이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 1991년 11월에 항공화물운송대리업 및 복합운송주선업을 영위할 목적으로 설립된 일본법인 “A”의 자회사로서, 국내ㆍ외 관계사들(이하 “OOO”라 한다)과 기본국제화물운송계약(Master International freight Forwarding Agreement, 이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하고 수출입 화주들에게 국제복합운송용역을 제공하고 있다.

나. 청구법인은 OOO에게 제공한 국제복합운송용역 중 국내 구간에서 제공한 운송용역(이하 “쟁점국내운송용역”이라 한다) 중 선불조건 거래(청구법인은 OOO로부터 수화물의 국내구간 운송요청을 받고 운송용역을 제공한 뒤, 관련 대금을 지급받음)에 대해 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고하였다.

다. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.9.14.부터 2023.10.29.까지 청구법인에 대한 법인제세 통합세무조사를 실시한 결과, 쟁점국내운송용역은 청구법인이 OOO로부터 국내구간 운송주선 의뢰를 받고 수행한 용역으로서「부가가치세법」제23조 제3항 및 같은 법 시행령 제32조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 ‘외국항행용역’에 해당하지 않아 부가가치세 영세율이 적용되지 않는다고 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2023.12.7. 청구법인에게 아래 ＜표＞와 같이 2018년 제2기부터 2023년 제1기까지 부가가치세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

＜표＞ 처분청의 이 건 부가가치세 경정.고지내역

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라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.29. 이의신청을 거쳐 2024.7.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점국내운송용역은 별개의 국내구간 운송용역이 아닌 국제복합운송용역의 일부로 보아야 하고, 이는 영세율 적용대상인 외국항행용역에 해당한다.

(가) 「부가가치세법 시행령」 제32조 제2항 제1호는 영세율이 적용되는 ‘외국항행용역’의 범위에 ‘운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고 자기책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역’을 포함하고 있다.

이때 ‘운송주선업자’와 관련하여 「상법」에서는 운송주선업자와 운송주선업자가 이용한 운송인에게 운송물에 대한 손해배상책임을 부담시키고(제115조 및 제135조), 운송주선업자에게 운송인과 동일한 권리의무를 부담시키는 등(제116조) 운송주선업자도 운송인과 유사한 법적 지위를 가지고 있음을 분명히 하고 있고, 수인(數人)이 순차로 운송주선을 하는 경우 후자가 전자에 갈음하여 그 권리를 행사할 의무를 부담하고(제117조 제1항) 후자가 전자에게 변제한 때에는 전자의 권리를 취득한다(제117조 제2항)고 규정하는 등, 선행 운송주선인과 후행 운송주선인 간에 긴밀한 연결 관계 또한 인정하고 있다.

한편 UN국제복합운송협약에서는 ‘국제복합운송’의 정의에 대하여 ‘복합운송인이 화물을 자기의 책임하에 인수하고 한 국가의 지점에서 다른 국가에 위치하고 있는 지정 인도지점까지 복합운송계약에 기초하여 적어도 2종류 이상의 운송수단(내륙·해상·항공)을 사용하며 수행하는 화물운송’이라고 규정하고 있고(제1조 제1항), 또한 항공기에 의한 모든 국제운송에 적용되는 국제항공운송에 있어서의 일부 규칙 통일에 관한 협약(이하 ‘몬트리올 협약’이라 한)상 ‘국제운송’은 ‘운송의 중단 또는 환적이 있는지를 불문하고 당사자 간 합의에 따라 출발지와 도착지가 두 개의 당사국의 영역 내에 있는 운송, 또는 출발지와 도착지가 단일의 당사국 영역 내에 있는 운송으로서 합의된 예정 기항지가 타 국가의 영역 내에 존재하는 운송’으로 규정되어 있다(제1장 제1조 제2호).

이러한 국제운송에 있어 ‘2인 이상의 운송인이 연속적으로 수행하는 운송은 이 협약의 목적상, 당사자가 단일의 취급을 한 때에는 단일의 계약형식 또는 일련의 계약형식으로 합의하였는지 여부를 불문하고 하나의 불가분의 운송이라고 간주되며, 이러한 운송은 단지 단일의 계약 또는 일련의 계약이 전적으로 동일국의 영역 내에서 이행된다는 이유로 국제적 성질이 상실되는 것은 아니다(몬트리올 협약 제1장 제1조 제3항)’라고 규정되어 있는데, 이는 국제운송의 특성상 수인의 운송인이 동일계약에 근거하여 연속적으로 운송을 제공하고 있다는 사실을 반영하기 위함인 것으로 보아야 한다.

