이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2021.6.1.) 현재 서울특별시 성북구 OOO 및 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 각각 보유하고 있고, 처분청은 2021.6.1. 현재 청구인이 보유하고 있는 위 주택들에 대하여 2022.3.31. 청구인에게 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 각 결정ㆍ고지하였다.

나. 이후, 청구인은 2024.8.29. 쟁점주택이 이 건 과세기준일 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 합산배제 임대주택에 해당하므로 이를 과세대상에서 제외하여 과다납부한 종합부동산세 등을 환급해야 한다며 경정청구를 제기하였다.

다. 처분청은 청구인의 위 경정청구를 검토한 결과, 쟁점주택은 이 건 과세기준일 현재 「소득세법」상 사업자등록 요건을 불충족하여 합산배제 임대주택에 해당하지 아니한다고 보아, 2024.10.30. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.1.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점주택은 2020.10.16.(준공일)부터 2024년 12월까지 분양 없이 임대사업에만 공여한 주택으로서 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호 가목에 따른 “민간건설임대주택”에 해당한다.

(가) 쟁점주택은 2020.10.16. 준공된 도시형 생활주택으로 주거용 오피스텔 15개호와 다세대주택 15개호 총 30개호(호별 면적 16.94㎡, 17.93㎡, 19.80㎡, 21.80㎡, 25.84㎡, 28.70㎡)로 구성된 것으로, 면적과 기준시가 요건을 모두 충족한다. 청구인은 소유권보존등기일인 2020.10.29.보다 앞선 2020.10.23. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자등록을 신청하였으나, 보증보험 가입과 관련한 과태료(청구인의 등록 이후인 2021.9.14. 신설된 규정임) 문제로 위 신청을 자진취하하였다(관할 지방자치단체의 잘못된 안내로 인하여 발생함).

이후, 청구인은 쟁점주택을 민간건설임대주택으로 등록하기 위하여 서울특별시 성북구청에 여러 차례 등록불가 사유와 등록가능한 방법에 대하여 문의하고 관련 서류를 완비하여 2021.12.10. 재등록하고자 하였으나 성북구청 담당자의 귀책으로 최초등록일로의 등록이 거부됨에 따라 2021.12.10.을 최초등록일자로 하여 민간건설임대사업자로 임대사업자 등록증을 수령하였다가 국토교통부 소관 국민신문고의 질의회신을 통하여 2022.1.17. 동 부처의 유권해석에 따라 쟁점주택의 당초 등록일인 2020.10.23.자로 정정하여 민간건설임대사업자 등록증을 재차 수령할 수 있었다.

(나) 국세청장은 종합부동산세 합산배제신고서를 신고기간 내에 제출하지 않은 경우에도 합산배제 요건에 해당하는 경우 합산배제의 적용이 가능한 것으로 해석하고 있는바(서면-2022-부동산-4958, 2023.10.5.), 청구인은 관할지방자치단체의 업무 착오로 2021.12.10.을 등록일로 하여 민간건설임대주택사업자 등록을 완료하였다가, 이후 국토교통부의 유권해석에 따라 주택임대사업자 등록증상 최초등록일이 2020.10.23.로 정정되었으므로, 쟁점주택은 2021년 귀속 종합부동산세에 대한 합산배제도 가능하다. 또한, 재등록일자가 지연된 사유도 관할지방자치단체의 업무 착오에 있었음이 확인되는바, 당해 담당자가 국토교통부의 유권해석을 인지하고 있는 상황이었다면 정상적으로 재등록할 수 있었을 것이다.

(다) 청구인은 쟁점주택을 임대를 목적으로 건설하였고, 보존등기일 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」상의 민간건설임대주택사업자 등록을 통해 임대사업을 영위할 것을 공표하고 심판청구일 현재까지 분양 없이 임대사업을 영위하고 있다. 다만, 관할지방자치단체의 행정처리 오류 및 법규의 자의적 해석으로 인하여 자진말소부터 재등록 과정까지 예측가능성이 현저히 저해됨으로써 결과적으로 2021년 귀속 종합부동산세 납부를 통해 재산권이 침해되었는바, 청구인은 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 실질적으로 「종합부동산세법」에서 규정하는 합산배제 임대주택의 요건을 충족하고 있다고 봄이 타당하다.

(2) 처분청은 민간건설임대주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자등록을 하고 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록을 하여야 합산배제 임대주택의 요건을 충족한다는 의견이나, 청구인은 주택임대업의 업종등록이 지연되었을 뿐 「부가가치세법」에 따른 사업자등록이 이미 되어 있었고, 주택임대업 겸영에 따른 공통매입세액 안분 및 주택임대업 매출 신고 등 세법에 따른 의무를 해태한 사실이 없다.

