이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2009.11.1. 설립되어 부동산개발을 주업으로 하는 시행사로, 2015년에 마곡택지개발지구 내 지상 14층.지하 5층 연면적 36,552㎡의 근린생활시설 및 업무시설(오피스텔)을 분양하였고, 2015년 제2기∼2017년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 신고 시 위 건축물 신축과 관련하여 공제대상인 매입세액 합계 OOO원을 착오로 불공제대상으로 신고하는 한편, 해당 사업연도의 법인세 신고 시 손금에 산입하였다.

이후 청구법인은 2018년 5월경 부가가치세에 관한 경정청구를 하여 2018.8.20. 2015년 제2기∼2017년 제2기 과세기간의 부가가치세 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다) 및 환급가산금 합계 OOO원을 환급받는 한편, 쟁점금액을 해당 사업연도별로 손금불산입하여 2015~2017사업연도 법인세를 수정신고.납부하고, 위 환급일이 속하는 사업연도인 2018사업연도에 쟁점금액 및 환급가산금 전액을 익금으로 계상(공사원가에서 차감)하였다.

나. 청구법인은 2024.3.20. 쟁점금액 및 환급가산금의 합계액을 익금불산입하여 2018사업연도 법인세 OOO원을 경정청구하였고, 이에 대하여 처분청은 2024.5.22. 환급가산금만을 익금불산입하여 2018사업연도 법인세 OOO원을 환급통보하는 한편, 쟁점금액의 익금 귀속시기는 환급결정일이 속하는 2018사업연도라는 이유로 쟁점금액에 관한 경정청구를 거부하였으며, 부가가치세 및 법인세의 신고 및 경정청구 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 청구법인의 신고 및 경정청구 내역

세목

구분

시기

귀속

신고내용

부가

가치세

정기

신고

신고기간

2015년 제2기∼

2017년 제2기

공제대상 매입세액(쟁점금액)을 착오로 불공제하여 부가가치세 과다신고

경정

청구

2018.8.20.

2015년 제2기∼

2017년 제2기

쟁점금액을 경정청구하여 환급가산금과 함께 환급받음

법인세

정기

신고

신고기간

2015~2017

사업연도

쟁점금액을 기간별로 손금산입

수정

신고

2018.8.31.

2015~2017

사업연도

쟁점금액을 기간별로 손금불산입하여 수정신고

정기

신고

신고기간

2018사업연도

쟁점금액 및 환급가산금 익금계상하여 법인세 신고

경정

청구

2024.3.20.

2018사업연도

쟁점금액 및 환급가산금 익금불산입하여 법인세 경정청구

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 공제대상인 부가가치세 매입세액(쟁점금액)을 착오로 인하여 불공제하여 부가가치세를 과다신고한 후 경정청구를 통하여 쟁점금액을 환급받는 경우 쟁점금액의 「법인세법」상 익금 또는 손금불산입의 귀속시기는 관련 매입에 관한 채무가 확정된 때가 속하는 사업연도(당초 손금을 과다계상한 사업연도)로 보는 것이 타당한바, 쟁점금액의 귀속시기를 환급결정일이 속하는 2018사업연도로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법하다.

(가) 권리의무확정주의에 따른 쟁점금액의 손익 귀속시기는 쟁점금액에 대한 매입채무가 확정된 사업연도로 보는 것이 타당하다.

「법인세법」제40조에서 익금과 손금의 귀속 사업연도를 권리의무확정주의에 따라 판단하도록 규정하고 있고, 같은 법 제21조 제1호에서 부가가치세 매입세액은 손금불산입하되, 부가가치세가 면제되는 경우 등의 매입세액은 손금산입대상으로 규정하고 있다.

한편 조세심판 결정례(조심 2014중1118, 2014.12.10., 조심 2008서3380, 2009.6.4.)에서 면세 관련 매입세액의 손금 귀속시기는 당해 손금과 관련한 매입채무가 확정된 사업연도로 판단한 바 있다.

쟁점금액이 부가가치세 과세사업과 관련한 매입세액이라는 사실은 본래의 과세기간인 2015~2017년에 이미 확정되었고, 법령에 따라 청구법인이 쟁점금액을 환급받을 권리도 2015~2017년에 확정되었다 할 것이므로, 권리의무확정주의에 따른 쟁점금액의 귀속시기는 쟁점금액에 대한 매입채무가 확정된 2015~2017사업연도로 보는 것이 타당하다.

(나) 청구법인의 2015~2017사업연도에 대한 법인세 수정신고를 통해 당초에 과소신고하였던 법인세를 「법인세법」에 맞게 적법하게 변경하였다.

