이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 비철금속 도매업 등을 영위하는 사업자로,「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제106조의9(스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례, 이하 “매입자납부특례규정”이라 한다) 규정에 따라 스크랩등 거래계좌를 개설하여 스크랩등을 거래하고 있다.

나. 청구법인은 2019년 제1기 부가가치세 과세기간 중 비철금속 도소매업체인 A(대표 B, 이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 총 76건, 총 공급가액 OOO원 상당의 구리스크랩 매입 관련 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후, 해당 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 관련 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입자납부특례세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하고, 조특법상 매입자납부특례규정에 따라 쟁점매입자납부특례세액을 납부하였다.

다. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인의 2018년 제1기~2019년 제1기 부가가치세 과세기간에 대한 조세범칙조사를 실시하여 쟁점거래처와의 쟁점세금계산서 매입거래를 포함한 총 OOO원의 매입거래와 총 OOO원의 매출세금계산서 수수거래를 실물거래 없는 가공세금계산서 거래로 확정한 후, 가공세금계산서 수수관련 가산세(세금계산서미발급등 가산세) OOO원을 경정·결의하도록 처분청에 통보하였고, 처분청은 2024.8.20. 청구법인에게 2019년 제1기 부가가치세 OOO원[세금계산서미발급등 가산세 OOO원에서 각종 공제세액(법정공제, 기납부세액 등) OOO원을 차감]을 경정·고지하였다.

라. 이후 쟁점세금계산서 거래 관련, 쟁점거래처에 대한「특정범죄가중처벌등에관한법률」위반(허위세금계산서교부등) 사건에서 법원이 무죄를 선고(대법원 2024.4.12. 선고 OOO 판결, 서울고등법원 2023.9.7. 선고 OOO판결)하자, 청구법인은 2024.7.11. 처분청에 쟁점매입자납부특례세액(OOO원)이 청구법인의 기납부세액으로 계산되어야 하고, 여기에 기존 공제 및 감면세액 OOO원을 합한 OOO원에서 경정·결의될 가산세 OOO원을 제외한 나머지 OOO원이 환급되어야 한다고 주장하며 후발적 사유에 의한 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.8.13. 거부통지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점세금계산서 거래 관련, 쟁점거래처에 대한「특정범죄가중처벌등에관한법률」위반(허위세금계산서교부등) 사건에서 법원이 무죄를 선고(대법원 2024.4.12. 선고 OOO 판결, 서울고등법원 2023.9.7. 선고 OOO 판결)하였는바, 이는「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호에 규정하는 ‘최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구,「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’ 중 소송에 대한 판결에 해당하는 후발적 경정청구 사유에 해당하므로, 따라서 처분청은 쟁점세금계산서를 정당한 것으로 보아 가산세를 감액경정하여야 한다(처분개요의 경정청구 사유 참고).

대법원은 2020.1.9. 선고 2018두61888판결에서 “형사사건의 재판절차에서 납세의무의 존부나 범위에 관한 판단을 기초로 판결이 확정되었다 하더라도, 이는 특별한 사정이 없는 한「관세법」제38조의3 제3항 및 같은 법 시행령 제34조 제2항 제1호에서 말하는 ‘최초의 신고 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 내용의 것으로 확정된 경우’에 해당한다고 볼 수 없다”고 판시한 바 있으나,「국세기본법」규정의 의의 및 형사사건의 판결에 대한 위 판결의 구체적인 사유를 살펴볼 때 위 대법원 판결이 모든 형사사건에 일률적으로 적용된다고 할 수 없으며, 특히 이 사안과 같은 가공거래가 문제가 된 경우에 있어서, 문제가 된 거래가 재화 또는 용역을 실제로 공급한 실물거래가 아니라고 단정할 수 없음이 판결에 의하여 확정된 경우라면 이는 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 것에 대한 과세관청의 판단이 잘못된 것임을 뜻할 뿐 아니라, ‘과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 내용의 것으로 확정된 경우’에 해당한다고 보아야 한다.

