이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2008.12.30. 관이음쇠 제조 및 판매 수출입 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2023.12.8. 부산광역시 기장군 장안읍 OOO(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하고, 같은 날 처분청에 유상승계취득 세율을 적용한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2023.12.13. 이 건 부동산에 대하여 부산광역시장으로부터 벤처기업집적시설로 지정받은 후, 2023.12.20. 처분청에게 「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18655호로 일부개정되기 전의 것, 이하 “지특법”이라 한다) 제58조 제1항(이하 “이 건 규정”이라 한다)에 따른 벤처기업 등에 대한 취득세 등 OOO원을 감면(환급)을 적용하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.1.9. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.1.15. 이의신청을 거쳐, 2024.4.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 이 건 부동산을 취득하기 이전에 이 건 부동산에 대하여 벤처기업집적시설 지정 신청을 하였다가, 벤처기업집적시설로 지정되기 전에 이 건 부동산을 취득하였는바, 이 건 규정이 벤처기업의 영업활동을 장려하기 위한 규정임을 고려할 때 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후에 벤처기업집적시설로 지정되었다 하더라도 이 건 규정에 따른 취득세 등 감면을 적용해야 한다.

(1) 청구법인은 이 건 규정에 따라 취득세를 감면받기 위하여 벤처기업집적시설로 지정받은 후 이 건 부동산을 취득하기로 계획하였다.

이에 청구법인은 2023.11.29.경 이 건 부동산의 소유자와 부동산(공장) 매매계약을 체결하면서 잔금일을 2023.12.8.로 약정하였고, 다만 벤처기업집적시설로 지정을 받은 후 잔금을 지급하고 소유권을 이전등기하기 위하여 특약사항에 매도인ㆍ매수인이 상호 협의하여 잔금일자를 조정할 수 있다고 기재하였으며, 은행대출 관련 미팅을 하고 임대차계획을 세웠다.

청구법인은 또한 2023.12.1. 벤처기업집적시설 지정 신청을 하였고, 2023.12.7. 부산광역시 창업벤처 담당관이 현장실사를 나와 조만간 이 건 부동산이 벤처기업집적시설로 지정될 것임을 예상할 수 있었다.

그런데 갑자기 이 건 부동산의 매도인으로부터 경영자금 압박으로 부도가 날 상황이라 잔금을 빨리 지급하여 달라는 연락이 왔고, 이에 청구법인은 할 수 없이 이 건 부동산이 벤처기업집적시설로 지정(2023.12.13.)되기 전인 2023.12.8. 잔금을 지급하고 이 건 부동산에 대한 소유권이전등기를 마치게 되었으며, 그로부터 5일 후인 2023.12.13. 이 건 부동산이 벤처기업집적시설로 지정이 되었다.

(2) 이 건 규정은 벤처기업육성에 관한 특별조치법(이하 “벤처기업법”이라 한다)에 따라 지정된 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 100분의 50을 각각 2023.12.31.까지 경감한다고 규정하고 있고, 그 해석과 관련하여 서울행정법원은 취득세등경정거부처분취소 사건에서 ‘① 이 건 규정의 벤처기업법에 따라 지정된 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산이라는 표현은 문언적으로 해당 부동산을 취득할 당시 이미 벤처기업법에 따라 벤처기업집적시설로 지정이 되어 있을 것을 의미한다고 해석하여야 하고, ② 원고의 주장대로 하면 취득 당시 벤처기업집적시설 지정을 염두에 두지 않았던 사업자라도 취득 후 위 지정을 받기만 하면 감면을 받을 수 있게 되며, ③ 위 벤처기업집적시설 지정 신청서에 첨부할 건축계획서 등 필요서류는 원고의 주장과 같이 토지의 취득 전에 준비할 수 없는 서류들이 아니고 ④ 벤처기업집적시설 운영계획서에 기재하여야 할 구체적인 운영계획도 원고가 해당 부동산을 취득한 2013.12.16. 전에 모두 구비할 수 있었을 것으로 보이는 등의 사정을 종합하여 보면, 이 건 규정은 벤처기업집적시설로 먼저 지정을 받은 후 비로소 감경대상 부동산을 취득하는 경우에만 적용되는 것이라고 해석함이 상당하다’고 판시하였다(서울행정법원 2020.10.20. 선고 2019구합76153 판결).

