이유
1. 처분개요

가. 청구인은 경상남도 창원시 마산회원구 OOO 대 4,644㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다), 동 소재지 지상의 건물 7,727.07㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다) 및 경상남도 창원시 마산회원구 OOO 답 68㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고, 쟁점①토지와 합하여 “쟁점토지”라 하며, 쟁점토지와 쟁점건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 2011.1.24. 매매를 원인으로 공동 취득하였고, 2017.7.28. 쟁점①토지와 쟁점건물의 배우자 지분(10%)을 매매를 원인으로 취득하였으며, 청구인과 배우자는 2023.4.25. 쟁점부동산을 의료법인 A(이하 “쟁점의료법인”이라 한다)에 채무를 포함하여 증여하였다.

나. 청구인은 2023.11.30. 부담부증여에 대한 양도가액을 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제66조에 따라 쟁점부동산에 담보되어 있는 채권액을 기준으로 산정하고, 취득가액을 실지거래가액으로 산정하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)를 기한 후 신고.납부하였다.

다. 처분청은 청구인의 기한 후 신고내용을 검토한 결과, 2023.2.28. 청구인이 산정한 부담부증여분에 대한 취득가액을 개정된「소득세법 시행령」제159조에 따라 기준시가로 재산정하여 2024.10.14. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정ㆍ고지(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.1.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 개정된「소득세법 시행령」이 공포된 2023.2.28. 이전인 2022.11.14. 향후 설립될 쟁점의료법인에 쟁점부동산의 출연을 약정하는 등, 동일기준의 원칙에 따른 개정전「소득세법 시행령」이 장래에도 지속될 것이라는 합리적이고 정당한 신뢰를 바탕으로 이에 적응하여 귀책사유 없이 선행 법률행위를 형성한 반면,「소득세법 시행령」의 입법기관인 기획재정부는 동 시행령의 개정안을 부실하게 발표하고, 경과규정도 마련하지 않아 공포일 전 선행 법률행위를 한 청구인을 포함한 납세의무자들을 보호조치도 없이 청구인을 포함한 많은 납세의무자에게 혼란을 주는 등, 청구인의 신뢰를 침해하였을 뿐만 아니라, 처분청은 개정된「소득세법 시행령」제159조 제1항 제1호의 ‘제2호에 따른 양도가액을 상증세법 제61조 제1항 제2항 제5항 및 제66조에 따라 기준시가로 산정한 경우에는 취득가액도 기준시가로 산정한다’의 규정(이하 “쟁점괄호규정”이라 한다)을 유추.확장해석하여 상증세법 제66조에 따라 쟁점부동산을 담보하는 채권액으로 평가하였음에도 이를 기준시가로 보아 취득가액도 기준시가로 산정하였는바, 신뢰보호의 원칙을 위반한 동시에 법리를 오해하여 조세법률주의 원칙 중 엄격해석의 원칙에 따라 법문을 문구 그대로 해석하여야 함에도 유추 및 확장해석한 위법한 처분이므로 취소되어야 한다.

(1) 처분청이 개정된「소득세법 시행령」제159조를 청구인에게 불리하게 적용하는 것은 청구인의 합리적이고 정당한 신뢰를 침해하는 것이다.

납세의무자의 신뢰가 합리적이고 정당한지는 ‘첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래’했는지를 두고 판단하여야 한다.

(가) 기획재정부는 2023.1.18.「소득세법 시행령」개정안을 보도자료처럼 발표하였는바, 개정된「소득세법 시행령」제159조는 “부담부증여 시 기준시가 산정방법 합리화”라는 제목으로 현행 “임대보증금 있는 임대차계약이 체결된 주택을 부담부증여 시 양도로 보는 채무액의 양도가액 및 취득가액”을 “취득가액을 기준시가로 일원화”로 개정한다는 내용이 포함(이하 “쟁점보도자료”라 한다)되었고, 국가 조세행정의 주무관청이자「소득세법 시행령」의 행정입법 기관인 기획재정부의 쟁점보도자료는 일반적으로 납세자로 하여금 고도의 신뢰를 가지게 할 수 있을 정도의 구체적 내용을 담고 있어 청구인에게 신뢰의 대상이 되는 공적 견해를 표명한 것으로 볼 수 있다.

(나) 쟁점보도자료는 ‘주택’만을 규정하고 있다.

