이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2023.7.4. 서울특별시 양천구 OOO 토지 및 그 지상의 건축물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하고, 쟁점부동산의 취득이 「지방세법」제13조 제2항 본문 단서 및 같은 법 시행령 제26조 제1항 제26호의 세율과 「지방세특례제한법」제52조의 문화·예술 지원을 위한 과세특례(이하 “당초 감면규정”이라 한다) 및 제177조의2의 지방세 감면 특례의 제한 규정을(취득세 85% 감면)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 이후 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 제3자에게 임대한 사실을 확인하고, 쟁점부동산의 취득이 문화예술단체가 문화예술사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하지 아니한다고 보아 「지방세특례제한법」제52조에 따른 감면을 배제하고, 「지방세법」제13조 제2항 본문 및 단서에 따른 중과배제업종을 영위하는 법인에 해당하지 아니한다고 보아 본문에 따른 취득세 중과세율을 적용하여, 2024.3.11. 청구법인에게 기 감면한 취득세 OOO원(가산세 OOO원 포함, 이하 “이 건 취득세”라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.5.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 당초 감면규정을 적용하여 취득세를 감면받았다가 처분청이 이를 부인하고 이 건 취득세를 추징하였으나, 쟁점부동산의 취득은 당초 감면규정이 아니더라도 「지방세특례제한법」제45조 제2항에 따른 장학법인에 대한 감면규정의 적용대상에 해당하므로 위 감면규정을 적용하여 이 건 취득세를 경정하여야 한다.

(2) ‘장학단체’란 법인명 등에 따라 결정되는 것이 아니라 해당 법인 정관의 목적사업, 주된 수행사업, 예산집행상황 등 사실상 사업실적 등에 따라 판단되어야 한다.

처분청은 청구법인이 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인이 아니므로 감면요건을 충족하지 못하였다고 주장하나, 장학단체 등의 범위에 대하여는 지방세법령에서 구체적으로 규정하고 있지 아니하므로 개별적으로 그 법인이나 단체의 정관상 목적사업, 예산 및 사업실적 등을 고려하여 장학단체에 해당하는지의 여부를 판단하되, 장학단체 등의 사업이 부수업무가 되거나 지원업무가 아닌 “주된 사업”이어야 하며, 주된 사업의 판단은 당해 법인이나 단체의 정관상 목적사업과 관련하여 사업실적, 예산의 사용용도 등에 있어 그 비율이 높은 사업을 주된 사업으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1995.5.23. 선고 94누7515 판결, 같은 뜻임).

(3) 청구법인의 설립경위, 청구법인이 하는 주된 사업을 내용을 살펴보더라도 청구법인은 장학사업을 주된 사업으로 하는 법인에 해당한다.

청구법인 대표 a의 부친 b이 2016.8.2. 쟁점부동산을 a에게 유증한 것과 관련한 유언공정증서를 보면, a이 생전에 장학 등 교육, 학술, 과학, 예술 진흥을 목적으로 청구법인을 설립할 것이라고 기재되어 있었고, 청구법인이 설립 당시 제정한 정관, 공익법인 설립허가서상, 법인등기상의 목적사업에 소외계층 대상 미술, 음악 공모전 및 후원사업 등이 포함되어 있었다.

구체적으로 보면, 청구법인이 2023.12.1. 제정한 장학금 지원 규칙에서 재단설립 목적에 맞게 문화예술 분야의 발전과 인재 육성을 목적으로 장학금 지원에 관한 공정성과 투명성, 효율성을 위하여 장학금 지원에 관한 기초 사항을 상세히 규정하고 있었고, 청구법인이 2023.7.19. 부동산을 취득한 이후 사무국 직원 채용, 전화 설치, 홈페이지 개설, 장학금 지급 관련 세무 상담, 타 재단 장학금 지급 규모 및 지원 대상 서치, OOO에 장학금 지급 과정 문의, 장학금 지원 규칙 제정 등 장학금 지급 등 목적사업 추진을 위해 실질적으로 관련 업무를 추진하였으며, 청구법인의 2023년도 수입·지출 내역을 보면, 재단 설립 첫 해로 유증 절차에 따른 세금과공과, 감정평가비용, 건물 보수비용, 직원 급여 등에 수입의 대부분이 지출되어 안정적인 장학금 지출이 어려웠고, 효율적인 장학사업을 수행하기 위해선 장학사업 운영실태 파악, 구체적인 지원 기준 및 규모 마련 등이 선행되어야 하는데 2023.9.1.에 사무국장이 채용되는 등 제반 준비기간이 충분치 않아 실제 장학금 지급은 이루어지지 못했으나, 청구법인의 설립 2년차인 2024년도 수입·지출 내역 현황 및 장학금 지출내역을 보면 청구법인의 운영을 위해 소요된 비용을 제외한 사실상 목적사업 추진을 위한 사업비로 볼 수 있는 목적사업준비금의 88.29%를 장학금으로 지급한 것으로 확인된다.