조세 관련 형사소송은 단순히 국가 형벌권의 존부 및 처벌 범위를 확정하는데 있는 것이 아니라, 조세채무와 관련한 납세자와 과세관청을 포함한 정부(국가)와 사이에 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관해 발생한 분쟁을 해결하는 절차이고, 특히 현행「형사소송법」은 당사자주의를 취하고 있는 점에서(대법원 2013.8.14. 선고 2012도13665 판결 등 참조) 조세관련 형사소송절차는 피고인과 국가라는 대립 당사자 사이에 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁을 확정하여 그 거래 또는 행위의 존부나 법률효과 등을 당초 과세 당시와 다르게 확정한다고 할 것이다.

이는 과세관청이 가산세를 부과하는 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위가 조세범에 대한 형사기소 근거가 된 거래 또는 행위와 동일한 것으로, 과세관청이 가산세 부과 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위에 대하여 같은 사유(실물거래 없는 세금계산서 발급)를 근거로 하여 형사고발 한다는 점에서 더욱 타당하다 할 것이다.

후발적 경정청구에 관한「국세기본법」제45조의2 제2항은 ‘판결’에 관하여 민사판결, 형사판결, 조세소송 판결 등 판결의 유형을 규정하지 아니하였는바, 따라서 이를 모든 형사판결을 제외하는 것으로 해석한다면, 조세법률주의에 따른 엄격 해석 원칙에 어긋나는 행정편의적 확장해석이나 유추해석에 해당할 것이다(대법원 2021.9.9. 선고 2019두35695 전원합의체 판결 참조).

위 대법원 판결(대법원 2018두61888)은 형사판결이 후발적 경정청구 사유가 될 수 있는지 여부에 대하여 판단한 최초의 명시적 판결이기는 하나, 동 판결은 물품을 현지에서 구입한 후 국내 소비자들에게 배송해 주면서 배송물품의 관세 납세의무자를 국내소비자들로 한 것에 대하여 부정한 방법으로 관세를 포탈하였다는 이유로 관세를 부과하고「관세법」위반으로 기소한 사안으로, “물품을 수입한 납세의무자”가 누구인지에 대한 법률적 판단이 필요한 상황에서 물품을 수입한 실제 소유자는 피고인이 아닌 국내 소비자라고 보아 원고에게 무죄 판결을 선고하였고, 원고가 위 형사판결을 근거로「관세법」에 따른 경정청구를 하였으며, 법원이 법령 해석으로 납세의무의 존부와 범위에 대하여 판단한 사례로 이 건과는 차이가 있다.

조세형사소송의 무죄 판결과 관련하여 법원이 그 구체적 판시사항에서 법령의 해석이나 검사의 입증부족에 대한 것이 아닌, 구체적인 증빙자료 및 증언 등을 면밀히 살펴, 실물거래가 있었다는 증빙자료 및 증인진술의 신빙성을 인정하고, 실제 과세관청 및 검사가 실물거래가 아니라는 근거로 삼은 내용이 거래 또는 행위에 대한 판단에 영향을 미칠 사정이 아니라고 판단하였다면, 결국 이는 기소 근거 자체가 타당하지 않다는 것인바, 쟁점세금계산서 거래와 관련한 형사판결에서 법원이 ‘실물거래가 없었다고 단정할 수 없다’고 판단하여 피고인에게 무죄를 선고하고, 그와 같은 무죄판결이 확정되었다면, 이는 ‘실물거래 없는 허위 세금계산서 발급행위’에 대하여 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁을 확정한 것과 같다.