이와 같은 「상법」 및 국제조약의 규정상 수인이 순차로 운송을 주선하는 형태도 가능한 것이며, 이 경우 후자가 전자에 갈음하여 그 권리를 행사할 의무를 부담하는 등 순차 운송을 담당하는 운송주선업자들 사이에는 긴밀한 연결관계(권리취득 및 의무 승계)가 있는 것이다.

(나) 국세청은 운송주선업자가 다른 운송주선업자에게 국제운송용역을 제공한 사안에서 ‘운송주선업을 영위하는 국제운송주선계약에 따라 다른 운송주선업자로부터 화물을 인수하여 자기의 책임과 계산 하에 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송 수단을 이용하여 화물을 운송하고 다른 운송주선업자로부터 받는 대가는 영세율이 적용된다’고 해석한 바 있는바(서면부가-2720, 2017.11.30. 외 다수), 즉 ‘운송주선업자가 화주로부터 화물을 인수’하는 것은 운송주선업자 본인이 직접 화주로부터 화물을 인수하는 경우 뿐 아니라, 후행 운송주선업자가 화주로부터 화물을 인수한 선행 운송주선업자에게 동 화물을 인수 받는 경우 또한 포함하는 것이다.

더불어 한국표준산업분류표에서도 화물운송주선업을 운수업으로 분류하고 있다는 점 등을 종합하여 보면, ‘수인의 운송주선업자가 공동으로 국제복합운송계약을 체결하고 그 공동 운송주선업자 중 일방이 화주로부터 화물을 인수’하는 경우도 「부가가치세법 시행령」 제32조 제2항 제1호에서 규정하는 영세율 범위에 포함된다고 해석하는 것이 타당하다 하겠다.

(2) 청구법인과 국외 관계사는 각각의 운송주선인으로서 공동으로 하나의 국제복합운송용역을 제공하고 있으며, 청구법인이 국내구간 운송용역만을 국외 관계사로부터 별도로 위탁 받은 것이 아니다.

(가) 청구법인과 국외 관계사는 화주에 대하여 공동으로 국제복합운송용역을 제공하는 것이지, 국외 관계사는 화주로부터 화물 운송을 수임한 이후에 청구법인에게 국내구간 운송에 대한 용역을 위탁하는 것이 아니고, 청구법인과 국외 관계사는 국제복합운송용역 계약을 수임하는 단계부터 화물의 운송에 소요되는 단가를 제시하는 등 상호 간 의사소통을 하고 있고, 화주도 이를 종합적으로 고려한 최종 견적을 토대로 화물의 운송을 의뢰하고 있다.

청구법인과 국외 관계사는 국제복합운송용역의 효율성을 제고하기 위하여, 수출지국ㆍ수입지국 소재의 파트너사 간 업무 범위 및 수행방식을 규정한 파트너사 간 계약에 따라 화주에게 공동으로 국제복합운송용역을 제공하고 있고, 파트너사 간 계약의 적용 대상은 청구법인과 OOO 그룹의 국외 관계사에 한정되며, 동 계약은 수출지국ㆍ수입지국 내의 운송과정과 방법, 이익분배 및 책임ㆍ보험 등 국제복합운송용역을 제공하기 위한 일반적인 프로세스를 규정하면서 청구법인과 국외 관계사는 OOO그룹 내 운송관리시스템을 통하여 국제복합운송용역의 진행 정보를 실시간으로 상호 간 공유하는 등, 하나의 국제복합운송용역 거래에 대해 수출지국ㆍ수입지국 내의 공동수급체로서 용역을 수행하고 있다.

(나) 쟁점국내운송용역이 국제복합운송용역의 일부로서 행해졌다는 사실이 선하증권 등에 나타나는데, 청구법인과 국외 관계사는 운송주선업자로서 운송대상인 화물을 인수한 후 해당 화물에 대한 정보를 기초로 하여 선하증권(Bill of Lading) 또는 항공화물운송장(Air Way Bill)을 발행하고 있고, 동 선하증권 등에는 화물고유번호, 수출 화주, 수입 화주, 출발지, 화물을 보내는 자, 도착지, 화물 최종 수령자, 항공사(또는 선사), 항공기명(또는 선박명), 운임에 대한 수출자 및 수입자 부담 구분 등이 기재되어 있다.

이와 관련하여 국내구간 운송이 국내에서 국외로 또는 국외에서 국내로 운송된 것에 포함되기 어려운 점을 들어 영세율 적용을 배제해야 한다는 과세관청의 의견이 기각된 판례(수원지방법원 2021.12.9. 선고 2020구합76921 판결)로 볼 때, 국제 간 운송 용역임이 확인된다면 영세율 적용대상이라는 판례의 입장을 확인할 수 있다.

