이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 인천광역시 미추홀구 OOO에 소재한 AAA 주거환경개선사업의 시행자로, 2018.12.3. 인천광역시 미추홀구 OOO AAA주거환경개선사업지구 3블록 토지 25,651.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 지상에 건축물(공공임대주택 1,500호, 상가 39호로 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 사용승인을 받았다.

나. 청구법인은 쟁점토지의 지목이 쟁점건물의 사용승인일에 변경되어 지목변경 취득세 등의 납세의무가 성립한 것으로 보아, 2019.1.15. 처분청에 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제15조 제2항 제2호의 세율(2%) 및 「지방세특례제한법」제32조 제1항에 따른 한국토지주택공사의 소규모 공동주택 취득에 대한 감면(50%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2019.1.15. 처분청에 쟁점건물에 대하여 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제11조 제1항 제3호의 세율(2.8%) 및 쟁점건물 중 공공임대주택에 대해서는「지방세특례제한법」제74조 제3항 제3호에 따라 주거환경개선사업의 시행자가 주거환경개선사업의 시행을 위하여 취득하는 주택에 대한 감면(75%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

라. 청구법인은 2023.11.29. 쟁점건물 중 공공임대주택에 대하여 당초 「지방세특례제한법」제74조 제3항 제3호에 따른 감면(75%)을 적용하였으나, 같은 법 제31조(공공임대주택 등에 대한 감면) 제1항 및 제177조의2에 따른 감면(85%)이 적용되어야 하므로, 과다 신고·납부한 취득세 등 합계 OOO원을 환급해달라는 이유로 경청청구를 하였다.

마. 처분청은 2023.11.21.부터 2023.12.29.까지의 기간 동안 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 후, 청구법인이 쟁점토지 등의 취득세 등을 신고·납부하면서 쟁점토지 대지조성 공사비[쟁점토지의 지목변경과 관련되지 아니한 면적 비율(70%)에 해당하는 금액] 등 합계 OOO원을 과소신고하였으므로 쟁점건물의 취득세 과세표준에 포함되어야 한다고 보아, 2024.1.5. 청구법인에게 쟁점건물의 취득세 과세표준을 OOO원으로 하고, 「지방세법」제11조 제1항 제3호의 세율(2.8%) 및 「지방세특례제한법」 제31조(공공임대주택 등에 대한 감면) 제1항 및 제177조의2에 따른 감면(85%)을 적용하여 산출한 취득세 등을 기 신고·납부한 취득세 등에서 차감한 취득세 등 OOO원을 환급 결정하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2024.3.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 청구법인의 경정청구 중 일부를 거부하면서, 그 근거로 대지조성 공사비 중 지목변경이 수반되지 아니한 면적 비율의 금액을 쟁점건물 취득세 과세표준에 포함시켰으나, 이는 지방세법령상 근거가 없다.

쟁점건물 신축에 따른 원시취득세 과세표준은 청구법인이 작성한 법인장부를 통하여 확인된 건물공사에 수반된 원가를 사실상의 취득가액으로 직접비(전기누적공사비, 당기직접비 등)에 간접비(부대비, 건설자금이자 등)를 더하여 산정하는 것이다. 그런데 여기에 간접비용에 불과한 대지조성 공사비까지 쟁점건물 취득세 과세표준에 포함할 수는 없다 할 것이다.

나. 처분청 의견

「지방세법」제10조 과세표준 규정에서는 제1항에서 원칙적으로 취득 당시의 가액을 과세표준으로 하되, 제2항에서는 취득자가 신고한 가액으로 하며 다만 시가표준액을 최저한으로 규정하고 있다. 한편, 같은 조 제5항에서 객관적인 자료에 의해 사실상의 취득가격으로 볼 수 있는 사유에 해당하는 경우에는 이를 과세표준으로 하도록 규정하고 있는데, 같은 법 시행령 제18조 제1항은 사실상의 취득가격이란 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 간접비용의 합계액으로 규정하고 있다.

이러한 취득가격에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 직접비용인 해당 물건 자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 해당 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나, 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다(대법원 2009.9.10. 선고 2009두5543 판결 참조).

쟁점건물 취득비용 중 대지조성 공사비는 건축물을 신축하는데 필요한 대지를 조성하기 위한 비용으로 쟁점건물과 관련된 비용에 해당하며, 이 중 지목변경과 관련된 부분은 지목변경 취득세 과세표준에, 지목변경이 수반되지 아니한 부분은 쟁점건물 취득세 과세표준이 산입하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점건물 취득세 과세표준에서 간접비용인 대지조성 공사비를 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 인천광역시장은 인천광역시 고시 OOO에 의하여 아래의 ＜표＞와 같이 AAA 주거환경개선사업 정비 구역 지정 및 지형도면을 고시한 사실이 나타난다.

＜표＞ 인천광역시 고시 OOO 주요내용

○○○

(나) 처분청이 제출한 문서에 의하면 청구법인은 인천광역시 남구 고시 OOO에 의하여 2007.12.31. 사업시행인가를 받았고, 2016.3.23. 쟁점토지 지상에 공동주택을 건축을 위한 착공 신고를 하였으며, 2018.12.3. 쟁점건물의 사용승인을 받은 사실이 나타난다.

(다) 청구법인은 2018.12.3. 쟁점건물의 사용승인을 받은 후, 2019.1.15. 처분청에 쟁점토지의 지목변경 취득세 등을 신고하면서 쟁점토지의 대지조성 공사비 등 합계 OOO원을 조경·토목공사비와 토지조성비로 구분하고, 조경·토지공사비 OOO원은 지목변경 취득세 과세표준으로 신고하고, 토지조성비 OOO원은 쟁점토지 대지차감율(30%)를 적용하여 산정한 OOO원만 쟁점토지 지목변경 취득세 과세표준으로 신고하였다.