위와 같은 경위에 비추어 청구법인은 문화예술분야 발전을 위한 장학사업을 주된 사업으로 보는 것이 타당하고, 설립 및 운영비 등을 제외한 대부분의 예산(목적사업준비금)을 장학금으로 사용한 점을 고려하면 청구법인은 「지방세특례제한법」제45조 제2항에 따른 감면대상 장학법인에 해당하는바, 처분청이 청구인의 장학법인으로 볼 수 있다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 「지방세특례제한법」 제45조 제2항에서 규정하는 장학법인에 해당하지 아니하므로 쟁점부동산의 취득은 위 규정에 따른 취득세 감면대상에 해당하지 아니한다.

「지방세특례제한법」 제45조 제2항 본문 및 제2호에서 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 80을 감면한다고 규정하고 있고, 「지방세법 시행령」 제26조 제1항 제26호에서 대도시 중과제외업종 중 하나로 「지방세특례제한법」 제45조에 따른 장학법인이 그 설립 목적을 위하여 수행하는 사업을 규정하고 있다.

청구법인은 법인설립허가증 및 법인등기사항전부증명서상 「민법」제32조 및 「문화체육관광부 및 문화재청 소 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조에 따라 법인설립 허가를 받고 설립된 법인으로, 「지방세특례제한법」제45조 제2항에서 감면대상으로 삼고 있는 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 장학법인에 해당하지 아니한다.

(2) 설령, 「지방세특례제한법」‘장학단체’의 범위에 대하여 그 범위를 명시하고 있지 아니하고, 대법원이 어느 단체가 ‘장학단체’에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 실질적인 활동내역, 예산 집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2018.11.29. 선고 2016두50037 판결 등, 참조)고 판시한 결정에 따라, 청구법인이 실질적으로 장학단체에 해당하는지 여부를 판단한다 하더라도, 청구법인의 정관상 사업 목적 및 법인등기부등본에 ‘문화예술분야 지원사업’ 등으로 기재되어 있을 뿐 장학사업에 대한 내용이 없고, 청구법인의 2023~2024년 사업계획서상 목적사업에 ‘인재양성을 위한 교육’, ‘소외계층 대상 공모전 개최’ 등만이 기재되어 있으나, 공모전을 통해 문화예술분야의 학생들에게 상금을 지급하는 것은 장학금과 실질이 동일하다고 판단하기 어려우며, 2023년 수입·지출 예산서에는 장학금으로 편성된 예산이 없고 그 외 청구법인을 「지방세특례제한법」 제45조 제2항에서 규정한 장학법인으로 볼 만한 증빙이 부족한바, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 「지방세특례제한법」제45조 제2항의 감면규정이「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인에게만 적용할 수 있는지 여부

② 청구법인이 실질적으로 장학사업을 영위하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 문화예술분야 인재 발굴 및 양성 등을 할 목적으로 서울특별시 양천구를 본점소재지로 하여 2023.7.4. 설립된 재단법인으로, 서울특별시장으로부터 「민법」 제32조 및 「문화체육관광부 및 문화재청 소 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」 제4조에 따라 법인설립 허가를 받은 것으로 확인된다.

＜ 청구법인의 법인등기사항정부증명서(일부발췌) ＞

목 적

이 법인은 ‘민법’ 제32조 및 ‘문화체육관광부 및 문화재정 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙’ 제4조의 규정에 따라 설립된 법인으로 인간의 존엄과 가치를 고양하며, 문화예술분야의 인재를 양성하고 응원하며, 소외계층에 대한 후원과 문화예술적 감성을 일깨워 창작 및 성장을 응원할 수 있도록 하는 등, 문화예술분야 발전을 위한 학술연구 및 성장에 기여할 수 있도록 지원함을 설립 목적으로 한다. 위 목적을 달성하기 위하여 다음의 사업을 한다.

