이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2021.12.3. 서울특별시 구로구 OOO(이하 “이 건 거주주택”이라 합니다)를 매매로 양도하고 이 건 거주주택의 양도가 「소득세법 시행령」 제155조 제20항의 장기임대주택 거주주택 특례 적용 대상으로서 1세대1주택의 양도에 해당한다고 보아 양도소득세를 무신고하였다.

나. 처분청은 청구인이 이 건 거주주택을 양도할 당시 보유하고 있던 경기도 안산시 단원구 OOO 소재 다세대주택 총 18개 호실(이하 “이 건 다세대주택”이라 한다) 중 17개 호실에 대하여는 「민간 임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 민간임대주택등록을 하였으나 1개 호실(OOO호, 이하 “쟁점주택”이라 한다)에 대하여는 해당 민간임대주택등록을 누락함에 따라 「소득세법 시행령」 제155조 제20항의 “장기임대주택” 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 이 건 거주주택의 양도에 대하여 1세대1주택 비과세 특례를 배제하여 2023.8.30. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 결정ㆍ고지(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2023.11.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) (주위적 청구) 단순히 공부상 ‘등록’ 여부에 따라 일률적으로 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호의 장기임대주택 거주주택 특례 적용을 배제한 이 건 처분은 위법하다.

(가) 단순히 공부상 ‘등록’ 여부에 따라 청구인과 다른 납세자를 달리 취급하는 이 건 처분은 “본질적으로 같은 것을 자의적으로 다르게” 취급하는 것으로서, 「국세기본법」 제18조 제1항에 반하여 위법하다.

1) 이 건에서 청구인은 “임대사업자가 등록기준에 적합한지 확인”하는 절차를 모두 거쳐 민간임대주택법령상 임대사업자로 적법하게 등록을 하였고, 다만 임대사업자 등록신청서에 기재되는 ‘건물 주소’란에 이 건 다세대주택의 총 18개 호실 중 단 1개 호실(쟁점주택)을 형식상 등록 누락한 것에 불과하다. 청구인이 「민간임대주택법 시행령」이 정한 ‘임대사업자 등록기준’을 갖추었음이 명백한 이상, 비록 쟁점주택 1개 호실이 임대사업자등록증에 누락되었다 하더라도 이러한 이유만으로 모든 차별 취급을 정당화하기는 어렵다.

2) 청구인은 위 18개 호실 모두에 대하여 동일하게 임대사업을 영위하였고, 관련 법령에 따른 임대사업자의 의무를 모두 준수하였으므로, (비록 임대사업자 등록증에 1개 호실이 누락되었으나) 쟁점주택에 관한 임대사업등록을 누락한 청구인과 이를 등록한 통상의 납세의무자는 모두 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호가 달성하고자 하는 입법목적인 “임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민·중산층의 주거안정을 지원하는 역할”을 하였다는 점에서 본질적인 차이가 없다고 할 것인바, 청구인은 공부상 형식적인 등록을 한 다른 납세자와 달리 취급될 합리적 이유가 없음에도 차별적으로 추가적인 양도소득세를 부담한 것이다. 이는 「국세기본법」 제18조 제1항의 조세평등주의 원칙에 반하여 위법하다.

(나) 청구인과 같이 ‘임대사업자 등록기준’을 갖추어 실제 임대사업을 영위한 선의의 납세의무자에 대하여까지 일률적으로 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호의 적용을 배제한 처분은 “합헌적 해석”의 원칙에 반하여 위법하다.

「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호의 임대주택 요건 충족 여부를 판단함에 있어서는 반드시 공부상 등록 여부에만 구애될 것은 아니고 당해 임대주택의 용도 및 청구인이 영위하는 사업의 내용, 당해 임대사업자등록의 누락된 채 임대사업을 유지하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 납세자의 신뢰가능성에 비추어 ‘실질’에 의하여 판단함이 타당하다고 할 것인바, 청구인과 같이 ‘임대사업자 등록기준’을 갖추어 실제 임대사업을 영위한 경우에까지 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호의 적용을 일률적으로 배제한 처분은 “합헌적 해석”의 한계를 현저히 벗어나 그 자체로 위법하다.

