이유
1. 처분개요

가. 서울특별시 양천구에 주소를 둔 a(이하 “a”이라 한다)은 2018.2.27. 경기도 남양주시 OOO지구개발 사업시행자인 경기도시공사와 경기도 남양주시 OOO, 이하 “이 건 토지”라 한다)를 유상으로 취득하는 것으로 하는 연부계약(이하 “이 건 연부계약”이라 한다)을 체결하였고, 청구법인은 2018.3.26. a으로부터 이 건 연부계약을 승계하는 것으로 하는 계약(이하 “이 건 계약”이라 한다)을 체결하였다.

나. 청구법인은 2018.3.26. 이 건 계약을 체결하면서 경기도시공사에게 계약보증금(OOO원)을 지급한 후, 같은 날 처분청에 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 제①취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2019.2.27. 이 건 계약에 따른 1차 중도금(OOO원)을 경기도시공사에 지급한 후, 처분청으로부터 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호에 따른「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 “「산집법」”이라 한다) 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자가 사업시설용으로 직접 사용하거나 사업시설용으로 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 100분의 35를 경감받고, 나머지 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

라. 청구법인은 2019.9.18. 이 건 계약에 따른 1차 중도금(OOO원)에 대한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 제②취득세 등”이라 한다)을 수정신고하고, 납부하였다.

마. 청구법인은 2019.7.31. 이 건 계약에 따른 나머지 중도금 및 잔금(OOO원)을 지급한 후, 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 제③취득세 등”이라 하고, 이 건 제①·②취득세 등과 합하여 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

바. 청구법인은 2019.3.29. 처분청으로부터 이 건 토지에 지식산업센터(이하 “이 건 지식산업센터”라 한다) 설립승인을 받았고, 2019.7.31. A 주식회사(이하 “A”라 한다)과 신탁계약을 체결한 후, 2019.8.14. 처분청으로부터 이 건 지식산업센터 설립승인에 대한 변경허가를 받았다.

사. 청구법인은 2023.10.17. 청구법인의 이 건 토지에 대한 이 건 취득세 등이「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호 본문(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 지식산업센터를 설립하는 자가 사업시설용으로 직접 사용하거나 사업시설용으로 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하여 이 건 취득세 등의 일부가 환급되어야 한다는 사유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.2.13. 이를 거부하였다.

아. 청구법인은 이에 불복하여 2024.3.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점규정은 ‘지식산업센터를 설립하는 자’가 부동산을 취득하는 경우를 감면 대상으로 정하고 있고, 처분청이 문제삼는 제1호 단서는 추징규정에 불과하다. 즉, 취득 당시에 대해서는 위 단서의 적용 여지가 없다. 설령 취득 당시를 기준으로도 추징 대상에 해당하지 않아야 한다고 하더라도, 「신탁법」에 의한 신탁은 매각 또는 증여에 해당하지 않으므로 문제가 되지 않는다(조심 2021지5761, 2023.4.24. 같은 뜻임). 특히 「지방세특례제한법」이 2021.12.28. 법률 제18656호로 개정됨에 따라 명확화 입법의 일환으로 ‘신탁’이 ‘직접 사용’의 범위에 포함되는 것이 밝혀졌다. 개정된 「지방세특례제한법」은 매각ㆍ증여에 대해 대통령령으로 정하는 소유권 이전이 제외되는 것으로 정하고(제2조 제1항 제8호의2), 그 위임에 따른 「지방세특례제한법」 제1조의2 제3호 및 「지방세법」 제9조 제3항에 따라 「신탁법」에 따른 신탁은 매각ㆍ증여에 해당하지 않는 것이다.

나.처분청 의견

부동산 신탁에 있어 수탁자 앞으로 소유권이전등기를 마치게 되면 대내외적으로 소유권이 수탁자에게 완전히 이전되고, 위탁자와의 내부관계에 있어서 소유권이 위탁자에게 유보되어 있는 것은 아니라 할 것(대법원 2011.2.10. 선고 2010다84243 판결, 참조)인바, 청구법인의 경우, 이 건 지식산업센터의 설립승인을 받고 건축허가를 받았으나, 그 후 신탁회사인 A에게 이 건 토지 및 그 개발에 관한 권리를 이전하여 2019.8.19. 이 건 건축물의 설립주체가 A으로 변경하였고, A이 이 건 지식산업센터의 착공신고, 입주자 모집공고 등을 한 것에서 볼 때 청구법인은 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호 나목에 따른 감면요건을 충족하지 못한 것으로 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 이 건 토지 취득을 지식산업센터를 설립하려는자가 사업시설용으로 취득한 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) a은 2018.2.27. 경기도 남양주시 OOO지구개발 사업시행자인 경기도시공사와 이 건 토지를 유상으로 취득하는 것으로 하는 이 건 연부계약을 아래와 같이 체결하였다.

○○○

(나) 청구법인은 2018.3.26. a으로부터 이 건 연부계약을 아래와 같이 승계하는 것으로 하는 이 건 계약을 체결하였다.