더 나아가 ‘국내운송구간이 국제운송구간에 연결된 하나의 항공권으로 발행되어 국내운송구간이 국제운송의 일환이라는 것이 명백히 나타나는 경우에는 당해 국제항공운송사업자와 국내항공운송사업자가 서로 다른 경우에도 「부가가치세법」상 영세율이 적용된다’(기획재정부 부가가치세제과-56, 2016.1.21.)는 예규의 입장과 같이, 청구법인이 수행하는 쟁점국내운송용역은 출발지국(국외)에서 도착지국(국내)으로 운송되는 일체의 국제운송용역 중 일부라는 점을 선하증권 등을 통해 확인할 수 있으므로 쟁점국내운송용역에 대해서는 「부가가치세법 시행령」 제32조 제2항 제1호에서 규정하는 외국항행용역으로 보아 영세율을 적용하는 것이 타당하다.

(다) 청구법인과 국외 관계사 간의 결제 및 정산 방식에서 파트너사 간 계약이 공동계약이라는 사실을 알 수 있는데, 청구법인은 화주에게 쟁점 국내 운송용역을 제공한 후 계약의 수임 단계에서 국외 관계사와 논의한 관련 대가를 국외 관계사에 청구하고, 국외 관계사는 청구된 금액 그대로를 화주에 청구하여 일반적인 공동수급체의 대금결제 및 정산방식과 유사하고, 만약 청구법인과 국외 관계사가 하도급 또는 위수탁의 관계라면 국외 관계사는 청구법인의 청구금액에 마진을 추가로 덧붙여 화주에게 운송대금을 청구함으로써 이익을 극대화하기 위해 노력할 것이나, 국외 관계사는 청구법인이 국외 관계사에 청구한 쟁점국내운송용역의 대가를 그대로 화주에게 청구한다는 점에서, 청구법인과 국외 관계사가 하도급 또는 위수탁 관계에 있지 않다는 사실을 알 수 있다.

한편 OOO그룹은 청구법인을 포함하여 각국에 소재하는 파트너사들의 국제복합운송용역과 관련한 글로벌 책임보험을 가입하고 있는데, 이에 대한 보험료는 청구법인을 포함한 파트너사들의 배분수익에 기초하여 책정 및 청구되고 있고, 만약 청구법인이 국외 관계사로부터 국내구간에서의 운송용역만을 하도급 또는 위탁받은 것이라면, 청구법인과 국외 관계사가 운송계약에 대한 책임 보험에 공동으로 가입하고 관련 보험료를 상호 간 정산할 이유가 없다.

또한 청구법인과 국외 관계사는 국제복합운송용역을 제공함에 있어 파트너사 간 계약에 따라 서로 “Break Bulk Fee”(BBF), “Sales Commission”(SC) 등을 수수하고 있는데, 이는 영해구간에서 대부분의 이익이 발생하는 국제복합운송용역의 특성상 상대적으로 이익을 많이 향유하는 수출지국 소재의 파트너사가 국제운송용역 전반에서 발생하는 이익의 일부를 수입지국 소재의 파트너사에게 지급하는 것으로서, 즉 BBF와 SC는 청구법인과 국외 관계사가 수출지국ㆍ수입지국 내에서 하나의 국제복합운송구간에 대해 공동 운송주선업자로서의 국제복합운송용역을 제공하고 이로 인한 이익을 서로 간 배분하는 개념이며, 이를 통해 청구법인과 국외 관계사가 체결한 파트너사 간 계약이 공동계약 성격임을 알 수 있다.

(라) 청구법인과 국외 관계사 간 법률관계는 위수탁 관계에 해당하지 아니한다.

쟁점국내운송용역과 관련하여 청구법인은 국내운송구간만을 구분하여 국외 관계사와 별도로 하도급 또는 위탁계약을 체결한 사실이 없고, 만약 쟁점국내운송용역에 있어 청구법인과 국외 관계사의 관계가 위수탁 관계라면, 운송용역의 위임 및 이에 대한 청구법인의 승낙의 의사표시 등이 존재하여야 하나, 청구법인과 국외 관계사 간에 이러한 절차는 존재하지 아니한다.

또한 ‘국외 사업자인 화주에게 국제복합운송용역을 제공하는 국외운송업자로부터 국제복합운송구간 중 국내구간의 운송을 의뢰받아 국외 운송주선업자에게 제공하는 운송용역은 「부가가치세법」 제23조에 따른 외국항행용역의 공급에 해당하지 아니하는 것’으로 해석한 예규(기획재정부 부가-79, 2020.2.6.)는 국내운송주선업자가 국내구간 운송에 한해 국외운송주선업자와 별도로 체결한 위수탁계약을 근거로 계약당사자인 국외운송주선업자에게 제공한 용역에 대해 회신한 것으로서, 이 건과 사실관계 및 계약당사자 등의 법률관계가 달라 원용하기 어렵다 하겠다.

