이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2021.2.3. 건물개발 및 공급업 등을 목적으로 설립된 유한회사 AAA(2021.2.3. 설립, 2022.11.11. 유한회사 BBB으로 상호 변경, 이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주식 6,000주(지분율 100%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2022.11.8. 이사인 aaa로부터 양수하였다.

나. 처분청은 청구인이 2022.11.8. 쟁점주식을 취득하여 「지방세법」제7조 제5항 및 같은 법 시행령 제11조에 따른 쟁점법인의 과점주주에 해당하게 되었으나, 이에 따른 취득세를 신고·납부하지 아니한 것으로 보아, 2024.8.20. 청구인에게 쟁점법인의 취득세 과세대상 물건의 장부가액에 쟁점주식의 지분율(100%)을 곱한 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.8.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주식의 인수자금은 주식회사 CCC(청구인과 bbb이 50 : 50의 비율로 설립)에서 출자되었으므로 실제 쟁점주식의 취득은 청구인과 bbb이 50 : 50의 비율로 취득한 것이고, 쟁점법인을 인수함에 있어 청구인이 형식상 먼저 쟁점주식을 취득하였을 뿐이다.

간주취득세 등에 대하여 무지했던 청구인이 먼저 쟁점주식을 취득한 후 bbb과 쟁점법인의 지분을 나누는 변경등기를 한 것으로, 청구인이 실제 쟁점법인을 지배하여 그 권리를 행사한 부분은 없으며, 대출승계 등 모든 업무를 bbb의 관여 하에 하였으므로 청구인은 쟁점법인의 과점주주에 해당하지 않는다.

나. 처분청 의견

쟁점법인의 주식등변동상황명세서 및 주식·출자지분 양도명세서에서 청구인이 2022.11.8. 쟁점법인의 주식 100%를 취득한 것으로 나타나고, 같은 날 쟁점법인의 이사로 취임하여 현재까지 재직하고 있는 것으로 확인되는 반면, 청구인은 쟁점법인의 주식 중 50%가 bbb의 소유라고 주장만 할 뿐 이를 입증할 객관적인 자료는 제출하지 못하고 있다.

과점주주의 취득세 납세의무와 관련하여 과점주주에 해당하는지 여부, 과점주주 주식소유비율이 증가하였는지 여부 등을 판단함에 있어 과세관청은 해당 주식의 소유사실 등을 주식등변동상황명세서 등의 자료에 의하여 이를 입증하면 충분하고, 다만 외견상 주주로 보이는 경우에도 자신이 주주가 아님을 주장하는 자는 법원의 확정판결이나 이에 준하는 객관적 심리자료 등에 의해 입증하여야만 그 입증책임을 다하였다고 할 것인바, 쟁점법인이 관할 세무서장에게 신고한 2022사업연도의 주식등변동상황명세서 및 주식·출자지분 양도명세서에 따르면 청구인은 2022.11.8. 쟁점주식의 취득을 통하여 「지방세법」 제7조 제5항 및 같은 법 시행령 제11조에 따른 과점주주에 해당하게 된 사실이 확인되므로 처분청이 청구인에게 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인을 쟁점법인의 과점주주로 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세기본법

제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

(2) 지방세법(2023.3.14. 법률 제19230호로 개정되기 전의 것)

제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.

제10조의6(취득으로 보는 경우의 과세표준) ④ 제7조 제5항 전단에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등의 취득당시가액은 해당 법인의 결산서와 그 밖의 장부 등에 따른 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 취득당시가액과 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 한다.

(3) 지방세법 시행령(2023.3.14. 대통령령 제33325호로 개정되기 전의 것)

제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 “주식등”이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 "주식등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

③ 과점주주였으나 주식등의 양도, 해당 법인의 증자 등으로 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 해당 법인의 주식등을 취득하여 다시 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율보다 증가된 경우에만 그 증가분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 따라 취득세를 부과한다.

