이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 1986.5.16. 설립되어 대전광역시 서구 OOO에서 건축공사 및 주택건설업 등을 영위하는 법인으로, 자기자본 총액이 OOO원을 초과함에 따라 2017∼2021사업연도에 대해 미환류소득에 대한 법인세를 신고·납부하였다.

나. 이후 청구법인은 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제100조의32 제1항에 따른 미환류소득에서 차감하는 임금증가금액의 계산 시, 직전 사업연도 퇴직자의 경우 해당 및 직전 사업연도 임금총액에서 제외하여야 한다는 기획재정부 유권해석(법인세제과-349, 2022.8.31.)에 따라, 2023.3.31. 직전 사업연도 퇴직자를 임금총액 및 상시 근로자수 계산 시 제외하는 방식으로 임금증가금액을 재계산하여 2017~2021사업연도 미환류소득에 대한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2023.6.14. 청구법인에게 법인세 OOO원을 환급하였다.

다. 처분청은 이후 기획재정부의 새로운 유권해석(법인세제과-488, 2023.9.5.)에 따라, 임금증가금액 계산 시 직전 사업연도 퇴직자의 경우 임금총액에서는 제외하는 것이나, 직전 사업연도의 상시근로자 인원 수에는 포함하여 계산해야 하는 것으로 보아, 아래 ＜표＞와 같이 미환류소득에서 차감하는 임금증가금액을 재계산하여 2024.3.12. 청구법인에게 2018~2021사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정.고지하였다.

＜표＞ 처분청의 경정 내역

(단위 : 사업연도, 명, 원)

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 법 조문의 문리해석상 직전 사업연도 퇴직자는 해당 사업연도 상시근로자에 해당하지 않으므로 직전 사업연도 상시근로자 수에서 제외하는 것이 정확한 상시근로자 수 및 임금증가금액을 도출하는 방법이다.

(가) 조특법 제100조의32에 따르면, 미환류소득을 산정함에 있어 임금증가금액이란 “상시근로자의 해당 사업연도 근로소득의 합계액 으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액”을 말한다.

법 조문에서 규정하는 “상시근로자의 해당 사업연도 근로소득”을 구체적으로 살펴보면, “당해 사업연도의 상시근로자에 해당하는 인원”에게 “지급한 근로소득”으로 해석되며, 이는 청구법인의 전 임직원에 대한 근로소득에서 임원 등 법에서 열거한 자를 제외한 상시근로자에게 지급하는 근로소득만을 의미하는바, 그 지급대상(인원)과 지급액(근로소득)은 상호불가분의 관계에 있다.

(나) 또한, 법정 산식상 기업소득에서 공제하는 임금증가금액은 직전 사업연도 대비 당해 사업연도 상시근로자 수의 증가 여부에 따라 임금증가금액에 가중치(100분의 150, 100분의 200)를 차등 적용하는바, 양 사업연도에 모두 상시근로자에 해당하는 인원에 한하여 상시근로자 수의 증감을 판단하는 것이 직전 사업연도 대비 당해 사업연도에 대한 정확한 비교가능성을 확보할 수 있는 것이며, 이는 곧 정확한 임금증가금액의 도출로 직결되는 것이다.

따라서, 직전 사업연도에 퇴사함으로써 당해 사업연도 상시근로자에 해당하지 않는 것이 명백한 인원의 임금이 직전 사업연도 임금지급액에서 제외된다면, 그 지급대상 인원을 상시근로자 수에서도 제외하는 것이 직전 사업연도 대비 당해 사업연도의 상시근로자 수 증가 여부 판단을 왜곡시키지 않는 것이다.

(2) 국세청 및 기획재정부의 기존 해석 역시 일관되게 지급 대상과 지급액을 상호불가분의 관계로 보고 있으므로 당해 사업연도 상시근로자에 포함하지 않는 직전 사업연도 퇴직자를 상시근로자 수에서 제외하여야 한다.

(가) 국세청은 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자가 미환류소득에 대한 법인세 적용대상 사업연도와 직전 사업연도 중 어느 하나의 사업연도에 조특법 시행령 제100조의32 제8항에 따른 상시근로자에 해당하지 않는 경우에는 해당 사업연도와 다른 사업연도의 상시근로자 수 및 임금지급액 계산 시 해당 근로자를 제외하고 조특법 제100조의32 제2항 제1호 나목의 “해당 사업연도 임금증가금액”을 산출하는 것으로 해석하였다.