(3) 쟁점국내운송용역에 대해 영세율 적용을 배제하는 것은 영세율 적용에 관한 「부가가치세법 시행령」 제32조의 입법취지에 반하는 것이다.

「부가가치세법 시행령」 제32조는 수출산업 지원 및 장려라는 정책적 목적에 따라 2000.12.29. 개정(대통령령 제17041호) 시 신설된 규정으로서, 운송주선업자가 화주에게 제공하는 용역은 국내에서 이루어지지만 외국항행용역의 범위에 ‘운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역’을 포함하여 동 용역을 영세율 적용 대상으로 정한 것이다.

만약 쟁점국내운송용역에 대해 영세율 적용을 배제할 경우, 관련 부가가치세 상당액(=A)이 종국적으로 수입재화의 가격에 반영되어 결국 국내 수입화주는 수입재화의 통관 시 부가가치세 상당액(=A)만큼 상승한 수입재화 가격에 대한 관세 및 부가가치세(=B)를 부담하게 될 것인바, 이는 실질적으로 부가가치세 상당액(=A)에 부가가치세(=B)가 중복하여 과세되는 불합리한 결과를 초래한다.

한편 문언상 입법취지가 ‘수출’ 산업의 지원 및 장려이므로 수입거래에 있어서는 영세율 적용을 엄격히 해야 한다는 처분청의 해석은 해당 조항의 입법취지를 문언 그대로 수용함에 따른 오해이고, 수출과 수입을 포괄하는 물류산업의 경쟁력 강화가 이 사건 조항의 입법취지임을 고려할 때, 쟁점국내운송용역은 화물을 국외에서 국내로 운송하는 국제복합운송용역의 일부로서 외국항행용역에 해당하는 것으로 보아 영세율 적용대상으로 해석하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인과 OOO가 각각의 운송주선인으로서 공동으로 하나의 국제복합운송용역을 제공하고 있다는 주장에 대하여,

(가) 쟁점국내운송용역이 영세율 적용대상인지 여부를 판단하기 위해서는 먼저 용역의 제공 주체가 특정되어야 하고, 만약 쟁점계약을 조합 내지 조합 유사의 공동사업 계약으로 볼 경우, 청구법인과 OOO가 ‘함께’ 제공한 운송용역을 기준으로 영세율 적용 여부를 판단하여야 할 것이지만, 공동계약이 아닌 특정 구간(국내 육상구간) 운송을 위탁하는 계약에 불과하다고 본다면 영세율 적용 여부는 청구법인이 제공한 운송용역만을 기준으로 판단하여야 한다.

최근 국내구간 운송용역에 대하여 외국항행용역으로서 영세율 적용대상인지 여부가 쟁점이 된 소송(수원고등법원 2024.2.14. 선고 2022누10081 판결)에서, 운송용역 제공 법인이 파트너사와 파트너계약을 이유로 공동으로 국제복합운송계약이라는 납세의무자의 주장에 대해, 법원은 운송용역 제공 법인과 파트너사가 공동당사자로서 실제로 운송계약을 체결하였다고 볼 만한 처분문서 등 직접적인 근거가 없고, 운송용역 제공 법인은 파트너사에게 자신이 실제 담당할 운송용역에 관한 견적을 제공하였을 뿐 화주에 대한 계약당사자로 행동한 것으로 보이지 아니한 점, 운송용역 제공 법인과 파트너사는 이 사건 파트너계약에서 손실 발생 시 양 당사자가 협력하여 처리한다고 약정하였을 뿐, 손해를 분담하기로 약정한 것으로 보이지 않는 점, 조합관계가 성립하기 위해서는 당사자들이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정하여야 하는 것인바(「민법」 제703조), 단순히 특정사업 손익을 나누기로 약정한 사실만으로는 조합관계가 형성된다고 볼 수 없음 등을 근거로, 운송용역 제공 법인은 화주와 국제복합운송계약을 체결한 파트너사로부터 이 사건 운송용역을 위탁 내지 도급받았을 뿐, 원고가 파트너사와 함께 당사자가 되어 화주와 사이에 국제복합운송계약을 체결한 것으로 볼 수 없다고 판시하였다.

(나) 청구법인의 경우 청구법인이 OOO와 체결한 쟁점계약이 조합 내지 공동사업 계약에 해당된다고 보기 위해서는 ① 이익과 손익 분배에 대한 조항과 ② 공동의 이익 창출을 위한 권리의무 등에 관한 사항을 포함하고 있어야 하나, 쟁점계약을 보면 마케팅, 판매활동 등 사업과 관련하여 지출한 비용은 각자 부담하도록 정하고 있어 독립된 사업을 운영하고 있는 주체임을 명시하고 있고, 항공운송과 해상운송을 구분하여 각 운송 수단에 따른 운임료 산출기준을 정하고 있을 뿐 국제복합운송 용역대가에 대한 손익 분배비율을 정하고 있지 않는 등 조합 내지 공동사업계약으로서 갖추어야 하는 최소한의 합의 사항도 포함되어 있지 아니하다.

