이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2003.8.16. 부산광역시 북구 OOO 소재 OOO타운의 재건축정비사업(이하 “쟁점재건축정비사업”이라 한다)을 위하여 설립된 조합으로, 2017.5.18. 주식회사 A(이하 “시공사”라 한다)과 공사 도급계약을 체결하여 재건축정비사업을 진행하였고, 2022.4.25. OOO 593세대(조합원분 316세대, 일반분양분 277세대)를 신축하여 준공인가를 받았다.

나. 부산지방국세청장은 2024.1.11.∼2024.3.24. 청구법인에 대한 법인세 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 수익사업(일반분양분)과 비수익사업(조합원분양분)에서 발행한 원가를 구분경리하지 않고 총원가를 수익사업과 비수익사업의 매출액 기준으로 안분하여 법인세 신고를 한 사실을 확인하여 청구법인의 매출원가에 대하여 먼저 수익사업과 비수익사업의 개별손금을 구분하고, 개별손금으로 구분되지 않는 공통손금은 매출액이 아닌 사용면적을 기준으로 안분하여 법인세를 부과하도록 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2024.6.3. 청구법인에게 2022사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하고, 조합원 이주비 금융비용(이하 “쟁점이자”라 한다)과 조합원 발코니 확장공사비(이하 “쟁점공사비”라 한다) 중 수익사업 해당분 OOO원(쟁점이자분 OOO원, 쟁점공사비분 OOO원)을 2022년 귀속 조합원 배당으로 소득처분하여 2024.6.12. 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.4. 이의신청을 거쳐 2024.11.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점이자를 장부상 비용으로 계상하지 않았으므로, 이를 손금불산입하고 조합원들에게 배당으로 소득 처분을 한 것은 부당하다.

(가) 처분청은 청구법인이 조합원들을 대신하여 쟁점이자를 부담하였고 이를 시공사에 대한 공사비로 처리하였으므로 쟁점이자를 전액 손금불산입한 처분은 정당하다는 의견이나, 청구법인은 쟁점이자를 장부상 비용으로 계상한 바가 없으므로 이를 손금불산입한 처분은 부당하다.

(나) 청구법인의 조합원 이주비 금융비용은 아래 ＜표1＞과 같이 이주기간 내 이자(쟁점외 이자)와 이주기간 외 이자(쟁점이자)로 구분되어 있고, 쟁점외 이자는 청구법인과 시공사 간의 금전소비대차계약을 통해 청구법인이 부담하였으나, 쟁점이자는 금전소비대차계약 없이 시공사가 부담하였다.

＜표1＞ 조합원 이주비 금융비용의 구분

구 분

기 간

회계처리

쟁점여부

이주기간 내

2017년 9월∼2018년 12월

지급이자 등으로 비용처리

쟁점외 이자

이주기간 외

2019년 1월∼2022년 입주 시

장부 미반영

쟁점이자

(다) 처분청은 청구법인이 조합원들을 대신하여 쟁점이자를 부담하였고, 이를 시공사에 대한 공사비로 처리하였으므로 쟁점이자를 전액 손금불산입하고 수익사업 해당분을 조합원들의 배당으로 소득처분한 것이 정당하다는 의견의 근거로 도급계약서(제5조, 제15조 제1항 및 제4항)와 시공사로부터 회신한 공문(쟁점이자를 건축공사대금으로 청구법인에 청구하여 회수하였다는 내용 기재)을 제시하고 있다.

그러나, 동 계약서를 살펴보면 쟁점외 이자는 동 계약서 제15조 제1항에 따라 조합원들이 부담하였으나, 쟁점이자는 동 계약서 제5조에 따라 청구법인이나 조합원들이 부담한 바가 없는데도 불구하고, 처분청은 이를 혼동하고 있는 것이다.

또한, 처분청은 시공사가 쟁점이자를 건축공사대금으로 청구법인에 청구하여 회수하였다는 내용이 기재된 시공사의 공문을 근거로 제시하고 있으나, 이는 시공사가 쟁점이자가 아닌 쟁점외 이자에 대해 사실관계를 확인해 준 것으로, 쟁점이자에 대한 회신내용이 아니며, 시공사의 날인 확인도 없는 당사자의 의사에 맞지 않는 유도된 증거자료에 불과하다.

