이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.12.2. 서울특별시 성북구 상월곡동 85-11 외 4필지 및 그 지상 주택들(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 매매를 원인으로 취득한 후, 「지방세법 시행령」제28조의2 제2호에서 규정한 중과배제 대상인 「공공주택특별법」제43조 제1항에 따른 공공매입임대주택에 해당한다고 보아 「지방세법」제13조의2 제1항에 따른 중과세율을 배제하고 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 116,667,000원(아래 ＜표＞ 참조)을 신고·납부하였다.

＜표＞ 쟁점주택 내역

(단위 : 원)

○○○

나. 처분청은 2024.1.10. 청구법인이 쟁점주택 취득 후 2년 내에 임대를 개시하지 아니한 사실을 확인하고, 「지방세법 시행령」제28조의2 제2호 단서가 규정하고 있는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 2년이 경과할 때까지 공공매입임대주택으로 공급하지 아니한 경우에 해당하여 청구법인의 쟁점주택 취득은「지방세법」제13조의2 제1항에 따른 중과세율 적용 대상에 해당한다고 보아, 2024.2.15. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.4.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점주택의 공급시점은 중과세율 적용 취지 및 정부경영평가편람에 따라 건축허가 시점으로 보아야 하므로, 청구법인은 쟁점주택을 2년 내에 공급한 경우에 해당한다.

(가) 「지방세법 시행령」제28조의2 제2호 단서는 정당한 사유없이 취득일로부터 2년 이내에 공공매입임대주택으로 공급하지 않는 경우에는 중과세율을 적용하도록 규정하고 있다.

이와 관련하여 지방세법령에서는 “공급”에 관한 별도의 정의가 없는 가운데, 「공공주택 특별법」상 매입임대주택은 전월세시장 안정, 서민의 주거안정 등을 위헤 국토교통부에서 매년 공급계획을 수립하고, 공급실적에 따라 주택도시기금 예산배정을 받는다. 국토교통부는 계획 범위 내에서 공급될 수 있도록 월 단위 공급실적 점검을 추진하고 있으며, 이 때 공급실적 기준은 「공공기관 운영에 관한 법률」 제48조 제5항에 따라 기획재정부장관이 정하는 공공기관 정부경영평가편람에 따라 정해진다. 위 평가편람에 따르면 공공리모델링을 통한 매입임대주택은 당해연도 건축허가 호수를 기준으로 실적을 평가하고 있다.

한편, 취득세를 중과하는 「지방세법」제13조의2 개정이유는 주택 실수요자를 보호하고 투기수요를 근절하기 위하여 법인이 주택을 취득하는 등의 경우 취득세를 중과하는 것이지만, 청구법인의 공공리모델링 사업은 전월세 시장 안정, 서민 주거복지 강화 등을 위한 공공사업으로서 주택 시세 차익을 위한 주택 매입과는 무관하다. 특히 대상 주택 매입 후 건축허가를 받으면 정부경영평가와 주택도시기금의 예산을 배정받으므로, 건축허가 이후에는 시세 차익을 목적으로 한 임의적인 매각이 불가능하다. 따라서 위 법령의 취지를 고려할 때, 「지방세법 시행령」제28조의2 제2호 단서에서 “공급”이라 함은 건축허가 시점으로 보아, 그 이후의 사건은 중과세율 적용 여부에 영향을 미치지 않는 것으로 해석함이 타당하다.

(나) 청구법인은 2020.12.2. 쟁점주택을 취득하여 2022년 9월 중 건축허가를 받았으므로, 취득일로부터 2년 이내 공급된 공공매입임대주택에 해당하고, 이후 청구법인이 임대주택사업을 목적으로 계속 보유하고 있으므로, 「지방세법 시행령」제28조의2 제2호 단서에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

(2) 설령 쟁점주택이 취득일로부터 2년 이내에 공급되지 않은 것으로 보더라도, 이에 대한 정당한 사유가 있으므로, 「지방세법 시행령」제28조의2 제2호 요건을 충족한다고 보아야 한다.

(가) 대법원에서 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유 뿐만 아니라 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유 또한 포함되는 것으로 판단하였으며, 추가적으로 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성과 세금 경감의 입법취지, 준비기간의 장단, 법령 및 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 판단하여야 한다고 판시하고 있다(대법원 2017.8.18. 선고 2017두42293 판결).

(나) 쟁점주택과 관련하여, 우선 청구법인은 「한국토지주택공사법」에 따라 국민 주거생활의 향상과 국토의 효율적인 이용을 도모하여 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 설립된 공공기관으로, 청구법인이 영위하는 사업에서의 주택 취득은 시세차익을 위한 주택 투기와는 무관하다. 따라서 투기 수요를 막기 위해 법인의 주택 취득시 중과세율을 적용하는 「지방세법」제13조의2 규정을 청구법인에게 적용함은 공익성과 입법취지에 비추어 적합하지 않다.