또한 청구법인은 해상운송(Port-to-Port)에 한하여 일부 관계사들 간에는 운임료를 Profit Share 항목에서 50/50으로 정하고 있으므로 손익분배 비율을 정하고 있다고 주장할 수도 있겠으나, 국내·외 전체 운송용역 대가에 대한 손익 분배기준을 정하고 있는 것이 아니고, 나머지 관계사에 대해서는 보수료 기준을 “Fixed Price US ＄OOO/ TEU (내지 H) payable by origin(출발지국에서 표준컨테이너당 ＄OOO 지급)”으로 정하여 위와 같은 기준으로 받은 ‘수수료’에 대해서 관련 국가의 부가가치세가 부과될 수 있음을 예정하고 있는 점, 나아가 해상 운송에 대해서는 화물을 기준으로 운임료를 산출하고 있을 뿐 Profit Share 항목에서 50/50으로 산출하는 기준 등을 두고 있지 않은 점 등으로 보아 위 조항만으로 손익분배 비율을 정하고 있다고 볼 수 없다 하겠다.

(다) 쟁점계약에 따르면, 수입거래에 있어서는 청구법인이 최종 운임단가를 결정할 수 있는 권한이 없고, 에이전트로서 운송용역 등을 제공할 경우 포워더의 지시에 복종할 의무를 부담하며, 화물이 ‘에이전트 영역’에서 파손되는 경우에는 화주가 아닌 ‘포워더’에 대해 제한된 책임을 부담한다고 정하고 있는 점, 쟁점계약은 발효일로부터 1년간 유지되고 1년 단위로 갱신하도록 정하고 있으며 계약당사자 일방은 사유 불문하고 해지 60일 전에 상대방에게 서면으로 통지하고 ‘언제든지’ 계약을 해지할 수 있다고 정하고 있고, 해지 이후 공동사업을 위해 형성된 재산 등의 청산절차를 정하고 있지도 아니며, 쟁점계약에는 손익을 배분하는 정산 절차가 아니라 전월 선적에 따라 지급받아야 할 “수수료 및 요금” 청구권 내지 수수료 청구절차를 정하고 있는 등 공동사업 계약으로 볼 수 없는 조항들로 구성되어 있어, 이는 OOO 간 국제복합운송용역에 관한 공동사업 계약이 아니라 특정구간 운송용역에 대한 위탁 내지 도급계약에 해당하므로, 이에 따라 청구법인이 OOO에 제공한 국내구간 운송주선용역은 별개의 운송용역에 해당한다.

(2) 쟁점국내운송용역이 국제복합운송용역의 일부이므로 「부가가치세법」에 따른 외국항행용역에 해당한다는 주장에 대하여,

(가) 「부가가치세법 시행령」 제32조 제2항 제1호는 ‘운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역’을 영세율 적용대상으로 정하고 있는바, 복합운송주선업자인 청구법인이 수행한 쟁점국내운송용역이 ‘자기의 책임과 계산’으로 ‘국제’ 운송용역을 제공한 경우에 해당하는지 여부가 문제된다.

1) ‘자기의 책임과 계산’이 된다는 것은 거래 손익이 귀속된다는 것을 의미하므로, 운송주선업자로서 외국항행용역의 공급에 관한 위험을 부담하고(책임), 그에 따른 손익이 귀속되는(계산) 주체로서 국제운송용역을 제공하였다는 사실이 인정되어야 하나, 청구법인은 쟁점거래와 관련하여, 화주가 지급하여야 하는 최종 운송료를 결정함에 있어 어떠한 권한도 보유하고 있지 아니하고, 화주로부터 화물을 인수하는 등 위험을 부담한 사실도 없으며(책임 부존재, 자신이 제공한 국내육상운송 구간에 대해서만 ‘포워더’에게 제한적인 책임만 부담), 화주로부터 외국항행 용역에 대한 운임을 지급받은 것이 아니라 OOO로부터 국내 구간 운송료(수수료)를 지급받았으므로 이를 자기의 책임과 계산으로 국제운송용역을 제공한 것으로 볼 수 없다.

또한 청구법인은 수출거래에 있어서 국내외 전체 운송대가를 매출액으로 인식한 반면 수입거래와 관련하여서는 국내구간 운송대가만 매출액으로 인식하고 있는데, 청구법인 스스로도 ‘수입거래’와 관련하여서는 국내외 전체 운송용역에 대해 자신의 책임과 계산으로 화물을 운송한 것(국제복합운송용역을 제공한 것)이 아니라고 판단한 것으로 보인다.