(라) 조합 총회책자(정비사업비의 추산액 및 그에 따른 조합원 부담규모 및 지급시기)에도 조합원들이 부담하는 금용비용에는 쟁점외이자만 기재되어 있다.

(마) 따라서, 처분청은 청구법인의 회계처리에 관한 사실관계를 오해한 것인바, 장부상 비용으로 계상되지 않은 쟁점이자를 손금불산입(배당 처분)하기 위해서는 손금산입의 세무조정을 거쳐야 하므로, 손금산입(기타)의 세무조정을 추가하여야 한다.

(2) 처분청이 추정한 쟁점공사비의 금액은 부당하다.

(가) 처분청은 조합원들이 쟁점공사비를 시공사로부터 무상으로 지원받은 것으로 보아 쟁점공사비를 추정하여 손금불산입(배당 처분)하였으나, 도급계약서 제5조(공사의 범위 및 비용부담)에 조합원 발코니 확장 부분이 명시되어 있고, 이에 따라 쟁점공사비는 시공사의 전체공사비에 포함되어 있다고 보아야 한다.

(나) 따라서, 쟁점공사비는 실제 발생한 건축공사비 중 건축면적에서 쟁점공사면적(발코니 면적)이 차지하는 비율로 안분계산한 후, 공통손금비율 차이분을 손금불산입하여야 한다.

(다) 또한, 위의 공통손금비율 차이분만큼 손금불산입하되, 조합원들이 시공사로부터 무상으로 지원받은 것이 아니라 조합원들이 실제로 지급(공사비에 포함)하였으므로 소득처분은 배당이 아니라 기타로 처분하여야 한다.

(3) 청구법인은 결손법인이므로 쟁점이자와 쟁점공사비를 배당으로 소득처분할 수 없다.

조세심판원은 결손법인은 그 조합원에 대하여 배당으로 소득처분할 수 없다고 결정하였는 바(조심 2023서9585, 2024.5.21.), 이에 따라 청구법인은 결손법인이므로 일시적 이득이 있었다고 하더라도 조합원들에게 배당으로 소득처분한 처분청의 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점이자를 전액 손금불산입하고, 수익사업 해당분을 조합원의 배당소득으로 소득처분한 처분은 정당하다.

(가) 도급계약서에 따라 쟁점이자는 시공사가 사업경비로 청구법인에게 대여한 후 회수한 것이다.

청구법인은 쟁점이자를 회계상 비용으로 반영하지 않았고, 청구법인이 조합원을 대신해 쟁점이자를 부담한 증거가 없으며, 처분청이 도급계약서 제5조의 쟁점이자와 제15조의 쟁점외 이자를 혼동하고 있다고 주장하나,

도급계약서 제15조 제4항은 “기본이주비에 대한 이자는 시공사가 사업경비로 청구법인에게 직접 대여하기로 하며 동 금액을 회수하기로 한다”고 명시되어 있으므로, 쟁점이자는 시공사가 사업경비로 청구법인에게 대여한 후 회수하였다고 보는 것이 합리적인 해석이다.

(나) 처분청은 시공사로부터 쟁점이자를 청구법인에 청구하여 회수하였다는 공문을 회신하였다.

처분청은 시공사에 쟁점이자 회수 관련 공문을 요청하였고, 시공사는 쟁점이자를 건축공사대금 중 공통경비로 청구법인에 청구하여 회수하였다고 회신하였는바, 이는 처분청의 도급계약서에 대한 해석과 부합한다.

(다) 처분청이 확보한 2016년 조합 임시총회 회의록에도 쟁점이자는 공사도급계약에 포함되어 있다고 언급되어 있다.

(라) 위 사실관계를 종합해보면 청구법인은 쟁점이자를 조합원 계좌로 송금 시 비용처리 하지는 않았으나, 쟁점이자를 공사비에 포함하여 시공사에 지급하는 방식으로 비용 계상한 것으로 보아야 한다.

(마) 조세심판원도 이주비 금융비용은 조합원이 직접 부담해야 하는 비용이므로 수익사업의 손금에 해당하지 않고, 그 중 수익사업 부문 상당액은 조합원의 배당소득에 해당한다고 결정하였다(조심 2022부5068, 2023.3.21. 등 다수).