④ 법 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득세 과세자료를 확인한 시장·군수·구청장은 그 과점주주에게 과세할 과세물건이 다른 특별자치시·특별자치도·시·군 또는 구(자치구를 말한다. 이하 "시·군·구"라 한다)에 있을 경우에는 지체 없이 그 과세물건을 관할하는 시장·군수·구청장에게 과점주주의 주식등의 비율, 과세물건, 가격명세 및 그 밖에 취득세 부과에 필요한 자료를 통보하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 쟁점법인은 2021.2.3. 주거용 건물개발 및 공급업을 영위할 목적으로 경기도 화성시 OOO을 본점 소재지로 하여 설립되었고, 총 발행주식은 6,000주(액면가액 OOO원)이며, 주주인 aaa가 100%를 소유하다가 2022.11.8. 청구인에게 쟁점주식 전부를 양도한 것으로 나타난다.

(나) 쟁점법인의 등기사항증명서에 따르면 청구인은 2022.11.8. 쟁점법인의 이사로 등기되었고, 2023.2.9. bbb이 이사로, 청구인이 같은 날 대표이사로 등기되었으며, 2023.9.6. bbb이 대표이사로 등기된 것으로 나타난다.

(다) 청구인은 쟁점주식의 실질 소유자가 주식회사 CCC로서, 청구인은 bbb과 주식회사 CCC를 각 50%의 비율로 공동소유하고 있으므로 쟁점주식 또한 bbb과 50%를 소유하고 있다고 보아야 한다고 주장하며, 주식회사 CCC ccc(청구인) 명의의 OOO은행 계좌거래내역을 제출하였고, 2021.6.1.~2024.9.23. 기간 동안 주식회사 CCC에서 쟁점법인으로 출금된 합계액이 OOO원(19건)으로 나타난다.

(라) 청구인은 2023.2.6. 자로 작성된 쟁점법인의 정관을 제출하였고, 그 주요 내용은 다음과 같다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세기본법」제46조 제2호, 「지방세법」제7조 제5항 및 같은 법 시행령 제11조 등의 규정에 따르면, “주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인들이 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 그 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 과점주주가 되었을 때에는, 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 보도록 규정하고 있다.

여기서 과점주주에 해당하는지 여부, 과점주주 주식소유비율이 증가되었는지 여부 등을 판단함에 있어 주식의 소유사실 등은 과세관청이 주식등변동상황명세서 등의 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 외견상 주주로 보이는 경우에도 자신이 주주가 아님을 주장하는 자는 법원의 확정판결이나 이에 준하는 객관적 심리자료 등에 의해 입증하여야만 그 입증책임을 다하였다고 볼 수 있다 할 것이다(조심 2015지702, 2015.7.13. 등 다수, 같은 뜻임).

(나) 청구인은 쟁점법인의 주식을 실질적으로 50%만 보유하였으므로 청구인을 쟁점법인의 과점주주로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분이 부당하다고 주장하나, 쟁점법인의 주식등변동상황명세서에 따르면 청구인은 2022.11.8. 쟁점법인의 주식 6,000주(100%)를 aaa로부터 취득한 것으로 나타나고, 이에 대하여 취득세 등을 신고·납부하지 않았으며, 청구인은 쟁점법인의 정관에서 bbb이 쟁점법인의 주식 50%를 소유하게 된 것이 입증된다고 하나, 해당 정관의 내용은 공증 등을 받지 않은 임의로 변경가능한 자료로서, 변경내역 정리표에는 쟁점법인의 출자좌수만 변경(6,000좌 → 20,000좌)되었을 뿐, 사원은 계속하여 청구인 1명으로 기재되어 있어 실제 bbb이 쟁점법인의 주식을 소유하였는지 단정할 수 없고, 쟁점법인의 등기사항증명서에는 청구인이 쟁점주식을 취득한 2022.11.8.부터 이사로 등기되어 있으며, 2023.2.9. 대표이사로 등기되는 등 쟁점주식에 대한 권리를 실질적으로 행사하지 않았다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 위 청구주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다.

따라서 처분청이 청구인을 2022.11.8. 현재 쟁점법인의 과점주주로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항, 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.