이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.4.23. 경상북도 구미시 산동읍 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득(분양)하고,「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교 행위를 목적으로 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 면제받았다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 정당한 사유 없이 취득일로부터 3년 이내에 종교용으로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 자진신고를 안내하였고, 청구법인은 2023.7.7. 기 면제받은 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

다. 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 취득일로부터 3년 이내에 종교용으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하면서, 2023.7.21. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.7.28. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.23. 이의신청을 거쳐, 2024.3.5. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

청구법인은 쟁점토지를 종교 시설을 건축하기 위하여 매입하였으나,다음과 같은 정당한 사유로 인해 3년 내에 쟁점토지를 직접 사용하지 못하였다.

교회신축과 관련하여 건축설계과정과 건축심의절차에서 문제가 없던 용적률과 관련하여 건축허가절차에서 처분청(건축과와 종합허가과)은 공개공지 할애를 이유로 용적률(210.37%) 완화가 가능하다는 입장이었으나, 도시계획과에서는 용적률 완화가 불가능하다는 입장으로 처분청 부서간 견해의 대립이 발생하여 교회 준공 일정이 지연되었다.

청구법인은 전문적인 설계사무소와 감리인을 선정하여 교회신축업무를 진행하였는데, 지구단위계획 지침이 명확하지 않다면 애초에 용적률 설계를 210.17%로 하지 않았을 것이다.

처분청의 의견대로 200%의 용적률 상한이 명확하다면, 건축심의 과정에서 해당 부분이 지적되었을 것이다. 건축심의에서 지적된 경우라면 건축심의사항을 반영하는 절차(지하주차장 슬로프 개선 등)에서 용적률 수정을 병행하면서, 건축인허가의 절차적인 지연이 발생하지 않았을 것이다. 그런데 건축심의 과정에서 처분청은 건축심의에서 용적률에 대하여 어떤 이의도 제기하지 않았으면서, 지금에 와서 200%의 용적률 상한이 명확하다는 모순된 주장을 하고 있다.

청구법인의 용적률 210.17%의 최초 설계안이 하자가 없었음에도 불구하고, 건축인허가 절차에서 지구단위 지침서의 해석상 문제가 발생하여 이를 해결하기 위하여 절차적인 지연만 발생한 것이고, 그로 인한 절차 지연은 약 6개월 이상이다. 2021.10.29. 접수한 건축허가가 2022.4.14.에서야 허가절차가 완료되었고, 건축법에서는 15일 내 건축허가 하도록 규정하고 있는데, 구미시의 행정절차 지연으로 건축허가만 6개월 이상이 지체된 것이다.

청구법인은 레미콘 업체 총파업, 지하 경암 발생, 기상이변으로 비작업일수 증가 등 복합적인 이유로 공사기간이 지체되는 상황 속에서도 공사를 계속적으로 진행하기 위한 진지한 노력을 하였다.

청구법인은 A 내규에 따라 입찰공고·지원업체 발표회·입찰자선정 등의 절차를 통해서 건축설계사무소와 CM/감리사를 선정하였는데, 입찰 내규를 지키기 위해 정당한 노력을 다하였음에도 업체선정에 다소 시간이 지체된 부분은 정당한 사유가 인정되어야 한다.

코로나19라는 특수상황 때문에 건축 준비기간 및 인허가기간이 예측할 수 없이 지체되었고, 청구법인은 이를 단축하기 위하여 총회 강행, 과태료 감수, 비대면 심의 진행 등 진지한 노력을 다 하였으므로 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 유예기간에 종교용으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유를 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점토지를 종교 시설용으로 직접 사용하기 위해 2021.5.27. 최초 건축심의를「구미시 건축 조례」제30조에 따라 완화된 용적률 210.37%을 적용하여 설계하였다.

구미시 확장단지 지구단위에 위치해 있는 쟁점토지는「국토계획법」제54조에 근거하여 지구단위계획에 맞게 용적률 등이 적용되어야 하는데, 쟁점토지는 지구단위계획에 따라 종교시설 용지로서 용적률이 200% 이하로 규정되어 있고, 완화된 규정은 명시되고 있지 않다.