1. 문화예술분야 인재 발굴 및 양성과 역량개발 지원사업

1. 소외계층 대상 미술, 음악 공모전 및 후원사업

1. 문화예술 단체, 작가 발굴 및 응원과 문화예술 분야 학술연구 지원사업

1. 기타 법인 소유 부동산의 임대수익을 활용한 목적달성에 필요한 부수사업

(나) 청구법인은 2023.7.4. 쟁점부동산을 청구법인의 대표이사인 a으로부터 출연(부담부증여)받아 취득하였고, 취득세 신고시 「지방세특례제한법」제52조에 따른 문화 예술 감면을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부한 것으로 확인된다.

청구법인은 처분청에 감면신청을 할 당시 처분청 담당자에게 쟁점부동산의 취득이 「지방세특례제한법」제52조에 따른 문화·예술지원을 위한 과세특례 적용대상인지, 같은 법 제45조에 따른 학술연구단체 및 장학재단에 대한 감면 대상인지에 대하여 문의하였고, 문의과정에서 두 감면 모두의 감면신청서를 제출하면서 사용계획서상 종목에 ‘문화예술분야 학술연구지원 및 장학지원’을, 그 사용계획으로 ‘위 물건의 임대수익으로 사업수행’임을 기재하였음에도 처분청 담당자가 2023.7.26. 위 감면신청서 및 첨부자료를 검토한 후 쟁점부동산의 취득이 문화 예술 감면대상에 해당하는 것으로 회신하였다고 주장한다.

＜ 감면여부 문의시 제출자료 및 처분청 담당자 답변(일부발췌) ＞

○○○

(다) 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 문화예술사업에 직접 사용하지 아니하고 제3자에게 임대한 사실을 확인하고 취득 당시부터 감면대상에 해당하지 아니한다고 보아, 2023.11.20. 기 감면받은 취득세 등에 대한 과세예고통지를 하였으며, 서울특별시 지방세심의위원회는 2023.12.5. 청구법인이 신청한 과세전적부심사 청구에 대하여 2024.1.12. ‘불채택’ 결정을 하였고, 이에 따라 처분청은 2024.3.11. 청구법인에게 이 건 취득세를 부과·고지한 것으로 확인된다.

(라) 청구법인은 쟁점부동산의 취득이 「지방세특례제한법」제45조 제2항에 따른 학술단체 및 장학법인에 대한 감면대상에 해당한다고 주장하면서, 아래와 같은 자료를 제출하였다.

1) 청구법인 대표 a의 부친 b은 2016.8.2. 쟁점부동산을 a에게 유증하고, a은 생전에 청구법인을 설립하여 장학 등 교육, 학술, 과학, 예술 진흥을 목적으로 한다는 유언공정증서를 작성하였다.

＜ b의 유언공정증서(일부발췌) ＞

○○○

a은 2023.2.12. b이 사망함에 따라 b의 유언에 따라 쟁점부동산을 상속받는 한편, 2023.7.4. 청구법인을 설립하고 쟁점부동산을 청구법인의 목적사업 수행을 위해 출연하였다.

2) 청구법인의 정관상 사업 목적에는 ‘문화예술분야, 청소년 인재 발굴 및 양성과 역량개발 지원사업’등이 기재되어 있다.

＜ 청구법인의 정관(일부발췌) ＞

제3조(목적) 이 법인은 인간으로서 존엄과 가치를 고양하여 행복한 삶을 추구하기 위하여, 미술, 음악 등, 문화예술체육 분야의 인재를 양성하고, 응원하며, 소외계층에 대한 후원과 소질개발, 문화예술적 감성을 일깨워 창작 및 성장을 응원할 수 있도록 하는 등, 문화예술분야 발전, 성장에 기여 할 수 있도록 지원함을 설립목적으로 한다.

제4조(사업) 법인의 제3조 목적을 달성하기 위하여 다음의 사업을 한다.

