이유
1. 처분개요

가. 처분청은 청구인이 2022.12.26. aaa, bbb으로부터 AAA 주식회사(이하 “이 건 법인”이라 한다)의 주식 OOO주(전체 발행주식의 100%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하여 최초로 과점주주가 됨에 따라 취득세 납세의무가 성립하였으나 취득세 등을 신고.납부하지 아니한 것으로 보아 2024.4.11. 청구인에게 세무조사 결과통지를 한 후, 2024.7.6. 청구인에게 이 건 법인의 장부에 기재되어 있는 취득세 과세대상물건의 가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과.고지하였다.

나. 청구인은 이에 불복하여 2024.8.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 2022사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서 상의 주식 등 변동상황명세서를 근거로 청구인에게 소명요구 및 질문조사 등 특별한 조사 없이 취득세를 부과하였으나, 이는 청구인에 대한 세무조사 개시통지 없이 이루어진 세무조사에 따른 것으로 위법한 세무조사에 근거한 처분이다.

청구인은 처분청으로부터 2024.4.11. 조사결과 통지를 받기 전까지 조사 사실을 전혀 알지 못하여 위의 내용에 대하여 소명할 기회를 박탈당하였고, 처분청으로부터 어떠한 세무조사 사전통지서 또는 세무조사통지서를 수령하지 못한 상태로 조사결과만 통지받았는바, 이는 「지방세기본법」 제83조 제1항에서 규정하는 사전통지 의무를 위반한 것이다.

「지방세기본법」 제83조 제1항 단서에서 증거인멸의 우려가 있는 경우 등에는 사전통지를 생략할 수 있도록 규정하고 있으나, 이 건의 경우 그러한 경우에 해당한다고 볼 수 없고, 사전통지를 생략할 수 있는 경우에 해당한다고 하더라도 「지방세기본법」 제83조 제4항에서 세무조사를 개시할 때 세무조사통지서를 납세자에게 교부하도록 하고 있으나 청구인은 이 역시 수령한 바 없다.

이는 청구인에게 세무조사를 연기해 줄 것을 신청할 수 있는 권리 등을 배제한 것으로서 적법절차의 원칙에 위배되는 것이다.

그리고, 처분청은 제출받은 주식등변동상황명세서의 변동내용의 실질을 확인하지 아니하고 그 결과만 통지하였는바, 이는 관련 법령을 위반하고 세무조사권을 남용한 것이며, 이 건 처분은 위법한 세무조사에 근거한 위법한 처분에 해당한다.

한편, 처분청은 2024.1.15. 이 건 법인에 ‘2024년(2022년 귀속) 과점주주 관련자료 제출요청’ 공문(OOO)을 발송하였고, 위 공문은 볼링장 직원인 ccc가 수령하였으며, 당시 ddd이라는 직원이 이 건 법인의 대표이사인 eee에게 보고하지 않고 처분청에 주식 등 변동상황명세서를 이메일로 회신하였음이 확인된다.

그런데, ddd 팀장은 이 건 법인이 아닌 BBB주식회사에 재직하던 직원이었는바, 이 건 법인과 관계없는 직원이 이 건 법인의 날인도 없이 제출한 주식 등 변동상황명세서에 근거한 이 건 처분은 과세처분의 근거가 되는 자료 수집부터 하자가 있는 것이므로 이 건 처분은 위법한 것이다.

(2) 청구인은 이 건 법인의 과점주주가 아니므로 이 건 취득세 부과처분은 위법하다.

fff은 2020.2.21. 이 건 법인을 설립하여 심판청구일 현재까지 사업을 영위하고 있고, 청구인은 이 건 법인으로부터 급여 등을 전혀 지급받은 바 없는 단순 소액주주이다.

실제로 청구인은 eee 및 ggg와 함께 쟁점주식을 양수한 것이고, 청구인은 aaa로부터 이 건 법인의 주식 OOO주, bbb으로부터 OOO주를 양수하여 이 건 법인의 주식 OOO주(10%)를 양수한 것에 불과하며, 나머지 OOO주는 eee 및 ggg가 양수하였으나, 이 건 법인의 실무자의 실수로 청구인이 쟁점주식을 100% 양수한 것으로 주식 등 변동상황명세서에 기재되었다. 이와 관련하여 aaa와 bbb의 거래사실확인서도 제출하였으며, 2022사업연도 법인세도 수정신고하였다.

