이유
1. 처분개요

가. 청구인은 1980.1.19., 1994.1.5. 각 취득한 충청남도 논산시 OOO(2필지를 이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여, 2014.6.25. 조카인 a 외 1명(이하 “매수인”이라 한다)과 a이 대표이사로 있는 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)을 상대로 쟁점토지 무단점유를 이유로 ‘토지인도청구의 소’를 제기하였고, 대전지방법원(논산지원)은 2015.8.31. 조정조서(사건명은 ‘2014가단21185 토지인도’로 이하 “이 건 조정조서”라 한다)의 성립으로 OOO원에 매매계약이 성립되어 2024.5.17. 잔금청산 완료 후 2024.6.26. 처분청에 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 이후 청구인은 2024.8.22. 처분청에 경정청구를 하여, 쟁점토지 양도는 장기할부조건이므로 그 양도시기를 매수인이 점유하여 사용ㆍ수익한 날(2015.9.1.)로 보아야 하고, 당초 신고ㆍ납부한 양도소득세는 국세부과제척기간(7년)을 경과하였으므로 2024년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 청구하였으나, 처분청은 2015.9.1.은 매수인이 아닌 임차인인 쟁점법인이 점유.사용한 것이므로 그 양도시기를 잔금청산일 및 소유권이전등기접수일인 2024.5.17.로 보아 2024.10.30. 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.11.11. 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지의 양도시기는 인도일.사용수익일(2015.9.1.)로 보아야 한다.

(가) 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제3호에 따르면, 장기할부조건의 경우 양도시기는 소유권이전등기 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날이다.

(나) 이 건 조정조서(2015.8.31.)에 따르면, 매수인은 2015.9.1.부터 쟁점토지의 무상 점유를 매도인이 허락하도록 되어 있는데(제4호 가항), 청구인(매도인)은 매수인에게 무상 점유사용을 허락하여 쟁점법인이 현재까지 사업장으로 사용하고 있다.

(다) 매수인은 2015.9.1. 이전부터 청구인(매도인)의 허락없이 냉동창고 등을 건축하여 실제 대추판매를 위한 사업 목적으로 사용하였고, 일부 건물은 충청남도 논산시에서 건축한 소매점 건물로서 2015.9.1. 이전부터 쟁점법인이 점유하고 대추판매 조합사무실 및 대추판매장으로 사용하였으나, 이 건 조정조서로 2015.9.1.부터 합법적으로 매수인의 지위에서 점유사용하게 된 것이다.

(라) 이 건 조정조서 제3호에 따르면 원고는 ‘2015.12.31.까지 피고로부터 계약금 OOO원을 지급받으면, 그로부터 5일 이내에 피고에게 아래의 사항을 이행한다고 하면서 (가) 제1항 기재 각 부동산에 설정된 지상권, 저당권 등 일체의 용익물권과 담보물권을 말소 한 다음 피고에게 2015.8.31.자 매매계약을 원인으로 하는 소유권이전청구권가등기절차를 이행한다’라고 한 사실을 보면 매수인이 사용 수익하는데 장해가 될 수 있는 용익물권, 담보물권 등을 매도인이 책임지고 제거하여 완전한 사용 수익권을 부여하였다고 할 수 있다.

(마) 처분청은 청구인이 부동산 임대수입에 대하여 2016년 과세기간 부가가치세(간이)를 신고하였다는 의견인데, 청구인은 2013년 이후 2024년까지 임대수입금액에 대하여 부가가치세를 신고한 사실이 없다.

1) 매수인은 청구인과의 재판 과정에서 임대차계약서(2011.7.1.~2013.6.30. 기간 월세 OOO원으로 기재)를 제출하였으나, 청구인은 이를 작성한 사실이 없고, 그 당시 매수인은 청구인 도장을 임의로 사용하여 작성한 것이라고 변론하였다.

2) 2016년 부가가치세(간이) 기한 후 신고는 이 계약서를 근거로 신고된 것으로 추정되나, 청구인은 결코 신고한 사실이 없다.

