청구법인이 본점으로 사용하는 쟁점본점부분을 「지방세특례제한법」제78조 제4항 등에 따른 “산업용 건축물등”에 포함하여 취득세 등을 경감하여야 한다는 청구주장의 당부

예규·판례

청구법인이 본점으로 사용하는 쟁점본점...

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심판청구

조심 2023지4028

생산일자 2025-04-14

AI 요약

요지

본점의 사업용 부동산은 공장, 지식산업, 정보통신산업 등 산업용 건축물과는 구별되는 것으로서 위 규정에 따른 경감대상으로 보기는 어려움

상세내용

이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2018.11.30. 서울특별시 강서구 OOO 산업시설용지(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후, 2019.2.18. 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세특례제한법」제78조 제4항 및 「서울특별시세감면조례」제13조 제1항 등에 따른 감면(100분의 75 경감, 이하 “쟁점감면규정”이라 한다)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2020.12.11. 이 건 토지상에 교육연구시설(연구소)용 건축물 OOO(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 함께 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축한 후,

2021.1.28. 이 건 건축물 중 본점용 건축물(41.17%, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)에 대하여 「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였고, 나머지 연구시설소용 건축물(58.83%)에 대하여는 쟁점감면규정에 따라 취득세 등을 경감(100분의 75)받고 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

＜표1＞ 쟁점건축물에 대한 취득세 등 신고·납부 내역

(단위 : 원)

○○○

또한, 본점용 건축물의 부속토지(41.17%, 이하 “쟁점토지”라 하고, 쟁점건축물과 함께 “쟁점본점부분”이라 한다)에 대하여 「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 신고·납부한 세액을 차감한 취득세 등 OOO원을 아래 ＜표2＞와 같이 수정신고·납부하였다.

＜표2＞ 쟁점토지에 대한 취득세 등 수정신고·납부 내역

(단위 : 원)

○○○

다. 그 후, 청구법인은 2022.7.22. 쟁점본점부분 또한 정보통신 산업인 산업용 건축물등의 용도로 사용하고 있으므로 쟁점감면규정에 따른 감면을 적용하여 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2022.9.20. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.12.15. 이의신청을 거쳐 2023.5.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 국가경쟁력 제고를 위한 산업단지 내 산업시설 부지를 분양받아 거액을 투자하여 산업용 건축물을 신축한 후, 정보통신산업과 직접 관련된 연구개발 시설 등 산업용 건축물로 전용(專用)하고 있고, 이는 국가 정책 및 서울특별시의 산업단지 유치전략 등에 부응하고 있으므로 쟁점본점부분은 쟁점감면규정에 따른 취득세 감면 대상에 해당한다.

처분청은 이 건 부동산 내에 입주한 쟁점본점부분에 대하여 산업용 건축물과 달리 구분하여 쟁점감면규정의 적용을 배제하였는바, 쟁점본점부분을 포함한 이 건 부동산 전체가 쟁점감면규정에 의하여 취득세 등의 감면 대상이 되는 산업용 건축물등에 해당하는 지를 먼저 확인한 후 실제 본점용으로 사용되는지를 여부를 판단하여야 한다.

(1) 청구법인은 법인등기부등본상 목적사업과 같이 정보통신산업에 해당하는 “시스템 보안 제품 개발, 제조 및 판매업” 등을 영위하고 있으며, 또한 조정 후 수입금액명세서 등 실제 매출 자료로 객관적으로 확인되므로 「정보통신산업 진흥법」제2조 제2호 나목에 따른 정보통신산업을 영위함이 분명하고,

한국표준산업분류상으로도 “J582. 소프트웨어개발 및 공급업”에 해당하여 서울특별시 고시로 정한 산업단지 내 입주업종(IT) 요건에 부합하므로 청구법인이 정보통신산업에 전용(專用)하기 위하여 취득한 쟁점본점부분은 쟁점감면규정에 따른 산업용 건축물에 해당한다.

(가) 청구법인이 영위하는 사업은 「정보통신산업 진흥법」 제2조제2호에 따른 정보통신산업에 명확히 해당한다.

1) 「지방세특례제한법」제78조 제4항 및 제58조 제3항, 같은 법 시행령 제29조 제3호 및 제38조에 의하면, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 “정보통신산업”용 건축물은 산업용 건축물로 정하고 있으며, 정보통신산업이란 「정보통신산업 진흥법」 제2조 제2호에 따라 “정보통신과 관련한 제품을 개발ㆍ제조ㆍ생산 또는 유통하거나 이에 관련한 서비스를 제공하는 산업”을 말한다.