처분청은 위의 주장을 입증할 수 있는 이사회 회의록 등의 제출을 요구하였으나, 「상법」 제335조 제1항에서 ‘주식은 타인에게 양도할 수 있다. 다만, 회사는 정관으로 정하는 바에 따라 그 발행하는 주식의 양도에 관하여 이사회의 승인을 받도록 할 수 있다’라고 규정하고 있고, 이 건 법인은 법인 정관상 주식의 양도에 대하여 별도로 규정하는 바가 없어 이사회의 승인 없이 자유롭게 주식을 양도할 수 있다.

따라서 위의 사정 등을 고려하였을 때, 처분청의 이 건 처분은 거래의 실질과 맞지 않는 실질과세의 원칙에 위배된 위법한 처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 단순한 사실관계를 확인하거나 통상적인 수준의 간단한 질문조사에 불과하여 세무조사권이 남용될 우려가 있다고 보기 어렵고 이러한 단순한 사실관계의 확인 등은 세무조사로 보기 어렵다 할 것(조심 2019부3827, 2020.4.10., 같은 뜻임)이며, 과세처분은 과세표준의 존재를 근거로 하는 것이기 때문에 그 적부는 원칙적으로 객관적인 과세요건의 존부에 의해 결정되어야 하는 것이고, 세무조사절차에 어떠한 위법이 있다고 하더라도 그것이 전혀 조사를 결한 경우나 사기나 강박 등의 방법으로 과세처분의 기준이 되는 자료를 수집하는 등 중대한 것이 아닌 한 과세처분의 취소사유로는 되지 않는다 할 것(조심2021지3222, 2022.7.12., 같은 뜻임)이다.

처분청은 비록 「지방세법 시행규칙」 별지 제40호 서식인 ‘지방세 세무조사 사전 통지’에 따르지는 않았으나, 이 건 세무조사 전에 ‘2024년(2022년 귀속) 과점주주 관련자료 제출 요청’이라는 제목으로 조사내용, 제출서류 등을 포함하는 내용을 기재하여 이 건 법인에게 자료 제출을 요청한 것이 확인되고, 이는 처분청에서 지방세의 부과징수를 위해 필요한 자료를 이 건 법인에게 제출하도록 요구한 것에 불과해 보이는 것 등을 종합하여 볼 때, 이 건 세무조사는 「지방세기본법」상 세무조사라기 보다는 지방세공무원의 지방세 부과징수를 위한 과세자료 요청에 해당한다고 보이며, 위의 사정만으로는 이 건 취득세 등 부과처분을 취소할 정도의 중대한 하자가 있다고 보기 어려우므로 이 건 취득세 등 부과처분이 무효가 되거나 당해 처분을 취소하기는 어려운 것으로 판단된다.

그리고, ccc는 이 건 법인 본점 소재지에 위치한 AAA볼링라운지의 직원이므로, ccc에게 송달된 공문은 적법하게 송달의 효력이 발생한 것이고, ddd이 처분청에 제출한 주식 등 변동상황명세서는 국세청에서 제공하는 과점주주정보 연계자료에서도 동일하게 확인되는 내용이므로 ddd이 제출한 자료를 신뢰할 수 없는 자료로 볼 수 없으며, 처분청은 국세청에 신고된 이 건 법인의 과점주주정보 연계자료 및 ddd이 제출한 주식 등 변동상황명세서 등을 신뢰하여 이 건 처분을 한 것이므로 이를 부당하다고 볼 수 없다.

(2) 법인의 주식의 취득이라 함은 주식의 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 소유권이전의 형식에 의한 주식취득의 모든 경우를 포함하는 것이고, 이 경우 과점주주에게 부과되는 취득세는 주식을 취득함으로써 과점주주가 되었다는 과세요건 사실이 존재함으로써 당연히 발생한다(대법원 2004.10.15. 선고 2003두9008 판결, 같은 뜻임) 할 것이며, 주식의 소유사실은 처분청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 된다(대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결 참조) 할 것이다.

