청구법인은 2008.2.5. 관리처분계획 인가를 받았으며, 2023.11.30. 소유권 이전 고시를 통해 비조합원용 부동산을 취득하였으므로, 개정된 「지방세법 시행령」 부칙 제3조의2의 적용 대상에 해당하는 점, 처분청 또한 청구법인의 주장이 관련 법령 및 개정된 부칙에 부합한다는 의견을 제시한 점 등에 비추어 처분청이 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 1995.5.18. 서울특별시 관악구 OOO(이하 “이 건 정비사업부지”라 한다)에서 주택재건축 정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)을 목적으로 설립된 후, 이 건 정비사업을 위하여 주택조합이 사업 추진 중에 조합원들로부터 OOO(이하 “이 건 신탁면적”이라 한다)를 신탁받았으며, 2019년 1월부터 7월까지 사이에 서울특별시 관악구 OOO를 취득한 후 취득세 등을 신고ㆍ납부하였다. 나. 청구법인은 이 건 정비사업부지에 아파트용 건축물 등을 신축하고 2023.11.30. 이 건 정비사업에 대한 이전고시를 하였으며, 이에 따라 그 부지는 조합원용 귀속토지 OOO㎡, 일반분양분 부속토지 OOO, 임대주택 부속토지 OOO, 도로, 보육·체육시설 등 정비기반시설용 토지 OOO로 귀속되었다. 다. 청구법인은 2023.12.8. 「지방세법 시행령」 (2023.3.14. 대통령령 제33325호로 개정된 것, 이하 같다) 제18조의4 제1항 제3호(이하 “과세표준 산정규정”이라 한다)에 따른 분양가액에 「지방세법」 제7조 제8항 및 「지방세법 시행령」 제11조의2를 적용하여 산정한 조합원용 토지 OOO를 곱하여 산출한 과세표준 OOO원에 대해 취득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 라. 청구법인은 2024.5.28. 과세표준 산정시 분양가액이 아니라 공시지가(OOO원/㎡)를 적용하여야 하다는 취지로 과다 신고·납부한 취득세 OOO원을 경정청구하였으나, 처분청은 2024.7.23. 거부하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.21. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 2008.2.5. 관리처분계획 인가를 받았으므로 2023.11.30. 소유권 이전고시를 통해 청구법인이 취득한 비조합원용 토지에 대해서는 2024.12.31. 소급 개정된 부칙 제3조의2에 따라 과세표준 산정 기준이 분양가액이 아닌 공시지가로 적용되어야 한다. 나. 처분청 의견 청구법인의 주장은 관련 법령 및 개정된 부칙에 부합하는 것으로 쟁점토지가 관리처분계획 인가일 기준으로 개정된 법령의 요건을 충족하므로, 과세표준 산정 기준은 분양가액이 아닌 공시지가로 적용하는 것이 타당하다. 따라서, 청구법인의 주장에 대해 처분청은 이견이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인은 2008.2.5. 관리처분계획 인가를 받았으므로, 2024.12.31. 개정된 「지방세법 시행령」 부칙 제3조의2에 따라 공시지가를 기준으로 취득세 과세표준이 산정되어야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 서울특별시 관악구 OOO에 소재하고 있으며, 서울특별시 관악구 OOO 일대 재건축정비사업 시행을 목적으로 1995.5.18. 조합설립 인가를 받아 설립된 주택재건축정비사업조합이다. (나) 청구법인은 서울특별시 관악구청장으로부터 2006.12.1. 사업시행 인가 및 2008.2.5. 관리처분계획 인가를 받았으며, 2019.6.25. 착공을 시작하고 2022.8.29. 준공 인가를 받은 뒤, 2023.9.26. 관리처분계획 변경 인가를 거쳐 2023.11.30. 소유권 이전 고시를 하였습니다.

