이유
1. 처분개요

가. 처분청은 2019년 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 아래 ＜표1＞과 같은 부동산에 대하여, 「지방세특례제한법」 제41조 제1항 등에 따른 감면을 적용한 후, 2019.7.10. 및 2019.9.10. 청구법인에게 재산세 등 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

＜표1＞ 과세대상 및 과세내역

(단위 : 원)

○○○

나. 처분청은 청구법인이 이 건 의과대학과 이 건 부속병원의 건축물 내에 소재하는 주차장 면적 79,654.56㎡(2,206면, 이 건 의과대학 13,272.25㎡, 이 건 부속병원 66,382.31㎡, 이하 “쟁점주차장”이라 한다)를 주식회사 AAA(이하 “AAA”이라 한다)에게 임대한 사실을 확인하고, 청구법인이 쟁점주차장을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하여 「지방세특례제한법」제41조 제2항 및 제7항에 따른 감면요건을 충족하지 아니한 것으로 보아, 2024.5.3. 청구법인에게 아래 ＜표2＞와 같이 재산세 등 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

＜표2＞ 재산세 등 부과처분 내역

(단위 : 원)

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것으로 규정한 것은 부동산의 소유자가 감면 대상인 부동산을 그 사업목적과 용도에 맞게 사용하였는지 판단하기 위한 기준일 뿐 목적 및 용도를 달성하는 방법에 있어 그 소유자가 구체적으로 채택하는 외관에 대해서는 별도의 제한을 두고 있지 않다.

(2)「지방세특례제한법」은 각종 재산세 감면규정을 두면서 임대용 부동산을 감면대상에서 제외할 경우 이를 명문으로 규정하고 있는데, 이와 달리 학교용 부동산과 의과대학 부속병원의 부동산에 대한 취득세 감면조항인「지방세특례제한법」제41조 제2항과 같은 조 제7항은 임대용 부동산을 감면 대상에서 제외한다고 규정하고 있지 아니한바, 여기에서 직접 사용의 의미는 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것이면 충분하다(대법원 2018.10.4. 선고 2018두46643 판결, 같은 뜻임).

(3) 쟁점주차장은 이 건 의과대학 및 부속병원의 부대시설 또는 종속시설인 ‘부설주차장’으로 주된 건축물의 편의에 제공하기 위해 의무적으로 설치되는 종물에 해당하며, 주물과 종물의 관계에 있어 종물(쟁점주차장)은 주물(이 건 의과대학 및 부속병원)과 구분하여 독립된 용도와 기능을 갖는 것이 아니므로 쟁점주차장은 주물의 용도에 따라 본래적 용도인 의료업 또는 교육업에 제공된 것 이외에 다른 독립된 목적에 사용될 수 없다.

따라서, 건축물에 반드시 설치되어야 하는 부설주차장은 건축물의 ‘공용부분’으로 이러한 공용부분은 전용부분에 따라 그 용도가 결정되는데, 지방세 과세(중과 포함) 및 감면에 있어서 공용부분은 전용 부분에 따라 그 과세 및 감면이 결정되는 것이므로 하나의 건축물이 지방세 부과와 감면 대상으로 구분되는 경우 공용부분을 전용 부분과 분리하여 판단할 것은 아니라 할 것이다.

(4) 만일 청구법인이 쟁점주차장을 AAA에게 맡기지 않고 직영하는 경우 주차안내원 등을 추가로 고용하여야 할 뿐만 아니라 주차설비에 대한 특허사용료를 별도로 지급하여야 하는바, 주차장 운영을 통해 얻는 수익보다 더 큰 지출을 하여야 하므로 청구법인이 쟁점주차장을 AAA에게 임대하고 있다는 사유만으로 이와 같은 사용을 직접 사용이 아니라고 단정할 수는 없다.

(5) 끝으로 청구법인은 이 건 의과대학 및 부속병원을 교육 및 의료사업의 용도에 맞게 운영될 수 있도록 AAA을 실질적으로 지휘 통제하고 있으므로, 이 건 의과대학에 대하여는「지방세특례제한법」제41조 제2항을 적용하여 그 재산세를 면제하고, 이 건 부속병원에 대하여는 같은 조 제7항을 적용하여 재산세의 100분의 50을 감면하는 것이 학교용 부동산 등에 대한 취득세 감면 규정의 입법취지에 부합한다.

나. 처분청 의견

(1) 교육사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 것이란 취득한 부동산을 학교법인의 교육용 기본재산으로 편입하여야 함은 물론, 실제 사용 용도도 학교법인이 설치 경영하는 사립학교의 교지·교사·체육장·실습 또는 연구시설, 그리고 기타 교육에 직접 사용되는 시설·설비 및 교재·교구 등과 같이 당해 부동산의 사용 용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다(대법원 1994.10.28. 선고 94누224 판결).