신고서상 과세표준인 OOO원은 매수인이 제시한 월세계약서에 기재된 월 OOO원과 일치하는데, 기한 후 신고가 되었다면 과세관청은 과세표준 결정을 하고 소득금액 산정을 하였어야 하나, 2016년 부가가치세 과세표준증명원 및 소득금액증명원에는 임대수입금액이나 소득금액이 없는 것으로 확인된다.

(바)쟁점토지의 양도일은 소유권이전 등기접수일(2024.5.17.)에 앞선 매수인의 사용수익일 또는 인도일인 2015.9.1.이고, 국세부과제척기간(7년) 만료일(2023.5.31.)까지 이 건 양도소득세가 부과되지 아니하였고, 그에 따라 「국세기본법」 제26조의2에 따른 납세의무도 소멸되었다.

(사) 따라서 이 건 경정청구는 청구인이 착오로 양도소득세를 잘못 신고ㆍ납부한 것이므로 처분청이 이를 거부하는 것은 위법ㆍ부당하다.

(2) 처분청의 납세자가 신의성실원칙에 위반하였다는 의견은 다음과 같은 이유들에 비추어 받아들일 수 없다.

(가) 법원 판례에서 널리 정립된 납세자의 신의성실 원칙 적용 요건은 ‘① 납세자의 객관적으로 모순되는 행태가 존재할 것, ② 그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인할 것, ③ 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있을 것’이다.

(나) 청구인이 당초 쟁점토지의 양도시기에 대한 판단을 착오하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하였는데, 이를 납세자의 모순 행태로 볼 수 있을지라도 소득세법령과 등기 절차를 악용하여 조세를 탈루하는 등의 심한 배신행위로 볼 수 없다.

(다) 특히 이 건 조정조서는 공개된 사항으로 처분청은 가등기신청서 부본 등에 의해 매매예약 사실을 충분히 인지할 수 있었다.

납세자가 본래의 과세요건을 은폐하거나 과세관청의 과세권 행사를 방해하기 위한 부정행위가 없었고, 과세관청이 실질조사권을 가진 우월한 지위에서 과세를 하지 아니한 것이므로 이에 기하여 보호해야 할 과세관청의 신뢰는 없다.

(라) 처분청은 양도물건의 객관적인 소유권 변동여부를 확인할 수 있는 시점이 잔금청산 후 매매등기일로, 이러한 거래를 용인할 경우 대금 지급의 기간을 장기로 하여 부과권을 행사할 수 없는 문제가 발생한다는 의견이다.

하지만 쟁점토지의 부동산등기부등본상 이 건 조정조서의 제3호에 따라 매수인이 계약금 지급 후에 2015.12.30. 매매예약에 의한 가등기를 2017.5.24. 접수한 것이 확인되고, 이러한 사실은 「부동산등기법」 제63조 등 규정에 의거 과세관청에 통보된다.

그럼에도 처분청은 가등기 신청서와 부속서류(계약서)를 확인하였으면 과세요건을 포착하여 과세할 수 있었을 텐데, 이를 해태하여 과세하지 못한 것이다.

(마) 따라서 청구인이 신의성실원칙을 위배하였다는 처분청 의견은 타당하지 않다.

나. 처분청 의견

(1)쟁점토지의 양도시기는 잔금청산일ㆍ소유권이전등기일(2024.5.17.)로 보아야 한다.

(가) 「소득세법」상 양도일로 보는 사용수익일이란 단순한 부동산의 이용을 의미하는 것이 아닌 부동산 이전등기, 인도 등에 갈음할 정도의 소유권 변동을 위한 행위가 있거나 거래대금 지급 및 점유 등 거래진행 상황이 이루어진 후로 보는 것이 타당하다.

(나) 쟁점토지 지상에 매수인이 아닌 쟁점법인이 그 지상에 냉동창고, 작업장 등으로 사용하고 있어 실질적인 사용수익자는 쟁점법인으로 보인다.

