상시근로자 수 산정 시 퇴직자를 제외한다는 규정은 없으며, 직전 사업연도 퇴직자를 상시근로자 수에서 제외할 경우,퇴직과 고용을 반복하는 기업은 고용을 계속 유지하는 기업보다 유리하게 되어 불합리하는 등 임금증가금액 산정 시 직전 사업연도 퇴직자를 직전 사업연도 상시근로자 수에 포함하는 것이 타당함

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 2018.12.1. 설립되어 물류, 잡화 도.소매업을 영위하는 법인이다. 나. 청구법인은 2018～2022사업연도 미환류소득에 대한 법인세 신고 시, 직전 사업연도 퇴직자를 직전 사업연도 상시근로자에 포함하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제100조의32(투자.상생협력 촉진을 위한 과세특례) 제2항 제1호 나목에 따른 미환류소득에서 공제하는 상시근로자의 임금증가금액을 계산하여 법인세를 신고.납부하였다가, 직전 사업연도 퇴직자의 경우 해당 사업연도와 직전 사업연도의 임금총액에서 모두 제외되어야 한다는 기획재정부 유권해석(법인세제과-349, 2022.8.31.)에 따라 직전 사업연도 퇴직자의 임금총액 및 수를 제외하는 것으로 미환류소득에서 공제하는 임금증가금액을 재계산한 후, 2024.1.12. 등에 미환류소득에 대한 법인세 합계 OOO원(2020사업연도 OOO원, 2021사업연도 OOO원, 2023사업연도 OOO원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 다. 처분청은 상시 근로자의 해당 사업연도 임금증가금액 계산 시 직전 사업연도 퇴직자의 경우 직전 상시근로자 수에 포함한다는 기획재정부 예규(법인세제과-488, 2023.9.5.)에 따라 2024.5.30. 청구법인에게 미환류소득에 대한 법인세 합계 OOO원(2020사업연도 OOO원, 2021사업연도 OOO원, 2023사업연도 OOO원)만을 환급하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.27. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 조특법 제100조의32 제2항 제1호 나목에 따른 ‘상시근로자의 해당 사업연도 임금증가금액’ 계산 시 직전 사업연도 퇴직자에 대한 상시근로자의 수를 직전 사업연도 상시근로자 수에서 제외하는 것이 타당하다. (1) 아래 ＜표1＞과 같은 최근 유권해석에 따르면, 미환류소득 관련 임금증가금액 계산 시 직전 사업연도 퇴직자의 경우 직전 사업연도 임금 총액에서 제외하고 있는 것으로 해석하고 있고, 일관된 논리상 직전 사업연도 퇴직자의 경우 직전 사업연도 상시근로자 수에서도 제외되는 것이 타당하다. ＜표1＞ 기획재정부 법인세제과-349, 2022.8.31. 내국법인이 조세특례제한법 제100조의32 제2항 제1호 나목에 따른 ‘상시 근로자의 해당 사업연도 임금증가금당 사업연도와 직전 사업연도의 임금총액에서 모두 제외하는 것임 회사가 기존 고용인원을 유지하고 있음에도 불구하고 직전 사업연도 퇴직자로 인하여 임금증가금액이 무조건적으로 감소하게 되는 경우, 회사는 기존 고용인원에 대한 임금을 인상하여 기업소득을 사회에 환류함에도 불구하고, 관련 법령의 취지와는 달리 미환류소득과 관련하여 그 어떤 세부담도 경감되지 않게 된다. 