1) 연합뉴스는 2023.1.19. “취득가액을 기준시가로…전세끼고 집 물려줄 때 조세회피 막는다”라는 제목으로 기사를 게재하였고, 그 내용을 살펴보면, “19일 기획재정부에 따르면 정부는 주택 부담부증여 시 취득가액을 기준시가로 일원화하는 내용의「소득세법 시행령」개정을 추진하기로 했다. 부담부증여에서 주택 양도가액이 임대보증금인 경우에도 기준시가를 취득가액으로 간주하겠다는 것이다.”라고 하여 부담부증여하는 재산이 “주택”인 경우에 국한하여 “취득가액을 기준시가”로 계산한다는 취지의 내용이다. 이 뿐만 아니라 대부분의 언론사가 부담부증여하는 재산이 주택일 때 취득가액을 기준시가로 일원화하여 계산하는 것으로「소득세법 시행령」이 개정되었다는 취지의 내용을 보도하였다.

기획재정부의 쟁점보도자료를 통해 개정된「소득세법 시행령」을 해석한 언론사 모두가 “주택”을 부담부증여할 때 취득가액을 기준시가로 계산한다고 보도하였고, 이후 기획재정부의 정정 요청이나 별도의 정정보도는 없었으며, 처음부터 쟁점보도자료가 “주택”만을 개정의 대상으로 할 것을 뚜렷하게 명시하였을 뿐만 아니라, 이를 보도한 모든 언론사조차 기획재정부의 보도자료를 그렇게 해석하고 있음이 나타나므로 청구인 역시 쟁점보도자료를 다르게 해석할 여지가 없었다.

2) 개정된「소득세법 시행령」은 쟁점보도자료를 통해 청구인의 예측가능성을 떨어뜨려 신뢰를 침해하였다.

가) 첫째, 쟁점보도자료 발표 이후 개정된「소득세법 시행령」 제159조 제1호의 쟁점괄호규정를 살펴보면 “제2호에 따른 양도가액을 상증세법 제61조 제1항, 제2항, 제5항 및 제66조에 따라 기준시가로 산정한 경우에는 취득가액도 기준시가로 산정한다”라고 하여 구 시행령 쟁점괄호규정에 상증세법 제66조를 추가하였고, 상증세법 제66조는 저당권 등이 설정된 재산은 해당 재산이 담보하는 채권액과 상증세법상 평가액(시가 및 기준시가, 임대료 등 환산가액) 중 큰 금액으로 평가한다는 규정이다.

상증세법 제66조는 저당권이 설정된 재산, 양도담보재산, 전세권이 등기된 재산(임대보증금을 받고 임대한 재산 포함), 신탁계약을 체결한 재산을 열거하고 있고, 같은 법 시행령 제63조에서 각각에 대해 “당해 재산이 담보하는 채권액”을 평가액으로 규정하고 있다. 만약 쟁점보도자료처럼 “임대보증금 있는 임대차계약이 체결된 주택을 부담부증여”할 때 조세회피를 방지하기 위한 목적이라면 개정된「소득세법 시행령」을 “제66조 제3호에 따라 기준시가로 산정한 경우”라고 개정했어야 하나, 기획재정부는 당초 발표와는 다르게 쟁점괄호규정에 ‘제66조’만 추가하여 제1호 내지 제4호 모두를 포섭하였는바, 결과적으로 기획재정부의 공적 견해는 납세의무자들의 예측가능성을 전혀 고려하지 않았다.

나) 둘째, 저당권이 설정된 재산은 해당 재산이 담보하는 채권액 또는 상증세법상 시가 및 기준시가로 평가될 수도 있지만, 이 중 기준시가로 평가한 경우만 취득가액을 기준시가로 산정한다고 해석하는 것이 동일기준의 원칙에 따라 양도차익을 계산하는「소득세법」의 기존 법질서에 부합하는 해석이다.

상증세법 제66조는 ‘상속재산의 가액평가에 관하여 시가주의 원칙을 정한 같은 법 제60조 제1항의 규정을 보충하여 시가에 좀 더 근접한 가액을 산정하려는 취지에서 규정된 것(대법원 2016.3.10. 선고 2015두56687 판결)’이고, 이 취지에 따라 해당 재산이 담보하는 채권액이 해당 재산의 상증세법상 시가 및 기준시가보다 크다면 우선하여 적용되는 것이다. 상증세법 제66조에 따른 저당권 등 설정재산 평가특례는 상증세법상 ‘시가’나 ‘기준시가’에 포섭되지 않고 독자적으로 존재하는 평가의 특례 규정이므로 상증세법 제66조에 따라 ‘해당 재산이 담보하는 채권액’으로 평가한 경우를 ‘기준시가에 따라 산정’했다고 볼 수 없다. 청구인은 개정전「소득세법 시행령」의 쟁점괄호규정이 ‘양도가액을 기준시가로 산정한 경우, 취득가액도 기준시가로 산정한다’라는 동일기준 원칙의 범위 안에서 존재해 왔던 만큼 이후의 개정될 시행령 역시 이 범위 안에 있을 것으로 예상할 수밖에 없다.