「국세기본법」제45조에서 과세표준 및 세액이 신고하여야 할 금액보다 과소하게 신고된 경우 수정신고를 할 수 있도록 규정하고 있고, 국세청 유권해석(서면법인 2020-3837, 2020.10.28.)은 과거에 부가가치세 매입세액을 과다하게 손금산입한 것을 알게된 경우 법인세 수정신고를 할 수 있다고 해석하고 있는바, 청구법인이 적법하게 신고한 수정신고가 부당한 조세감소를 목적으로 한 것이 아니며, 법령에서 수정신고를 제한하는 규정이 없다면 청구법인의 수정신고는 정상적인 것으로 보아야 한다.

(2) 청구법인은 2015~2017사업연도 법인세 수정신고를 통해 쟁점금액을 손금불산입하여 그에 관한 법인세를 납부하였으므로, 2018사업연도에 쟁점금액을 재차 익금산입하는 것은 이월익금(이중과세)으로서 익금불산입대상에 해당하므로, 이 건 처분은 위법하다.

(가) 「법인세법」제18조에서 이월익금에 관하여 ‘각 사업연도의 소득으로서 이미 과세된 소득(이 법 및 다른 법률에 의한 비과세소득 또는 면제소득을 포함한다)을 다시 당해 사업연도에 익금에 산입한 금액을 말한다’라고 규정하고 있다.

한편 법인세 수정신고는 「국세기본법」 제22조의2에 따라 과세표준과 세액을 증액하여 확정하는 효력이 있고, 법인세 사무처리규정 제72조에서 법인세 과세표준 수정신고서가 접수된 경우 접수일부터 2개월 이내에 수정신고서의 내용을 검토하고, 수정신고 내용에 오류나 누락이 있는 경우에는 경정하여야 한다고 규정하고 있다.

청구법인은 쟁점금액을 2015~2017사업연도 법인세에 관하여 손금불산입하여 수정신고를 하였고, 처분청은 그 수정신고에 대하여 경정한 사실이 없는바, 청구법인의 수정신고는 확정되었다 할 것이다. 따라서 이미 손금불산입으로 확정된 쟁점금액에 대하여 2018사업연도의 법인세 계산 시 익금산입한 것은 2018사업연도에 중복계상된 이월익금으로서 익금불산입대상으로 보는 것이 타당하다.

(나) 조세심판 결정례(조심 2014서85, 2015.4.1.) 및 국세청 심사 결정례(심사법인 1999-37, 1999.4.9.)에서 종전 사업연도에 이미 과세된 소득을 그 이후 사업연도에 익금산입하는 것은 이월익금으로서 익금불산입 대상이라고 판단한 바 있다.

나. 처분청 의견

(1) 국세청은 당초에 과다납부한 부가가치세(매입세액 불공제→매입세액 공제)를 경정청구에 따라 환급받은 경우 그 환급세액은 당초 거래를 한 사업연도의 각 사업연도 소득금액 계산 시 익금산입(손금불산입)하는 것이 아니라, “환급 결정일이 속하는 사업연도”에 익금산입하는 것으로 해석(사전 2019-법령해석법인-463, 2019.10.29. 등 참조)하고 있는바, 부가가치세의 환급 결정일이 속한 2018사업연도를 쟁점금액의 익금 귀속시기로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 적법하다.

청구법인이 원용한 조세심판 결정례(조심 2008서3380, 2009.6.4., 조심 2014중1118, 2014.12.10.)는 매출세액에서 공제된 부가가치세 매입세액이 추후 면세사업과 관련되어 불공제대상으로 밝혀짐에 따라 추징된 경우 그 추징된 매입세액의 「법인세법」상 손금 귀속시기를 판단한 것으로, 당초 불공제대상으로 신고하였던 부가가치세 매입세액을 추후 환급받은 이 건과는 사실관계가 달라 그 결정내용을 참고할 수 없다.

한편, 조세심판 결정례(조심 2008서3380, 2009.6.4.)는 면세사업 관련 부가가치세 매입세액이 추징된 경우 해당 추징세액의 손금 귀속시기를 매입채무가 확정된 사업연도로 결정된 사례로, 국세청은 해당 결정에 대응하여 법인세법 기본통칙 40-71…24의 제2항 및 제3항을 신설하여 신고납부세목의 경우 경정.고지되는 날이 속하는 사업연도 및 수정신고.납부일이 속하는 사업연도를 손금 귀속시기로 규정한바, 위 심판결정의 내용은 더 이상 유효하지 아니하다.