위 판결의 ②, ④ 판시에 비추어 보면, 이 건 규정은 청구법인과 같이 2023.11.28. 이 건 부동산의 소유자와 부동산(공장) 매매계약서를 작성하고, 2023.12.1. 벤처기업집적시설 지정이 되었지만, 벤처기업집적시설로 지정되기 5일 전인 2023.12.8. 부득불 잔금을 지급하고 소유권이전등기를 마친 경우도 포함한다고 해석하여야 할 것인 점, 이렇게 해석하는 것이 벤처기업 육성을 목적으로 하는 지특법 제58조 제1항의 취지에도 부합하는 점, 청구법인의 벤처기업집적시설 지정 경과에 비추어 청구법인에게 어떠한 탈세 목적이 없었음을 알 수 있는 점 등에 비추어 이 건 부동산의 취득에 대하여 이 건 규정에 따라 취득세 등을 감면해야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 이 건 규정에서 ‘벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 지정된 벤처기업집적시설을 취득한 경우’를 취득세 경감대상으로 규정하고 있으므로, 취득 당시 취득한 부동산은 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 벤처기업집적시설로 지정된 상태임을 요한다는 것은 문언상 명백하다 할 것인바, 벤처기업집적시설로 지정되기 전에 부동산을 취득한 경우까지 감면대상에 포함되는 것으로 해석하는 것은 조세감면 요건을 확장해석하는 것으로 허용될 수 없다 할 것이다.

따라서 이 건 부동산의 경우 청구법인이 부동산을 취득한 이후 벤처기업집적시설로 지정되었음이 확인되는 이상 이 건 규정에서 정한 취득세 감면요건에 해당하지 않는 점, 벤처기업법 제21조에서 관계 법률로 정하는 바에 따라 취득세 등을 감면할 수 있다고 규정하고 있어 벤처기업집적시설이 지정되었다는 사실만으로는 취득세 감면 대상으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 이 건 부동산은 이 건 규정에서 정한 벤처기업 취득세 경감 대상에 해당하지 않는다.

(2) 청구법인은 서울지방행정법원 2010.10.20. 선고 2019구합76153 판결의 취지에 비추어 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 이후 벤처기업집적시설로 지정되었더라도 이 건 규정에 따른 취득세 등 감면대상에 포함되어야 한다고 주장하나,

위 판결은 ‘취득 당시 벤처기업집적시설 지정을 염두에 두지 않았던 사업자라도 취득 후 위 지정을 받기만 하면 감면을 받을 수 있게 되는 것은 취득세 등 감면의 대상에 관한 엄격해석의 원칙이나 과세요건 명확주의 원칙에 들어맞지 않는다’라는 취지로 해석하는 것이 합리적이고, ‘토지 취득 전에도 벤처기업집적시설 지정 신청에 필요한 서류를 충분히 구비할 수 있었으므로 벤처기업집적시설로 먼저 지정받은 후 해당 토지를 취득하여야 감면대상에 포함될 수 있다’고 본 것으로, 청구법인의 경우와 같이 부동산 취득 이후에 벤처기업집적시설로 지정받은 경우에는 감면에 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

부동산을 취득한 후 벤처기업집적시설로 지정된 경우 지특법 제58조 제1항에 따른 벤처기업 취득세 경감대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2008.12.30. 설립하여 산광역시 강서구 OOO(2017.6.19. 본점소재지 변경)에서 “관이음쇠 제조 및 판매 수출입 등”을 영위하고 있는 법인으로, 2023.12.7. 이 건 부동산에 지점을 설치하였다.

(2) 이 건 부동산 취득 및 벤처기업집적시설 지정 경과는 아래와 같다.

(가) 이 건 부동산은 OOO일반산업단지(2014년 1월 사업준공) 내 소재하고 있는 공장용지 OOO 및 공장 건축물 OOO이다.

(나) 청구법인은 2023.11.29. 매도인 ㈜A으로부터 이 건 부동산을 OOO원에 매수하는 내용의 매매계약을 체결하고, 잔금일을 2023.12.8.로 약정하였다.

(다) 청구법인은 2023.12.1. 부산광역시장에게 이 건 부동산을 ‘OOO’로 하여 벤처기업집적시설로 지정하여 줄 것을 구하는 벤처기업집적시설 지정신청을 하였고, 신청서에는 벤처기업집적시설 운영계획서 등을 첨부하였다.

＜벤처기업집적시설 지정 신청서＞

○○○

(라) 청구법인은 2023.12.8. 매매대금 OOO원 중 잔금 OOO원을 지급하여 이 건 부동산을 취득하고, 같은 날 처분청에 취득세 등 OOO원을 신고·납부하고 소유권이전등기를 경료하였다.

(마) 청구법인은 2023.12.13. 부산광역시장으로부터 이 건 부동산에 대하여 시설명 ‘OOO’, 지정면적 ‘5,262.64㎡’으로 하여 벤처기업집적시설로 지정받았다.