‘조세법률주의의 이념은 과세요건을 국회가 제정한 법률로 명확하게 규정함으로써 국민의 재산권을 보장함과 동시에 국민의 경제생활에 있어서의 법적 안정성과 예측가능성을 보장하기 위한 것(헌법재판소 1995.11.30. 93헌바32 결정)’이고, ‘법률의 위임 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 과세요건 등 납세의무에 관한 기본적, 본질적 사항을 규정하는 것은 헌법이 정한 조세법률주의 원칙에 위배(대법원 2000.3.16. 선고 98두11731 전원합의체 판결)’된다는 법리에 따라 하위법령이 상위 법률에서 정한 범위를 일탈할 수 없기 때문이다. 만약 개정된「소득세법 시행령」에서 명시한 쟁점괄호규정의 상증세법 제66조에 따라 부담부증여 시 양도가액을 해당 재산이 담보하는 채권액으로 평가하였을 때에도 취득가액을 기준시가로 계산한다면 조세법률주의 원칙을 위반한 것이고 납세자의 예측가능성을 침해한 것입이므로 기존 법질서에 따라 개정전 「소득세법 시행령」이 지속될 것이라는 청구인의 신뢰는 합리적이고 정당하므로 귀책사유가 없다.

(다) 청구인은 기획재정부의 쟁점보도자료를 통해 개정될「소득세법 시행령」은 청구인에게 아무런 영향을 미치지 않으리라고 신뢰하였고, 개정전「소득세법 시행령」이 앞으로도 계속 이어질 것으로 신뢰한 것에 합리적이고 정당한 이유가 있어 그 신뢰에는 귀책사유가 없다.

청구인은 2022.11.14. 개정전「소득세법 시행령」에 터잡아 쟁점의료법인에 쟁점부동산(주택이 아니라 병원 건물부지 및 건물, 주차장 부지)을 기본재산으로 출연하는 약정을 하였는바, 재단법인에 대한 출연행위 역시 법률행위이고(대법원 1999.7.9. 선고 98다9045 판결), 공증인가 법무법인을 통해 이 법률행위에 대한 객관적인 증거를 갖추고 있다. 또한, 해당 법률행위는 개정된「소득세법 시행령」이 공포되기 이전 선행되었고, 공포된 이후 쟁점의료법인의 법인격이 성립하여 법률행위(출연)가 완료되었다.

쟁점의료법인은 2023.3.27. 설립등기되었고, 청구인은 2023.4.25. 쟁점의료법인에 쟁점부동산을 명의이전 하였다. 처분청은 명의이전등기가 접수된 2023.4.25.을 쟁점부동산의 증여일로 보았지만 재단법인 설립시 출연재산은 법인이 성립된 때로부터 법인의 재산이 되는 것으로 명의이전에 대한 등기접수일이 아닌 쟁점의료법인 법인성립일인 2023.3.27.을 증여일자로 보는 것이 옳다(조심 2015부0635, 2015.12.16., 대법원 2010.10.28. 선고 2009두7172 판결 참조).

(라) 기획재정부는 쟁점보도자료를 통해 청구인에게 영향을 미치는 두 가지 사항을 발표하였으나 이에 반하여「소득세법 시행령」을 개정하였다.

1) 쟁점보도자료는 “주택”만이 개정될「소득세법 시행령」에 포섭될 것이라 명시하였고, 청구인의 쟁점부동산은 주택이 아닌 공익재단법인에 출연하는 기초재산(토지 및 건물)이고, 조세회피의 목적 또한 없었으나, 실제로 개정된「소득세법 시행령」은 주택뿐만 아니라 모든 부동산에 영향을 미쳤다.

2) 기획재정부는 ‘조세회피를 방지하기 위해 임대보증금 있는 임대차계약이 체결된’ 경우(상증세법 제66조 제3호)라고 발표하였지만, 실제로는 저당권이 설정된 재산(상증세법 제66조 제1호)을 부담부증여한 경우에도 적용된다. 쟁점괄호규정에 상증세법 제66조 제3호만을 추가하여 개정하지 않고, 제66조 모두를 규정함으로써 기존의 공적인 견해에 반하는 처분을 한 것이다.

결론적으로 쟁점부동산의 취득 당시의 기준시가는 실지거래가액보다 낮아 더 높은 양도소득세가 추가로 부과되었으므로 청구인의 이익을 침해하였다.

(2) 처분청은 개정된「소득세법 시행령」제159조 제1항 제1호의 쟁점괄호규정을 유추.확장해석하여 상증세법 제66조에 따라 쟁점부동산을 담보하는 채권액으로 평가하였음에도 이를 기준시가로 보아 취득가액도 기준시가로 산정하였는바, 이는 처분청이 법리를 오해하여 법문을 유추 및 확장하여 해석하였고, 법률에서 정한 동일기준의 원칙에 반하는 위법한 처분을 하였으므로 부당하다.

