이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 서울특별시 종로구 OOO동에서 A대학교를 운영하는 학교법인이다.

나. 청구법인은 2004.9.14.∼2010.1.28. 취득한 서울특별시 종로구 OOO 외 14건의 토지 28,701㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2020.7.31. B 주식회사에 OOO원에 양도하였다.

다. 처분청은 재산세 정기분 과세자료를 기초로 청구법인에게 2018.11.15. 2018년 귀속 종합부동산세 OOO원을 결정·고지하였다가, 서울특별시 종로구청장으로부터 수보한 쟁점토지분 재산세 수시세액 변동자료를 토대로 청구법인이 쟁점토지를 교육목적으로 직접 사용하지 아니하였다고 보아, 2023.5.19. 청구법인에게 2018년 귀속 종합부동산세 OOO원을 추가로 결정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.7.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점토지를 취득하여 삼림과학대학의 ‘산림측정학 및 실습’등 학교 사업에 사용하였다. 이에 따라 「지방세특례제한법」 제41조 제2항에서 규정한 ‘학교 등이 과세기준일(6.1.) 현재 교육사업에 직접 사용하는 부동산’으로 보아 2007년부터 재산세를 면제받았다.

(2) 청구법인은 쟁점토지를 삼림과학대학 실습장 등으로 사용하기 위하여 구체적으로 그 적합성 조사를 실시하였고, 학술림으로서 적합하다고 보아, 각 교과목에서 실제로 실습장으로 계속·반복적으로 학교교육을 위하여 사용하였다.

(가) 청구법인은 쟁점토지에 대하여 ‘교육용 활용 적합성’을 조사한 결과, 해당부지가 학술적 가치가 높다고 판단하였고, 체계적이고 구체적인 연구를 거쳐 계획적으로 실습장으로 활용하였으므로 교육사업에 일시적으로 사용한 것으로 볼 수 없다.

(나) 쟁점토지는 다수의 정규 교과과정(조림학 및 실습, 측량학 및 실습 등 6개 과목)에서 주요 실습장으로 사용되었다.

(다) 정규 교과과정 이외에도 쟁점토지에서 매년 식목행사를 개최하였고, ‘학교 소유 학술림 숲 가꾸기 사업’ 및 ‘평생교육원 교과목’(임업인, 귀산촌 전문과정)의 실습장으로도 사용되었다.

(라) 쟁점토지에서 삼림과학대학 소속 교수 및 연구원들이 수목 생장환경, 도시숲, 도시생태계, 도시양봉 등에 관한 다양한 연구를 수행하였는바, 쟁점토지는 학술 연구목적으로도 활발히 사용되었다.

(마) 쟁점토지를 실습장으로 사용하기 위하여 교육시설(관리실, 간이 강의실, 실습도구 창고)을 설치하고, 측량수업 등을 위한 각종 실습도구를 보관하였으며, 그 밖에 실습수업 협조요청서 등 쟁점토지가 학교 수업에 사용되었다는 것을 증명하는 다수의 근거자료들이 확인된다.

(3) 청구법인의 쟁점토지가 학교 용도에 직접 사용하는 것이 아니더라도, 청구법인의 쟁점토지 중 묘목장, 가설건축물 설치 장소로 사용된 면적에 대해서는 종합부동산세 등의 부과가 취소되어야 한다.

(가) 쟁점토지가 학교 용도에 직접 사용한 것으로서 감면대상인지에 관한 2018년도분 재산세에 대한 선결정례(조심 2023지4104)에서는 묘목장과 가설건축물을 그 외 구역인 임야와 구별하였다. 묘목장에 대해서는 나무(묘목)을 심을 수 있는 밭갈이가 되어 있고, 침엽수 묘목이 자라나는 것으로 나타난다고 인정하였으며, 가설건축물에 대해서는 산림실습 교육과 관련한 준비 장소, 교육기자재 보관 장소로 인정하고 A대학교 산림환경시스템학과의 학생들이 실습장으로 사용한 것으로 학교에 직접 사용하는 부동산으로 보아 과세를 제외하는 것으로 결정하였다.

(나) 묘목장을 필지별로 구분했을 때, 서울특별시 종로구 OOO 토지는 필지 전체가 묘목장 부지로 사용되었고, OOO 토지는 부분적으로 사용되었으며, OOO 토지는 사용되지 아니하였다(＜별지＞ 참고).

나. 처분청 의견

(1) 「종합부동산세법」제17조 제1항에 따르면, ‘관할세무서장은 제16조 제3항에 따른 신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 때에는 해당 연도의 과세표준과 세액을 경정한다’고 규정되어 있다. 종합부동산세는 재산세의 후행 세목으로 종합부동산세 과세대상 토지의 분류는 「지방세법」에 따르는 것이다. 따라서 쟁점토지가 종합합산과세대상인지, 분리과세대상인지는 재산세 부과권자와 다투어야 한다.

(2) 청구법인은 과세기준일 현재 쟁점토지분 재산세 납세의무자로서 「종합부동산세법」 제12조 제1항의 규정에 해당이 되면, 종합부동산세 과세대상이다.

