이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2023.2.28. 서울특별시 광진구 OOO 대 OOO(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 건축물 OOO(이 건 토지와 합하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 매매로 취득하면서, 같은 날 그 취득가격인 OOO원을 과세표준으로 삼아 취득세 OOO원을 신고.납부하였다.

나. 청구인은 2024.5.27. 이 건 부동산은 「지방세특례제한법」 제31조의5 제1항(이하 “이 건 감면규정”이라 한다)에 따른 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자가 해당 주택 등을 건축하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하므로 기 납부한 취득세 등의 일부(10%)가 환급되어야 한다고 주장하면서 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 2024.7.25. 청구인이 이 건 부동산을 취득한 이후인 2024.1.8. 서울주택도시공사와 이 건 부동산의 매입약정을 체결하였으므로, 이 건 감면규정에 따른 감면대상으로 볼 수 없다 하여 경정청구를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.8.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「지방세특례제한법」 제31조의5의 신설 취지가 공공임대주택의 공급 확대와 서민 주거 안정 지원에 있는 만큼, 부동산을 취득한 후 공공주택사업자와 매입약정을 체결한 경우에도 취득세 감면 혜택이 적용되어야 한다.

서울주택공사를 비롯한 공공주택사업자들은 임대주택 공급을 원활히 하기 위해 일정한 절차를 거쳐 민간사업자와 매입약정을 체결하는데, 이 과정에서 토지 소유권 확보를 필수적인 요건으로 요구한다. 청구인은 이러한 요건을 충족하기 위해 SH공사의 매입임대주택 매입공고를 참고하여 적합한 부동산을 물색하고 사업성을 검토한 후 매매계약을 체결하였다. 이후 해당 부동산에 대해 서울주택공사와 매입약정을 체결하고 1년 이내에 착공도 완료하였다.

또한, 「지방세특례제한법」 제31조의5와 함께 「조세특례제한법」에서도 공공매입임대주택 건설을 위한 토지 양도에 대해 세제 감면을 적용하고 있는 점을 고려할 때, 본 규정의 취지는 공공임대주택 공급을 활성화하려는 데 있으며, 부동산 취득 시점이 매입약정보다 선행했다고 해서 감면 대상에서 제외하는 것은 부당하다.

이와 관련하여 조세심판원 선결정(조심 2022지1848, 2023.8.24.) 에서도 부동산을 취득한 후 공공주택사업자와 매입약정을 체결한 경우에도 취득세 감면 혜택을 부여하는 것이 합리적이라고 판시한 바 있다. 따라서 청구인은 이 건 부동산이 공공주택사업자의 매입약정 사업에 사용될 목적으로 일정 기한 내에 적법하게 활용된 이상, 취득세의 10% 감면 혜택이 적용되어야 하며, 이에 부가되는 지방교육세 및 농어촌특별세도 환급되어야 한다.

나. 처분청 의견

「지방세특례제한법」 제31조의5 제1항 소정의 감면을 받기 위해서는 부동산을 매입하기 이전에 공공주택사업자와 매도 약정을 체결하여야 함이 명백하다.

설령, 조세심판원 선결정(조심 2022지1848, 2023.8.24.)의 요지대로 청구인이 부동산을 취득한 이후 공공주택사업자와 매입약정을 체결한 경우에도 감면을 받을 수 있다 하더라도, 위 사례는 청구인이 부동산을 취득하기 이전에 서울주택도시공사에 임대약정을 위한 매도신청을 한 경우이므로, 임대약정을 위한 매도신청을 부동산 취득 이후에 마친 이 건에 대하여는 그대로 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 이 건 부동산을 취득한 후 공공주택사업자와 매입약정을 체결한 경우에 「지방세특례제한법」제31조의5 제1항의 적용대상에 해당하는 것으로 볼 것인지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구인은 2020.11.19. 「주택법」 제4조, 같은 법 시행령 제15조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제4조 제3항에 따라 주택건설사업자로 등록하였다(OOO).

(나) 청구인은 2022.11.3. 이 건 부동산을 OOO원에 매입하기로 하는 매매계약을 체결하였으며, 잔금 지급일은 2023.2.28.로 기재되어 있다.

(다) 청구인은 2022.11.23. 한국토지주택공사 서울지역본부장(이하 “한국토지주택공사”라 한다)에게 이 건 토지 및 지상에 신축 예정인 건축물 54개호(이하 “매입약정주택”이라 한다)에 대한 매입약정을 신청하였다.