(가) 종합부동산세 합산배제 임대주택은 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항에 따라 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자등록을 하고 「소득세법」 제168조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자를 대상으로 하고 있는바, 청구인은 2018.6.8. 사업자등록을 하면서 비주거용건물 임대업을 주업종으로 하였고, 2021.12.10. 주택임대업을 부업종에 추가하였다.

(나) 청구인은 비록 주택임대업의 업종 추가는 없었으나 2019년 하반기부터 진행된 쟁점주택의 건설 과정에 있어 부가가치세 신고 시 상가부분과 주택부분의 매입세액을 안분하여 주택부분의 매입세액은 불공제하였고, 건물의 준공이 완료된 2021년 이후 주택임대수입을 부가가치세 신고 시 면세사업수입금액으로 신고하고 공통매입세액 또한 안분하여 신고하는 등 상가와 주택의 겸영사업에 관련한 세법상 의무를 충실히 수행하였다.

(다) 실질과세원칙은 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 과세함을 의미하는바, 청구인은 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 「부가가치세법」에 따른 사업자등록이 되어 있었고, 주택임대업 업종 추가가 누락되었을 뿐 실질적으로 주택임대업을 영위하면서 그에 따른 세법상 의무를 충실히 수행하였으므로 실질과세원칙에 따라 합산배제 임대주택의 요건을 충족하는 것으로 봄이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「종합부동산세법」 제8조 제2항에 따르면 쟁점주택은 종합부동산세 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못한다. 즉, 합산배제 임대주택의 요건은 임대사업자가 사업자등록을 하고 임대 중인 주택을 보유하여야 함에도 청구인은 과세기준일(2021.6.1.) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」상 임대사업자등록은 하였으나, 「부가가치세법」상 사업자등록(2021.12.10. 사업자등록정정신청을 하면서 주택임대를 부업종으로 추가함)만 되어 있으므로 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못한다.

(2) 청구인은 쟁점주택이 합산배제 임대주택에 해당된다면 2021년 귀속 종합부동산세가 결정되었을 당시 불복절차를 거쳤어야 함에도 2년이 경과한 현시점에서 이 건 경정청구를 제기하였는바, 이러한 점을 감안하면 청구인도 쟁점주택이 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다는 사실을 인지하고 있었던 것으로 보인다.

(3) 합산배제 임대주택은 다수의 주택을 보유한 납세자가 받는 일종의 혜택에 해당하므로 그 혜택은 해당 요건을 갖춘 납세자에게 공평하게 주어져야 하는바, 쟁점주택이 그 요건을 충족하지 못하였음에도 종합부동산세 과세대상에서 제외되어야 한다는 청구주장은 공평과세에 위배된다. 따라서 쟁점주택은 「종합부동산세법」 제8조 및 같은 법 시행령 제3조에 따른 합산배제 임대주택의 요건을 미충족하므로 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택이 2021년 귀속 종합부동산세 합산배제 임대주택의 요건을 충족하였는지 여부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법

제8조(과세표준) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

(2) 종합부동산세법 시행령

제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 “건설임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 「공공주택 특별법」 제49조 제4항에 따라 임대보증금 또는 임대료(이하 이 항에서 “임대료등”이라 한다)를 증액하는 경우에는 다목 전단을 적용하지 않으며, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 주택으로 한정한다.

가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 9억원 이하일 것

나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

다. 임대료 등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료 등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조 제3항에 따라 정한 기준을 준용한다.

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 “매입임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 「공공주택 특별법」 제49조 제4항에 따라 임대료등을 증액하는 경우에는 다목 전단을 적용하지 않으며, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록 등을 한 주택으로 한정한다.

가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원[「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권(이하 “수도권”이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 3억원] 이하일 것

나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

다. 임대료 등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료 등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료 등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료 등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조 제3항에 따라 정한 기준을 준용한다.

(3) 민간임대주택에 관한 특별법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

나. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

7. “임대사업자”란 「공공주택 특별법」 제4조 제1항에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(괄호 생략)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 이 건 과세기준일(2021.6.1.) 현재 쟁점주택을 포함한 청구인이 보유한 주택에 대하여 아래 ＜표1＞과 같이 2022.3.31. 청구인에게 2021년 귀속 종합부동산세 등을 각 결정·고지하였다.

＜표2＞ 이 건 종합부동산세 등 결정내역

○○○

(2) 청구인은 2024.8.29. 쟁점주택이 과세기준일 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 합산배제 임대주택에 해당하므로 이를 과세대상에서 제외하여 과다납부한 종합부동산세 등을 환급해야 한다며 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점주택이 합산배제 임대주택에 해당하지 아니한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부하였는바, 처분청이 청구인에게 통지한 경정청구 처리결과 통지서에 기재되어 있는 처리 사유는 다음과 같다.

귀하가 경정청구한 과세기간에 대한 환급할 세액이 없어 경정청구를 기각합니다.

