이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 A 그룹의 지주회사로서 IT서비스 사업 등을 영위하고 있는 법인으로 원유 수송 서비스 사업을 영위하는 구 B 주식회사의 주식을 1998년부터 2010년까지 83.08% 취득(취득가액 약 OOO원)하였다.

나. 구 B 주식회사는 2017.4.1. 존속법인인 C 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)와 신설법인인 B 주식회사로 물적분할되었고, 쟁점법인은 2018.3.1. 청구법인에 (무증자)흡수합병되었다.

다. 한편, 청구법인은 구 B 주식회사의 주식 취득원가 (OOO원)에서 쟁점법인 흡수합병시 승계한 쟁점법인의 순자산(OOO원)을 차감한 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 투자손실에 해당하여 청구법인의 2018~2020사업연도 손금에 산입하여야 한다는 취지로 2024.2.5. 경정청구를 하였으나, 처분청이 경정청구일로부터 2개월 이내 경정청구 결과를 통지하지 아니하자 2024.6.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점금액은 청구법인이 쟁점법인의 사업실적 및 재무구조를 개편하는 과정에서 발생한 ‘사업상 손실’로서 이와 같은 자회사 투자에 따른 손실은 세법상 손금에 해당한다.

(가) 구 B 주식회사의 물적분할과 쟁점법인의 청구법인과의 합병은 쟁점법인의 적자발생사업을 정리하고 재무구조 악화에 따라 쟁점법인을 청산하기 위해 진행된 것으로 이러한 손실은 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생한 손비로서 사업과 관련하여 발생하는 통상적인 것이므로 「법인세법」상 손금에 산입하여야 한다.

(나) 「법인세법」상 손금이란 자본거래 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고 ⅰ) 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용으로서(순자산 감소), ⅱ) 사업과 관련하여 발생해야 하고(사업 관련성), ⅲ) 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나(통상성), ⅳ) 수익과 직접 관련된 것(수익 관련성)을 말한다.

1) 청구법인은 2018.3.1. 쟁점법인을 합병하기 전까지 쟁점법인 주식을 OOO원에 취득하였으나, 합병으로 인하여 쟁점법인으로부터 순자산 OOO원을 승계하였다. 이에 따라 쟁점금액(약 OOO원)의 손실을 입게 되었으므로 이는 순자산의 감소에 해당한다.

2) 구 B 주식회사는 2011 내지 2016사업연도 동안 벌크(Bulk)부문 사업실적 악화 및 차입 이자의 증가로 인해 2015사업연도를 제외하고 모두 적자를 기록하였고, 이로 인해 2017.4.1. 구 B 주식회사의 해운사업 부문을 물적분할하여 분할 신설회사인 ‘B 주식회사’를 설립하고, 쟁점법인은 잔존사업을 영위하는 방식으로 구조개편되었다. 하지만 쟁점법인의 재무구조가 계속 악화하는 등 사업부진이 지속되었고 청구법인은 부실 자회사를 청산하는 방법으로 쟁점법인 합병을 진행하였으므로 사업 관련성 또한 분명히 인정된다.

3) 일반적으로 완전자회사를 흡수합병하는 경우 합병신주 발행 및 소각 절차를 거치지 않고 별도의 주식 가치평가가 요구되지 않는 무증자합병으로 진행하게 된다. 즉 실무상 완전자회사를 흡수합병할 때에는 이 건과 같이 증자없이 모회사의 자회사 투자주식과 자회사의 자본을 상계하면서 자산과 부채만 승계하는 것이 통상적이다.

4) 쟁점법인 합병은 쟁점법인의 잔존사업 폐지와 청구법인의 손실방지, 청구법인의 해운사업 직접 지배를 통한 사업 효율성 및 이익 증대를 위해 이루어진 것이므로 수익 관련성 또한 인정된다.

(2) 청구법인이 쟁점법인을 흡수합병한 것은 「법인세법」상 자산의 양도거래로서의 성격을 갖고 있으므로 쟁점금액은 청구법인의 손익거래에 따른 손실로 보아 손금에 해당한다.

(가) 2009년에 개정된 「법인세법」은 합병은 ‘피합병법인이 합병 당시 보유하던 자산 및 부채를 합병법인에게 양도하는 것’으로 보고, 당해 양도로 인한 양도손익을 익금 또는 손금에 산입하도록 규율하고 있다. 즉 개정된 「법인세법」에서는 피합병법인의 청산소득 및 합병법인의 합병평가차익을 별도로 과세하는 것이 아니라, 합병법인이 피합병법인의 순자산을 합병등기일 현재 시가로 양수한 것으로 보는 것으로 합병세제를 개편하였다.