이와 같은 이유로 상기 유권해석이 생성된 것으로 이해되며, 결론적으로 이는 기존 고용인원의 임금 인상분에 대한 임금증가금액 효과 산정 시 해당 사업연도에 존재하지 않는 직전 사업연도 퇴직자를 원천적으로 배제하고, 양 사업연도에 모두 재직 중인 인원 및 해당 사업연도 신규입사자를 기준으로 직전 사업연도 대비 해당 사업연도 임금지급액이 증가하였는지 여부를 판단하는 것임을 의미하는 것으로 해석된다. 한편, 이후 기획재정부는 아래 ＜표2＞와 같이 미환류소득에서 차감하는 임금증가금액 계산 시 직전 사업연도 퇴직자의 임금지급액을 제외하는 것과 달리 상시근로자 수는 포함하도록 해석하였는데, 동 유권해석으로 인하여 법령을 실무적으로 적용함에 있어 상시근로자 수의 증감 여부에 따른 상시근로자와 해당 사업연도 임금증가금액 계산 시 상시근로자의 정의가 다르지 않음에도 상시근로자의 수와 임금총액의 포함 여부가 불일치하는 비논리적인 상황이 발생하였다. ＜표2＞ 기획재정부 법인세제과-488, 2023.9.5. 내국법인이 상시 근로자의 해당 사업연도 임금증가금액 계산 시 직전 사업연도 퇴직자의 경우 직전 상시근로자 수에 포함하는 것임 그러나 기존 유권해석(기획재정부 법인세제과-349, 2022.8.31.)에 따르면, 임금증가금액 계산 시 전기 퇴직자의 임금지급액을 제외하는 것으로, 임금증가금액 계산의 대상이 되는 상시근로자에는 전기 퇴직자가 포함되지 아니하는바, 일관된 논리상 상시근로자 수 계산 시에도 전기 퇴직자 수가 제외되는 것이 타당하다. 또한, 미환류소득에서 차감하는 임금증가금액 계산 시 직전 사업연도 퇴직자의 상시근로자 수를 포함하도록 해석한 최신 유권해석(기획재정부 법인세제과-488, 2023.9.5.)에 따른다면, 회사 차원에서 통제할 수 없는 “개인의 퇴사”라는 변수요인으로 인하여 기존 고용인원을 유지 또는 신규 인원을 채용하려는 의도와는 무관하게 결과적으로는 상시근로자 수가 감소하는 결과가 나타나게 되는 경우에는 기업의 소득을 임금지급을 통해 사회에 환류함에도 불구하고, 단 한 명의 퇴직자로 인하여 직전 사업연도의 상시근로자 수 변동뿐만 아니라 당해 사업연도의 상시근로자 수 변동까지 감소하는 효과로 반영되어 이중 불이익을 받게 될 수밖에 없는 불합리한 상황에 처하게 된다. (2) 조특법에서 규정하는 기업소득에서 차감하는 임금증가금액은 ‘해당 연도 상시근로자 임금증가금액’을 의미하는바, 상시근로자 수 계산 시에도 ‘해당 사업연도 상시근로자’인 해당 사업연도 기존 근무인원 및 신규입사자를 포함하고, 전기 퇴직자는 제외하는 것이 문언상 타당하다. 조특법 제100조의32 제2항 제1호 나목에서는 기업소득에서 차감하는 임금증가금액에 대하여 규정하고 있고, 구체적인 임금증가금액 산정방법은 같은 법 시행령 제100조의32(투자.상생협력 촉진을 위한 과세특례) 제9항 및 제10항에서 규정하고 있는데, 관련 규정을 정리하면 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 관련 규정 정리