문화예술분야, 청소년 인재 발굴 및 양성과 역량개발 지원사업

아동, 청소년대상 미술, 음악 공모전 및 후원사업

문화예술 단체, 작가발굴 및 응원과 소외계층을 위한 문화예술 지원사업

기타 법인 소유부동산의 임대수익을 활용한 목적달성에 필요한 부수사업…

3) 청구법인이 제출한 청구법인의 2023~2024년 사업계획서상 확인되는 세부사업으로서 ‘문화예술분야 인재 발굴 및 양성과 역량개발 지원사업’, ‘소외계층 대상 미술, 음악 공모전 및 후원사업’ 등이 기재되어 있는 것으로 확인된다.

＜ 청구법인의 2023년도 사업계획서(일부발췌) ＞

∥. 세부사업 내용

(제1사업명) 문화예술분야 인재 발굴 및 양성과 역량개발 지원사업

○ 시행시기: 연중 계속사업(법인 설립 이후 상하반기 각 1회이상)

○ 장소: 법인사무소 및 별도의 교육장, 전시장 등

○ 사업내용: 문화예술 유·청소년을 위한 문화예술 교실, 전문가 초빙 역량강화

○ 시행방법

- 온라인을 통한 문화·예술·체육분야에 소질 있는 유·청소년을 위한 설명회 등 실시

- 소질개발을 위한 교육 개설(온, 오프라인 병행)

- 인재양성을 위한 역량 강화 교육 개설(전문가 초빙교육 및 실기를 위한 교육/교육도구 등 무료 사용 가능하도록 준비)

○ 소요예산: 2,000,000원…

(제2사업명) 소외계층 대상 미술, 음악 공모전 및 후원사업

○ 시행시기: 연중 계속사업

- 전시회, 음악회 등 개최: 연간 1회 이상

- 소외계층발굴 지원: 발굴된 자원의 경제적 지원 분기 1회 이상

○ 사업 내용: 미술전, 음악회, 창작예술품 등 전시회 개최, 발굴된 소외 계층 대상자 후원

○ 소요예산: 3,000,000원…

(제3사업명) 문화예술 단체, 작가발굴 및 응원과 문화예술분야 학술연구 지원사업

○ 시행시기: 연중 계속사업

○ 장소: 단체, 연구자 직접 지원

○ 사업 내용: ① 위탁을 통한 문화예술분야 학술연구 과제선정, 연구단체 지원

② 학술연구자 직접 지원

③ 도출된 연구과제의 대국민, 지자체 건의

○ 소요예산: 8,000,000원…

(제4사업명) 기타 법인 소유부동산의 임대수익을 활용한 목적달성에 필요한 부수사업

○ 소요예산: 2,000,000원(예비비)

＜ 청구법인의 2024년도 사업계획서(일부발췌) ＞

∥. 세부사업 내용 …

(제2사업명) 소외계층 대상 공모전 및 후원사업

2. 소외계층 후원사업(총 90,000,000원)

○ 2024년 재학예정자(학사, 석사) 장학금 지원: 6,600,000원(등록금 일부 300만원*22명)

○ 소외계층 연기자 생계 지원금 지원: 2,400,000원(월 100만원*2명)…

4) 청구법인이 제출한 청구법인의 2023~2024년 수입·지출 예산서는 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같고, 목적사업 지출예산이 편성되어 있는 것으로 확인된다.

＜표1＞ 2023년도 수입·지출예산서

(단위 : 천원)

○○○

＜표2＞ 2024년도 수입·지출예산서

(단위 : 천원)

○○○

5) 청구법인은 쟁점부동산이 장학사업에 직접 사용하기 위한 부동산에 해당한다고 주장하면서, 청구법인이 하는 장학사업의 증빙으로서 ‘2024년 상반기 장학금 사업 공고문’을 제출하였고, 공고문상 사업목표에는 ‘연기인을 꿈꾸는 학생들과 연기인의 작품 활동 및 생계 지원을 통해 연기자 개인 및 국가의 문화 발전에 기여하고자 함’이라 기재되어 있다.

＜표3＞ 청구법인의 연기지원금 사업 공고문

○○○

6) 청구법인의 홈페이지상 공지사항에 2023.11.29. ‘A 2024년 연기장학금 지급 사전공고’에 대한 게시물이 등록된 것으로 확인된다.

