이 건 토지 취득 후 유예기간 내 영농에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

예규·판례

이 건 토지 취득 후 유예기간 내 영...

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심판청구

조심 2024지1552

생산일자 2025-03-18

AI 요약

요지

이 건 토지 일대가 도시개발구역으로 지정된 사실은 확인되나, 단순히 도시개발구역 지정되었다는 사정만으로 농지의 영농 가능성이 자동으로 제한된다고 단정하기 어렵고, 더구나 이 건 토지에 대해 영농활동을 제한하는 구체적이고 실질적인 조치가 있었다고 볼 만한 근거도 확인되지 않은 점, 이 건 토지 일부에 묘목이 식재되어 있으나 이 건 토지의 일부를 임차인이 여전히 사용하고 있고 이 건 토지 대부분이 잡초가 무성하게 방치된 상태인 것으로 나타나는 점을 고려할 때 이 건 토지가 청구법인에 의해 유예기간 내에 영농에 직접 사용되었다고 보기는 어렵다 할 것임.

상세내용

이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.10.19. 농업경영, 농산물 유통업, 농산물 가공판매업 등을 목적으로 설립한 농업회사법인으로서, 2022.11.10. 경상남도 진주시 OOO 토지 1,346㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 매매로 취득하고,「지방세특례제한법」제11조 제1항의 규정에 따라 ‘농업법인이 설립등기일부터 2년 이내에 영농목적으로 취득하는 부동산’으로 취득세의 100분의 75를 경감받았다.

나. 처분청은 이 건 토지의 실태 확인을 통해 「지방세특례제한법」 제11조 제3항 제1호 규정에 의거 정당한 사유 없이 취득일부터 1년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우로 보아, 2024.3.20. 청구인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2022.11.10. 이 건 토지를 각종 버섯과 채소 등을 재배·식재하고 일부를 선별 판매장 등으로 활용할 목적으로 취득하였으며, 2022.12.9. 버섯 재배를 위해 이 토지 일부를 점유하고 있는 인근 비닐하우스 내에 격벽을 설치하기 위한 자재를 구입하였고, 2023.1.4. 블루베리 100여 주를 식재하는 등 영농에 직접 사용하기 위한 준비를 진행하였으나 2023년 2월경 감정평가사로부터 “이 건 토지가 도시개발지구에 포함되어 나무를 심거나 시설을 지어서는 안 된다”는 의견을 듣고, 처분청 관계 부서에 확인한 결과 이를 인정하여 영농을 중단할 수밖에 없었으며, 이는 이 건 토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’에 해당하므로 처분청의 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 이 건 토지를 취득할 당시(2022.11.10.) 이미 ‘진주OOO지구 도시개발구역 지정 고시(경상남도 고시 OOO호, 2022.10.20.)’에 따라 해당 토지가 도시개발구역에 포함된 사실을 알 수 있었던 것으로 보이고, 「도시개발법」 제9조 제6항, 시행령 제16조 및 시행규칙 제12조에 따라 도시개발지역 내에서도 허가 없이 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 비닐하우스, 버섯 재배사, 퇴비장 등의 설치나 경작을 위한 토지의 형질변경이 가능하다고 규정되어 있어 도시개발지역 지정만으로 영농이 제한된다고 보기 어려운바, 이를 이유로 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

