이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2018.3.6. 경상북도 성주군 수류면 OOO 토지상에 종교시설용 건축물 OOO㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)을 신축한 후, 「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따른 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 처분청으로부터 취득세를 면제받았다.

나. 그 후, 처분청은 청구인에 대한 세무조사 등을 통해, 청구인이 쟁점건축물을 사단법인 A에 임대하여 대안학교(이하 “쟁점대안학교”라 한다)로 사용하고 있는 사실을 확인한 후,

2024.3.15. 쟁점건축물에 대하여 기 면제하였던 취득세 OOO원을 부과.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.6.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점건축물을 사단법인 A에게 무상으로 임대하고 있으므로 그 자체로서 수익사업에 사용하지 아니하였음이 입증되었다 할 것이고, 나아가 청구인이 쟁점건축물을 종교 행위에 직접 사용했다고 보는 것이 상당하므로 처분청이 「지방세특례제한법」제50조 제1항 단서에 따라 기 면제하였던 취득세 등을 부과하는 것은 아래와 같은 이유로 부당하다.

(1) 청구인은 쟁점건축물을 사단법인 A에게 무상으로 임대하였고, 나아가 사단법인 A가 운영하는 쟁점대안학교의 방학 기간에는 청구인의 종합수련원으로 사용하고 있으며, 이러한 사실에 대해서는 청구인과 처분청이 상호 인정하고 있다.

(2) 수익사업이란 수익이 발생함을 전제로 하는 것인데, 무상임대는 문언 그대로 무상으로 사용하도록 한 것이어서 일반적인 차임을 전제로 한 임대가 아님은 명백하다 할 것인바,

청구인은 사단법인 A로부터 차임을 받아서 이를 수익으로 한 것이 아니어서 그 자체로 수익사업이 될 수 없고, 무상임대라는 사실의 인정으로서 청구인은 쟁점건축물을 수익사업에 사용하지 아니하였다는 것이 입증되었다 할 것이며,

이러한 무상임대의 사실이 밝혀졌음에도 별도의 법인인 사단법인 A가 쟁점대안학교의 운영과정에서 수업료 등을 받는 등 수익사업을 하고 있다 하더라도 이를 청구인의 수익사업으로 볼 수 없음은 당연하다 할 것이므로 청구인이 별도로 결산서 등을 제출하여 수익사업에 사용하지 않았다는 사실을 입증할 필요는 없다고 보는 것이 타당하다.

(3) 사단법인 A의 대표자 a가 청구인의 대표와 동일인이고, 그렇기에 사단법인 A는 청구인과 밀접한 관련이 있는 법인이며, 사단법인 A의 쟁점대안학교 운영은 종교행위에 직접 사용하는 행위는 아닐지라도 종교단체인 청구인의 뜻을 구현하기 위한 일환의 행위임은 분명하다 할 것이고,

이러한 특성으로 인하여 청구인은 쟁점건축물을 사단법인 A에 무상으로 임대를 주었고, 청구인의 홈페이지를 통하여 관리를 하는 등 청구인과 밀접한 관계를 맺고 있다.

이와 같이 청구인과 사단법인 A의 특수한 관계로 인하여 청구인이 무상임대의 형식으로 쟁점건축물을 임대하였다 하더라도 청구인과의 관계에서 쟁점건축물의 배타적 사용권 및 점유권을 주었다고 볼 수 없고, 청구인은 종합수련원으로 사용하고자 했던 쟁점건축물을 청구인이 계속하여 사용했던 것이며,

종합수련원의 특성상 상시 사용이 아닌 특정 시기를 정하여 사용하는 것이므로 무상임대 형식을 통하여 직접적인 종교행위는 아니지만 종교단체인 청구인의 뜻을 구현하기 위한 대안학교의 운영도 겸하게 된 것이다.

따라서, 청구인은 본질에 있어서 쟁점건축물을 종교행위의 일환인 청구인의 수련원으로서의 용도로 계속 사용하여 왔다 할 것이고, 사단법인 A에게 배타적 사용권을 준 것이 아니므로 청구인을 배제한 다른 용도로 사용하였다고 볼 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세특례제한법」제50조 제1항은 ‘종교행위를 목적으로 하는 사업’에 ‘직접 사용’하는 경우에 취득세 등을 면제하여 준다는 것으로 위 규정은 종교단체의 직접적인 종교활동을 보호하기 위한 규정이지 종교단체가 종교 활동을 위하여 직.간접적으로 영위하는 모든 활동을 보호하려는 규정이 아니므로 이를 확장해석하거나 유추 해석할 수는 없다 할 것이며, 과세대상이 된 부동산이 비과세 혹은 면제대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 증명 책임이 있다(대법원 1996.4.26. 선고 94누12708 판결, 같은 뜻임) 할 것이다.