(3) 2014년 4월 청구법인과 서울특별시 종로구청장간에 C 사업 관련 업무협력 및 교류협약이 체결되었고, 2015.10.22. 서울특별시의회의 제15차 도시계획위원회에서 쟁점토지 중 하나인 OOO동 OOO번지 일대의 도시계획시설을 초·중·고에서 대학교로 변경하기로 하였는데, 청구법인은 쟁점토지에서 ‘A대학교 제3캠퍼스 조성사업’을 시행하지 아니하고 2020.7.31. 쟁점토지를 양도하였다.

(가) A대학교는 2015년 제1기부터 2020년 제1기 과세기간까지 북악캠퍼스 인테리어 및 건물보수공사 위주로 다수의 매입세금계산서 수취내역이 확인되나, A대학교 제3캠퍼스 조성사업과 관련된 지출내역은 확인되지 아니한다.

(나) 청구법인은 쟁점토지를 산림환경시스템학과의 실습장으로 사용하였다고 주장하나, A대학교 a 전 총장이 한 2014.4.22. 인터뷰에서는 ‘쟁점토지를 가지면서 사용하지 아니하면, 법적인 문제가 있을 수 있으므로 실습장이라는 이름을 붙인 것이고, 실제 실습은 지방의 산림에서 실습을 한다’고 답변하였는바, 청구법인은 처음부터 쟁점토지를 산림환경시스템학과의 실습장으로 사용할 의도가 없었고, 단지 취득세와 재산세의 납부를 회피하기 위하여 실습장으로 명칭만 하였다.

(4) 「지방세특례제한법」 제41조 제2항에서는 학교 등이 재산세 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 면제한다고 규정하고 있고, 학교용 건축물을 건축하기 위한 토지의 경우, 그 건축물을 건축 중인 경우에 한해 재산세를 면제하는 것인데, 청구법인은 A대학교 제3캠퍼스 조성을 위해 쟁점토지를 취득한 후 학교용 건축물을 신축하지 아니한 상태에서 2020.7.31. 이를 매각하였는바, 이는 청구법인이 쟁점토지를 학교 용도에 직접 사용하지 아니하였다는 것은 인정하는 것이고, 쟁점토지가 재산세 면제대상이라는 사실에 대한 입증책임은 이를 주장하는 청구법인에게 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보아 청구법인에게 종합부동산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 종합부동산세법

제6조(비과세 등) ①「지방세특례제한법」 또는 「조세특례제한법」에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 “재산세의 감면규정”이라 한다)은 종합부동산세를 부과하는 경우에 준용한다.

② 「지방세특례제한법」 제4조에 따른 시ㆍ군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과하는 경우에 준용한다.

③ 제1항 및 제2항에 따라 재산세의 감면규정을 준용하는 경우 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율(비과세 또는 과세면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다.

④ 제1항 및 제2항의 재산세의 감면규정 또는 분리과세규정에 따라 종합부동산세를 경감하는 것이 종합부동산세를 부과하는 취지에 비추어 적합하지 않은 것으로 인정되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 종합부동산세를 부과할 때 제1항 및 제2항 또는 그 분리과세규정을 적용하지 아니한다.

제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

② 수탁자의 명의로 등기 또는 등록된 신탁재산으로서 토지(이하 “신탁토지”라 한다)의 경우에는 제1항에도 불구하고 위탁자가 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 이 경우 위탁자가 신탁토지를 소유한 것으로 본다.

(2) 지방세특례제한법

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ② 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조 제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2004.9.14.부터 2010.1.28.까지 쟁점토지를 순차적으로 취득하였고, 2020.7.31. 주택개발업을 영위하는 주식회사 D에 OOO원에 양도하였다.

(나) 쟁점토지는 2007년부터 「지방세특례제한법」 제41조 제2항에 따라 학교법인이 과세기준일 현재 교육사업에 직접 사용하는 부동산으로서 재산세를 면제받았다.

(다) 서울특별시장은 2015.11.19. 청구법인이 쟁점토지에 A대학교 제3캠퍼스를 조성할 수 있도록 ‘도시계획시설 및 세부시설 조성 계획 변경 결정’을 고시(서울특별시고시 제2015-367호, 2015.11.19.)하였고, 세부시설 조성계획 조서에는 제3캠퍼스 조성지역(30,548㎡)이 일반관리구역 10,498㎡, 녹지보전구역 20,050㎡(건축행위 원칙적 불가)로 계획되어 있다.

(라) 서울특별시 종로구청장은 2021.5.12. 청구법인이 쟁점토지를 교육사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 2016년도분부터 2019년도분 재산세를 고지하였고, 이에 따라 처분청은 2018년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 추가고지 하였다.

(마) 우리 원은 청구법인이 쟁점토지에 대한 재산세 등 부과처분에 불복하여 제기한 심판청구에 대하여 2018년 재산세 과세기준일(2018.6.1.) 현재 청구법인이 쟁점토지 중 일부 면적을 묘목장 등 학교 용도로 사용하였다고 보아 일부 인용 결정(조심 2023지4104, 2024.5.29.)하였고, 이에 따라 서울특별시 종로구청장은 2024.7.30. 청구법인이 쟁점토지 중 5,049㎡는 학교 용도로 사용한 것으로 보아 2018년도 귀속분 재산세 OOO원 중 OOO원을 감액.경정하였다(＜표＞ 참고).

