이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2018.1.8. 주택신축판매업 등을 영위하기 위해 설립된 주식회사 AAA(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 대표이사로 아래 ＜표1＞과 같이 설립당시 쟁점법인의 주식 OOO주(지분율 40%)를 보유하다가 2020.12.2. 유상증자를 거쳐 보유주식수가 OOO주로 증가하였으며, 2021.7.27. BBB이 보유하고 있던 주식 중 OOO주를 추가 취득하여 보유주식은 OOO주(지분율 70%)가 되었다.

＜표1＞ 쟁점법인 주주현황

○○○

나. 처분청은 쟁점법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 2021.7.27. 쟁점법인의 과점주주(지분율 70%)가 되었음에도 과점주주 간주취득세를 신고ㆍ납부하지 아니한 사실을 확인하고, 2023.5.24. 청구인에게 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 부과ㆍ고지하였다.

다. 이후, 청구인은 쟁점법인의 설립 당시 발행한 주식 중 CCC 명의로 된 주식 OOO주는 당초부터 청구인의 소유였음을 확인하는 주주권 확인의 소를 제기하였고, 2023.11.29. 법원으로부터 주주권이 청구인에게 있다는 무변론 판결(OOO 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다)을 받고, 2024.2.15. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.3.4. 이를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.5.22. 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청 의견

가.청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점법인 설립시 CCC에게 쟁점법인의 주식 OOO주를 명의신탁하였고, 이는 쟁점판결로 확인되었으므로 청구인이 쟁점법인의 과점주주가 된 시점은 회사 설립일로 보아야 한다.

청구인은 쟁점법인을 설립하면서 단독주주 형태보다 다수의 주주를 구성하는 것이 적합하다고 판단하여, BBB, CCC 등과 쟁점법인을 설립하였는데, CCC은 쟁점법인을 설립하면서 본인의 명의만 빌려주었을 뿐, 주주로서의 일체의 권리는 청구인에게 있음을 인정하고 청구인의 허락 없이 주권을 행사하거나 임의로 양도하는 등의 처분을 할 수 없으며, 청구인이 주식의 반환을 요구하는 경우 이를 무상으로 반환하기로 하는 명의신탁 약정을 하였고, 청구인은 CCC의 지분에 대한 출자금을 입금하였다.

이후, CCC은 쟁점법인의 운영에 일체 관여하지 않았고 2023.8.7. 명의신탁약정을 해지하기 전까지 쟁점법인의 주권을 행사하지 않았으므로, 청구인이 CCC의 소유지분까지 포함하여 이 건 법인 설립 당시부터 과점주주(CCC의 주식지분을 포함하여 60%)였던 것으로 보아야 한다.

(2) 처분청은 쟁점판결은 무변론판결로 사실관계에 부합된다고 인정하기 어렵다며 경정청구를 거부처분 하였는데, 「국세기본법」 제14조 제1항에 따르면 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하도록 되어 있어 실질과세의 원칙을 명시하고 있고, 법원은 소득이나 수익, 재산, 행위 또는 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 지배·관리하는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라, 실질과세의 원칙에 따라 실질적으로 당해 과세대상을 지배·관리하는 자를 납세의무자로 삼아야 한다고 판결(서울행정법원 2016.4.29. 선고, 2015구합54414 외 다수)하고 있다.

처분청은 청구인에게 ‘주주권 확인의 소’를 통하여 경정청구를 하라고 안내를 하였을 뿐, 피고의 변론이 반드시 필요하다는 사실을 알리지 않았으면서, 이후에 ‘무변론 판결’이기 때문에 청구를 받아들이지 못한다는 무책임한 답변을 하였다.

관례적인 원고와 피고의 관계를 고려할 때, 명의신탁 등에 대한 주주권 확인의 소의 경우 피고의 무변론 종결로서 소의 절차를 간소화하여 진행하는 경우가 많고, 동일한 사실관계에 대하여 소의 변론 유무에 따라 결정이 달라진다는 것은 실질과세원칙에 위배되므로 처분청은 청구인이 설립시점부터 쟁점법인의 과점주주였던 것으로 보아 이 건 처분을 취소해야 한다.

