이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2020.12.15. 경상북도 경주시 OOO 외 1필지 토지 203.00㎡ 및 건물 359.45㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하고, 「지방세특례제한법」 제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세를 감면받았다.

나. 처분청은 2024년 5월 청구인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 이 건 부동산의 1층은 아동돌봄센터로, 2층은 주택(이하 부속토지를 포함하여 “쟁점부동산”이라 한다)으로 임대하여 해당 부분은 정당한 사유 없이 취득일부터 3년이 경과할 때까지 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하지 아니한 경우로서 취득세 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2024.8.9. 청구인에게 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 부과.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.8.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 경상북도 경주시의 지도하에 아동돌봄센터를 위탁받아 운영하려 하였으나, 개인이 아동돌봄센터를 수탁할 수 없다고 하여 사회적 협동조합을 설립하여 아동돌봄센터를 수탁받아 운영하게 하면서, 쟁점부동산 1층을 사회적 협동조합에게 무상으로 임대하였다.

청구인의 정관에는 청구인의 목적으로 예배와 선교 그리고 구제 봉사가 포함되어 있고 쟁점부동산 1층을 아동돌봄센터의 위탁운영을 위해 사회적 협동조합에게 무상임대를 주는 것은 구제 봉사활동에 해당하여 청구인의 목적에도 합당한 일이라 여겨 무상으로 임대해주었으므로 구제 활동이란 운영 목적을 인정한다면 이 건 취득세를 추징하는 것은 부당하다.

(2) 쟁점부동산 2층은 취득 당시 주택이었고, 당시에 거주 중이었던 전세 세입자는 LH전세자금을 지원받는 한부모 가정으로서 청구인은 당시 세입자에게 전세기간이 만료되면 이사할 의향이 있는지 확인하였으나, 세입자가 경주시에 민원을 제기하여 경주시 아동청소년과에서 청구인에게 퇴거를 강요하지 말라고 권고하였고, 임대차 3법의 내용도 고려하여 전세 기간을 연장해주었다.

그리고 퇴거 시점이 임박하였을 때에 한부모 가정의 LH자금을 상향 조정받기 위한 신청결과가 늦게 나왔고, 이사갈 집을 알아보던 중에 건물주들의 비협조로 이사 시기가 지연되게 되었다. 청구인은 이러한 상황에서 12월의 추운겨울에 매몰차게 이사를 요구할 수 없었고, 세입자가 2024.3.29. 퇴거할 때까지 기다려줄 수밖에 없었다.

청구인은 2024.4.18.부터는 쟁점부동산의 2층을 예배장소로 사용하고 있는바, 이를 고려하여 취득세 추징을 철회하여 주기를 요청한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점부동산 1층을 사회적협동조합에 임대주어 아동돌봄센터로 운영하고 있으므로 구제활동이란 운영목적을 인정할 때 해당 교회의 종교활동과 동일한 운영목적 사업이므로 취득세가 면제되어야 한다고 주장한다.

「지방세특례제한법」제50조 제1항에서 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산이라 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용 용도가 종교 목적 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하므로 종교단체의 경우 취득세의 비과세 대상이 되는 것은 종교의식, 예배 축전, 선교 등 종교 목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것(조심2009지782, 2010.4.16., 같은 뜻)이다.

청구인은 쟁점부동산을 종교 목적으로 취득하고서 당초 취득 목적과는 다르게 쟁점부동산 1층을 사회적협동조합에 임대를 주어 아동돌봄센터로 운영되고 있는 사실이 제출된 무상 임대계약서, 처분청의 출장복명서 및 쟁점부동산 현황 사진, 돌봄센터 설치확인증 등 관련 자료에 명백히 확인되는 점, “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 그 부동산을 해당 용도에 사용하는 것을 말하는 것으로 특별한 사정이 없는 한 “임대”는 “직접 사용”에 해당하지 않는바, 청구인이 비록 아동돌봄센터로부터 임대료를 받은 사실은 없다고 하더라도 쟁점부동산의 1층을 취득일부터 4개월이 경과된 2021.5.부터 타인에게 무상으로 제공한 것은 사실상 임대한 것으로 직접 사용하지 않고 타용도에 사용하여 감면 요건을 충족하지 못한 것인 점 등에 비추어 볼 때 쟁점부동산 1층 부분은 취득일부터 2년 이내에 종교 목적이 아닌 다른 용도에 사용한 경우에 해당하므로 쟁점부동산 1층에 대한 취득세를 부과하는 것은 잘못이 없다고 보인다.

