이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 지역주택조합으로서 주택건설사업을 위하여 2021.4.15. 및 2021.4.21. 서울특별시 영등포구 OOO 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 취득하고, 해당 주택을 멸실할 목적임을 전제로 「지방세법 시행령」 제28조의2 제8호에 따라 중과세율(12%)이 아닌 일반세율(1%)을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고 납부하였다.

나. 처분청은 쟁점주택이 취득일로부터 3년이 경과할때까지 「건축물관리법」 제34조에 따른 건축물의 멸실신고가 이루어지지 않았음을 확인하고, 「지방세법」 제13조의2 제1항 제3호에 따라 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 취득세 등을 차감한 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 2024.7.22. 청구법인에게 부과.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 「주택법」상 지역주택조합으로서, 서울특별시 영등포구 OOO필지에 아파트 신축을 계획하고 있다. 이 과정에서 일반건축물(단독주택, 단독상가 등)은 대부분 1인의 단독소유 또는 소수인의 공동소유 형태로 되어 있어, 개별 건물 단위로 소유권을 확보할 수 있으며, 소유자와의 협의 소요 기간은 건별로 상이하나, 일단 소유권이 확보되면 비교적 단기간 내에 멸실절차를 개시할 수 있다.

반면, 쟁점주택이 소재한 집합건축물의 경우, 외형상 단일 건물이지만 각 호가 개별등기되어 있어, 개별 호별로 소유자와 협의하여 소유권을 확보해야 한다. 이 과정은 일반건축물과 유사하나, 집합건축물은 구조적 특성상 일부 호의 소유권만으로는 멸실이 불가능하고, 전체 호의 소유권을 확보한 이후에야 멸실이 가능하다. 특히 지역주택조합이 투입할 수 있는 인원이 제한되어 있는 상황에서, 모든 호의 소유권을 동일한 시점에 확보하는 것은 현실적으로 불가능하다. 또한, 주택건설사업 추진 정보가 외부에 알려진 이후에는 일부 부동산 소유자들이 고가를 요구하며 협의를 지연시키는 등 소유권 확보에 상당한 어려움이 있었다.

이외에도 과거 수년간 코로나19 팬데믹과 급격한 금리 인상 등으로 부동산 개발사업 전반이 정체되었고, 대면 접촉을 통한 사업 진행이 어려운 상황이었기 때문에, 쟁점주택의 소유권 확보 작업은 불가피하게 지연될 수밖에 없었다.

쟁점주택이 포함된 OOO는 OOO필지에 위치한 두 개의 동(1동 48세대, 2동 60세대)으로 구성되어 있다. 이 건물들을 철거하기 위해서는 각 동의 모든 세대의 대지권을 확보하고, 모든 거주자를 전출시켜야 가능하다. 그러나 현실적으로는 48개의 개별 호실을 순차적으로 매입하며 멸실을 진행하는 것이 불가능하며, 전 호실을 확보한 이후에야 일괄 멸실할 수 있다. 그럼에도 불구하고, 개별 세대를 순차적으로 취득하는 방식과 전체 세대를 일괄 취득하여 멸실하는 방식을 동일하게 보고, 취득일부터 3년이라는 동일한 기한을 일률적으로 적용하는 것은 합리적이지 않다.

따라서 집합건물의 경우, 현실적인 멸실 가능성을 고려할 때 “집합건물 전체의 취득일”을 기준으로 하여 3년의 기간을 기산하는 것이 타당하다.

현재 OOO 1동은 전 호실의 소유권을 모두 확보하였으며, 2024.3.26. 건축물 해체 심의를 신청하여 2024.5.30. 건축물 해체 허가서를 발급받아 철거 준비가 완료된 상태이다. OOO 2동은 아직 모든 호실의 소유권을 확보하지는 못했으나, 현재 진행 중인 소유권이전등기 소송을 통해 2024년 6월 중 1심 판결로 소유권 확보가 가능할 것으로 예상된다.

아울러, 청구법인은 쟁점주택을 취득한 이후 거주자의 전출 이후 현재까지 공실 상태로 유지해 왔으며, 주택 신축 이외의 다른 용도로 사용하거나 임대한 사실이 없다. 또한 멸실되지 않은 OOO를 포함한 사업지 내 건물은 OOO 영등포구청장의 요청에 따라 재난대응 안전한국훈련의 실시 장소로 제공되는 등 지역사회에 실질적으로 기여한 바 있으므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점주택 건물 전체를 모두 매입하여야 철거를 하여 본 사업도 진행할 수 있으나, 건물 전체를 모두 매입하지 못한 상황이기 때문에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 주택을 취득할 당시에도 취득시부터 모든 세대의 호를 매입하여 주택건설사업에 사용할 수 없는 장애사유가 있을 수 있음을 충분히 인지하고 있었다 할 것이고, 이러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였으며, 취득 후 유예기간 내에 쟁점주택을 멸실하고 주택건설사업에 사용하지 못한 것이 취득 전과 동일한 사유 때문이라 할 것이나, 실제 그 해소를 위한 노력을 하였다는 근거를 제시하지 못하고 있어, 청구법인의 주장은 정당한 사유로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

취득일부터 3년이 경과할 때까지 쟁점주택을 멸실하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 지역주택조합으로서 주택건설사업을 위한 멸실을 목적으로, 2021.4.15. 및 2021.4.21. 양일에 걸쳐 쟁점주택을 취득하였다.

(나) 쟁점주택이 소재한 연립주택은 지상 3층 규모로, 총 119세대의 연립주택 2개 동과 상가동, 관리실로 구성되어 있는 것으로 나타난다.