또한, 「정보통신산업 진흥법」 제2조 제2호 나목 및 「소프트웨어 진흥법」 제2조 제2호에 따른 소프트웨어산업을 정보통신산업으로 열거하고 있고, 「소프트웨어 진흥법」 제2조 제2호에 의하면 “소프트웨어산업”이란 소프트웨어의 개발, 제작, 생산, 유통, 운영 및 유지ㆍ관리 등과 그 밖에 소프트웨어와 관련된 서비스를 제공하는 산업을 규정하고 있다.

2) 조세심판원(조심 2020지217, 2021.08.18.)은 “「정보통신산업 진흥법」 제2조 제2호에 의하면 “정보통신산업”이란 정보통신과 관련한 제품을 개발ㆍ제조ㆍ생산 또는 유통하거나 이에 관련한 서비스를 제공하는 산업으로서 컴퓨터 및 정보통신기기와 관련한 산업을 의미”한다고 설시하면서 “정보통신신산업제품을 개발ㆍ제조ㆍ유통하거나 이와 관련된 서비스를 제공하는 장소로 사용되어 정보통신산업용 건축물에 해당하고, 「지방세특례제한법」 제78조 제4항 및 같은 법 시행령 제29조 제3호에 따라 취득세가 감면되는 산업용 건축물에 해당하는 것”이라고 결정하였다.

3) 청구법인은 법인등기부등본상 주된 목적사업에 따라 “시스템 보안 제품 개발, 제조 및 판매업”을 영위하고 있으며, 법인세 신고 시 제출한 조정 후 수입금액명세서로 실제 소프트웨어자문, 개발 및 공급업을 영위함을 객관적으로 확인할 수 있고, 구체적으로 청구법인은 키보드 보안, 악성코드 탐지 및 네트워크 보호를 비롯한 온라인 통합 보안서비스(명칭: nProtect Online Security) 등을 개발 및 판매하고 있다.

특히, 청구법인의 주요 매출은 한국표준산업세세분류로 구분되는 “J58222. 응용 소프트웨어 개발 및 공급업”이고, 이는 「정보통신산업 진흥법」 제2조 제2호 나목에 따른 “「소프트웨어 진흥법」 제2조 제2호에 따른 소프트웨어산업”으로서 정보통신산업에 해당한다.

(나) 서울특별시는 고시로 OOO일반산업단지 내 입주업종을 구체화하였고, 청구법인이 고시 업종을 영위하기 위한 쟁점본점부분은 산업용 건축물이다.

1) 서울특별시는 OOO일반산업단지 내 입주 가능한 정보통신(IT)의 범위를 “OOO일반산업단지 관리기본계획 고시(서울특별시 고시 제OOO호)”로 구체화하였으며, 관련하여 대법원(2016.8.17. 선고 2015두51132 판결)과 조세심판원(2021지3340, 2023.6.27.)은 ‘고시’라도 법령 위임에 근거하여 법령의 내용을 구체화한 행정규칙(법령 보충적 행정규칙)으로 대외적으로 구속력이 있는 법규명령으로서의 효력을 갖는다고 해석한 바 있다.

2) 위 선결정례는 본 건과 동일한 OOO일반산업단지 내 산업용 건축물에 해당하는지 여부를 다투었던 사건으로서 서울특별시가 “전기통신업”을 입주 업종으로 고시하였다는 점을 근거로 전기통신업을 영위할 목적으로 취득한 부동산은 취득세가 면제되는 산업용 건축물이라고 판단하였다.

3) 따라서 청구법인이 “J582. 소프트웨어개발 및 공급업”을 영위하기 위하여 취득한 쟁점본점부분은 법규명령으로서의 효력을 갖춘 고시에 의거 정보통신(IT)의 하위 업종인 “J582. 소프트웨어개발 및 공급업”에 명확히 일치하는바, 고시 업종을 영위하기 위한 부동산은 산업용 건축물에 해당함이 분명하다.

