이유
1. 처분개요

가. 청구인 aaa(이하 “청구인1”이라 한다)은 주식회사 AAA(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행주식 108,000주의 45%인 48,600주를 소유하고 있었는데, 2021.1.21., 2021.1.22. 청구인1의 특수관계자인 청구인 bbb·ccc(이하 청구인1의 배우자 bbb을 “청구인2”, 청구인1·2의 자녀 ccc을 “청구인3”이라 하고, 청구인1·2·3을 합하여 “청구인들”이라 한다)이 쟁점법인의 발행주식 37,800주(35%)와 21,600주(20%)를 각각 취득하여 청구인들은 쟁점법인의 발행주식의 100%를 소유한 과점주주가 되었다.

나. 처분청은 청구인들이 과점주주에 대한 취득세를 신고·납부하지 아니하자, 주식변동일 현재 쟁점법인이 소유하고 있는 취득세 과세대상 물건의 법인장부상 자산 가액 중 주식소유비율(100%)에 해당하는 OOO원을 과세표준으로 하고「지방세법」제15조 제2항 제3호의 세율을 적용하여, 2023.12.12. 청구인들에게 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2024.3.6. 및 2024.3.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1)「지방세법」제10조 제4항에서는 같은 법 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 하고, 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 한다고 규정하고 있다.

(2) 쟁점법인의 재무상태표상 임대주택채권의 가액은 OOO원(이하 “쟁점채권”이라 한다)으로 일반기업회계기준에 따르면 물건의 성격에 따라 금융리스자산 또는 운용리스자산으로 구분하고 있고, 이는 재고자산의 성격 중 주택채권으로 규정하고 있는바, 재고자산은「지방세법」제10조의 과세표준에서 규정하고 있지 않기에 쟁점채권은 취득세 과세대상이 되지 않는다.

(3) 따라서 쟁점법인의 재무상태표상 간주취득세 과세대상 부동산 등은 차량운반구 OOO원만 존재한다.

(4) 아울러 쟁점법인이 임대주택을 취득하였다고 인정된다면 최초 취득당시 적용한「지방세특례제한법」제31조에 따른 감면을 청구인들에게도 적용하여 취득세 등을 감면해야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인들은 쟁점법인의 재무상태표상 재고자산인 임대주택채권의 계정(쟁점채권)은「지방세법」에 따라 취득세 과세대상에 해당하지 않는다고 주장하나, 이는 받아들일 수 없다.

(가) 우선 청구인들은 청구인들이 쟁점법인의 과점주주에 해당하는 것과 과점주주 간주취득세 납세의무가 성립한 것에 대하여는 별도의 의견이 없다.

(나)「지방세법」제10조에서 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산 등에 대한 과세표준은 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 산출한다고 규정하고 있고, 여기에서 “부동산”은 사업용 고정자산만을 의미하는 것이 아니라 장부상 재고자산으로 부기된 완성건물이나 건설용지도 포함된다 할 것인바(조심 2009지1020, 2010.12.7.), 청구인들의 과점주주 간주취득세 납세의무 성립 당시 쟁점법인의 결산서에는 재고자산 임대주택채권 계정으로 쟁점채권이 기재되어 있어 이는 취득세 과세대상 자산에 해당한다.

(2)「지방세법」제7조 제9항에서 시설대여업자가 건설기계나 차량의 시설대여를 하는 경우에는 대여시설이용자의 명의로 등록하더라도 그 건설기계나 차량은 시설대여업자가 취득한 것으로 본다고 명시하여「지방세법」상 시설대여업자를 금융리스자산의 소유자로 보고 있어, 금융리스자산의 경우에도 과점주주 간주취득세 납세의무가 있는 등 쟁점채권을 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구인들의 주장은 인정하기 어렵다.