쟁점세금계산서 거래의 공급자로 쟁점거래처를 운영하던 B은 쟁점세금계산서 거래를 포함, 재화 또는 용역을 실제로 공급하지 않고 세금계산서를 발급하였다 하여「특정범죄가중처벌등에관한법률」위반(허위세금계산서교부등)으로 기소되었으나, 2심 법원은 당사자 간에 수수된 자료와 계량확인서, 계근표 등 객관적 자료와 일치하는 방대한 양의 증빙자료 등을 근거로 하여 쟁점세금계산서 매입거래가 포함된 쟁점거래처의 폐동거래를 실물거래가 아니라고 단정할 수 없다고 보아, 원심판결을 파기하고 피고인 B에게 무죄를 선고(서울고등법원 2023.9.7. 선고 OOO 판결, 대법원 2024.4.12. 선고 OOO 판결)하였다.

위 확정판결은 구체적인 증빙자료 및 증언 등을 면밀히 살펴 실물거래가 있었다는 증빙자료 및 증인진술의 신빙성을 인정하고, 과세관청 및 검사가 실물거래가 아니라는 근거로 삼은 내용이 거래 또는 행위에 대한 판단에 영향을 미칠 사정이 아니라고 판단한 것으로서, 결국 쟁점세금계산서 거래가 허위 거래에 해당하지 아니한다고 본 것이고, 이는 과세관청의 경정세액 계산의 근거가 된 거래가 그에 관한 소송에 대한 판결 등에서 다른 것으로 확정된 것에 해당하므로 이는「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호의 후발적 경정사유에 해당한다.

한편, 청구법인은 쟁점세금계산서 거래와 유사하게 2019년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO로부터 허위의 세금계산서를 수취하였다는 혐의로 수사를 받았으나 실제 거래대금이 지급된 점 등이 인정되어 2024.6.10. 인천지방검찰청 부천지청으로부터 불기소처분을 받은사실이 있는바(OOO 불기소이유통지), 이는 조사청이 실시한 조세범칙조사에서 가공거래로 판단한 바 있는 쟁점세금계산서 매입거래가 가공거래가 아니라는 사실에 대한 확정이라고 볼 수 있으므로 이는 후발적 경정사유에 해당한다.

(2) 청구법인이 조특법상 매입자납부특례규정에 따라 납세의무자로서 납부한 쟁점매입자납부특례세액(OOO원)과 기존 공제 및 감면세액 OOO원을 합한 금액인 OOO원에서 감액경정될 가산세 OOO원을 차감한 금액은 청구법인에게 환급되어야 한다.

조특법상 매입자납부특례규정은 조세탈루 방지와 조세징수편의 등의 목적을 달성하기 위하여「부가가치세법」제31조와 달리 특정물품(구리 스크랩 등)에 관하여는 공급받은 자(매입자)에게 직접 부가가치세를 납부하도록 예외를 정한 것으로, 이에 따르면 공급자는 형식적 납세의무자에 해당할 뿐 실제로는 매입자로부터 부가가치세를 징수할 의무나 납부할 의무를 부담하지 아니하고, 반대로 매입자의 경우 매입자납부특례규정 제3항 제2호 및 제10항에 따라 은행의 관리를 거쳐 부가가치세액을 납부할 실질적 의무를 부담하게 하면서 이행하지 않을 때 불이익을 입게 하는 등(같은 규정 제5항 및 제7항) 단순한 담세자가 아닌 실질적 납세의무를 부담하고 있으므로 매입자납부특례규정에 따른 매입자인 청구인은 결국「국세기본법」제2조 제9호의 납세의무자에 해당한다고 할 것이다.

법원은 위와 같은 취지로 “이 사건 특례규정이 적용되어 구리 스크랩 등을 공급받은 자가 입금한 부가가치세액이 과오납금에 해당하여 이를 환급하여야 할 사유가 발생한 경우, 이에 대한 환급청구권은 공급자(매출자)가 아니라 거래 상대방인 공급받은 자(매입자)에게 귀속된다고 봄이 타당하다”고 판시(서울중앙지방법원 2020.8.13. 선고 2017가합590714 판결, 수원지방법원 2017.12.12. 선고 2017구합62779 판결 등 참조)한 바 있다.