(3) 청구법인은 2023.12.19. OOO일반산업단지관리공단과 양도ㆍ양수를 사유로 OOO일반산업단지 내 이 건 부동산에 입주하는 내용의 입주계약을 체결하였고, 2023.12.7. 이 건 부동산에 지점을 설치하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 규정의 취지 및 벤처기업집적시설 지정 신청을 한 후 이 건 부동산을 취득한 점 등을 고려할 때 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후에 벤처기업집적시설로 지정되었다 하더라도 이 건 규정에 따른 취득세 등 감면을 적용해야 한다고 주장하나,

조세법률주의의 원칙상 과세요건, 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 다수, 같은 뜻임)이고, 지특법에서 정하고 있는 취득세의 감면 여부는 취득세 납부의무의 성립시기를 기준으로, 각각의 조항에서 규정한 감면요건의 충족 여부에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2016.11.10. 선고 2016두46212 판결, 같은 뜻임)으로서,

이 건 규정에서 벤처기업법에 따라 ‘지정된’ 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대해서 취득세 및 재산세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있고, 해당 규정은 문언적으로 해당 부동산을 취득할 당시 이미 벤처기업법에 따라 벤처기업집적시설로 지정이 되어 있을 것을 의미한다 할 것이며, 벤처기업법 제18조 제1항에서도 벤처기업집적시설을 설치하려는 자 등은 시ㆍ도지사 등으로부터 그 지정을 받을 수 있다고 규정하여 벤처기업집적시설을 설치하기 전에 미리 그 지정을 받은 후 벤처기업집적시설을 설치할 수 있도록 지원하고 있는 것으로 나타나는데, 이 건의 경우, 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후에야 이 건 부동산에 대하여 벤처기업집적시설로 지정받은 사실이 확인되는 점,

청구법인은 이 건 부동산에 대한 취득계약을 체결한 후 곧바로 2023.12.1. 벤처기업집적시설 지정 신청을 하기는 하였으나, 시ㆍ도지사가 벤처기업집적시설로 지정하기 위해서는 벤처기업법 제18조 및 같은 법 시행령 제11조의17 등에 따른 그 시설이 지정 요건을 충족하여야 하고 벤처기업집적시설로 지정된 후 1년 이내에 4개(수도권 외의 지역은 3개 이상) 이상의 벤처기업이 입주하여야 하는 등 입주 요건을 충족하여야 하며 그 지정 요건에 맞지 아니하는 경우 벤처기업집적시설 지정을 취소할 수 있는바, 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 때까지 불과 1주일여만에 시ㆍ도지사의 심사를 받아 이 건 부동산을 벤처기업집적시설로 지정받을 수 있었을 것이라고 기대할 수 있거나 또는 지정받을 수 있었음에도 그 절차의 지연으로 벤처기업집적시설 지정이 지연된 것이라고 보기도 어려운 점,

벤처기업집적시설 운영계획서에 따르면 청구법인은 당초부터 이 건 부동산 중 일부[1층 6,082.04㎡ 중 2,776.24(45.6%)]에 대하여만 임대할 목적이었을 뿐 나머지 부분[3,305.80㎡(54.35%)]을 직접 사용할 예정이었던 것으로 나타나는바 청구법인이 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양ㆍ또는 임대할 목적으로 이 건 부동산을 취득한 것으로 보기도 어려운 점 등에 비추어, 이와 다른 취지의 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜관련 법령＞

(1) 지방세기본법

제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 취득세: 과세물건을 취득하는 때

(2) 지방세법 시행령

제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 사실상의 잔금지급일

⑭ 제1항, 제2항 및 제5항에 따른 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다.

(3) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18655호로 개정되기 전의 것)

제58조(벤처기업 등에 대한 과세특례) ① 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 지정된 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제41조에 따른 환수권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 100분의 50을 각각 2023년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 이내에 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역의 지정이 취소되거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제17조의3 또는 제18조제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세와 재산세를 추징한다.

(4) 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2023.5.16. 법률 제19416호로 일부개정된 것)

제14조(조세에 대한 특례) ① 국가나 지방자치단체는 벤처기업을 육성하기 위하여 「조세특례제한법」, 「지방세특례제한법」, 그 밖의 관계 법률로 정하는 바에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ취득세ㆍ재산세 및 등록면허세 등을 감면할 수 있다.

제18조(벤처기업집적시설의 지정 등) ① 벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 연면적 이상인 경우 시ㆍ도지사(「지방자치법」 제198조에 따른 서울특별시ㆍ광역시 및 특별자치시를 제외한 인구 50만 이상 대도시의 경우에는 그 시장을 말한다. 이하 이 조, 제18조의4 및 제26조에서 같다)로부터 그 지정을 받을 수 있다. 지정받은 사항을 변경하는 경우에도 또한 같다.

② 제1항에 따라 지정을 받은 벤처기업집적시설은 지정받은 날(건축 중인 건축물은 「건축법」 제22조에 따른 건축물의 사용승인을 받은 날을 말한다)부터 1년 이내에 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 입주하게 하되, 입주한 기업 중에서 벤처기업이 4개 이상(「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 외의 지역은 3개 이상)일 것

2. 연면적의 100분의 70(「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 외의 지역은 100분의 50) 이상을 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 사용하게 할 것

3. 제2호에 해당하지 아니하는 지정 면적은 벤처기업집적시설 등 대통령령으로 정하는 시설이 사용하게 할 것