임금증가금액 산정 관련 규정
상시근로자 수	계산방법
해당 사업연도≤직전 사업연도	상시근로자 임금증가금액
해당 사업연도＞직전 사업연도	기존 상시근로자 임금증가금액*1 × 1.5 + 신규 상시근로자 임금증가금액*1 × 2

*1 해당 연도 상시근로자 임금증가금액-신규 상시근로자 임금증가금액 *2 (해당 연도 상시근로자 수 - 직전 연도 상시근로자 수) × 해당 연도에 최초로 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 상시근로자에 대한 임금지급액의 평균액 상기 규정을 살펴보면, 직전 사업연도 대비 해당 사업연도 상시근로자 수가 증가하지 않더라도 상시근로자 임금증가금액(1배)을 차감, 직전 사업연도 대비 해당 사업연도 상시근로자 수가 증가하는 경우 상시근로자 임금증가금액을 기존과 신규에 대한 임금증가액으로 나누어 각각 가중치를 적용(1.5배, 2배)하여 차감이 되도록 하고 있으며, 여기서 기존 상시근로자 임금증가금액은 ‘해당 연도 상시근로자 임금증가금액’에서 ‘신규 상시근로자 임금증가금액’을 차감하여 산정하도록 하고 있어 결과적으로 상시근로자 임금증가액[조특법 제100조의32 제2항 제1호 나목 1) 가)]과 해당 사업연도 상시근로자 임금증가금액(조특법 시행령 제100조의32 제10항 제1호)은 동일한 의미를 뜻함을 알 수 있다. 즉, 기업소득에서 차감하는 임금증가액은 상시근로자 수 증가 여부에 따라 계산산식의 차이(가중치 적용 여부)가 존재하나, ‘해당 연도 상시근로자에 대한 임금증가금액(=상시근로자 임금증가액)’이 그 전제가 되는 것이다. 따라서 ① 기업소득에서 차감하는 임금증가금액은 ‘해당 연도 상시근로자에 대한 임금증가금액’이고, ② 직전 사업연도 대비 해당 사업연도 상시근로자 수가 증가하는 경우 이를 모수로 기존 및 신규 상시근로자에 대한 임금증가금액을 나누어 가중치를 적용하도록 규정하고 있는바, ‘해당 사업연도 상시근로자’가 그 전제가 되며 해당 범위에는 이미 퇴직한 전기 퇴직자는 포함될 수가 없으므로 임금증가금액 계산을 위한 상시근로자 수 계산 시에는 전기 퇴직자 수를 제외한 해당 사업연도 기존 근무인원 및 신규 입사자만을 고려하여 계산하는 것이 문언상 타당하다. (3) 2024.2.29. 대통령령 제34263호로 개정된 조특법 시행령 제100조의32 제9항의 문언은 ‘해당 사업연도의 매월 말 기준 상시근로자에게 지급한 임금지급액’을 전제로 당기 임금증가금액을 산정하도록 규정하고 있는바, ‘해당 사업연도의 매월 말 기준 상시근로자’의 범위에는 이미 퇴직한 전기 퇴직자는 포함될 수가 없다. 아래 ＜표4＞와 같이 2024.2.29. 대통령령 제34263호로 개정된 조특법 시행령 제100조의32 제9항의 개정 취지는 “임금증가금액 산정기준 합리화(상시근로자 수와 임금증가액 산정기준 일원화)”를 위한 것으로, 이는 임금증가금액 계산 시 전기 퇴직자에 대한 임금과 상시근로자 수 포함 여부는 일치해야 함을 의미하며, 개정 전 전기 퇴직자에 대한 임금과 상시근로자 수 포함 여부가 불일치하는 것이 합리적이지 않았음을 의미한다고 볼 수 있다. ＜표4＞ 조특법 시행령 제100조의32 제9항의 개정 취지

개정 전 (대통령령 제28636호, 2018.2.13.)	개정 후 (대통령령 제34263호, 2024.2.29.)
⑨··임금증가금액은 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득··의 합계액(임금지급액)··으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액으로 한다.	⑨··임금증가금액은 해당 사업연도의 매월 말 기준 상시근로자에게 지급한「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득··의 합계액(임금지급액)··으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액으로 한다.

개정규정의 문언은 ‘해당 사업연도의 매월 말 기준 상시근로자에게 지급한 임금지급액’을 전제로 당기 임금증가금액을 산정하도록 규정하고 있고, 이때 ‘해당 사업연도의 매월 말 기준 상시근로자’의 범위에는 전기 사업연도에 이미 퇴직한 전기 퇴직자는 포함될 수가 없으므로, 해당 사업연도의 임금증가금액은 해당 사업연도에 근무한 사실이 있는 상시근로자에게 당기와 전기에 지급한 임금지급액을 기준으로 산정함이 타당하다. 해당 규정은 ① 종전규정을 해석함에 있어 상시근로자의 수와 임금총액의 포함 여부가 불일치하는 문제를 보완하는 입법으로 보이는 점, ② 조특법 시행령 제100조의32 제10항에 따라서도 전기 퇴직자 상시근로자 수를 제외하는 것이 타당해 보이는 점 등에 따라 창설적 규정이 아닌 확인적 규정으로 판단되는바, 2024.2.29. 대통령령 제34263호 개정 전에도 임금증가금액 산정 시 전기 퇴직자 수를 제외하는 것으로 보는 것이 타당하다. (4) 조특법 시행령 제100조의32 및 관련 유권해석(서면-2020-법인-1553, 2021.4.20.)에 따르면, 해당 사업연도와 직전 사업연도 중 어느 하나의 사업연도에 상시근로자에 해당하지 않는 경우 양 사업연도에서 모두 제외하여 임금증가금액을 계산하여야 한다. 아래 ＜표5＞와 같은 조특법 시행령 제100조의32 제8항에 따르면, 관련 법령에서 규정한 상시근로자란 기본적으로 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자에 해당하여야 하는 것이나, 직전 사업연도 퇴직자는 해당 사업연도에는 근로계약을 체결한 근로자에 해당하지 않으며, 「소득세법」상 근로소득세를 원천징수한 사실 또한 확인되지 않으므로, 해당 사업연도 중 당연 상시근로자가 될 수 없는 것이다. ＜표5＞ 조특법 시행령 제100조의32 제8항 등 내용