위와 같이 매입자가 부가가치세의 납부의무자가 되는 경우, 매입자가 입금한 부가가치세액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액은「국세기본법」제51조 제1항에도 불구하고 공급받은 자(매입자)에게 환급되는 것으로 보아야 하고, 매입자납부특례규정 제11항 “제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액은「국세기본법」제51조 제1항에도 불구하고 공급받은 자에게 환급하여야 한다”고 하여 이를 확인적으로 규정하고 있다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 대법원 2020.1.9. 선고 2018두61888 판결이 모든 형사사건에 일률적으로 적용될 수 없고, 문제가 된 거래가 실물거래가 아니라고 단정할 수 없음이 판결에 의하여 확정된 경우라면 과세관청의 판단에 잘못이 있는 것이며, 이는 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 내용의 것으로 확정된 경우에 해당하므로, 이 건도 동일한 이유로 쟁점거래처의 형사판결이 후발적 경정청구 사유인 소송에 대한 판결에 해당한다는 주장이나, 형사판결은 과세표준 및 세액의 기초가 되는 거래 또는 행위의 당사자들 사이에 그 거래행위의 존부나 효력에 대한 분쟁의 결과 그 실체가 변론을 통해 규명되는 민사판결과는 달리 검사와 피고인을 쌍방 당사자로 하는 형사재판의 결과로, 피고인의 범죄성립 여부를 소송대상으로 할 뿐이고, 당해 형사판결이 후발적 경정청구 사유가 되기 위해서는 범죄성립 여부를 판단하기 위해 판결의 이유에서 적극적으로 인정한 객관적 사실관계가 관계된 과세처분의 과세요건이나 과세표준 또는 세액의 산정과 관련된 사실을 객관적으로 투명하게 밝혔음을 전제로, 그와 같이 형사판결을 통해 인정된 객관적 사실이 경정청구의 대상이 되는 과세처분의 과세표준 및 세액의 기초가 되는 거래 또는 행위의 존재 내지 유효성과 양립할 수 없는 관계에 있어 그 당사자들 사이에 더는 분쟁의 여지가 없을 정도로 그 거래 또는 행위가 처음부터 부존재한다거나 무효라는 점이 확정되었다고 볼 수 있을 정도에 이르러야 하는 것이다(대전지방법원 2019.8.22. 선고 2028구합102552 판결 참조).

청구법인이 제시하는 쟁점거래처 형사사건의 무죄판결은 범죄사실에 대한 입증이 엄격하게 요구됨에도 증거가 불충분하여 공소제기된 범죄사실을 유죄로 인정할 수 없다는 것으로, 쟁점거래처가 거래처로 지목한 15개 업체에 대하여 구체적으로 어느 과세기간에 얼마를 공급하였는지 등을 확정하는 판결이 아니고, 청구법인과의 거래가 정상적인 거래임을 확정하는 판결 또한 아니며, 단지 청구법인은 쟁점거래처 형사사건 판결내용을 유추·확장하고 있는 것이다.

최근 서울행정법원에서도 이와 유사한 사항에 대하여 원고의 청구를 기각(서울행정법원 2024.3.14. 선고 2023구합1057 판결 참조)한 바 있다.

(2) 청구법인은 쟁점매입자납부특례세액(OOO원)과 기존 공제 및 감면세액(OOO원)의 합계액이 청구법인의 기납부세액으로 계산되어야 한다고 주장하나, 청구법인은 쟁점거래처에 대한 형사판결 이후 쟁점매입자납부특례세액에 대하여 부당이득금 반환청구소송을 진행하였고, 법원의 화해권고결정에 따라 처분청은 2014.7.24. 청구법인이 매입자납부특례규정에 따라 국고계좌로 기납부한 2019년 제1기분 OOO원, 2018년 제2기분 OOO원, 2018년 제1기분 OOO원을 2014.7.24. 환급결정한 바 있으며, 기존 공제 및 감면세액(OOO원) 또한 당초 조사 경정시(2019.11.4.) 기납부세액으로 반영(아래 ＜표1＞의 청구법인 제출 납세고지서 참조)되었으므로 세액경정 대상이 아니므로 청구구장은 타당하지 아니하다.