(라) 한국주택공사는 2023.1.20. 청구인의 매입약정 신청에 대해 ‘조건부 통과’로 심의 결과를 통보하였다.

(마) 청구인은 서울주택도시공사가 2023.5.10. 발표한 ‘2023년도 제1차 신축약정 매입임대주택 매입공고’에 따라 매입약정주택에 대한 매입약정을 신청하였으나, 서울주택도시공사는 2023.8.2. ‘입지 부적정’을 이유로 부결되었다.

(바) 서울주택도시공사는 2023.8.11. ‘제2차 신축약정 매입임대주택 매입공고’를 발표하였으며, 청구인은 2023.9.14. 재차 매입약정주택을 매도신청하였고, 이에 서울주택토지공사는 2023.10.25. 매입 결정을 한 후 2024.1.8. 매입약정을 체결하였다.

(사) 청구인은 2023.11.13. 이 건 토지 지상에 연면적 2,206.11㎡ 규모의 업무시설(오피스텔 54세대)을 신축하는 건축허가를 받았으며, 착공예정일을 2024.2.1.로 정하여 처분청에 착공신고를 하였다.

(아) 청구인은 민간신축 임대약정 사업의 절차가 사업부지 등을 취득한 후에야 매입약정을 체결하는 것이 가능하다고 주장하면서 서울주택도시공사 홈페이지 상 민간신축 임대약정 사업의 절차를 같이 제출하였고, 그 절차를 보면 공공주택사업자와 매입약정을 체결하기 전 토지소유권을 확보하여야 하는 것으로 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 이 건 부동산을 취득한 후 공공주택사업자와 매입약정을 체결한 경우에는 「지방세특례제한법」 제31조의5 제1항의 감면 대상에 해당하지 않는다는 의견이나,

해당 규정의 신설 취지는 신축 매입주택을 통한 임대주택 공급 확대 및 서민 주거 안정 지원에 있으며, 공공주택사업자의 민간 신축임대 약정 사업 절차를 보면 사업부지를 취득한 후 매입약정을 체결하는 것으로 보이는 점, 청구인은 이 건 부동산 취득(2023.2.28.)하기 전인 2022.11.23. 한국토지주택공사에 매도신청을 하여 2023.1.20. ‘조건부 통과’ 판정을 받았고, 이후 서울주택도시공사의 2023년도 1차 매입 공고(2023.5.10.)에도 신청하였으나 ‘입지 부적정’ 사유로 부결되었음에도 청구인은 2023.9.14. 제2차 매입공고에 재차 신청하여 2023.10.25. 매입 결정이 이루어졌고, 최종적으로 2024.1.8. 매입약정을 체결한 사실에서 청구인이 이 건 부동산 취득 당시부터 일관되게 공공임대주택 사업 참여 의도를 가지고 있었다고 보이는 점, 아울러, 이 건 감면규정의 추징 규정을 보면 부동산 취득 후 1년 내 착공하지 않을 경우 감면세액을 추징하도록 규정하고 있는바, 부동산 취득 후 매입약정을 체결한 경우에도 감면 혜택을 부여하는 것이 합리적으로 보이는 점(조심 2022지1848, 2023.8.24., 참조) 등에 비추어 볼 때 이 건 부동산을 취득한 후 공공주택사업자와 매입약정을 체결한 경우에도 세제 혜택을 부여하는 것이 합리적이라 하겠으므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제31조의5(공공주택사업자의 임대 목적으로 주택을 매도하기로 약정을 체결한 자에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자(이하 이 조에서 "공공주택사업자"라 한다)의 임대가 목적인 주택을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자가 해당 주택 등을 건축하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 10을 2022년 12월 31일까지 경감한다.

② 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자가 해당 주택 등을 건축하여 최초로 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 10을 2022년 12월 31일까지 경감한다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항 및 제2항에 따라 경감받은 취득세를 추징한다.

1. 제1항에 따라 부동산을 취득한 날부터 1년 이내에 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택 등을 착공하지 아니한 경우

2. 제2항에 따라 최초로 취득한 주택 등을 6개월 이내에 공공주택사업자에게 매도하지 아니한 경우

(2) 공공주택 특별법

제43조(공공주택사업자의 기존주택등 매입) ① 공공주택사업자는 「주택법」 제49조에 따른 사용검사 또는 「건축법」제22조에 따른 사용승인을 받은 건축물로서 대통령령으로 정하는 규모 및 기준의 주택 등(이하 “기존주택등”이라 한다)을 매입하여 공공매입임대주택으로 공급할 수 있다.