2) 운송주선업자의 경우 비록 운송주선 활동은 국내에서 이루어졌다고 하더라도 운수업자와 동일하게 자기 책임과 계산으로 ‘선박 또는 항공기’에 의하여 ‘국제구간’ 운송용역을 제공하기 때문에 ‘수출산업 지원 및 장려’라는 정책적 목적에 따라 영세율이 적용되는 ‘외국항행용역’에 포함한 것인바, 운송주선업자가 제공하는 용역이 ‘영세율이 적용되는 외국항행용역’에 해당하기 위해서는 국제구간 운송용역이 포함되어야 하고, 선박 또는 항공기에 의한 국제구간 운송용역의 포함되어 있는 수출의 경우에는 영세율 적용이 타당하다 할 것이나, 국내에 도착한 수입 화물을 목적지까지 운송하는 국내구간 운송용역만을 제공하는 경우는 이를 영세율 적용 대상으로 볼 수는 없다.

(나) 청구법인은 수입 선불조건의 거래에 대해서는 영세율이 적용되어야 한다고 주장하면서도, 수입 후불조건의 거래에 대해서는 일반 10%의 부가가치세율을 적용함으로써 동일한 국내구간 운송용역에 대해 선불 또는 후불조건을 구분하여 세율을 달리 적용한 것은 공동으로 국제복합운송용역을 제공하고 있다는 청구주장과도 모순된다.

(다) 기획재정부(부가가치세제과-79, 2020.2.6.)는 국제물류주선업 등을 영위하는 법인이 해외파트너사와 파트너십 계약을 체결하고 국제복합운송 중 국내 운송용역을 제공한 거래에 대하여, “국외 운송주선 사업자로부터 국제복합운송구간 중 국내구간의 운송을 의뢰 받아 국외 운송주선업자에게 제공하는 운송용역은 「부가가치세법」제23조에 따른 외국항행용역의 공급에 해당하지 아니하는 것”으로 답변하였다.

(3) 쟁점국내운송용역에 대한 영세율 적용 배제는 관련 규정의 입법취지에 반한다는 주장에 대하여,

(가) 「부가가치세법」제23조 제1항은 “선박 또는 항공기에 의한 외국항행용역의 공급에 대하여는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다”고 규정하고 있고, 외국항행용역에 대해서 같은 조 제2항에서는 “제1항에 따른 외국항행용역은 선박 또는 항공기에 의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 수송하는 것을 말하며, 외국항행사업자가 자기의 사업에 부수하여 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것을 포함한다.”라고 규정하면서, 같은 조 제3항에서는 “제1항에 따른 외국항행용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”라고 정하고 있으며, 같은 법 시행령 제32조 제2항 제1호는 “운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역”을 외국항행용역의 범위에 포함하고 있다.

따라서 「부가가치세법」제23조 제2항의 용역은 엄밀하게는 「부가가치세법」상 외국항행용역에 포함되는 것이 아니지만 “외국으로의 운송용역을 제공한다는 점”에서 외국항행용역과 유사하게 취급되고 있는 것이라 하겠다(서울행정법원 2016.12.16. 선고 2016구합63002 판결, 참조).

(나) 영세율이 적용되는 경우, 사업자는 해당 재화 및 용역과 관련하여 매입세액을 환급받게 되므로, 완전한 면세효과를 보는 것이고, 이에 특정 산업에 영세율이 적용될 경우 조세형평의 침해 내지 시장질서의 왜곡이 발생할 수 있는 점을 고려하여 「부가가치세법」은 소비지 과세원칙에 따른 수출입 재화에 대한 국가 간 이중과세의 방지, 수출재화의 가격조건을 유리하게 하여 국제경쟁력을 제고함에 따른 수출의 촉진, 특정거래를 보호하기 위한 국가의 정책목적 등을 위해 제한적, 예외적인 경우만 영세율 적용대상으로 규정하고 있다.

부가가치세제하에서 영세율의 적용은 예외적, 제한적으로 인정되는 것이고(대법원 2008.5.8. 선고, 2007두10082 판결 등 참조), 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고, 2008두11372 판결 등 참조).

이와 같이 외국항행용역에 대해서 영세율을 적용하는 이유는 수출산업 지원 및 장려라는 정책적 목적에 의한 것이고, 운송주선업자의 국제복합운송계약은 본래 외국항행용역에는 해당하지 않지만 ‘외국으로의 용역’을 제공한다는 점에서 영세율 적용대상에 포함된 것이므로 쟁점국내운송용역이 영세율 적용 대상인지 여부를 판단함에 있어서는 이러한 입법목적 및 취지가 충분히 고려되어야 한다.