(다) 청구법인의 쟁점본점부분은 OOO일반산업단지 내 건립된 산업용 건축물로, ① 법령으로 산업용 건축물 범위를 달리 구분하고 있지 않고, ② 하나의 건축물로 등기된바, 그 전체가 쟁점감면규정의 적용 대상에 해당한다.

1) 조세심판원(조심 2020지217, 2021.8.18.)은 법령에서 산업용 건축물의 범위에 관하여 제한을 두고 있지 않으므로 산업용 건축물에 해당하는 이상, 그 전체를 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따른 감면대상으로 결정하였는바, 산업용 건축물에 해당하는 부동산은 그 전체가 쟁점감면규정의 적용 대상이다.

청구법인은 “OOO일반산업단지 관리기본계획 고시(서울특별시 고시 제2011-323호)”에 따라 OOO일반산업단지 내 토지를 분양받고 동일 지번 위에 산업용 건축물을 건립하였으며,

여기서 산업용 건축물은 「지방세특례제한법」제78조 및 같은 법 시행령 제38조로 그 대상을 열거하고 있고, 해당 건축물의 기능, 구조 등으로 특정 부분을 따로 떼어내어 산업용 건축물에서 제외한다는 규정을 따로 두고 있지는 않다.

특히, 조세심판원(조심 2020지217, 2021.8.18.)에서도 “법령에서 달리 그 범위에 관하여 제한을 두고 있지 아니하므로 정보통신산업에 사용되는 건축물이라면 위 법령에서 감면대상으로 규정한 산업용 건축물에 해당한다고 해석된다”고 결정한 바 있다.

즉, 산업용 건축물은 건축물 단위로 구분하는 것이며 그 일부에 대해서 자의적으로 산업용 건축물과 달리 취급하는 것은 조세법률주의에 따라 인정될 수 없다 할 것이고, 산업용 건축물에 해당하는 쟁점본점부분은 그 전체가 쟁점감면규정의 적용 대상에 해당한다.

2) 실제로도 쟁점본점부분은 하나의 건축물로 등기되었으므로 그 일부를 임의로 구분하여 산업용 건축물과 달리 취급할 수 없다 할 것인바, 쟁점본점부분은 하나의 건축물로서 “OOO일반산업단지 관리기본계획 고시(서울특별시 고시 제2011-323호)”에 따라 적법하게 건립된 산업용 건축물에 해당하므로 그 전체가 취득세 감면 대상이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 조직도에 의하면, 본점 업무시설은 경영지원실, 솔루션사업부, 사업지원실, 전략사업부 및 글로벌사업부로 배치되어 있고, 구체적으로 경영, 인사, 재무 및 기획 등 청구법인의 전체 경영활동을 총괄하면서 주된 업무를 지휘·통제하는 활동이 이루어지는 주된 사무소로 사용되고 있는바,

본점 업무시설인 쟁점본점부분은 이를 정보통신산업을 직접적으로 지원하는 교육, 연구, 정보처리 및 유통시설 등이라고 보기는 어렵다.

(2) 행정안전부(지방세특례제도과-1913, 2019.5.17.)에서도 공장 및 그 제조시설을 지원하기 위한 부대시설(사무실 포함)과는 별도의 건축물로서 법인의 전체 경영활동을 총괄하면서 총무, 재무, 회계 등 법인의 주된 업무를 지휘·통제하는 활동이 이루어지는 주된 사무소로 사용되는 경우라면 본점용 부동산에 해당되어 해당 공장(제조시설) 기능의 효용이나 편익을 증진시키기 위한 “제조시설의 관리·지원용 부대시설”로 보기 어렵다고 회신하였다.

(3) 이와 같이 쟁점본점부분의 본점 업무시설은 정보통신산업·지식산업이 이루어지거나 정보통신산업·지식산업과 직접 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설이 이루어지는 부동산에는 해당되지 아니한다 할 것이므로 쟁점감면규정에 따라 취득세 등이 경감되는 “산업용 건축물”에는 해당되지 않는다 할 것이어서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 “서울특별시 서초구 OOO”를 본점 소재지로 하고 “시스템 보안 제품 개발, 제조 및 판매업”, “시스템 보안 및 복구지원 기술지원 용역업” 등을 목적으로 하여 2000.1.31. 설립되었으며, 2005.12.9. “서울특별시 구로구 OOO”로 본점을 이전하여 사업을 영위하다 2021.1.22. “서울특별시 강서구 OOO”으로 본점을 이전하였다.