② 국가 또는 지방자치단체는 공공주택사업자가 제1항에 따라 기존주택등을 매입하는 경우 재정이나 주택도시기금에 따른 공공주택 건설자금지원 수준을 고려하여 공공주택사업자를 지원할 수 있다.

③ 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인권자 또는 「건축법」 제11조에 따른 허가권자는 주택을 건설하여 제1항에 따라 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자가 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 신청하거나 「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 신청하는 경우 「주차장법」 제12조의3, 제19조 및 「주택법」 제35조에도 불구하고 대통령령으로 정하는 주차장의 설치기준을 적용할 수 있다.

④ 공공주택사업자는 국토교통부장관이 정하는 특별한 사정이 없으면 제3항에 따른 주차장 설치기준을 적용받아 주택을 건설한 자가 「주택법」 제49조에 따른 사용검사 또는 「건축법」 제22조에 따른 사용승인을 받은 날부터 1개월 이내에 그 주택의 매도를 요청하여야 한다.

⑤ 제4항에 따른 매도 요청을 받은 자는 매도 요청을 받은 날부터 2개월 이내에 그 주택을 매도하여야 한다.

⑥ 제4항에 따라 매도 요청을 받은 자가 제5항에 따라 매도하지 않는 경우 공공주택사업자는 「주택법」 제49조에 따른 사용검사권자 또는 「건축법」 제22조에 따른 사용승인권자에게 그 사실을 통보하여야 한다.

⑦ 기존주택등의 매입절차 및 공공주택사업자에 대한 재정지원에 필요한 사항은 대통령령으로 정하며, 매입기준 등은 국토교통부장관이 별도로 정하는 바에 따른다.

(3) 공공주택 특별법 시행령

제37조(기존주택등의 매입) ① 법 제43조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 규모 및 기준의 주택 등”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택 또는 건축물을 말한다.

1. 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 가목부터 다목까지에 따른 단독주택, 다중주택 및 다가구주택

2. 「건축법 시행령」 별표 1 제2호에 따른 공동주택(「주택법」 제2조 제6호에 따른 국민주택규모 이하인 것만 해당한다)

3. 「건축법 시행령」 별표 1 제3호, 제4호, 제11호, 제12호, 제14호 또는 제15호에 따른 제1종 근린생활시설, 제2종 근린생활시설, 노유자시설, 수련시설, 업무시설 또는 숙박시설의 용도로 사용하는 건축물

② 공공주택사업자는 법 제43조 제1항에 따라 기존주택등을 매입하면서 같은 조 제2항에 따른 지원을 받으려면 다음 각 호의 사항을 포함한 매입계획을 수립하여 미리 국토교통부장관의 승인을 받아야 한다. 다만, 제4호부터 제6호까지의 사항은 기존주택등을 매입하여 개량(기존주택등을 철거한 후 다시 건설한 경우를 포함하며, 기존주택등의 세대수ㆍ구조 등의 변경 없이 보수하는 경우는 제외한다. 이하 같다)한 후 공공임대주택으로 공급하려는 경우만 작성한다.

1. 매입 대상인 기존주택등의 호수

2. 매입 시기

3. 매입에 드는 비용

4. 개량 후 주택 호수

5. 개량 기간

6. 개량에 드는 비용

③ 공공주택사업자는 제2항에 따라 국토교통부장관의 승인을 받았으면 매입 대상인 기존주택등의 소유자와 매입가격 등 매입조건에 관하여 협의하고 매입절차를 마쳐야 한다.

④ 법 제43조 제1항에 따라 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 주택의 경우 세대당 전용면적이 30제곱미터 미만인 세대는 같은 조 제3항에 따라 세대당 주차대수 기준을 0.3대로 적용할 수 있다.

⑤ 법 제43조 제1항에 따라 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 제1항 제3호의 건축물로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 건축물에 대해서는 해당 건축물을 공공임대주택으로 사용하는 기간 동안 제1호에 따라 용도변경을 하기 전의 용도를 기준으로 「주차장법」 제19조에 따른 부설주차장 설치 기준을 적용할 수 있다.