(나) 기획재정부 역시 「법인세법 시행령」 제93조 제9항의 “근로소득의 합계액으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액”은 적용대상 사업연도와 직전 사업연도 중 어느 하나의 사업연도에 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자 중 「법인세법 시행령」 제93조 제8항에 해당하는 자가 있는 경우에는 양 사업연도에서 모두 제외한 근로자의 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득의 합계액으로 직전 사업연도 대비 증가한 금액을 산출하는 것으로 해석하였다.

(다) 결국, 양 기관의 해석 사례를 종합하여 판단해 보면 임금 지급 대상 인원과 그 지급액은 동시에 고려되어야 할 사항이며 불가분의 관계에 있으므로 ‘상시근로자’의 해당 사업연도 임금증가금액 계산 시 직전 사업연도 퇴직자의 경우 해당 사업연도와 직전 사업연도의 임금총액 및 상시근로자 수에서 모두 제외하는 것이 기존 예규에 부합하는 것으로 판단된다.

이는 앞서 법문의 문리해석과 논리적 흐름을 같이 하는 것으로, 결국 임금증가금액은 상시근로자를 전제로 해당인원에게 지급한 임금을 대상으로 계산하는바, 만약 상시근로자에 해당하지 않는 인원이라면 임금증가금액 집계 시 당연 제외되는 것이므로 ‘상시근로자 수’와 ‘지급한 임금’ 모두에서 제외되는 것이 바람직하다는 입장으로 귀결된다.

이와 같이, 국세청 및 기획재정부의 기존 해석 역시 지급대상과 지급액을 상호불가분의 관계로 보고 있으므로 직전 사업연도 퇴직자도 양 사업연도 중 상시근로자에서 제외하는 자로 규정하고 있는 임원 및 고액연봉자 등과 동일한 논리를 적용해야 할 것이다.

퇴직자의 경우에 한하여 상시근로자 수에는 포함하고 임금지급액에서만 제외한다면 임원 및 고액연봉자 등에서 실질적인 차이가 없음에도 불구하고 상시근로자 수 산정방식의 논리적 형평성을 유지하지 못하는 불합리가 존재하게 된다.

(3) 고용 및 임금증가 유도를 주된 목적으로 하는 미환류세제의 입법취지 및 개정방향을 살펴보더라도 직전 사업연도 퇴직자는 직전 사업연도 상시근로자 수에서 제외되는 것이 타당하다.

(가) 기업의 미환류소득에서 임금증가금액을 차감하는 기본 취지는 ‘고용 및 임금 증가’를 통해 기업소득을 가계소득으로 환류되도록 하는데 있는 것이며, 이는 해당 법령을 설계한 기획재정부의 개정세법 해설 및 세법개정안 문답자료 등 공식 자료 등을 통해 명확하게 확인된다.

또한, 이와 같은 입법취지에 맞추어 해당 법령의 최초 입법 이후 임금증가금액에 대한 가중치를 부여하는 방향의 개정이 이루어졌으며, 매 개정시마다 지속적으로 고배율의 가중치를 부여함으로써 고용증대 기업에 대한 세제혜택을 강화하는 방향의 정책운용이 이루어졌다.

구체적으로 살펴보면, 2014.12.23. 「법인세법」상 미환류세제 신설

시에는 기업소득에서 차감하는 투자, 배당, 임금 증가액에 대하여 별다른 가중치를 두지 않고 동일하게 취급하다가, 2016.12.20. 법 개정 시 상시근로자 수가 직전 대비 증가한 경우에는 상시근로자에 대한 임금증가금액에 0.5배 가중치를 부여하였고, 2017.12.19. 법 개정 시 상시근로자 수가 직전 대비 증가한 경우에는 신규 상시근로자 임금증가금액에 2배의 가중치를 부여하는 개정을 통해 고용 및 임금증가 중심의 제도 적용을 유도하였다.

(나) 이와 같이, 당초 정책이 고용 및 임금증가 유도를 염두에 두고 설계되었으며 지속적인 세제혜택 강화를 통해 운용되었음에도 불구하고, 직전 사업연도 퇴직자를 상시근로자 수에 포함하여 임금증가금액을 감소시키는 처분청의 논리는 고용 및 임금증가를 통한 환류효과 증대라는 입법취지에 반할 뿐 아니라, 나아가 고용의 증가에 대한 임금증가금액의 가중치 반영효과를 상쇄하는 모순적인 결과를 야기하게 된다.

