이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.12.22. 경기도 용인시 기흥구 OOO(이하 “이 건 토지”라 한다)를 매매로 취득한 후, 2020.12.23. 처분청에 이 건 토지가 「지방세특례제한법」 제12조 제1항 제2호에 따른 어업법인이 영어ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 감면을 신청하여 취득세의 100분의 50을 경감받고, 나머지 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2024.1.5. 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 정당한 사유없이 감면유예기간(1년) 이내에 해당 용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 경감한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 청구법인에게 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.4.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

청구법인은 해양수산부로부터 내수면 전문유통판매센터 건립 사업자로 선정되어 목적 사업에 맞는 이 건 토지를 취득하였고, 그 토지 지상에 내수면유통판매센터(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축하기 위해서는 인천지방조달청의 건축심의 요건 충족, 2021.12.15. 조기 공사를 위해 건축공사 업체인 주식회사 AAA(이하 “시공사”라 한다)과 건설공사변경계약서 및 합의약정서를 작성, 2021.12.29. 조기 착공 등을 거쳐 현재 시공사에서 실질적으로 공사를 진행하고 있다.

인천지방조달청의 국고보조금 관리 규정지침 및 처분청의 건축 인허가 절차가 조속히 진행되지 않은 것, 코로나-19에 따른 ‘사회적 거리두기’로 인해 최초 건축주인 aaa이 국내에 입국이 어려워 명의변경 지연 등으로 이 건 건축물 신축이 늦어졌으므로 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 해당 용도에 직접 사용하지 못한 것이므로 정당한 사유가 있다고 볼 수 있다.

나.처분청 의견

청구법인의 경우, 이 건 토지를 취득(2020.12.22.)하고 2020.12.23. 어업법인이 유통 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면 신청하여 취득세 등을 경감받았지만, 감면유예기간(1년)이 지나서 건축주 변경(2022.4.19.) 및 건축허가를 변경(2022.9.27.)하였고, 2022. 12.20. 착공한 후 이 건 심판청구일(2024.4.2.) 현재까지 사용승인을 받지 못한 사실이 확인되어 청구법인이 그 기간 이내에 이 건 토지를 당해 용도로 직접 사용하였다고 볼 수 없는 점,

일반적으로 ‘건축’이라 함은 건축허가를 받아 착공신고서를 제출한 후 실제로 건축공사를 진행하는 것을 의미하는 것으로서 건축물을 신축하기 위하여 토목공사 등 준비 작업을 하는 경우까지 포함하는 것은 아니라 할 것이므로 청구법인이 착공신고를 하기 전에 토목공사 등의 준비 작업을 착수하였다고 하여 이를 착공한 것으로 볼 수가 없는 점,

이 건 토지를 청구법인에게 매각한 주식회사 BBB(이하 “매도자”라 한다)가 2018.12.3. aaa으로부터 개발행위허가 지위를 넘겨받은 사실이 확인되므로 코로나-19로 aaa의 입국이 어려웠다는 등의 청구주장은 이유없다 할 것인 점,

청구법인은 2016년에 해양수산부로부터 사업지원 대상자로 선정되었으므로 조달청을 통해 업체를 선정하여야 하고, 이 경우 일정 기간이 소요될 것을 충분히 알 수 있었음에도 불구하고, 개찰일부터 계약일까지 최대 6개월 정도가 소요되어 조달청에서 홈페이지에 게시한 표준행정소요일수보다 약 3개월 정도 더 소요된 사실이 확인되어 진지한 노력을 다하였다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 해당 용도에 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 영농·유통·가공용도에 직접 사용하지 않은 것에 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 서류를 보면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2016.3.17. 민물고기 양식, 유통, 가공, 판매, 위판업 등을 목적사업으로 하고, 대전광역시 유성구 OOO을 본점소재지로 하여 설립된 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 2020.1.2. 대산지방해양수산청장에게 아래와 같이 어업경영체 등록을 한 것으로 확인된다.

○○○

(다) 청구법인은 2020.12.22. 아래 이 건 토지를 BBB 주식회사로부터 취득한 것으로 확인된다.