(가) 「소득세법」제100조는 ‘제1항에서 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다’ 규정되어 있어 동일기준의 원칙을 규정하고 있는바, 이는 과세요건인 과세표준의 계산 방식을 규정한 것인 만큼 대통령령이 아닌 법률로써 규정되어 있다.

부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보므로 양도차익에 따라 양도소득세를 계산하여야 한다. 부담부증여 역시 동일기준의 원칙에 따라 양도가액(채무액)이 실지거래가액이면 취득가액도 실지거래가액으로 계산하여야 하지만 자산을 증여받은 수증자가 증여자의 채무를 인수한 부담부증여에 있어서 채무액은 당해 증여자산 전체 또는 증여자산 중 양도로 보는 부분에 대응하는 거래대금 그 자체나 급부의 대가라고 보기는 어렵다. 결국 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 해당하여 구「소득세법」제114조 제5항에 따라 결국 기준시가에 의해 취득가액을 산정할 수밖에 없다(대법원 2007.4.26. 선고 2006두7171 판결).

이후 정부는「소득세법 시행령」제159조의 여러 차례 개정을 통해 부담부증여 양도차익 계산에서 양도가액을 상증세법상 ‘시가’에 따라 평가한 경우에는 취득가액도 실지거래가액에 따라 계산하고, 양도가액을 상증세법상 ‘기준시가’에 따라 계산한 경우엔 취득가액 또한 ‘기준시가’로 계산하는 것으로 동일기준 원칙의 틀 안에서 개정해왔다.

(나) 한편 처분청은 개정된「소득세법 시행령」제159조 제1항 제1호 쟁점괄호규정의 ‘상증세법 제66조에 따라 기준시가로 산정한 경우’를 ‘쟁점부동산을 담보하는 채권액’으로 평가한 경우에까지 확대.적용하였다.

상증세법 제66조는 저당권 또는 전세권 등이 설정된 재산을 해당 재산이 담보하는 채권액과 당해 재산의 상증세법상 시가 및 기준시가, 임대료 등 환산가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 평가하는 규정이고, 상속재산의 가액평가에 관하여 시가주의 원칙을 정한 같은 법 제60조 제1항의 규정을 보충하여 시가에 좀 더 근접한 가액을 산정하려는 취지에서 규정된 것(대법원 2016.3.10. 선고 2015두56687 판결)으로 쟁점부동산을 담보하는 채권액이 상증세법상 ‘시가 및 기준시가, 임대료 등 환산가액’보다 크다면 이보다 우선하여 적용된다. 즉, 상증세법 제66조에 따른 특례는 상증세법상 ‘기준시가’의 정의에 부합하지 않으므로 양도가액을 쟁점부동산을 담보하는 채권액으로 평가한 때에도 이를 기준시가로 보아 취득가액을 기준시가로 산정하는 것은 기준시가의 범위를 확장해석하는 것으로 조세법률주의 엄격해석의 원칙에 위배된다.

또한, 청구인은 처분청이 단지 시행령 조문을 문구 그대로 해석하지 않아 엄격해석의 원칙에 어긋난다고 하는 것은 아니고, 상증세법 제66조에 따라 쟁점부동산을 담보하는 채권액을 양도가액으로 산정한 것을 상증세법상 기준시가와 동일시한다면 이는 동일기준의 원칙을 위배하는 결론에 이르기 때문이다. 동일기준의 원칙은 과세요건인 과세표준 계산방식을 규정한 것으로 시행령이 아니라 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하므로 동일기준원칙의 내용을 함부로 유추.확장하는 내용의 해석은 조세법률주의의 원칙을 위반한 것이다. 이러한 법리에 따라 기획재정부의 유권해석도 동일기준의 원칙을 위반하여 무효이고, 애초에 조세법률주의를 위반하여 무효인 선행 행정해석에 터잡아 시행령을 개정한 것이므로 이 역시 무효인 것이다.

따라서 동일기준의 원칙에 따라 쟁점괄호규정의 ‘상증세법 제66조에 따라 기준시가로 산정한 경우’는 제66조가 ‘시가 또는 기준시가 및 해당 재산이 담보하는 채권액’ 중 큰 금액으로 평가하는데, 이 중 ‘기준시가’로 평가한 경우만을 의미한다고 해석하는 것이 합당하다.

나. 처분청 의견

처분청이 개정된「소득세법 시행령」제159조에 따라 부과한 이 건 처분은 신뢰보호의 원칙을 위반하거나 법리를 오해하여 위법.부당한 처분을 한 것이 아님이 명백하다.

(1) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2002.11.26. 선고 2001두9103 판결, 같은 뜻임).