(2) 「지방세특례제한법」제50조 제1항에서 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산이라 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 종교목적 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하므로 종교단체의 경우 취득세의 비과세 대상이 되는 것은 종교의식, 예배축전, 선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것인바(조심 2009지782, 2010.4.16., 같은 뜻),

청구인은 2018.3.1.부터 쟁점건축물을 쟁점대안학교에 임대하여 초등·중등 과정을 교육하고 있으므로 이는 종교 목적으로 사용된다고 보기 어렵다 할 것인 점, 청구인 홈페이지와 연동된 사이트에서도 대안학교 모집요강 등 장학생 특전과 수업료에 대하여 언급하고 있는 점, 청구인과 쟁점대안학교 사이에 거래가 발생하였다고 하더라도 청구인과 쟁점대안학교는 별개의 사업자이므로 쟁점대안학교가 사용한 쟁점건축물을 청구인이 사용하는 것으로 보기 어려운 점,

“직접 사용”이란 부동산의 소유자가 그 부동산을 해당 용도에 사용하는 것을 말하는 것으로 특별한 사정이 없는 한 “임대”는 “직접 사용”에 해당하지 아니하므로, 비록 청구인이 쟁점대안학교로부터 임대보증금이나 임대료를 받은 사실은 없다고 하더라도 사실상 무상 임대한 것으로 볼 수 있는 점(조심 2021지2612, 2022.8.23., 같은 뜻임),

쟁점대안학교의 방학 기간 중에 청구인이 쟁점건축물을 종합수련원으로 사용한다고 하더라도 이를 종교용으로만 사용된다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어

쟁점건축물은 종교용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우에 해당하여 「지방세특례제한법」제50조 제1항 단서에 따라 추징 대상이 된다 할 것이다.

(3) 또한, 청구인이 사단법인 A가 쟁점대안학교를 직접 설립하여 예산지원 및 관리 감독을 직접 하고 있다 하더라도 사단법인 A는 「민법」에 의하여 설립된 청소년 육성을 위한 법인으로서 감면대상이 되는 종교행위를 목적으로 하는 사업이라고 보기 어려운 점,

청구인이 설립한 사단법인 A는 「민법」제32조에 의하여 청소년 문화, 학술, 상담, 교육 발전, 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 설립된 별개의 독립된 법인이라 할 것인 점(조심 2018지1598, 2019.6.12., 같은 뜻임), 쟁점건축물을 수익사업에 사용하지 아니한다는 것에 대하여 입증책임이 있는 청구인이 결산서, 회계장부 등 구체적인 입증자료를 제시하지 못하고 있는 점, 토지 무상임대 사용확인서, 부동산 무상임대계약서 등에 의하여 인정되는 사실 등에 비추어

설사, 청구인이 쟁점건축물을 무상으로 임대를 주어 수익사업에 사용하지 않았다고 하더라도 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 임대를 주어 다른 용도로 사용된다는 사실이 확인되는 이상 처분청이 「지방세특례제한법」제50조 제1항 내지 제3항에 따라 기 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다(대법원 2022.5.26. 선고 2022두33729 판결, 같은 뜻임).

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

종교단체가 아닌 쟁점대안학교가 사용하고 있는 쟁점건축물을 종교단체가 종교를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 OOO 소속 교회로서 대구광역시 동구 OOO에 주소를 두고 있다.

(나) 청구인은 2018.3.6. 경상북도 성주군 수류면 OOO 토지상에 지하 1층, 지상 6층 규모의 쟁점건축물 OOO㎡(주용도 : 종교시설)를 신축하여 「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따라 처분청으로부터 취득세를 면제받았다.

(다) 쟁점건축물 무상임대차계약서에 의하면, 청구인은 2018.3.2. 쟁점건축물을 사단법인 A에게 아래 ＜표1＞과 같이 무상 임대하고 있는 것으로 나타난다.