(다) 이 건 처분은 ‘신의성실의 원칙’ 또는 ‘신뢰보호원칙’에 반하여 위법하다.

1) 공적견해의 표명

가) 청구인은 2009.11.3. 서울특별시 구로구 OOO(이하 “이 건 A아파트”라 한다)를 취득하여 실거주한 후, 2015.4.16. a에게 이 건 A아파트를 양도하는 내용의 매매계약을 체결하였고 2015.7.10. a 명의로 소유권이전등기를 마쳤으며, 쟁점주택을 포함한 이 건 다세대주택이 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 제2호에 따른 장기임대주택에 해당하는 것으로 보아 이 건 A아파트의 양도소득에 대하여 1세대1주택 비과세를 적용하여 양도소득세를 신고하였다.

나) 이에 대하여 처분청은 2017.6.14. 청구인의 판단과 마찬가지로 쟁점주택을 포함한 이 사건 다세대주택이 모두 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호가 규정한 장기임대주택에 해당하는 것으로 해석하여 임대주택사업자의 거주용 자가주택에 대한 1세대1주택 비과세 특례로 결의하였고, 이 건 처분이 이루어질 때까지 이 건 A아파트에 대한 위 비과세 상태가 유지되었는바, 이는 쟁점주택을 포함한 이 건 다세대주택이 모두 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호가 규정한 장기임대주택에 해당한다는 구체적인 공적 견해 표명에 해당되거나, 적어도 (단순한 과세 누락과는 달리) 과세관청이 상당기간 비과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 묵시적으로 표명한 것으로 해석할 수 있다.

2) 납세자가 그 견해표시를 신뢰하고 그 신뢰에 따라 어떤 행위를 할 것

청구인은 이 건 거주주택의 양도소득세와 관련하여, (이 건 A아파트에 관한 처분청의 비과세 견해를 신뢰하여) 쟁점주택을 포함한 이 건 다세대주택이 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 제2호에 따른 장기임대주택에 해당하는 것으로 보아 1세대1주택 비과세를 적용하였는바, 처분청의 공적견해와 청구인의 신뢰 사이에 인과관계가 인정된다.

3) 납세자에게 귀책사유가 없을 것

납세자는 국세조사 및 부과에 관하여 책임 있는 세무공무원에 의한 비과세 결정결의를 당연히 신뢰할 수밖에 없고, 그 밖에 청구인이 사실을 은폐하거나 허위사실을 신고하는 등의 배신행위를 하였다는 사정도 확인되지 아니하므로, 처분청의 공적견해를 신뢰한 청구인에게 달리 귀책사유를 인정하기는 어렵다.

4) 신뢰에 반하는 과세관청의 처분 및 납세자의 불이익

처분청은 쟁점주택이 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호의 장기임대주택에 해당하지 않는다는 이유로 이 건 처분을 하였고, 공적견해 표명에 반하는 이 건 처분으로 인하여 청구인은 1세대 1주택 비과세규정의 적용을 받는 기회를 상실하게 되었으므로 청구인에게 불이익 또한 인정된다.

5) 이상과 같이, ① 처분청의 1세대 1주택 비과세 결정결의라는 공적 견해표명이 존재하고, ② 청구인은 이러한 결의 등을 신뢰하여 이 건 거주주택의 양도소득세 신고시 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호를 적용하여 비과세 처리하였으며, ③ 그 견해를 신뢰한 데 대하여 청구인에게 아무런 귀책사유가 없음에도, ④ 그 후 처분청은 스스로의 견해에 반하는 이 건 처분을 한 것인바, 이 건 처분은 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙에 위반되어 위법하다.

(2) (예비적 청구) 청구인에게는 양도소득세 신고ㆍ납부 의무의 이행을 기대하는 것이 무리인 사정이 인정되는바, 적어도 가산세를 면제할 ‘정당한 사유’가 인정된다.

(가) 청구인은 「민간임대주택법」 제5조에 따른 임대사업자 등록시 쟁점주택을 누락하였으나 처분청이 이 건 처분을 한 2023년 8월경에야 비로소 쟁점주택이 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호의 요건을 충족하지 못했다는 사실을 알게 되었으므로 이 건 거주주택의 양도소득세 신고납부기한(2022년 2월말) 당시에는 청구인에게 가산세를 면할 정당한 사유가 있었다고 봄이 타당하다.

