이유
1. 처분개요

가. 처분청은 2024년도 재산세 과세기준일 현재(6.1.) 청구법인이 소유하고 있는 경기도 과천시 OOO 1,581㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 나대지로 보아 종합합산과세대상으로 구분하여, 2024.9.10. 재산세 OOO원(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 청구법인에게 부과.고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위해 이 건 토지를 매수하고, 2023.6.5. 이 건 토지의 건축허가를 신청하였으나, 처분청으로부터 현저한 공공복리 증진 저해가 우려됨에 따라 「건축법」 제1조의 목적에 부합되지 않음을 사유로 2023.11.6. 이 건 토지의 건축허가 신청 불허가 통보를 받았고, 이에 청구법인은 2023.12.31. 처분청에게 건축허가신청 불허가처분 취소 소송을 제기하여 이 건 토지에 대한 건축불허가 처분은 위법하다는 판결을 받았다.

청구법인은 처분청의 명백한 법적 근거 없는 건축허가 불허가 처분으로 인해 이 건 토지를 취득한 후 종교 목적대로 사용하지 못하고 있는 상황이기에 처분청의 2024년도 재산세(토지) 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

재산세는 부동산 사용현황에 따라 과세 여부를 판단하는 세목으로서 과세기준일 현재 납세자가 직접 사용하고 있는지 여부를 판단할 뿐, 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부를 감면요건으로 하고 있지 않는바(대법원 1995.9.26. 선고 95누7857 판결),

이 건의 경우, 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 건축물을 건축 중이거나 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축을 착공하지 못한 경우에 해당하지 않으므로 「지방세특례제한법」 제50조 제2항에 따른 재산세 면제대상으로 볼 수 없으므로 청구법인에게 이 건 토지에 대한 재산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

과세기준일 현재 건축허가가 존재하지 않았다는 사정을 들어 종합합산과세대상 토지로 재산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2022.7.8. 한국토지주택공사로부터 이 건 토지를 취득하고, 2023.6.5. 처분청에 이 건 토지상에 지하 3층, 지상 5층, 연면적 7,577.33㎡ 규모의 종교시설(종교집회장)을 신축하기 위해 처분청에 건축허가(신축)를 신청하였다.

(나) 처분청은 2023.11.6. 위 건축허가 신청에 대하여, 해당 건축허가가 현실적으로 “극심한 지역사회 갈등”을 초래하고, 그로 인한 사회적 비용 발생”등 공공복리 증진을 현저히 저해할 우려가 있다는 판단에 따라, 「민원처리에 관한 법률」제39조에 따른 “과천시 민원조정위원회 심의 결과”를 반영하고, 공공복리을 목적으로 하는 「건축법」 제1조의 입법 취지에 부합하지 않는다는 이유로 동 건축허가(신축) 불허가함을 청구법인에게 통보하였다.

(다) 청구법인은 2023.12.21. 수원지방법원에 처분청을 상대로 ‘건축허가신청불허가처분취소’를 구하는 소송을 제기하였고, 같은 법원은 민원조정위원회의 심의결과는 구속력이 없고, 청구법인의 건축허가 신청을 거부할 중대한 공익상 필요가 있다고 볼 수 없다는 취지로 건축허가 불허가처분을 취소한다는 판결을 선고하였으며, 해당 판결은 상소심를 거쳐 2025.3.25. 대법원에서 확정되었다.

(라) 처분청은 2024년도 재산세 과세기준일인 6월 1일 현재, 이 건 토지를 나대지로 판단하여 종합합산과세대상으로 구분하고, 청구법인에게 재산세 OOO원을 부과·고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 종교행위를 목적으로 이 건 토지를 매수한 후 건축허가를 신청하였으나 처분청이 공공복리 저해 우려를 이유로 2023.11.6. 건축허가를 불허하였고, 이에 청구법인이 제기한 불허가처분 취소소송에서 해당 처분이 위법하다는 판결을 받았음에도 불구하고 본래의 종교 목적대로 토지를 사용하지 못하게 된 사정에 비추어 볼 때 이 건 재산세 등은 취소되어야 한다고 주장하나,

「지방세특례제한법」 제50조 제2항 및 같은법 시행령 제25조는 종교단체에 대한 재산세 면제 대상은 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 종교 목적에 직접 사용하거나 해당사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지로 한정하고 있으며, 취득세와 달리 재산세는 종교 행위 목적에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유까지 고려하여야 한다는 별도 규정이 없는 점, 동 조항은 종교단체가 종교 목적에 직접 사용하기 위하여 건축허가를 받아 착공하지 못한 경우에 재산세를 면제할 수 있도록 규정하고 있는바, 이는 건축허가가 존재하고 그 이후 착공이 지연된 경우에 한정하여 적용되는 특례조항으로 해석되어야 하며, 이 건은 건축허가 자체가 불허된 사안으로서 해당 규정의 문언상 요건에 해당하지 않아 이를 유추하여 적용하는 것은 허용될 수 없는 점, 비록, 건축허가 불허가처분이 대법원 판결에 따라 2025.3.25. 취소되었다 하더라도, 과세기준일인 2024.6.1. 현재 건축허가가 유효하게 존재하지 않았던 사실은 달라지지 않은 점 등에 비추어, 처분청이 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제50조 (종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조 제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령

제25조 (종교 및 제사를 목적으로 하는 단체에 대한 면제대상 사업의 범위 등) ① 법 제50조 제2항 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지를 말한다.