또한 신의성실의 원칙이 적용되기 위한 요건의 하나인 과세관청의 공적인 견해표명을 한 사실은 납세자가 주장·입증하여야 한다(대법원 1992.3.31. 선고 91누9824 판결, 같은 뜻임).

(가)먼저, 신뢰보호의 원칙의 요건 중 “공적인 견해표명”에 대하여 청구인은 기획재정부가 2023.1.18. 배포한「소득세법 시행령」개정 보도자료를 근거로 들고 있으나, 쟁점보도자료는 과세관청의 “공적인 견해표명”으로 볼 수 없다.

쟁점보도자료 첫 장에는 “동 시행령 개정안은 입법예고(2023.1.19.～2.3.), 차관회의.국무회의 등의 절차를 거쳐 2023년 2월 중 공포.시행될 예정입니다.”라고 기재되어 있어 기획재정부가 보도자료를 통해「소득세법 시행령」을 개정하여 입법예고 ㆍ차관회의ㆍ국무회의 등을 거쳐 2023년 2월 중 공표ㆍ시행할 예정임을 밝힌 것에 불과하고, 보도자료의 특성상 주된 내용만을 간략하게 기재하고 있고, 개정 조문도 포함되지도 않아 개정된「소득세법 시행령」에 따라 달라질 상세한 내용은 확인하기 어려운 점, 관련 판례(제주지방법원 2021.5.25. 선고 2020구합5366 판결)에서도 세법개정안 보도자료를 공적인 견해표명으로 볼 수 없다고 판시한 사정을 고려하면 해당 보도자료는 공적인 견해표명으로 볼 수 없다.

(나)청구인은 기획재정부의 세법개정안 보도자료를 정당하다고 신뢰한 데 대하여 귀책사유가 없다고 주장하나, 아래와 같은 사유로 청구인의 귀책사유가 있다고 봄이 타당하다.

1) 쟁점보도자료는 향후 입법예고.차관회의.국무회의등의 절차를 거치면서 관련 내용이 수정될 수 있는 점, 쟁점보도자료 배포 다음날인 2024.1.19. 공고된 ‘소득세법 시행령 일부개정령(안) 입법예고’자료에서 개정령 조문(2023.2.28. 개정된 현행「소득세법 시행령」과 동일 조문)이 확인가능하고, 개정된「소득세법 시행령」이 주택에 한정된 것이 아니라는 사실이 조문을 통해 충분히 확인 및 유추 가능한 점,

2) 입법예고 자료 중 ‘조문별 제.개정 이유서’에서 “양도가액을 상증세법 제66조에 따라 평가한 경우로서 기준시가로 산정한 경우 취득가액도 기준시가로 산정함을 명확히 함”이라 기재되어 있어 부담부증여 채무액에 대한 양도가액 산정시 상증세법 제66조에 따라 산정하는 경우 취득가액도 기준시가로 산정될 수 있음을 알 수 있는 점,

3) 부담부증여 당시(2023.4.25.) 이미 개정된「소득세법 시행령」이 시행(2023.2.28.)되고 있었고, 적어도 부담부증여 이전에「소득세법 시행령」관련 규정 여부를 확인하여야 한다고 봄이 상당함에도 이러한 주의의무를 게을리한 점 등을 고려할 때 청구인이 기획재정부의 보도자료를 정당하다고 신뢰한 데 귀책사유가 있다고 할 것이다.

(다)청구인은 쟁점 보도자료를 신뢰하여 개정된「소득세법 시행령」이 공포(2023.2.28.)되기 이전인 2022.11.14. 의료법인에 쟁점부동산을 출연하기로 약정하였고, 이러한 선행 법률행위는 청구인의 신뢰가 합리적이고 정당하므로 ‘비록 과세요건이 모두 충촉되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여 할 정도에 이른 경우’에 해당된다고 주장하나,

1) 대법원 판례(대법원 2015.12.23. 선고 2015구36652 판결 외 다수, 같은 뜻임)에 따르면 “조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 예에 의한다’는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로, 여기서 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다”라고 판시하고 있으므로, 종전의 규정에 따른다는 경과규정이 있는 경우에 한정하여 적용될 판례라 할 것이고, 별도의 경과규정이 없는 본 건의 경우는 선행 법률행위 여부와 무관하게 개정된「소득세법 시행령」을 적용하는 것이 타당하다.

2) 또한 ‘그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우’여야 하는데, 전술한바와 같이 과세관청의 공적 견해표명이 있었다고 볼 수 없고, 신뢰에 대한 납세자의 귀책사유가 있는 것으로 판단되므로 청구인의 주장은 이유가 없다.

