가) 청구인은 부친 B으로부터 2022.4.14.은 물론 쟁점법인 설립일인 2012년 5월부터 2024년 12월 현재까지 주식을 이전받은 사실이 없어 청구인에 대한 증여세 과세요건 사실 자체가 존재하지 아니하는바, 이는 법인설립 이후 2024년 8∼9월까지 쟁점법인의 주주명부상 주식보유현황에 변동이 없다는 내용이 기술된 청구인과 부친 B이 작성한 확인서를 보더라도 알 수 있다.

(나) 조사관서는 청구인과 B 간의 쟁점주식 이전과 관련된 과세요건(주식이전 관련 증빙서류 예시 : 주식매매계약서, 증여계약서, 주식대금지급내역, 주주명부 등록 개서내용, 주식실물 인도 내용 등) 성립 사실에 대해 입증책임을 지고 있음에도 어떠한 근거나 증빙을 제시하지 못하는 등 증여세 과세요건사실의 존재를 입증하지 못하였으므로 이는 국기법 제14조(실질과세), 제16조(근거과세), 제21조 및 제22조(납세의무 성립 및 확정) 규정에 위배되므로 무효이다.

다수 법원 판례(대법원 1981.5.26. 선고 80누521 판결, 대법원 1986.7.22. 선고 86누167 판결, 서울고등법원 2018.12.5. 선고 2015누 60657 판결, 서울고등법원 2012.11.14. 선고 2012누15069 판결 외 다수)에서도 과세요건의 입증책임은 특별한 사정이 없는 한 과세관청에게 있다고 판시한 바 있다.

(다) 과세요건사실을 입증하는 증빙서류에 근거하지 아니하고 허위로 작성된 주식변동상황명세서는 수정신고 또는 사실확인에 의하여 취소처리 되어야 하는 서류이지 과세요건사실의 존재를 입증하는 근거 서류가 아니다.

처분청이 과세근거로 내세웠으나 허위(착오)작성된 것으로 취소 처리된 주식변동상황명세서와 증권거래세 신고서 등은 과세요건사실을 입증하는 증거서류에 의하여 작성되어 신고·납부된 것이 아닌바, 실제 주식이전과 관련된 근거서류 없이 허위로 작성되어 취소처리(수정)된 주식변동상황명세서, 증권거래세 신고서를 이 건 증여세 부과처분의 근거로 삼은 것은 부당하므로 이 건 증여세는 취소되어야 한다.

(라) 청구인은 세무조사 사전통지서를 받은 후에 사실확인서를 첨부하여 처분청에 수정신고를 통하여 정당하게 취소처리(수정) 요청하였고, 처분청은 사실확인서에 의하여 주식변동이 없는 것으로 취소처리(수정)하였으므로 이는 헌법상 실질적 법치주의 및 국기법 제14조 및 제16조, 제21조 및 제22조의 규정에 부합하도록 정당하게 처리된 것이다.

처분청이 취소처리(수정)한 주식변동상황명세서를 조사관서가 부인할 권한이 없음에도 이를 부인하고 이를 과세근거로 삼은 것은 과세요건사실이 없음에도 과세대상으로 본 것이어서 무효에 해당하고, 조사관서가 주식이전 사실을 입증할 수 있는 그 어떠한 증빙도 없이, 정당한 법적 근거도 없이 처분청이 취소처리(수정)한 증빙을 부인한 것은「형법」제123조(직권남용죄) 규정에 해당되어 공무원의 재량권 남용에도 해당한다.

(2) 청구인과 B 간에 쟁점주식의 이전이 없었음에도 OOO내 중도매인 과일조합(이하 “조합”이라 한다) 직원에게 착오로 세무신고를 의뢰하여 쟁점주식이 서류상 이전되게 한 것은 조합 직원의 중도매인관리지침 제6조 제3항 규정(법인으로 전환하는 개인 중도매인은 해당 법인의 지배주주이어야 한다)에 대한 오해와 세무대리인 직원의 업무미숙으로 인해 발생한 것이다.

조합 직원은 중도매인관리지침 제6조 제3항 규정을 잘못 이해하여 대표이사를 변경하면 가족간 변경이든지 제3자간 변경이든지 모두 주식변동 관련 세무신고를 당연히 해줘야 하는 것으로 알고, 2024년 7월까지 가족간 대표이사 변경시 모두(5∼6건) 주식변동신고 의뢰를 관행적으로 계속하여 왔다.

