이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.12.3. 충청남도 천안시 서북구 성환읍 OOO 외 14필지 토지 19,109㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득하고, 「지방세특례제한법」제41조 제1항의 규정에 따른 학교가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 신고하여 취득세 등 OOO원을 면제받았다.

나. 처분청은 쟁점토지를 「지방세특례제한법」제41조 제1항 제2호에 따라 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우로 보아, 2024.3.15. 취득세 등 OOO원(가산세 등 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 OOO교육장 용도로 사용하기 위해 쟁점토지와 충청남도 천안시 서북구 성환읍 OOO 외 5필지(이하 “쟁점 외 토지”라 한다)를 편입하였다. 2019년 8월경 주식회사 AAA과 OOO교육장(이하 “OOO교육장”이라 한다) 설계 및 인허가 용역 계약을 체결하고, 2020년 7월 건축신고를 수리받았으며, 2020년 12월 3일 쟁점토지의 소유권 이전 등기를 완료했으나, 쟁점 외 토지의 소유권 이전에 어려움이 있었다. 또한 OOO교육장 사업과 관련하여 다양한 민원이 발생하여 사업 부지 수정 및 여러 조치를 취하였다.

2022년 5월경 주식회사 BBB을 공사 낙찰자로 선정하고 6월 2일 OOO교육장 착공을 시작하였다. 공사는 차질 없이 진행되어 2023년 12월 3일에는 상당한 공정률에 도달하였다.

이러한 경과를 종합하면, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 3년 이내에 사업을 직접 사용하지는 못했으나, 지속적이고 진지한 노력을 기울였으므로, 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 있다고 볼 수 있으므로 이 건 취득세 등 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

OOO교육장의 공사기간은 착공 후 6개월 이내로, 당초 준공일은 2022년 12월 10일로 예정되어 있었으나 설계변경 등의 이유로 공사가 연장되었고, 청구법인은 2019년부터 사업을 준비했음에도 불구하고, 현재까지 공사를 완료하지 못했다.

청구법인은 2020년 11월 5일 쟁점토지에 대해 매매를 원인으로 한 소유권 이전 등기를 문제없이 진행하였으나, 현장에서는 펜스만 설치되어 있을 뿐, 잡풀이 무성하게 자라 있으며 관리가 되지 않은 상태로 방치되어 있었으며, 설치된 건물 1동은 사용 흔적이 없고, OOO교육장에 대한 표지판이나 안내도 없다. 또한, 건물에 대한 취득세 신고와 지목변경도 이루어지지 않았으며, OOO교육장은 미준공 상태이다.

청구법인이 소유권 확보에 어려움을 겪었다고 주장하는 토지는 쟁점 외 편입된 토지로, 본 사건의 쟁점토지와는 관련이 없으며, 현재까지의 공사 지연은 법령에 의한 외부적 사유가 아닌 청구법인의 내부적 사유로 인해 발생한 것으로, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 목적사업에 직접 사용하지 못한 것을 ‘정당한 사유'로 인정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 취득한 날부터 3년이 경과할 때까지 해당 사업용으로 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 2020.12.3. 쟁점토지를 매매로 취득하고 「지방세특례제한법」제41조 제1항에 따른 학교가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 등을 면제받았으며, 쟁점토지(노란색 형광펜 테두리 부분)와 쟁점 외 토지의 지형도면 및 위성사진은 아래와 같다.

○○○

(나) OOO 대학발전기획위원회는 2020.5.12. 학사구조 개편의 일환으로 ‘OOO공학과’를 ‘OOO공학과’로 변경하고, 교육과정을 융합대학 소속으로 단과대학을 변경하기로 결정하였으며, 청구법인은 OOO공학과의 교육과정 수행을 위해 쟁점토지를 취득하였다고 주장한다.

(다) 청구법인은 2020.12.3. 쟁점토지에 대해 소유권이전등기를 완료하였으나, OOO교육장에 편입되어 있는 나머지 쟁점 외 토지의 소유권을 확보하는데 아래와 같은 어려움이 있었다고 주장한다.

1) OOO 외 2(소유자: ccc 외 2인) : 청구법인은 장기간 협조하지 않은 소유자의 상속인들을 지속적으로 설득한 끝에 2024.2.6. 소유권을 이전받았음.

2) OOO 외 1(소유자: ddd 외 5인) : 소유권 이전에 소극적이었던 대표자 ddd 등을 상대로 민사소송을 제기하여 2023.5.15. 법원의 화해권고결정을 통해 소유권을 확보하였음.

3) OOO(소유자: eee) : 코로나19와 잦은 해외 출장 등으로 소유자와 연락이 어려웠으나, 지속적인 노력 끝에 2023.5.10. 소유권을 이전받았음.

(라) 청구법인은 2019.10.31. OOO교육장 사업 허가를 위해 현장을 방문한 결과, 부지 내 각종 지장물을 발견하고 이를 해결하기 위해 다음과 같은 조치를 취하였다고 주장한다.

1) 전반적인 사업부지 정리 : OOO: 컨테이너 2동 철거 및 주변 정리, OOO : 건물 2동 및 차량 적재함 철거, OOO : 불법 건축물과 시멘트 타설로 인한 사업부지 침범 → 2020.2.7. 경계 측량 실시, OOO : 컨테이너 및 불법 건축물 철거(2020.9.29.)

2) OOO : 묘지 2기를 발견하고, 소유주를 수소문하여 연락 후 이장비용 OOO 원을 지급해 민원을 해결(2022.7.20.)

3) OOO : 배를 경작하던 경작자가 벌목 요청에 응하지 않고 민원을 제기, 2022.10.19. 내용증명을 통해 벌목을 요구, 경작자는 2022.10.31. 이후 벌목 가능 확인서를 제출했으나, 최종적으로 2022년 12월 퇴거한 후 벌목 완료.

(마) 청구법인은 2024.7.23. 처분청으로부터 OOO교육장의 준공승인을 받았고, 주요 공사 진행 일정은 아래와 같다.

○○○

(바) 처분청은 쟁점토지의 2022년도의 항공사진을 확인한 후 해당 토지가 교육 목적으로 사용되지 않고 있다고 보아 쟁점토지의 사용실태 확인을 위해 2024.1.31. 현지 출장을 하였고, 복명내용 및 현장사진은 아래와 같다.

＜복명내용＞

- 2개면의 실외교육장 내외를 구분하는 안전 펜스가 설치되어 있었으며, 펜스 밖은 아스팔트로 포장된 주차장과 잔디와 자갈 등으로 통행로를 조성한 듯 보이며, 98.58㎡ 건물 1동은 건축만 되어있는 상태로 텅 비어 있음.

- 진입로와 출입구에는 OOO교육장이라는 표시나 별도의 안내도 되어있지 않았고, 출장 당시 현장 예초작업 중이던 조경팀 담당자에게 확인 결과 사용하지 않았다고 함.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지 취득 후 3년 이내 직접 사용하지는 못했으나, 사업 추진 과정에서 민원 발생, 부지 조정, 소유권 이전 문제 등으로 인해 지속적이고 진지한 노력을 기울였으므로, 이는 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유에 해당하므로 이 건 취득세 등 과세처분은 취소되어야 한다고 주장하나,

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. ~ 7. (생 략)

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 “학교등”이라 한다)가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(대통령령으로 정하는 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 2024년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. (생 략)

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. (생 략)