또한, 조세심판원 결정례(조심 2022지0013)에서 담당 공무원이 현장 확인 시 이 건 토지 대부분에 잡초가 무성하여 경작으로 보기 어렵고, 청구법인이 이미 식재된 일부 다년생 수목을 관리하였더라도 이를 농업법인의 농산물 유통·가공·판매 등을 위한 영농행위로 인정하기 어렵다고 판단한 사례에 비추어 볼 때, 2024.1.17. 처분청이 현장 확인한 결과 이 건 토지 일부에 묘목이 식재되어 있으나 대부분 풀로 덮여 있고, 다른 사람의 것으로 보이는 시설(개집 등)이 있는 등 토지가 방치된 상태로 확인되었으며, 당시 촬영된 사진영상 등을 고려할 때 이 건 토지가 농업회사법인에 의해 경작에 이용되었다고 보기 어렵습니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 토지 취득 후 유예기간 내 영농에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 2022.10.19. 농업경영, 농산물 유통업, 농산물가공 판매업 등을 목적으로 설립되었으며, 2022.9.28. 이 건 토지에 대해 매매계약을 체결한 후, 2022.11.10. 매매가액 OOO원에 이 건 토지를 취득하고, 「지방세특례제한법」제11조 제1항에 따라 농업회사법인이 영농목적으로 취득하는 부동산에 해당되어 취득세 100분의 75를 감면받았다.

○○○

(나) 청구법인은 제출한 세부영농계획서에 따르면, 이 건 토지를 취득하여 비닐하우스를 설치하고, 목이버섯을 재배하여 A을 통해 판매할 계획이라고 기재되어 있다.

(다) 경상남도지사는 2022.10.20. 고시(제OOO호)를 통해, 경상남도 진주시 OOO 일원 567,080㎡를 진주 OOO지구 도시개발구역으로 지정하였고, 이 건 토지는 진주 OOO지구 도시개발구역에 포함된 것으로 나타난다.

(라) 청구법인은 2022.11.23. 이 토지의 전 소유자로부터 임차하여 지상에 비닐하우스를 설치하여 사용해 온 a(이하 “임차인”이라 한다)으로부터 ‘2023.3.1.까지 이 건 토지 내 경작 활동을 종료하고 이후 비닐하우스를 분리하여 사용·수익하는 것에 동의한다’는 내용의 이행 각서를 받은 사실이 확인된다.

(마) 청구법인이 제출한 계정별 원장 및 세금계산서에 따르면, 2022.12.9. 농업용 파이프 및 부속 자재를 OOO원에 구입하였고, 2022.12.26. 블루베리 수목을 OOO원에 구입한 뒤, 2022.12.30. 해당 수목을 식재한 것으로 나타난다.

(바) 처분청은 2024.1.17. 이 건 토지의 현장을 확인한 결과, ‘식재된 묘목이 방치되어 있으며, 타인 소유의 개집이 설치되어 있고, 그 외 부분은 풀이 무성한 상태’라고 기재되어 있다(세무과-OOO, 2024.1.18.).

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

「지방세특례제한법」 제11조 제1항은 농업법인이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 농지에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2023년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항 제1호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있다.

위 규정에서 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 사유를 의미한다 할 것인데(대법원 2003.12.12. 선고 2003두9978 판결 참조), 부동산 취득 당시 1년 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 1년 이내에 당해 부동산을 그 사업 내지 고유 업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 부동산을 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것(대법원 1998.7.10. 선고 98두726 판결, 같은 뜻임)이다.

청구법인은 이 건 토지를 버섯 재배 및 판매 목적으로 취득한 후 영농 준비를 진행했으나, 해당 토지가 도시개발구역에 포함되어 영농을 중단할 수밖에 없었고, 이는 유예기간 내 직접 사용이 불가능한 정당한 사유에 해당하므로 처분청의 부과처분은 부당하다고 주장하나,

일반적인 토지 거래에 있어 도시개발구역의 지정 여부는 해당 토지의 법적 규제와 용도 변경 가능성에 직접적인 영향을 미치는 중요한 사항으로 토지의 향후 개발 가능성에 대한 기대를 반영하게 되므로 청구법인이 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결한 2022.9.28. 당시에는 해당 토지가 도시개발구역으로 지정되기 전이라 하더라도 계약일부터 불과 22일 후인 2022.10.20.에 이 건 토지 일대가 도시개발구역으로 지정된 사실을 고려할 때, 청구법인은 이 건 토지가 도시개발구역으로 지정될 가능성을 충분히 예상하고 이 건 토지를 계약한 것으로 보이고, 설사 이러한 가능성을 인지하지 못했더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 사실을 알 수 있었던 상황에서 이 건 토지를 취득한 것으로 보이고, 이 건 토지가 도시개발구역으로 지정됨에 따라 토지 형질변경 제한 등의 법령상의 장애사유로 인해 유예기간 내에 이 건 토지를 해당 용도로 사용하지 못하였다 하더라도, 이는 토지 취득 당시 이미 예견 가능한 사정에 해당하므로 이를 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유로 인정하기 어렵다.