이중 쟁점법인과 (주)C, ㈜D는 2024.7.18 주식변동상황명세서 취소요청 관련 수정신고를 하였다.

조합 중도매인 50명 내외의 세무관리 업무는 조합 실무자 1인과 세무대리인 직원 1인 간에 메일 및 전화 등 업무연락으로만 이루어지는데, 쟁점법인은 조합 중도매인 50명 내외로 구성된 중도매인으로 근무시간(중도매인 영업시간 전날 오후 8시∼다음날 오전 8시, 조합사무실 근무시간 오전 9시∼16시)이나 업무전달 이해·설득 등 모든 문제로 인해 조합과 세무대리인 직원이 1:1로만 업무연락을 하고 하루에도 십 여건의 업무연락을 주고받는 관계이며, 조합 직원을 거치지 않고는 조합원들의 세무업무를 처리할 수 없고, 세무대리인 직원은 업체 사장들하고는 직접 대면한 사실이 전혀 없으며, 조합 직원이 세무대리인에게 세무신고 의뢰를 할 경우 얼마든지 착오로 잘못 세무신고를 의뢰할 가능성이 상시 존재하고, 조합에서 착오로 잘못 세무신고 의뢰를 한 경우에는 이에 대하여 세무대리인은 계속적으로 수정신고 등을 통하여 올바르게 세무신고 하여 왔다.

(3) 청구인이 부친 B의 증권거래세 신고납부 사실과 주식변동상황명세서 제출 사실을 모를 수밖에 없었던 이유는 다음과 같다.

(가) 2022년 4월 하순경 주식이전 신고의뢰를 받은 세무대리인 직원은 법정기한인 2022.6.30.까지 기다렸다가 단독으로 2022.7.26. 허위의 증권거래세 신고를 하였고, 증권거래세 납부서는 청구인의 모친 E이 조합 직원으로부터 전달받아 직접 시중은행에 착오납부 하였는바, 서울특별시에 거주하던 E은 쟁점법인의 자금관리를 맡고 있는 입장이라 납부세액 OOO원이 소액이고 대표자 명의 변경시 당연히 납부해야 하는 세금인 줄 알고 신병치료차 경상남도 거창군에 거주하고 있는 남편(B)과 청구인에게는 알리지 아니하였다.

E의 증권거래세 납부 사실은 남편인 B도 현재까지 모르고 있고, 청구인은 2024년 10월경에야 알게 되었다.

(나) 청구인은 세무대리인 직원이 쟁점법인의 2022사업연도 법인세 신고시 허위의 주식변동상황명세서를 제출한 사실을 알 수 없었고, 조사관서로부터 세무조사 사전통지서를 받기 전까지도 몰랐는바, 2022년 4월 중순경 주식변동 세무신고 의뢰를 받은 세무대리인 직원은 2023년 3월경 쟁점법인 법인세 신고시 부속서류인 주식변동상황명세서를 허위로(착오 의뢰로 인한) 작성하여 첨부서류로 전자신고 하였고, 이러한 사실에 대하여 조합 직원은 물론 세무사에게도 알리지 아니하였으며, 이러한 이유로 청구인과 B, 세무대리인 모두 쟁점법인의 주식변동상황명세서가 허위로 국세청에 제출된 사실을 몰랐던 것이다.

(4) 청구인이 2025.3.24. 우리원에 제출한 항변서의 주요내용은 다음과 같다.

(가) 2024.9.25. 처분청은 쟁점법인의 2022사업연도말 주식변동상황명세서를 취소처리(수정)하였는바, 세무대리인이 청구인과 모친 E의 사실확인서와 취소요청사유가 표시된 공문서를 2024.7.18. 처분청에 제출(수정신고)하자 처분청은 쟁점법인과 ㈜D, ㈜F 등 3개 법인에 대하여 취소처리(수정)를 하였다.

(나) 2024.9.25. 처분청이 주식변동상황명세서를 취소처리(수정)한 후 세무대리인 직원은 당초 2022.7.26. 거창세무서에 B 명의로 착오 신고한 증권거래세 신고납부분도 취소신고(경정청구)를 하였는바, 이는 조사관서가 착오로 신고·납부된 B 명의의 증권거래세를 빌미로 세무조사의 정당성을 주장할 우려가 있기 때문이다.

(다) 쟁점주식의 이전과 관련된 증거가 없음에도 증여로 추정하여 증여세를 부과하는 것은 재량권 남용으로「형법」제123조(직권남용죄) 규정에 저촉된다.