(나) 특히 처분청은 (과거 청구인의 이 건 A아파트 양도와 관련하여) 2017.6.14. 쟁점주택을 포함한 이 건 다세대주택이 모두 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호가 규정한 장기임대주택에 해당하는 것으로 해석하여 비과세 특례로 결의하였고, 이 건 처분이 이루어진 2023.8.24.까지 위 비과세 상태가 유지되었다. 이와 같이 처분청의 공적견해를 신뢰한 청구인으로서는 쟁점주택이 임대사업자등록증에 누락되어 있어 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호에 따른 비과세 혜택을 받을 수 없다는 사실을 깨닫기 어려웠고 이를 의심할 수 있는 상황에 있지도 않았다고 보이므로, 이 건 거주주택의 양도소득세 신고납부의무에 있어 청구인의 의무해태를 탓할 수 없는 ‘정당한 사유’가 있었다고 봄이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인의 주위적 청구에 대한 답변

(가) 청구인은 단순실수로 쟁점주택에 대한 임대등록을 누락하였을 뿐 임대 사실이 객관적으로 확인되며, 임대 개시 후 관련 임대 관련 소득 및 사업장 현황신고 등 세무신고를 적정하게 하였으므로 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 발생된 소득에 대한 신고는 납세자의 당연한 의무이고, 임대사업자 등록 여부와 관계없이 발생된 소득은 정해진 소득을 신고기간 내에 신고해야 하는 것인바, 세무신고와 임대사업자 등록 여부는 관련이 없다.

(나) 청구인은 임대등록기간 중인 2015년 이 건 A아파트의 양도에 대하여 과세관청이 ‘임대주택사업자의 거주용 자가주택에 대한 1세대 1주택 비과세 특례’로 결정하였으므로 이 건 거주주택에 대한 비과세가 당연하다고 주장하나, 그 당시 과세관청의 판단이 잘못된 것이지 과세관청이 비과세 사실 자체를 인정한 것이 아니며, 현재 국세부과제척기간이 만료되어 증액경정이 되지 아니한 것이 오히려 납세자에게 유리한 결과가 되었다고 보아야 한다.

(다) 청구인은 처분청이 ‘임대주택 공급 활성화를 통한 서민-중산층의 주거안정지원’이라는 입법목적과는 달리 단순히 공부상의 ‘등록’ 여부에 따라 일률적으로 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호의 적용을 배제한 것은 과세형평에 위배되고 납세자의 재산권을 침해하는 것으로서 위법하다고 주장하나, ‘단순한 공부상의 등록 미비’라는 표현은 타당하지 아니하고, 어떠한 혜택을 받기 위해서는 필수적으로 이행해야 하는 기본사항이 있다고 할 것이며, 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호의 적용을 받기 위해서는 지방자치단체에 임대주택 등록 및 세무서에 사업자등록을 하는 것 등이 기본사항으로, 이는 ‘단순한 공부상의 등록 미비’가 아닌 ‘엄중하고 중대한 하자’라고 보아야 한다.

예를 들어, 1세대1주택 비과세 요건을 충족하기 위해서는 ‘2년 보유’가 필수요건이고, 이러한 필수요건에 단 하루가 부족하더라도 비과세가 되지 아니하는 것인데, 청구인의 주장은 이러한 사안에 대하여 납세자의 단순 착오 및 그 당시 납세자의 상황 등을 이유로 ‘2년 보유’라는 필수요건에서 며칠을 채우지 못한 후 1세대 1주택 비과세가 부인된 상황에서 납세자가 본인은 단지 ‘2년 보유’에 며칠만 부족할 뿐 법의 취지나 목적, 성격 등에 반하지 아니하므로 비과세가 인정되어야 한다고 주장하는 것과 같다. 즉, 계속 1주택을 유지하고 있었다는 1세대1주택 비과세 도입의 입법취지를 내세우면서 며칠 차이로 과세와 비과세가 구분되는 사실관계에 대하여 법의 합목적성 및 다른 납세자와의 조세형평성 등을 근거로 비과세를 주장하는 것과 같다.