○○○

(라) 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 처분청에 2020.12.23. 제출한 감면신청서를 제출할 당시 함께 제출한 사용목적확인서를 보면 그 취득목적이 영어, 유통, 가공(민물고기유통판매센터건립, 수산물집하장, 판매장, 체험관)이라고 기재되어 있다.

(마) 해양수산부장관은 2016.5.2. 아래와 같이 청구법인을 한ㆍ중 FTA 피해지원 대책 및 국내산 내수면 수산물의 유통구조 개선을 위한 「내수면 유통판매센터」 건립사업의 사업대상자로 선정하였다.

○○○

(바) 해양수산부장관은 2020.12.17. 아래와 같이 청구법인의 사업계획(변경)을 승인하고, 보조금 교부결정(1차)을 한 것으로 확인된다.

○○○

(사) 처분청은 2022.9.27. 이 건 토지 지상에 이 건 건축물 신축과 관련하여 아래와 같이 건축허가(변경)을 한 것으로 확인된다.

○○○

(아) 처분청은 2022.12.20. 이 건 토지 지상에 이 건 건축물을 신축과 관련하여 아래와 같이 착공신고수리를 통지한 것으로 확인된다.

○○○

(자) 처분청은 2019년도부터 2022년도까지 이 건 토지 지상에서 이 건 건축물 착공행위가 없었다고 주장하며, 처분청이 2019년도부터 2022년도 촬영한 이 건 토지에 대한 아래 항공사진을 우리 원에 제출하였고, 그 항공사진을 보면 나대지 상태인 것으로 확인된다.

(차) 처분청은 2023.9.4. 이 건 토지에 출장한 후 작성한 결과보고서를 보면 아래와 같이 이 건 건축물을 건축중인 것으로 확인된다.

○○○

(카) 해양수산부는 청구법인에게 2023년도 해양수산 국고보조사업 사업지침서를 통보하였고, 그 주요내용은 아래와 같다.

○○○

(타) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 이 건 건축물을 신축하기 위하여 진지한 노력을 다하였다고 주장하며, 그 주요 추진현황을 아래와 같이 우리 원에 제출하였다.

○○○

(파) 처분청은 이 건 심판청구 심리일 현재 이 건 건축물에 대한 사용승인은 되지 않았으나, 청구법인은 이 건 건축물을 사실상 사용한 날(2024.12.2.)을 취득일로 하여 취득세 등을 처분청에 신고·납부한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」 제2조 제8호에서 "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제12조 제1항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 어업법인(이하 이 조에서 "어업법인"이라 한다)이 영어ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2020년 12월 31일까지 경감한다고 하면서 그 제2호에서 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 어업회사법인이라고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서 제1항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 하면서 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우라고 규정하고 있다.

(나) "정당한 사유"라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인 등이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다 할 것이고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 취득자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2009.1.15. 선고 2006두14926 판결, 같은 뚯임).

(다) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 영농·유통·가공용도에 직접 사용하지 않은 것에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 이 건 토지를 취득하기 전부터 해양수산부의 보조금으로 이 건 건축물을 신축하기 위하여는 조달청의 입찰을 통해 시공업체 등을 선정하여야 할 것을 알고 있었을 것으로 보이는 점, 청구법인이 이 건 건축물의 신축이 지연된 것이 해양수산부(국고보조금 지급 등) 및 처분청(건축 인·허가 등) 등 때문인 것으로 보기가 어려워 외부적 사유에 보기가 어려운 점, 조달청에서 2020년 6월경 조경, 전기 등 업체가 선정되었음에도 2020년 12월경 계약을 체결하는 등 이 건 건축물을 감면유예기간(1년) 이내에 해당 용도에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다한 것으로도 보기가 어려운 점, 청구법인은 2020.12.22. 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(1년)을 경과한 2022.12.20.에서야 이 건 건축물 신축을 위한 착공을 하고, 약 4년을 경과한 2024.12.2.에서야 해당 용도에 직접 사용한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 영농·유통·가공용도에 직접 사용하지 않은 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제12조(어업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 어업법인(이하 이 조에서 "어업법인"이라 한다)이 영어ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다.

1. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영어조합법인

2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 어업회사법인

② 어업법인의 설립등기에 대해서는 2020년 12월 31일까지 등록면허세를 면제한다.

③ 제1항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우