증여추정 규정의 적용은 최우선적으로 쟁점주식이 이전된 사실을 관련 증거를 통하여 입증하고 난 후에야 가능하다 할 것임에도 쟁점주식의 이전 사실 자체가 없는 이 건에 대하여 증여추정 규정을 적용한 것은 국기법 제14조의 실질과세원칙과 제16조의 근거과세원칙에 위배되고, 조사공무원의 재량권 남용으로 납세자에게 의무없는 행위를 하게 한 것은「형법」제123조에 규정하는 직권남용죄에 해당한다.

(라) 과세요건사실에 대한 입증없이 허위나 착오로 작성되어 제출된 주식변동상황명세서와 증권거래세 신고서만으로는 이 건 증여세 부과처분의 근거가 된다고 보기 어렵고, 허위나 착오로 작성되어 제출된 자료는 취소처리(수정)의 대상이거나 경정청구에 의한 환급대상에 불과할 뿐이다.

(마) 세무대리인은 단순히 주식변동상황명세서 수정신고서를 처분청 담당자에게 직접 접수하고자 처분청 법인세과에 방문하였고, 담당자가 부재중이어서 약 30분 정도 대기실에 대기하다가 담당자에게 쟁점법인을 포함한 3개 업체의 주식변동상황명세서 수정신고서를 직접제출하였고, 당시 수정신고 이유와 공문, 당사자의 확인서, 첨부서류 등을 보여주고 설명하였으며, 담당자는 3개 업체의 수정신고서를 직접 접수한 후 접수증을 직접 세무대리인에게 교부하였고, 처리기한에 대한 세무대리인의 문의에 전산실 직원의 업무가 체증되어 처리기한이 약 10일 정도 소요될 것으로 예상된다고 설명하여 주었는바, 조사관서 조사담당자가 답변서에 기술한 “담당자가 세무조사나 과세자료 해명 안내서 등을 받았는지의 사실 여부를 세무대리인에게 문의한 사실”은 일체 없었으므로 답변서상의 조사담당자의 기재내용은 100% 허위사실에 불과하다.

(바) 청구인이 대표이사 변경등기 요청 심부름을 조합 직원에게 직접 하지 않고 모친인 E에게 할 수 밖에 없었던 이유는 청구인은 조합 OOO로서 전날 오후 8시부터 다음날 오전 8시경까지 근무하고, E은 다음 날 오전 8시 이후부터 약 2~3시간 정도 쟁점법인의 잔무처리를 목적으로 근무하는데, 조합 직원이 다음 날 오전 9시부터 16시까지 근무함으로 인해 청구인 입장에서는 부득이 E에게 심부름을 부탁할 수 밖에 없는 실정이었다.

(사) 세무대리인이 소속 직원의 주식변동상황명세서 제출과 증권거래세 신고·납부 사실 등을 알지 못했던 것은 세무대리인은 내부관리자로서 법인세 신고시 소득금액, 손금산입·손금불산입 등 세무조정과 자산구성, 가지급금 결정 등에만 관여를 하였고, 주식변동상황명세서는 법인세 신고서류 총 45장 내외의 법인세 신고 서류 중 1장에 불과한 것으로 직접 챙기지 않는 것이 당시 업무관행이었기 때문이다.

주식의 변동이 없고 주식이전 관련 근거서류가 없음에도 세무대리인 소속 직원이 주식이전 관련 세무신고 의뢰를 잘못 받아 증권거래세 신고를 잘못하고, 주식변동상황명세서 제출도 오류로 하는 것이 당시 세무대리인 사무실의 현실이었다.

(아) 조합 직원 1인이 조합원의 대표이사 변경시 주식이전 신고까지 잘못한 이유는 앞에 언급한 바와 같이 중도매인관리규정 제6조 제3항 규정을 잘못 이해한 것에 기인한다.

세무대리인은 약 3년 전부터 쟁점법인 등에 대한 장부기장을 하였는데, 그간 주식이전 사실이 없었음에도 대표이사 변경시 실제 주식거래 여부와 무관하게 계속적·관행적으로 조합 직원이 세무대리인 직원에게 주식이전 관련 세무신고를 의뢰하여 왔는바, 실제 주식이전 관련 사실이 전혀 없음에도 4∼5개 업체에 대하여는 주식이전 세무신고 의뢰를 형식적으로 계속적·관행적으로 하여 왔다.