청구법인은 2021.10.29. 건축허가를 접수하였으나 공개공지를 설치(99.83㎡)하여 용적률 완화 문제로 건축설계 과정과 건축심의 절차에서는 문제가 없던 용적률에 대한 법령해석 문제로 경상북도 사전컨설팅 감사 결과 “지구단위계획구역에서 건축물의 용적률을 완화하고자 하는 경우 지구단위계획으로 정하여야 할 것이며, 개별법에 따라 용적률 등의 완화가 가능한 경우에도 그 내용이 지구단위계획에 반영되어야 할 것입니다”라고 2022.2.17. 국토교통부 장관으로부터 유권해석이 내려졌다.

이에 청구법인은 다시 용적률(199.97%)을 축소하여 2022.4.16. 신축허가를 받아서 공사 진행 중에 2023.1.10. 부산지방국토관리청 고시 구미국가산업단지 확장단지 조성사업 실시계획(변경) 승인으로 지구단위계획 시행지침(신설)으로 공개공지 설치에 따른 용적률 완화가 고시되자, 2023.3.31. 다시 당초 설계안대로 설계변경을 신청하여 건축허가 변경을 받고 공사를 진행 중에 있다.

청구법인은 종교 시설을 건축하기 위해 지구단위계획 지침서를 인지하여 사업을 진행하여야 하나, 당초 설계시 완화된 용적률을 적용하여 건축심의위원회를 거쳐 건축허가를 접수하였고, 그 당시 지구단위계획 시행지침에는 공개공지 설치에 따른 용적률 완화 규정이 없었다.

청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 토지 분양계약서에는 “분양토지 건축에 관한 세부사항은 구미확장단지 조성사업 개발계획, 건축법, 해당 지방자치단체의 건축 관련 조례, 지구단위 계획상의 경관계획을 따라야 하고, 이들 중 서로 내용이 다른 경우는 규제가 강화된 쪽을 따라야 하며 건축규제사항을 확인하지 않은 책임은 토지매수자에게 있습니다. 분양공고일이후 법령 또는 해당 지자체 조례 등의 제정ㆍ개정으로 건축 제한사항이 강화될 경우에는 공고일 이후 강화된 법령 또는 조례 등에 따라야 합니다”라고 규정 되어 있다.

공개공지 설치에 대한 용적률 완화에 대한 민원 제기로 2023.1.10. 지구단위계획지침 변경으로 공개공지 설치에 대한 용적률 완화된 사정은 사후에 변경 사항으로 취득 당시에는 용적률 완화에 대한 지구단위계획 지침에 반영되어 있지 않았으므로 해당 사유는 공사가 지연된 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다.

청구법인은 쟁점토지 취득일(2020.4.23.)로부터 8개월이 지난 2020.12.6.부터 교회 신축을 검토하였고, 약 8개월 동안 코로나19로 인하여 교회 공동의회 회집 불가로 의사 결정이 지연되었다고 하나, 비대면 회의 등 코로나19 사정에서 대면 회집을 대체하는 의사 결정 방법이 존재하고, 청구법인이 주장하는 코로나19 등의 상황은 당시에 이루어진 다른 공사 등에 있어서 일반적인 상황으로, 법령상 제한 등에 준하는 외부적 사유로 볼 수 없으므로「지방세특례제한법」제50조 제1항 제2호에 따른 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점토지를 취득하고 취득일로부터 3년 이내에 종교용으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법률 등

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것)

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 구미시 건축 조례(2017.9.29. 경상북도 구미시조례 제1265호로 개정된 것)

제30조(공개공지 등의 확보) ④ 영 제27조의2 제4항에 따라 용적률 등 건축기준은 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 완화하여 적용할 수 있다. 다만, 해당 지역에 적용되는 용적률과 해당 건축물에 적용되는 높이 제한 기준의 1.2배를 초과할 수 없다.

1. 법 제56조에 따른 용적률 : 대지면적을 기준으로 공개공지 등으로 제공한 비율을 해당 지역의 용적률에 가산한 비율 이하

2. 법 제60조에 따른 높이 제한 : 대지면적을 기준으로 공개공지 등으로 제공한 비율을 해당 건축물 높이 제한기준에 가산한 비율 이하

(3) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2020.3.24. 법률 제17091호로 개정된 것)

제52조(지구단위계획의 내용) ③ 지구단위계획구역에서는 제76조부터 제78조까지의 규정과「건축법」제42조ㆍ제43조ㆍ제44조ㆍ제60조 및 제61조,「주차장법」제19조 및 제19조의2를 대통령령으로 정하는 범위에서 지구단위계획으로 정하는 바에 따라 완화하여 적용할 수 있다.