(2) 청구법인은 2018사업연도에 계상된 쟁점금액에 상당하는 익금이 이월익금에 해당한다고 주장하나, 청구법인은 쟁점금액에 대한 ‘환급결정일’이 속하는 적법한 귀속시기인 2018사업연도에 익금으로 계상한바, 그 신고는 정당하고, 청구법인이 잘못 수정신고한 2015∼2017사업연도의 법인세는 이미 국세부과 제척기간이 만료되어 경정할 수 없다.

청구법인은 조세심판 결정례(조심 2014서85, 2015.4.1.)를 원용하고 있으나, 해당 사건에서 조세심판원은 당초 납세자가 보유한 채권과 관련한 이자수익을 만기 이전에 익금으로 계상한 날이 속하는 사업연도가 적법한 익금 귀속시기라고 전제한 후에 만기에 계상한 익금은 이월익금으로 본 것이므로, 적법한 귀속시기인 2018사업연도에 계상된 익금이 이월익금이라고 주장하는 이 건과는 사실관계가 달라 그 심판결정은 참고할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

면세사업 관련 매입세액으로 보아 종전 사업연도에 손금산입하였던 쟁점금액을 추후에 경정청구를 통해 환급받는 경우, 쟁점금액의 「법인세법」상 익금 귀속시기를 ‘환급 결정일이 속하는 사업연도’로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제22조의2(수정신고의 효력) ① 제22조 제2항 각 호에 따른 국세의 수정신고(과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자의 수정신고로 한정한다)는 당초의 신고에 따라 확정된 과세표준과 세액을 증액하여 확정하는 효력을 가진다.

② 제1항에 따른 국세의 수정신고는 당초 신고에 따라 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

제45조(수정신고) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」 제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다) 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

(2) 법인세법

제18조(평가이익 등의 익금불산입) 다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

2. 각 사업연도의 소득으로 이미 과세된 소득(이 법과 다른 법률에 따라 비과세되거나 면제되는 소득을 포함한다)

4. 국세 또는 지방세의 과오납금(過誤納金)의 환급금에 대한 이자

제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(괄호 생략) 또는 법인지방소득세와 각 세법에 규정된 의무 불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액은 제외한다)

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 부가가치세법

제37조(납부세액 등의 계산) ② 납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조 제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다.

제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료의 내용은 아래와 같다.

(가) 청구법인의 제세 신고.수정신고 및 경정청구 등의 내용은 아래와 같다.

1) 청구법인은 2015년부터 OOO 내에 상업용 건물을 신축.분양하는 부가가치세 과세사업을 영위하면서 그 건물의 신축과 관련하여 발생한 공제대상인 부가가치세 매입세액 중 OOO원(쟁점금액)을 착오로 면세사업과 관련된 것으로 보아 매출세액에서 불공제하여 2015년 제2기∼2017년 제2기 과세기간의 부가가치세를 과다신고.납부하였다(쟁점금액이 부가가치세 공제대상 매입세액이라는 점에 관하여는 청구법인과 처분청 모두 다툼이 없다).

한편, 청구법인은 2015~2017사업연도 법인세 신고 시 쟁점금액을 손금에 산입하여 과세표준을 신고하였다.

2) 청구법인은 2018년 5월에 쟁점금액을 부가가치세 매입세액 공제대상으로 하여 부가가치세의 경정청구를 제기하였고, 2018.8.20. 처분청으로부터 아래 ＜표2＞와 같이 부가가치세 및 환급가산금을 환급받았다.

＜표2＞ 청구법인이 부가가치세 등을 환급받은 내역

ㅇㅇㅇ

3) 청구법인은 쟁점금액 등을 환급받은 직후인 2018.8.31. 쟁점금액을 관련 매입이 발생한 사업연도에 손금불산입하여 2015~2017사업연도 법인세를 수정신고하였다.

4) 청구법인은 2018.8.20. 쟁점금액 등을 수령하면서 쟁점금액은 비용(외주가공비, 세금과공과)의 감소(소득금액 계산상 익금을 계상한 것과 효과가 동일함)로, 환급가산금은 잡이익(익금)으로 각각 계상한 후 별도의 세무조정을 하지 아니하여 쟁점금액 등이 2018사업연도의 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입되었다.

5) 이후 청구법인은 2024.3.20. 쟁점금액 및 환급가산금을 익금불산입하여 2018사업연도 법인세 OOO원을 경정청구하였고, 이에 대하여 처분청은 2024.5.22. 환급가산금만을 익금불산입하여 경정하고, 쟁점금액에 대한 경정청구는 거부하였다.

(나) 관련 규정 및 부가가치세 매입세액에 관한 처리 등에 대한 내용은 아래와 같다.