(자) 조합 소속 법인의 세무업무 처리에 있어 조합 직원 1인과 세무대리인 직원 1인 간에만 업무처리가 이루어지는 이유는 앞에 언급한 바과 같이 중도매인인 청구인과 E, 조합 직원의 근무시간이 서로 다르고 세무업무의 숙지 및 이해와 소통, 인력난, 인건비 문제 등으로 인해 조합원 50명 내외의 세무신고 대리 관련 의뢰 및 세무 신고 진행이 조합 직원 1인과 세무대리인 직원 1인 간의 업무연락만으로 이루어지는 것이 현실이고, 이 과정에서 착오로 신고하거나 납부한 경우에는 수정신고나 경정청구 등을 통하여 바로 잡을 수 밖에 없다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인의 부친 B은 쟁점주식의 소유권을 이전한 후 2022.4.14.을 주식매매일로 하여 2022.7.26. 증권거래세 신고를 이행하였고, 2022.8.8. 증권거래세를 납부하였으며, 쟁점법인은 쟁점주식 거래를 반영하여 2022사업연도 법인세 신고시 주식변동상황명세서를 제출하였고, 쟁점주식 소유권 변동내역은 2024년 3월 법인세 신고 당시까지 그대로 반영이 되어 있었는바, 쟁점주식의 소유권 이전이 없었다는 청구주장은 타당하지 아니하다.

상증세법 제44조 제1항에 따르면, 배우자 또는 직계존비속에게 양도한 재산은 양도자가 그 재산을 양도한 때에 그 재산의 가액을 배우자 등이 증여받은 것으로 추정하여 이를 배우자 등의 증여재산가액으로 한다고 하고 있고, 같은 조 제3항에서는 배우자 등에게 대가를 지급받고 양도한 사실이 명백히 인정되는 경우 등에는 증여추정 규정을 적용하지 아니한다고 하고 있는바, 이 건에 있어 청구인은 처음부터 주식매매계약서 등을 작성한 사실이 없으므로 매매가 아니라는 주장이나, 그렇다면 이는 앞의 배우자 등에게 양도한 재산의 증여추정 규정이 적용되는 것이므로 납세의무가 성립되지 않는다는 주장은 옳지 않다.

(2) 청구인은 이 건 세무조사 사전통지를 받은 후 약 일주일 뒤에 쟁점법인 사업장 관할인 처분청에 주식등변동상황명세서 수정신고서를 제출한 바 있으나, 이는 세무조사 사전통지를 받고 나서야 한 행위로서 자발적으로 이행하였다고 보기 어렵고, 이 건 세무조사 당시 조사담당자가 처분청 법인세과 담당자에게 주식등변동상황명세서 수정신고서 제출 경위에 대해 확인하였는데, 해당 담당자는 세무대리인이 ‘어떠한 세무조사나 과세자료 해명안내 등을 받은 사실이 없었다’고 진술한 사실을 전해주었다.

(3) 쟁점법인의 발행주식은 시가가 존재하지 아니하므로 보충적평가방법에 따라 평가할 경우 1주당 가치는 OOO원이고, 이를 1,200주로 계산하면 총 양도가액은 OOO원에 이르는바, 만약 이 건 세무조사가 없었다고 가정할 경우 OOO원의 자산수증이익이 있었음에도 이에 따른 증여세 없이 직계비속에게 자산이 이전될 수도 있었다는 점을 고려하면 증여세 부과가 이루어지지 않는 경우 조세형평성 차원에서도 결코 온당하지 아니하다.

더욱이 이 건과 같이 외형상 매매형식을 모두 갖추어 자진신고하였다가 이로 인해 세무조사를 받게 되자 뒤늦게 착오임을 이유로 수정신고서를 받아주게 되는 선례를 남기게 된다면 이는 곧바로 국세행정 수행에 있어 낭비를 초래하게 되고, 국세행정에 대한 신뢰도를 저하시킬 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 쟁점주식을 부친으로부터 무상이전 받은 것으로 보아 이 건 증여세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 상속세 및 증여세법 제4조【증여세 과세대상】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증여재산에 대해서는 이 법에 따라 증여세를 부과한다.

1. 무상으로 이전받은 재산 또는 이익

2. 현저히 낮은 대가를 주고 재산 또는 이익을 이전받음으로써 발생하는 이익이나 현저히 높은 대가를 받고 재산 또는 이익을 이전함으로써 발생하는 이익. 다만, 특수관계인이 아닌 자 간의 거래인 경우에는 거래의 관행상 정당한 사유가 없는 경우로 한정한다.