＜표1＞ 청구법인 제출 납세고지서

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3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점거래처의 형사소송 판결결과가 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

② 쟁점거래처와의 매입거래 관련 매입자납부특례세액(기납부세액)과 기존 공제·감면세액에서 정당한 가산세를 차감한 금액을 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구,「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

(2) 조세특례제한법 제106조의9【스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품(이하 “스크랩등”이라 한다)을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자(이하 “스크랩등사업자”라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 스크랩등 거래계좌(이하 “스크랩등거래계좌”라 한다)를 개설하여야 한다.

1.「관세법」제84조에 따라 기획재정부장관이 고시한「관세ㆍ통계통합품목분류표」중 비철금속류의 웨이스트 및 스크랩과 잉곳(ingot) 또는 이와 유사한 재용해(再溶解)비철금속류의 웨이스트와 스크랩으로부터 제조된 괴상의 주조물

3.「관세법」제84조에 따라 기획재정부장관이 고시한「관세ㆍ통계통합품목분류표」중 철의 웨이스트와 스크랩, 철강의 재용해용 스크랩 잉곳 또는 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 물품

② 스크랩등사업자가 스크랩등을 다른 스크랩등사업자에게 공급하였을 때에는 「부가가치세법」 제31조에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니한다.

③ 스크랩등사업자가 스크랩등을 다른 스크랩등사업자로부터 공급받았을 때에는 그 공급을 받은 날(스크랩등을 공급받은 날이 세금계산서를 발급받은 날보다 빠른 경우에는 세금계산서를 발급받은 날을 말한다)의 다음 날(이하 이 조에서 “부가가치세액 입금기한”이라 한다)까지 스크랩등거래계좌를 사용하여 제1호의 금액은 스크랩등을 공급한 사업자에게, 제2호의 금액은 대통령령으로 정하는 자에게 입금하여야 한다. 다만, 기업구매자금대출 등 대통령령으로 정하는 방법으로 스크랩등의 가액을 결제하는 경우에는 제2호의 금액만 입금할 수 있다.

1. 스크랩등의 가액

2.「부가가치세법」제29조에 따른 과세표준에 같은 법 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조에서 “부가가치세액”이라 한다)

④ 스크랩등 수입에 대한 부가가치세는 「부가가치세법」 제50조에도 불구하고 스크랩등거래계좌를 사용하여 대통령령으로 정하는 방법으로 납부할 수 있다.

⑤ 스크랩등을 공급받은 스크랩등사업자가 제3항 제2호에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 스크랩등을 공급한 스크랩등사업자에게서 발급받은 세금계산서에 적힌 세액은 「부가가치세법」 제38조에도 불구하고 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보지 아니한다.

⑥ 제3항에 따라 스크랩등거래계좌를 사용하지 아니하고 스크랩등의 가액을 결제받은 경우에는 해당 스크랩등을 공급하거나 공급받은 스크랩등사업자에게 제품가액의 100분의 10을 가산세로 징수한다. 다만, 제1항 각 호의 물품과 제106조의4 제1항 제3호의 제품이 혼합된 물품을 공급하거나 공급받으려는 사업자가 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 금거래계좌를 사용하는 경우에는 가산세를 징수하지 아니한다.

⑦ 관할 세무서장은 스크랩등을 공급받은 스크랩등사업자가 제3항에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 부가가치세액 입금기한의 다음 날부터 부가가치세액을 입금한 날(「부가가치세법」 제48조, 제49조 및 제67조에 따른 과세표준 신고기한을 한도로 한다)까지의 기간에 대하여 대통령령으로 정하는 이자율을 곱하여 계산한 금액을 입금하여야 할 부가가치세액에 가산하여 징수한다.

