이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2018.10.18. 설립된 학술연구단체로서, 2018.9.17. AAA주식회사(이하　“AAA”라 한다)로부터 서울특별시 강남구 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 무상출연받고, 2018.11.8. 소유권이전등기를 완료하였으며, 2018.11.2. 쟁점토지의 과세표준을 OOO원으로 하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원을 감면적용없이 신고·납부하였다.

나. 이 후 청구법인은 쟁점토지가 학술연구사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당하므로 「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것, 이하 “지특법”이라 한다)에 따른 취득세 감면대상이라고 주장하면서 2023.11.6. 처분청에 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.12.20. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.3.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

학술연구단체인 청구법인이 무상출연받은 쟁점토지는 학술연구사업에 직접 사용하기 위한 부동산에 해당하므로 지특법 제45조에 따른 취득세 감면대상에 해당한다.

(1) 지특법 제45조 제1항은 대통령령으로 정하는 학술연구단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2019.12.31.까지 취득세를 면제하고 있는바, 청구법인은 「민법」 및 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 학술연구단체로서, 이는 공익법인 결산서류로 공시되어 있고, 실제 다양한 국제 학술포럼 등의 학술행사를 주최 및 지원하고 있다.

(2) 쟁점토지에는 지상권이 설정되어 있는 건물이 있고, 이에 따라 지료 수입이 매분기 발생하고 있으며, AAA가 쟁점토지를 기부한 이유는 청구법인으로 하여금 쟁점토지에서 발생하는 지료 수입을 학술연구 사업에 활용하도록 하기 위한 것이었고, 이에 따라 청구법인은 해당 지료 수입을 국제학술사업, 지식나눔사업, 연구사업 등 학술연구단체에 사용하고 있다.

(3) 학술연구단체는 당초부터 그 자산운용수익 등을 통하여 학술연구지원금으로 사용하는 것이 목적사업에 해당하고, 이는 지특법 제2조 제1항 제8호에 따른 ‘직접 사용’에 해당한다. 다수의 예규에서 임대수익을 공익법인 등의 고유목적에 사용하는 것은 「상속세 및 증여세법」 제48조 및 같은 법 시행령 제38조 제2항의 ‘직접 공익목적사업에 사용’하는 것으로 인정하고 있는바, 지상권 설정으로 인한 지료 수입을 학술연구 사업에 활용하고 있는 청구법인은 쟁점토지를 고유업무에 직접 사용한다고 보아야 한다.

(4) 청구인은 처분청의 답변에 대하여 쟁점토지는 지상권이 설정되어 있는 토지로서 임대용 부동산에 해당하지 않고, 지상권의 설정은 부동산 임대와는 구분되며, 소득상으로도 임대소득과 기타소득으로 구분되므로 처분청의 의견은 지상권과 임대차에 대한 법리를 오해한 위법이 있다.

따라서 학술연구단체인 청구법인이 고유 업무에 직접 사용하는 쟁점토지는 지특법 제45조 제1항에 따른 취득세 면제대상으로 보는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 학술연구단체에 해당되나 쟁점토지가 고유업무에 직접 사용되는지 여부를 살펴보면, 쟁점토지는 청구법인이 취득하기 전에 이미 2010.10.1.부터 건물 소유를 위한 지상권이 설정되어 지상권 등기가 경료되었으며, 2012.12.27. 건물 신축 및 소유권등기까지 경료된 상태였을 뿐만 아니라, 위 지상권은 설정기간이 30년으로, 현재 OOO 상의 건물은 재단법인 BBB이 장학사업 목적의 건물로서 2012.12.19. 취득하여 현재까지도 장학사업으로 감면 적용을 받고 있다.

청구법인은 쟁점토지를 취득하여 임대수익으로 학술연구를 진행한다고 주장하나, 2014.1.1. 개정된 지특법에 “‘직접 사용’이란 부동산 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다”는 규정이 신설되어 2014.1.1. 이후 취득하여 제3자에게 ‘임대’하는 부동산은 ‘직접 사용’의 범위에서 제외함이 타당하며, 지특법에서는 임대용 부동산에 대한 감면이 허용되는 경우에는 명문으로 이를 명시하고 있다.

(2) 청구법인은 쟁점토지의 상의 건물을 직접 취득하지 못하였으나, 쟁점토지에서 발생하는 지료수입을 바탕으로 학술연구사업에 사용하고 있다고 주장하며 감면을 주장하나, 청구법인이 제3자에게 임대 또는 위탁하는 방법으로 공익사업에 부동산을 직접 사용한다고 보기 위해서는 청구법인이 해당 부동산을 그 사업수행에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있을 정도의 제3자에 대한 지휘, 통제 및 관리·감독의 권한을 가지고 있어야 ‘직접 사용’으로 볼 수 있을 것인바, 건물소유자인 재단법인 BBB이 건물을 임대 및 직접 사용중인 것으로 확인되므로 청구법인이 쟁점토지에 대한 지료만을 받아서 학술목적으로 사용한다고 하여 쟁점토지를 직접 사용한다고 볼 수 없다.