(다) 또한, 노후주택 등을 매입하여 리모델링하여 공급가능한 상태의 주택으로 만든 후, 일정 절차에 따라 임대하는 공공리모델링 사업은 당초 주택 매입부터 실제 입대일까지 걸리는 기간이 건축허가(3개월∼1년 내외), 건축기간(6개월∼2.5년 내외), 입주자 모집기간(6개월 내외) 등을 고려할 때 일반적으로 취득일로부터 2년 이내에 실수요자에게 임대하는 것은 현실적으로 어려운 일이다.

더욱이, 정부의 계속적인 임대주택 공급 확대 정책에 따른 공급물량 증가분을 현실적으로 청구법인이 대부분 소화해야 하지만, ① 지역본부 내 기술직 실무담당인원의 부족으로 공공리모델링 사업 수행은 계속적인 인력난에 직면하였던 점, ② 공공리모델링 방식은 소규모, 분산된 현장 등으로 주택공급의 효율이 떨어짐에 따라 청구법인은 신속하게 물량을 공급할 수 있는 매입약정방식에 집중할 수 밖에 없었고, 이에 쟁점주택을 취득한 직후인 2021년부터 2022년까지 공공리모델링 사업을 한시적으로 중단하였던 점, ③ 이런 상황속에서도 인력난 등의 문제점을 해결하기 위해 토지의 면단위 개발, 공용주차장 활용, 순수리모델링 검토, 모듈러주택 시범사업 검토, 신사업방식의 사업검토 등 다각도의 노력을 하였던 점, ④ 이와 같은 노력을 하였음에도 불구하고 쟁점주택을 취득 후 2년 이내에 공공매입입대주택으로 공급하지 못하였던 점 등을 고려할 때, 정당한 사유에 해당한다고 봄이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세법 시행령」제28조의2 제2호 단서 규정에서 ‘공급’이란 분양 또는 임대하는 경우를 의미한다고 봄이 타당하므로, 청구법인과 같이 쟁점주택 취득 후 2년 이내에 쟁점주택을 임대하지 못한 경우에는 중과세율 적용 대상으로 봄이 타당하다.

(가) 청구법인이 ‘공급’을 건축허가 시점으로 보아야 한다고 주장하는 근거로 제시하고 있는 기존주택 등 매입입대주택 업무처리지침 또는 정부경영평가편람은 내부적인 업무 기준에 해당하므로 지방세법령에서 이를 그대로 준용할 수 없다.

(나) 한편, 「부가가치세법」에서는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 과세대상으로 삼고 있어 그 정의를 살펴보면, 제9조 제1항에서 ‘재화의 공급’은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것을 뜻하고, 제11조 제1항에서 ‘용역의 공급’은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 역무를 제공하거나, 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것으로 규정하고 있고, 「주택법」제2조에서는 ‘공급’의 정의에 대하여 「주택법」제54조의 적용대상이 되는 주택을 분양 또는 임대하는 것을 말한다고 규정하고 있는 점에 비추어, 법령용어상 ‘공급’은 대상물을 인도 또는 양도 내지는 이전하여 타인에게 대상물이 주어지는 것으로 이해되며, 부동산의 경우 분양 또는 임대하는 경우가 그에 해당하는 것으로 보는 것이 타당해 보이는바, 청구법인의 주장처럼 건축허가를 받은 것만으로는 주택을 타인에게 인도 등을 하여 ‘공급’하였다고 보기는 어렵다 할 것이다.

(2) 청구법인의 경우 공공리모델링 사업은 건축허가, 건축기간, 입주자 모집 등의 절차를 이행하기 위해서는 상당한 시일이 소요된다는 사실을 충분히 예측할 수 있었고, 청구법인이 예측할 수 없는 외부적인 사유도 존재하지 아니하며, 인력난·사업계획 변경 등은 내부적인 사유에 불과하므로 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 「지방세법 시행령」제28조의2 제2호가 규정하고 있는 “공급”은 “건축허가”를 의미하므로, 청구법인은 같은 호 가목에 따른 추징대상에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

② 청구법인은 쟁점주택을 2년 이내에 공공매입임대주택으로 공급하지 아니한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 2009.10.1. 「한국토지주택공사법」에 따라 토지·주택 및 도시의 개발정비·관리 등을 통하여 국민주거생활의 향상과 국토의 효율적인 이용을 도모하여 국민경제의 발전을 기여할 목적으로 설립된 공기업이다.

(나) 청구법인은 2020.12.2. 쟁점주택을 취득하고 취득세 등 합계OOO원을 신고·납부하였다.

(다) 청구법인이 2021.1.19. 작성한 2021년 민간매입약정 추진방안 관련 문서는 다음과 같다.