따라서 쟁점국내운송용역의 경우 ① 국외에서 국내로 화물이 이전되는 수입거래라는 점에서 ‘수출산업 장려’와 무관하고, ② 국내 육상 운송구간에 대해서만 운송용역을 제공하였다는 점에서 ‘외국으로의 용역’을 제공한 것으로 볼 수 없고, ③ 국내 육상 운송(항공/해상운송 제외)에 대한 것으로 용역의 제공지도 국내라는 점에서 제도 취지에 비추어 보더라도 이를 영세율 적용 대상에 해당한다고 볼 수 없다.

만약 청구법인이 OOO에 제공한 쟁점국내운송용역만을 영세율 적용대상으로 본다면, 국내 운송용역을 제공하는 동일 기업과 과세 형평에 반하는 문제 즉, 해외 관계사를 둔 법인에 대해서만 국내구간 운송료에 대해 특혜를 제공하는 것이 되어 해외 관계사를 두지 않은 국내법인의 경쟁력 약화를 초래하는 불합리한 결과를 야기하게 되는 점을 고려하더라도 쟁점국내운송용역 거래는 영세율 적용 대상에서 배제되는 것이 타당하다 하겠다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 영위한 국제운송용역 중 국내구간에 대한 운송용역이 영세율 적용 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등 ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다.

(가) 처분청은 청구법인과 OOO 간 쟁점계약(기본국제화물운송계약서, Master International Freight Forwarding Agreement, 번역본 포함)을 심리자료로 제출하였고, 쟁점계약 내용에 따르면 이는 국제복합운송용역에 관한 공동사업계약이 아니라 특정구간 운송용역에 대한 위탁 내지 도급계약에 해당하므로 청구법인이 OOO에 제공한 국내구간 운송주선용역은 별개의 운송용역에 해당한다는 의견이다.

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(나) 처분청은 “청구법인은 해외관계사와 기본국제화물운송계약(Master International Freight Forwarding Agreement)을 체결하고 상호 간에 운송용역을 제공하고 있습니다”라는 내용이 기재된 청구법인 대표이사 A의 확인서(2023.10.27.자)를 심리자료로 제시하였다.

(다) 이 건 이의신청결정이유서(서울청 2024-73, 2024.4.19.)상 청구법인 경리부 부장 B의 확인서(2023.10.24.자)에는 “아래의 국제운송용역(수출법인 B)의 제공과 관련하여 수출법인과 수출지 관계사(OOO) 간 운송계약서는 없다”라는 내용이 나타나고, 위 확인서 상 거래[수출지국 화주 : OOO

수입지국 화주 : OOO]와 관련하여 청구법인이 수출지국 OOO에 발행한 청구서의 내용은 아래와 같다.

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(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 국제운송의 특성상 수인의 운송인이 동일계약에 따라 순차적으로 수행하는 과정에 포함되어 있는 쟁점국내운송용역은 국제복합운송용역의 일부로서 외국항행용역에 해당한다고 주장하나, 「부가가치세법」 제23조 제2항에 따르면 외국항행용역은 선박 또는 항공기에 의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 수송하는 것을 의미하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제32조 제2항 제1호에서 운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역에 대하여 부가가치세 영세율 적용대상인 외국항행용역으로 규정하고 있는바, 이 건의 경우 청구법인은 쟁점국내운송용역을 수행함에 있어서 화주와 직접 또는 화주 및 OOO와 공동계약을 체결한 사실이 없으며 화주로부터 직접 화물을 인수하고 운임을 받거나 OOO와 관련 수익과 비용을 공동 정산한 것이 아니라 OOO의 요청에 의해 국내운송용역을 수행하고 해당 서비스 수수료는 OOO로부터 지급받은 사실로 볼 때 청구법인은 자기 책임과 계산으로 영세율 적용대상인 국제복합운송용역을 수행하였다고 보기 어려운 점[조심 2023서7730, 2023.12.26., 수원고등법원 2024.2.14. 선고 2022누10081 판결(상고심 대법원 2024.6.27. 선고 2024두37954 심리불속행기각 판결), 같은 뜻임] 등에 비추어, 처분청이 쟁점국내운송용역을 부가가치세 영세율 적용대상에서 배제하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 부가가치세법

제23조【외국항행용역의 공급】① 선박 또는 항공기에 의한 외국항행용역의 공급에 대하여는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다

② 제1항에 따른 외국항행용역은 선박 또는 항공기에 의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 수송하는 것을 말하며, 외국항행사업자가 자기의 사업에 부수하여 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것을 포함한다.