(다) 쟁점토지는 실질적인 소유권이 매수인에게 이전되어, 매수인이 사용수익한 것이 아닌 임차인이 무상으로 사용한 것으로 보이므로 양도시기는 사용수익일이 아닌 잔금청산일(2024.5.17.)로 보아야 한다.

(라) 청구인은 2011.11.1. 쟁점토지에 부동산 임대사업자로 등록한 후 현재까지 계속사업자로 되어 있고, 2016년 부동산 임대소득까지 부가가치세를 신고하였던 것으로 미루어 보아 2017년부터 양수인이 쟁점토지를 사용수익한 것으로 보면, 이 건 양도소득세 신고ㆍ납부는 국세부과제척기간(7년) 내에 해당된다.

(2) 쟁점토지의 양도시기를 잔금청산일(2024.5.17.)이 아닌 사용수익일(2015.9.1.)로 보게 된다면 이는 「국세기본법」 제15조에 따른 신의성실 원칙에 반한다.

(가) 청구인의 주장을 인정한다면, 등기 제도를 악용하게 되어 제3자를 위하여 목적물의 권리내용을 명백히 하고, 예측하지 못한 손해를 입히지 않도록 하는 등기제도의 취지를 형해화하게 된다.

(나) 뿐만 아니라 양도소득세의 포탈사실을 알고 있으면서도, 양도시기가 도래하지 않았다고 신뢰하여 조세의 부과ㆍ징수권을 행사하지 않고 있었던 과세관청을 기망하게 되어 납세자의 신의성실의 원칙에 반하게 된다.

(다) 쟁점토지의 소유권이전등기 접수일이 2024.5.17.임에도 9년 전인 2015.9.1. 사용수익이 되었다고 보게 된다면, 대금지급을 장기화하는 양도거래 시 국세부과제척기간 경과로 과세관청으로서는 부과권을 행사할 수 없게 되는 문제가 발생되어 양도소득세 과세체계의 근간을 훼손하게 된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 장기할부조건으로 양도하였으므로 그 사용수익일(2015년 귀속)을 양도시기로 보아 국세부과제척기간(7년)이 경과한 당초 양도소득세(2024년 귀속) 신고를 취소하고 과오납금을 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점법인은 등기사항전부증명서에서 주사무소를 쟁점토지 소재지로 하고, ‘농업 경영 및 부대사업, 대추나무 식제사업, 대추 가공 및 판매업, 농산물 전자상거래 및 통신판매업’을 목적사업으로 하여 2011.6.2. 설립되었고, 대표이사는 매수인(a)으로 확인된다.

(2) 이 건 양도소득세 신고내역 및 경정청구와 그 거부사유는 다음과 같다.

(가) 청구인은 2024.5.17. 쟁점토지를 양도한 것으로 하여 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

(나) 청구인은 2024.8.22. 처분청에 경정청구를 하여, 쟁점토지의 양도시기를 매수인의 사용수익일인 2015.8.31.로 보아 이에 따라 2015년 귀속에 대한 양도소득세는 국세부과제척기간(7년) 만료일(2023.5.31.)이 경과하였으므로 세액을 전액 감액경정하고, 기납부세액 전액을 환급 청구하였다.

(다) 처분청은 2024.10.30. 청구인에게 2015.9.1.에는 임차인인 쟁점법인이 사용ㆍ수익한 것이므로 양도시기는 잔금청산일 및 소유권이전등기일인 2024.5.17.이므로 당초 양도소득세 신고는 국세부과제척기간 내 적법하다고 보아 이 건 경정청구를 거부하였다.

(3) 청구인(원고)은 2014.6.5. 대전지방법원(논산지원)에 매수인과 쟁점법인을 피고로 하여 쟁점토지의 ‘토지인도 청구의 소’를 제기하였고, 그 법원 소장에서 다음과 같이 쟁점토지의 양도 경위 등이 확인된다.

(가) 청구인은 1985.1.24. 쟁점토지 위에 농산물 보관창고를 축조하여 매수인의 부친(청구인의 형)과 20년 이상 공동으로 대추 건조 및 판매업을 운영해 왔다.