1) 「부가가치세법」제39조 제1항 제7호에서 면세사업등과 관련한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 「법인세법」제21조에서 부가가치세의 매입세액을 손금불산입 대상으로 열거하면서 부가가치세가 면세되는 경우 등의 세액은 손금불산입 대상에서 제외하도록 규정하였다.

2) 부가가치세 매입세액 등의 회계 및 세무상 처리에 관한 내용을 예시하면 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 부가가치세 매입세액 등의 회계.세무상 처리 예시(매입액 100, 매출액 200을 전제로 함)

ㅇㅇㅇ

가) 부가가치세 매입세액이 매출세액에서 공제되는 경우, 해당 매입세액이 회계상 자산(부가가치세대급금)으로 계상된 후 해당 과세기간의 부가가치세 신고.납부 시 그 자산이 상계되면서 납부할 부가가치세가 줄어들게 되며, 해당 매입세액은 법인의 손익에 영향을 미치지 아니하므로, 법인세 신고 시 그와 관련한 세무조정이 불필요하다.

나) 부가가치세 매입세액이 면세사업과 관련되어 매출세액에서 불공제되는 경우, 그 매입세액은 「부가가치세법」 제39조 제1항 제7호에 따라 매출세액에서 공제되지 아니하고, 매입세액 부담액이 자산의 요건을 충족하지 못하므로, 회계처리 시 자산의 취득원가나 비용(손비)으로 계상하며, 「법인세법」제21조 제1호에서 면세사업과 관련된 매입세액을 손금산입 대상으로 규정하고 있는바, 매입이 발생한 사업연도의 법인세 신고 시에 별도의 세무조정이 필요하지 아니하다.

다) 청구법인의 회계처리 내역을 보면, 쟁점금액이 발생한 각각의 사업연도(2015~2017)에 회계상 손비로 계상하였다가, 이후 당초의 세무처리가 잘못된 사실을 알고, 2015~2017년의 경정청구를 통해 부가가치세를 환급받음과 함께 2015~2017사업연도 매입세액을 손금불산입하는 법인세 수정신고를 한 후 쟁점금액 등을 환급받은 2018사업연도의 장부에 전액을 익금으로 계상하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

처분청은 쟁점금액에 대한 부가가치세 환급결정일이 속하는 사업연도가 쟁점금액의 익금 귀속시기라는 의견이다.

살피건대, 위에서 본 바와 같이 부가가치세가 공제되는 매입세액은 그 금액을 지급하는 시점에서는 현금의 유출이 발생하긴 하나, 그 금액이 자산으로 대체되었다가, 당초 계상했던 자산이 상계되어 소멸하므로, 결과적으로 매입세액의 발생이 법인의 순자산의 감소를 초래하지는 아니한다. 따라서 「법인세법」제21조에서 매입세액이 매출세액에서 공제되지 아니하는 특별한 경우(부가가치세가 면세되는 경우 등)가 아니면, 부가가치세 매입세액을 손금불산입대상으로 규정하고 있다.

한편, 「국세기본법」은 제45조의2 제1항에서 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때는 경정청구를 통해, 제45조에서 과세표준신고서 등에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때에는 과세표준 수정신고를 통해 각각 세법에 맞게 납세의무자가 당초에 신고된 내용을 정정할 수 있는 절차를 마련해 두고 있다.

청구법인 및 처분청 양 측이 인정한 바에 따르면, 쟁점금액은 과세사업과 관련된 것이어서 「부가가치세법」상 매출세액에서 공제되는 매입세액인데, 청구법인이 당초에 쟁점금액이 면세사업과 관련된 것으로 잘못 알아 그에 상응하는 매입세액을 부가가치세 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 과다하게 납부하였다가 경정청구를 통해 당초 신고내용을 바로 잡았다. 그 뿐만 아니라 청구법인은 2015~2017사업연도 법인세 과세표준 수정신고를 통해 쟁점금액 상당액을 손금불산입함으로써 당초에 적게 신고.납부하였던 법인세 과세표준 및 세액을 적법한 금액으로 바로 잡음으로써 부가가치세 및 법인세 모두 각 세법에 부합하는 방법으로 처리하였으며, 결국, 청구법인은 순자산의 감소가 없는 것으로 처리하였어야 할 것을, 착오로 순자산의 감소가 발생한 것처럼 잘못 세무신고를 하였다가 이를 바로잡는 과정에서 쟁점금액을 환급받았는데, 이는 청구법인이 실질적으로 보유하던 조세채권이 다른 자산(현금)으로 대체된 것에 불과하여 달리 순자산의 증가를 발생시키지 아니하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 결국 청구법인의 순자산 증가와 관련이 없는 쟁점금액은 「법인세법」상 익금에 해당하지 아니한다 할 것이므로, 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.