○○○

(다) 청구법인은 2019.3.28. 처분청으로부터 이 건 토지 지상에 아래와 같이 이 건 지식산업센터 설립승인을 받았다.

○○○

(라) 청구법인은 2019.6.26. 처분청으로부터 이 건 지식산업센터 신축을 위하여 아래와 같이 건축허가를 받았다.

○○○

(마) 경기도시공사사장이 2019.9.3. 발급한 이 건 토지에 대한 정산내역서를 보면 청구법인은 2018.3.26. 계약금(OOO원)을, 2019. 2.27. 1차 중도금(OOO원)을, 2019.7.31. 나머지 중도금 및 잔금(OOO원)을 지급한 것으로 확인된다.

(바) 이 건 토지의 등기부를 보면 2019.7.31. 신탁을 원인으로 하여 2020.5.25. 그 소유권이 A에게 이전된 것으로 확인된다.

(사) A은 2019.8.19. 처분청으로부터 이 건 토지 지상에 아래와 같이 이 건 지식산업센터 신설 변경승인을 받았다.

○○○

(아) A은 2019.8.22. 및 2022.5.4. 처분청으로부터 각 「산집법」제28조의4(지식산업센터의 분양) 및 같은 법 시행규칙 제26조(지식산업센터의 분양 등) 규정에 따라 입주자 모집공고승인을, 「건축법」제22조 등에 따른 사용승인을 받은 것으로 확인된다.

(자) A은 2019.9.30. 이 건 토지 지상에 이 건 지식산업센터를 설립한 후, 처분청에 지식산업센터 설립완료 신고를 하여 아래와 같이 수리된 것으로 확인된다.

○○○

(차) 청구법인은 이 건 토지를 취득하면서 처분청에 이 건 취득세 등을 신고·납부한 현황은 아래와 같다.

○○○

(카) 행정안전부는 2016.12.27. 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항을 개정(법률 제14477호)하면서 감면대상을 “지식산업센터의 설립승인을 받은 자”에서 “지식산업센터를 설립하는 자”로 개정한 후, 지방자치단체에 아래와 같이 개정이유 등을 송부한 것으로 확인된다.

□ 개정이유

○ 지식산업센터 설립승인시 해당 건축물을 신축하기 위한 부동산을 소유하고 있거나, 토지 소유자의 사용승낙을 받아야 함에 따라,

- 지식산업센터 설립승인 절차를 고려, 설립승인을 받기 전 토지를 취득한 경우에도 감면이 가능하도록 개선

□ 개정내용

○ 종전에는 ‘설립승인을 받은 자’가 부동산을 취득한 경우 감면이 가능하였으나, 지식산업센터를 ‘설립하는 자’가 지식산업센터 설립승인 전에 부동산을 취득한 경우에도 취득세.재산세 감면을 받을 수 있도록 개정

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항에서 「산집법」 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2022년 12월 31일까지 지방세를 경감한다고 하면서 그 제1호에서 「산집법」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산과 사업시설용으로 분양 또는 임대하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 하면서 그 나목에서 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우라고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 A에게 신탁하였으므로「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항 제1호 나목에 해당하여 감면대상에 해당하지 않는다는 의견이나, 지방세의 감면 여부는 지방세 납세의무 성립시기를 기준으로 감면요건을 충족하였는지에 따라 판단하여야 하고(조심 2015지1081, 2016.4.12. 등, 같은 뜻임), 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호 본문의 규정은 취득시점의 감면요건 규정이고, 같은 호 단서 및 각목의 규정은 추징규정에 해당하여 청구법인이 이 건 토지를 취득할 당시에는 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호 본문에 해당하는 경우라면 감면대상에 해당한다고 볼 수 있는 점,

행정안전부가 2017년도 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항을 개정하면서 지방자치단체에 통보한 개정내용 등을 보면 “종전에는 ‘설립승인을 받은 자’가 부동산을 취득한 경우에만 감면이 가능하였으나, 지식산업센터를 ‘설립하는 자’가 지식산업센터 설립승인 전에 부동산을 취득한 경우에도 취득세를 감면 받을 수 있다고 한 것”에서 볼 때 지식산업센터 설립승인을 받은 경우에는 지식산업센터를 설립하는 자에 해당한다고 볼 수가 있는바, 청구법인의 경우 이 건 토지를 취득(2019.7.31.)할 당시에는 이미 처분청으로부터 이 건 토지 지상에 지식산업센터를 설립하는 것과 관련하여 승인(2019.3.28.) 및 건축허가(2019.6.26.) 등을 받은 것에서 볼 때 지식산업센터를 설립하는 자에 해당한다(조심 2021지5761, 2023.4.24., 같은 뜻임) 볼 수 있는 점 등에 비추어, 청구법인은 이 건 토지를 취득할 당시 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호 본문에 따른 감면대상에 해당한다고 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법

제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2022년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 그 사업시설용으로 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.

② 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 2022년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 2022년 12월 31일까지 경감한다.