이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 장애인 관련 복지, 재활 전문의료기관 설립·운영을 목적사업으로 하여 2005.3.9. 설립된 후 OOO병원(‘OOO병원’)을 운영하고 있는 공익재단법인으로, 2019.1.10. 「상속세 및 증여세법」제50조의2 제1항에 따라 공익목적 사업용 전용계좌 50개를 신고하였다.

나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인이 「상속세 및 증여세법」제50조의2 제3항 본문의 기한을 도과하여 공익목적 사업용 전용계좌를 신고하였다는 이유로 청구법인에게 전용계좌 미신고 가산세로 2010년 증여분 증여세 OOO원, 2011년 증여분 증여세 OOO원을 결정·고지(이하 “선행처분”이라 한다)하였다.

다. 이후 청구법인은 선행처분 중 2010년 증여분 증여세 OOO원 부과처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2021.8.27. 심판청구를 제기하였으나, 우리 원은 2022.10.18. 기각 결정(조심 2021소5492, 2022.10.18.) 하였고, 선행처분 중 2011년 증여분 증여세 OOO원 부과처분에 불복하여 2022.2.25. 심판청구를 제기하였으나, 우리 원은 2023.3.2. 기각 결정(조심 2022서5532, 2023.3.2.) 하였다.

라. 처분청은 선행처분 사유와 동일한 이유로 공익목적 사업용 전용계좌 미신고 가산세로 2024.8.14. 청구법인에게 증여세 2014년 증여분 OOO원, 2015년 증여분 OOO원, 2016년 증여분 OOO원, 2017년 증여분 OOO원, 2018년 증여분 OOO원 5개년도 총 합계 OOO원을 각 결정·고지 하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「상속세 및 증여세법」 제50조의2 제3항의 ‘전용계좌의 개설·신고의무’는 ‘최초로 공익법인에 해당하게 된 사업연도의 의무’로서, 2007.12.31. 법률 제8828호로 개정된「상속세 및 증여세법」 부칙 제10조 제1항에 따라 청구법인은 전용계좌 가산세 부과대상이 아니다.

가)「상속세 및 증여세법」 제50조의2 제3항의 법 문언상 ‘공익목적사업용 전용계좌 개설·신고의무’는 ‘공익법인이 최초로 공익법인에 해당하게 된 사업연도의 의무’이다.

이 사건 처분의 근거 규정인 「상속세 및 증여세법」 제78조 제10항 및 「상속세 및 증여세법」 제50조의2에 의하면, 공익법인은 최초로 공익법인에 해당하게 된 날부터 3개월 이내에 전용계좌를 개설하여 신고할 의무가 있고, 이를 이행하지 아니할 경우 해당 사업연도를 기준으로 가산세를 부과하므로 ‘전용계좌 개설·신고의무’는, ‘공익법인이 최초로 공익법인에 해당하게 된 사업연도에만 부담하는 의무’이다.

나) 「소득세법」 제160조의5 제3항의 사업용 계좌 신고의무 규정과 비교해 보면, 「상속세 및 증여세법」 및 같은 법 시행령의 공익목적사업용 전용계좌 개설·신고의무는 최초로 공익법인에 해당하게 된 이후의 사업연도에도 계속 부담하는 의무가 아님이 명확하다.

「소득세법」 제160조의5의 복식부기의무자의 사업용계좌 신고의무에 의하면 복식부기 의무자는 복식부기 의무가 있는 과세기간에 대하여 매년 사업용 계좌의 신고의무를 부담하면서, 다만 그 이전에 사업용 계좌가 이미 신고되어 있는 경우에는 신고의무 대상에서 제외하는 방식으로 규정하고 있는 반면, 「상속세 및 증여세법」 및 같은 법 시행령 상 공익목적사업용 전용계좌 신고 의무는 공익법인이 “최초로” 공익법인에 해당하게 된 날로부터 3개월 이내에 전용계좌를 개설하여 신고할 의무를 규정하고 있으므로, 그 법 문언상 최초로 공익법인에 해당하게 된 사업연도의 의무이지, 그 이후 사업연도에도 계속 부담하는 의무가 아님이 명확하다.

다) 공익법인은 전용계좌 사용의무를 포함하여 다수의 납세협력의무를 부담하므로 ‘공익법인의 투명성 제고’라는 입법 목적 달성에 아무런 문제가 없다.

「상속세 및 증여세법」은 2007.12.31. 법률 제8828호로 개정되면서, 기부문화 활성화의 전제가 되는 공익법인의 수입·지출의 투명성을 높이기 위하여, 외부전문가에 의한 세무확인 제도를 강화하고(제50조 제1항), 외부감사인에 의한 세무회계 감사 제도(제3항), 전용계좌 개설·신고의무 제도(제50조의2), 결산서류 공시의무 제도(제50조의3)를 도입하였다.