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며 엄격하게 해석되어야 할 것인데, 청구인이 실수로 1개 호실의 임대등록을 누락한 것을 단순 누락이라고 하면서 비과세가 인정되어야 한다고 주장하는 것은 조세법률주의에 위배되는 것이다.

(라) 청구인은 대법원 2016.12.29. 선고 2010두3138 판결 사례를 들어 재산권 침해 및 조세형평성 위배를 주장하나, 위 사례는 종합부동산세 부과와 관련하여 지역 간의 조례 개정시기가 통일되지 아니하여 발생된 문제이므로 청구인의 임대등록 신고 누락으로 발생된 이 건과 비교할 사안이 아니다.

(마) 청구인은 쟁점주택에 대하여 임대사업자 등록을 누락한 것이 단순 실수에 의한 것이므로 비과세를 인정해야 한다고 주장하나, 다음과 같은 점에 비추어 청구인이 의도적으로 등록을 하지 아니하였을 가능성을 배제할 수 없다.

1) 이 건 다세대주택의 등기부등록상 이 건 다세대주택의 4층 401호, OOO호(쟁점주택), 403호의 면적은 각각 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞

OOO

2) 청구인은 이 건 다세대주택의 사용용도에 대하여 원룸 임대사업을 영위하기 위하여 매입한 건물이라고 하였다. 전체 건물 중 1～3층의 경우 청구인의 주장과 일치하나, 4층의 경우 쟁점주택인 OOO호는 당초 이 건 다세대주택의 사용용도와는 다르게 설계되어 있음을 알 수 있다. 위 ＜표1＞을 보면 쟁점주택인 OOO호의 면적이 4층에서 가장 큰 것으로 확인되는데, OOO호의 전입세대기록을 확인해 본 결과 최초 취득시점인 2006년부터 4인 가족 등이 계속 거주한 기록이 있는바, 이는 이 건 다세대주택에서 가장 큰 호실이었던 OOO호를 원룸임대 등 목적이 아닌 건물관리를 위한 본인 주거용으로 사용할 가능성을 열어놓고 OOO호를 제외한 나머지 호실만 등록하였을 가능성도 생각해 볼 수 있다. 현재 청구인도 OOO호에서 거주하는 것으로 확인되는데, 이러한 사실에 비추어 볼 때 청구인은 단순 실수로 임대사업자등록을 누락한 것이 아닌, 건물관리를 위한 본인 주거용으로 사용하기 위하여 일부러 등록을 하지 아니하였을 가능성을 배제할 수 없다.

(바) 청구인은 당초 이 건 A아파트에 대하여 비과세를 받은 사실을 근거로 신의성실의 원칙 및 실질과세의 원칙을 주장하면서 이 건 거주주택도 비과세되어야 한다고 주장하나, 신의성실의 원칙 적용요건은 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였을 것, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없을 것, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 어떤 행위를 하였을 것, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 적법한 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되었을 것 이상 4가지이고 이를 모두 충족한 경우 신의성실의 원칙을 주장할 수 있으나, 청구인은 ‘임대등록을 누락한 귀책사유’가 있으므로 신의성실의 원칙을 적용하기 어렵다.

(2) 청구인의 예비적 청구에 대한 답변

청구인은 가산세를 면제할 정당한 사유가 있으므로 가산세가 면제되어야 한다고 주장하나, 임대등록 신고누락으로 발생한 이 건의 경우 「국세기본법」 제48조 및 같은 법 시행령 제28조에서 규정한 가산세 면제 사유에 해당하지 아니하므로 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 관할구청에 민간임대주택등록을 일부 누락함에 따라 거주주택에 대하여 1세대1주택(장기임대주택 거주주택 특례) 적용을 배제하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부

② 가산세 면제의 정당한 사유가 인정되는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지1＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 청구인의 주민등록 전입ㆍ전출 내역에 의하면 청구인은 이 건 거주주택에서 2년 이상 거주하여 「소득세법 시행령」 제155조 제20항에서 규정한 “거주주택”의 비과세 요건은 충족한 것으로 나타난다.