(다) 처분청(도시안전과)는 OOO 쟁점주택이 포함된 청구법인의 재개발 예정지를 ‘OOO 재난대응 안전한국훈련’ 실시 장소로 사용하기 위하여, 장소 협조 요청 공문을 청구법인에 발송한 사실이 확인된다.

(라) 처분청이 2024.7.23. 발급한 ‘건축물 해체공사 완료(멸실) 신고확인증’에 따르면, 쟁점주택은 2024.6.11.부터 2024.7.2.까지 해체공사가 완료된 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점주택이 집합건축물로서 구조적 특성상 전 호실의 소유권 확보 없이 멸실이 불가능하고, 코로나19 등 외부 요인과 소유자 협의 지연으로 멸실이 지연되었으며, 취득 후 공실 유지 및 공공 목적 제공 등 지역사회에 기여한 점을 고려할 때, 이 건 취득세 등의 부과처분은 부당하다고 주장하나,

청구법인은 쟁점주택 취득 당시 해당 부동산이 다수의 개별등기 호실로 구성된 집합건축물로서 전부를 취득해야만 멸실이 가능하다는 점을 충분히 예측할 수 있었으므로, 3년 내 멸실 요건을 충족하지 못할 가능성은 이미 인지 가능하였다고 보이는 점, 「지방세법」상 정당한 사유는 납세의무자가 예측하거나 회피할 수 없는 외부적 사정으로 인해 법정 기한 내 요건을 이행하지 못한 경우에 한정되므로, 청구법인이 주장하는 집합건물의 구조적 제한, 소유자 간 협의 지연, 코로나19 팬데믹 등은 일반적인 개발사업에서 통상적으로 수반되는 사유로서 납세자 자신의 경영 판단 범주에 해당하므로 정당한 사유로 보기 어려운 점, 청구법인은 소유권 확보 경과나 지연 사유에 대해 객관적인 일정표나 협의 내역 등 구체적인 증빙 자료를 제출하지 않아 실제 추진 노력 여부를 확인할 수 없는 상황에서 청구주장을 인정하기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택의 취득을 중과세율 적용대상으로 보아 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과) ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조 제1항 제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

1. 법인(「국세기본법」 제13조에 따른 법인으로 보는 단체, 「부동산등기법」 제49조 제1항 제3호에 따른 법인 아닌 사단ㆍ재단 등 개인이 아닌 자를 포함한다. 이하 이 조 및 제151조에서 같다)이 주택을 취득하는 경우 : 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율

2. 1세대 2주택(대통령령으로 정하는 일시적 2주택은 제외한다)에 해당하는 주택으로서 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 장에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택을 취득하는 경우 또는 1세대 3주택에 해당하는 주택으로서 조정대상지역 외의 지역에 있는 주택을 취득하는 경우 : 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율

3. 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역에 있는 주택을 취득하는 경우 또는 1세대 4주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역 외의 지역에 있는 주택을 취득하는 경우: 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율

② 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 일정가액 이상의 주택을 제11조 제1항 제2호에 따른 무상취득(이하 이 조에서 “무상취득”이라 한다)을 원인으로 취득하는 경우에는 제11조 제1항 제2호에도 불구하고 같은 항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율을 적용한다. 다만, 1세대 1주택자가 소유한 주택을 배우자 또는 직계존비속이 무상취득하는 등 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

③ 제1항 또는 제2항과 제13조 제5항이 동시에 적용되는 과세물건에 대한 취득세율은 제16조 제5항에도 불구하고 제1항 각 호의 세율 및 제2항의 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율을 적용한다.

④ 제1항부터 제3항까지를 적용할 때 조정대상지역 지정고시일 이전에 주택에 대한 매매계약(공동주택 분양계약을 포함한다)을 체결한 경우(다만, 계약금을 지급한 사실 등이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우에 한정한다)에는 조정대상지역으로 지정되기 전에 주택을 취득한 것으로 본다.

⑤ 제1항부터 제4항까지 및 제13조의3을 적용할 때 주택의 범위 포함 여부, 세대의 기준, 주택 수의 산정방법 등 필요한 세부 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령

제28조의2(주택 유상거래 취득 중과세의 예외) 법 제13조의2 제1항을 적용할 때 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 주택(이하 이 조 및 제28조의3부터 제28조의6까지에서 “주택”이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 중과세 대상으로 보지 않는다.

1~7. (생 략)

8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택. 다만, 나목6)의 경우에는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않거나 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하여 판매하지 않은 경우는 제외하고, 나목6) 외의 경우에는 정당한 사유 없이 3년[나목5)의 경우 2년]이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않은 경우는 제외한다.

가. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관 또는 「지방공기업법」 제3조에 따른 지방공기업이 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조에 따른 공익사업을 위하여 취득하는 주택

나. 다음 중 어느 하나에 해당하는 자가 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택. 다만, 해당 주택건설사업이 주택과 주택이 아닌 건축물을 한꺼번에 신축하는 사업인 경우에는 신축하는 주택의 건축면적 등을 고려하여 행정안전부령으로 정하는 바에 따라 산정한 부분으로 한정한다.

1) 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제8호에 따른 사업시행자

2) 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제2조 제1항 제5호에 따른 사업시행자

3) 「주택법」 제2조 제11호에 따른 주택조합(같은 법 제11조 제2항에 따른 “주택조합설립인가를 받으려는 자”를 포함한다)

4) 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자

5) 「민간임대주택에 관한 특별법」 제23조에 따른 공공지원민간임대주택 개발사업 시행자

6) 주택신축판매업[한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업 과 주거용 건물 건설업(자영건설업으로 한정한다)을 말한다]을 영위할 목적으로 「부가가치세법」 제8조 제1항에 따라 사업자 등록을 한 자

9~13. (생 략)