만약 직전 사업연도 퇴직자를 임금지급액에서만 제외하고 상시근로자 수에서는 포함하여 계산한다면, 다음 사례와 같이 기업은 신규 직원을 고용하여 임금을 지급하고 이는 해당 직원의 가계소득을 구성하여 기업소득이 가계소득으로 환류되었음에도 불구하고 고용을 통한 임금지급 효과를 계산하는데 있어 고용의 효과가 반영되지 아니하는바, 해당 제도의 취지에 부합하지 않는다고 판단된다.

＜청구법인이 제시한 사례 예시＞

(4) 처분청의 답변에 대한 청구법인의 항변은 다음과 같다.

(가) 처분청은 기획재정부의 유권해석(법인세제과-488, 2023.9.5.)은 내국법인이 미환류소득에서 차감하는 임금증가금액 계산 시 직전 사업연도 퇴직자의 경우 직전 사업연도 임금총액에서 차감하여 임금증가금액 증가효과는 반영하되, 직전 사업연도 대비 상시근로자 수가 증가하는 경우 적용하는 가중치 결정을 판단할 때는 직전 사업연도 퇴직자의 경우 직전 사업연도 상시근로자 수에 포함하여 실제 고용이 증가한 법인에게 가중치가 적용되도록 한 것이라는 의견이나,

임금증가금액 계산 시 ‘임금’이란 조특법상 상시근로자에 해당하는 인원에 대해 지급된 근로소득만을 의미하므로 상시근로자 수 산정 시에도 직전 사업연도 퇴직자를 제외하여야 한다.

설령, 직전 사업연도 대비 해당 사업연도 상시근로자 수의 변동이 없어 임금증가액 산정 시 가중치를 적용하지 못하더라도 이는 법정 산식 및 입법 취지상 ‘고용증가’와 관련된 추가적인 세제 혜택을 누리지 못하는 것일 뿐, ‘임금증가’와 관련된 세제 혜택은 가중치 없이 적용이 가능한 것인바, 상시근로자 수가 임금증가금액과 별개로 산정되어야 하는 근거로 볼 수는 없다.

(나) 처분청은 미환류소득 산정 시 상시근로자 수는 법령상 규정된 산식에 따라 계산해야 하며, 직전 사업연도 퇴직자의 경우 직전 사업연도 퇴직 월까지는 직전 사업연도 상시근로자 수에 포함하는 것이 타당하다는 의견이나, 직전 사업연도 퇴직자는 해당 사업연도 기준에서 판단할 시 상시근로자에 해당하지 않는다.

조특법 시행령 제100조의32 제11항에서, 상시근로자 수의 계산은 조특법 시행령 제26조의4 제3항을 준용하도록 규정하고 있다.

해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수의 합 해당 과세연도의 개월 수

상기 산식상 직전 사업연도 퇴직자를 상시근로자 수 산정 시 제외하는 것은 단순하게 조특법 시행령 제26조의 4 제10항을 준용하는 것이 아니며, 직전 사업연도 중 이미 퇴사가 이루어진 상시근로자로서 해당 사업연도 기준에서 판단 시 비교 대상 상시근로자에 해당하지 않기 떄문이다.

2024.2.29. 개정된 조특법 시행령 제100조의32 제9항에서는 임금증가금액을 ‘「소득세법」에 따른 근로소득’에서 ‘해당 사업연도의 상시근로자에게 지급한 「소득세법」에 따른 근로소득’으로 구체적으로 규정함으로써 해당 사업연도 상시근로자만을 산식상 고려대상으로 명확화하였다.

해당 법조문이 해당 사업연도의 상시근로자에게 지급한 근로소득만을 임금증가금액 산정 대상으로 정하도록 명시적으로 개정된 점을 감안할때, 상시근로자 수 산정 시 해당 사업연도의 상시근로자에 해당하지 않는 것이 명백한 직전 사업연도 퇴직자를 상시근로자 수에 포함하는 것은 논리적으로 타당하지 않다.

