이유
1. 처분개요

가. 청구법인[합병법인으로 합병 당시 회사명은 구(舊) ‘AAA제5호기업인수목적 주식회사’이다]은 2022.6.15.을 합병기일로 하여 구(舊) 주식회사 BBB(이하 “피합병법인”이라 한다)을 합병하면서, 아래 ＜표＞와 같은 자본금 OOO원의 증가 등기(이하 “쟁점등기”라 한다)에 대하여 「지방세법」제28조 제2항에 따른 세율(1천분의 12)를 적용하여 산출한 등록면허세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

＜표＞ 청구법인 등기사항증명서 내용 중 발췌

(단위 : 주, 원)

○○○

나. 청구법인은 2024.1.24. 쟁점등기는 청구법인이 대도시(서울특별시 영등포구)에서 대도시 밖(경기도 안산시)으로 본점을 이전하는 과정에서 경료한 등기에 해당하므로, 중과세율(1천분의 12)이 아닌 「지방세법」제28조 제1항 제6호 가목 2)에 따른 세율(1천분의 4)이 적용되어야 한다고 취지로 경정청구를 제기하였는데, 처분청은 2024.3.18. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 오로지 합병을 목적으로 설립된 특수목적 법인으로, 중과 제외 대상 업종을 영위하고 있는 피합병법인을 합병하기 위하여 설립되었으며, 피합병법인은 본점이 경기도 안산시에 소재하고 있는바, 청구법인은 피합병법인을 합병함과 동시에 본점을 서울특별시 영등포구에서 경기도 안산시로 이전하였다.

등록면허세 중과에 대하여 규정하고 있는 「지방세법」제28조 제2항 제1호는 “대도시 내에서 법인을 설립” 또는 “대도시 내에서 자본 또는 출자액을 증가시키는 경우”에 등록면허세를 중과하도록 규정하고 있는데, 청구법인의 경우 청구법인의 본점을 대도시에서 대도시 밖으로 이전하는 과정에서 쟁점등기를 하였으므로, 등록면허세 중과대상에 해당하지 않는다.

그럼에도 불구하고, 처분청이 등록면허세 중과대상에 해당한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 쟁점등기와 동시에 본점을 경기도 안산시로 이전한 것은 사실이나, 청구법인은 먼저 본점이 서울특별시에 소재하고 있는 상태에서 쟁점등기를 한 후 본점을 경기도로 이전한 것으로 보아야 하므로, 쟁점등기는 등록면허세 중과대상에 해당한다고 봄이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인은 대도시에서 대도시 밖으로 본점을 이전하는 과정에서 쟁점등기를 한 것에 해당하므로 등록면허세 중과대상에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 2019.4.5. 서울특별시 영등포구 OOO을 본점 소재지로 하여 설립된 법인으로, 등기사항증명서에 설립 당시 목적 사업은 “이 회사는 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제373조의2에 따라 설립된 한국거래소(이하 거래소)의 유가증권시장 또는 코스닥 시장에 상장한 후 다른 회사(이하 합병대상법인)의 합병하는 것을 유일한 사업목적으로 하며 위 사업목적 달성에 관련되거나 부수되는 모든 활동을 영위할 수 있다”라고 기재되어 있다.

(나) 피합병법인은 2006.6.19. 경기도 안산시 OOO을 본점 소재지로 하여 설립된 법인으로, 등기사항증명서에 목적 사업은 기타 특수 목적용 기계 개발 및 제조업 등으로 기재되어 있다.

(다) 청구법인의 등기사항증명서에 의하면, 청구법인은 2022.6.15. 쟁점등기와 동시에 피합병법인을 흡수합병한 것으로 기재되어 있으며, 같은 날 청구법인의 본점이 경기도 안산시 OOO로 이전한 것으로 기재(다만 본점 이전을 등기한 날은 2022.6.17.로 기재)되어 있다.

(라) 청구법인과 피합병법인 사이의 합병계약서 주요 내용은 다음과 같다.