＜이 건 정비사업 추진 경과＞
일자	추진현황	비고
1995.5.18.	조합설립인가	고시 제OOO호
2006.12.1.	사업시행인가	고시 제OOO호
2008.2.5.	관리처분계획인가	고시 제OOO호
2019.6.25.	착공신고
2022.8.29.	준공인가	고시 제OOO호
2023.9.26.	관리처분계획변경인가	고시 제OOO호
2023.11.30.	소유권 이전고시	고시 제OOO호

(다) 과세표준 산정규정은 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 사업시행자가 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산 또는 체비지·보류지를 취득하는 경우, 그 과세표준은 공시지가를 기준으로 산정하도록 2021.12.31. 신설되었다가 2023.3.14. 대통령령 제33325호로 공시지가 대신 분양가액을 기준으로 산정하도록 개정되었다.

지방세법 시행령 [대통령령 제32293호, 2021.12.31, 일부개정]	지방세법 시행령 [대통령령 제33325호, 2023.3.14, 일부개정]
제18조의4(유상ㆍ무상ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) 법 제10조의5제3항 각 호에 따른 취득의 경우 취득당시가액은 다음 각 호의 구분에 따른 가액으로 한다. (중략) 3. 법 제10조의 5 제3항 제3호의 경우: 다음 계산식에 따라 산출한 가액 공시 지가 × 제11조의 2의 계산식에 따라 산출한 면적	제18조의4(유상ㆍ무상ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ① 법 제10조의 5 제3항 각 호에 따른 취득의 경우 취득당시가액은 다음 각 호의 구분에 따른 가액으로 한다. (중략) 3. 법 제10조의 5 제3항 제3호에 따른 사업시행자 또는 주택조합이 법 제7조 제8항 단서에 따른 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지를 취득한 경우: 다음 계산식에 따라 산출한 가액 가액 = A × [B - (C × B / D)] A: 해당 토지의 제곱미터당 분양가액 B: 해당 토지의 면적 C: 사업시행자 또는 주택조합이 해당 사업 진행 중 취득한 토지면적(조합원으로부터 신탁받은 토지는 제외한다) D: 해당 사업 대상 토지의 전체 면적

(라) 이후 과세표준 산정규정은 2024.12.31. 부칙(대통령령 제33325호, 2023.3.14.) 제3조의2의 신설로 인해, 2023.3.14. 전에 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 등을 받은 사업의 시행으로 사업시행자가 2023.3.14. 이후 취득하는 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지에 대해서는 공시지가 또는 분양가액으로 산정한 가액 중 낮은가액을 과세표준으로 적용하도록 소급 개정되었다.

「지방세법 시행령」 부칙 제3조의2 (재개발사업 등으로 취득한 부동산에 대한 과세표준에 관한 특례) ① 2023년 3월 14일 전에 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 또는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획 승인을 받은 사업의 시행으로 법 제10조의5 제3항 제3호에 따른 사업시행자 또는 주택조합이 2023년 3월 14일 이후 취득하는 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지에 대해서는 제18조의4 제1항 제3호의 개정규정에도 불구하고 취득당시가액은 다음 계산식에 따라 산출한 가액으로 한다. 다만, 다음 계산식에 따라 산출한 가액이 제18조의4제1항제3호의 개정규정에 따라 산출한 가액보다 높은 경우에는 그렇지 않다. 가액 = A × [B - (C × B / D)] A: 해당 토지의 제곱미터당 공시지가 B: 해당 토지의 면적 C: 사업시행자 또는 주택조합이 해당 사업 진행 중 취득한 토지면적(조합원으로부터 신탁받은 토지는 제외한다) D: 해당 사업 대상 토지의 전체 면적