⑧ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 스크랩등을 공급한 스크랩등사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다.

⑨ 관할 세무서장은 해당 예정신고기간 및 확정신고기간 중 스크랩등의 매출액이 스크랩등의 매입액에서 차지하는 비율이 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우에는 환급을 보류할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 환급받을 세액이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 경우

2. 체납이나 포탈 등의 우려가 적다고 인정되는 대통령령으로 정하는 경우

⑩ 제3항에 따라 부가가치세를 입금받은 제3항 본문에 따른 대통령령으로 정하는 자는 제8항에 따라 공제하거나 환급받을 세액에 가산한 후의 부가가치세액을 매 분기가 끝나는 날의 다음 달 25일까지 국고에 납부하여야 한다.

⑪ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액은 「국세기본법」 제51조 제1항에도 불구하고 공급받은 자에게 환급하여야 한다.

⑫ 국세청장은 부가가치세 보전을 위하여 필요한 경우 스크랩등을 공급하거나 공급받는 사업자 또는 수입하는 사업자에게 세금계산서 및 세금계산서합계표의 작성 및 제출에 관한 명령을 할 수 있다.

⑬ 스크랩등거래계좌 사용 대상 스크랩등사업자의 범위, 스크랩등거래계좌 입금 방법, 입금된 부가가치세액의 처리, 스크랩등 품목을 취급하는 사업자의 부가가치세, 소득세 및 법인세의 신고ㆍ납부에 관한 관리, 세금계산서 등의 작성ㆍ제출 명령 등 제1항부터 제12항까지의 매입자 납부제도를 운영하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 이 건 후발적 경정청구와 관련하여 처분청 검토담당자가 2024년 8월 작성한 경정청구 검토조서에 의하면, 가산세는「조세범 처벌법」상의 형벌과는 입법취지나 성격이 다른 별개의 것으로 청구법인의 매입처인 쟁점거래처가「조세범 처벌법」상 범죄혐의에 대하여 법원의 무죄판결을 받았다 하더라도 이것이 실지거래를 인정하는 것은 아니므로 무죄판결을 근거로 청구법인의 거짓세금계산서 발행 및 수취에 대한 부가가치세법상의 가산세를 감면할 수 없는 것이고(국세청 법령해석과-2327, 2016.7.15.), 청구법인이 법원판결과 관련하여 제기한 가공거래 확정 관련 기납부세액의 부당이득금 반환청구소송에서 법원의 화해권고결정이 내려지자, 처분청이 매입자납부특례규정에 따라 국고계좌로 납부한 2019년 제1기 부가가치세 OOO원, 2018년 제2기 부가가치세OOO원, 2018년 제1기 부가가치세 OOO원을 환급결정한 바 있으며, 기존 공제감면세액 OOO원은 당초 부가가치세 경정시 기납부세액으로 반영한 사실이 있다고 기술한 것으로 나타난다.

(2)청구법인이 제출한 쟁점거래처에 대한 형사판결문(대법원 2024.4.12. 선고 OOO 판결, 서울고등법원 2023.9.7. 선고 OOO 판결)에 의하면, 여러 증빙자료의 진정성과 증인들 진술의 신빙성에 영향을 미치고 나아가 피고인과 이 사건 매출처가 실물거래를 하지 않고도 실물거래인 것처럼 외관을 형성할 동기에 해당하여 이 사건 폐동거래가 실물거래가 아닐 가능성을 시사하는 간접사실로 볼 수 있으나, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 발급된 것이라는 점에 대한 증명책임은 검사에게 있고, 근본적으로 실물거래 여부의 전제가 되는 이 사건 매출처의 거래당사자 확정은 사법적 관점에서 거래의 전 과정을 구체적으로 살펴서 다른 어떠한 유형의 거래와 동일한 기준으로 판단할 문제라고 하면서, 위에서 본 사정만으로 이 사건 폐동거래에 앞서 쟁점거래처와 이 사건 매출처 사이에 수수된 자료, 이 사건 매출처가 작성한 계량확인서, 계근표, 하차장면을 촬영한 사진, 쟁점거래처가 작성한 계량표, 쟁점거래처 앞으로 발급된 운송업체의 세금계산서 등 방대한 양의 증빙자료를 두고 세무조사와 수사에 대비하여 미리 작성해둔 자료일 뿐 실물거래임을 뒷받침하는 자료가 아니라고 하거나 이 사건 폐동거래의 시작과 개별거래의 전 과정에 관한 증인들의 증언을 허위라고 단정하는 것은 거래주체들의 내적동기에 따른 허위 외관 형성 가능성에 대한 막연한 의심이나 추측에 기하여 증명책임을 실질적으로 피고인에게 미루는 것으로 형사재판의 기본원칙에 맞지 않다는 등의 이유를 들어 원심을 파기하고 피고인(쟁점거래처 대표)에게 무죄를 선고한 것으로 나타난다.