(3) 쟁점법인은 구「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따라 광주광역시 광산구 OOO 소재 건축물을 신축·취득하면서 임대주택 등에 대한 감면을 적용받았으나, 이는 소형임대주택의 건설 및 분양을 촉진하려는 데에 입법목적이 있는 것이고, 간주취득 규정이 적용되는 과점주주의 취득세 등을 면제하는 것은 그와 같은 입법목적의 달성과 직접적인 관련이 없으므로, 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 취득하는 경우에 한하여 취득세 등이 감면되는 것일 뿐, 임대사업자인 법인의 과점주주가 간주취득하는 경우까지 취득세 등이 감면된다고 해석할 수 없는바(대법원 2012.2.9. 선고 2011두27506 판결 참조), 청구인들에게 해당 규정을 적용하여 이 건 취득세를 감면하여야 한다는 주장도 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점법인의 장부상 재고자산으로 계상된 쟁점채권을 과점주주 간주취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점법인이 취득세 등을 감면받았다면 청구인들의 과점주주 취득세 등도 감면되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 "부동산등"이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기·등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는「지방세기본법」제44조를 준용한다.

⑨「여신전문금융업법」에 따른 시설대여업자가 건설기계나 차량의 시설대여를 하는 경우로서 같은 법 제33조 제1항에 따라 대여시설이용자의 명의로 등록하는 경우라도 그 건설기계나 차량은 시설대여업자가 취득한 것으로 본다.

제10조(과세표준) ④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다.

제15조(세율의 특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다.

3. 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조 제4항에 따른다.

(2) 지방세법 시행령

제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.

(3) 지방세기본법

제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

(4) 지방세기본법 시행령

제2조(특수관계인의 범위) ①「지방세기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제34호 가목에서 "혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다.

1. 6촌 이내의 혈족

2. 4촌 이내의 인척

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 사람을 포함한다)

4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자로 입양된 사람 및 그 배우자·직계비속

제24조(제2차 납세의무를 지는 특수관계인의 범위 등) ② 법 제46조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 자"란 해당 주주 또는 유한책임사원과 제2조의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

(5) 지방세특례제한법(2015.7.24. 법률 제13448호로 개정된 것)

제31조(임대주택 등에 대한 감면) ①「임대주택법」제2조 제4호에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 "임대사업자"라 한다)가 임대할 목적으로 공동주택(그 부속토지를 포함하되, 해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택과 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는「임대주택법」제2조 제3호에 따른 오피스텔(이하 이 조에서 "오피스텔"이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2015년 12월 31일까지 지방세를 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

2.「임대주택법」제16조 제1항 제1호·제2호·제2호의2 및 제3호에 따른 장기임대 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 임대주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 25를 경감한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인들이 제출한 심리자료에 따라 나타나는 사실관계는 다음과 같다.

(가) 쟁점법인의 2021사업연도 주식등변동상황명세서 등에 따르면, 쟁점법인의 주주변동 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 쟁점법인의 2021사업연도 주주변동 내역

(단위 : 주, %)

○○○

(나) 쟁점법인의 2020사업연도 재무상태표를 보면, 재고자산 항목에 임대주택채권의 계정으로 OOO원(쟁점채권)이 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(다) 쟁점법인은 2015.12.17. 광주광역시 광산구 OOO에 대해 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였고, 해당 부동산의 등기사항전부증명서를 보면, 2015.12.17. 쟁점법인의 명의로 소유권이 이전된 것으로 나타난다.

(2) 일반기업회계기준 해석 [56-90] ‘임대주택건설업자의 임대 후 분양주택에 관한 회계처리’는 임대주택사업 활성화라는 정책적인 목적으로 1999년에 도입되었다가 2024회계년도부터 폐지되었는데, 관련 내용은 아래 ＜표2＞와 같다.