제44조【배우자 등에게 양도한 재산의 증여 추정】① 배우자 또는 직계존비속(이하 이 조에서 “배우자등”이라 한다)에게 양도한 재산은 양도자가 그 재산을 양도한 때에 그 재산의 가액을 배우자등이 증여받은 것으로 추정하여 이를 배우자등의 증여재산가액으로 한다.

② 특수관계인에게 양도한 재산을 그 특수관계인(이하 이 항 및 제4항에서 “양수자”라 한다)이 양수일부터 3년 이내에 당초 양도자의 배우자등에게 다시 양도한 경우에는 양수자가 그 재산을 양도한 당시의 재산가액을 그 배우자등이 증여받은 것으로 추정하여 이를 배우자등의 증여재산가액으로 한다. 다만, 당초 양도자 및 양수자가 부담한 「소득세법」에 따른 결정세액을 합친 금액이 양수자가 그 재산을 양도한 당시의 재산가액을 당초 그 배우자등이 증여받은 것으로 추정할 경우의 증여세액보다 큰 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 해당 재산이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항과 제2항을 적용하지 아니한다.

5. 배우자 등에게 대가를 받고 양도한 사실이 명백히 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

제21조【납세의무 성립】① 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다.

② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 소득세ㆍ법인세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때를 말한다.

2. 상속세: 상속이 개시되는 때

3. 증여세: 증여에 의하여 재산을 취득하는 때

제22조【납세의무 확정】① 국세는 이 법 및 세법에서 정하는 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

② 다음 각 호의 국세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때에 확정된다. 다만, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정하는 바와 맞지 아니한 경우에는 정부가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정된다.

③ 제2항 각 호 외의 국세는 해당 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 때에 확정된다

(3) 형법 제123조【직권남용죄】공무원이 직권을 남용하여 사람으로 하여금 의무없는 일을 하게 하거나 사람의 권리행사를 방해한 때에는 5년 이하의 징역, 10년 이하의 자격정지 또는 1천만원 이하의 벌금에 처한다.

(4) 중도매(법)인 관리지침(2019.6.13. 지침 제52호 개정) 제6조(자격 기준) ③ 법인으로 전환하는 개인 중도매인은 해당 법인의 지배주주이어야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하여 확인되는 이 사건 주요 경위는 다음과 같다.

(가) 청구인의 부친 B이 소유하던 쟁점주식은 2022.4.14. 1주당 OOO원(액면가액)에 소유권이 이전되었고, 2022.7.26. B 명의로 증권거래세가 신고된 후, 2022.8.8. 납부되었다.

(나) 쟁점법인은 2022사업연도 법인세 신고시 쟁점주식의 소유권 이전과 관련된 사항을 반영하여 아래 ＜표1＞과 같이 2022사업연도말 주식등변동상황명세서를 제출하였다.

＜표1＞ 주식등변동상황명세서 주요 내용

(단위 : 주, %)

연 도

2022년 기초

2022년 중 양도

2022년 기말

성명(사주와의 관계)

주식수

지분율

감소

증가

주식수

지분율

B(부친)

1,200

60.0

1,200

-

-

-

청구인(본인)

800

40.0

-

1,200

2,000

100.0

합 계

2,000

100.0

1,200

1,200

2,000

100.0

(다) 서울지방국세청장(조사3국)은 쟁점법인의 주식 및 지분 거래내역에 대한 분석을 실시하여 비상장주식 저가양수에 따른 이익의 증여 및 주식 양도소득세 무신고 혐의가 있다고 보아 주식변동조사대상자로 선정하였고,「주식변동조사 세무서 위임지침」(국세청 자본거래관리과-OOO, 2024.3.7.)에 따라 2024.6.21. 조사관서에 위임조사를 시달하였다.

(라) 조사관서는 2024.8.5.부터 2024.10.13.까지 쟁점법인의 2022사업연도에 대한 주식변동조사를 실시하면서 조사착수 전인 2024.7.2. 청구인과 부친 B에게 세무조사 사전통지를 하였고, 사전통지 이후인 2024.7.11. 쟁점법인은 2022사업연도 주식변동 착오 신고를 이유로 처분청에 2022사업연도 주식등변동상황수정명세서를 제출하였다.

