청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부

예규·판례

청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 ...

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심판청구

조심 2023지4817

생산일자 2025-03-28

AI 요약

요지

청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 지체 없이 이 건 건물을 신축하기 위한 관련 내부 의사결정을 한 후, 이 건 건물 신축을 위한 건설사업관리 업체 선정을 위한 준비에 들어가는 등 꾸준한 노력을 다 한 것으로 보이고 비록 청구법인이 당초 건축 가이드라인에 기재되어 있는 공공보행통로 설치의무를 간과하였으나 이에 대한 조치계획서를 제출하는 등 지체 없이 이를 해결하기 위한 노력을 다 한 점 등에 비추어, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 이후 산업용 건축물 등의 신축 용도로 사용하기 위한 진지한 노력을 다 한 경우로서 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 봄이 타당하다.

상세내용

이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2016.12.29. 서울주택도시공사(이하 “SH”라 한다)로부터 서울특별시 강서구 OOO 일대의 AAA산업단지(이하 “AAA산업단지”라 한다) 내의 토지인 서울특별시 강서구 OOO, 6 토지 4298.20㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후, 2017.2.24. 이 건 토지 취득에 대하여 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목에 따라 산업용 건축물 등에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대한 감면(100%)을 적용하여 취득세를 감면받고, 취득세 감면세액에 대한 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2020.7.2. 이 건 토지 지상에 2020.5.13. 신축한 건축물(이하 “이 건 건물”이라 한다) 면적 중 연구소 부분을 제외한 나머지 부분을 본점용으로 보고, 이 건 토지 면적 중 본점용으로 사용하는 부분의 부속토지 면적(29.47%, 나머지 70.53%를 이하 “쟁점토지”라 한다)에 대해 중과세율(8%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호에 따른 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2023.6.27. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.9.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 유예기간 내에 건축공사에 착공하여 계속 공사를 진행하였고, 산업용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였으므로, 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다.

(가) 청구법인은 2016.12.29. 쟁점토지를 취득한 이후 2020.5.13. 준공 및 사용승인에 이르기까지 약 3년 5개월이 소요되었는데, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 완공에 이르기까지 쉬지 않고 진지한 노력을 다하여 이 건 건물을 신축하였다.

(나) 특히, 청구법인이 AAA산업단지에 신축한 이 건 건물은 2018년 6월 착공하여 2020년 5월 준공되어 약 2년의 기간이 소요되었다. 청구법인이 신축한 이 건 건물의 세부적인 위치, 면적 및 규모 등을 표로 요약하면 다음과 같다.

＜표1＞ 이 건 건물 내역

○○○

위 표에서도 알 수 있듯이, 청구법인이 신축한 이 건 건물의 경우 대지면적이 4,300㎡(약 1,300.75평), 연면적 22,633.97㎡(약 6,846.78평), 지하 3층 및 지상 9층 높이의 상당한 규모의 건물이다. 특히, 청구법인의 분양면적은 AAA산업단지에 단독으로 분양받아 건물을 신축하여 입주한 총 94개의 기업 중에서 11번째, 중소/중견기업만 간추려보았을 때에는 5번째에 해당하는 규모로 이를 통해 볼 때 청구법인의 이 건 건물 신축에는 일반적인 기업의 건설 대비 장기간의 기간이 소요될 수밖에 없는 건물임을 알 수 있다.

(다) 청구법인은 이 건 건물을 신축하면서, 당초 설계완료 예정시점은 2017년 12월이었으나, AAA산업단지 건축 가이드라인 미준수로 인하여 설계변경에 따른 일부 지연이 발생하였다. 가이드라인에 의하면 2필지에 1개의 건물을 신축하는 경우 필지 사이에 공공보행통로를 설치하도록 되어 있었다. 청구법인은 이를 인지하자마자 그 즉시 부단한 노력을 다 하여 가이드라인을 준수하도록 설계변경을 하였으며, 2018년 4월경에는 최종 설계를 완료하였다.

