이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2021.3.30. 경기도 김포시 OOO 토지(합계 OOO, 이하 “쟁점토지”라 한다)와 2021.11.18. OOO 지상건물(제2종근린생활시설, OOO, 이하 “쟁점건물1”이라 한다) 및 OOO 지상건물(공장, OOO, 이하 “쟁점건물2”라 하고, 쟁점건물1과 합하여 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점토지와 쟁점건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득(매매 및 신축)한 후, 2021.3.30. 및 2021.11.30. 그 취득가액(OOO원)을 과세표준으로 하여 취득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 이 후, 청구인은 2024.8.9. 종전에 소유하고 있던 경기도 김포시 OOO의 부동산(토지 2,254㎡, 건축물 549.8㎡, 이하 “종전부동산”이라 한다)이 OOO일반산업단지 사업지구(사업시행인가일 : 2011.12.23.)로 편입되어 수용됨에 따라 쟁점부동산을 대체취득 하였고, 「지방세특례제한법」 제73조 제1항에 따른 감면 대상이라고 주장하며 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점부동산이 종전부동산에 대한 보상금을 마지막으로 받은 날(2020.1.8.)로부터 1년 이후에 취득한 부동산이라고 하여 2024.8.23. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.10.15 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 종전부동산을 처분한 후, 대체토지 매입을 위해 서둘렀으나, 적합한 대체토지 및 건물을 찾을 수 없어 불가피하게 쟁점토지를 매입한 후, 쟁점건물을 신축하게 되었고, 건축신고 수리가 제 때에 이루어지지 않아 쟁점부동산의 취득이 늦어지게 되었다.

(2) 청구인은 최종보상금의 수령일로부터 1년의 기간이 도래하기 약 40여일 전인 2020.11.27. 건축신고서를 제출하였고, 처분청이 건축신고를 수리한 것은 청구인이 취득세를 감면받을 수 있는 기간(2021.1.8.)이 지난 2021.1.22.로, 「군사기지 및 군사시설 보호법 시행령」 제13조에 따른 “OOO 간 협의절차” 등으로 기간이 도과되었으므로 청구인의 귀책이 아닌 것에 대해 청구인에게 책임을 전가하는 것은 헌법상 자기책임의 원리에 반한다고 할 것이다.

(3) 청구인은 2020.10.7. 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하였으나, 계획에 없던 공장 건축에 대한 비용소요로 쟁점토지의 잔금지급을 위한 대출이 필요했고, 해당 대출은 건축 인·허가 절차가 마무리되어야만 가능했기에 2020.11.27. 건축허가신고서를 제출하게 되었다. 쟁점부동산의 취득은 공공사업 시행에 따라 사유재산권을 제한한 결과이고, 청구인의 입장에서는 어쩔 수 없이 비자발적인 선택을 한 것임을 감안한다면, 「지방세특례제한법」 제73조 제1항이 별도로 ‘정당한 사유’를 규정하지 않고 있다는 이유로 최종 보상금을 수령한 날부터 1년이 도과했는지 만을 일률적으로 따지기 보다는 납세의무자가 ‘대체토지 취득을 위해 정상적인 노력을 다했는지’를 구체적으로 판단하는 것이 타당하다.

(4) 청구인은 대체토지 취득을 위해 정상적인 노력을 하였고, 기간의 도과가 청구인의 귀책으로만 볼 수 없으며, 대법원 판례(2003.1.24. 선고 2002두9537 판결)가 조세법규의 엄격한 해석을 강조하면서도 “특별한 사정”과 “합리적 이유”를 배제하고 있지 않은 점 등을 감안할 때, 처분청이 청구인에게 한 이 건 경정청구 거부처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 참조).

(2) 「지방세특례제한법」 제73조 제1항은 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 수용된 자가 계약일 또는 사업인정고시일 이후에 대체취득할 부동산에 관한 계약을 체결하고, 그 보상금을 마지막으로 수령한 날부터 1년 이내에 대체 부동산을 취득하였을 때 감면이 적용되는바(행정안전부 지방세특례제도과-790, 2019.10.1.), 청구인은 2020.1.8. 마지막으로 보상금을 수령한 날로부터 1년이 경과한 후인 2021.3.30. 및 2021.11.18. 쟁점부동산을 취득한 점, 「지방세특례제한법」 제73조 제1항에서 감면요건의 하나로 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 종전의 부동산 등을 대체할 부동산등을 취득할 것만을 규정하고 있을 뿐 정당한 사유를 별도로 규정하고 있지 아니한 점 등에 비추어 청구인은 최종 보상금 수령일부터 1년 이내에 종전부동산을 대체할 부동산을 취득하지 아니하여 취득세 등의 감면요건을 충족하지 못하였으므로(조심 2020지3439, 2021.6.28., 같은 뜻임), 처분청이 청구인에게 한 이 건 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산이 「지방세특례제한법」 제73조 제1항에 따른 대체취득 감면적용 대상인지 여부

