이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.10.17. 서울특별시 금천구 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득한 후, 쟁점부동산을「지방세특례제한법」제50조 제1항에서 규정하는 종교단체가 종교용으로 사용하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 면제받았다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 종교용으로 직접 사용하지 아니하는 경우(어린이집, 부목사 사택, 공실)로 보아, 2024.7.18. 청구법인에게 기 면제한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.8. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1) 청구법인이 쟁점부동산의 1층에서 운영 중인 어린이집은 독립적인 영리상 목적의 사업이 아니고, 청구법인의 부설(부속) 어린이집으로서, 대부분이 청구법인 교인의 자녀 등이 이용하며, 보건복지부의 인ㆍ허가로 규제받고 있고, 공익적 목적의 비영리업체에 해당한다.

또한, 어린이집은 쟁점부동산에서 최초로 설립한 것이 아니고, 서울특별시 금천구 OOO에 소재하던 교회 건물 2층에서 수십년간 운영하고 있는 어린이집이며, 청구법인의 교회 건물에서 어린이집을 사용하기에는 장소가 협소하고 불편하여, 쟁점부동산으로 시설 확장 및 이전을 진행한 것이다.

따라서, 어린이집은 청구법인의 부속시설이고 비영리적인 종교상의 공공 목적으로 운영하기 때문에 종교시설로 직접 사용하는 부동산에 해당한다.

(2) 청구법인은 쟁점부동산의 2층～5층을 종교용으로 사용하고자 하였으나,「상가임대차보호법」상 임대차계약을 승계하였고 임대차계약이 만료됨에 따라 임차인과 임대차계약을 종료하고 퇴거시키는 과정에서 법적인 문제 등으로 인해 지연이 되었고, 예기치 못한 코로나19라는 자연재해가 전국적으로 발생하여 집합시설 또는 종교시설 집합금지명령이라는 행정명령으로 인하여 종교활동에 어려움을 겪었다.

이와 같은 어려운 여건 속에서 임차인이 퇴거하고 공실을 개조 및 수리 등을 하여 단계적으로 또는 부분적으로 종교시설을 설치하고 하려고 하였으나, 제반 여건상 3년이라는 기간 내에 종교시설로 사용하기에는 현실적으로 무리였고, 코로나19라는 국가적·세계적 재난은「지방세특례제한법」제50조 제1항 제2호에서 규정하는 정당한 사유에 해당하여 청구법인이 유예기간내에 종교용으로 사용하지 못한 정당한 사유를 인정하여야 한다.

(3) 청구법인은 쟁점부동산의 6층을 부목사 사택으로 사용하고 있는바, 이는 부목사의 목회활동을 지원하기 위한 배려이고, 목회활동의 효율과 필요를 위해서 사용 중이며, 이는 정당한 사유에 해당되거나 실질적으로 종교시설로 직접 사용한 것으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 취득세 면제가 되는 종교용으로 사용하는 부동산은 종교의식, 예배, 축전, 종교교육, 선교 등에 제공되는 부동산을 의미하는 것으로, 어린이집은 종교적 활동의 수행에 반드시 필요한 시설이라고 보기는 어렵고,「지방세특례제한법」에서 직접 사용이라 함은 부동산의 취득자가 영유아보육시설의 운영자로서 취득한 당해 부동산을 영유아보육시설에 직접 사용하는 경우를 의미하는 것으로, 어린이집의 소유자와 운영자(원로목사: a)가 다르므로 이 또한 취득세 감면대상으로 볼 수 없다.

(2) 청구법인이 2019.10.17. 쟁점부동산을 취득한 후 임대차 계약이 만료된 시점 이후에 종교행위를 목적으로 직접 사용하기로 하였으나, 2024.3.5. 현장조사시 쟁점부동산에 종교용으로 사용한 흔적이 없고, 건축자재 등 보관을 위한 창고로 사용하고 있어 이를 종교용으로 사용한 것으로 볼 수 없다.

(3) 담임목사 이외의 자에게 숙식 장소로 제공되는 경외지 건물의 부목사 사택은 그 자체로서 취득세 등의 비과세 대상이 되는 종교의식, 예배, 축전, 종교교육, 선교 등 종교 목적으로 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 종교용으로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 면제한 취득세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법률

지방세특례제한법

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2019.7.26. 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하면서, 특약사항에서 매매대금 중 임대보증금은 잔금에서 공제하고, 현 임대차계약은 매수인이 승계하기로 하였다.

(나) 청구법인은 2019.10.17. 쟁점부동산을 취득한 후, 쟁점부동산을「지방세특례제한법」제50조 제1항에서 규정하는 종교단체가 종교용으로 사용하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 면제받았다.

(다) 청구법인은 2020.9.17. 쟁점부동산을 사업장 소재지로 하여 OOO어린이집 인가증을 받았고, 어린이집 원장은 b, 대표자는 a로 나타난다.

(라) 처분청이 2024.3.5. 쟁점부동산에 출장하여 사용현황을 조사한 후 작성한 출장결과보고서에 의하면, 쟁점부동산의 1층은 어린이집, 2층～5층은 공실, 6층은 부목사의 사택으로 사용중인 것으로 나타난다.

(마) 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 종교용으로 직접 사용하지 아니한 것(어린이집, 부목사 사택, 공실)으로 보아 이 건 취득세 등을 부과하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산을 유예기간내에 종교용으로 직접 사용하였거나 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 종교단체가 취득하는 부동산이라 하더라도 취득세가 면제되는 것은 종교의식ㆍ예배ㆍ축전ㆍ종교교육ㆍ선교 등 종교 목적으로 직접 사용하는 부동산을 말한다 할 것인바, 쟁점부동산의 1층에 있는 어린이집은 종교용으로 사용한다고 볼 수 없고, 영유아보육시설에 대한 취득세 감면을 규정하고 있는「지방세특례제한법」에서 직접 사용이라 함은 부동산의 취득자가 영유아보육시설의 운영자로서 취득한 부동산을 영유아보육시설에 직접 사용하는 경우를 의미하는 것으로, 어린이집의 소유자와 운영자가 다르므로 이 또한 취득세 감면대상으로 볼 수 없는 점, 청구법인이 쟁점부동산의 2층～5층을 유예기간내에 종교용으로 사용하지 못한 사유가 임차인과의 명도소송과 코로나19라고 주장하나 이를 행정관청의 귀책사유나 법령상 제한 등에 준하는 정당한 사유로 보기 어려운 점, 청구법인은 쟁점부동산의 6층을 부목사의 사택으로 사용하고 있으나, 부목사는 종교활동에 필수불가결한 중추적인 지위에 있는 자로 볼 수 없으므로 이를 종교용에 직접 사용하는 부동산으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 유예기간내에 정당한 사유 없이 종교용에 사용하지 아니한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.