(2) 처분청은 청구인이 이 건 거주주택 양도일 현재 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 이 건 다세대주택 중 17세대에 대하여는 「민간 임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으나, 쟁점주택(OOO호)에 대하여는 관할 구청에 민간임대주택 등록을 누락하였다고 하면서 ＜별지2＞와 같이 이 건 거주주택 양도일 현재 청구인의 사업자등록 내역 및 ＜별지3＞과 같이 청구인의 민간임대주택 등록 내역을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2014.3.12. 선고 2003두7200 판결 등 참조) 할 것이다.

(나) 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호는 1세대1주택의 특례가 적용되는 ‘장기임대주택’의 요건으로 ‘「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록’과 ‘민간임대주택법 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록’하여 ‘임대하고 있을 것’을 명문으로 규정하고 있다. 또한 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조, 제49조에 의하면 같은 법 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록할 경우 임대의무기간 내의 임대주택 매각이 제한되고, 임대보증금에 대한 보증가입이 강제되는 등 임대사업자등록에 따른 일정한 제한을 받게 되는 반면, 그 등록을 하지 아니할 경우 위와 같은 제한을 받지 아니하게 되고, 민간임대주택으로 등록할 것을 강제하는 규정도 없어 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 민간임대주택으로 등록할 것인지 여부는 임대사업자의 자율에 맡겨져 있는 것이므로, 임대주택에 관하여 민간임대주택으로 등록을 마치지 아니한 이상 등록을 할 수 있는 실질적 요건을 갖추고 있었다는 사정만으로 해당 임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 등록된 민간임대주택으로 볼 수는 없다 할 것이다(대법원 2018.6.28. 선고 2018두38871 판결, 조심 2020구7822, 2020.12.29. 등, 같은 뜻임).

따라서 청구인이 1세대1주택의 특례 규정을 적용받기 위해서는 이 건 거주주택의 양도일 현재 「소득세법」 제168조에 따라 사업자등록을 하고 쟁점주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있어야 할 것인데, 청구인이 쟁점주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록한 사실이 인정되지 아니하므로 쟁점주택을 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호에 따른 ‘장기임대주택’에 해당하는 것으로 보기 어렵다고 판단된다.

(다) 한편, 청구인은 단순히 공부상 ‘등록’ 여부에 따라 청구인과 다른 납세자를 달리 취급하는 것은 “본질적으로 같은 것을 자의적으로 다르게” 취급하는 것으로서 「국세기본법」 제18조 제1항에 반하여 위법하거나, 실제 임대사업을 영위한 청구인에 대하여까지 일률적으로 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호의 적용을 배제한 처분은 “합헌적 해석”의 원칙에 반하여 위법하다고도 주장한다. 그러나, 위 (가)에서 본 바와 같이 민간임대주택 등록 여부에 따라 임대의무기간 내의 임대주택 매각이 제한되고 임대보증금에 대한 보증가입이 강제되는 등 임대사업자 등록에 따른 일정한 제한을 받게 되는 반면 그 등록을 하지 아니할 경우 위와 같은 제한을 받지 아니하게 되므로 임대주택 등록 누락이 단순한 공부상의 등록 미비에 불과한 것으로 보기는 어렵다 하겠다. 따라서 형식적 요건 충족 여부로 비과세 여부를 판단하는 것이 과세형평에 반하여 위법하다거나 입법취지에 반하는 해석으로서 합헌적 해석의 한계를 현저히 벗어난 위법한 것이라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(라) 또한 청구인은 이 건 처분이 ‘신의성실의 원칙’ 또는 ‘신뢰보호원칙’ 위배된 처분이라고 주장하나, 과세대상 누락이나 위법 또는 착오 등으로 인하여 과소부과된 세액이 있다 하더라도 처분청이 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 이를 경정 또는 재경정할 수 있는 것이므로, 과세를 하지 않겠다는 처분청의 공적 견해표명이 있었다거나 이에 대한 납세자의 신뢰를 저버리고 과세처분이 이루어졌다는 등의 사정이 존재하지 않는 한 여기에 신의칙에 위배되는 위법·부당한 처분이 있었다고 보기 어렵다 할 것인바, 처분청은 이 건 거주주택에 대하여 공적견해 표명을 한 사실이 없고, 쟁점주택을 「민간 임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 민간임대주택으로 등록하지 못한 것에 청구인의 귀책사유가 없다고 보기도 어려우므로 이 건 처분에 ‘신의성실의 원칙’ 또는 ‘신뢰보호원칙’ 위배되는 위법이 있다고 보기 어렵다.