(나) 1990년 후반부터 대추판매점의 운영을 매수인에게 위탁하여 매수인으로 하여금 관리 운영하게 하였으며, 이후 매수인은 쟁점토지 위에 창고 건물 등을 무단(불법)으로 설치하였으며, 2012년경부터 피고 쟁점법인(영농법인)을 설립하여 대추 도소매점을 운영하며 많은 이익을 얻어왔다.

(다) 이에 청구인은 쟁점법인에게 철거에 앞서 퇴거할 의무가 있고, 매수인에게도 임대료 상당의 부당이익금 반환 및 쟁점토지 위에 무단 설치한 건축물을 철거하고 토지 반환을 요구하는 본건 소를 제기하였다.

(4) 청구인은 위 ‘토지인도청구의 소(2014.6.5.)’를 제기한 결과, 이 건 조정조서(2015.8.31.)가 다음과 같이 성립되었다.

청구인은 이 건 조정조서 내용대로 매수인으로부터 청구인 명의 OOO 계좌(461070-**-039***)로 매매대금 OOO원을, 2015.12.31. OOO원, 2017.4.25.부터 2024.5.17.까지 매년 OOO원씩으로 하여 각 지급받았다.

(5) 쟁점토지의 매매계약서(2024.5.7.) 및 부동산 등기사항전부증명서 등에서 확인되는 사항은 다음과 같다.

(가) 아래의 쟁점토지(2필지)에 대한 매매계약서(2024.5.7.)는 청구인과 매수인이 필지별로 각각 작성하였고, 2024.5.20. 잔금 및 인도하는 것으로 하였다.

(나) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면, 매수인은 2017.5.24. 매매예약(2015.12.30.)을 등기원인으로 하여 소유권이전청구권가등기를 접수하였고, 2024.5.17. 청구인으로부터 소유권이전등기를 경료하였다.

(다) 쟁점토지 중 OOO에 지상건물이 있고, 부동산등기사항전부증명서에 의하면, 2012.7.20. 충청남도 논산시에서 소유권보존등기를 하였다.

위 건물에 대하여, 청구인은 OOO지역이 대추특산지로 소문이 나자, 충청남도 논산시에서 대추판매를 지역특화산업으로 육성하고자 청구인의 승낙하에 건물을 축조해 주어 대추가공 판매점을 제공하였다고 설명하고 있다.

(라) 이 건 조정조서에 첨부된 감정참고도에 의하면, 쟁점토지는 2필지가 연접해 있고, 그 위에 냉동창고와 쟁점법인의 사업용 건물이 있는 것으로 기재되어 있다.

(마) 쟁점토지의 현장사진(2024.2월)에 의하면, 쟁점법인이 점유.사용하는 것으로 확인된다.

(6) 처분청이 제출한 청구인과 매수인의 쟁점토지에서의 사업내역은 다음과 같다.

(가) 청구인은 쟁점토지에 2011.11.1.을 개업일로 하여 부동산임대업(308-**-67***)을 영위하고 있다.

(나) 2016년 과세기간 부가가치세(간이) 기한 후 신고서(2017.3.23.)에 의하면, 부동산임대업의 수입금액으로 OOO원이 기재되어 있고, OOO원 미만으로 납부면제에 해당된다.

(다) 매수인이 대표이사로 있는 쟁점법인은 2011.11.1.을 개업일로 하여 쟁점토지에서 농산물 도매 및 소매업을 영위하고 있다.

(7) 청구인이 항변 과정에서 추가로 제출한 서류는 다음과 같다.

(가) 청구인이 제출한 2012~2016년 과세기간에 대한 부가가치세 과세표준증명원(2025.2.3. 발급)에 의하면, 쟁점토지를 사업장으로 한 부동산임대업의 과세매출이 2012.1.1.~2012.6.30. 기간 동안에 OOO원이 있는 것으로 기재되어 있고, 2013~2016년에는 부가가치세 매출이 없는 것으로 기재되어 있다.