(라) 청구법인은 2023.11.23. 쟁점건물 중 공공임대주택 부분에 대하여 「지방세특례제한법」제31조(공공임대주택 등에 대한 감면) 제1항 및 제177조의2에 따른 감면(85%)을 적용해달라는 취지로 경정청구를 하였다.

(마) 처분청은 2023.11.21.부터 2023.12.29.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 후, 위 토지조성비 중 지목변경 취득세 과세표준에 포함되지 아니한 OOO원은 쟁점건물 과세표준에 포함되어야 한다고 보아, 2024.1.5. 청구법인이 환급을 요구한 취득세 등 합계 OOO원 중 OOO원을 환급하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점주택의 취득세 과세표준에 간접비용인 쟁점토지 대지조성 공사비는 제외되어야 한다고 주장한다.

그러나, 「지방세법 시행령」제18조 제1항은 취득가격의 범위에 대하여 ‘취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용의 합계액’이라고 규정하고 있으므로, 건축물의 신축을 위한 대지조성 공사는 건축물 신축을 위한 필수적인 과정에 해당하므로 이러한 과정에서 지출된 비용들은 직·간접비용으로서 건축물의 취득세 과세표준에 포함된다고 할 것인바(조심 2011지523, 2012.9.20., 같은 뜻임), 쟁점건물을 신축하는데 반드시 수반되는 대지조성 공사에 지출된 공사비는 쟁점건물을 취득하기 위하여 지급한 직·간접비용으로서 쟁점건물 취득세 과세표준에 포함된다고 할 것이므로, 청구주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2019.12.31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것)

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

(2) 지방세법 시행령(2018.12.31. 대통령령 제29437호로 개정되기 전의 것)

제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.

3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우 「주택도시기금법」 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정안전부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "금융회사등"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.

1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용

2. 「전기사업법」, 「도시가스사업법」, 「집단에너지사업법」, 그 밖의 법률에 따라 전기ㆍ가스ㆍ열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용

3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

4. 부가가치세

5. 제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용

③ 법 제10조 제5항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 판결문 : 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해ㆍ포기ㆍ인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)

2. 법인장부 : 금융회사의 금융거래 내역 또는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.

④ 부동산을 취득할 수 있는 권리를 타인으로부터 이전받은 자가 법 제10조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 부동산을 취득하는 경우로서 해당 부동산 취득을 위하여 지출하였거나 지출할 금액의 합(이하 이 항에서 "실제 지출금액"이라 한다)이 분양ㆍ공급가격(분양자 또는 공급자와 최초로 분양계약 또는 공급계약을 체결한 자 간 약정한 분양가격 또는 공급가격을 말한다)보다 낮은 경우에는 부동산 취득자의 실제 지출금액을 기준으로 제1항 및 제2항에 따라 산정한 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래로 인한 취득인 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 법 제10조 제6항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 취득가격"이란 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 말한다.

1. 제3항 제2호에 따른 법인장부로 증명된 금액

2. 제3항 제2호에 따른 법인장부로 증명되지 아니하는 금액 중 「소득세법」 제163조에 따른 계산서 또는 「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서로 증명된 금액

3. 부동산을 취득하는 경우 「주택도시기금법」 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 금융회사등 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

(3) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것)

제31조(공공임대주택 등에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자(이하 이 조에서 “공공주택사업자”라 한다)가 임대할 목적으로 임대형기숙사[「주택법」 제2조 제4호에 따른 준주택 중 임대형기숙사로서 「건축법」 제38조에 따른 건축물대장에 호수별로 전용면적이 구분되어 기재되어 있는 임대형기숙사(그 부속토지를 포함하며, 전용면적 40제곱미터 이하인 호수 등 대통령령으로 정하는 부분으로 한정한다)를 말한다. 이하 이 조 및 제31조의3에서 같다] 또는 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조 및 제31조의3에서 같다)을 건축하기 위하여 취득하는 토지와 임대할 목적으로 건축하여 취득하는 임대형기숙사 또는 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 취득세를 2027년 12월 31일까지 감면한다.

1. 다음 각 목의 경우에는 취득세를 면제한다.

가. 임대형기숙사 또는 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 건축하기 위하여 토지를 취득하는 경우

나. 임대형기숙사 또는 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 건축하여 취득하는 경우

2. 다음 각 목의 경우에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

가. 「공공주택 특별법」에 따라 10년 이상의 장기임대 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 임대주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다)을 20호(戶) 이상 건축하기 위하여 토지를 취득하는 경우

나. 장기임대주택을 20호 이상 건축하여 취득하는 경우

다. 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 공공주택사업자가 추가로 장기임대주택을 건축하기 위하여 토지를 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 건축하기 위한 토지를 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 건축하기 위한 토지를 포함한다)

라. 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 공공주택사업자가 추가로 장기임대주택을 건축하여 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)

제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ③ 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업과 주거환경개선사업의 시행에 따라 취득하는 제1호부터 제3호까지의 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2019년 12월 31일까지 경감하고, 제4호 및 제5호의 부동산에 대해서는 취득세를 2018년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 「지방세법」 제13조 제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 감면된 취득세를 추징한다.

3. 「도시 및 주거환경정비법」 제24조에 따른 주거환경개선사업의 시행자가 같은 법 제2조 제2호 가목에 따른 주거환경개선사업의 시행을 위하여 취득하는 주택