제54조(지구단위계획구역에서의 건축 등) 지구단위계획구역에서 건축물을 건축 또는 용도변경하거나 공작물을 설치하려면 그 지구단위계획에 맞게 하여야 한다. 다만, 지구단위계획이 수립되어 있지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2020.4.23. 쟁점토지를 취득(분양)하고,「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교 행위를 목적으로 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 면제받았다.

＜쟁점토지 분양계약서 일부 내용＞

분양토지 건축에 관한 세부사항은 구미확장단지 조성사업 개발계획, 건축법, 해당 지방자치단체의 건축 관련 조례, 지구단위 계획상의 경관계획을 따라야 하고, 이들 중 서로 내용이 다른 경우는 규제가 강화된 쪽을 따라야 하며 건축규제사항을 확인하지 않은 책임은 토지매수자에게 있습니다. 분양공고일이후 법령 또는 해당 지자체 조례 등의 제정ㆍ개정으로 건축 제한사항이 강화될 경우에는 공고일 이후 강화된 법령 또는 조례 등에 따라야 합니다.

(나) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 정당한 사유 없이 취득일로부터 3년 이내에 종교용으로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 자진신고를 안내하였고, 청구법인은 2023.7.7. 기 면제받은 취득세 등을 신고ㆍ납부하였다.

(다) 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 취득일로부터 3년 이내에 종교용으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하면서, 2023.7.21. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.7.28. 이를 거부하였다.

(라) 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 유예기간내에 종교용으로 사용하기 위하여 아래와 같이 진지한 노력을 다하였다고 주장하고 있다.

추진 일정

주요 진행내용

내용

2020년

04월 23일

신축부지 조기취득

‘21.3/31 취득 일정, 약 11개월 잔금 선납취득(수자원공사 토지 입찰)

06월 18일

지방세 감면신청

취득세 등 OOO원 면제

12월 06일

교회 내 신축추진 Task 추진

12월 20일

건축설계사(4개사) 건축관련 프레젠테이션

2021년

01월 17일

CM 감리사 자료 입수검토

01월 24일

건축설계사/감리사 입찰

02월

14일

교회 신축 이전 전교인 공동의회 실시

사전설명회(원로회/전교인 등 설명회 별도 개최)추진

03월 07일

교회 건축추진 위원회

03월 21일

건축설계사/감리사 계약

B/C　

05월 27일

건축심의(1차) 신청접수

COVID19 비대면 심의 (지하 3층/지상 5층)

07월 05일

구조관련

07월 14일

건축심의완료 1차연기

담당자 출장 및 결재지연

07월 22일

건축심의 1차 결과 접수

지하주차장 슬로프 경사/폭 개선 지적

08월 07일

재설계 결정 지하3층 주차장포기

재설계 추진, 투입재정대비 면적효율 저하

09월 06일

재심의 접수(구미시청)

재심의 접수 지하2층/지상6층(지하1층 필로티 주차장)

09월 08일

재심의 일정독촉 구미시건축과 방문

09월 24일

재심의 완료 결과통지

10월 29일

건축허가 접수(구미시청)

공개공지 할애요구(구미시 건축조례) 설계단계 반영

11월 12일

허가상 보완 요구사항

지상 주차장 좌측 출입구 도로 폭 6m요구 외 3건 보완

12월 23일

건축허가 이슈 발생

용적률 완화 관련 쟁점발생, 부서간 의견 상충

12월 31일

국토부 민원 질의

설계사무소 통한 국토부 질의회신

2022년

01월 07일

국토부 질의회신

구체적인 판단 없음

01월 27일

허가 보류협의/시청방문

구미시청 도시계획과 협의

01월 24일

㈜D 의견회신

용적률 완화 가능취지 회신

01월 25일

수자원공사 질의회신

지구단위계획 시행지침에 대하여 용적률 완화 가능하다는 취지 회신

01월 27일

구미시청 도시계획과 협의

조사자료 근거 협의 진행

02월 02일

구미시청 감사팀 방문

구미시 건축조례와 지구단위 지침서의 허가부서간 해석차이 중재요청

도청에서 시청 사전감사 컨설팅 협의/ 중앙부처 재해석 요청

02월 10일

시청 ＞ 도청 방문 협의

도청에서 시청 사전감사 컨설팅 협의

02월 25일

국토부 회신내용 입수

지구단위계획 반영 조건으로 완화 가능하다는 취지

지구단위 지침서 수정요청

감사팀/건축과 → 수자원공사 본사 지침서 수정요청 작업추진

03월 01일

1차변경 심의접수

용적률 손해 감수하고, 공기단축 위한 조기착수

용적률 완화 미적용(199.97%)