조특령 제100조의32 제8항 중 일부

⑧ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 1)부터 3)까지 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 상시근로자”란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자를 말한다. 다만, 다음 각 호의 자는 제외한다. 1. 제26조의4 제2항 제1호 및 제3호부터 제6호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자

조특령 제26조의4 제2항 제1호 및 제3호부터 제6호

② 법 제29조의4 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 상시 근로자”란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 “상시근로자”라 한다)를 말한다. 1. 「법인세법 시행령」 제40조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 임원 3. 기획재정부령으로 정하는 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다) 및 그와 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항에 따른 친족관계인 근로자 4. 「소득세법 시행령」 제196조에 따른 근로소득원천징수부에 의하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 아니하는 근로자 5. 근로계약기간이 1년 미만인 근로자(근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상인 근로자는 제외한다) 6. 「근로기준법」 제2조 제1항 제9호에 따른 단시간근로자

한편, 아래 ＜표6＞과 같은 유권해석(서면-2020-법인-1553, 2021.4.20.)에 따르면, 양 사업연도 중 어느 하나의 사업연도라도 조특법 시행령 제100조의32 제8항에 따른 상시근로자에 해당하지 않는 경우에는 해당 사업연도와 다른 사업연도의 상시근로자 수 및 임금지급액 계산 시 해당 근로자를 제외하고 미환류소득에서 차감하는 임금증가금액을 계산하도록 하고 있는바, 직전 사업연도 퇴직자의 경우 직전 사업연도 상시근로자 수 및 임금총액에서 모두 제외되는 것이 타당할 것으로 사료된다. ＜표6＞ 서면-2020-법인-1553, 2021.4.20. 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자가 「조특법」 제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례 적용대상 사업연도와 직전 사업연도 중 어느 하나의 사업연도에 같은 법 시행령 제100조의32 제8항에 따른 상시근로자에 해당하지 않는 경우에는 해당 사업연도와 다른 사업연도의 상시근로자 수 및 임금지급액 계산 시 해당 근로자를 제외하고 같은 법 제100조의32 제2항 제1호 나목의 “해당 사업연도 임금증가금액"을 산출하는 것임 (5) 조특법 시행령 제100조의32가 준용하고 있는 같은 법 시행령 제26조의4(근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제)도 마찬가지로 상시근로자 수 증감 여부 판단에 있어 직전 사업연도 퇴직자를 원천적으로 배제하도록 규정하고 있다. 조특법 제100조의32 제2항 제1호 나목은 상시근로자의 정의를 같은 법 시행령 제100조의32 제8항에 위임하고 있으며, 시행령에서는 상시근로자를 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자로서 시행령 제26조의4 제2항 제1호 및 제3호부터 제6호까지의 규정을 준용하여 이 중 어느 하나에 해당하는 자를 제외하도록 규정하고 있다. 또한, 조특법 제100조의32 제2항 제1호 나목에서 임금증가금액 산정 시 상시근로자 수 증감 여부를 판단하여 그 효과를 달리하는 것과 유사하게 같은 법 제29조의4(근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) 제1항에서도 동 법령의 적용에 있어서 상시근로자 수 증감 여부에 따라 세액공제 적용 여부를 판단하고 있다. 