나.처분청 의견

(1) 「지방세법」 제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다고 규정하고 있고,

「지방세법 시행령」 제11조 제1항에서 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 주식을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

(2) 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위와 같은 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나, 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다고 할 것(대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결 참조)이고,

취득세의 납세의무를 부담하는 과점주주는 형식적 요건을 갖추어야 할 뿐만 아니라 당해 과점주주가 법인의 운영을 실질적으로 지배할 수 있는 지위에 있음을 요하고, 이때 법인의 운영을 실질적으로 지배할 수 있는 지위라 함은 실제 법인의 경영지배를 통하여 법인의 부동산 등의 재산을 사용ㆍ수익하거나 처분하는 등의 권한을 행사하였을 것을 요구하는 것은 아니고, 소유하고 있는 주식에 관하여 의결권 행사 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다할 것(대법원 2008.10.23. 선고 2006두19501 판결 참조)인바,

청구인의 경우, 쟁점법인의 주식 40%를 보유하고 있는 상태에서 2021.7.27. BBB으로부터 쟁점법인의 지분 30%를 추가 취득하여 최초로 쟁점법인의 과점주주가 된 사실이 확인되므로 청구인에게 같은 날 과점주주 취득세 납세의무가 성립되었다 할 것이며, 청구인은 CCC을 대신하여 납부한 ‘주금납입내역’ 이나 ‘당초 명의신탁약정서’ 등을 제출하지 아니하였고, 청구인이 제출한 확인서는 사인 간에 임의로 작성할 수 있어 객관적인 증빙으로 보기 어려우며, 주주권 확인소송에 대한 쟁점판결은 무변론 종결된 것으로서 법원이 별도의 입증절차 없이 주장사실 또는 청구원인이 된 사실을 그대로 인정한 것인바, 판결문상의 내용 자체가 진정한 사실관계에 부합된다고 인정하기는 어려운 점(조심 2016지1282, 2017.8.9., 같은 뜻임) 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인은 쟁점법인 설립시부터 과점주주였으므로 증가한 지분율에 해당하는 부분만 납세의무가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.

(2) 지방세법 시행령

제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(제10조의2에 따른 과점주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 “주식등”이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 “주식등의 비율”이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 심판청구서 및 처분청의 답변서 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인이 제출한 쟁점법인 설립 후 지분변동 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 쟁점법인의 지분변동 내역

○○○

(나) 2020∼2021년도 쟁점법인의 주식ㆍ출자지분 양도명세서에 따른 주식 양도 현황은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 쟁점법인 주식 양도 현황

○○○

(다) 청구인은 쟁점법인의 설립 당시 발행한 주식 중 CCC 명의로 된 주식 OOO주는 당초 청구인의 소유임을 확인해 달라는 소송을 제기하였고, 법원은 2023.11.29. 아래와 같이 주주권이 청구인에게 있다고 판결하였다.

○○○

(라) 청구인은 이 건 심판청구를 제기하면서 CCC이 소유한 쟁점법인 주식 OOO주는 당초 청구인의 소유였다는 CCC의 확인서를 제출하였다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점법인의 설립당시 쟁점법인의 주식을 명의신탁하였으므로 과점주주 취득세 납세의무가 없다고 주장하나,

과점주주 취득세의 납세의무와 관련하여 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식등변동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 주식등변동상황명세서 등에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 사실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 자가 입증하여야 할 것이고, 그것을 주장하는 자는 명의가 도용당하였다거나 차용되었다는 사실을 법원의 확정판결이나 객관적 자료 등에 의해 입증하여야만 그 입증책임을 다하였다고 볼 수 있을 것(조심 2018지578, 2018.6.12. 등 다수, 같은 뜻임)인바,

청구인은 이 건 처분일 현재 쟁점법인의 주주명부상 지분 70%를 보유하고 있어 특별한 사정이 없는 한 과점주주에 해당하는 점, 청구인은 처분청이 이 건 과점주주취득세를 부과ㆍ고지하기 전까지 본인이 CCC에게 주식을 명의신탁하였다는 사실에 대해 어떤 이의도 제기한 사실이 없고, 청구인이 제시하고 있는 사실확인서 등은 사인 간에 임의로 작성할 수 있어 객관적인 입증자료로 보기 어려운 점, 청구인이 제출한 쟁점법인의 주주권 확인의 소와 관련한 쟁점판결(OOO 판결)은 무변론 판결로서 법원이 별도의 입증절차 없이 그 주장사실 또는 청구의 원인이 된 사실을 그대로 인정하여 판단한 것으로 법원판결문상의 내용 자체가 진정한 사실관계에 부합한다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구인에게 과점주주 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.