나. 관련 법률

＜지방세특례제한법: 2024.12.31. 법률 제20632호로 개정되기 전의 것＞

제73조(토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면) ① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」, 「도시개발법」 등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(「관광진흥법」 제55조 제1항에 따른 조성계획의 승인을 받은 자 및 「농어촌정비법」 제56조에 따른 농어촌정비사업 시행자를 포함한다)에게 부동산(선박ㆍ어업권ㆍ양식업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 “부동산등”이라 한다)이 매수, 수용 또는 철거된 자(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산등을 해당 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 같은 법 제78조 제1항부터 제4항까지 및 제81조에 따른 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일(「관광진흥법」에 따른 조성계획 고시일 및 「농어촌정비법」에 따른 개발계획 고시일을 포함한다) 이후에 대체취득할 부동산등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을 말하고, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을 말하며, 같은 법 제63조 제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 받는 경우에는 채권상환기간 만료일을 말한다)부터 1년 이내(제6조 제1항에 따른 농지의 경우는 2년 이내)에 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득하였을 때(건축 중인 주택을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다.(단서생략)

1. 농지 외의 부동산등

가. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도ㆍ특별자치도 내의 지역

나. 가목 외의 지역으로서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 특별자치시ㆍ시ㆍ군ㆍ구와 잇닿아 있는 특별자치시ㆍ시ㆍ군ㆍ구 내의 지역

다. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도와 잇닿아 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도 내의 지역. 다만, 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역은 제외한다.

2. 농지(제6조 제1항에 따른 자경농민이 농지 경작을 위하여 총 보상금액의 100분의 50 미만의 가액으로 취득하는 주택을 포함한다)

가. 제1호에 따른 지역

나. 가목 외의 지역으로서 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역을 제외한 지역

② 제1항에도 불구하고 「지방세법」 제13조 제5항에 따른 과세대상을 취득하는 경우와 대통령령으로 정하는 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다.

③ 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 환매권을 행사하여 매수하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) ㈜A은 OOO일반산업단지 사업과 관련하여 2011.12.23. 경기도로부터 사업인가(고시번호 제OOO호)를 받은 후 2019.11.25. 청구인의 종전부동산을 수용하기로 하는 토지·건물 수용확인원을 작성하였고, 총 보상금은 OOO원으로, 청구인은 2019.11.12. OOO원, 2020.1.8. OOO원의 보상금을 각 수령한 것으로 나타난다.

(나) 청구인은 2020.10.7. 쟁점토지의 매수인 a과 매매계약을 체결하였고, 계약서상 잔금지급일은 2021.3.31.이며, 금 OOO원을 지급하고 같은 날 인도되는 것으로 기재되어 있다.

(다) 청구인은 2020.11.27. 쟁점건물1에 대한 건축신고서를 제출하였고, 2021.1.22. 경기도 김포시 OOO장으로부터 건축(신축)신고 수리를 받은 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 취득이 늦어진 이유는 건축신고 수리가 늦어졌기 때문이고, 이에 대하여 청구인의 귀책사유가 있었다고 보기 어려우므로 기한 내에 쟁점부동산을 취득하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 「지방세특례제한법」 제73조 제1항은 “부동산 등이 매수, 수용 또는 철거된 자가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일 이후에 대체취득할 부동산등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 대체할 부동산등을 취득하였을 때에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다”고 규정하고 있고, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하며, 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으므로 청구인이 보상금을 마지막으로 받은 날이 2020.1.8.이고, 이로부터 1년이 경과한 2021.3.30. 및 2021.11.18. 쟁점부동산을 취득한 것으로 나타나므로 취득세 감면 요건에 해당하지 않는 것으로 보이고, 관련 규정에는 정당한 사유가 있는 경우 등의 예외에 대해 별도로 규정하고 있지 아니한 점 등에 비추어, 청구인은 보상금을 마지막으로 수령한 날부터 1년 이내에 종전부동산을 대체할 부동산을 취득하지 아니하여 취득세 등의 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 거부처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항, 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2023.12.29. 법률 제19862호로 개정되기 전의 것)

제6조(자경농민의 농지 등에 대한 감면) ① 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업을 주업으로 하는 사람으로서 2년 이상 영농에 종사한 사람 또는 「후계농어업인 및 청년농어업인 육성ㆍ지원에 관한 법률」 제8조에 따른 후계농업경영인 및 청년창업형 후계농업경영인(이하 이 조에서 “자경농민”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 직접 경작할 목적으로 취득하는 대통령령으로 정하는 농지(이하 이 절에서 “농지”라 한다) 및 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2023년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 2년이 경과할 때까지 자경농민으로서 농지를 직접 경작하지 아니하거나 농지조성을 시작하지 아니하는 경우