더하여, 직전 사업연도 퇴직자는 직전 사업연도 기준에서 상시근로자 수를 산정할 당시 월할 반영되어 직직전 사업연도 대비 고용 감소 효과 및 임금증가금액의 차감 효과가 반영된 인원에 해당한다.

즉, 전기 퇴직자의 상시근로자 감소 및 임금 지급액 감소에 따른 과세효과는 직전 사업연도 미환류소득 산정 시 반영된 것인바, 해당 사업연도 기준에서 직전 사업연도 상시근로자로 포함되는 것은 전기 대비 당기의 임금 증가 및 고용 증가 효과를 왜곡하는 결과를 초래하는 것이다.

(다) 처분청은 앞선 청구법인의 경정청구 시 청구법인의 상시근로자 수 판단 및 임금지급액 계산 방식이 적절하게 적용되었다는 점을 인정하였던바, 새로운 해석에 의해 소급하여 과세되는 것은 신의성실의 원칙에 반하는 처분에 해당한다.

1) 「국세기본법」 제18조에서는 세법 해석이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그러한 해석에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석에 의해 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제15조에서는 세무공무원이 직무를 수행할 때 신의에 따라 성실하게 하여야 한다고 규정하고 있다.

대법원은 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 1995.6.16. 선고 94누12159 판결 참조)고 판시하였다.

위 대법원의 판단기준을 이 건에 종합해 보면, ① 기획재정부(법인세제과-312, 2016.3.30.) 및 국세청(서면-2020-법인-1553, 2021.4.20., 서면-2021-법인-4874, 2021.11.9.)은 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자가 해당 사업연도와 직전 사업연도 중 어느 하나의 사업연도에 같은 법 시행령 제100조의32 제8항에 따른 상시근로자에 해당하지 않는 경우에는 해당 사업연도와 다른 사업연도의 상시근로자 수 및 임금지급액 계산 시 해당 근로자를 제외하고 해당 사업연도 임금증가금액을 산출하는 것이라는 견해를 명시적으로 표명해 왔으며,

이러한 견해 표명은 미환류세제가 도입된 직후인 2016년부터 2021년에 이르기까지 일관되게 이루어진바, 납세자에게 예측가능성을 부여할 정도에 이르렀다고 보는 것이 타당하다.

또한 직전 사업연도 퇴직자가 있는 경우와 관련하여, 기획재정부(법인세제과-349, 2022.8.31)와 국세청(기준-2022-법무법인-72, 2022.9.7, 기준-2022-법무법인-99, 2022.9.7)은 해당 사업연도 임금증가금액의 계산 시 직전 사업연도 퇴직자의 경우 해당 사업연도와 직전 사업연도의 임금총액에서 모두 제외하는 것이라는 견해를 구체적으로 표명하였다.

② 아울러, 처분청의 위와 같은 공적 견해표명을 신뢰한 데에 청구법인의 귀책사유는 존재하지 않는다. 납세자는 세법을 집행하는 관할관청인 과세관청이 표명하는 해석을 신뢰할 수밖에 없고, 국세청은 위와 같은 공적 견해를 일관적으로 표명해 왔는바, 청구법인이 과세관청의 거듭된 유권해석을 신뢰한 데 귀책사유가 있었다고 볼 수 없다.

더욱이, 조특법 제100조의32 제2항 제1호 나목의 문언상 “상시근로자의 해당 사업연도 임금증가금액”이라고 기재되어 있어 “상시근로자”가 “해당 사업연도 임금증가금액”을 수식하고 있으므로, 문언상 ‘상시근로자 수’를 판단할 때와 ‘임금증가금액’을 계산할 때의 상시근로자 수 산정 방법이 달리 적용된다는 것을 예측할 수 없다.

③ 이에 따라, 청구법인은 그러한 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 경정을 청구하는 행위를 하였다. 청구법인은 상기와 같은 처분청의 공적인 견해표시 및 이에 부수되는 유권해석에 따라 직전 사업연도 퇴직자는 상시근로자 수 판단 및 임금지급액 계산 시에 모두 제외된다는 정당한 신뢰를 가지고 미환류소득에 대한 법인세 경정청구를 제기하였으며, 처분청 또한 청구법인과 같은 취지로 해석하여, 당초 경정청구를 인용하고 법인세액을 환급한 사실이 존재한다.