1. 해당 건축물을 「주택법 시행령」 제4조 각 호의 용도로 변경할 것

2. 세대별 전용면적이 30제곱미터 미만일 것

3. 임대기간 동안 자동차(「장애인복지법」 제39조 제2항에 따른 장애인사용자동차등표지를 발급받은 자동차는 제외한다)를 소유하지 않을 것을 임차인 자격요건으로 하여 임대할 것

⑥ 법 제43조에 따라 매입한 기존주택등의 입주자격, 임대조건 등 그 기존주택등을 공공주택으로 공급하는 데 필요한 사항은 국토교통부장관이 정한다.

(4) 기존주택 등 매입임대주택 업무처리지침

제3조(정의) 이 지침에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "매입임대주택"이란 국가나 지방자치단체의 재정이나 주택도시기금의 자금을 지원받아 기존주택을 매입하여 개보수하거나 개량한 후 제4조의 공급방식 및 사업유형에 따라 공급하는 공공임대주택을 말한다.

2. "청년"이란 대학생(입주신청일 현재 해당연도 입학 및 복학 예정자를 포함한다), 대학 또는 「초·중등교육법」제2조 제3항에 따른 고등·고등기술학교를 졸업하거나 중퇴한 후 2년 이내인 사람(졸업유예자 포함)으로서 직장에 재직 중이지 않은 사람(이하 "취업준비생"이라 한다), 19세 이상 39세 이하인 사람을 말한다.

제5조(매입계획의 승인 등) ① 공공주택사업자가 기존주택등을 매입하는 경우 재정이나 주택도시기금의 자금을 지원받기 위해서는 매입호수, 매입시기, 매입비용 등의 사항이 포함된 별지 제1호 서식의 매입계획 승인 신청서를 국토교통부장관에게 제출하여 승인을 받아야 한다.

② 제1항에 따라 국토교통부장관의 승인을 받은 공공주택사업자는 매입주택의 규모 및 구조 등을 감안하여 지역별 수량, 사업유형, 가구원수에 따른 공급유형 등을 분류한 공급물량을 관할 특별시장·광역시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 "도지사 등"이라 함)및 시·군·구청장(이하 "시장 등"이라 함)에게 통보하여야 한다. 이 경우 공공주택사업자는 제30조, 제38조, 제39조에 따른 운영기관에 공급계획인 주택에 대한 자료를 제공할 수 있다.

③ 제2항의 공급물량에 대하여 도지사 등은 필요한 경우에 시장 등 및 공공주택사업자와 협의하여 공급방식 및 사업유형별 물량을 조정·배분한다.

제6조(기존주택등의 매입기준 등) ① 공공주택사업자가 일반가구용으로 매입할 수 있는 기존주택등은 다음과 같다.

1. 일반 매입임대주택 : 매입대상 주택은 건축물 연령 15년 이내의 주택으로서 「건축법 시행령」 별표 1 제1호의 단독주택·다중주택·다가구주택, 별표 1 제2호의 공동주택 및 제14호 나목에 따른 오피스텔(바닥난방, 취사시설 등을 구비하여 주거용으로 이용하는 경우) 중「주택법」 제2조 제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택으로 한다.

2. 청년 매입임대주택 : 매입대상 주택은 제1호와 같이 하되, 대학교 인근 등 청년층의 수요가 많고 철도역·버스환승시설 인근 등 교통이 편리한 지역의 주택을 매입하고, 매입 시 세부 평가기준 등에 대해서는 공공주택사업자가 국토교통부장관과 협의하여 정할 수 있다.

제6조의3(약정을 통한 주택의 매입절차 등) ① 공공주택사업자는 법 제43조 제3항 및 영 제37조 제4항에 따른 주차장 설치 기준을 적용받은 주택을 매입하기로 약정계약을 체결하는 경우 별지 제3호 서식에 따른 매입약정증명서를 작성하여야 한다.

② 공공주택사업자와 약정계약을 체결한 자는 제1항에 따른 매입약정증명서가 작성되는 즉시 「주택법」제15조에 따른 사업계획승인권자 또는 「건축법」제11조에 따른 허가권자에게 이를 제출하여야 한다.

③ 법 제43조 제4항의 "국토교통부장관이 정하는 특별한 사정"은 다음 각 호에 따른다.

1. 약정계약 체결 내용과 「주택법」제49조에 따른 사용검사 또는 「건축법」제22조에 따른 사용승인을 받은 주택이 서로 다른 경우

2. 품질점검 및 점검사항 이행의무 등 약정내용에 따른 이행의무를 다하지 않는 경우

3. 공공주택사업자가 유치권 등의 사유로 권리흠결 또는 하자 없이 주택을 명도받거나 소유권 확보가 어려운 경우