(라) 다만, 설계변경으로 인하여 이 건 건물을 신축하는 난이도가 높아질 수밖에 없었다. 즉 이 건 건물은 그 규모가 타 AAA산업단지의 일반적인 건물 대비 규모가 크고, 설계 및 건설의 난이도가 높아 토지 취득부터 건물을 사용승인 받기까지 장기간의 기간이 소요될 수밖에 없었다. 또한, 이 건 건물의 경우 연구소 용도의 건물인바 단순 사무용 건물과는 달리 보다 고도의 기술이 적용되어야 했고 연구개발 과정에서의 안전성이 담보될 수 있게 설계, 감리 및 시공이 필요하였기에, 이를 심도있게 검토하는 과정에서 많은 시간이 소요되었다. 게다가 청구법인은 AAA산업단지 건축 가이드라인에 따라 두 필지의 가운데에 공공보행통로를 설계 및 시공해야 하였는데, 아래 공공보행통로를 위한 공간을 마련하여 공사를 진행하는 것은 그 건축 난이도가 높아 건축 시간이 상대적으로 더 많이 소요될 수밖에 없었다.

(마) 그럼에도 불구하고, 청구법인은 아래 ＜표2＞와 같이 이 건 토지를 취득한 이후 설계변경 과정에서 약 4개월 가량 지연되기는 하였으나, 쉬지 않고 진지한 노력을 다하여 1년 6개월만에 착공을 하였고, 그 이후 계속적으로 공사를 진행하여 유예기간을 약 5개월 정도 넘긴 2020.5.13.에 이 건 건물 준공을 하였는바, 사정이 이러하다면 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다.

＜표2＞ 이 건 건물 신축공사 진행 내역 등

○○○

(바) 한편, 처분청은 청구법인이 이 건 토지 분양계약을 체결한 후 잔금을 지급하고 실제 취득할 때까지 1년이라는 시간이 있었음에도 그 기간 동안 정상적인 노력을 다하지 않아 ‘정당한 사유’에 해당하지 않는다는 의견이나, AAA일반산업단지의 경우, 토지분양 계약서 제8조(소유권이전 및 등기)에 따르면, 지적 및 등기공부 정리가 완료되었을 때 소유권이 이전되며, 준공 후 지적공부 확정에 따른 정산금 납부 전까지는 토지의 소유권 이전 등기를 하지 못하기 때문에, 이 건 토지의 실소유권자인 SH공사에 토지사용승낙을 신청함으로써 연구소 건축에 관한 절차를 이행할 수 있으며, 토지분양 계약서 제7조(목적 토지의 사용승낙)에 따르면 건축착공용으로 토지사용승낙을 신청할 수 있는 조건으로 분양대금 완납 후 신청하는 것을 두고 있는 바, 분양대금 완납 이전까지는 청구법인이 이 건 토지를 사용함에 있어 제한이 있었고, 건축공사의 경우 토지를 취득한 이후 개발을 시작하는 것이 일반적이라 할 것이므로, 이 건 토지를 실제 취득하기 전에 이 건 건물 신축을 위한 절차에 나아가지 않았다는 사정만으로는 정당한 사유가 배척된다고 볼 수 없다.

(2) 청구법인은 신고·납부의무를 이행할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로 가산세 부과처분은 위법하다.

대법원은 ‘토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없고, 다만 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 “정당한 사유”가 있는 것으로 보아야 한다’고 해석한 바 있다(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결).

조세심판원 또한 처분청이 유예기간 내 건축공사에 착공하는 경우 감면받은 취득세 등이 추징되지 않는다고 안내한 경우, 납세자가 유예기간 내 건축공사에 착공한 후 지속적으로 공사를 실시하였다면 정당한 사유가 있다고 판단하였다(조심 2016지942, 2016.12.22.).