7) 청구법인은 2023년도 사업계획상 목적사업준비금 OOO원을 설정하였으나, 청구법인이 이미 장학금 모집공고 등의 절차가 종료된 이후 설립되어 2023년도에는 실제 장학금 지금은 이루어지지 못하였으나, 2024년도는 사업계획에 따라 2024.3.7. 등에 장학금 OOO원을 지급한 내역을 제출하였고, 청구법인은 청구법인의 기본운영을 위하여 소요된 비용을 제외한 실질적인 목적사업비 OOO원 중 OOO원(88.29%)을 장학금으로 지급하였다고 주장한다.

＜표4＞ 청구법인의 장학금 지급내역

○○○

8) 청구법인이 제출한 청구법인의 장학사업관련 추진경과는 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 청구법인의 장학사업 추진경과

○○○

9) 청구법인은 쟁점부동산을 취득할 당시부터 임대사업에 사용하고 있었고, 임대차 내역은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 쟁점부동산 임대차 내역

○○○

(마) 행정안전부는 2020.1.15. 「지방세특례제한법」제45조 및 같은 법 시행령 제22조를 개정하였고, 그 개정취지를 장학단체 등 종전의 불명확한 면제범위를 법정 개념 등으로 특정하여 비영리 민간단체의 공익적 활동지원이라는 입법취지를 명확히 함이라고 밝히고 있다.

8

학술단체 등 감면대상 및 추징규정 재설계 (법 §45, 영 §22)

^#56192;^#57009; 개정개요

개정 전

개정 후

□ 공익장학법인 임대용 부동산

□ 공익장학법인 감면대상 재설계

＜ 신 설 ＞ ※ 제1항에서 이관

○ 장학사업 직접사용 부동산

- 취, 재(도시지역분 제외) 100%

○ 장학금 재원용 임대 부동산

- 취, 재(도시지역분 포함), 지자 80%

○ (개정 전과 같음)

- 취, 재(도시지역분 제외) 80%

※ 취득 후 3년 이내 미사용 또는 사용 후 2년 내 매각·증여·타용도사용 시 추징

※ 제3항 공통 추징규정 신설에 따라 미사용 유예기간 1년(3년→1년)으로 축소

개정내용

○ 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체의 고유업무 직접사용 부동산에 대한 면제규정의 적용 대상자 및 범위 등을 재 획정

- 종전의 불명확한 면제 범위를 법정 개념 등으로 특정하여 비영리민간단체의 공익적 활동 지원이라는 입법취지를 명확히 함

- 학술은 과학·기술 분야를 포괄하는 개념으로 그간 그 실체나 경계가 모호하였던 과학기술진흥단체는 학술단체로 재정립*

* 과학기술의 개발·보급 및 학문의 연구와 관련 없는 관리·지원 성격은 배제

구 분

개정 전

개정 후

면제 대상자

정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 「민법」 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체

다음의 어느 하나에 해당하는 학술단체

· 공익법인, 민법상 비영리법인

· 민법 및 상법 외의 법령에 따른 법인

· 비영리단체법상 등록 비영리민간단체

면제 부동산

고유업무에 직접사용

학술연구사업에 직접사용

- 장학단체는 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따른 공익법인으로 지원 대상을 축소하고 장학사업을 면제대상으로 함

구 분

개정 전

개정 후

면제 대상자

공익법인법에 따라 설립된 장학법인

(개정 전과 같음)

면제 부동산

장학금 재원 목적 임대용 부동산

-

(개정 전과 같음)

장학사업에 직접사용 (신설, 기존 1항)

○ 종전의 규정에 따른 장학단체 중 공익법인에 해당하지 않는 장학단체는 개정규정에 따라 면제대상에서 배제됨을 유의

- 「공익법인법」에 따른 장학법인*에 대해서만 장학사업용 부동산 및 장학금 재원 목적 임대용 부동산을 구분하여 감면함

◆ 면제대상인 ‘장학법인’의 판단 기준

1.「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」 제4조에 따라 설립된 공익법인일 것

2. 학생 등의 장학을 목적으로 금전 등을 제공하는 사업을 주된 목적으로 할 것

※ 장학사업이 주된 사업이 아닌 다른 사업의 부대사업인 경우 장학법인으로 보지 아니함

＜ 2020.1.15. 개정세법 해설(일부발췌) ＞

(바) 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」의 소관부처인 법무부가 발행한 ‘2022년 실무자를 위한 비영리·공익법인 관리·감독 업무편람’의 주요 민원사례편에서 공익법인에 대하여 아래와 같이 해석하고 있다.