＜표3＞ 청구법인 목적사업 현황(등기사항전부증명서 발췌)

○○○

(나) 청구법인은 2022.5.20. 현재 대표이사(1명), 경영지원실(19명), 사업지원실(5명), 솔루션사업부(6명), 국내사업1부(4명), 전략사업부(16명), Dev Group(64명) 및 글로벌사업부(14명) 등 131명의 직원이 이 건 부동산에 근무하고 있는 것으로 나타난다.

＜ 청구법인의 조직도(2022.5.20. 현재) ＞

○○○

(다) 청구법인은 2018.11.30. 이 건 토지를 취득한 후, 2019.4.24. 건축허가를 받고, 2019.8.26. 건축공사에 착공하여 2020.12.11. 지하 2층, 지상 8층 규모의 교육연구시설(연구소)용 건축물인 이 건 건축물(연면적 9,894㎡)을 신축하여 사용승인을 받았다.

＜표4＞ 이 건 건축물 사용승인 현황(건축물대장 발췌)

(단위 : ㎡)

○○○

(라) 청구법인은 2020.12.11. 이 건 건축물을 신축한 후, 아래 ＜표5.6＞과 같이 본점(41.17%)과 기업부설연구소용(58.83%)으로 구분하여 산출한 취득세 등을 신고하거나 수정신고·납부하였다.

＜표5＞ 이 건 부동산 안분(본점, 연구시설) 내역(청구법인 정리)

○○○

＜표6＞ 이 건 부동산의 본점 등 세부내역(청구법인 정리)

(단위 : ㎡)

○○○

(마) 서울특별시장은 2008.12.30. 아래 ＜표7＞과 같이 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 OOO 일반산업단지 실시계획 승인(서울특별시 고시 제OOO호)하였으며, 이 건 부동산은 OOO 일반산업단지 내에 소재하고 있다.

＜표7＞ 서울특별시 고시 제OOO호(일부 발췌)

○○○

(바) 서울특별시장은 2011.12.29. “OOO구역 도시개발사업 1지구, 2지구 실시계획변경인가 고시” 등을 통해 아래와 같이 “소프트웨어 개발 및 공급업” 등을 OOO 일반산업단지 입주업종으로 지정하였다(서울특별시 고시 제OOO호).

＜ 서울특별시 고시 제OOO호(일부 발췌) ＞

마) 주요유치업종 및 유치업종배치계획

(1) 입주업종

ㆍ 산업단지의 유치업종은 다음 예시를 바탕으로 산업단지 정책심의위원회에서 신청기업의 주력업종이나 기술수준을 고려하여 유치가능업종 여부를 최종 판단함

＜ 입주업종 예시 ＞

구분

업종군

한국표준산업분류(KISC)

분류코드

업종별

산업

공통

연구개발업

729

기타 과학기술 서비스업(기술시험,검사,분석업 등)

정보

통신

(IT)

컴퓨터, 정보통신,

반도체, 정보처리

전자부품, 컴퓨터, 영상, 음향 및 통신장비 제조업

전기장비제조업

정보통신, 정보처리

582

소프트웨어개발 및 공급업

5911

영화, 비디오물 및 방송프로그램 제작업

612

전기통신업

컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업

6311

자료처리, 호스팅 및 관련 서비스업

생명

공학

(BT)

유전공학, 바이오신약

바이오시밀러, 바이오장기

의료용 물질 및 의약품 제조업

271

의료용 기기 제조업

731

수의업

나노

산업

(NT)

나노소자

비금속 광물제품 제조업

금속가공제품 제조업(기계 및 가구 제외)

그린

산업

(GT)

그린생산

유니소재

자동차 및 트레일러 제조업

기타 운송장비 제조업(항공기 등)

에너지

전기, 가스, 증기 및 공기조절 공급업(각종 발전업)

자원순환

폐기물 수입, 운반, 처리 및 원료재생업

환경정화 및 복원업

※ 대학(원) 부설연구소 입주신청 시 정책심의위원회의 심의ㆍ의결을 거쳐 입주 가능

(사) 한국산업기술진흥협회장이 2021.3.23. 발급한 기업부설연구소 인정서(제OOO호)에 의하면, 청구법인은 이 건 부동산의 지상 3∼6층에 대하여 아래 ＜표8＞과 같이 기업부설연구소 인정(최초)을 받은 것으로 나타난다.

