이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2024.2.8. AAA외 1인(이하 “이 건 매도인”이라 한다)과 서울특별시 광진구 OOO(다세대주택으로 전용면적 12.47㎡이며, 이하 “쟁점주택”이라 한다)에 대한 분양(매매)계약을 체결하고, 2024.2.22. 처분청에 쟁점주택을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록하였다.

나. 청구법인은 2024.2.29. 쟁점주택을 취득한 후, 2024.4.18. 처분청에 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제13조의2 제1항 제1호의 중과세율(12%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고ㆍ납부하였다.

다. 청구법인은 2024.5.2. 쟁점주택의 취득은 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택을 최초로 분양받은 경우에 해당하여 「지방세특례제한법」 제31조 제2항 제1호에 따른 취득세 감면(85%) 대상이라는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인이 쟁점주택을 이 건 매도인이 임대목적으로 사용하던 상태에서 취득하여 최초로 분양받은 경우에 해당하지 않으므로 취득세 감면대상이 아니라고 보아 2024.5.31. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 임대물건으로 등록할 경우 취득세의 85%를 감면받을 수 있다는 공인중개사 및 법무사의 조언에 따라 쟁점주택을 취득하였다.

그러나 청구법인이 쟁점주택에 대한 취득세를 신고·납부하는 과정에서, 처분청으로부터 쟁점주택의 취득이 감면대상에 해당하지 않는다고 안내받았다.

청구법인은 당초 취득세가 감면되지 않을 경우 계약을 해제하는 것을 조건으로 쟁점주택에 대한 분양계약을 체결하였으므로 이 건 매도인에게 계약해제를 요구하였으나, 이 건 매도인이 지방세 감면액만큼 변제하겠으니 계약을 유지하자고 하여 등기를 하지 않고 기다리고 있었다.

그러나 갑자기 공인중개사로부터 여신금융전문회사가 이 건 매도인 소유의 다른 주택들을 가압류하였다는 소식을 듣고 급히 이사회를 개최한 후 소유권이전등기를 경료하게 되었다.

한편 청구법인은 쟁점주택을 분양받아 취득하였고, 이 건 매도인은 부동산 경기침체에 따른 운영의 어려움을 해소하고자 쟁점주택을 단기간 임대한 것일뿐 당초부터 임대를 목적으로 한 것도 아니었으며, 그 임대기간 또한 1년 미만인 상태에서 청구법인에게 분양한바, 청구법인이 쟁점주택을 취득한 것은 최초로 분양받은 경우에 해당한다 할 것이다.

또한 이 건 취득세는 학교법인의 2년치 운영비 수준으로, 청구법인은 이를 납부하게 되면서 법인운영이 곤경에 처하게 된 점 등을 종합하면 이 건 취득세 등의 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.

나.처분청 의견

「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 규정한 임대주택 감면은 임대주택의 건설 및 분양을 촉진하여 서민의 장기적인 주거생활 안정을 도모하기 위하여 도입된 것으로, 임대사업자가 취득한 임대주택에 대하여 취득세 감면의 혜택을 부여하면서도 조세형평 등을 고려하여 감면대상의 범위를 임대주택의 구체적인 취득 방법에 따라 제한하고 있다.

특히 위 조항에서 규정한 ‘건축주로부터 최초로 분양받은 경우’란 건축행위를 통한 건축물의 분양을 전제로 하는 것이므로 임대사업자가 위 조항에 의한 취득세 감면의 혜택을 누리기 위해서는 건축한 자가 분양을 목적으로 건축한 공동주택을 분양계약에 따라 최초로 취득하여 임대주택으로 사용한 경우여야 하고(대법원 2017.6.15. 선고 2017두32401 판결 등, 같은 뜻임), 당초 건축주가 분양할 목적이 아닌 임대용으로 건축한 후 임대용으로 사용하다가 매각함에 따라 공동주택을 취득한 경우까지 건축주로부터 최초로 분양받은 경우에 해당하는 것으로 보기 어렵다 할 것이다(조심 2023지1592, 2024.3.14., 같은 뜻임).

쟁점주택의 경우 이 건 매도인이 2023.1.13. 임차인에게 쟁점주택을 임대목적물로 하여 임대한 후, 청구법인이 2024.2.8. 매매계약을 통해 취득하여 청구법인은 이 건 매도인으로부터 쟁점주택을 최초로 분양받았다고 볼 수 없다.