한편, 상시근로자 수 계산에 있어서도 조특법 시행령 제100조의32 제11항은 같은 법 시행령 제26조의4 제3항을 준용하고 있으나, 시행령 제26조의4 제3항이 제10항의 규정에 따라 과거 퇴사하거나 상시근로자에 해당하지 않게 된 인원이 있는 경우 해당 인원을 제외하여 상시근로자 수를 계산하도록 규정되어 있는 것에 반하여 시행령 제100조의32 제11항을 제약하는 명문규정은 없다. 다만, 조특법 제100조의32 및 같은 법 시행령 제100조의32가 조특법 제29조의4 및 같은 법 시행령 제26조의4의 상시근로자 정의, 상시근로자 증감 여부에 따른 법령 적용방법, 상시근로자 수 계산방법을 준용하고 있는 것으로 미루어 볼 때, 비록 조특법 시행령 제100조의32에 같은 법 시행령 제26조의4 제10항과 같이 과거 퇴사하거나 상시근로자에 해당하지 않게 된 인원을 제외하라는 명문규정이 없더라도 시행령 제26조의4 제3항을 준용한 이상 시행령 제26조의4 제3항에 제약을 두는 제10항까지 포함하여 준용하는 것으로 해석하는 것이 타당할 것으로 사료된다. 나. 처분청 의견 기획재정부 법인세제과-488(2023.9.5.)에 의하면, 내국법인이 상시근로자의 해당 사업연도 임금증가금액 계산 시 직전 사업연도 퇴직자의 경우 직전 상시근로자 수에 포함하는 것으로 명시되어 있고, 상시근로자 증가 수 계산은 임금증가금액 가중치 적용 대상인지 여부를 판단하기 위한 것으로, 직전 사업연도 퇴직자를 포함하여 직전 사업연도 상시근로자 수를 계산하여야 상시근로자 수가 증가한 법인에게 가중치가 부여되고 ‘입사와 퇴사가 반복되는 법인’과 ‘고용을 유지한 법인’과의 과세형평성이 위배되지 않으므로, 이 건 처분은 적법하다. (1) 동 유권해석은 내국법인이 미환류소득에서 차감하는 임금증가금액 계산 시 직전 사업연도 퇴직자의 경우 직전 사업연도 임금총액에서 차감하여 임금증가금액 증가효과는 반영하되, 다만 직전 사업연도 대비 상시근로자 수가 증가하는 경우 적용하는 가중치 결정을 판단할 때는 직전 사업연도 퇴직자의 경우 직전 사업연도 상시근로자 수에 포함하여 실제 고용이 증가한 법인에게 가중치가 적용되도록 한 것이다. 청구법인은 해당 사업연도에 존재하지 않는 직전 사업연도 퇴직자를 원천적으로 배제하고, 양 사업연도에 모두 재직 중인 인원을 기준으로 직전 사업연도 대비 해당 사업연도 임금지급액이 증가하였는지 여부를 판단하여야 기존 고용인원의 임금인상분에 대한 임금증가금액 효과로 세부담이 경감될 수 있다고 주장하나, 미환류소득에서 차감하는 임금증가금액 계산을 위한 상시근로자 수 산정은 상시근로자 수가 증가하여 고용인원이 증가한 법인을 판단하여 가중치를 적용하기 위한 것으로, 상시근로자 수 산정 시에는 양 사업연도에 모두 재직 중인 인원은 아니더라도 직전 사업연도 퇴사자와 당해 사업연도 입사자를 모두 포함하여야 한다. 미환류소득 계산 시에는 직전 사업연도 대비 상시근로자 수가 증가하지 않더라도 임금증가금액에 대해서는 기업의 소득을 사회에 환류한 것이므로 당연히 차감하나, 다만 상시근로자 수가 증가하여 고용인원이 증가한 법인의 경우에는 임금증가금액에 가중치를 적용하여 가중치 적용으로 증가한 임금총액 증분금액은 사회에 실질적으로 환류한 것은 아니지만 기업의 고용진작을 유인하기 위해 미환류소득에 대한 법인세를 경감해 주는 것이다. 청구주장에 따라 직전 사업연도 퇴직자를 직전 사업연도 상시근로자 수에 제외하게 되면 아래 ＜표7＞.＜표8＞과 같이 ‘입사와 퇴사가 반복되는 법인’의 임금증가금액에 가중치를 적용하게 되어 오히려 ‘고용유지하는 법인’의 세부담이 더 커지게 되는 결과를 초래한다. ＜표7＞ 직전 사업연도 퇴직자를 직전 사업연도 상시근로자 수에 제외하여 증가된 상시근로자 수를 계산하는 경우 구 분 A법인 (입.퇴사가 반복되는 법인) B법인 (고용유지하는 법인) 사업연도 20×1년 20×2년 20×1년 20×2년 고용인원 100명 100명 100명 100명 고용변동 가정 7월 중 10명 중도퇴사 7월 중 10명 신규입사 중도퇴사 없음 신규입사 없음 상시근로자 수 90명 95명 100명 100명 가중치 적용 여부 가중치 적용 가중치 미적용 ＜표8＞ 직전 사업연도 퇴직자를 직전 사업연도 상시근로자 수에 포함하여 증가된 상시근로자 수를 계산하는 경우