뿐만 아니라, 처분청은 감면된 취득세를 추징할 수 있었음에도, 청구법인의 일련의 신고 과정에서 취득세를 추징하지도 아니하였는바, 이러한 사정들을 고려하여 보면, 청구법인은 취득세를 신고·납부할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) AAA산업단지 건축 가이드라인을 위반한 것은 청구법인의 잘못이므로, 정당한 사유에 해당하지 않는다.

(가) 대법원은 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다 하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 나아가 그 정당사유의 유무를 판단하는 데에는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득 목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다고 판시하였다(대법원 1999.2.24. 선고 97누3132 판결 등 참조).

(나) 청구법인은 첨단기술을 적용한 연구소를 신축하는 것은 고난이도의 공사이므로 전문 건축인력의 투입, 물리적 거리, 재원 조달 등에 어려움이 있어서 신속, 원활하게 공사를 진행한 데는 한계가 있었다고 호소하고 있으나, AAA산업단지에는 2023년 2월 현재 131개 기업이 입주해 있는데 이중 88개 기업이 중소기업에 해당된다. 이들 중소기업들 대부분은 건축업과는 무관한 기업들이며 모든 기업들의 본사가 서울시에 위치한 것도 아니다. 또한 이는 대기업 또는 중견기업이라고 해서 달리 볼 문제도 아니다. 청구법인과 유사한 제약 조건을 가진 기업들 대부분은 유예기간 이내에 취득 부동산을 직접 사용하고 있다. 따라서 청구법인이 주장하는 전문 건축인력의 투입, 물리적 거리, 재원 조달 등의 어려움은 ‘정당한 사유’에 해당할 수 없다.

(다) 또한, 청구법인이 직접 사용이 부득이하게 지연된 사유라고 주장하는 처분청의 건축과의 요구사항(건축물 1층을 관통하는 공공보행통로의 설치, 건축물 분절 등)은 2014년 10월경 AAA지구 건축물·가로경관 가이드라인에 이미 소개되어 있었는바, 청구법인이 이 사건 건물 신축을 위해 정상적인 노력을 다하여 조금만 주의를 기울였다면 이 사건 토지 취득 전부터 그러한 장애 사유가 있음을 쉽게 알 수 있었으며, 이 건 토지를 취득한 후 변경된 법령상 제한 또는 행정관청의 제한에 그 원인이 있다고 보기 어렵다 할 것이므로(대법원 2009.3.26. 선고 2009두1013 판결 참조), 그 지연 원인에 행정관청의 귀책 사유가 가미되었다고 보기 어렵다.

(라) 결국 청구법인은 이러한 과정에서 행정관청의 사용ㆍ금지ㆍ제한 등의 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 시간적인 여유가 없는 등의 객관적인 사유가 존재한다고 볼 수 없으므로, 청구법인에게 정당한 사유가 있다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(2) 청구법인은 추징사유 발생일에 관한 다수의 대법원 판례 및 선결정례가 있음에도 불구하고 스스로 이를 잘못 판단한 것에 불과하므로, 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인은 쟁점토지 취득 후 유예기간(3년) 내에 해당 목적으로 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 1990.1.19. 전자, 전기 기기의 제조·판매·임대업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 현재 부산광역시 해운대구 OOO에 본점을 두고 있다.

(나) 청구법인은 2015.12.23. SH로부터 이 건 토지를 매매가액 OOO원에 매수하기로 하는 분양계약을 체결하고, 2016.12.29. 이 건 토지를 취득하고, 취득세는 감면을 받은 후 감면세액에 대한 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하였다.

(다) 이 건 건물 현황은 위 ＜표1＞과 같으며, 이 건 건물은 연구소로 사용하기 위한 건축물로 내진설계 및 부진동 바닥공사를 적용하였으며, 녹색건축 및 에너지 효율을 높인 친환경건축물에 해당할 뿐만 아니라, 클린룸이 설치되어 있고, 청구법인의 이 건 토지 취득 및 이 건 건물 신축공사 진행내역은 위 ＜표2＞와 같다.