당시 함께 도입된 제도들 중 ‘공익목적사업용 전용계좌 개설·신고 의무제도’를 제외한 나머지 제도들은 공익법인이 계속 또는 매년 부담하는 의무이다. 구체적으로, ① 자산 총액 OOO원 이상의 공익법인은 매년 외부전문가로부터 세무확인을 받아야 하고, ② 자산 총액 OOO원 이상의 공익법인은 매년 외부감사인으로부터 회계감사를 받아야 하며, ③ 모든 공익법인은 고유목적사업과 관련된 수입과 지출 거래 등에 전용계좌를 사용하여야 하고, ④ 자산 총액 OOO원 이상의 공익법인은 매년 사업연도 종료 후 4개월 내에 결산서류를 국세청 홈페이지에 공시하여야 한다.

또한 ① 외부전문가 세무확인의무 불이행에 대한 가산세 규정은 2007.12.31. 이전부터 존재하였고, ② 외부감사인의 회계감사의무 불이행에 대한 가산세 규정은 2016.12.20. 개정 시 추가되었으며, ③ 전용계좌 사용의무 불이행에 대한 가산세 규정 및 ④ 결산서류 공시의무 불이행에 대한 가산세 규정은 2007.12.31. 개정 시 추가되는 등 이러한 의무를 제대로 이행하지 아니하는 경우 가산세가 부과된다.

따라서, ‘공익목적사업용 전용계좌 개설·신고의무’가 최초로 공익법인에 해당하게 된 이후의 사업연도에 계속 부담하는 의무가 아니라고 하더라도, 공익법인은 매년 전용계좌 사용의무를 포함하여 다수의 납세협력의무를 부담하고 이를 불이행할 경우 별도의 가산세까지 부담하고 있으므로, ‘공익법인의 투명성 제고’라는 공익목적사업용 전용계좌 개설·신고의무의 입법 목적을 달성하는 데 있어서 특별한 문제가 없다.

라) 「상속세 및 증여세법」(법률 제8828호) 부칙상 2008.1.1. 당시 이미 공익법인에 해당하는 청구법인은 공익목적사업용 전용계좌 개설·신고의무 미이행 가산세 적용 대상이 아니다.

「상속세 및 증여세법」(법률 제8828호) 부칙 제13조는 “이 법 시행 당시 공익법인등에 해당되거나 2008년 3월 31일 이전에 공익법인등에 해당하는 경우에는 제50조의2 제3항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일부터 2008년 6월 30일까지 사이에 전용계좌의 개설·신고를 할 수 있다”고 규정하고 있으므로, 위 법 시행일인 2008.1.1. 당시 공익법인에 해당하는 경우 2008.6.30.까지 전용계좌를 개설·신고할 의무가 있었다.

또한 같은 법 부칙 제1조는 “이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제48조 제9항 및 제78조 제10항의 개정규정은 2009년 1월 1일부터 시행한다”고 규정하고 있고, 제10조 제1항은 “제78조 제10항의 개정규정은 2009년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세기간 또는 사업연도분부터 적용한다”고 규정하여 ‘전용계좌 개설·신고의무’ 미이행에 따른 가산세 규정의 적용을 1년간 유예하였다.

따라서, 2008.1.1. 당시 이미 공익법인에 해당하는 청구법인의 경우, 2009.1.1. 이후 고유목적사업 관련 거래에 대한 전용계좌 사용의무 불이행에 따른 가산세 규정의 적용은 별론으로 하더라도, 전용계좌 개설·신고의무 미이행에 따른 가산세 규정이 적용될 여지는 없다.

(2) 설사 가산세가 적용된다 하더라도, “전용계좌의 개설·신고를 하지 않은 경우”는 ‘전용계좌를 개설하였음에도 신고하지 아니한 경우’를 의미하므로, 단지 전용계좌를 신고하지 아니한 경우에는 가산세 부과대상에 해당하지 않는다.

가) 가운뎃점(·)은 단어 사이에 사용할 때 일반적으로 ‘와/과’의 의미를 가지는 문장 부호이다.

「상속세 및 증여세법」 제78조 제10항 제2호는 “제50조의2 제3항에 따른 전용계좌의 개설·신고를 하지 아니한 경우”를 가산세 부과대상으로 규정하고 있는바, 위 “개설·신고”에서의 가운뎃점(·)은 단어 사이에 사용할 때 일반적으로 ‘와/과’의 의미를 가지는 문장 부호이므로, “개설·신고를 하지 않은 경우”는 ‘개설 및 신고를 모두 하지 않는 경우’라고 해석하여야 한다.

