이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 1995.3.17. 설립되어 서울특별시 영등포구 OOO을 본점소재지로 하여 공기압기기 등 자동화제어기기의 제조업 및 판매업을 영위하고 있는 법인이다. 나. 청구법인은 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에서 차감하는 임금증가액 계산 시 직전 사업연도 퇴직자의 경우 해당 및 직전 사업연도 임금총액에서 제외하여야 한다는 기획재정부 유권해석(법인세제과-349, 2022.8.31., 이하 “1차 유권해석”이라 한다)을 근거로 직전 사업연도 퇴직자의 임금총액 및 상시근로자 수를 제외하는 방식으로 2023.3.10. 2019~2022사업연도 미환류소득에 대한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2023.4.21. 이를 받아들여 청구법인에게 2019∼2022사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 환급.경정감(이하 “1차 경정”이라 한다)하였다. 다. 처분청은 이후 기획재정부 유권해석(법인세제과-488, 2023.9.5., 이하 “2차 유권해석”이라 한다)에 근거하여 2019~2022사업연도 직전 사업연도 퇴직자 수를 포함하여 직전 사업연도 상시근로자 수를 재계산하여 직전 사업연도 대비 당해 사업연도 상시근로자 수가 증가하지 아니한 것으로 보아 상시근로자 수 증가에 따른 가중치를 미적용하여 2024.3.12. 아래 <표1>과 같이 청구법인에게 2019~2022사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정.고지(이하 “이 건 부과처분” 또는 “2차 경정”이라 한다)하였다. <표1> 이 건 법인세 부과내역 (단위 : 원) OOO 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.3. 이의신청을 거쳐, 2024.11.14. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) ‘상시근로자의 해당 사업연도 임금증가금액’ 계산 시 직전 사업연도 퇴직자는 직전 사업연도 상시근로자 수에 포함한다는 2차 유권해석은 미환류소득에 대한 법인세 관련 법령 및 1차 유권해석 등과 일관적이지 않은 해석으로, 직전 사업연도 상시근로자 수 산출시 직전 사업연도 퇴직자를 제외하여 산출하여야 한다. (가) 조특법 제100조의32 제2항에 따르면 기업소득에서 차감하는 임금증가금액이란 대통령령으로 정하는 상시근로자의 해당 사업연도 임금증가금액으로 규정하고 있다. 여기서, 상시근로자란「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자 중 조특법 시행령 제100조의32 제8항에서 열거하는 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 자를 의미한다. 「근로기준법」에 따르면, “근로계약”이란 근로자가 사용자에게 근로를 제공하고 사용자는 이에 대하여 임금을 지급하는 것을 목적으로 체결된 계약을 의미하고, 기간의 정함이 있는 근로계약은 기간의 만료로 종료되며, 기간의 정함이 없는 근로계약은 노사 합의에 의해 종료되는 합의해약 및 당사자 일방의 의사표시등으로 인해 종료되므로, 퇴직자의 경우 ‘근로계약이 종료된 자’로서「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자에 해당하지 아니하므로 퇴직자는「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자가 아니므로 상시근로자의 정의에 부합하지 아니한다. (나) 국세청 유권해석(서면-2020-법인-1553, 2021.4.20., 이하 “국세청 유권해석”이라 한다)에 따르면, 직전 사업연도와 해당 사업연도 중 어느 한 사업연도에 조특법 시행령 제100조의32 제8항에 따른 상시근로자에 해당하지 않는 경우에는 해당 사업연도와 다른 사업연도의 상시근로자 수 및 임금지급액 계산 시 해당 근로자를 제외하여야 하므로 직전 사업연도 퇴직자의 경우 해당 사업연도의 상시근로자에 해당하지 않기 때문에, 직전 사업연도 상시근로자 수에서도 제외하는 것이 타당하다. 또한 '상시 근로자의 해당 사업연도 임금증가금액' 계산 시 직전 사업연도 퇴직자의 경우 해당 사업연도와 직전 사업연도의 임금총액에서 모두 제외하는 것이라는 1차 유권해석 역시 조특법 집행기준 및 국세청 유권해석과 논리적으로 일관되기 위해서는 직전 사업연도 퇴직자의 경우 직전 사업연도 상시근로자 수에서도 제외하는 것이 타당하다. 따라서 법률의 해석에 관한 논리적 일관성을 고려한다면, 처분청이 2차 유권해석만을 근거로 한 이 건 부과처분은 법률과 집행기준, 선행 유권해석을 존중하지 못한 처분으로 취소되어야 마땅하다. (2) 청구법인은 국세청 유권해석과 1차 유권해석을 존중하여 심판청구 대상 사업연도에 대한 경정청구를 처분청으로부터 인용받아 미환류소득에 대한 법인세를 환급받는 등 처분청의 공식적 입장을 확인받은 사실이 있음에도 불구하고, 이에 반하는 이 건 부과처분이 이루어진바,「국세기본법」상 규정된 ‘신의성실의 원칙’에 따라 청구법인의 당초 세무처리는 보호되어야 한다. 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하고(대법원 2009.10.29. 선고 2007두7741 판결 등 참조), 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙(대법원 2013.12.26. 선고 2011두5940 판결)인바, 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 아래 5가지 요건을 모두 만족했을 경우에만 적용이 가능하며, 해당 요건은 다음과 같다. <표2> 신의성실의 적용요건| 구분 | 내용 |