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. 「지방세법 시행령」 제18조의4 제1항 제3호에 따르면, 사업시행자가 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산을 취득하는 경우, 과세표준은 공시지가를 기준으로 산정하도록 2021.12.31. 신설되었다가 2023.3.14. 개정으로 인해 분양가액을 기준으로 산정하도록 변경되었으나, 2024.12.31. 개정된 「지방세법 시행령」 부칙 제3조의2에서 2023.3.14. 이전에 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가를 받은 사업시행자가 2023.3.14. 이후 취득하는 비조합원용 부동산에 대해서는 공시지가와 분양가액 중 낮은 가액을 과세표준으로 적용하도록 소급 개정되었는바, 청구법인은 2008.2.5. 관리처분계획 인가를 받았으며, 2023.11.30. 소유권 이전 고시를 통해 비조합원용 부동산을 취득하였으므로, 개정된 「지방세법 시행령」 부칙 제3조의2의 적용 대상에 해당하는 점, 처분청 또한 청구법인의 주장이 관련 법령 및 개정된 부칙에 부합한다는 의견을 제시한 점 등에 비추어, 처분청이 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 지방세법 (2023.5.30. 대통령령 제19230호로 개정된 것) 제7조 (납세의무자 등) ⑧ 「주택법」 제11조에 따른 주택조합과 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제23조에 따른 재건축조합 및 소규모재건축조합(이하 이 장에서 “주택조합등”이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다. 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 “비조합원용 부동산”이라 한다)은 제외한다. 제9조 (비과세) ③ 신탁(「신탁법」에 따른 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것만 해당한다)으로 인한 신탁재산의 취득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 신탁재산의 취득 중 주택조합등과 조합원 간의 부동산 취득 및 주택조합등의 비조합원용 부동산 취득은 제외한다. 제10조의5(무상취득ㆍ유상승계취득ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ③ 제10조의2부터 제10조의4까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호의 경우 취득당시가액의 산정 및 적용 등은 대통령령으로 정한다. 3. 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제8호의 사업시행자, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제2조 제1항 제5호의 사업시행자 및 「주택법」 제2조 제11호의 주택조합이 취득하는 경우 (2) 지방세법 시행령 (2021.12.31. 대통령령 제32293호로 개정된 것) 제11조의 2(비조합원용 부동산의 취득) 법 제7조 제8항 단서에 따른 비조합원용 부동산의 취득 면적은 다음 계산식에 따라 산출한 면적으로 한다.

일반분양분토지의 면적 X

법 제7조 제8항에 따른 주택조합등이 사업 추진 중에 조합원으로부터 신탁받은 토지의 면적 전체 토지의 면적

제18조의4 (유상ㆍ무상ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) 3. 법 제10조의 5 제3항 제3호의 경우 : 다음 계산식에 따라 산출한 가액

공시 지가 × 제11조의 2의 계산식에 따라 산출한 면적

(3) 지방세법 시행령 (2023.3.14. 대통령령 제33325호로 개정된 것) 제18조의4 (유상ㆍ무상ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) 3. 법 제10조의 5 제3항 제3호에 따른 사업시행자 또는 주택조합이 법 제7조 제8항 단서에 따른 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지를 취득한 경우 : 다음 계산식에 따라 산출한 가액

가액 = A × [B - (C × B / D)] A: 해당 토지의 제곱미터당 분양가액 B: 해당 토지의 면적 C: 사업시행자 또는 주택조합이 해당 사업 진행 중 취득한 토지면적(조합원으로부터 신탁받은 토지는 제외한다) D: 해당 사업 대상 토지의 전체 면적

＜부칙＞ ＜대통령령 제33325호, 2023.3.14.＞ 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제3조의2(재개발사업 등으로 취득한 부동산에 대한 과세표준에 관한 특례) ① 2023년 3월 14일 전에 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 또는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획 승인을 받은 사업의 시행으로 법 제10조의5 제3항 제3호에 따른 사업시행자 또는 주택조합이 2023년 3월 14일 이후 취득하는 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지에 대해서는 제18조의4 제1항 제3호의 개정규정에도 불구하고 취득당시가액은 다음 계산식에 따라 산출한 가액으로 한다. 다만, 다음 계산식에 따라 산출한 가액이 제18조의4 제1항 제3호의 개정규정에 따라 산출한 가액보다 높은 경우에는 그렇지 않다.

가액 = A × [B - (C × B / D)] A: 해당 토지의 제곱미터당 공시지가 B: 해당 토지의 면적 C: 사업시행자 또는 주택조합이 해당 사업 진행 중 취득한 토지면적(조합원으로부터 신탁받은 토지는 제외한다) D: 해당 사업 대상 토지의 전체 면적