대법원 또한, 「저작권법」 제2조 제24호에서 말하는 ‘복제·배포’가 ‘복제하여 배포하는 행위’를 뜻하는지 아니면 ‘복제하거나 배포하는 행위’를 뜻하는지가 문제된 사안에서, ‘가운뎃점(·)은 단어 사이에 사용할 때 일반적으로 ‘와/과’의 의미를 가지는 문장 부호임을 전제로, ‘복제·배포’는 ‘복제하여 배포하는 행위’를 의미한다’고 판단한 바 있다(대법원 2018.1.24. 선고 2017도18230 판결, 대법원 2018.1.24. 선고 2017도18746 판결 등).

또한 대법원은 구 「공인중개사법」(2008.2.29. 법률 제8863호로 타법 개정되기 전의 것) 제25조 제4항의 ‘서명·날인’이 ‘서명 또는 날인’을 의미하는지 ‘서명 및 날인’을 의미하는지 문제된 사안에서, “공인중개사법 제26조 제2항, 제25조 제4항 소정의 ‘서명·날인’은 서명과 날인을 모두 하여야 한다는 ‘서명 및 날인’의 의미로 해석하여야 한다”는 원심의 판단이 정당하다고 판시한 바 있다(대법원 2009.2.12. 선고 2008두16698 판결).

나) 전용계좌에 관한 법령의 문언, 입법 취지 및 과세 체계에 비추어 보더라도, 전용계좌 관련 가산세는 ‘공익법인이 전용계좌를 개설하여 신고하지 아니한 경우’에 적용되는 규정이다.

「소득세법」 제160조의5는 “사업용계좌의 신고·사용의무 등”이라는 표제 하에, 제3항에서 사업용 계좌의 신고의무만을 규정하고 있다. 반면, 「상속세 및 증여세법」 제50조의2는 “공익법인등의 전용계좌 개설·사용 의무”라는 표제 하에, 제3항에서 “전용계좌를 개설하여 해당 공익법인등의 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다”고 규정하고 있고, 「상속세 및 증여세법」 제78조 제10항은 (전용계좌의 개설·신고의무 미이행과 달리) 전용계좌의 추가·변경 신고의무 미이행에 대해서는 가산세 규정을 두고 있지 않다.

또한, 국회 입법 자료 및 정부의 개정 세법 해설서에 의하면, 「상속세 및 증여세법」 제50조의2는 공익법인의 투명성 제고를 위하여 전용계좌를 ‘개설’하여 ‘사용’하도록 하는 데 그 입법취지가 있으므로, 오히려 ‘전용계좌의 개설’ 내지 ‘전용계좌의 사용’에 초점이 있음을 알 수 있다.

뿐만 아니라, 「법인세법 시행령」 제38조 제4항 제4호(구 「법인세법 시행령」 제36조의2 제3항)는 공익법인(구 지정기부금단체) 요건으로 “전용계좌를 개설하여 사용할 것”이라고 규정하고 있고, 구 「상속세 및 증여세법 시행령」 제13조 제5항 제2호는 성실공익법인이 되기 위한 요건으로 “제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용”만을 규정하고 있다.

이러한 공익법인의 전용계좌에 관한 법령의 문언, 입법 취지 및 과세 체계 등에 비추어 보면, 「상속세 및 증여세법」 제78조 제10항 제2호 및 같은 법 제50조의2 제3항은 ‘공익법인이 전용계좌를 개설하여 신고하지 아니한 경우’에 가산세가 부과되는 것으로 보아야 한다.

다) “전용계좌의 개설·신고를 하지 않은 경우”를 엄격 해석하더라도, ‘공익법인의 투명성 제고’라는 전용계좌 개설·신고제도의 입법 취지를 충분히 달성할 수 있다.

조세법률주의의 원칙상, 과세요건 사실이거나 비과세요건 사실이거나를 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는바(대법원 2007.6.28. 선고 2005두13537 판결 등), 이러한 견지에서도 “전용계좌의 개설·신고를 하지 않은 경우”를 엄격하게 해석하여야 한다.

더욱이, 앞에서 언급한 바와 같이 전용계좌 개설·신고제도의 입법취지는 ‘공익법인의 투명성 제고’를 위한 것인바, 공익법인은 전용계좌 사용의무뿐만 아니라, 외부전문가에 의한 세무확인의무, 외부감사인에 의한 회계감사 의무, 결산서류 공시의무 등을 이행하여야 하므로, 「상속세 및 증여세법」 제78조 제10항 제2호의 “전용계좌의 개설·신고를 하지 않은 경우”를 그 법 문언에 따라 엄격하게 해석하더라도, 공익법인의 투명성 제고라는 전용계좌 개설·신고제도의 입법 취지를 충분히 달성할 수 있다.

(3) 이 사건 가산세는 증여세 본세의 신고납부 의무와는 무관한 전용계좌 신고의무 위반에 따른 가산세로서 그 부과제척기간은 5년으로 봄이 타당하므로, 이 사건 부과고지는 부과제척기간을 도과하여 무효이다.