＜표8＞ 이 건 부동산의 기업부설연구소 인정 내역(발췌)

○○○

(아) 청구법인은 이 건 부동산에서 영위하는 사업이 “소프트웨어 개발 및 공급업” 등에 해당한다고 주장하며, 매출액 내역, 한국표준산업 분류 내역 등의 자료를 제출하였다.

1) 청구법인의 매출액은 등기사항증명서 등의 목적사업에 기재된 바와 같이 시스템 보안 제품 개발, 제조 및 판매업을 영위하면서 발생하였다.

＜표9＞ 청구법인의 조정 후 수입금액명세서(2020 사업연도 기준)

○○○

2) 청구법인의 주요 제품은 홈페이지에서 확인되는 것과 같이 온라인 등의 시스템 보안 제품을 개발하여 판매하는 것이며, 한국표준산업세세분류를 확인해 보면, ‘(58222) 응용 소프트웨어 개발 및 공급업’으로서 ‘J582. 소프트웨어개발 및 공급업’에 해당한다.

＜표10＞ 청구법인의 주요 매출(한국표준산업분류표상 분류)

J582. 소프트웨어개발 및 공급업 (J.정보통신업)

구 분

내 용

58222

분류명

응용 소프트웨어 개발 및 공급업

설명

컴퓨터에서 특정한 업무 처리를 위하여 기능 및 프로세스를 프로그램화 하여 자동적으로 처리하는 범용성의 응용 소프트웨어를 개발하는 산업활동을 말한다. 블록체인 기술을 적용하여 개발하거나 인터넷, 휴대폰 및 PDA 등에 사용하는 모바일용 응용 소프트웨어를 개발·공급하는 산업활동도 포함한다.

＜예시＞

? 인터넷 및 모바일용 응용 S/W 개발

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제13조 제1항에서는 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당)을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다고 규정하면서,

같은 법 시행령 제25조에서는 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다고 규정하고 있다.

한편, 「지방세특례제한법」제78조 제4항에서는 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다고 규정하면서 그 제1호 가목에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지를, 그 제2호 가목에서 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있으며,

같은 법 시행령 제29조 제1항에서 법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다고 규정하면서 그 제3호에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물을 규정하고 있다.

(나) 살피건대, 「지방세법」제13조 제1항 등에서 규정하고 있는 본점의 ‘사무소’로 사용하는 부동산이라 함은, 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소를 말한다고 볼 수 있고,

반면 본점의 사무소와 함께 설치되었더라도 본점에서 이루어지는 주요한 의사결정, 업무수행, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 본점의 ‘사무소’에 해당한다고 보기 어려우므로, 위 ‘사무소’에 해당하는지 여부는 해당 법인이 영위하는 사업의 종목이나 특성 등을 모두 고려하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결, 같은 뜻임).

청구법인은 쟁점본점부분을 포함한 이 건 부동산 전체가 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조에 따른 정보통신산업과 관련된 연구개발시설 등 산업용 건축물 등에 해당하므로 「지방세특례제한법」제78조 제4항 등에 따른 취득세 경감 대상이라고 주장하나,

청구법인은 지하 2층, 지상 8층 규모의 이 건 부동산 중 그 일부(지상 3∼6층 등)에 대하여만 기업부설연구소로 인정을 받은 것으로 나타나는 점,

청구법인은 이 건 부동산 사용 내역 및 안분 내역 등을 통해 이 건 부동산 중 쟁점본점부분을 41.17%, 기업부설연구소용 58.83%로 각각 구분하여 이를 신고한 것으로 나타나는 점,

청구법인은 이 건 부동산 외의 다른 장소에 별도의 본점이나 공장 및 지점 등을 두고 있지는 아니한 점,

이 건 부동산 사용내역 및 현황사진 등에 의하면, 쟁점본점부분(41.17%)은 청구법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소(CEO실, 경영지원실, 전략사업부, 글로벌사업부, 솔루션사업부 및 사업지원실 등)인 것으로 나타나는 점 등에 비추어

이 건 부동산 중 기업부설연구소용(58.83%)으로 사용하는 부동산을 제외한 쟁점본점부분(41.17%)은 법인의 전반적 사업을 수행하고 있는 영리법인의 주된 사무소로서 법인의 중추적인 의사결정 등이 이루어지는 장소로서 「지방세법」제13조 제1항 및 같은 법 시행령 제25조에 따른 본점의 사업용 부동산으로 보는 것이 타당하다 할 것이고, 이는「지방세특례제한법」제78조 제4항 및 같은 법 시행령 제29조 제1항 제3호에 규정된 공장, 지식산업, 정보통신산업 등 산업용 건축물과는 구별되는 것으로서 위 규정에 따른 경감대상으로 보기는 어렵다(조심 2023지3791, 2024.12.3., 같은 뜻임) 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세법

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ①「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당하며, 「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하는 부동산을 포함한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

(2) 지방세법 시행령

제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.