03월 25일

1차변경 심의완료

조건부 의결 2건 접수

3월

25~30일

건축허가 내용보완 요구

조건부 수정: 6층 로비 비막이 면적 축소, 1층 로비 방화재 적용

04월 14일

건축허가 완료

용적률 완화 미적용(199.97%)

04/01 11개 부서 중 5개 부서 미결로 지연

05월 30일

안전관리 예치금 보증서

건축주부담 안전관리 예치금 보증서 가입

06월 10일

보건안전 관리대장 계약

건축주부담 보건안전 관리대장 계약

06월 17일

지구단위 지침서 수정요청

시청 도시계획과 방문 : 지침서 수정작업 추진경과 확인

06월 23일

착공허가 지연상황 발생

안전관련법 강화로 시청검토가 국토부 건축안전원 검토로 변경

07월 09일

신호표지판 이설 및 변겅

출입구 부근 신호표지판 위치변경 및 크기변경 이설

07월 13일

현장 가로수 이설보험

신축현장 가로수 이설 보험처리

07월 22일

착공신고필증 수령

E, B

08월 17일

착공

실착공(CIP 공사) 일자

10월

1~23일

용적률 완화 추진경과 점검

시청 도시계획과 3차, 수자원 대전본사 4차 추진사항 점검요청

10/23 수자원 본사의견 : 지침서 용적율 완화 내용 수정방향

12월 02일

용적률 완화 중간점검

지침서 내용수정은 수자원 준비완료 상태로 결재대기중

건축주용 안전보건 실행 대장 확인용역 계약

12월 12일

건축주용 안전보건 실행대장 확인용역

2023년

01월 10일

용적률 완화 국토부 승인

국토부 최종승인 수자원 지침서 고시내용 입수

01월 25일

2차 변경심의 접수

용적율 완화(210.75%) 지구단위계획에 맞추어 재심의 준비 및 접수

02월 11일

2차 변경심의 완료 접수

03월 31일

변경 허가 접수

05월 24일

변경 허가 완료

2024년

01월 30일

준공예정일(1차)

04월 21일

준공예정일(2차)

06월

준공예정일(3차)

화물연대 파업, 터파기 일정 증가 등으로 준공연기

＜OOO 건축 진행 내역＞

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 취득일로부터 3년 이내에 종교용으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 없다는 의견이나,

「지방세특례제한법」제178조 제1호에서 규정하고 있는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하는 것이므로 납세의무자가 수행하는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 직접 사용하거나 공사에 착공하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바,

교회신축과 관련하여 건축설계과정과 건축심의절차에서 문제가 없던 용적률과 관련하여 건축허가절차에서 처분청(건축과와 종합허가과)은 공개공지 할애를 이유로 용적률(210.37%) 완화가 가능하다는 입장이었으나, 도시계획과에서는 용적률 완화가 불가능하다는 입장으로 처분청 부서간 견해의 대립이 발생하여 교회 준공 일정이 지연된 점, 청구법인은 전문적인 설계사무소와 감리인을 선정하여 교회신축업무를 진행하였는데, 지구단위계획 지침이 명확하지 않다면 애초에 용적률 설계를 210.17%로 하지 않았을 것이고, 처분청의 의견대로 200%의 용적률 상한이 명확하다면, 건축심의 과정에서 해당 부분이 지적되었을 것이나, 건축심의 과정에서 처분청은 건축심의에서 용적률에 대하여 어떤 이의도 제기하지 않은 점, 청구법인의 용적률 210.17%의 최초 설계안이 하자가 없었음에도 불구하고, 건축인허가 절차에서 지구단위 지침서의 해석상 문제가 발생하여 이를 해결하기 위하여 약 6개월 건축허가가 지연된 점, 청구법인은 A 내규에 따라 입찰공고·지원업체 발표회·입찰자선정 등의 절차, 레미콘 업체 총파업, 지하 경암 발생, 기상이변으로 비작업일수 증가 등 복합적인 이유로 공사기간이 지체되는 상황 속에서도 공사를 계속적으로 진행하기 위한 진지한 노력을 다 한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 유예기간내에 종교용으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.