(라)위 내용을 종합적으로 고려해 보면 신뢰보호의 원칙 전제 조건인 “과세관청의 공적인 견해표명” 자체가 있었다고 볼 수도 없으며, 쟁점보도자료를 신뢰한 것에 대한 청구인의 귀책사유가 다수 존재하므로 개정된「소득세법 시행령」에 의한 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배되었다는 청구인의 주장은 이유 없다.

(2) 청구인은「소득세법 시행령」제159조 제1항 제1호의 쟁점괄호규정의 ‘상증세법 제66조에 따라 기준시가로 평가한 경우’의 의미는 재산이 담보하는 채권액과 상증세법 제61조 제1항 및 제2항에 따른 가액 중 후자의 가액이 큰 경우로서 제61조 제1항 및 제2항에 따른 가액으로 산정한 때로 해석해야 한다는 주장으로 보이나, 청구인과 같이 해석하는 경우 시행령 개정의 의미가 없게 된다.

가령, 청구인의 해석대로 상증세법 제66조에 규정에 의해 재산이 담보하는 채권액보다 상증세법 제61조 제1항 및 제2항에 따른 평가액이 더 큰 경우 이는 개정전 법률에 따르더라도 양도가액을 기준시가로 산정하도록 되어 있어「소득세법 시행령」개정의 의미가 없다.

(가) 2020.2.11. 개정 당시 상증세법 제61조 제5항(임대료등의 환산가액)도 기준시가로 산정한 경우로 포함함으로써 양도가액을 제61조 제5항에 따라 산정한 경우 취득가액 또한 기준시가로 산정하도록 개정하였고, 이와 관련하여 상증세법 제61조 제5항에 따라 “임대료 등의 환산가액”으로 산정한 경우 취득가액 산정을 기준시가로 산정해야 함을 명확히 해석(기획재정부 조세법령운용과-1339)한바 있어, 2023.2.28. 개정된「소득세법 시행령」또한 상증세법 제66조에 따라 양도가액을 재산이 담보하는 채권액을 기준으로 산정한 경우 기준시가로 보아 취득가액을 기준시가로 산정하는 것으로 해석됨이 당연하다.

(나) 청구인은 상증세법 제61조 제5항 및 제66조 규정에 따라 산정된 가액을 기준시가로 보는 것은「소득세법」제99조에서 규정한 동일기준 원칙을 유추·확장하는 내용의 해석으로 조세법률주의 원칙을 위반이라고 주장하나, 개정된「소득세법 시행령」제159조 규정은 부담부증여를 활용한 조세회피를 방지하기 위해 상증세법상 평가방법 중 기준시가에 해당하는 규정을 명확히 규정한 것에 불과하므로 조세법률주의 원칙 위반이라 할 수 없다.

(3) 청구인은 출연재산이 부동산인 경우에 당사간의 관계에 있어서 법인성립요건 외 등기를 필요로 하는 것은 아니고, 재단법인에 대한 출연자와 법인과의 관계에 있어서 그 출연행위에 터잡아 법인이 성립되면 그로써 출연재산은「민법」제48조에 의해 법인성립시에 법인에 귀속된다고 주장하는바, 이는 재단법인의 성립에 있어서 출연재산의 귀속에 관하여 재산출연자와 법인과의 관계를 상대적으로 결정함에 있어 기준이 되는 것에 불과한 것으로(대법원 93.9.14. 선고 93다8054 판결), 청구인의 주장에 따르더라도 출연재산의 귀속시기는 법인이 성립된 때(2023.3.27.)가 되며, 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위가 법령 개정 전에 있었다고 보기도 어렵다.

청구인은 당초 제출한 2023.2.10.자 회의록 외 항변서 제출시 2022.11.14. 작성된 회의록을 추가 제출하였으나, 회의록 자체는 단순 발기인 간 회의를 기록한 자료에 불과하고, 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위(법률행위)로 볼 수 없으며, 청구인은 2023.2.10. 작성된 회의록을 공증한 것으로 확인되므로 2022.11.14.자 회의록은 쟁점의료법인과 관련된 자료로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위배하였을 뿐만 아니라, 부담부증여에 따른 양도차익 계산 시 취득가액을 실지거래가액을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 한 2023년 귀속분 양도소득세 기한 후 신고내용을 검토한 결과, 쟁점부동산의 취득가액을 실지거래가액이 아닌 기준시가로 산정하여 2024.10.14. 청구인에게 이 건 처분을 하였다.

(2) 쟁점의료법인은 2023.3.27. 청구인으로부터 쟁점부동산을 증여받고 처분청에 제출한 2023.11.30. 증여세 기한 후 신고내용과 처분청이 결정한 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 증여세 신고 및 결정내역

(단위 : 천원)

OOO

* 위 증여재산가액은 상증세법 제66조에 따라 증여일 당시 쟁점부동산이 담보하는 채권액으로 평가

(3) 쟁점건물 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점의료법인이 쟁점건물을 2023.4.25. 증여를 원인(등기원인일 2023.4.24.)으로 취득한 것으로 나타나고, 처분청이 쟁점의료법인의 증여세 신고서를 검토하면서 쟁점부동산에 설정된 근저당채권액을 OOO원으로 확인한 것으로 나타난다.