(마) 조사관서는 쟁점주식 거래의 형식은 매매이나 실제로 매매계약서를 작성하거나 매매대금이 수수된 사실이 없는 것을 근거로 청구인이 쟁점주식을 무상이전 받은 것으로 판단한 후, 상증세법 제4조 제1항 제1호등 규정에 따라 쟁점주식의 증여세 과세가액을 OOO으로 산정하였고, 동 조사내역을 처분청에 자료통보하였다.

(바) 청구인은 위 세무조사 기간 중 쟁점주식의 실제 이전이 없었다는 이유로 서울지방국세청을 거쳐(2024.9.2.)을 2024.9.20. 국세청 납세자보호위원회에 권리보호심의요청을 제기하였고, 2024.10.14. 동 위원회로부터 ‘시정불가’ 결정처분을 받았다.

(사) 처분청은 조사관서의 통보내역을 반영하여 2024.12.16. 청구인에게 2022.4.14. 증여분 증여세 206,776,870원을 결정·고지하였다.

(2)청구인은 쟁점주식의 실제 이전이 없었다고 주장하며 그 증빙으로 청구인과 부친 B의 확인서와 청구인이 쟁점법인의 대표이사로서 작성한 주주명부 변동 관련 확인서, 청구인의 증권거래세 허위신고 및 모친 E의 증권거래세 착오 납부 관련 경위확인서, 주식등변동상황명세서 취소요청 관련 공문 사본, 쟁점법인 등기사항전부증명서 사본(허위로 주식매매일로 신고한 2022.4.14.이 대표이사 변경등기일과 동일자라는 주장관련), 쟁점법인 등 3개 법인의 주식등변동상황명세서 수정신고 제출 관련 접수증 사본, 조사관서 결정결의서 사본(쟁점주식의 이전 관련 근거서류 없이 담당자가 임의로 과세하였다는 사실에 대한 근거 증빙), 정보공개 청구서 사본 등을 제출하였는바, 그 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 청구인과 부친 B이 2024.9.23. 각 작성한 확인서에는 B이 2022.4.14.에 쟁점주식을 청구인에게 양도하거나 증여한 사실이 없고, 현재까지 B 자신이 쟁점주식을 계속 보유하고 있다고 기술하였다.

(나) 청구인이 쟁점법인의 대표이사로서 2024.9.19. 작성한 주주명부 변동 관련 확인서에는 회사설립 당시인 2012.5.3.부터 2024.9.23.까지 청구인이 쟁점법인 발행주식 800주를, 부친 B이 1,200주(쟁점주식)을 계속하여 보유하고 있다고 기술한 것으로 나타난다.

(다) 청구인의 증권거래세 허위신고 및 모친 E의 증권거래세 착오 납부와 관련하여 청구인이 2024.8.28. 작성한 사실확인서에는 쟁점주식의 매매사실이 없음에도 세무대리인의 직원 황00가 세무대리인도 모르는 상황에서 조합 직원의 잘못된 신고의뢰 요청에 대하여 허위로 작성한 주식등변동상황명세서 제출과 착오에 의한 증권거래세 신고·납부를 한 경위 등이 기재되어 있고, 2024.7.11. 처분청에 주식변동이 없는 것으로 주식등변동상황명세서를 수정제출한 내용과 착오납부한 증권거래세에 대한 환급신고를 한 내용 등이 기술되어 있다.

(라) 세무대리인이 처분청에 제출한 주식변동 취소요청 문서에 의하면, 쟁점법인 등 3개 법인이 당초 착오신고한 주식등변동상황명세서 제출사항을 취소요청 하면서, 쟁점주식에 대하여는 2022년도에 주식보유현황의 변동이 없다고 기재하였고, 착오신고 경위는 조합 직원의 법지식 무지 및 세무대리인 직원의 업무미숙에 기인한 것으로 기술하면서 주식변동상황명세서 수정신고서 1부와 청구인과 모친 E의 사실확인서 1부(2024.7.10. 작성), 주식변동 관련 세무신고 착오신고 경위 확인서 1부(세무대리인 및 직원이 2024.7.10. 작성) 등을 첨부하였다.

(마) 쟁점법인 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인의 부친 B이 쟁점주식 매매거래일로 신고한 2022.4.14.에 청구인이 쟁점법인의 대표이사(사내이사)로 등기된 것으로 나타난다.