구 분	A법인 (입.퇴사가 반복되는 법인)		B법인 (고용유지하는 법인)
사업연도	20×1년	20×2년	20×1년	20×2년
고용인원	100명	100명	100명	100명
고용변동 가정	7월 중 10명 중도퇴사	7월 중 10명 신규입사	중도퇴사 없음	신규입사 없음
상시근로자 수	95명	95명	100명	100명
가중치 적용 여부	가중치 미적용		가중치 미적용

(2) 관련 유권해석(서면-2020-법인-1553, 2021.4.20.)은 직전 사업연도 퇴직자와 당해 사업연도 입사자의 경우에 적용되지 않는다. 동 유권해석은 미환류소득 법인세 신고대상 사업연도와 직전 사업연도 중 어느 하나의 사업연도에 조특법 시행령 제100조의32 제8항 상시근로자에서 제외되는 자(임원, 고액연봉자, 특수관계인 등)가 있는 경우에는 양 사업연도 상시근로자 수에서 해당 근로자를 제외한다는 것으로 직전 사업연도 퇴직자와 당해 사업연도 입사자의 경우에는 적용되지 않는다. 당해 사업연도 입사자는 직전 사업연도에는 근로계약을 체결한 근로자에 해당하지 않으며, 「소득세법」상 근로소득세를 원천징수한 사실 또한 확인되지 않으므로 동 유권해석에 따르면 양 사업연도에서 모두 제외하여 상시근로자 수를 산정하여야 하나, 상시근로자 수 산정은 가중치 적용을 위한 상시근로자 수 증가 여부를 판단하기 위한 것이므로 당해 사업연도 입사자의 경우 당해 사업연도 상시근로자 수에 포함하여 산정하고 있다. 그러므로 직전 사업연도 퇴직자의 경우에도 당해 사업연도 입사자의 경우와 같은 논리로 직전 사업연도 상시근로자 수에 포함하여 상시근로자 수 산정을 하여야 실질적인 고용증가 여부를 판단할 수 있다. (3) 아래 ＜표9＞와 같이 조특법 시행령 제100조의32의 법문에서는 같은 시행령 제26조의4 중 상시근로자에서 제외되는 자에 대한 규정(제2항)과 상시근로자 수 계산방식(제3항)만을 준용하고 있다. ＜표9＞ 기업소득 환류세제에서 준용하고 있는 근로소득 증대세제

조특령 제100조의32(투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례) ⑧ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 1)부터 3)까지 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 상시근로자"란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자를 말한다. 다만, 다음 각 호의 자는 제외한다. 1. 제26조의4 제2항 제1호 및 제3호부터 제6호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자 ⑪ 제8항 및 제10항에 따른 상시근로자 수의 계산은 제26조의4 제3항을 준용한다.

조특령 제26조의4(근로소득 증대시킨 기업 세액공제) ② 법 제29조의4 제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 상시 근로자"란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)를 말한다. 1. 「법인세법 시행령」 제40조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 임원 3. 기획재정부령으로 정하는 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다) 및 그와 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항에 따른 친족관계인 근로자 4. 「소득세법 시행령」 제196조에 따른 근로소득원천징수부에 의하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 아니하는 근로자 5. 근로계약기간이 1년 미만인 근로자(근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상인 근로자는 제외한다) 6. 「근로기준법」 제2조 제1항 제9호에 따른 단시간근로자 ③ 법 제29조의4 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자 수는 다음 계산식에 따라 계산한다. 이 경우 100분의 1 미만의 부분은 없는 것으로 한다. 해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수의 합 해당 과세연도의 개월 수 ⑩ 법 제29조의4 제1항 및 제5항에 따라 세액공제를 받으려는 과세연도의 종료일 전 5년 이내의 기간 중에 퇴사하거나 새로 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 근로자가 있는 경우에는 제3항에 따른 상시근로자 수 및 제5항에 따른 평균임금을 계산할 때 해당 근로자를 제외하고 계산하며, 세액공제를 받으려는 과세연도의 종료일 전 5년 이내의 기간 중에 입사한 근로자가 있는 경우에는 제6항에 따라 해당 근로자가 입사한 과세연도의 평균임금 증가율을 계산할 때 해당 근로자를 제외하고 계산한다.