가) 「국세기본법」 제47조 제2항은 가산세의 징수 편의를 위한 규정일 뿐이므로 이를 근거로 가산세의 부과제척기간을 확대해석할 수 없다.

가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위해 세법에 규정된 의무를 정당한 이유 없이 위반한 납세자에게 부과하는 일종의 행정상 제재이므로, 세법이 정하는 바에 의하여 성립 확정되는 국세와 본질적으로 그 성질이 다르다.

대법원도 「국세기본법」 제47조 제2항이 가산세는 해당 의무가 규정된 세법상 해당 국세의 세목으로 한다고 규정한 것은 단지 가산세의 징수 편의를 위한 것이라는 전제 하에, 가산세 부과처분은 본세의 부과처분과 별개의 과세처분이라거나 본세의 산출세액이 없다 하더라도 가산세만 독립하여 부과·징수할 수 있다고 판단한 바 있다(대법원 2001.10.26. 선고 2000두7250 판결).

이처럼, 가산세는 본질적으로 본세와는 그 성질이 다르고, 「국세기본법」 제47조 제2항은 그 징수 편의를 위한 규정일 뿐이므로, 단순히 「국세기본법」 제47조 제2항을 근거로 상속세·증여세에 관한 10년의 특례 부과제척기간이 가산세에도 그대로 적용된다고 해석할 수 없다.

나) 전용계좌 개설·신고의무 미이행 가산세는 본세의 신고납부의무를 전제로 하지 않은 별도의 협력의무 위반에 대한 제재라는 점과 증여세 장기 특례 부과제척기간 규정의 입법 취지에 비추어 보더라도, 증여세 부과체적기간을 적용할 수 없다.

가산세는 크게 ① 본세 납세의무와 무관하게 별도의 협력의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 가산세와 ② 가산세 부과의 근거가 되는 법률 규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 무신고·과소신고·납부지연가산세 등으로 나눌 수 있다.

또한, 증여세에 대하여 10년의 장기 부과제척기간을 규정한 것은 주로 특수관계 개인 간에 이루어지는 증여의 특성상 과세관청이 단기간 내에 신고 누락된 세원을 포착하는 데 어려움을 있다는 점을 고려한 것이다(헌법재판소 2003.6.26. 선고 2000헌바82 결정 등 참조).

그런데, 이 사건 가산세는 공익법인의 회계 등의 투명성을 제고하고 공익법인에 대한 기부문화를 활성화하기 위하여 공익법인의 협력의무 위반에 대하여 가하는 제재로서, 증여세 본세의 납세의무와 무관하게 부과되는 별도의 가산세이다.

따라서, 이 사건 가산세의 경우, 징수 편의나 증여세 장기 특례 부과제척기간 규정의 입법 취지 등 어느 측면에서 보더라도 10년의 부과제척기간을 적용할 이유가 없다.

오히려 이 사건 가산세는 법인세법령 및 소득세법령상 협력의무 위반 가산세와 그 성격이 동일하다는 점에서도 5년의 부과체적기간을 적용함이 타당하다.

「법인세법」은 제74조의2 내지 제75조의9에서 협력의무 위반에 대한 가산세를 규정하고 있는바, 이러한 협력의무 위반에 대한 가산세의 경우 5년의 부과제척기간이 적용됨이 명백하다.

대법원은 본세(법인세)의 부과제척기간이 10년이어서 「법인세법」상 증명서류 수취 불성실 가산세의 부과제척기간도 당연히 10년인지가 문제된 사안에서도, “구 법인세법 제76조 제5항에 따른 증명서류 수취 불성실 가산세는 법인의 경비지출내용의 투명성을 제고하고 그 거래상대방인 사업자의 과세표준 양성화를 유도하기 위하여 납세자의 지출증명서류 수취의무 위반에 대하여 가하는 제재로서 법인세 본세의 납세의무와 무관하게 부과되는 별도의 가산세이고, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2에 따라 10년의 부과제척기간이 적용되는 별도의 가산세에도 포함되어 있지 않으므로, 그 부과제척기간은 5년이라고 보아야 한다”고 판시한 바 있다(대법원 2021.12.30. 선고 2017두75415 판결).

「소득세법」도 제81조 내지 제81조의14에서 협력의무 위반에 대한 가산세를 규정하고 있고, 이러한 협력의무 위반에 대한 가산세는 5년의 부과제척기간이 적용됨이 명백하다.

특히, 「소득세법」 제81조의8에서 세원의 투명성 확보를 통한 공평과세의 실현을 위하여 복식부기의무자의 사업용계좌 신고·사용의무 위반에 대한 가산세를 규정하고 있는바(「소득세법」 제81조의8, 제160조의5), 이는 「상속세 및 증여세법」상 공익법인의 전용계좌 개설·사용 제도와 그 취지나 성격이 매우 유사하다.