(3) 지방세특례제한법

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선(「건축법」제2조 제1항 제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2019년 12월 31일까지 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

(4) 지방세특례제한법 시행령

제29조(산업용 건축물 등의 범위) ① 법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.

1. 「도시가스사업법」 제2조 제5호에 따른 가스공급시설용 건축물

2. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따른 연구개발시설 및 시험생산시설용 건축물

3. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물

4. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제30조 제2항에 따른 관리기관이 산업단지의 관리, 입주기업체 지원 및 근로자의 후생복지를 위하여 설치하는 건축물(수익사업용으로 사용되는 부분은 제외한다)

5. 「집단에너지사업법」 제2조 제6호에 따른 공급시설용 건축물

6. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」 제6조 제5항 제1호부터 제5호까지, 제7호 및 제8호에 해당하는 산업용 건축물

② 법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 공장용 부동산”이란 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 공장을 말한다.

제38조(산업용 건축물 등의 범위) 법 제78조 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 산업용 건축물등"이란 제29조 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다. 다만, 제29조 제3호에 해당하는 공장용 건축물은 행정안전부령으로 정하는 업종 및 면적기준 등을 갖추어야 한다.

(5) 산업입지 및 개발에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “지식산업”이란 컴퓨터소프트웨어개발업ㆍ연구개발업ㆍ엔지니어링서비스업 등 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업을 말한다.

3. “문화산업”이란 「문화산업진흥 기본법」 제2조 제1호에 따른 문화산업을 말한다.

4. “정보통신산업”이란 「정보통신산업 진흥법」 제2조 제2호에 따른 정보통신산업을 말한다.

(6) 정보통신산업 진흥법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “정보통신산업”이란 정보통신과 관련한 제품(이하 “정보통신제품”이라 한다)을 개발ㆍ제조ㆍ생산 또는 유통하거나 이에 관련한 서비스(이하 “정보통신 관련 서비스”라 한다)를 제공하는 산업으로서 다음 각 목의 산업을 말한다. 다만, 「정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률」 제2조 제1항 제2호에 따른 정보통신서비스를 제공하는 산업은 제외한다.

가. 컴퓨터 및 정보통신기기와 관련한 산업

나. 「소프트웨어 진흥법」 제2조 제2호에 따른 소프트웨어산업

다. 「전자문서 및 전자거래 기본법」 제2조 제1호 및 제5호에 따른 전자문서 및 전자거래와 관련한 산업

라. 「산업발전법」 제8조 제2항에 따른 지식서비스산업 중 대통령령으로 정하는 정보통신과 관련된 산업

마. 「이러닝(전자학습)산업 발전 및 이러닝 활용 촉진에 관한 법률」 제2조 제3호에 따른 이러닝산업

바. 「정보보호산업의 진흥에 관한 법률」 제2조 제1항 제2호에 따른 정보보호산업

사. 그 밖에 정보통신을 활용하여 부가가치를 창출하는 산업으로서 대통령령으로 정하는 산업

(7) 산업발전법

제8조(정의) ② 제1항에 따른 지식서비스산업이란 지식의 생산, 가공, 활용 및 유통을 통하여 부가가치를 창출하는 산업으로서 대통령령으로 정하는 업종을 말한다

(8) 산업발전법 시행령

제3조(지식서비스산업의 범위 및 지원 기관) ① 법 제8조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 별표 2의 업종을 말한다.