(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

청구인은 자신에게 양도소득세 신고ㆍ납부 의무의 이행을 기대하는 것이 무리인 사정이 인정되므로 가산세를 면제할 ‘정당한 사유’가 인정된다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고.납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의.과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는바(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 참고), 청구인이 제시한 자료만으로는 쟁점주택의 민간임대주택 등록 누락이 단순 착오에 의한 것이라고 단정하기 어렵고, 쟁점주택이 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호의 요건을 충족하지 못했다는 사실을 알지 못하였다는 것도 청구인의 주장에 불과한 것으로 보이는 점 등에 비추어 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 따라서 가산세가 면제되어야 한다는 청구주장 역시 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 관련 법령

(1) 소득세법(2021.12.8. 법률 제18578호로 일부개정되기 전)

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.

② 「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.

③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 「부가가치세법」 제8조를 준용한다.

(2) 소득세법 시행령(2021.11.9. 대통령령 제32104호로 일부개정되기 전)

제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. (단서 및 각 호 생략)

제155조(1세대1주택의 특례) (20) 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조 제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택 : 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조 제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항의 전환 규정을 준용한다.

3. 장기가정어린이집 : 양도일 현재 법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것

제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

1. (생략)

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). (단서 및 각 목 생략)

(3) 임대주택법(2006.9.27. 법률 제8015호로 일부개정되기 전)

제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

1. “임대주택”이라 함은 임대목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.

2. “건설임대주택”이라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 주택을 말하며, 그 종류는 대통령령으로 정한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

나. 주택법 제9조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자가 동법 제16조의 규정에 의한 사업계획승인을 얻어 건설한 주택중 사용검사시까지 분양되지 아니한 주택으로서 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 마치고 건설교통부령이 정하는 바에 따라 임대하는 주택

3. “매입임대주택”이라 함은 임대사업자가 매매등에 의하여 소유권을 취득하여 임대하는 주택을 말한다.

4. “임대사업자”라 함은 국가ㆍ지방자치단체ㆍ대한주택공사ㆍ지방공기업법 제49조의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 “지방공사”라 한다)ㆍ제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제6조의2의 규정에 의하여 설립된 임대주택조합을 말한다.

5. “분양전환”이라 함은 임대주택을 임대사업자외의 자에게 매각하는 것을 말한다.

(4) 민간임대주택에 관한 특별법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」 제2조 제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 다만, 외국인은 국내에 체류하는 자로서 「출입국관리법」 제10조의 체류자격에 따른 활동범위를 고려하여 대통령령으로 정하는 체류자격에 해당하는 경우에 한정하여 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

1. 삭제 ＜2018. 1. 16.＞

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

(5) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령(2022.1.13. 대통령령 제32333호로 일부개정되기 전)

제4조(임대사업자 등록 및 변경신고 등) ③ 법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 신청서에 국토교통부령으로 정하는 서류를 첨부하여 임대사업자의 주소지를 관할하는 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 자치구청장(이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다) 또는 해당 민간임대주택의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다.

④ 제3항에 따라 민간임대주택의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 신청서를 받은 경우에는 즉시 임대사업자의 주소지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 이송하여야 한다.

⑤ 제3항 또는 제4항에 따라 신청서를 받은 임대사업자의 주소지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 등록기준에 적합한지를 확인한 후 적합한 경우에는 등록대장에 올리고 신청인에게 등록증을 발급하여야 한다.

(6) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. ＜개정 2020. 6. 9.＞

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

＜별지2＞ 이 건 거주주택 양도일 현재 청구인의 사업자등록 내역

OOO

＜별지3＞ 이 건 거주주택 양도일 현재 청구인의 민간임대주택 등록 내역

OOO