(2) 시공사와 일반분양자 간에 체결한 발코니 공사금액을 토대로 쟁점공사비를 산정하고, 조합원들이 쟁점공사비를 부담한 사실이 확인되지 않으므로 쟁점공사비를 손금불산입하여 수익사업 해당분을 조합원의 배당소득으로 소득처분한 처분청의 처분은 타당하다.

(가) 쟁점공사비(조합원 발코니 확장비)를 일반분양자의 발코니 확장비와 비교하여 산정한 처분은 정당하다.

조합원들은 시공사와 별도로 발코니 확장 계약을 체결한 사실이 없는 반면, 일반분양자는 시공사와 별도로 발코니 확장 계약을 체결하였고, 시공사는 일반분양분과 조합원분에 평형별로 동일한 발코니 확장공사를 실시하였으므로, 일반분양자가 시공사와 체결한 계약금액을 토대로 쟁점공사비를 산정하는 것이 타당하다.

청구법인은 쟁점공사비 산정 시 건축공사비를 건축면적에서 쟁점공사면적이 차지하는 비율로 안분하여 쟁점공사비를 산정하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 관련 자료를 제시하지 않고 있어 세부사항을 확인할 수 없고, 건축공사비에는 단순히 세대 내부의 발코니 확장공사 외에 단지 내 조경공사, 지하 주차장 공사 등 다양한 공사가 포함되어 있어 단순히 면적으로 안분하는 것은 합리적이지 않다.

(나) 한편, 청구법인은 공사비가 증액되고 비례율이 변경되어 추가분담금이 결정되었으므로 조합원들이 쟁점공사비 상당액을 무상으로 받은 것이 아니라 공사비 명목으로 부담하였다고 주장하나, 공사비 증액 내역에 쟁점공사비 관련 내용이 포함되어 있지 않는 등 청구주장은 이유없다.

(3) 청구법인은 누적 결손법인이 아니다.

청구법인은 조세심판원 결정례(조심 2023서9585, 2024.5.21.)를 근거로 청구법인이 결손법인이므로 조합원 배당으로 처분할 수 없다고 주장하나, 동 결정례는 배당 소득처분 여부는 수익사업의 최종 사업연도 결산 시 누적 결손 여부에 따른다고 결정한 것으로, 청구법인의 2022년까지 수익사업의 누적 과세표준은 OOO원으로, 2023년 수익사업의 결손금 OOO원 등을 차감하여도 2023년까지 수익사업에서 결손이 발생하지 않았다.

또한, 청구법인의 2023년말 재무상태표에는 미분양된 상가ㆍ아파트가 재고자산(OOO원)으로 계상되어 있어 추후 수익사업에서 추가 수익이 발생할 여지가 있는 등 분양이 완료되는 시점이 되어야 최종 결손 여부를 판단할 수 있으므로, 이 사건에 위 결정례를 원용하는 것은 무리가 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점이자는 장부상 비용으로 계상되지 않았으므로 이를 손금불산입한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

② 처분청이 손금불산입한 쟁점공사비의 금액은 부당하다는 청구주장의 당부

③ 청구법인은 결손법인이므로 쟁점이자와 쟁점공사비를 배당으로 소득처분할 수 없다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법

제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 이 조에서 “정비사업조합”이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.

1. 「도시 및 주거환경정비법」 제35조에 따라 설립된 조합(전환정비사업 조합을 포함한다.

2. 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제23조에 따라 설립된 조합

(2) 조세특례제한법 시행령

제104조의4(정비사업조합의 수익사업의 범위) 법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.

(3) 법인세법

제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(4) 법인세법 시행규칙

제76조(비영리법인의 구분경리) ⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각 호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분 계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 청구법인이 2017.5.18. 시공사와 체결한 “OOO타운 주택재건축정비사업 아파트 신축공사 도급계약서” 제5조 제2항 본문 및 제15호에는 무이자 이주비 금융비용(이주기간 제외)은 시공사가 수행 또는 부담한다고 기재되어 있고, 동 계약서 제15조 제1항에는 이주기간 내 발생한 기본이주비 금융비용은 청구법인 또는 청구법인의 조합원이 부담하는 것으로 기재되어 있으며, 같은 조 제4항에는 기본이주비에 대한 이자는 시공사가 사업경비로 청구법인에게 직접 대여하기로 하며 시공사는 동 금액을 무이자 대여금으로 회수한다고 기재되어 있다.