청구인은 2022.12.26. 쟁점주식을 기존 주주로부터 취득하여 최초로 과점주주(100%)가 된 것이 확인되고, 청구인은 2024.5.2. 과세전적부심사 청구 시 제출한 수정신고된 주식등변동상황명세서를, 2024.8.2. 심판청구서를 제출하면서 거래사실확인서 및 주식양도양수계약서를 제출하였는데, 주식등변동상황명세서 수정신고는 이 건 세무조사 결과 통보일 이후에 이루어진 것이고, 거래사실확인서 및 주식양도양수계약서 또한 과세전적부심사 청구 시 제출되지 않은 자료로써 이 건 세무조사 결과 통지일 이후 작성되었을 가능성을 배제할 수 없어 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다 할 것인바, 처분청에서 취득세 등을 부과.고지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인에 대한 세무조사 개시 통지 없이 이루어진 세무조사에 따른 이 건 취득세 등의 부과처분은 위법하다는 청구주장의 당부

② 청구인은 이 건 법인의 과점주주에 해당하지 않으므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 위법하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 처분청은 ‘2024년(2022년 귀속) 과점주주 관련자료 제출 요청’ 공문을 2024.1.15. 이 건 법인에 발송하였고, 이 건 법인은 아래 ＜표1＞과 같은 내용의 주식 등 변동상황명세서를 제출하였다.

＜표1＞ 이 건 법인이 처분청에 제출한 주식 등 변동상황명세서 내용

(단위 : 주, %)

○○○

(나) 처분청은 2024.4.11. 청구인에게 ‘2022년 귀속분 과점주주 간주취득세 조사결과 통지(AAA 주식회사)’라는 내용의 통지를 하였고, 위 통지서에는 조사 유형이 과점주주 부분세무조사(2022년 귀속)로, 조사기간은 2024.4.7.로 기재되어 있으며, 처분청이 청구인에게 세무조사 사전통지 등을 한 내역은 확인되지 아니한다.

(다) 청구인은 eee 및 ggg와 함께 쟁점주식을 양수한 것이고, 청구인은 aaa로부터 이 건 법인의 주식 OOO주, bbb으로부터 OOO주를 양수하여 이 건 법인의 주식 OOO주(10%)를 양수한 것에 불과하다는 청구주장과 관련하여 거래 주식수가 OOO주, OOO주로 기재된 주식양도양수계약서, 거래사실 확인서 등을 각 제출하였고, 청구인이 제출한 주식양도양수계약서에는 거래대금을 현금으로 지급하였다고 기재되어 있다.

(라) 이 건 법인의 법인등기부등본에 기재된 임원에 관한 사항은 아래 ＜표2＞와 같고, 청구인은 2023.1.4.～2023.9.6. 기간 동안 이 건 법인의 사내이사로 등기되어 있었음이 확인된다.

＜표2＞ 이 건 법인의 임원에 관한 사항

○○○

(마) 전자공시시스템에 공시된 이 건 법인의 2022년도 감사보고서(2023.4.5.)에는 이 건 법인의 대표이사가 청구인으로 기재되어 있고, 2023년도 감사보고서(2023.3.20.)에는 이 건 법인의 대표이사가 eee로 기재되어 있다.

(바) 청구인은 ddd으로부터 주식 등 변동상황명세서를 제출받은 것은 위법한 세무조사에 해당한다는 청구주장과 관련하여 아래와 같이 증빙을 제출하였다.

1) 청구인은 ddd의 근로소득 원천징수영수증을 제출하였고, 위 원천징수영수증에는 ddd의 근무처가 BBB 주식회사로 기재되어 있다.

2) 청구인은 ddd의 퇴직증명서를 제출하였고, 위 증명서에는 ddd이 2024.9.30. BBB 주식회사에서 퇴직하였다는 내용이 기재되어 있다.