④ 결국, 처분청은 위와 같은 견해 표명에 반하는 처분(이 건 부과처분)을 한 것이다. 따라서, 처분청의 주장은 당초 처분청의 공적 견해를 뒤집는 처분에 해당하는바, 납세자의 정당한 신뢰에 기반한 이익을 침해하는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 임금증가금액 계산 시 상시근로자 수는 임금증가금액의 가중치 적용의 수단일 뿐이다.

기업의 소득을 투자·임금증가 등으로 선순환 시키려는 정책적 목적으로 도입된 기업소득환류세제는 단순히 임금증가뿐 아니라, 고용 증가를 유도하기 위해 고용 증가 가중치를 강화하는 방향으로 개정이 되었다.

가중치의 적용은 직전 대비 해당 사업연도에 상시근로자 수가 증가하였는지에 따라 임금증가금액을 계산하는 것인 반면, 임금증가금액은 고용창출 효과가 없더라도(즉, 상시근로자 수의 변동이 없더라도) 해당 사업연도의 상시근로자를 기준으로 직전 대비 해당 사업연도에 증가한 임금 지급액을 계산하는 것이다.

따라서, 상시근로자 수 산정은 임금증가금액에 고용창출에 대한 가중치 적용의 수단일 뿐이며, 해당 사업연도의 임금 지급액과는 별개로 산정·적용하는 것이다.

(2) 상시근로자 수 산정 시 법령에 따라 전기 퇴직자는 전기 상시근로자에 해당한다.

미환류소득 산정 시 상시근로자 수는 조특법 시행령 제100조의32 제11항 및 같은 법 시행령 제26조의4 제3항에 따라 다음 산식으로 계산되는 것으로, 직전 사업연도 퇴직자의 경우 직전 사업연도 퇴직월까지는 직전 사업연도 상시근로자 수에 포함하는 것이 타당하다.

해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수의 합

해당 과세연도의 개월 수

만일 청구법인 주장대로 직전 사업연도 퇴직자를 직전 사업연도 상시근로자 수에서 제외하고 계산한다면, 고용인원의 변동이 없음에도 불구하고 고용창출이 있는 것과 같은 착시효과를 초래하여, 고용 증가 없이도 가중치가 적용되어 과도한 세액 감소효과가 나타나게 되어 고용창출이라는 정책적 목적 달성을 위해 개정된 미환류소득에 대한 법인세의 정책목적을 왜곡하게 되는 결과가 초래된다.

＜처분청이 제시한 사례 예시＞

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

미환류소득에서 차감하는 임금증가액 계산 시 직전 사업연도에 퇴직한 상시근로자를 직전 사업연도의 상시근로자 수에서 차감하여야 하는지 여부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 기업소득의 일정액을 투자.임금증가.배당 등에 사용하지 않는 경우 법인세를 추가 과세하는 기업소득환류세제는 2015년 「법인세법」상 신설되어 2017년 일몰 종료되면서, 조특법으로 이관하여 ‘투자.상생협력촉진세제’로 신설되었고, 기업소득에서 공제하는 임금증가금액은 임원, 고액연봉자, 최대주주 및 그 친족 등을 제외한 직원의 전년대비 근로소득 증가액인바, 청구법인은 당초 법인세 신고 시에는 당해 사업연도에 퇴직한 근로자의 경우 당해 연도 퇴직일까지의 임금과 직전 연도 임금을 각 사업연도 임금총액에 포함하여 임금증가금액을 계산하는 방식으로 미환류소득에 대한 법인세를 신고·납부하였다.

(2) 청구법인은 기획재정부의 예규(법인세제과-349, 2022.8.31.) 등에 따라 임금증가금액 계산 시 직전 사업연도 퇴직자의 경우, 직전 사업연도의 임금총액 및 상시근로자 수에서 제외하는 방식으로 재계산하여 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 청구법인의 경정청구를 받아들여 2017∼2021사업연도 법인세 OOO원을 환급한 것으로 확인된다.

＜청구법인이 제시한 예규＞

(3) 처분청은 기획재정부의 새로운 예규(법인세제과-488, 2023.9.5.)가 생성됨에 따라 임금증가금액 계산 시 직전 사업연도 퇴직자의 경우, 직전 사업연도의 임금총액에서는 제외하는 것이나, 상시근로자 수에는 포함하는 것으로 재계산하여 청구법인에게 2018∼2021사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정.고지하였다.