따라서, 「법인세법」 및 「소득세법」상 협력의무 위반 가산세와 그 성격이 이 사건 가산세도 5년의 부과제척기간을 적용함이 타당하고, 본세와 그 성질이 전혀 다름에도 불구하고, 단지 해당 가산세를 규정한 세법의 세목을 달리한다는 이유로 부과제척기간을 달리 적용하는 것은 과세형평에도 반한다.

예컨대, 동일한 비영리법인의 협력의무 위반 사안에서도 「법인세법」에 따라 과세하는 수익사업의 경우에는 5년의 부과제척기간이 적용되는 반면 「상속세 및 증여세법」에 따라 과세하는 비수익사업의 경우에는 10년의 부과제척기간이 적용되고, 「소득세법」에 규정된 사업용 계좌의 경우 5년의 부과제척기간이 적용되는 반면 전용계좌의 경우 「상속세 및 증여세법」에 규정되어 있다는 사유만으로 10년의 부과제척기간을 적용하는 것은 부당하다.

(4) 이 사건 부과고지는 평등·비례의 원칙에 위반하여 위법하다.

가산세는 납세의무자에게 부여된 협력의무 위반에 대한 책임을 묻는 행정적 제재를 조세의 형태로 구성한 것으로 형식에 있어서만 조세일 뿐이고 본질에 있어서는 본세의 징수를 확보하기 위한 수단이므로, 가산세의 부담은 세법상의 의무위반의 내용과 정도에 따라 달리 결정되어야 합리성을 갖는다.

또한 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법에 규정된 의무를 위반한 납세자에게 세금의 형식으로 부과하는 일종의 행정상의 제재인바, 위반행위와 제재 사이에 자기책임의 원리에 부합하는 정당한 상관관계가 있어야 할 뿐만 아니라 의무 위반의 정도와 부과되는 제재 사이에 적정한 비례관계도 유지되어야 한다(대법원 2021.2.18. 선고 2017두38959 전원합의체 판결).

그런데 다음과 같은 점을 고려하면, 2005년 설립 이래 전용계좌를 개설하여 사용하는 등 「상속세 및 증여세법」상 제반 의무를 준수한 청구법인에 대하여, 단지 전용계좌를 미신고하였다는 이유만으로 전용계좌를 전혀 개설하지 아니하고 사용하지도 아니한 납세자와 동일한 금액의 가산세를 부과하고, 그로 인해 공익법인(구 지정기부금단체)의 지정이 취소되도록 하는 것은 평등의 원칙 및 비례의 원칙에 위반되어 위법하다.

청구법인은 「상증세 및 증여세법」에 따라 출연재산 보고서 제출의무(제48조 제5항), 외부전문가의 세무확인 및 보고의무(제50조 제1항, 제2항), 외부회계감사 의무(제50조 제3항), 공익법인의 전용계좌 사용의무(제50조의2 제1항), 결산서류 공시의무(제50조의3), 장부의 작성·비치의무(제51조) 등 각종 의무사항을 성실히 준수하여 왔다.

이에 따라 2011년에는 OOO미래재단이 비영리공익법인 운영의 책무성과 투명성을 객관적으로 평가하여 우수기관을 시상하는 OOO투명경영대상을 수상하기도 하였다.

이처럼 청구법인은 전용계좌 개설·신고제도의 입법 취지인 공익법인의 회계투명성 제고를 통한 기부문화 활성화에 적극 기여해 왔다. 이 사건 처분 및 선행처분 전까지 과세관청으로부터 세무조사를 받거나 시정조치 등을 받은 적도 전혀 없음은 물론이다.

특히, 청구법인은 외부전문가 및 외부감사인으로부터 전용계좌 내역을 포함한 거래 내역을 검토받고, 그러한 결과를 과세관청에 보고할 뿐만 아니라 재무제표 및 기부금 모집 및 지출 내용 등과 같은 각종 결산서류를 공시하게 되므로, 청구법인의 전용계좌는 사실상 신고된 것과 마찬가지로 엄격하게 관리되고 있다.

이 사건 가산세는 2005년 설립 이래 전용계좌를 개설하여 사용하는 등 전용계좌 신고를 제외한 「상속세 및 증여세법」상 제반 의무를 성실하게 준수한 청구법인에 대하여 지나치게 가혹할 뿐만 아니라, 오히려 공익활동 활성화라는 「상속세 및 증여세법」 제50조의2 입법 취지에도 반한다.

나. 처분청 의견

(1) 「상속세 및 증여세법」은 전용계좌 관련 규정을 신설하면서 이미 공익법인인 경우 2008.6.30.까지 전용계좌를 개설·신고하도록 하였으나, 청구법인은 전용계좌를 신고하지 않았으므로 가산세 부과대상이다.