따라서, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점주택의 취득은 청구법인이 임대할 목적으로 건축주로부터 최초로 분양받은 경우에 해당하므로 취득세 등의 감면대상이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 법인등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 대한민국 교육의 근본이념에 기하여 고등보통교육을 실시함을 목적으로 1978.4.10. 설립되어, 서울특별시 송파구 OOO에서 AAA고등학교를 유지ㆍ경영하고 있는 사실이 나타난다.

(나) 쟁점주택에 대한 부동산 월세계약서에 의하면, 이 건 매도인이 2023.1.13. 임차인 BBB와 임대기간을 2023.2.14.∼2025.2.13.(24개월), 보증금을 OOO원, 월세를 OOO원으로 하여 임대차계약을 체결한 사실이 나타나고, 주민등록표 등·초본 자료에 의하면 임차인 BBB가 2024.3.17. 쟁점주택으로 주소를 전입한 후 이 건 심판청구일 현재까지 유지중인 사실이 나타난다.

(다) 청구인이 제출한 서류에 의하면, 청구인이 2024.2.8. 이 건 매도인과 아래의 ＜표1＞과 같이 부동산 분양(매매) 계약을 체결한 사실이 나타난다.

＜표1＞ 부동산 분양(매매) 계약서 주요내용

○○○

(라) 임대사업자등록대장에 의하면, 청구법인은 2024.2.22. 쟁점주택을 임대목적물로 하여 아래의 ＜표2＞과 같이 임대사업자등록후 2024.4.24. 이를 자진말소한 사실이 나타난다.

＜표2＞ 쟁점주택 임대사업자 등록 주요내용

주택

구분

주택

종류

주택

유형

전용

면적(㎡)

주택

등록일

임대

개시일

등록

이력

매입

장기일반 민간임대주택(10년)

다세대

주택

40㎡

이하

2024.2.22.

2024.2.22.

최초

(마) 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점주택은 2024.2.8. 신탁재산의 귀속을 원인으로 이 건 매도인 명의로 소유권이전등기된 후, 2024.4.18. 청구법인 명의로 다시 소유권이전등기된 사실 및 2024.4.23. 쟁점주택이 민간임대주택으로 부기등기되었다가 2024.4.26. 민간임대주택 등기가 말소된 사실이 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제31조 제2항에서 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다고 규정하면서, 그 제1호에서 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점주택의 취득은 임대할 목적으로 건축주로부터 최초로 분양받은 경우에 해당하므로 감면대상이라고 주장한다.

그러나, 청구법인은 이 건 매도인이 신축하여 임대용으로 사용하던 쟁점주택을 임대차계약을 승계하는 조건으로 취득한바, 이를 최초로 분양받은 경우로 보기 어려운 점(조심 2023지1592, 2024.3.14. 같은 뜻임),

청구법인은 2024.2.22. 쟁점주택을 임대물건으로 하여 임대사업자로 등록하였다가 2024.4.24. 이를 자진말소한바, 임대의무기간(10년)내 임대사업자등록이 말소된 경우에 해당하여 「지방세특례제한법」 제31조 제3항에 따른 추징대상인 것으로 보이는 점 등에 비추어,

청구법인이 건축주로부터 쟁점주택을 최초로 분양받은 경우에 해당하지 아니하여 취득세 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보이므로, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2023.12.29. 법률 제19862호로 개정된 것)

제31조(임대주택 등에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서 “단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 “임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따라 10년 이상의 장기임대 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 임대주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다)을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

② 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 “오피스텔”이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 「지방세법」 제10조의3에 따른 취득 당시의 가액이 3억원(「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권은 6억원으로 한다)을 초과하는 경우에는 감면 대상에서 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

2. 장기임대주택을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조 제1항 또는 「공공주택 특별법」 제50조의2 제1항에 따른 임대의무기간에 대통령령으로 정한 경우가 아닌 사유로 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 임대 외의 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조에 따라 임대사업자 등록이 말소된 경우

(2) 민간임대주택에 관한 특별법(2023.8.16. 법률 제19680호로 개정된 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

나. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」 제2조 20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.