청구법인은 조특법 시행령 제26조의4 제3항을 준용하는 이상 제26조의4 제3항에 제약을 두는 제10항까지 포함하여 준용하는 것으로 해석하였으나 이는 확장해석에 해당한다. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하며 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 그러므로 조특법 시행령 제100조의32 제11항 준용규정을 문언에 충실하게 제26조의4 제3항의 상시근로사 수 계산산식을 준용하는 것으로 해석하여야 하고, 이를 상시근로자 수 계산 시 상시근로자 제외 대상을 규정한 제26조의4 제10항까지 포함하여 준용하고 있는 것으로 해석할 수 없다. 또한, 조특법 시행령 제26조의4 제10항은 상시근로자의 임금증가분을 계산하기 위한 규정으로 대상기간(5년 이내 기간) 중 퇴사자와 입사자를 모두 제외하여 상시근로자 수, 평균임금, 평균임금 증가율을 산정하도록 규정하고 있다. 그러나 미환류소득에서 차감하는 임금증가금액 계산 시 당해 사업연도 입사자는 상시근로자 수에 포함하여 신고하고 있으므로, 직전 사업연도 퇴사자에 대하여 조특법 시행령 제26조의4 제10항을 준용하여 상시근로자 수에서 제외될 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 미환류소득에서 공제하는 임금증가금액 계산 시 직전 사업연도에 퇴직한 상시근로자 수를 직전 사업연도의 상시근로자 수에서 차감하여야 하는지 여부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제100조32(투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」 제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인(대통령령으로 정하는 중소기업은 제외한다) 2. 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인 ② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(「법인세법」 제76조의17에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 1. 해당 사업연도(2020년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "기업소득"이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법 나. 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 해당 사업연도 임금증가금액으로서 다음 구분에 따른 금액이 있는 경우 그 금액을 합한 금액 1) 상시근로자의 해당 사업연도 임금이 증가한 경우 가) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가하지 아니한 경우 : 상시근로자 임금증가금액 나) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우 : 기존 상시근로자 임금증가금액에 100분의 150을 곱한 금액과 신규 상시근로자 임금증가금액에 100분의 200을 곱한 금액을 합한 금액 2) 해당 사업연도에 대통령령으로 정하는 청년정규직근로자(이하 이 조에서 "청년정규직근로자"라 한다) 수가 직전 사업연도의 청년정규직근로자 수보다 증가한 경우 : 해당 사업연도의 청년정규직근로자에 대한 임금증가금액 ⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 투자 합계액, 임금증가금액, 상시근로자 수 또는 청년정규직근로자 수의 계산방법 등과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제26조의4(로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ② 법 제29조의4 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 상시 근로자"란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)를 말한다. 1. 「법인세법 시행령」 제40조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 임원 2. 「소득세법」제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득의 금액이 7천만원 이상인 근로자 3. 기획재정부령으로 정하는 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다) 및 그와 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항에 따른 친족관계인 근로자 4. 「소득세법 시행령」 제196조에 따른 근로소득원천징수부에 의하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 아니하는 근로자 5. 근로계약기간이 1년 미만인 근로자(근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상인 근로자는 제외한다) 6. 「근로기준법」 제2조 제1항 제9호에 따른 단시간근로자 ③ 법 제29조의4 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 상시 근로자 수는 다음 계산식에 따라 계산한다. 이 경우 100분의 1 미만의 부분은 없는 것으로 한다.