[별표 2] 지식서비스산업의 범위(제3조제1항 관련)

해당업종

한국표준산업분류번호

○환경 정화 및 복원업

○도매 및 상품중개업

○전자상거래업

47911

○서적, 잡지 및 기타 인쇄물 출판업

581

○소프트웨어 개발 및 공급업

582

○영화, 비디오물 및 방송프로그램 제작업

5911

○영화, 비디오물 및 방송프로그램 제작 관련 서비스업

5912

○음악 및 기타 오디오물 출판업

59201

○전기통신업

612

○컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업

○정보서비스업

○연구개발업

○법무관련 서비스업

711

○회계 및 세무관련 서비스업

712

○광고업

713

○시장조사 및 여론조사업

714

○경영컨설팅업

71531

○건축기술, 엔지니어링 및 기타 과학기술 서비스업

○전문디자인업

732

○번역 및 통역서비스업

73902

○사업 및 무형 재산권 중개업

73903

○물품감정, 계량 및 견본 추출업

73904

○그외 기타 분류안된 전문, 과학 및 기술 서비스업

73909

○사업시설 유지관리 서비스업

74100

○보안시스템 서비스업

75320

○콜센터 및 텔레마케팅 서비스업

75991

○전시 및 행사 대행업

75992

○신용조사 및 추심 대행업(신용정보를 수집ㆍ제공하는 사업만 해당한다)

75993

○포장 및 충전업

75994

○온라인 교육 학원(기술 및 직업훈련 교육을 제공하는 경우에만 해당한다)

85504

○기술 및 직업훈련학원

8565

○병원

861

○의원

862

○기타 보건업(정보통신기술을 활용한 원격의료 및 요양서비스만 해당한다)

869

(9) 서울특별시 시세 감면 조례

제13조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따른 "조례로 정하는 율"은 다음 각 호와 같다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.

2. 법 제78조 제4항 제2호 나목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 15로 한다.

(10) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률

제14조의4(기업부설연구소등의 준수사항) 기업부설연구소등은 다음 각 호의 사항을 준수하여야 한다.

1. 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발활동과 관련된 업무 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 아니할 것(다만, 창업일로부터 3년이 경과하지 아니한 「중소기업기본법」 제2조 제2항에 따른 소기업의 기업부설연구소등에 근무하는 자가 해당 소기업의 대표자를 겸하는 경우에는 제외한다)

2. 「건축법」에 따라 허가받지 아니한 건물 또는 가건물, 건축물의 용도가 주거용인 건물에는 기업부설연구소등을 설치하지 아니할 것

3. 그 밖에 기업부설연구소등의 건실한 운영을 위하여 대통령령으로 정하는 사항

(11) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령

제17조(기업부설연구소 등의 준수사항) ① 법 제14조의4 제3호에서 “대통령령으로 정하는 사항”이란 다음 각 호의 사항을 말한다.

1. 법 제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)를 설립 또는 설치한 기업은 해당 기업부설연구소등에서 근무하는 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 이 조에서 “연구전담요원등”이라 한다)이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보할 것

2. 기업부설연구소등은 하나의 주소지에 둘 것. 다만, 연구의 원활한 수행을 위하여 필요한 경우에는 다음 각 목의 요건을 갖추어 기업부설연구소등의 주소지를 주소재지와 부소재지로 구분하여 2개의 장소에 둘 수 있다.

가. 각 주소지에 독립된 연구시설을 갖추고 있을 것

나. 각 주소지에 기업부설연구소등의 연구전담요원 또는 연구보조원 1명 이상이 상시 근무할 것

2의2. 기업부설연구소등의 연구전담요원등은 소속된 기업부설연구소등의 연구시설에서 근무할 것. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 과학기술정보통신부장관에게 미리 알린 후 자택 등 해당 기업부설연구소등의 연구시설이 아닌 장소에서 근무할 수 있다.

가. 「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」에 따른 감염병에 대응하기 위하여 필요한 경우

나. 연구전담요원등의 효율적인 연구개발 활동을 위하여 과학기술정보통신부장관이 필요하다고 인정하는 경우. 다만, 연구전담요원등이 「병역법」에 따른 전문연구요원인 경우는 제외한다.

3. 같은 기업에 2개 이상의 기업부설연구소등을 설립하려면 전문연구 분야(「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 산업에 관한 표준분류에 따른 중분류를 말한다) 또는 그 주소지가 서로 다를 것

4. 과학기술정보통신부장관이 정하는 바에 따라 매년 기업부설연구소등의 연구개발활동 실적 등을 과학기술정보통신부장관에게 제출할 것

② 삭제 ＜2022. 8. 2.＞