7. “임대사업자”란 「공공주택 특별법」 제4조 제1항에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 다만, 외국인은 국내에 체류하는 자로서 「출입국관리법」 제10조의 체류자격에 따른 활동범위를 고려하여 대통령령으로 정하는 체류자격에 해당하는 경우에 한정하여 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하고자 할 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

④ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제3항에 따른 신고를 받은 날부터 7일 이내에 신고수리 여부를 신고인에게 통지하여야 한다.

⑤ 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 제4항에서 정한 기간 내에 신고수리 여부 또는 민원 처리 관련 법령에 따른 처리기간의 연장을 신고인에게 통지하지 아니하면 그 기간(민원 처리 관련 법령에 따라 처리기간이 연장 또는 재연장된 경우에는 해당 처리기간을 말한다)이 끝난 날의 다음 날에 신고를 수리한 것으로 본다.

⑥ 제1항부터 제5항까지에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑦ 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 제1항에 따라 등록신청을 받은 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 해당 등록신청을 거부할 수 있다.

1. 해당 신청인의 신용도, 신청 임대주택의 부채비율(등록 시 존속 중인 임대차계약이 없는 경우에는 등록을 신청하려는 자로부터 등록 이후 책정하려는 임대차계약의 임대보증금의 상한을 제출받아 산정한다) 등을 고려하여 제49조에 따른 임대보증금 보증 가입이 현저히 곤란하다고 판단되는 경우

2. 해당 주택이 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제2호에 따른 정비사업 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제2조 제1항제3호에 따른 소규모주택정비사업으로 인하여 제43조의 임대의무기간 내 멸실 우려가 있다고 판단되는 경우

3. 해당 신청인의 국세 또는 지방세 체납 기간, 금액 등을 고려할 때 임차인에 대한 보증금반환채무의 이행이 현저히 곤란한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제6조(임대사업자 등록의 말소) ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 등록한 경우

2. 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 후 대통령령으로 정하는 일정 기간 안에 민간임대주택을 취득하지 아니하는 경우

3. 제5조 제1항에 따라 등록한 날부터 3개월이 지나기 전(임대주택으로 등록한 이후 체결한 임대차계약이 있는 경우에는 그 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다) 또는 제43조의 임대의무기간이 지난 후 등록 말소를 신청하는 경우

4. 제5조 제6항의 등록기준을 갖추지 못한 경우

5. 제43조 제2항 또는 제6항에 따라 민간임대주택을 양도한 경우

6. 제43조 제4항에 따라 민간임대주택을 양도한 경우

7. 제44조에 따른 임대조건을 위반한 경우

8. 제45조를 위반하여 임대차계약을 해제ㆍ해지하거나 재계약을 거절한 경우

9. 제50조의 준주택에 대한 용도제한을 위반한 경우

10. 제48조 제1항 제2호에 따른 설명이나 정보를 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 제공한 경우

11. 제43조에도 불구하고 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 제2조 제5호의 장기일반민간임대주택 중 아파트(「주택법」 제2조 제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 또는 제2조 제6호의 단기민간임대주택에 대하여 임대사업자가 임대의무기간 내 등록 말소를 신청(신청 당시 체결된 임대차계약이 있는 경우 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다)하는 경우

12. 임대사업자가 보증금 반환을 지연하여 임차인의 피해가 명백히 발생하였다고 대통령령으로 정하는 경우

13. 제46조에 따른 임대차계약 신고 또는 변경신고를 하지 아니하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 제61조 제1항에 따라 보고를 하게 하였으나 거짓으로 보고하거나 3회 이상 불응한 경우

14. 제49조 제1항에 따른 임대보증금에 대한 보증에 가입하지 아니한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

15. 국세 또는 지방세를 체납하여 보증금반환채무의 이행과 관련한 임차인의 피해가 명백히 예상되는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

16. 임차인에 대한 보증금반환채무의 이행과 관련하여 「형법」 제347조의 죄를 범하여 금고 이상의 실형(집행유예를 포함한다)을 선고받고 그 형이 확정된 경우

17. 그 밖에 민간임대주택으로 계속 임대하는 것이 어렵다고 인정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

② 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제1항에 따라 등록을 말소하는 경우 청문을 하여야 한다. 다만, 제1항 제3호, 제5호 및 제6호의 경우는 제외한다.

③ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제1항에 따라 등록을 말소하면 해당 임대사업자의 명칭과 말소 사유 등 필요한 사항을 공고하여야 한다.

제43조(임대의무기간 및 양도 등) ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조 제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하 “임대의무기간”이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.