③ 제1항에 따른 외국항행용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제32조【선박 또는 항공기에 의한 외국항행용역의 범위】① 법 제23조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 다른 외국항행사업자가 운용하는 선박 또는 항공기의 탑승권을 판매하거나 화물운송계약을 체결하는 것 (이하 각호 생략)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용역은 법 제23조 제3항에 따라 외국항행용역의 범위에 포함된다.

1. 운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역

2.「항공사업법」에 따른 상업서류 송달용역

(3) 상법

제114조【의의】자기의 명의로 물건운송의 주선을 영업하는 자를 운송주선인이라 한다.

제115조【손해배상책임】운송주선인은 자기나 그 사용인이 운송물의 수령, 인도, 보관, 운송인이나 다른 운송주선의 선택 기타 운송에 관하여 주의를 해태하지 아니하였음을 증명하지 아니하면 운송물의 멸실, 훼손 또는 연착으로 인한 손해를 배상할 책임을 면하지 못한다.

제116조【개입권】① 운송주선인은 다른 약정이 없으면 직접운송할 수 있다. 이 경우에는 운송주선인은 운송인과 동일한 권리의무가 있다.

제117조【중간운송주선인의 대위】① 수인이 순차로 운송주선을 하는 경우에는 후자는 전자에 갈음하여 그 권리를 행사할 의무를 부담한다.

② 전항의 경우에 후자가 전자에게 변제한 때에는 전자의 권리를 취득한다.

제135조【손해배상책임】운송인은 자기 또는 운송주선인이나 사용인, 그 밖에 운송을 위하여 사용한 자가 운송물의 수령, 인도, 보관 및 운송에 관하여 주의를 게을리하지 아니하였음을 증명하지 아니하면 운송물의 멸실, 훼손 또는 연착으로 인한 손해를 배상할 책임이 있다.

(4) UN국제물품복합운송조약(The United Nations Convention on International Multimodal Transport of Goods)

제1장 제1조【정의】

1. "국제복합운송"이라 함은, 복합운송인이 화물을 자기의 보관 아래 인수한 한 국가의 지점에서 다른 국가에 위치하고 있는 지정 인도지점까지, 복합운송계약에 의하여 적어도 2종류 이상의 운송수단에 의한 화물운송을 의미한다. 어느 한 운송수단에 의한 운송계약의 이행으로 그러한 계약에 정의된 바대로 행한 집하(集荷)와 인도는 국제복합운송으로 간주하지 않는다.

2. "복합운송인"이라 함은 스스로 혹은 자신을 대리한 타인(他人)을 통하여 복합운송계약을 체결하고, 송하인이나 복합운송운영에 관여하는 운송인의 대리인으로서 또는 그러한 사람에 갈음하여서가 아니라, 주체로서 행위를 하고, 또한 계약의 이행에 관한 책임을 지는 사람을 말한다.

3. "복합운송계약"이라 함은, 복합운송인이 운임의 지급을 대가로 국제복합운송을 실행하거나 또는 그 실행을 확보할 것을 인수하는 계약을 말한다.

(5) 국제항공운송에 있어서의 일부 규칙 통일에 관한 협약(Convention for the Unification of Certain Rules for International Carriage by Air)

제1장 제1조【적용범위】

1. 이 협약은 항공기에 의하여 유상으로 수행되는 승객ㆍ수하물 또는 화물의 모든 국제운송에 적용된다. 이 협약은 항공운송기업이 항공기에 의하여 무상으로 수행되는 운송에도 동일하게 적용된다.

2. 이 협약의 목적상, 국제운송이라 함은 운송의 중단 또는 환적이 있는지 여부를 불문하고, 당사자간 합의에 따라 출발지와 도착지가 두 개의 당사국의 영역 내에 있는 운송, 또는 출발지와 도착지가 단일의 당사국 영역내에 있는 운송으로서 합의된 예정 기항지가 타 국가의 영역내에 존재하는 운송을 말한다. 이때 예정 기항지가 존재한 타 국가가 이 협약의 당사국인지 여부는 불문한다. 단일의 당사국 영역내의 두 지점간 수행하는 운송으로서 타 국가의 영역내에 합의된 예정 기항지가 존재하지 아니하는 것은 이 협약의 목적상 국제운송이 아니다.

3. 2인 이상의 운송인이 연속적으로 수행하는 운송은 이 협약의 목적상, 당사자가 단일의 취급을 한 때에는, 단일의 계약형식 또는 일련의 계약형식으로 합의하였는지 여부를 불문하고 하나의 불가분의 운송이라고 간주되며, 이러한 운송은 단지 단일의 계약 또는 일련의 계약이 전적으로 동일국의 영역내에서 이행된다는 이유로 국제적 성질이 상실되는 것은 아니다.