(2) 다음으로 쟁점부동산 2층 주택부분에 대한 사항을 살펴보면,「지방세특례제한법」 제50조 제1항 제2호 규정에서 ‘정당한 사유’라 함은 해당 사업에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 직접 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애 사유 및 장애 정도, 목적사업에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이고, 법령에 의한 금지·제한 등 부동산을 취득할 당시 유예기간 이내에 목적사업에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였다면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 유예기간 이내에 당해 부동산을 목적사업에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 목적사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 부동산을 목적사업에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것이다.

청구인은 쟁점부동산을 취득할 당시 전 소유자가 2층 주택을 임대한 사실을 알 수 있었으며, 「주택임대차보호법」에 따라 이러한 주택으로 임대한 부동산의 경우 이를 임대차 계약을 해지하고 명도 받아 청구인의 목적사업에 사용하는 데에 중대한 장애사유가 될 수 있음을 충분한 주의를 기울였다면 알 수 있었다고 보이고, 이러한 취득 이전의 장애사유가 유예기간 이내에 해소될 것이라는 합리적인 기대를 할 수 있는 아무런 근거가 없이 이 건 부동산을 취득하여 쟁점부동산 2층을 종전의 임차인들에게 당초 임대기간동안 계속하여 임대한 것이므로, 이는 취득 이전에 존재하던 장애사유로서 정당한 사유에 해당된다고 볼 수 없다(조심 2015지1135, 2015.12.21., 같은 뜻임) 할 것이다.

따라서,「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따라 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 쟁점부동산에 대해 감면받은 세액을 추징한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 취득일부터 3년이 경과할 때까지 종교행위 목적으로 직접 사용하지 아니한 경우로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 2020.12.15. 이 건 부동산을 취득하고, 이 건 부동산을 「지방세특례제한법」 제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세를 감면받았다.

(나) 등기부등본에 따르면, 이 건 부동산은 1층 소매점 119.49㎡, 2층 주택 119.98㎡, 3층 주택 119.98㎡로 기재되어 있다.

(다) 처분청이 제출한 쟁점부동산에 대한 2024.5.30. 현장조사 출장결과보고서에 따르면, 이 건 부동산의 1층은 현재 무상임대로 OOO이 운영하는 OOO돌봄센터로 사용 중이고, 2층은 예배당으로 사용 중이며, 3층은 담임목사 aaa의 사택으로 사용 중인 것으로 나타나며, 기타현황으로 2층 주택은 2024.3.29.까지 세입자가 거주하였으며, 세입자 전출 후부터 예배당으로 사용하였고, 이전까지 3층 목사 사택에서 예배를 병행하였다고 청구인이 주장한다는 내용이 기재되어 있다.

(라) 쟁점부동산 1층에 대해 청구인이 OOO과 체결한 무상임대차계약서에 따르면, 임대인은 청구인, 임차인은 OOO 대표 bbb로 임대인과의 관계는 지인으로 기재되어 있고, 계약기간은 2021.5.1.∼2027.4.30.(6년), 계약서 제목은 무상계약서로 표시되어 있으며, 보증금 및 임대료에 대한 사항은 계약서에 별도로 표기되어 있지 않다.

(마) 청구인이 제출한 쟁점부동산 2층의 전세 계약서에 따르면, 임차인은 한국토지주택공사 대구경북지역본부장, 입주자는 ccc으로 이 표시 주택은 한국토지주택공사가 기초생활수급자, 저소득신혼부부 등 주거취약계층의 주거안정을 위하여 정부에서 지원하는 주택도시기금으로 임차하는 주택으로 용도는 단독주택이고, 전세금은 OOO원, 계약기간은 2019.12.12.∼2021.12.11.(2년간)으로 확인되며, 이후 묵시적 계약에 의해 계약기간은 2021.12.12.∼2023.12.11.까지 연장된 것으로 확인된다.

(바) 쟁점부동산 2층과 관련하여 제출된 입주자 부담금 반환 신청서, 보증금 반환 확인서 등에 따르면, 쟁점부동산 2층의 기존 세입자는 2024.3.29. 위 주택을 청구인에게 인도한 것으로 확인된다.

(사) 처분청은 2024년 5월 청구인에 대한 세무조사를 실시하고 2024.6.11. 이 건 부동산 3층(담임목사 aaa의 사택으로 사용) 부분을 제외한 나머지 취득세 과세대상 물건에 대해 「지방세특례제한법」제50조 제1항 제2호에 따라 청구인이 쟁점부동산을 취득한 후 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 것으로 보아 기 면제된 취득세 등을 추징한다는 세무조사결과를 통지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」 제50조 제1항에서 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하면서, 제2호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.