(나) 처분청이 시공사로부터 회신한 공문에는 이주비 이자는 공통경비로 청구되었다고 기재되어 있다.

(다) 처분청이 제시한 조합 임시총회의사록(2016.12.27.)의 주요내용은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 임시총회의사록(주요내용 발췌)

(라) 처분청이 제시한 자료에 따르면, 청구법인은 시공사로부터 쟁점이자를 입금받아 조합원들의 계좌에 다시 입금한 것으로 나타난다.

(마) 처분청이 제시한 자료에 따르면, 청구법인의 수익사업에 대한 2022사업연도 법인세 과세표준은 OOO원(수익사업 10년 내 이월결손금 OOO원을 차감한 금액)이고, 2023사업연도 법인세 과세표준은 OOO원인 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점이자를 장부상 비용으로 계상하지 않았으므로 이를 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인과 시공사가 작성한 도급계약서 제15조 제4항에 이주비에 대한 이자는 시공사가 사업경비로 청구법인에게 직접 대여하기로 하며 동 금액을 회수하기로 한다고 기재되어 있고, 처분청이 시공사로부터 회신받은 공문에도 시공사가 이주비에 대한 이자를 청구법인에 청구하여 회수하였다는 내용이 기재되어 있는 등 청구법인은 쟁점이자를 공사비에 포함하여 시공사에 지급하는 방식으로 비용 계상한 것이라는 처분청의 의견이 타당해보이는 반면, 청구법인이 제시한 자료만으로는 쟁점이자가 공사비에 포함되어 있지 않아 비용으로 계상하지 아니하였다는 청구주장이 객관적ㆍ구체적으로 입증되었다고 보기는 어려우므로 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 실제 발생한 건축공사비를 건축면적에서 발코니 면적이 차지하는 비율로 안분계산하여 조합원 발코니 확장공사비를 추정하는 것이 합리적이라고 주장하나, 시공사는 일반분양분과 조합원분양분에 대해 평형별로 동일한 발코니 확장공사를 진행하였으므로 일반분양자가 시공사와 체결한 발코니 확장공사 계약금액을 기준으로 조합원분양자의 발코니 확장공사비를 산정한 처분청의 방법이 합리적이라고 판단되는 반면, 건축공사비에는 세대 내부의 발코니 확장공사비 외에 단지 내 조경공사비, 지하 주차장 공사비 등 다양한 공사비가 포함되어 있어 청구주장과 같이 면적 기준으로 안분계산하여 쟁점공사비를 산정하는 것은 타당하지 않다고 판단된다.

또한, 청구법인은 재건축정비사업 진행과정에서 공사비가 증액되고 비례율이 변경되어 추가분담금이 결정되었으므로 조합원들이 쟁점공사비 상당액을 무상으로 받은 것이 아니라 공사비 명목으로 쟁점공사비를 부담한 것이므로 쟁점공사비를 전액 손금불산입하여 수익사업 해당분을 조합원의 배당소득으로 소득처분한 것은 부당하다고 주장하나, 조합원분양분 공사비 증액내역에 쟁점공사비 관련 내용이 포함되어 있지 않고 조합원들이 시공사와 별도로 발코니 확장 계약을 체결한 사실이 없는 점 등에 비추어 조합원들이 부담하여야 할 금액을 청구법인이 대신 부담한 것으로 보아 이를 손금불산입하고 수익사업 해당분은 조합원들의 배당소득으로 소득처분한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 결손법인이므로 쟁점이자와 쟁점공사비를 배당으로 소득처분할 수 없다고 주장하나, 청구법인의 수익사업에 대한 2022사업연도 법인세 과세표준은 OOO원으로, 2023사업연도 법인세 결손금 OOO원을 차감하더라도 청구법인은 2023년까지 수익사업에서 결손이 발생하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.