3) 청구인은 eee 명의의 확인서를 제출하였고, 위 확인서에는 eee가 처분청으로부터 어떤 공문도 받아본 사실이 없고, hhh이 이 건 법인의 주식을 100% 취득하였다는 내역은 사실과 다르며, ddd 팀장으로부터 공문과 관련하여 어떠한 보고도 받지 않았다는 내용이 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세기본법」 제2조 제1항 제36호에서 “세무조사”란 지방세의 부과ㆍ징수를 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다고 규정하고 있다.

(나) 청구인은 세무조사 사전통지 없이 이루어진 세무조사는 위법한 것이고, 이 건 법인의 직원이 아닌 사람으로부터 제출받은 자료에 근거하여 한 세무조사도 위법한 것이므로, 이에 기한 이 건 취득세 부과처분 역시 위법하다고 주장한다.

그러나, 비록 처분청이 이 건 부과처분에 앞서 청구인에게 세무조사 결과통지를 한 사실은 있으나, 처분청이 이 건 법인에 과점주주 관련자료 제출 요청을 한 것은 단순한 사실관계를 확인하거나 통상적인 수준의 간단한 질문조사에 불과하고, 이러한 단순한 사실관계의 확인 등은 세무조사로 보기 어려운 점,

주식 등 변동상황명세서는 국세청장으로부터 제공받을 수 있는 자료에 해당하는 것으로 보이는바, 처분청이 이 건 법인의 직원이 아닌 자로부터 주식 등 변동상황명세서를 제출받았다 하더라도 처분청이 ddd으로부터 제출받은 자료만을 근거로 이 건 취득세 부과처분을 하였다고 보기도 어려우므로 이를 취득세 부과처분의 하자라고 하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어,

이 건 취득세 부과처분이 위법한 세무조사에 근거한 위법한 처분에 해당한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」 제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다고 규정하고 있다.

위의 규정에 의한 과점주주에 해당하는지 여부나 그 주식소유비율이 증가되었는지 여부 등을 판단함에 있어 주식의 소유사실 등은 과세관청이 주식등 변동상황명세서 등의 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 외견상 주주로 보이는 경우에도 자신이 주주가 아님을 주장하는 자는 법원의 확정판결이나 이에 준하는 객관적 심리자료 등에 의해 입증하여야만 그 입증책임을 다하였다고 볼 수 있다 할 것이다(조심 2023지3714, 2024.5.20., 같은 뜻임)

(나) 청구인은 실제 취득한 이 건 법인의 주식이 OOO주가 아닌 OOO주에 불과하므로 이 건 처분은 위법하다고 주장한다.

그러나, 주식 등 변동상황명세서에 청구인이 이 건 법인의 주식 OOO주를 모두 취득한 것으로 기재되어 있는 점,

청구인은 거래 주식 수가 OOO주, OOO주로 각 기재된 주식양수도계약서 및 거래사실 확인서를 제출하였으나, 이는 사후에 작성될 수 있는 서류에 해당하고, 청구인이 계약서 등의 공증을 받지도 아니하였는바, 위의 증빙만으로는 청구인이 법원의 확정판결이나 이에 준하는 객관적 심리자료 등에 의해 과점주주가 아님을 입증하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어

청구인은 쟁점주식을 취득하여 최초로 이 건 법인의 과점주주가 되어 취득세 등의 납세의무가 성립하였다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법(2023.12.29. 법률 제19859호로 일부개정된 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

36. “세무조사”란 지방세의 부과ㆍ징수를 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 “장부등”이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.

제83조(세무조사의 통지와 연기신청 등) ① 세무공무원은 지방세에 관한 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(제139조에 따른 납세관리인이 정해져 있는 경우에는 납세관리인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 15일 전까지 조사대상 세목, 조사기간, 조사 사유 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 알려야 한다. 다만, 사전에 알릴 경우 증거인멸 등으로 세무조사의 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 사전통지를 생략할 수 있다.

② 제1항에 따른 통지를 받은 납세자는 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 조사를 받기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지방자치단체의 장에게 조사를 연기해 줄 것을 신청할 수 있다.

(2) 지방세법(2021.12.28. 법률 제18655호로 일부개정된 것)

제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.