(3) 조사청의 청구법인에 대한 이 건 조세범칙조사 이후 처분청이 결정결의한 2019년 제1기 부가가치세 결정결의서에 의하면, 세금계산서등가산세 OOO원에서 청구법인이 이 건 심판청구시 공제감면세액으로 차감해야 한다고 주장하는 OOO원을 차감하여 차감고지세액을 산정한 것으로 나타난다.

(4) 청구법인은 쟁점세금계산서가 정당한 세금계산서라는 증빙으로 청구법인이 쟁점거래처 외 다른 매입처로부터 가공매입을 하였다는 이유로 검찰에 고발된 사건과 관련하여, 검찰에서 불기소 처분한 내역이 나타난 불기소 결정서(OOO, 2024.6.10.)를 제출하였는바, 여기에는 증거불충분을 이유로 청구법인과 대표이사 C에게 불기소처분을 한 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서 거래 관련, 쟁점거래처 등에 대한「특정범죄가중처벌등에관한법률」위반(허위세금계산서교부등) 사건에서 법원이 무죄를 선고하였으므로, 이는「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호에 규정하는 후발적 경정청구 사유에 해당하고, 이에 따라 쟁점세금계산서를 정당한 세금계산서로 보아 가산세를 감액경정하여야 한다고 주장하나, 형사사건의 판결은 비록 조세포탈죄에 관한 판결이라 하더라도 그 성립의 판단 및 적정한 처벌을 전제로 하여 소위 범칙소득금액을 확정하는 것이므로 양자는 그 목적을 달리하고, 그 확정을 위한 절차도 별도로 정해져 있을 뿐만 아니라 형사사건의 확정판결만으로는 사법상의 거래 행위가 바로 무효로 되거나 취소되지는 않기 때문에 형사사건의 판결은 위 규정상의 판결에 포함되지 않는다고 봄이 상당한 점(조심 2024서2620, 2024.6.18. 외 다수, 대법원 2009.1.30. 선고 2008두21171 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 제출한 쟁점거래처에 대한 형사판결문을 보면, 범죄사실에 대한 증명이 부족하고, 입증책임을 실질적으로 피고인에게 미루었다는 취지로 무죄를 선고한 것으로 나타나, 당해 판결만으로는 쟁점세금계산서 거래 등이 실물거래가 동반된 정상거래라고 단정하기는 어려운 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(6) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 조특법상 매입자납부특례규정에 따라 납세의무자로서 납부한 쟁점매입자납부특례세액(OOO원)과 기존 공제 및 감면세액 OOO원을 합한 금액인 OOO원에서 경정될 가산세 OOO원을 차감한 금액은 청구법인에게 환급되어야 한다고 주장하나, 쟁점매입자납부특례세액은 처분청이 법원 화해권고결정에 따라 기 환급한 것으로 확인되고, 공제감면 세액은 부가가치세(가산세) 경정시 기납부세액으로 공제한 것으로 나타나므로 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.