[해석 56-90]

임대주택건설업자의 임대 후 분양주택에 관한 회계처리

1. 목적

이 해석은 임대주택법에 의하여 임대주택건설사업자가 임대 후 분양을 목적으로 건설·공급하는 공공건설임대주택의 회계처리에 대한 세부사항을 정함을 목적으로 한다. (중략)

3. 대차대조표의 표시

가. 임대주택자산은 임대주택용지, 미완성임대주택, 임대주택토지, 완성임대주택, 임대주택 및 임대주택채권 등으로 세분하여 유동자산과 고정자산 사이에 별도의 항목으로 기재한다. (중략)

다. 임대개시 시점 및 임대기간 중에 당해 임대주택이 금융리스에 해당되는 경우에는 임대주택토지 및 완성임대주택을 임대주택채권의 과목으로 재분류하고, 운용리스에 해당되는 경우에는 완성임대주택을 임대주택의 과목으로 재분류한다. (후략)

＜표2＞ 일반기업회계기준 해석 [56-90] 내용 일부

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 우선 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인들은 쟁점법인의 장부상 재고자산으로 계상된 쟁점채권을 과점주주 간주취득세 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하나,

「지방세기본법」제46조 제2호와「지방세법」제7조 제5항 및 같은 법 시행령 제11조의 규정을 종합하면, “주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인들이 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 그 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 과점주주가 되었을 때에는, 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 보도록 규정하고 있는바,

우선 청구인2·3은 2021.1.21.과 2021.1.22. 쟁점법인의 주식 59,400주(55%)를 취득하였고, 이에 청구인들은 청구인1이 소유하고 있는 쟁점법인의 주식 48,600주(45%)를 포함하여 쟁점법인의 100% 과점주주가 되었으므로 2021.1.21., 2021.1.22. 쟁점법인이 소유한 취득세 과세대상물건을 취득한 것으로 의제되어 과점주주 취득세 납세의무가 성립한 것으로 보이는 점, 과점주주의 취득세 과세표준은 과점주주 취득세 납세의무성립일 현재 해당 법인의 결산서 등에서 확인되는 자산총액을 기초로 하여 산정하여야 하는데, 쟁점법인의 2020사업연도 재무상태표에는 재고자산 과목으로 임대주택채권(쟁점채권)이 기재되어 있고, 이는 쟁점법인이 소유하고 있던 임대주택이 금융리스에 해당되어 기업회계기준에 따라 임대주택채권의 과목으로 재분류한 것일 뿐 쟁점채권의 실질은 임대주택으로 보이는 점,「지방세법」제10조 제4항에서 같은 법 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산은 사업용 고정자산만을 의미하는 것이 아니라 장부상 재고자산으로 부기된 완성건물(미분양건물 등)이나 건설용지도 포함된다 할 것인 점 등에 비추어, 쟁점법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 청구인들은 쟁점법인이 소유하고 있는 쟁점채권에 대해서 간주취득세 납세의무가 있다고 봄이 타당하다 할 것이다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인들은 쟁점법인이 임대주택에 대한 취득세 등을 감면받았다면 청구인들의 과점주주 취득세 등도 감면되어야 한다고도 주장하나,

「지방세법」제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써「지방세기본법」제47조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있을 뿐, 해당 법인이 부동산 등의 취득세를 감면받은 경우 해당 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 됨에 따른 과점주주 취득세도 감면한다고 규정하고 있지 아니하고, 해당 법인이 부동산 등을 취득함에 따른 취득세 납세의무와 해당 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 됨에 따른 과점주주 취득세 납세의무는 각각 별개의 납세의무이므로 해당 법인이 부동산을 취득하여 취득세를 감면받았다 하더라도 해당 법인의 과점주주가 됨에 따른 취득세에 대한 별도의 감면규정이 없는 한 과점주주 취득세도 감면된다고 보기 어렵다 할 것인바,

청구인들은 청구인들이 취득한 것으로 의제되는 쟁점채권을 임대주택으로 취득한 것이 아니므로 청구인들의 과점주주 취득세는「지방세특례제한법」제31조에 따른 감면요건을 충족한 것으로 보기 어려운 점,「지방세특례제한법」등 지방세 관련 법령에 청구인들의 과점주주 취득세를 감면할 근거 조항이 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(다) 따라서 청구인들에게 2021.1.21.과 2021.1.22. 과점주주 취득세 등의 납세의무가 성립되었으나 이를 신고·납부하지 아니한 것으로 보아, 처분청이 청구인들에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.