＜표1＞ 쟁점건축물 무상임대차 현황

○○○

(라) 사단법인 A(대표 a)의 정관에 의하면, 명칭은 “사단법인 A”이고(제1조), 사무소는 대구광역시 동구 OOO에 두며(제2조), 아래와 같은 사업(제4조)을 하는 것으로 나타난다.

＜ 사단법인 A의 사업(제4조) ＞

1. 대한민국 청소년의 글로벌 역량 강화를 위한 활동지원

2. 청소년 공동체 의식과 책임감 고취를 위한 공동체 활동 및 문화 공연.동아리 활동 지원

3. 청소년 활동 역량 강화를 위한 수련원 시설 운영 및 전문지도사 훈련 지원

4. 취약계층 및 탈북 자녀 또는 학업중단 위기 청소년 종합 멘토링 지원

5. 청소년 및 시민을 위한 기업가 정신함양을 통한 창의적 대안 프로그램 및 진로.직업체험과 사회복지지원

6. 기타 법인의 목적 달성에 필요한 사업

(마) 사단법인 A(대표 a)는 쟁점건축물을 소재지로 하여 2022.10.4. 경상북도교육감으로부터 아래 ＜표2＞와 같이 대안교육기관 등록증(제OOO호)을 교부받은 것으로 나타난다.

＜표2＞ 쟁점대안학교의 대안교육기관 등록증(발췌)

○○○

(바) 쟁점대안학교는 “참된 그리스도인, 참된 애국자, 참된 글로벌 리더가 되자”라는 교육목표로 아래 ＜표3＞과 같은 교육과정을 진행하고 있는 것으로 나타나며, 쟁점대안학교는 전원형 캠퍼스(OOO 제2학교)로 등록되었고, 도시형 캠퍼스는 대구광역시 동구 OOO에 소재하고 있는 것으로 나타난다.

＜표3＞ 쟁점대안학교 교육과정

모집정원

초등1~6학년 / 중등 1~3학년

(각 학년당 12명 정원, 남.녀 공학)

기본교과

경건회, 학년별 QT시간, 성경, 성품, 국어, 영어, 수학, 과학, 원어민 영어, 글쓰기, 독일어, R＆E(Reading＆Education), 검도, 미술, 음악, 체육, 악기(바이올인), 통합(봄-여름-가을-겨울), 안전한 생활

역량교과

로봇과학, 창의체험(요리), 프로이데풀(뮤지컬), 3D모델링, IT

(사) 쟁점대안학교(OOO 아카데미)는 청구인 교회 성도들의 헌금, 십일조 등으로 OOO원이 지원되어 수업료가 책정되며, 장학금은 대안학교 교원 자녀 및 청구인 교회 교역자 자녀는 수업료의 60%, 일반 목회자, 타 교회 선교사 자녀는 수업료의 40% 감면 혜택이 있는 것으로 나타나며, 등록금 및 수업료 환불규정을 보면 등록금 반환사유가 입학일 또는 학기 개시일 다음날 이후에 발생하였을 경우에는 입학금은 반환하지 않으며, 수업료는 아래의 기준에 따라 반환하는 것으로 나타난다.

＜표4＞ 등록금 및 수업료 환불규정(발췌)

① 학기 개시일 30일까지

수업료의 6분의 5 해당액

② 학기 개시일 31일부터 60일까지

수업료의 3분의 2 해당액

③ 학기 개시일 61일부터 90일까지

수업료의 2분의 1 해당액

④ 학기 개시일 91일부터

반환하지 않음

(아) 청구인이 제출한 쟁점대안학교의 학생 1인당 교육비 부담액 수준은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 쟁점대안학교의 학생 1인당 교육비 부담액(발췌)

(단위 : 원)

○○○

(자) 처분청은 2023.8.30. 쟁점건축물에 출장하여 아래 ＜표6＞과 같은 사실을 확인한 것으로 나타난다.

＜표6＞ 처분청의 쟁점건축물 출장복명서(발췌)

○○○

(차) 청구인은 사단법인 OOO아카데미의 재무제표, 계정별원장, 손익계산서 등을 제출하였으나, 청구인의 수입 및 지출 현황을 확인할 수 있는 결산자료 등은 별도로 제출하지 아니하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제50조 제1항에서는 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되, 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하면서 그 제3호에서 “해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우”를 규정하고 있으며, 같은 법 제2조 제1항 제8호에서는 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있는바,

「지방세특례제한법」제50조에서 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산이라 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용 용도가 종교목적 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하므로 종교단체의 경우 취득세와 재산세의 감면 대상이 되는 것은 종교의식, 예배축전, 종교교육 및 선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것이다(조심 2018지822, 2018.11.5. 외 다수, 같은 뜻임).