(4) 쟁점괄호규정의 개정연혁은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표 삽입을 위한 여백＞

＜표2＞ 쟁점괄호규정 개정 연혁

개정일

관련규정(「소득세법 시행령」 제159조 제1항 제1조)

2017.2.3.개정

상증세법 제61조 제1항 및 제2항에 따라 기준시가로 산정한 경우

2020.2.11.개정

상증세법 제61조 제1항, 제2항 및 제5항에 따라 기준시가로 산정한 경우

2023.2.28.개정

상증세법 제61조 제1항ㆍ제2항ㆍ제5항 및 제66조에 따라 기준시가로 산정한 경우

(가) 기획재정부가 발간한 ‘2019년 간추린 개정세법’에 따르면, 양도가액과 취득가액의 적용방식을 일치하도록 하여 과세를 합리화하고 납세자의 조세회피를 방지하기 위하여 토지.건물 등 부담부증여 양도차익 산정시 양도가액을 기준시가로 하는 경우 취득가액도 기준시가로 하도록 쟁점괄호규정을 개정하였고, 그 적용시기는 2020.2.11. 이후 양도하는 분부터 적용하도록 하였다.

(나) 기획재정부가 발간한 ‘2022년 간추린 개정세법’에 따르면, 부담부증여를 활용한 조세회피 방지하기 위하여 부담부증여 시 기준시가 산정방법을 합리화한 것으로 임대보증금 있는 임대차계약이 체결된 주택 등을 부담부증여 시 양도로 보는 채무액의 양도가액과 취득가액을 기준시가로 일원화하도록 쟁점괄호규정을 개정하였고, 그 적용시기는 2023.2.28. 이후 양도하는 분부터 적용하도록 하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 「소득세법 시행령」개정 전에 쟁점의료법인에게 쟁점부동산의 출연을 약정하였으므로 신뢰보호의 원칙을 적용하여야 하고, 처분청이 법리를 오해하여 개정된「소득세법 시행령」제159조를 유추·확장해석함에 따라 부담부증여에 따른 양도차익 계산 시 취득가액을 실지취득가액을 적용하여야 한다고 주장하나,

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바(대법원 2002.11.26. 선고 2001두9103 판결, 같은 뜻임), 기획재정부가 2023.1.18. 배포한 쟁점보도자료는 과세관청의 공적인 견해표명이라고 보기 어려운 점,

양도차익의 산정 시 실지거래가액은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적 시가가 아니라 실거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하는데, 자산을 증여받은 수증자가 증여자의 채무를 인수한 부담부증여의 경우 그 채무액은 당해 증여자산 전체 또는 증여자산 중 양도로 보는 부분에 대응하는 거래대금 그 자체나 급부의 대가라고 보기 어렵다 할 것인바(대법원 2007.4.26. 선고 2006두7171 판결, 같은 뜻임), 쟁점부동산의 부담부증여 시 양도가액은 소득세법령에서 정한 방식대로 산정한 것이므로 이를 실지거래가액으로 보기 어려운 점,

개정된 「소득세법 시행령」(2023.2.28. 대통령령 제33267호로 개정된 것) 제159조 제1항 제1호에 의하면, 부담부증여의 경우 양도로 보는 부분에 대한 양도차익을 계산할 때 그 취득가액은「소득세법」제97조 제1항 제1호에 따른 가액(제2호 따른 양도가액을 상증세법 제61조 제1항, 제2항 및 제5항 및 제66조에 따라 기준시가로 산정한 경우에는 취득가액도 기준시가로 산정한다)에 채무액/증여가액 비율을 곱하여 산정하도록 규정하면서, 괄호 부분에 ‘제2호에 따른 양도가액으로 상증세법 제66조에 따라 기준시가로 산정한 경우에는 취득가액도 기준시가로 산정한다’는 내용이 추가되면서 그 적용시기를 ‘2023.2.28. 이후 양도하는 분부터’로 규정하고 있는바, 2023.4.24. 명의이전된 이 건 쟁점부동산의 부담부증여분의 경우 동 개정규정이 적용된다 할 것인 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법

제15조(신의성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

(2) 소득세법

제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1.“양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

③ 제1항을 적용할 때 거주자가 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다.