＜표＞ 2018년도분 재산세 관련 교육용도 사용 인정 면적

(단위 : ㎡)

OOO

(2) 청구법인이 쟁점토지를 취득한 이후 양도 당시까지 사용현황은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 2007년부터 매년 관할 지방자치단체장에게 삼림과학대학의 정규수업 강의계획서(‘환경계획 및 실습, 측량학 및 실습, 조림학 및 실습 등 7개 강좌), 관련 실습사진, 학생 수송을 위한 대형버스 배차 신청서, 차량운행 및 주유일지 등 쟁점토지의 교육사업 사용현황을 제출하였다.

(나) 2007.3.12., 2009.9.14. 쟁점토지 중 서울특별시 종로구 OOO 토지(552㎡)에 가설건축물(컨테이너) 55㎡(3개동)가 설치되어 2018.6.1. 현재까지 사용되고 있고, 해당 가설건축물에는 “A대학교 삼림과학대학 실습장”이라는 간판이 달려 있다.

(다) A대학교 산림환경시스템학과의 강의계획서, 실습 장면을 촬영한 사진 등에는 쟁점토지의 일부에 나무(묘목)를 심을 수 있도록 밭갈이가 되어 있고, 그 옆의 묘목장에는 침엽수 묘목이 자라고 있으며 “국민대 실습묘포장”이라는 안내문이 설치되어 있는 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 학교가 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 해당 부동산을 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것(대법원 2018.6.15. 선고 2018두37519 판결, 같은 뜻임)으로서, 청구법인은 쟁점토지 중 OOO동 OOO 토지(552㎡)에 가설건축물 55㎡(3개동)를 설치하여 산림실습 교육과 관련한 준비 장소 또는 교육기자재 등을 보관하는 장소로 사용하고 있고, A대학교 산림환경시스템학과의 강의계획서, 실습 장면을 촬영한 사진 등에는 쟁점토지의 일부에 나무(묘목)를 심을 수 있도록 밭갈이가 되어 있으며, 그 옆의 묘목장에는 침엽수 묘목이 자라고 있는 등 나머지 토지 중 일부에 묘목장을 조성하여 A대학교 산림환경시스템학과의 학생들이 실습장으로 사용한 것으로 보이는 점, 서울특별시 성북구청장도 쟁점토지 중 일부에 대하여 청구법인이 교육사업에 직접 사용한 사실을 인정하여 재산세를 감면하여 준 것으로 확인되는 점 등에 비추어, ＜별지＞ 기재와 같이 쟁점토지 28,701㎡ 중 가설건축물을 설치하거나 묘목장을 조성하여 실습장으로 사용한 합계 5,049㎡의 부분은 청구법인이 교육사업에 직접 사용하는 부동산에 해당하는 것으로 볼 수 있다고 판단된다(조심 2023지4104, 2024.5.29., 같은 뜻임).

(나) 다만, 청구법인의 산림환경시스템학과 학생들이 2016～2020학년도에 산림측정학 및 실습 등 6개 과목을 수강하면서 쟁점토지의 일부에서 식생 등을 관찰하고 산림측정학 실습 등을 하였다고 하더라도 수업장소로 이용된 면적, 횟수 및 수강 인원 등을 고려할 때 그와 같은 사용은 양도토지를 일시적이거나 부수적으로 수업 장소로 사용한 것일 뿐 이를 근거로 청구법인이 양도토지를 계속적으로 학교 용도에 직접 사용하였다고 보기 어려운 점, 청구법인이 2020.1.2. 교육부에 “교육용 기본재산 용도변경 및 처분 승인”을 위하여 “위 재산은 현재 미활용 토지로써 처분하더라도 교육 활동에 지장이 없을 것으로 사료된다”는 의견서를 제출하였고, 교육부는 2020.2.22. 쟁점토지에 대한 처분을 승인한 것으로 나타나는바, 청구법인 또한 쟁점토지를 교육용으로 활용하고 있지 않는다고 인식하고 있었던 것으로 보이는 점, 쟁점토지 중 OOO동 OOO 토지에 대하여 2015년까지 재산세가 면제된 사실은 있으나, 학교 용도로 사용되지 아니하여 재산세 감면대상이 아님에도 부과제척기간이 경과하여 재산세를 부과하지 못하였을 뿐 해당 토지가 학교 용도로 사용되어 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지에 해당한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 쟁점토지 중 앞서 실사용면적으로 인정한 5,049㎡를 제외한 부분은 계속하여 교육사업에 사용하였다고 보기는 어렵다 할 것이다.

(다) 따라서 처분청이 청구법인에게 한 종합부동산세 및 농어촌특별세의 부과처분은 학교 용도로 직접 사용된 것으로 인정한 ＜별지＞ 기재의 토지 합계 5,049㎡부분만을 종합부동산세 과세대상에 포함되지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 쟁점토지 중 교육 용도로 사용된 면적

(단위 : ㎡, 원)

OOO