(나) 살피건대, 「지방세특례제한법」제50조에 의한 고유목적사업에 직접 사용되는지 여부는 간헐적ㆍ일시적 사용이 아닌 연속적ㆍ영구적 사용을 의미하며 부수적인 용도가 아닌 주된 용도가 무엇인지에 따라 판단하는 것이 합리적이라 할 것인바(조심 2011지183, 2012.2.29., 같은 뜻임),

처분청의 출장보고서, 쟁점건축물의 현장 사진, 쟁점대안학교의 수업내용 및 학사일정 등을 종합하여 보면, 청구인은 쟁점건축물 전체를 쟁점대안학교에 무상으로 임대하고 있는 것으로 나타나는 점, 쟁점대안학교는 쟁점건축물을 소재지로 하여 초.중등 각 학년당 12명의 정원으로 기본교과 및 역량교과 등의 과정을 진행하고 있는 사실이 확인되는 점 등에 비추어,

쟁점건축물은 종교용이 아니라 청구인의 종교 목적사업과는 구분되는 비인가학교인 쟁점대안학교의 용도로 사용되고 있다고 보는 것이 타당하다 하겠으므로, 처분청이 이 건 부동산에 대하여 기 면제하였던 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부 개정된 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “수익사업”이란 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 법인세법

제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

(3) 법인세법 시행령

제3조(수익사업의 범위) ① 법 제4조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업

가. 「유아교육법」에 따른 유치원

나. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교

다. 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」에 따라 설립된 외국교육기관(정관 등에 따라 잉여금을 국외 본교로 송금할 수 있거나 실제로 송금하는 경우는 제외한다)

라. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 따라 설립된 비영리법인이 운영하는 국제학교

마. 「평생교육법」 제31조 제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설

(4) 대안교육기관에 관한 법률

(2021.1.12. 법률 제17887호로 제정된 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “대안교육”이란 개인적 특성과 필요에 맞는 다양한 교육내용 및 교육방법을 통하여 개개인의 소질과 적성 개발을 목적으로 하는 학습자 중심의 교육을 말한다.

2. “대안교육기관”이란 「초ㆍ중등교육법」 제4조에 따른 인가를 받지 아니하고 이 법 제5조에 따라 등록하여 대안교육을 실시하는 시설ㆍ법인 또는 단체(이하 “시설등”이라 한다)를 말한다.

제5조(대안교육기관의 설립ㆍ운영의 등록 등) ① 대안교육기관을 설립ㆍ운영하려는 자는 대안교육에 필요한 교사(체육장을 포함한다)와 교지 등 대통령령으로 정하는 시설 및 설비와 다음 각 호의 사항이 기재된 서류를 갖추어 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도ㆍ특별자치도 교육감(이하 “교육감”이라 한다)에게 등록하여야 한다.

1. 목적

2. 명칭

3. 위치

4. 교육목표

5. 학칙

6. 경비와 유지방법

7. 교육과정 운영계획서

8. 교직원 배치계획서

9. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제15조(수업료 등) ① 대안교육기관은 학생으로부터 수업료ㆍ입학금 및 운영지원비(이하 “수업료등”이라 한다)를 받을 수 있다.

② 수업료등의 금액 및 납부에 관하여 필요한 사항은 운영위원회의 심의를 거쳐 대안교육기관의 장이 정한다. 이 경우 운영위원회에서는 전년도 대비 물가상승률, 임금인상률, 대안교육기관 여건 등을 고려하여 적정한 수준의 수업료등을 산정하여야 한다.

③ 대안교육기관의 장은 학생이 수강을 계속할 수 없거나 대안교육기관의 폐쇄 등으로 교육을 계속할 수 없을 경우에는 학생으로부터 받은 수업료등을 반환하는 등 학습자를 보호하기 위하여 필요한 조치를 하여야 한다.(이하 생략)

제16조(회계운용) 대안교육기관의 장은 제14조 제2항 제2호에 따라 운영위원회의 심의를 거친 예산안 및 결산 내역을 해당 대안교육기관이 운영하는 인터넷 홈페이지에 지체 없이 공개하여야 한다.