(나) 청구인의 2015ㆍ2016년 귀속 소득금액증명원(2025.1.18. 발급)에 의하면, 부동산 임대소득은 없고, 연금소득만 발생한 것으로 기재되어 있다.

(다) 매수인이 2025.1.10. 작성한 사실확인서에 의하면, 매수인이 청구인과의 ‘토지인도 청구의 소’와 관련하여 2015.8.31. 이 건 조정조서와 같이 매매계약이 성립되었고, 동 조서내용에 따라 본인이 무상사용하였으며, 청구인(원고)에게 토지의 사용에 따른 어떠한 대가를 지급한 사실이 없고, 2024.5.17. 매매잔금이 이행되어 토지를 취득하였음을 확인해 주고 있다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 쟁점토지의 양도방식이 장기할부조건에 해당하고, 매수인이 2015.9.1.부터 쟁점토지를 인도받아 사용.수익하였으므로 그 양도시기는 2015년에 해당하므로 2024년 귀속인 이 건 양도소득세는 취소되어야 하고, 이에 따른 과오납금을 환급하여야 한다고 주장한다.

(나) 「소득세법」제98조 전단, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제3항 제1호 및 제2호를 보면, ‘계약금을 제외한 해당 자산의 양도대금을 2회 이상으로 분할하여 수입할 것(제1호)’ 및 ‘양도하는 자산의 소유권이전등기접수일.인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것(제2호)’의 요건을 모두 갖춘 경우에 자산의 장기할부조건 매매로 그 양도.취득시기는 소유권이전등기접수일.인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 규정하고 있다.

(다) 쟁점토지의 경우, 매매계약서상(2024.5.7.)에서 단기간에 계약금을 제외한 잔금을 지급하고 같은 날 해당 부동산을 인도하고 있으며, 장기할부조건의 내용도 담고 있지 아니한 것으로 보이는 점, 부동산 등기사항전부증명서에서 대금이 청산한 날에 소유권이전등기가 경료된 것으로 보아 일반적인 양도거래와 크게 다르지 아니한 것으로 보이는 점, 이 건 조정조서는 당사자 간의 원활한 합의를 이끌어 내기 위한 제도로서, 그 성립만으로 부동산 매매계약이 장기할부조건으로 전환되었다고 보기는 어려워 보이는 점, 청구인과 매수인은 특수관계인의 자에 해당하고, 쟁점법인이 쟁점토지를 사용ㆍ점유하고 있는 것으로 미루어 볼 때 이 건 조정성립으로 매수인이 2015.9.1.부터 쟁점토지를 인도받거나 사용수익하게 되었는지가 불분명해 보이는 점 등에 비추어, 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(라) 따라서 처분청이 쟁점토지의 양도시기를 2024.5.17.로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. (단서 생략)

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 : 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

(2) 소득세법

제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(3) 소득세법 시행령

제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

(4) 소득세법 시행규칙

제78조(장기할부조건의 범위) ③ 영 제162조 제1항 제3호에서 “기획재정부령이 정하는 장기할부 조건”이라 함은 법 제94조제1항 각호에 규정된 자산의 양도로 인하여 해당 자산의 대금을 월부ㆍ연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것중 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 계약금을 제외한 해당 자산의 양도대금을 2회 이상으로 분할하여 수입할 것

2. 양도하는 자산의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것

(5) 부동산등기법

제63조(과세자료의 제공) 등기관이 소유권의 보존 또는 이전의 등기[가등기(假登記)를 포함한다]를 하였을 때에는 대법원규칙으로 정하는 바에 따라 지체 없이 그 사실을 부동산 소재지 관할 세무서장에게 통지하여야 한다.

(6) 부동산등기규칙

제120조(소유권변경사실 통지 및 과세자료의 제공) 법 제62조의 소유권변경사실의 통지나 법 제63조의 과세자료의 제공은 전산정보처리조직을 이용하여 할 수 있다.