※「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택으로서 보존등기일까지 「공공주택 특별법」 제4조 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자등록을 하고 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 사업자등록을 한 경우 해당 주택은 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제1호의 건설임대주택에 해당

(3) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 국세청의 국세통합시스템에 의하면, 청구인은 2018.7.17.(개업일 : 2018.6.8.) ‘OOO 소재지를 사업장으로 하고 부동산업/임대를 주업종으로 하여 「부가가치세법」상 일반과세자로 사업자등록을 한 후 아래 ＜표2＞와 같이 사업자등록이 변경된 것으로 확인된다.

＜표2＞ 청구인의 사업자세적 변경 이력

이력 구분

이력발생일

변경 전 사항

변경 후 사항

신규등록

2018.6.8.

신규개업

상호

2020.11.25.

OOO

OOO

부업종 정정

2021.12.10.

부업종 0개

부업종 1개

(부동산/주택임대)

주업종 정정

2021.12.10.

부동산업/임대

부동산업/비주거용건물

원천징수의무 유형

2022.1.1.

해당 없음

6개월납

(나) 청구인은 2021.12.10. 사업자등록정정 신청 시 서울특별시 성북구청장이 2021.12.10. 발급한 청구인의 임대사업자 등록증을 첨부하였는데, 동 등록증에 따르면 청구인은 2021.12.10. 쟁점주택의 종류를 장기일반민간임대주택(10년)으로 하여 임대사업자를 최초등록(OOO)한 것으로 기재되어 있었으나, 청구인이 이 건 심판청구 시 제시한 동 구청장이 2022.4.11. 발급한 임대사업자 등록증에 따르면, 청구인이 2020.10.23. 쟁점주택의 종류를 장기일반민간임대주택(10년)으로 하여 임대사업자를 최초등록(OOO)한 것으로 정정되어 있다.

(다) 쟁점주택의 건축물대장 및 등기사항전부증명서 등에 따르면, 청구인은 2018.4.9. OOO로부터 서울특별시 성북구 OOO 지상에 건축된 지상 4층의 근린생활시설(OOO)을 취득한 후 2019.8.19. 이를 멸실하고 건축주를 청구인으로 하여 지하 2층, 지상 7층의 건축물(OOO)을 신축(사용승인일 : 2020.10.16., 소유권보존등기일 : 2020.10.29.)한 것으로 나타나는바, 동 건축물의 현황은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 건축물 현황

층별

용도

면적(㎡)

비고

지하 2층

제2종근린생활시설(일반음식점)

189.41

지하 1층

제1종근린생활시설(소매점)

172.91

1층

제1종근린생황시설(소매점)

106.16

1층

주차장

94.06

2층

업무시설(오피스텔5호)

148.92

3층

업무시설(오피스텔5호)

148.92

4층

업무시설(오피스텔5호)

148.92

5층

다세대주택(5세대)

132.54

6층

다세대주택(5세대)

132.54

7층

다세대주택(5세대)

132.54

옥탑

계단실(연면적 제외)

20.92

(라) 그 밖에 청구인은 2022년 제2기 부가가치세 확정신고 시부터 주거용건물(쟁점주택) 임대업에 대한 수입금액을 면세사업수입금액으로 신고한 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택이 2021년 귀속 종합부동산세 합산배제 임대주택의 요건을 충족한다고 주장하나, 「종합부동산세법」 제8조 제1항은 주택분 종합부동산세 과세표준 산정방식을 정하면서, 제2항에 과세표준 합산대상에서 제외되는 주택의 범위로, 제1호에서 ‘「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택’을 각각 규정하고 있고, 위 「종합부동산세법」 제8조 제2항의 위임에 따라 합산배제 임대주택에 대하여 규정한 같은 법 시행령 제3조 제1항 본문 및 같은 항 제1호는, ‘대통령령으로 정하는 주택’이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택으로서, ① 전용면적이 149제곱미터 이하로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 9억원 이하일 것, ② 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것, ③ 임대료 등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것 등의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택을 말한다고 규정하고 있다.

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것인바, 청구인은 쟁점주택에 관하여 2020.10.23. 최초로 서울특별시 성북구청장에게 장기민간임대주택으로 임대사업자등록을 하였고 이에 대하여는 처분청도 인정하고 있으나, 청구인이 이 건 과세기준일(2021.6.1.) 이후인 2021.12.10. 기존의 「부가가치세법」상 일반과세자로 사업자등록한 사업자에 주택임대업을 부업종으로 추가함에 따라 이 건 과세기준일 현재 쟁점주택에 관한 「소득세법」상 주택임대업 (면세)사업자등록은 마쳐지지 아니한 상태였는 점 등에 비추어, 쟁점주택이 2021년 귀속 종합부동산세 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.