(라) 청구법인은 2020.7.2. 이 건 토지 지상에 2020.5.13. 이 건 건물 면적 중 연구소 부분을 제외한 나머지 부분을 본점용으로 보고, 이 건 토지 취득과 관련하여 이 건 토지 면적 중 본점용으로 사용하는 부분의 부속토지 면적(29.47%)에 대해 중과세율(8%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원을 신고·납부하였다.

(마) 청구법인은 2017.11.23. 건축위원회 심의 과정에서 다음과 같이 조건부동의 심의결과를 통지받았다.

＜2017년 제15차 건축위원회 심의 의결서 내용 중 발췌＞

○○○

(바) AAA산업단지 입주 및 분양 안내서(2012.10.), 이 건 토지 분양 공고문 등에 의하면 AAA산업단지 내 건축계획 시 AAA지구 건축물·가로경관 가이드라인(합필 시 분절 등)을 준수하도록 명시되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 관하여 살피건대, 처분청은 2014년 10월경 발행된 AAA지구 건축물·가로경관 가이드라인에 이미 소개가 되어 있었던 공공보행통로 설치 의무 등을 청구법인이 간과하는 잘못으로 인하여 이 건 건물 신축이 지연되었다 할 것이고, 이로 인하여 쟁점토지를 유예기간 내에 사용하지 못한 것이므로 청구법인에게는 정당한 사유를 인정하기는 어렵다는 의견이다.

「지방세특례제한법」제78조 제4항은 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 토지에 대해서는 취득세를 경감하도록 규정하면서, 같은 조 제5항 제1호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 제4항에 따라 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있는바, 여기에서 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지.제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 같은 뜻임)이다.

청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 지체 없이 이 건 건물을 신축하기 위한 관련 내부 의사결정을 한 후, 이 건 건물 신축을 위한 건설사업관리(CM) 업체 선정을 위한 준비에 들어가 2017.6.8.경 CM사인 BBB 주식회사와 계약을 체결하고, 2017.7.21. 설계용역계약을 체결하는 등 꾸준한 노력을 다 한 것으로 보이는 점, 비록 청구법인이 당초 AAA산업단지 건축 가이드라인에 기재되어 있는 공공보행통로 설치 의무를 간과하여 2017.11.23. 건축위원회로부터 조건부 동의 심의결과를 받기는 하였으나, 2017.12.12. 이에 대한 조치계획서를 제출하는 등 지체 없이 이를 해결하기 위한 노력을 다 하였고, 그 결과 청구법인은 2018.2.8. 처분청으로부터 건축허가 승인을 받을 수 있었던 점, 이 건 건물은 지하 3층, 지상 9층 높이의 연구개발 목적으로 신축한 건물로서 내진설계 적용, 무진동 바닥공사, 클린룸 설치 등에 더하여 공공보행통로까지 추가하는 등 설계 및 건축 난이도가 상당해 보이는 건물임에도 불구하고 위와 같은 준비절차를 거쳐 이 건 토지를 취득한 이후 18개월만인 2018.6.26. 이 건 건물 건축공사를 착공한 점, 청구법인은 이 건 건물 신축을 위한 착공을 한 이후 특별한 지연사유 없이 꾸준히 공사를 진행하여 유예기간 종료일인 2019.12.29.로부터 약 4개월 15일이 경과한 2020.5.13.경에 이 건 건물의 사용승인을 받은 점 등에 비추어, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 이후 산업용 건축물 등의 신축 용도로 사용하기 위한 진지한 노력을 다 한 경우로서 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 봄이 타당하다.

따라서 처분청이 청구법인의 경우 쟁점토지를 취득한 이후 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에 해당한다고 보아 취득세를 추징한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로, 그 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세법(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것)

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당하며, 「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하는 부동산을 포함한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.