＜2021년 민간매입약정 추진방안 부분 발췌＞

○○○

(라) 청구법인은 2022.9.7. 쟁점주택 리모델링을 위한 건축허가를 받았다. (쟁점주택 취득일인 2020.12.2.로부터 약 1년 9개월 경과)

(마) 청구법인이 쟁점주택의 취득일로부터 2년이 경과한 시점에 쟁점주택을 공공매입임대주택으로 수요자들에게 임대하지 아니한 사실은 처분청과 다툼이 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 「지방세법 시행령」제28조의2 제2호 가목은 정당한 사유 없이 그 취득일부터 2년이 경과할 때까지 공공매입임대주택으로 공급하지 아니한 경우에는 「지방세법」제13조의2 제1항 제1호에 따른 중과세율을 적용하도록 규정하고 있는데, 여기에서 “공급”이란 “건축허가”를 의미한다 할 것인바, 청구법인과 같이 쟁점주택 취득 후 1년 9개월이 경과한 시점에 리모델링 건축허가를 받은 경우에는 이에 해당하지 아니하므로 취득세 중과대상에 해당하지 않는다고 주장한다.

그러나, 「지방세법 시행령」제28조의2 제2호 본문은 「공공주택 특별법」 제4조 제1항에 따라 지정된 공공주택사업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 공급하기 위하여 취득하는 주택을 「지방세법」제13조의2 제1항 제1호가 규정하고 있는 취득세 중과제외 대상으로 규정하면서, 괄호 안에서 “가목의 경우 신축ㆍ개축하여 공급하는 경우를 포함한다”고 규정하고 있는바, 위 규정 문언상 ‘공급’이란 건축허가 및 신축·개축을 거친 이후에 이루어지는 것을 의미한다고 볼 수밖에 없으므로, 여기서 ‘공급’이란 공공주택사업자가 수요자에게 각 목에서 규정하고 있는 공공매입임대주택 등을 임대하는 경우를 의미한다고 봄이 타당하고, ‘공급’이 ‘건축허가’를 의미한다는 청구주장은 위 규정 문언에 정면으로 반하여 받아들일 수 없다 할 것이다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 공공매입임대주택 사업을 진행할 수 있는 인력부족 등으로 인하여 2년이 경과할 때까지 공급을 하지 못한 것은 정당한 사유에 해당한다고 주장한다.

그러나, 「지방세법 시행령」제28조의2 제2호 가목에서 ‘정당한 사유’란 청구법인이 2년이 경과할 때까지 공공매입임대주택으로 공급하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지ㆍ제한 등의 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 공공매입임대주택으로 공급하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 뜻하는 것(대법원 2020.4.29. 선고 2020두31750 판결, 같은 뜻임)을 의미한다고 할 것이다.

이러한 법리에 비추어 이 건을 살펴보면, 청구법인이 주장하는 인적자원의 한계, 주거복지사업의 효율성 제고, 사업계획 변경 등은 청구법인의 내부적인 사유에 불과하고, 청구법인의 공공매입임대주택 공급 지연 과정에서 행정관청의 사용금지ㆍ제한 등의 외부적인 사유는 존재하지 아니한 점 등에 비추어 보면, 청구법인에게는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다 할 것이다.

(다) 따라서, 청구법인이 정당한 사유 없이 그 취득일부터 2년이 경과할 때까지 공공매입임대주택으로 공급하지 않았다고 보아 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과) ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조제1항제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

1. 법인(「국세기본법」 제13조에 따른 법인으로 보는 단체, 「부동산등기법」 제49조 제1항 제3호에 따른 법인 아닌 사단ㆍ재단 등 개인이 아닌 자를 포함한다. 이하 이 조 및 제151조에서 같다)이 주택을 취득하는 경우 : 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율

⑤ 제1항부터 제4항까지 및 제13조의3을 적용할 때 주택의 범위 포함 여부, 세대의 기준, 주택 수의 산정방법 등 필요한 세부 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령

제28조의2(주택 유상거래 취득 중과세의 예외) 법 제13조의2 제1항을 적용할 때 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 주택(이하 이 조 및 제28조의3부터 제28조의6까지에서 “주택”이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 중과세 대상으로 보지 않는다.

2. 「공공주택 특별법」 제4조 제1항에 따라 지정된 공공주택사업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 공급(가목의 경우 신축ㆍ개축하여 공급하는 경우를 포함한다)하기 위하여 취득하는 주택

가. 「공공주택 특별법」 제3조 제1항에 따라 공급하는 공공매입임대주택. 다만, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 2년이 경과할 때까지 공공매입임대주택으로 공급하지 않거나 공공매입임대주택으로 공급한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우는 제외한다.

나. 「공공주택 특별법」에 따른 지분적립형 분양주택이나 이익공유형 분양주택

(3) 공공주택 특별법

제4조(공공주택사업자) ①국토교통부장관은 다음 각 호의 자 중에서 공공주택사업자를 지정한다.

1. 국가 또는 지방자치단체

2. 「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사

제43조(공공주택사업자의 기존주택등 매입) ① 공공주택사업자는 「주택법」 제49조에 따른 사용검사 또는 「건축법」 제22조에 따른 사용승인을 받은 건축물로서 대통령령으로 정하는 규모 및 기준의 주택 등(이하 “기존주택등”이라 한다)을 매입하여 공공매입임대주택으로 공급할 수 있다.