「상속세 및 증여세법」 제50조의2 ‘공익법인등의 전용계좌의 개설·사용’ 규정을 신설하면서 ‘공익법인의 투명성 제고’를 위하여 직접 공익목적사업과 관련된 수입·지출, 기부금·출연금·회비 등에 대하여는 전용계좌를 사용하도록 개정이유를 밝혔다.

「상속세 및 증여세법」 제50조의2 제3항에서 “공익법인등은 최초로 공익법인등에 해당하게 된 날부터 3개월 이내에 전용계좌를 개설하여 신고”하도록 규정하면서, 부칙(법률 제8828호, 2007.12.31.) 제13조에서 “이 법 시행 당시 공익법인등에 해당되거나 2008년 3월 31일 이전에 공익법인등에 해당하는 경우에는 제50조의2 제3항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일부터 2008년 6월 30일까지 사이에 전용계좌의 개설·신고를 할 수 있다”고 규정하였다.

또한 「상속세 및 증여세법」 제78조 제10항에서는 “전용계좌를 사용하지 않거나 개설·신고하지 않은 경우에 가산세를 부과”하도록 규정하면서 부칙(법률 제8828호, 2007.12.31.) 제10조에서 “제78조 제10항의 개정규정은 2009년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세기간 또는 사업연도분부터 적용한다”고 규정하였다.

청구법인은 2005.3.18. 개업하여 보건사회복지 서비스업을 영위하는 공익법인으로 「상속세 및 증여세법」 제50조의2 규정 신설에 따라 2008.6.30.까지 전용계좌를 개설·신고하여야 했으며, 이 기한까지 개설·신고하지 않으면 같은 법 제78조 제10항에 따라 가산세 부과대상이다.

따라서, 전용계좌 개설신고의무는 최초로 공익법인에 해당하게 된 사업연도의 의무이므로 청구법인이 적용대상에 해당하지 않는다는 주장은 이유가 없다.

(2) 「상속세 및 증여세법」 제50조의 제1항 및 제3항에서는 공익법인 전용계좌의 신고의무를 함께 부여하고 있어 가산세 부과는 정당하다.

「상속세 및 증여세법」 제78조 제10항 제2호에서는 전용계좌를 개설·신고하지 아니한 경우를 가산세 대상으로 명시하고 있다.

「상속세 및 증여세법」상 ‘공익법인 전용계좌’란 ① 금융회사 등에 개설한 계좌이고, ② 공익법인 등의 공익목적사업 외에 용도로 사용되지 아니하는 계좌를 의미한다. 청구법인이 전용계좌를 개설·사용하였다는 주장만으로는 공익법인이 해당 계좌를 전용계좌로 사용하는지 과세관청에서 파악이 불가하기 때문에 「상속세 및 증여세법」 제50조의2에서는 최초로 공익법인 등에 해당한 날부터 3개월 이내에 ‘개설’하고 납세지관할 세무서장에게 ‘신고’할 의무를 부여하고 있다.

또한 전용계좌가 추가, 변경될 경우에는 해당 내용을 신고하게 되어 있고 이에 따라 처분청에서는 ‘전용계좌를 기한내에 신고하지 않은 경우 「상속세 및 증여세법」 제78조 제10항에 따른 가산세 부과대상’이고 추가 개설하는 경우도 똑같이 적용하여 왔다(상증 기준-2020-법령해석법인-210).

(3) 전용계좌 미신고 가산세는 「상속세 및 증여세법」 제78조 제10항에 따른 가산세로 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제4호에 따라 부과제척기간 10년이 적용되어야 한다.

청구법인이 동일쟁점으로 제기한 행정소송(서울행정법원 2023.10.23. 선고 2023구합OOO 판결)에서도 “원칙적으로 국세는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간의 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없으나(제3호), 상속세ㆍ증여세의 부과제척기간은 위 규정에도 불구하고 부과할 수 있는 날부터 10년간이다(제4호 본문). 한편, 국세기본법 제47조 제2항은 ‘가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목으로 한다’고 규정하고 있다. 이에 비추어 보건대, 전용계좌의 개설ㆍ신고의무는 상증세법에 규정되어 있으므로, 위 의무를 위반함으로써 부과되는 가산세의 세목은 상속세 또는 증여세임을 알 수 있다. 따라서 이 사건 가산세의 부과제척기간은 특별한 사정이 없는 한 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제4호 본문에 따라 10년이라고 봄이 타당하다”라고 판결하였다.

(4) 전용계좌를 미신고한 경우와 개설·사용하지도 않은 경우에 동일한 가산세를 부과하는 것과 가산세 추징으로 인한 지정기부금단체의 지정취소는 평등·비례의 원칙을 위배한다고 주장하나, 관계 법령에서 정한바에 따라 쟁점가산세를 부과하였기에 가산세 부과는 정당하다.