＜처분청이 제시한 예규＞

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것인바(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 참조),

청구법인은 미환류소득에서 차감하는 임금증가금액 계산 시 직전 사업연도의 퇴직자를 직전 사업연도의 상시근로자 수에서 제외하여야 한다고 주장하나, 조특법 제100조의32 및 같은 법 시행령 제100조의32에 따르면, 미환류소득에서 차감하는 임금증가금액 계산 시의 상시근로자 수 산정은 조특법 시행령 제26조의4 제3항을 준용한다고 규정되어 있어, 청구주장과 같이 직전 사업연도 퇴직자를 상시근로자 수 산정시 제외하는 것으로 규정하고 있는 조특법 시행령 제26조의4 제10항을 적용하도록 하는 법령이 존재하지 아니하는 점,

청구주장과 같이 직전 사업연도 퇴직자를 상시근로자 수에서 제외할 경우 고용을 계속하여 유지하는 기업은 임금증가금액에 대한 가중치가 적용되지 아니하는 반면에, 퇴직과 고용을 반복하는 기업은 미환류소득 산정 시 상시근로자 수 증가에 따른 가중치를 적용받게 되어 오히려 고용을 계속하여 유지하는 기업보다 세부담 측면에서 유리하게 되어 불합리해 보이는 점,

기획재정부에서는 이와 같은 문제점을 고려하여 새로운 유권해석을 통해 상시근로자 수가 증가하는 경우 적용하는 가중치(100분의 150, 100분의 200) 적용 시 직전 사업연도 퇴직자는 직전 사업연도 상시근로자 수에 포함하여 실제 고용이 증가한 법인에게 위와 같은 가중치를 적용하도록 해석하고 있는 점(조심 2024서3112, 2024.12.30. 같은 뜻임),

또한, 청구법인은 처분청이 앞선 청구법인의 경정청구 시 청구법인의 상시근로자 수 판단 및 임금지급액 계산 방식이 적절하게 적용된 것으로 판단하였으므로, 이 건 부과처분은 새로운 해석에 의해 소급하여 과세되는 것으로서, 신의성실의 원칙에 반하는 처분에 해당한다고도 주장하나,

조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법원칙으로서, 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 의미하는 것이나(대법원 2013.12.26. 선고 2011두5940 판결 등 참조), 종전의 해석이 명백히 법령을 위반한 경우는 그러하지 아니하는 것이고, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 증명책임은 그 주장자인 납세자에게 있다 할 것인바,

청구법인이 제시한 과세관청의 유권해석은 청구법인이 질의를 한 것이 아니고, 납세자의 질의에 대한 일반적인 견해표명에 불과한 것이며, 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하는 것이나, 종전의 해석이 명백히 법령을 위반한 경우에는 그러하지 아니한 점,

처분청이 비록 청구법인의 경정청구를 받아들여 2017∼2021사업연도 법인세를 환급하였다고 하더라도, 청구법인 또한 당초 임금증가액 계산시 직전 사업연도 퇴직자의 임금지급액 및 상시근로자 수 산정에 있어 모두 포함하여 계산한 것으로 나타나, 이 건 임금증가금액의 계산방식에 청구법인이 보호 받을만한 비과세의 관행 등의 신뢰가 형성되었다고 보기 어렵고, 그러한 사정만으로 청구법인의 이 건 법인세 납세의무를 배제하기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정된 것)

제15조(신의·성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

(2) 조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것)

제100조의32(투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」 제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인은 제외한다.

가. 대통령령으로 정하는 중소기업

나. 대통령령으로 정하는 비영리법인

다. 제104조의31 제1항 및 「법인세법」 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인

2. 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인

② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(「법인세법」 제76조의17에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 해당 사업연도(2022년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "기업소득"이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법

가. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 자산에 대한 투자 합계액

나. 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 해당 사업연도 임금증가금액으로서 다음 구분에 따른 금액이 있는 경우 그 금액을 합한 금액

1) 상시근로자의 해당 사업연도 임금이 증가한 경우

가) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가하지 아니한 경우: 상시근로자 임금증가금액

나) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우: 기존 상시근로자 임금증가금액에 100분의 150을 곱한 금액과 신규 상시근로자 임금증가금액에 100분의 200을 곱한 금액을 합한 금액

⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 투자 합계액, 임금증가금액, 상시근로자 수 또는 청년정규직근로자 수의 계산방법 등과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2022.1.25. 대통령령 제32370호로 일부개정되기 전의 것)

제26조의4(근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ② 법 제29조의4 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 상시 근로자”란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 “상시근로자”라 한다)를 말한다.