(바) 쟁점법인 등 3개 법인의 주식등변동상황명세서 수정신고 제출 관련 접수증 사본에는 처분청 담당자가 2024.7.11. 민원명을 주식·출자지분 양도명세서 수집(쟁점법인 2022년, 나머지 법인 2023년)으로 기재하여 접수증을 발급한 것으로 나타난다.

(사) 청구인의 세무대리인이 2025.1.2. 처분청에 접수한 정보공개청구서에는 납세고지서 관련 결정결의서 사본과 결정근거내용, 과세근거서류 사본을 전자우편 등 수령방법으로 요청한 것으로 나타난다.

(아) 청구인이 쟁점주식의 이전과 관련된 근거서류 없이 담당자가 임의로 과세하였다며 그 증빙으로 제시한 증여세결정결의서에는 결의서 요약 및 과세근거 사유에 ‘쟁점법인 자금출처 조사결과 OOO원에 대하여 증여세 무신고 결정(청구인의 부친 B 쟁점주식 무상증여)’으로 기재되어 있다.

(3)청구인은 쟁점주식의 이전과 관련하여 조합 직원의 무지와 세무대리인 직원의 업무미숙 등으로 인해 허위의 주식등변동상황명세서 제출과 증권거래세 착오 신고·납부가 이루어졌다고 주장하며 아래 ＜표2＞와 같이 주요 사건 세부경위를 제시하였다.

＜표2＞ 사건 세부 경위 등

- 쟁점법인 설립 이후부터 2024년 12월까지 청구인과 B 간에 쟁점법인 발행주식에 대한 이전 사실이 전혀 없음

- 조합 중도매인 50명 내외의 세무관리 업무는 조합 실무자 1인과세무대리인 직원 1인간에 메일 전화 등 업무 연락으로만 이루어짐

- 쟁점법인은 OOO 과일조합 중도매인 50명 내외로 구성된 중도매인으로, 근무시간, 업무전달, 이해 설득 등 모든 문제로 인해 조합사무실과 세무대리인 직원이 1:1로만 소통 및 업무연락하고 하루에도 십 여건의 업무연락을 주고 받는 상황이고, 조합사무실 직원을 거치지 않고는 조합원들의 세무업무를 처리할 수 없으며, 세무대리인 직원이 업체 사장들하고 직접 대면한 사실은 전혀 없음

- 청구인은 2022년 4월 초순경 전날 오후 8시부터 당일 오전 8시까지 밤샘 근무 후 오전 8시경 퇴근하면서 오전에 출근한 E(청구인 모친)에게 조합사무실에 가서 쟁점법인 대표이사를 B에서 청구인으로 변경해 줄 것을 의뢰요청하도록 하고 퇴근함

- E은 당일 오전 조합사무실에 쟁점법인 대표이사를 B에서 청구인으로 변경등기 해줄 것을 요청하였고, 조합 직원은 법무사에게 대표이사 변경등기 요청 및 2022년 4월 하순경 대표이사 변경등기 후 등기사항전부증명서를 수령한 후, 늘 해오던 관행대로 세무대리인 직원에게 대표이사 변경등기일에 쟁점주식 이전 관련 세무신고를 하여 줄 것을 요청함

- 2022년 4월 하순경 쟁점주식에 대한 세무신고 의뢰를 받은 세무대리인 직원은 의뢰받은 사실이 늦게 생각나서 증권거래세 신고기한이 지난 2022.7.26. 사실이 아닌 허위의 증권거래세를 신고하였고, 납부세액이 25,800원으로 기재된 허위의 증권거래세 납부서를 조합사무실에 인계하였음

- 조합사무실 직원은 E에게 연락하여 OOO원의 증권거래세 납부서를 전달하였고, E은 은행에 가서 납부해야 하는 이유로 시일을 지체하다가 2022년 8월 초순경 서울특별시 강서구 소재 모 은행에서 직접 납부하였음

- E은 위 증권거래세 납부사실을 청구인과 남편 B에게 알리지 않았는데, 세액이 소액이고 남편 B이 신병 치료차 경상남도 거창군에 거주하였으며, 대표이사가 변경되는 당연히 납부해야되는 세금으로 알았음

- 세무대리인 직원은 쟁점주식 이전과 관련하여 세무신고 의뢰를 받은 사실을 메모하여 기억하고 있다가 업무미숙으로 다음해인 2023년 3월 쟁점법인의 2022사업연도 법인세 (전자)신고시 첨부서류로 허위로 작성한 주식변동상황명세서를 제출함