| 요건1 | 과세관청의 선행조치 |
| 요건2 | 신뢰의 보호가치성 |
| 요건3 | 신뢰에 기인한 납세자의 조치(처리보호) |
| 요건4 | 인과관계 |
| 요건5 | 선행조치에 반하는 적법한 처분의 존재 |
| 사례 | 전기 | 당기 | 상시근로자수 증가여부 | ||
| 고용현황 | 상시근로자수 | 고용현황 | 상시근로자수 | ||
| 1 | 1월 입사 | 1 | 퇴사× | 1 | 변동× |
| 2 | 1월 입사 | 1 | 7월퇴사 | 0.5 | 감소 |
| 3 | 7월 입사 | 0.5 | 4월퇴사 | 0.25 | 감소 |
| 4 | 7월 입사 | 0.5 | 10월퇴사 | 0.75 | 증가 |
| 5 | 7월 입사 | 0.5 | 퇴사× | 1 | 증가 |
| 6 | 재직× | 0 | 1월입사 | 0 | 변동× |
| 종전 쟁점규정(2024.2.29. 개정 전) | 개정 쟁점규정(2024.2.29. 개정 후) |
| ⑨…임금증가금액은 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득…의 합계액(이하 이 조에서 “임금지급액”이라 한다)으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액으로 한다. | ⑨…임금증가금액은 해당 사업연도의 매월 말 기준 상시근로자에게 지급한 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득…의 합계액(이하 이 조에서 “임금지급액”이라 한다)으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액으로 한다. |
| 당초 입법예고 | 실제 개정규정 |
| ⑨…상시근로자의 임금증가금액은 직전사업연도와 해당사업연도 각각의 매월 말 기준 상시근로자에 지급한 소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득…의 합계액(이하 이 조에서 “임금지급액”이라 한다)으로서 해당 사업연도의 임금지급액이 직전 사업연도 대비 증가한 금액으로 한다. | ⑨…임금증가금액은 해당 사업연도의 매월 말 기준 상시근로자에게 지급한 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득…의 합계액(이하 이 조에서 “임금지급액”이라 한다)으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액으로 한다. |
| 구 분 | A법인 (입사와 퇴사가 반복되는 법인) | B법인 (고용유지하는 법인) | ||
| 사업연도 | 20×1년 | 20×2년 | 20×1년 | 20×2년 |
| 고용인원 | 100명 | 100명 | 100명 | 100명 |
| 고용변동 가정 | 7월 중 10명 중도퇴사 | 7월 중 10명 신규입사 | 중도퇴사 없음 | 신규입사 없음 |
| 상시근로자 수 | 90명 | 95명 | 100명 | 100명 |
| 가중치 적용 여부 | 가중치 적용 | 가중치 미적용 | ||
| 구 분 | A법인 (입사와 퇴사가 반복되는 법인) | B법인(고용유지하는 법인) | ||
| 사업연도 | 20×1년 | 20×2년 | 20×1년 | 20×2년 |
| 고용인원 | 100명 | 100명 | 100명 | 100명 |
| 고용변동 가정 | 7월 중 10명 중도퇴사 | 7월 중 10명 신규입사 | 중도퇴사 없음 | 신규입사 없음 |
| 상시근로자 수 | 95명 | 95명 | 100명 | 100명 |
| 가중치 적용 여부 | 가중치 미적용 | 가중치 미적용 | ||
| 종전규정 | 개정규정(2024.2.29.) |
|
ㅇ임금증가금액 -직전사업연도 대비 해당 사업연도의 임금* 지급액 증가액 *「소득세법」 상 근로소득
| □상시근로자 수, 임금증가액 산정기준 일원화 ㅇ임금증가금액 산정방식 구체화 -(좌동)
-사업연도별 임금지급액은 매월 말 기준 상시근로자에 지급한 임금의 합계액 |
| ② 직전 사업연도 퇴직자의 반영방법
과세관청의 최근 유권해석에 따르면, 내국법인이 ‘상시근로자의 해당 사업연도 임금증가금액’ 계산 시 직전 사업연도 퇴직자의 경우 해당 사업연도와 직전 사업연도의 임금총액에서 모두 제외하는 것으로 해석하고 있습니다. 단, 이때 직전 사업연도 퇴직자는 직전 사업연도 상시근로자 수에 포함하여야 하는 것으로 해석하고 있습니다.(기재부예규 및 쟁점예규 기재) |
| 직전 3년 평균 초과 임금증가분 = [해당 과세연도 상시근로자의 평균임금 - 직전 과세연도 상시근로자의 평균임금 × (1 + 직전 3년 평균임금 증가율의 평균)] × 직전 과세연도 상시근로자 수 |
| 전체 중소기업의 평균임금증가분을 초과하는 임금증가분 = [해당 과세연도 상시근로자의 평균임금 - 직전 과세연도 상시근로자의 평균임금 × (1 + 전체 중소기업 임금증가율을 고려하여 대통령령으로 정한 비율)] × 직전 과세연도 상시근로자 수 |