또한, 이 건 토지 일대가 도시개발구역으로 지정된 사실은 확인되나, 단순히 도시개발구역 지정되었다는 사정만으로 농지의 영농 가능성이 자동으로 제한된다고 단정하기 어렵고, 더구나 이 건 토지에 대해 영농활동을 제한하는 구체적이고 실질적인 조치가 있었다고 볼 만한 근거도 확인되지 않은 점, 이 건 토지 일부에 묘목이 식재되어 있으나 이 건 토지의 일부를 임차인이 여전히 사용하고 있고 이 건 토지 대부분이 잡초가 무성하게 방치된 상태인 것으로 나타나는 점에 비추어 이 건 토지가 청구법인에 의해 유예기간 내에 영농에 직접 사용되었다고 보기는 어렵다 할 것이다.

따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 (법률 제18682호로 개정되어 2022.7.5. 시행된 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1 ~ 7 생략

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내(대통령령으로 정하는 청년농업법인의 경우에는 4년 이내)에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2023년 12월 31일까지 경감한다.

1. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인

2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 농업회사법인

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2023년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우

④ 생략

(2) 도시개발법 (법률 제18310호로 개정되어 2022.7.21. 시행된 것)

제9조(도시개발구역지정의 고시 등) ① ~ ④ 생략

⑤ 제7조 제1항에 따라 도시개발구역지정에 관한 주민 등의 의견청취를 위한 공고가 있는 지역 및 도시개발구역에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질 변경, 토석의 채취, 토지 분할, 물건을 쌓아놓는 행위, 죽목의 벌채 및 식재 등 대통령령으로 정하는 행위를 하려는 자는 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위는 제5항에도 불구하고 허가를 받지 아니하고 할 수 있다.

1. 재해 복구 또는 재난 수습에 필요한 응급조치를 위하여 하는 행위

2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 행위

(3) 도시개발법 시행령 (대통령령 제32715호로 개정되어 2022.6.22. 시행된 것)

제16조(행위허가의 대상 등) ③ 법 제9조 제6항 제2호에서 “그 밖에 대통령령으로 정하는 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제56조에 따른 개발행위허가의 대상이 아닌 것을 말한다.

1. 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 것으로서 국토교통부령으로 정하는 간이공작물의 설치

2. 경작을 위한 토지의 형질변경

3. 도시개발구역의 개발에 지장을 주지 아니하고 자연경관을 훼손하지 아니하는 범위에서의 토석채취

4. 도시개발구역에 남겨두기로 결정된 대지에서 물건을 쌓아놓는 행위

5. 관상용 죽목의 임시 식재(경작지에서의 임시 식재는 제외한다)

(4) 도시개발법 시행규칙(국토교통부령 제1099호에 따라 2022.1.21. 시행된 것)

제12조(간이공작물) 영 제16조 제3항 제1호에서 “국토교통부령으로 정하는 간이공작물”이란 다음 각 호의 공작물을 말한다.

1. 비닐하우스

2. 양잠장

3. 고추, 잎담배, 김 등 농림수산물의 건조장

4. 버섯 재배사(栽培舍)

5. 종묘배양장

6. 퇴비장

7. 탈곡장

8. 그 밖에 제1호부터 제7호까지의 공작물과 유사한 것으로서 국토교통부장관이 정하여 관보에 고시하는 공작물