2. 해당 농지를 직접 경작한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세특례제한법 시행령(2024.12.31. 대통령령 제35178호로 개정되기 전의 것)

제3조(자경농민 및 직접 경작농지의 기준 등) ① 법 제6조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 농업을 주업으로 하는 사람으로서 2년 이상 영농에 종사한 사람”이란 본인 또는 배우자[「주민등록법」 제7조에 따른 세대별 주민등록표(이하 “세대별 주민등록표”라 한다)에 함께 기재되어 있는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다] 중 1명 이상이 취득일 현재 다음 각 호의 요건을 모두 갖추고 있는 사람을 말한다.

1. 농지(「지방세법 시행령」 제21조에 따른 농지를 말한다. 이하 같다)를 소유하거나 임차하여 경작하는 방법으로 직접 2년 이상 계속하여 농업에 종사할 것

2. 제1호에 따른 농지의 소재지인 특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시ㆍ군ㆍ구(자치구를 말한다. 이하 “시ㆍ군ㆍ구”라 한다) 또는 그와 잇닿아 있는 시ㆍ군ㆍ구에 거주하거나 해당 농지의 소재지로부터 30킬로미터 이내의 지역에 거주할 것

3. 직전 연도 농업 외의 종합소득금액(「소득세법」 제4조제1항제1호에 따른 종합소득에서 농업, 임업에서 발생하는 소득, 「소득세법」 제45조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업에서 발생하는 부동산임대소득 또는 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득을 제외한 금액을 말한다)이 「농업ㆍ농촌 공익기능 증진 직접지불제도 운영에 관한 법률」 제9조 제3항 제1호 및 같은 법 시행령 제6조 제1항에 따른 금액 미만일 것

③ 법 제6조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 농지”란 「지방세법 시행령」 제21조에 따른 농지를 말한다.

(3) 지방세법

제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

3. “토지”란 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)의 등록대상이 되는 토지와 그 밖에 사용되고 있는 사실상의 토지를 말한다.

제106조(과세대상의 구분 등) ③ 재산세의 과세대상 물건이 토지대장, 건축물대장 등 공부상 등재되지 아니하였거나 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 사실상의 현황에 따라 재산세를 부과한다. 다만, 재산세의 과세대상 물건을 공부상 등재현황과 달리 이용함으로써 재산세 부담이 낮아지는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 공부상 등재현황에 따라 재산세를 부과한다.

제121조(재산세 과세대장의 비치 등) ① 지방자치단체는 재산세 과세대장을 비치하고 필요한 사항을 기재하여야 한다. 이 경우 해당 사항을 전산처리하는 경우에는 과세대장을 갖춘 것으로 본다.

② 재산세 과세대장은 토지, 건축물, 주택, 선박 및 항공기 과세대장으로 구분하여 작성한다.

(4) 지방세법 시행령

제21조(농지의 범위) 법 제11조 제1항 제1호 각 목 및 같은 항 제7호 각 목에 따른 농지는 각각 다음 각 호의 토지로 한다.

1. 취득 당시 공부상 지목이 논, 밭 또는 과수원인 토지로서 실제 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배지로 이용되는 토지. 이 경우 농지 경영에 직접 필요한 농막(農幕)ㆍ두엄간ㆍ양수장ㆍ못ㆍ늪ㆍ농도(農道)ㆍ수로 등이 차지하는 토지 부분을 포함한다.

2. 취득 당시 공부상 지목이 논, 밭, 과수원 또는 목장용지인 토지로서 실제 축산용으로 사용되는 축사와 그 부대시설로 사용되는 토지, 초지 및 사료밭

(5) 농지법(2024.1.2. 법률 제19877호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "농지"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

가. 전·답, 과수원, 그 밖에 법적 지목(地目)을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 대통령령으로 정하는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지. 다만, 「초지법」에 따라 조성된 초지 등 대통령령으로 정하는 토지는 제외한다.

나. 가목의 토지의 개량시설과 가목의 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 대통령령으로 정하는 시설의 부지

(6) 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

19. “지적공부”란 토지대장, 임야대장, 공유지연명부, 대지권등록부, 지적도, 임야도 및 경계점좌표등록부 등 지적측량 등을 통하여 조사된 토지의 표시와 해당 토지의 소유자 등을 기록한 대장 및 도면(정보처리시스템을 통하여 기록ㆍ저장된 것을 포함한다)을 말한다.