＜합병계약서 내용 중 발췌＞

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 경우 본점이 대도시에 해당하는 서울특별시에 위치한 상태에서 쟁점등기를 한 후 본점을 대도시 밖인 경기도 안산시로 이전한 것에 해당한다고 보아야 하므로, 쟁점등기는 등록면허세 중과대상에 해당한다는 의견이다.

「지방세법」제28조 제2항 제1호는 대도시에서 법인을 설립(설립 후 또는 휴면법인을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)하거나 지점이나 분사무소를 설치함에 따른 등기를 하는 경우에는 그 세율을 제1항 제1호 및 제6호에 규정한 해당 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있다. 위 규정의 취지는, 대도시 내에서의 인구집중, 공해 방지를 위한 대도시 내의 법인 설립, 부동산 취득 등을 억제하기 위한 조세정책적 이유 또는 대도시 인구팽창의 억제, 환경의 순화보존 및 지역 간의 균형적 발전 등의 도모 등에서 찾을 수 있다(대법원 1995.6.16. 선고 95누2395 판결, 대법원 2006.6.15. 선고 2006두2503 판결 등, 같은 뜻임).

이러한 법리에 비추어 이 건을 살피건대, 청구법인의 법인 등기사항증명서에 의하면 청구법인은 2022.6.15. 쟁점등기를 하였을 뿐만 아니라 같은 날 본점 소재지를 경기도 안산시 OOO로 이전한 것으로 나타나는바, 위와 같이 청구법인이 쟁점등기와 동시에 청구법인의 본점을 대도시에서 대도시 밖으로 이전한 것이라면, 이는 대도시 내에서의 인구집중 등의 효과가 있다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 쟁점등기는 대도시 내에서의 법인 설립 후 5년 이내에 자본을 증가하는 등기에 해당한다고 보기도 어렵다 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점등기가 「지방세법」제28조 제2항 제1호 적용 대상이라는 전제 하에 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조제1항제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다.

6. 법인 등기

가. 상사회사, 그 밖의 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

1) 설립과 납입 : 납입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4(세액이 11만2천5백원 미만인 때에는 11만2천5백원으로 한다. 이하 이 목부터 다목까지에서 같다)

2) 자본증가 또는 출자증가: 납입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기를 할 때에는 그 세율을 제1항 제1호 및 제6호에 규정한 해당 세율(제1항 제1호 가목부터 라목까지의 세율을 적용하여 산정된 세액이 6천원 미만일 때에는 6천원을, 제1항 제6호 가목부터 다목까지의 세율을 적용하여 산정된 세액이 11만2천500원 미만일 때에는 11만2천500원으로 한다)의 100분의 300으로 한다. 다만, 대도시에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 대도시에서 법인을 설립(설립 후 또는 휴면법인을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)하거나 지점이나 분사무소를 설치함에 따른 등기

2. 대도시 밖에 있는 법인의 본점이나 주사무소를 대도시로 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액이 증가하는 경우를 포함한다)함에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

(2) 수도권정비계획법

제6조(권역의 구분과 지정) ① 수도권의 인구와 산업을 적정하게 배치하기 위하여 수도권을 다음과 같이 구분한다.

1. 과밀억제권역 : 인구와 산업이 지나치게 집중되었거나 집중될 우려가 있어 이전하거나 정비할 필요가 있는 지역

② 과밀억제권역, 성장관리권역 및 자연보전권역의 범위는 대통령령으로 정한다.

(3) 수도권정비계획법 시행령

제9조(권역의 범위) 법 제6조에 따른 과밀억제권역, 성장관리권역 및 자연보전권역의 범위는 별표 1과 같다.

[별표1] 과밀억제권역, 성장관리권역 및 자연보전권역의 범위

과밀억제권역

성장관리권역

자연보전권역

1. 서울특별시

(이하 생략)

(중략)

3. 안산시

(이하 생략)

(생략)