청구법인이 동일쟁점으로 제기한 위 행정소송(서울행정법원 2023.10.19. 선고 2023구합OOO 판결) 또한 “가산세는 공익법인 등이 전용계좌의 개설ㆍ신고를 하지 않았다는 요건이 충족되는 이상, 과세관청이 관계 법령에서 정한 가액 산정방법에 따라 가산세를 부과할 수밖에 없는 기속행위에 해당한다. 따라서 이 사건 각 처분이 재량행위임을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다. 나아가 상속세 및 증여세법 제50조의2는 공익법인 등에게 전용계좌의 사용 및 개설ㆍ신고 의무를 각 부과하고 있고, 이는 공익법인 등에게 일정한 세제혜택을 부여하는 대신 공익법인 등이 공익사업을 적절히 수행하고 있는지를 과세관청이 수월하게 관리ㆍ감독하기 위한 취지라고 볼 수 있다. 그리고 공익법인 등이 그중 어느 하나의 의무만을 위반하더라도 위와 같은 관리ㆍ감독의 목적은 달성될 수 없다고 보아야 한다. 따라서 원고가 주장하는 사정들만으로는, 이 사건 각 처분이 비례ㆍ평등의 원칙을 위반하였다고 보기도 어렵다”라고 판결하였다.

청구법인은 가산세 추징으로 기부금단체 지정취소가 된다고 주장하나, 증여세를 추징에 따른 기부금 단체 지정취소 사유는 2021.2.17. 개정 이전까지 「법인세법 시행령」 제39조 제8항 제1호에 따라 “법인이 「상속세 및 증여세법」 제48조제2항, 제3항 및 제8항부터 제11항까지에 따라 기획재정부령으로 정하는 금액(사업연도별 1천만원) 이상의 상속세 또는 증여세를 추징당한 경우”로 한정된다.

이 사건 가산세는 2014～2018 사업연도 전용계좌 개설·신고를 위반하여 「상속세 및 증여세법」 제78조 제10항에 따라 과세된 것으로 2021.2.17. 이전에 발생하여 기부금단체 지정취소사유에 해당되지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 전용계좌미신고가산세를 부과한 처분의 당부

② 전용계좌 미신고 가산세에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 법인등기사항증명서에 따르면, 청구법인은 2005.3.9. 서울특별시 종로구 OOO에서 설립되어 OOO 등을 목적사업으로 하는 재단법인이다.

(나) 국세청통합전산망에 따르면, 청구법인은 2009.3.31.부터 매년 공익법인 결산서류 공시와 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서를 처분청에 제출하였고, 2019.1.10. 전용계좌 50개를 신고한 이래 현재까지 총 70개를 신고한 것으로 나타나며, 청구법인이 이의신청 당시 처분청에 제출한 통장 내역 및 사본에 의하면, 청구법인은 2005년 4월부터 은행계좌를 개설하여 사용하여 온 것으로 보인다.

(다) ‘성실공익법인(불충족) 사후관리 검토서’에 따르면, 조사청은 청구법인이 2018사업연도까지 전용계좌신고를 하지 아니한 사실을 확인하고, 부과제척기간 이내인 2010년부터 2018년까지를 가산세 부과 대상으로 판단한 것으로 나타난다.

＜표1＞ 사후관리 검토서 주요내용(발췌)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 공익목적 사업용 전용계좌를 개설하였음에도 신고하지 아니한 것에 대하여 전용계좌미신고가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 전용계좌 신고 의무를 규정한 「상속세 및 증여세법」제50조의2 제3항은 “공익법인등은 최초로 공익법인등에 해당하게 된 날부터 3개월 이내에 전용계좌를 개설하여 관할세무서장에게 신고하여야 한다”고 규정하고 있고, 같은 법 제78조 제10항 제2호는 가산세 대상이 되는 수입금액의 총액에 “해당 각 과세기간 또는 사업연도의 직접 공익목적사업과 관련한 수입금액의 총액”으로 규정하고 있어 각각의 과세기간에 대해 각각 가산세가 부과되는 취지로 보이는 점, 만약 해당 의무가 최초로 공익법인에 해당하게 된 사업연도에만 존재하는 의무라고 본다면, 공익법인 등이 최초로 공익법인에 해당하게 된 사업연도의 다음해부터는 전용계좌를 개설하여 신고할 의무가 없다는 뜻이 되는데, 이처럼 공익법인 등이 전용계좌를 개설 후 신고하지 아니한 채 사용하기만 하는 것만으로는 공익법인의 회계투명성에 대한 관리감독을 어렵게 하는 등 공익법인의 회계투명성 제고라는 입법목적을 달성할 수 없어 보이는 점, 「상속세 및 증여세법」 제78조 제10항 제2호에서 규정하는 “제50조의2 제3항에 따른 전용계좌의 개설·신고를 하지 아니한 경우”란 제50조의2 제3항에 따른 전용계좌를 개설하지 않거나 신고하지 않는 경우를 뜻하는바, 청구법인처럼 전용계좌를 개설하였다 하더라도 신고하지 않는 경우 해당 조항이 적용되는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 전용계좌 미신고 가산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구인은 전용계좌 미신고 가산세는 10년의 부과제척기간이 아닌 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다고 주장하나, 「국세기본법」제47조 제2항은 “가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다.”고 규정하고 있는바, 공익목적 사업용 전용계좌 신고 의무는 「상속세 및 증여세법」에 따른 의무이므로 가산세의 세목은 상속세 또는 증여세인 점, 「국세기본법」26조의2 제4항 본문은 ‘상속세.증여세는 제1호부터 제3호까지의 규정에도 불구하고 이를 부과할 수 있는 날부터 10년간’을 부과제척기간으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 10년의 부과제척기간을 적용하여 청구인에게 가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 상속세 및 증여세법