○ 공익법인 사업의 범위 등 관련(2013.1. 법무부 법무심의관실)

① 검토 배경 :’12. 12. OO시에서 공익법인의 사업 범위 등에 관하여 질의

② 질의 내용

가. 장학사업을 주 내용으로 하는 법인을 공익법인이 아닌 ‘민법에 따른 재단법인으로 설립이 가능한지 여부

나. 공익법인이 기존의 장학사업과 함께 교육사업의 일환인 ‘평생교육사업’을 할 수있는지

③ 검토 개요

가. 장학사업을 주 내용으로 하는 법인을 공익법인이 아닌 민법상 재단법인으로 설립 가능한지 여부 : 가능

○ 통상 ‘공익법인’이라 칭해지는 법인은 공익법인법에 따른 협의의 공익법인과 상속세 및 증여세법에 따른 광의의 공익법인이 있는데, 협의의 공익법인에는 상증법 등에 따른 혜택64)이 부여되는 반면 법에 따른 엄격한 규제가 이루어짐

○ 민법의 적용을 받는 비영리법인으로 설립할지 아니면 공익법인의 설립운영에관한 법률의 적용을 받는 공익법인으로 설립할지 여부는 법인 설립자의 자유라할 것이며, 장학사업을 한다고 하여 반드시 공익법인 법상의 공익법인으로설립하여야 하는 것은 아님

※ 우리 민법 및 공익법인법은 법인 설립에 관하여 허가주의(민법 제32조, 공익법인법 제4조)를 취하고 있으나, 이는 일정조건을 갖춘 경우에만 법인 설립을 허가해 준다는 의미이지, 법인을 설립할 것인지 및 어떤 법인을 설립할 것인지는 설립자의 자유이고 이를 강제할 수는 없음. 공익법인에 대한 혜택을 부여받고자 하는 법인에 대해 엄격한 규제를 하는 것은 당연하나, 비영리 법인이 장학금 지급을 하려 한다는 이유로 법인이 희망하지도 않는규제를 강제하는 것은 타당하다고 보기 어려움

※ 공익법인법 제4조에 따라 주무 관청은 공익법인 설립허가신청을 받으면 관계 사실을 조사하여 재단법인이 재원의 수입으로 목적사업을 원활히 수행할 수 있다고 인정되는 경우에만 설립허가를 하도록 되어 있고, 이에 따라 서울시교육청의 경우 일정 금액 이상의 기본재산(사단법인 3억, 재단법인 5억)이 존재하는 경우에만 공익법인 설립허가를 해 주고 있는데,66) 장학금 지급 사업 법인은 공익법인으로만 설립허가 할 수 있다면, 일정 재산 이하 장학 법인은 공익법인 허가가 되지 아니하나 장학사업을 목적으로 하므로 민법상 비영리 법인으로도 설립허가 할 수 없다는 결론에 이를 우려가 있음

※ 또한 공익법인은 그 수익사업의 수혜자를 제한할 수 없는데(공익법인법 시행령 제6조), 출생지·출신학교·직업·근무처 기타 사회적 지위나 당해 법인과의 특수관계 등에 따라 장학금 지급을 하려는 법인의 경우 그 취지를 존중하여 일반 비영리 법인으로 설립허가할 것이지, 공익법인으로 설립허가 하고 공익법인법에 따라 수혜자 제한을 금지하는 것은 타당하다고 보기 어려움

○ 다만, 장학사업을 주 내용으로 하는 법인이 민법상 재단법인으로 설립되더라도,판례가 ‘설립허가 근거법’이 아닌 ‘법인의 사업내용’을 기준으로 공익법인여부를 판단(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010다43580 판결, 대법원 1978. 6. 13. 선고 77도4002 판결 등)하고, 공익법인법 제2조도 ‘공익사업을 목적으로 하는 법인에 적용된다’라고 규정하고 있으므로, 공익법인법에 따라 설립되지 않은 법인도 장학사업 등을 주 목적으로 행할 경우에는 사안에 따라 공익법인법 규정의 적용을 받게 될 수 있음