해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수의 합

해당 과세연도의 개월 수

⑩ 법 제29조의4 제1항 및 제5항에 따라 세액공제를 받으려는 과세연도의 종료일 전 5년 이내의 기간 중에 퇴사하거나 새로 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 근로자가 있는 경우에는 제3항에 따른 상시근로자 수 및 제5항에 따른 평균임금을 계산할 때 해당 근로자를 제외하고 계산하며, 세액공제를 받으려는 과세연도의 종료일 전 5년 이내의 기간 중에 입사한 근로자가 있는 경우에는 제6항에 따라 해당 근로자가 입사한 과세연도의 평균임금 증가율을 계산할 때 해당 근로자를 제외하고 계산한다. 제100조32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ⑧ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 1)부터 3)까지 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 상시근로자"란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자를 말한다. 다만, 다음 각 호의 자는 제외한다. 1. 제26조의4 제2항 제1호 및 제3호부터 제6호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자 2. 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득의 금액이 8천만원 이상인 근로자. 다만, 해당 과세연도의 근로제공기간이 1년 미만인 근로자의 경우에는 해당 근로자의 근로소득의 금액을 해당 과세연도 근무제공월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 산출한 금액을 기준으로 판단한다. ⑨ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 1)부터 3)까지 외의 부분에 따른 임금증가금액은 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득(「법인세법 시행령」 제19조 제16호에 따른 우리사주조합에 출연하는 자사주의 장부가액 또는 금품으로서 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 포함하며, 해당 법인이 손금으로 산입한 금액에 한정한다)의 합계액(이하 이 조에서 "임금지급액"이라 한다)으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액으로 한다. ⑩ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 1) 나)에 따른 기존 상시근로자 임금증가금액과 신규 상시근로자 임금증가금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 제2호에 따라 계산한 금액은 해당 연도 상시근로자 임금증가금액을 한도로 한다. 1. 기존 상시근로자 임금증가금액 : 해당 연도 상시근로자 임금증가금액에서 제2호에 따라 계산한 금액을 뺀 금액 2. 신규 상시근로자 임금증가금액 : (해당 연도 상시근로자 수 - 직전 연도 상시근로자 수)×해당 연도에 최초로「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 상시근로자(근로계약을 갱신하는 경우는 제외한다)에 대한 기획재정부령으로 정하는 임금지급액의 평균액 ⑪ 제8항 및 제10항에 따른 상시근로자 수의 계산은 제26조의4 제3항을 준용한다. ⑫ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 2)에서 "대통령령으로 정하는 청년정규직근로자"란 제26조의5 제3항에 따른 청년 정규직 근로자를 말한다. 이 경우 청년 정규직 근로자 수의 계산은 제26조의5 제8항 제1호를 준용한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구이유서상 나타나는 청구법인의 당초 상시근로자 임금증가금액 산출내역 및 직전 사업연도 퇴직자를 제외한 상시근로자 임금증가금액 산출내역은 각각 아래 ＜표10＞.＜표11＞과 같다. ＜표10＞ 청구법인의 당초 상시근로자 임금증가금액 산출내역 (단위 : 명, 백만원) OOO ＜표11＞ 직전 사업연도 퇴직자를 제외한 상시근로자 임금증가금액 산출내역 (단위 : 명, 백만원) OOO (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 미환류소득에서 공제하는 임금증가금액 계산 시 직전 사업연도의 퇴직자를 직전 사업연도의 상시근로자 수에서 제외하여야 한다고 주장하나, 청구주장에 따를 경우 고용을 계속하여 유지하는 기업은 임금증가금액에 대한 가중치가 적용되지 아니하는 반면, 퇴직과 고용을 반복하는 기업은 미환류소득 산정 시 상시근로자 수 증가에 따른 가중치를 적용받게 되어 오히려 고용을 계속하여 유지하는 기업보다 세부담 측면에서 보다 유리하게 되어 불합리한 결과가 초래하게 되고, 이를 고려하여 기획재정부에서는 2차 유권해석을 통해 상시근로자 수가 증가하는 경우 적용하는 가중치(100분의 150, 100분의 200) 적용 시 직전 사업연도 퇴직자는 직전 사업연도 상시근로자 수에 포함하여 실제 고용이 증가한 법인에게 위와 같은 가중치를 적용하도록 해석하고 있으며, 조특법 시행령 제100조의32 제8항 및 제10항을 적용함에 있어 같은 법 시행령 제26조의4 제10항을 적용하도록 하는 법령은 존재하지 아니하는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.