1. 「법인세법」 제2조 제12호에 따른 특수관계인에 해당하는 법인(외국법인을 포함하며, 이하 이 항에서 "특수관계법인"이라 한다)에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 시가

2. 특수관계법인 외의 자에게 자산을 시가보다 높은 가격으로 양도한 경우로서 「상속세 및 증여세법」 제35조에 따라 해당 거주자의 증여재산가액으로 하는 금액이 있는 경우에는 그 양도가액에서 증여재산가액을 뺀 금액

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법 개정 법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액

나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

(3) 소득세법 시행령

제159조(부담부증여에 대한 양도차익의 계산) ① 법 제88조 제1호 각 목 외의 부분 후단에 따른 부담부증여의 경우 양도로 보는 부분에 대한 양도차익을 계산할 때 그 취득가액 및 양도가액은 다음 각 호에 따른다.

1. 취득가액 : 다음 계산식에 따른 금액

2. 양도가액 : 다음 계산식에 따른 금액

② 제1항을 적용할 때 양도소득세 과세대상에 해당하는 자산과 해당하지 아니하는 자산을 함께 부담부증여하는 경우로서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우 채무액은 다음 계산식에 따라 계산한다.

(4) 상속세 및 증여세법

제60조(평가의 원칙 등) ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 다음 각 호의 경우에 대해서는 각각 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 시가로 본다.

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

④ 제1항을 적용할 때 제13조에 따라 상속재산의 가액에 가산하는 증여재산의 가액은 증여일 현재의 시가에 따른다.

제61조(부동산 등의 평가) ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1.토지 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.

2.건물 건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

3. 오피스텔 및 상업용 건물 건물에 딸린 토지를 공유(共有)로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도ㆍ면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스텔 및 상업용 건물(이들에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래 상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정ㆍ고시한 가액

4. 주택 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(같은 법 제18조제1항 단서에 따라 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있는 때에는 그 가격을 말하며, 이하 이 호에서 "고시주택가격"이라 한다). 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 납세지 관할세무서장이 인근 유사주택의 고시주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다.

가. 해당 주택의 고시주택가격이 없는 경우

나.고시주택가격 고시 후에 해당 주택을 「건축법」 제2조제1항제9호 및 제10호에 따른 대수선 또는 리모델링을 하여 고시주택가격으로 평가하는 것이 적절하지 아니한 경우

제66조(저당권 등이 설정된 재산 평가의 특례) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산은 제60조에도 불구하고 그 재산이 담보하는 채권액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액과 제60조에 따라 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 한다.

1. 저당권, 「동산·채권 등의 담보에 관한 법률」에 따른 담보권 또는 질권이 설정된 재산

2. 양도담보재산

3. 전세권이 등기된 재산(임대보증금을 받고 임대한 재산을 포함한다)

4. 위탁자의 채무이행을 담보할 목적으로 대통령령으로 정하는 신탁계약을 체결한 재산

(5) 상속세 및 증여세법 시행령

제63조(저당권 등이 설정된 재산의 평가) ① 법 제66조에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다.

1. 저당권(공동저당권 및 근저당권을 제외한다)이 설정된 재산의 가액은 당해 재산이 담보하는 채권액

2. 공동저당권이 설정된 재산의 가액은 당해 재산이 담보하는 채권액을 공동저당된 재산의 평가기준일 현재의 가액으로 안분하여 계산한 가액

3. 근저당권이 설정된 재산의 가액은 평가기준일 현재 당해 재산이 담보하는 채권액

4. 질권이 설정된 재산 및 양도담보재산의 가액은 당해 재산이 담보하는 채권액

5. 전세권이 등기된 재산의 가액은 등기된 전세금(임대보증금을 받고 임대한 경우에는 임대보증금)

6. 법 제66조 제4호에 따른 신탁계약을 체결한 재산의 가액은 신탁계약 또는 수익증권에 따른 우선수익자인 채권자의 수익한도금액

② 제1항 각호의 규정에 의하여 법 제66조 제1호의 재산을 평가함에 있어서 당해 재산에 설정된 근저당의 채권최고액이 담보하는 채권액보다 적은 경우에는 채권최고액으로 하고, 당해 재산에 설정된 물적담보외에 기획재정부령이 정하는 신용보증기관의 보증이 있는 경우에는 담보하는 채권액에서 당해 신용보증기관이 보증한 금액을 차감한 가액으로 하며, 동일한 재산이 다수의 채권(전세금채권과 임차보증금채권을 포함한다)의 담보로 되어 있는 경우에는 그 재산이 담보하는 채권액의 합계액으로 한다.

(6) 민법

제33조(법인설립의 등기) 법인은 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

제48조(출연재산의 귀속시기) ① 생전처분으로 재단법인을 설립하는 때에는 출연재산은 법인이 성립된 때로부터 법인의 재산이 된다.

② 유언으로 재단법인을 설립하는 때에는 출연재산은 유언의 효력이 발생한 때로부터 법인에 귀속한 것으로 본다.