(나) 청구인은 쟁점부동산 1층을 아동돌봄센터의 위탁운영을 위해 사회적 협동조합에게 무상임대한 것은 구제 봉사활동에 해당하여 청구인의 목적에 부합하는 것이고, 쟁점부동산 2층은 청구인이 취득할 당시에 거주 중이었던 전세 세입자의 퇴거 시기가 지연되어 청구인이 3년 내에 직접 사용하지 못한 것이므로 정당한 사유에 해당한다고 주장한다.

그러나, 「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따라 취득세가 감면되는 종교단체가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산이라 함은, 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 종교목적 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다 할 것이므로 취득세 등의 감면 대상은 종교의식, 예배축전, 종교교육 및 선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것인바(조심 2018지822, 2018.11.5. 외 다수, 같은 뜻임), 비록 쟁점부동산 1층이 아동돌봄센터로 사용되고 있다 하더라도 이를 종교의식, 예배축전, 종교교육 등 종교목적으로 사용하는 것으로 보기 어렵고, 쟁점부동산 1층의 아동돌봄센터는 해피드림 사회적 협동조합에 의하여 운영되고 있어 이를 청구인이 직접 사용하는 것으로 보기도 어려운 점,

쟁점부동산 2층의 경우, 비록 청구인이 취득할 당시 세입자가 거주하고 있었다 하더라도, 당시 세입자의 계약기간은 2021.12.11. 만료되었고, 청구인의 암묵적 동의하에 계약기간이 묵시적으로 갱신된 것이며, 청구인이 쟁점부동산 2층에 직접 거주하고자 하였다면 계약갱신을 거절할 수 있는 상황이었던 것으로 보이는 점,

쟁점부동산 2층의 갱신된 계약기간은 2023.12.11. 종료되었고, 청구인은 위 부동산을 2020.12.15.에 취득하여 취득일로부터 3년이 되는 시점이 2023.12.14.이므로, 묵시적 갱신에 따른 계약기간의 종료시점 이후에라도 세입자에게 바로 위 주택의 인도를 요구하고 이를 사용하였다면, 청구인은 위 부동산의 취득일부터 3년 내에 쟁점부동산의 2층을 직접 사용할 수 있었을 것으로 보이는 점 등에 비추어,

청구인은 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보이므로, 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.8.12. 법률 제17474호로 일부개정된 것)

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 주택임대차보호법(2020.6.9. 법률 제17363호로 일부개정된 것)

제6조(계약의 갱신) ① 임대인이 임대차기간이 끝나기 6개월 전부터 2개월 전까지의 기간에 임차인에게 갱신거절(更新拒絶)의 통지를 하지 아니하거나 계약조건을 변경하지 아니하면 갱신하지 아니한다는 뜻의 통지를 하지 아니한 경우에는 그 기간이 끝난 때에 전 임대차와 동일한 조건으로 다시 임대차한 것으로 본다. 임차인이 임대차기간이 끝나기 2개월 전까지 통지하지 아니한 경우에도 또한 같다.

② 제1항의 경우 임대차의 존속기간은 2년으로 본다.

③ 2기(期)의 차임액(借賃額)에 달하도록 연체하거나 그 밖에 임차인으로서의 의무를 현저히 위반한 임차인에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다.

제6조의3(계약갱신 요구 등) ① 제6조에도 불구하고 임대인은 임차인이 제6조 제1항 전단의 기간 이내에 계약갱신을 요구할 경우 정당한 사유 없이 거절하지 못한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 임차인이 2기의 차임액에 해당하는 금액에 이르도록 차임을 연체한 사실이 있는 경우

2. 임차인이 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 임차한 경우

3. 서로 합의하여 임대인이 임차인에게 상당한 보상을 제공한 경우

4. 임차인이 임대인의 동의 없이 목적 주택의 전부 또는 일부를 전대(轉貸)한 경우

5. 임차인이 임차한 주택의 전부 또는 일부를 고의나 중대한 과실로 파손한 경우

6. 임차한 주택의 전부 또는 일부가 멸실되어 임대차의 목적을 달성하지 못할 경우

7. 임대인이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 목적 주택의 전부 또는 대부분을 철거하거나 재건축하기 위하여 목적 주택의 점유를 회복할 필요가 있는 경우

가. 임대차계약 체결 당시 공사시기 및 소요기간 등을 포함한 철거 또는 재건축 계획을 임차인에게 구체적으로 고지하고 그 계획에 따르는 경우

나. 건물이 노후ㆍ훼손 또는 일부 멸실되는 등 안전사고의 우려가 있는 경우

다. 다른 법령에 따라 철거 또는 재건축이 이루어지는 경우

8. 임대인(임대인의 직계존속ㆍ직계비속을 포함한다)이 목적 주택에 실제 거주하려는 경우

9. 그 밖에 임차인이 임차인으로서의 의무를 현저히 위반하거나 임대차를 계속하기 어려운 중대한 사유가 있는 경우