＜ 법무부의 비영리·공익법인 관리·감독 업무편람 ＞

(사) 기획재정부장관은 「법인세법 시행령」제39조 제1항 제1호 바목 등에 따라 2023.12.29. 국세청장의 추천을 받아 청구법인을 「법인세법」상 공익법인으로 지정·고시(기획재정부 고시 제OOO호, OOO)하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

청구법인은 「지방세특례제한법」제45조 제2항에 따른 장학법인에 대한 감면규정은 법인명 등에 따라 결정되는 것이 아니라 해당 법인 정관의 목적사업, 주된 수행사업, 예산집행상황 등 사실상 사업실적 등에 따라 판단되어야 한다는 의견이나,

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결, 같은 뜻임)할 것으로, 「지방세특례제한법」제45조 제2항 및 그 제2호에서 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용 부동산에 대해서 취득세의 100분의 80을 경감한다고 규정하고 있고, 위 규정에서 장학법인 등에 대한 감면규정의 주체요건인 장학법인을 ‘「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 장학법인’으로 한정하고 있으나, 청구법인은 「민법」제32조 및 「문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조에 따라 설립된 비영리법인으로서 위 규정에 의한 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보이는바, 쟁점부동산의 취득이 「지방세특례제한법」제45조 제2항에 따른 취득세 감면대상에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점①이 기각됨에 따라 심리의 실익이 없어 이를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제45조(학술단체 및 장학법인에 대한 감면) ② 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 장학법인(이하 이 조에서 “장학법인”이라 한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다.

1. 장학법인이 장학사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 장학사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 면제한다.

2. 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 80을, 과세기준일 현재 해당 임대용으로 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 80을 각각 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 따라 취득세를 면제 또는 경감받은 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제 또는 경감된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

3. 취득일부터 3년 이내에 관계 법령에 따라 설립허가가 취소되는 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우

제52조(문화·예술 지원을 위한 과세특례) ① 대통령령으로 정하는 문화예술단체가 문화예술사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 문화예술사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다.

③ 제1항 및 제2항에 따라 취득세를 면제받은 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

3. 취득일부터 3년 이내에 관계 법령에 따라 설립허가가 취소되는 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우

제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「지방세법」에 따라 산출한 취득세의 세액(연부로 부동산을 취득하는 경우 매회 세액을 합산한 것을 말하며, 1년 이내에 동일한 소유자로부터 부동산을 취득하는 경우 또는 1년 이내에 연접한 부동산을 취득하는 경우에는 각각의 부동산에 대하여 산출한 취득세의 세액을 합산한 것을 말한다) 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 취득세: 200만원 이하

나. 재산세: 50만원 이하(「지방세법」 제122조에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다)

2. 제7조부터 제9조까지, 제13조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제44조 제2항, 제50조, 제55조, 제57조의2제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제62조, 제63조제2항·제4항, 제66조, 제73조, 제74조의2 제1항, 제76조 제2항, 제77조제2항, 제82조, 제85조의2 제1항 제4호 및 제92조에 따른 감면

(2) 지방세특례제한법 시행령

제26조(문화예술단체 및 체육단체의 정의 등) ① 법 제52조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 문화예술단체”란 「문화예술진흥법」 제2조 제1항 제1호에 따른 문화예술의 창작·진흥활동 등을 목적으로 하는 법인 또는 단체로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인 또는 단체를 말한다. 다만, 해당 법인 또는 단체가 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관인 경우에는 행정안전부장관이 정하여 고시하는 법인 또는 단체로 한정한다.

1. 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」 제4조에 따라 설립된 공익법인

2. 「민법」 제32조에 따라 설립된 비영리법인

3. 「민법」 및 「상법」 외의 법령에 따라 설립된 법인

4. 「비영리민간단체 지원법」 제4조에 따라 등록된 비영리민간단체

(3) 지방세법

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

(4) 지방세법 시행령

제26조(대도시 법인 중과세의 예외) ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

26. 「지방세특례제한법」제21조 제1항에 따른 청소년단체, 같은 법 제45조에 따른 학술단체·장학법인 및 같은 법 제52조에 따른 문화예술단체·체육단체가 그 설립 목적을 위하여 수행하는 사업

(5) 민법

제32조(비영리법인의 설립과 허가) 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

(6) 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률

제1조(목적) 이 법은 법인의 설립ㆍ운영 등에 관한 「민법」의 규정을 보완하여 법인으로 하여금 그 공익성을 유지하며 건전한 활동을 할 수 있도록 함을 목적으로 한다.