(2) 헌법재판소 역시「지방세특례제한법」상 ‘직접 사용’에 ‘소유 주체’로서 사용한다는 의미가 포함되지 아니하면, 하나의 부동산에 대해 복수의 사용 주체를 인정함으로써 다수가 하나의 부동산을 ‘직접’ 사용하게 되는 부당한 결과에 이르게 되고, 2014.1.1. 신설된「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 위와 같은 해석을 더욱 명확히 한 것으로 보인다고 판시하였다(헌법재판소 2018.1.25. 선고 2015헌바277).

(3) 청구법인은 쟁점주차장을 이 건 의과대학 및 부속병원의 주차장으로 운영하기 위하여 AAA과 임대차계약을 체결한 후 보증금 및 임대료를 받고 있고, AAA은 주차장 시설에 대한 관리책임과 주차장 내 사고에 대한 민·형사상의 책임을 부담하고 있음을 볼 때, 청구법인이 쟁점주차장을 해당 용도에 직접 사용하고 있다고 보기 어려우므로 청구법인에게 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점주차장을 교육 목적으로 직접 사용하지 아니한 경우에 해당한다고 보아 재산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 기독교 정신에 입각한 초등·중등·고등교육을 실시하기 위해 설립되어 현재 OOO대학교 외 6개 학교를 설치 운영하고 있는 학교법인이다.

(나) 청구법인은 2018.12.19. AAA과 아래와 같이 쟁점주차장 임대 운영계약을 체결하였다.

＜임대계약서 내용 중 발췌＞

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점주차장을 AAA에게 임대하여 사용한 경우에도 그 사업목적과 용도에 맞게 사용한 경우라면 그 사용형태와 관계 없이 그 목적에 직접 사용되는 경우에 해당하므로 이 건 재산세 등 부과처분은 위법하다고 주장한다.

「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제41조 제2항은 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 면제하도록 규정하면서, 단서에서는 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다고 규정하고 있다.

또한, 같은 법 제41조 제7항에서는 의과대학의 부속병원이 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 경감한다고 규정하고 있다.

「지방세특례제한법」에서 정한 ‘직접 사용’의 문구는 특별한 사정이 없는 한 ‘직접 사용’의 의미에 관한 정의규정인「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에 따라 해석하여야 하고, ‘직접 사용’의 의미를 이와 달리 해석하기 위해서는 원칙적으로 그에 관한 별도의 규정이 필요하고 할 것이다(대법원 2021.9.9. 선고 2021두34558 판결, 같은 뜻임). 한편, 위 규정은 2014.1.1. 법률 제12175호로 지방세특례제한법이 개정되면서 신설되었는데, 이는 ‘직접 사용’의 주체는 사용자가 아닌 소유자임을 분명히 하기 위한 취지이고, 다만 사용용도 등을 고려하여 부동산 소유자가 아닌 제3자가 해당 용도대로 사용하는 것에 관해 개별규정에서 예외적으로 감면을 규정한 것이라 할 것이다(대법원 2019.4.5. 선고 2018두65996 판결, 같은 뜻임).

이러한 법리에 비추어 이 건을 살펴보면, 「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 ‘소유자’가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있는바, 임대를 통한 사용은 해당 임차인이 용도에 맞게 사용한다고 하더라도 이를 소유자가 직접 사용한 것으로 보기 어려운 점, 쟁점주차장의 임대차계약서를 보면, 문언상 이 건 부속병원 개원 초기 2년을 제외하면 월간 임대료가 OOO원을 초과하는 것으로 확인되므로 이를 부설 주차장 운영을 위한 위·수탁계약으로 보기는 어려운 점, AAA은 쟁점주차장의 시설에 대한 관리책임과 주차장 내 사고에 대한 민·형사상의 책임을 부담하고 있고, 쟁점주차장의 수익과 지출에 대하여 독립적인 회계처리를 하고 있는 것으로 보이는 바, 청구법인이 AAA에게 쟁점주차장의 유지·관리만을 위탁하는 방식으로 쟁점주차장을 운영하고 있다고 보기는 어려운 점, 특히 청구법인이 쟁점주차장을 임대하여 소득을 얻고 있는 이상 쟁점주차장은 수익사업에 이용되고 있다고 봄이 타당하므로, 이 건 의과대학에 위치한 쟁점주차장의 경우 「지방세특례제한법」제41조 제2항 단서에 따라 재산세 등의 면제가 배제된다고 할 것인 점 등에 비추어 보면, 처분청이 쟁점주차장 면적이 재산세 등 감면대상에서 제외된다고 보아 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리 결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(대통령령으로 정하는 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 2021년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

(각 호 생략)

② 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 2021년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.

1. 2020년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을, 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 50을 각각 경감한다.

2. 2021년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 목의 구분에 따라 취득세 및 재산세를 각각 경감한다.

가. 해당 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 30을 경감한다.

나. 해당 부동산 취득일 이후 해당 부동산에 대한 재산세 납세의무가 최초로 성립한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.