(3) 학술단체 등이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 면제하면서도 그러한 부동산에서 임대용 부동산을 제외한 구 지방세법 제288조에 대하여 헌법재판소는 합헌결정을 내린 바 있고(헌법재판소 2005.2.24. 선고 2003헌바72 전원재판부 결정), 이 건에서도 적용된다고 할 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지는 학술연구단체인 청구법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산이므로 취득세 등을 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2021.12.28., 법률 제18656호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

※ 2023.3.14. 법률 제19232호로 개정된 것

8. "직접 사용"이란 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.

제45조(학술단체 및 장학법인에 대한 감면) ① 대통령령으로 정하는 학술단체가 학술연구사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 학술연구사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2021년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 제45조의2에 따른 단체는 제외한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령

제22조(학술단체의 정의 등) ① 법 제45조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 학술단체”란「학술진흥법」제2조 제1호에 따른 학술의 연구ㆍ발표활동 등을 목적으로 하는 법인 또는 단체로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인 또는 단체를 말한다. 다만, 해당 법인 또는 단체가「공공기관의 운영에 관한 법률」제4조에 따른 공공기관인 경우에는 행정안전부장관이 정하여 고시하는 법인 또는 단체로 한정한다.

1.「공익법인의 설립.운영에 관한 법률」제4조에 따라 설립된 공익법인

2. 「민법」 제32조에 따라 설립된 비영리법인

(3) 학술진흥법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “학술”이란 학문의 이론과 방법을 탐구하여 지식을 생산ㆍ발전시키고, 그 생산ㆍ발전된 지식을 발표하며 전달하는 학문의 모든 분야 및 과정을 말한다.

4. “학술단체”란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인 또는 단체를 말한다.

가. 「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」또는「민법」에 따라 설립된 법인 중 학술활동을 목적으로 하는 법인

(3) 민법

제282조(지상권의 양도, 임대) 지상권자는 타인에게 그 권리를 양도하거나 그 권리의 존속기간 내에서 그 토지를 임대할 수 있다.

제618조(임대차의 의의) 임대차는 당사자 일방이 상대방에게 목적물을 사용, 수익하게 할 것을 약정하고 상대방이 이에 대하여 차임을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인이 학술연구단체에 해당하는 사실에 대해서는 청구법인과 처분청 간 다투지 아니한다.

(나) 쟁점토지의 지상에는 인접하여 같은 동 OOO의 인접토지가 있고, 쟁점토지와 인접토지를 포함한 대지에 지하 5층, 지상 18층 규모의 재단법인 BBB 소유의 건물이 있으며, 재단법인 BBB과 AAA는 쟁점토지에 대하여 2010.10.1. 지상권 설정을 하면서 매 분기마다 재단법인 BBB이 각 토지에 대하여 OOO원의 토지사용료를 지급하기로 약정하였고, 청구법인은 쟁점토지의 소유권 취득 당시 지상권설정자의 지위를 이전받았다.

(다) 청구법인의 등기사항전부증명서에 따르면 청구법인은 aaa을 대표자로 하여 2022.11.4. 설립되었고, 목적사업으로 다음과 같은 사업을 열거하고 있으며, 정관에도 같은 내용의 사업이 열거되어 있다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 지료수입을 수취하여 학술단체인 청구법인의 고유업무에 사용하고 있으므로 지특법 제45조 제1항에 따라 취득세 등을 면제하여야 한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본 이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니되며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인바(대법원 2007.5.10. 선고 2006두16182 판결 등, 같은 뜻임), 청구법인의 고유업무에 지료수취 등이 포함되어 있지 않으므로 청구법인이 지상권설정자의 지위를 이전받아 그 수입을 학술연구 등에 사용하는 경우에 대하여 토지를 “직접 사용”하는 것으로 보기 어렵고, 지특법 제45조 제1항의 “직접 사용”에 청구법인이 아닌 지상권사용자가 사용하는 것까지 포함된다고 보기 어려우며, 2023.3.14. 법률 제19232호로 개정된 규정에서 “임대하여 사용하는 경우는 제외”하는 것으로 명확하게 개정되었는바, 지상권에 대한 지료수입이라고 하여 임대수입과 달리 보기 어려운 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항, 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.