제2조(적용 범위) 이 법은 재단법인이나 사단법인으로서 사회 일반의 이익에 이바지하기 위하여 학자금ㆍ장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술, 자선(慈善)에 관한 사업을 목적으로 하는 법인(이하 “공익법인”이라 한다)에 대하여 적용한다.

(7) 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률 시행령

제2조(정의) ①「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」(이하 “법”이라 한다) 제2조에서 “사회일반의 이익에 공여하기 위하여 학자금ㆍ장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술ㆍ자선에 관한 사업을 목적으로 하는 법인”이라 함은 다음의 사업을 목적으로 하는 법인을 말한다.

1. 학자금ㆍ장학금 기타 명칭에 관계없이 학생등의 장학을 목적으로 금전을 지급하거나 지원하는 사업ㆍ금전에 갈음한 물건ㆍ용역 또는 시설을 설치ㆍ운영 또는 제공하거나 지원하는 사업을 포함한다.

2. 연구비ㆍ연구조성비ㆍ장려금 기타 명칭에 관계없이 학문ㆍ과학기술의 연구ㆍ조사ㆍ개발ㆍ보급을 목적으로 금전을 지급하거나 지원하는 사업ㆍ금전에 갈음한 물건ㆍ용역 또는 시설을 제공하는 사업을 포함한다.

3. 학문 또는 과학기술의 연구ㆍ조사ㆍ개발ㆍ보급을 목적으로 하는 사업 및 이들 사업을 지원하는 도서관ㆍ박물관ㆍ과학관 기타 이와 유사한 시설을 설치ㆍ운영하는 사업

4. 불행ㆍ재해 기타 사정으로 자활할 수 없는 자를 돕기 위한 모든 자선사업

5. 제1호 내지 제4호에 해당하는 사업의 유공자에 대한 시상을 행하는 사업

② 제1항의 법인에는 제1항 각호의 사업과 그 이외의 사업을 함께 수행하는 법인을 포함한다.

(8) 법인세법

제24조(기부금의 손금불산입) ③ 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 및 제5항에 따라 이월된 기부금 중 제1호에 따른 일반기부금은 제2호에 따라 산출한 손금산입한도액 내에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하되, 손금산입한도액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

1. 일반기부금: 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(제2항제1호에 따른 기부금은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)

(9) 법인세법 시행령

제39조(공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등) ①법 제24조제3항제1호에서 “대통령령으로 정하는 기부금”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “공익법인등”이라 한다)에 대하여 해당 공익법인등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정ㆍ고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간(지정받은 기간이 끝난 후 2년 이내에 재지정되는 경우에는 재지정일이 속하는 사업연도의 1월 1일부터 6년간으로 한다. 이하 이 조에서 “지정기간”이라 한다) 지출하는 기부금으로 한정한다.

바. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 “「민법」상 비영리법인”이라 한다), 비영리외국법인, 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 “사회적협동조합”이라 한다), 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조제4항제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 “공공기관”이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인. 이 경우 국세청장은 해당 법인의 신청을 받아 기획재정부장관에게 추천해야 한다.

⑭ 기획재정부장관은 제16항에도 불구하고 종전의 「법인세법 시행령」(대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제36조제1항제1호다목ㆍ라목 또는 아목에 따른 지정기부금단체등이 2021년 1월 1일부터 10월 12일까지 제1항제1호바목 후단에 따른 신청을 하지 않은 경우에도 기획재정부장관이 정하여 고시하는 바에 따라 해당 지정기부금단체등의 추천 신청을 받아 2023년 12월 31일까지 제1항제1호바목에 따른 지정ㆍ고시를 할 수 있다.

(16) 제1항제1호바목에 따른 공익법인등의 신청 및 추천방법, 지정절차, 지정요건의 확인방법 및 제출서류와 지정 취소 절차 등에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.