제50조의2(공익법인등의 전용계좌 개설ㆍ사용 의무) ① 공익법인등(사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)은 해당 공익법인등의 직접 공익목적사업과 관련하여 받거나 지급하는 수입과 지출의 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업용 전용계좌(이하 “전용계좌”라 한다)를 사용하여야 한다.

1. 직접 공익목적사업과 관련된 수입과 지출을 대통령령으로 정하는 금융회사 등을 통하여 결제하거나 결제받는 경우

2. 기부금, 출연금 또는 회비를 받는 경우. 다만, 현금을 직접 받은 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

3. 인건비, 임차료를 지급하는 경우

4. 기부금, 장학금, 연구비 등 대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업비를 지출하는 경우. 다만, 100만원을 초과하는 경우로 한정한다.

5. 수익용 또는 수익사업용 자산의 처분대금, 그 밖의 운용소득을 고유목적사업회계에 전입(현금 등 자금의 이전이 수반되는 경우만 해당한다)하는 경우

③ 공익법인등은 최초로 공익법인등에 해당하게 된 날부터 3개월 이내에 전용계좌를 개설하여 해당 공익법인등의 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 2016년 1월 1일, 2017년 1월 1일 또는 2018년 1월 1일이 속하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 수입금액(해당 공익사업과 관련된 「소득세법」에 따른 수입금액 또는 「법인세법」에 따라 법인세 과세대상이 되는 수익사업과 관련된 수입금액을 말한다)과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 5억원 미만인 공익법인등으로서 본문에 따라 개설 신고를 하지 아니한 경우에는 2019년 6월 30일까지 전용계좌의 개설 신고를 할 수 있다.

④ 공익법인등은 전용계좌를 변경하거나 추가로 개설하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하여야 한다.

⑤ 공익법인등의 전용계좌 개설ㆍ신고ㆍ변경ㆍ추가 및 그 신고방법, 전용계좌를 사용하여야 하는 범위 및 명세서 작성 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제78조(가산세 등) ⑩ 세무서장등은 공익법인등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호의 구분에 따른 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.

1. 제50조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 전용계좌를 사용하지 아니한 경우 : 전용계좌를 사용하지 아니한 금액의 1천분의 5

2. 제50조의2 제3항에 따른 전용계좌의 개설ㆍ신고를 하지 아니한 경우 : 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

가. 다음 계산식에 따라 계산한 금액

나. 제50조의2 제1항 각 호에 따른 거래금액을 합친 금액의 1천분의 5

(2) 상속세 및 증여세법(2007.12.31., 법률 제8828호로 일부개정된 것)

부칙 제10조 (가산세에 관한 적용례) ① 제78조 제10항의 개정규정은 2009년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세기간 또는 사업연도분부터 적용한다.

② 제78조 제11항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세기간 또는 사업연도분부터 적용한다.

부칙 제13조 (공익법인등의 전용계좌 개설·신고에 관한 특례) 이 법 시행 당시 공익법인등에 해당되거나 2008년 3월 31일 이전에 공익법인등에 해당하는 경우에는 제50조의2 제3항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일부터 2008년 6월 30일까지 사이에 전용계좌의 개설·신고를 할 수 있다.

(3) 국세기본법

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조제1항제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

④ 제1항 및 제2항에도 불구하고 상속세ㆍ증여세의 부과제척기간은 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 하고, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 15년으로 한다. 부담부증여에 따라 증여세와 함께 「소득세법」 제88조 제1호 각 목 외의 부분 후단에 따른 소득세가 과세되는 경우에 그 소득세의 부과제척기간도 또한 같다.

1. 납세자가 부정행위로 상속세ㆍ증여세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우

2. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따른 신고서를 제출하지 아니한 경우

3. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따라 신고서를 제출한 자가 대통령령으로 정하는 거짓신고 또는 누락신고를 한 경우(그 거짓신고 또는 누락신고를 한 부분만 해당한다)

제47조(가산세 부과) ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.

③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.