1. 「법인세법 시행령」 제40조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 임원

2. 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외한다)이 7천만원 이상인 근로자

3. 기획재정부령으로 정하는 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다) 및 그와 「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항에 따른 친족관계인 근로자

4. 「소득세법 시행령」 제196조에 따른 근로소득원천징수부에 의하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 아니하는 근로자

5. 근로계약기간이 1년 미만인 근로자(근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상인 근로자는 제외한다)

6. 「근로기준법」 제2조 제1항 제9호에 따른 단시간근로자

③ 법 제29조의4 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자 수는 다음 계산식에 따라 계산한다. 이 경우 100분의 1 미만의 부분은 없는 것으로 한다

④ 법 제29조의4 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 임금은 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 소득의 합계액(비과세소득의 금액은 제외한다)을 말한다.

⑨ 제2항 제2호에 따른 근로소득의 금액 및 제5항에 따른 평균임금을 계산할 때 해당 과세연도의 근로제공기간이 1년 미만인 상시근로자가 있는 경우에는 해당 상시근로자의 근로소득의 금액 또는 임금을 해당 과세연도 근무제공월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 산출한 금액을 해당 상시근로자의 근로소득의 금액 또는 임금으로 본다.

⑩ 법 제29조의4 제1항 및 제5항에 따라 세액공제를 받으려는 과세연도의 종료일 전 5년 이내의 기간 중에 퇴사하거나 새로 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 근로자가 있는 경우에는 제3항에 따른 상시근로자 수 및 제5항에 따른 평균임금을 계산할 때 해당 근로자를 제외하고 계산하며, 세액공제를 받으려는 과세연도의 종료일 전 5년 이내의 기간 중에 입사한 근로자가 있는 경우에는 제6항에 따라 해당 근로자가 입사한 과세연도의 평균임금 증가율을 계산할 때 해당 근로자를 제외하고 계산한다.

제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ⑧ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 1)부터 3)까지 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 상시근로자”란 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 근로자를 말한다. 다만, 다음 각 호의 자는 제외한다.

1. 제26조의4 제2항 제1호 및 제3호부터 제6호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자

2. 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득의 금액이 8천만원 이상인 근로자

⑨ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 1)부터 3)까지 외의 부분에 따른 임금증가금액은 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득(「법인세법 시행령」 제19조 제16호에 따른 우리사주조합에 출연하는 자사주의 장부가액 또는 금품으로서 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 포함하며, 해당 법인이 손금으로 산입한 금액에 한정한다)의 합계액(이하 이 조에서 "임금지급액"이라 한다)으로서 직전 사업연도 대비 증가한 금액으로 한다.

⑩ 법 제100조의32 제2항 제1호 나목 1) 나)에 따른 기존 상시근로자 임금증가금액과 신규 상시근로자 임금증가금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 제2호에 따라 계산한 금액은 해당 연도 상시근로자 임금증가금액을 한도로 한다.

1. 기존 상시근로자 임금증가금액: 해당 연도 상시근로자 임금증가금액에서 제2호에 따라 계산한 금액을 뺀 금액

2. 신규 상시근로자 임금증가금액: (해당 연도 상시근로자 수 - 직전 연도 상시근로자 수) × 해당 연도에 최초로 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 상시근로자(근로계약을 갱신하는 경우는 제외한다)에 대한 기획재정부령으로 정하는 임금지급액의 평균액

⑪ 제8항 및 제10항에 따른 상시근로자 수의 계산은 제26조의4 제3항을 준용한다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙(2023.6.7. 기획재정부령 997호로 일부개정되기 전의 것

제45조의9(투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례) ⑨ 영 제100조의32 제10항 제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 임금지급액의 평균액"이란 제1호의 금액을 제2호의 금액으로 나누어 계산한 금액을 말한다.

1. 해당 사업연도에 최초로 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 상시근로자(근로계약을 갱신하는 경우는 제외하며, 이하 이 항에서 "신규 상시근로자"라 한다)에 대한 영 제100조의32 제9항에 따른 임금지급액

2. 영 제26조의4 제3항의 상시근로자 수 계산방법을 준용하여 계산한 신규 상시근로자 수