※ 주식변동상황명세서상 거래일인 2022.4.14은 대표이사 B을 청구인으로 변경등기한 날이고, B은 신병 치료차 경상남도 거창군에 수년간 계속 거주중인 상황이었으며, 2022.4.14.은 평일 목요일로 야간에 OOO업을 영위하면서 서울특별시에 거주하는 청구인과는 쟁점주식 이전과 관련하여 어떠한 행위도 불가능하였음

- 세무대리인 직원은 업무관행상 허위로 작성·제출한 쟁점법인의 주식변동상황명세서와 관련하여 세무대리인은 물론 조합 직원에게도 관행적으로 알리지 않았음

- 2024.7.15. 청구인과 세무대리인은 조사관서로부터 세무조사 사전통지서를 받고난 후에야 허위로 주식이전 관련 세무신고한 사실을 알게 되었음(경상남도 거창군에 계속 거주 중인 B은 내용조차도 파악못하고 있음)

- 2024.7.18. 청구인은 모친 E과 함께 조합 직원에게 대표이사 변경등기 요청만을 하였고, 쟁점주식의 이전과 관련된 어떠한 행위도 하지 않았으며, 관련 세무신고 의뢰를 한 사실이 없다는 확인서를 첨부하여 조합 직원의 착오로 인하여 허위로 신고 의뢰되었던 (주)D (주)F와 함께 쟁점법인의 주식변동상황명세서 취소요청(수정신고)을 하였고, 처분청은 2024.7.25. 당초 허위(착오)로 작성되어 제출된 쟁점법인 등의 주식변동상황 명세서를 취소처리(수정)하였음

- 2024.7.28.경 청구인은 조사관서 담당자에게 실제 주식변동 사실이 없었고, 당초 허위·착오 신고된 부분은 수정된 주식변동상황명세서를 제출하여 처분청이 취소처리하였으므로 조사를 철회하여 줄 것을 요청하였으나 조사관은 조사를 계속 진행하겠다고 하였음

- 청구인은 2024년 8월부터 9월까지 서울지방국세청장과 국세청 납세자권리보호심의위원회에 심의신청서를 제출하여 조사철회를 요구하였으나, 주식변동상황명세서가 사실대로 취소처리되었다 하더라도 세무조사 사전통지서를 수령한 후에 취소처리되었음을 이유로 국세청 납세자권리보호심의위원회에서는 헌법과 법률에 위배되는 불인용 결정을 하였음

-조사관서의 조사내용과 결정서 사본을 통보받은 처분청은2024.12.16. 청구인에게 증여세를 경정·고지함

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 이 건 증여세 부과처분이 과세요건사실에 대한 근거가 부족하고, 국기법 제14조(실질과세) 및 제16조(근거과세), 같은 법 제21조(납세의무 성립) 및 제22조(납세의무 확정) 규정에 위배되므로 취소되어야 한다고 주장하나, 청구인의 부친 B이 소유하던 쟁점주식이 2022.4.14. 1주당 OOO원(액면가액)에 청구인으로 명의이전 되었고, 추후 환급신고한 사실은 있으나 거래직후인 2022.7.26. B 명의로 증권거래세가 신고되고 납부된 점, 쟁점법인이 2022사업연도 법인세 신고시 쟁점주식의 소유권 이전과 관련된 사항을 반영하여 2022사업연도말 주식등변동상황명세서를 제출하였고, 이로 인해 청구인이 쟁점법인의 발행주식 100%를 보유하게 된 것으로 나타나는 점, 조사관서의 쟁점법인에 대한 주식변동조사에서 쟁점주식 거래의 형식은 매매이나 실제로 매매계약서를 작성하거나 매매대금이 수수된 사실이 없는 것을 근거로 청구인이 쟁점주식을 무상이전 받은 것으로 조사된 점, 쟁점법인이 2024.7.11. 2022사업연도 주식변동 착오 신고를 이유로 처분청에 2022사업연도 주식등변동상황수정명세서를 제출한 사실은 있으나, 이는 조사관서가 쟁점법인의 2022사업연도에 대한 주식변동조사 사전통지를 한 이후에 이루어진 것으로 통상적인 상황에서의 합리적인 수정신고로 보기 어려운 점, 국세청 납세자보호위원회에서 청구인이 쟁점주식의 실제 이전이 없었다는 등의 사유로 제기한 권리보호심의요청에 대하여 시정불가 결정처분을 내린 점 등을 고려하면, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.