(나) 이러한 합병세제 개편과 관련하여 ‘종전의 합병세제는 합병의 자산을 양도가 아닌 일반적인 자본거래로 파악하고 있었으나 개정된 합병세제는 이를 자산의 양도로 파악하고 있다’거나, ‘합병은 피합병법인의 순자산의 양도거래에서 과세의 계기로 삼되, 합병이 조세문제로 인하여 저해되는 결과를 방지하기 위하여 일정한 경우 과세특례를 규정하고 있다’고 평가되고 있다.

(다) 이상의 내용을 종합할 때 2009년 합병 세제 개편 이후에 이루어진 청구법인의 쟁점법인 합병은 「법인세법」상 자산의 양도거래로서의 성격을 가지는 것이며, 쟁점금액은 투자손실로서 청구법인의 손익거래에 따른 손실에 해당하여 당연히 손금에 산입되어야 한다.

(3) 쟁점금액과 경제적 실질이 유사한 사안들에서 모두 손금으로 인정되었으므로 쟁점금액 또한 손금에 해당한다.

(가) 모회사가 자회사를 청산하는 방법으로 자회사의 사업을 종결한 경우 그 투자손실은 당연히 손금에 산입되는바, 실질적으로 쟁점법인을 청산하고 그 잔여재산을 분배받은 것으로 볼 수 있는 이 건의 합병 역시 마찬가지로 보아야 한다.

기획재정부 법인세과-852(2009.9.23.)에서 ‘청산 시 분배받은 잔여재산가액이 당초 주식취득가액에 미달하여 주식처분손실로 계상한 경우의 주식처분손실은 손금으로 인정’하였고, 국세청 법인 46012-363(1995.2.9.)에서도 ‘투자법인이 해산하는 경우 당해 법인의 해산으로 인하여 분배받는 금액과 투자자산가액과의 차액은 청산이 종료되는 날이 속하는 사업연도의 손금으로 인정’되는 등 모회사가 자회사를 청산하는 방법으로 자회사의 사업을 종결한 경우에는 그 투자손실이 당연히 손금에 산입된다.

(나) 청구법인은 쟁점법인의 사업실적 악화와 구조조정 필요성 대두에 따라 쟁점법인을 실질적으로 청산하기 위한 목적으로 간이한 절차에 의한 무증자합병 방식을 취한 것일 뿐이고, 이는 부실 자회사를 단순히 청산하는 것보다는 합병 등의 조직개편을 통해 사업을 지속하면서 수익성 및 경영실적을 개선하는 것이 사회·경제적인 측면에서 전반적인 후생을 향상시키는 것으로 쟁점금액을 손금에 해당하지 않는 것으로 판단하는 것은 심히 부당하다.

(다) 또한 「법인세법 시행령」은 ‘양도한 자산의 양도 당시의 장부가액’을 손실 또는 비용으로 규정하고 있고 청구법인이 쟁점법인 주식을 제3자에게 양도한 경우 쟁점법인 주식의 장부가액은 당연히 청구법인의 손금으로 인정되어야 하므로 그 경제적 실질이 다르지 않은 이 건의 경우에도 쟁점금액을「법인세법」상 손금으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「법인세법」제42조 제3항에서 요건을 갖춘 경우 예외적으로 자산의 평가손실을 손금에 산입하도록 허용하고 있으나, 쟁점금액은 이에 해당하지 않으므로 손금에 산입할 수 없다.

(가) 대법원은 합병으로 취득한 합병 신주의 시가가 합병 구주의 취득가액에 미치지 못하는 경우 그 차액이 손금에 해당하는지가 다투어지는 사건에서 ‘합병 신주의 시가가 합병 구주의 취득가액에 미치지 못한다고 하더라도 그 차액은 자산의 평가차손에 불과하여 당해 사업연도의 소득금액을 산정함에 있어서 이를 손금에 산입할 수 없고 ... (중략) 합병 신주의 액면금액이 합병 구주의 취득가액을 초과하는 부분을 배당으로 간주하도록 규정하고 있을 뿐이고, 그 반대로 위와 같이 회사의 합병으로 인한 주식의 교체 자체를 과세의 계기로 삼아 피합병회사의 주주이었던 법인의 손실을 손금에 산입하는 명문의 규정이 없는 이상, 합병 신주의 가액이 합병 구주의 취득가액에 미달하더라도 손실이 실현된 것이라고 하여 그 차액을 손금에 산입할 수는 없다’고 판시(대법원 2011.2.10. 선고 2008두2330 판결)한 바 있다.

(나) 조세심판원 또한 사실상 청산을 이유로 투자주식감액손실을 손금에 산입하여야 한다는 심판청구에 대하여 투자주식의 평가손실을 손금에 산입하는 것은 법문에 따라 해당 주식을 발행한 법인이 파산한 경우로 한정하여야 한다고 결정(조심 2012서5036, 2013.2.26.)하는 등 자산평가손실의 손금산입은 법문이 허용하는 경우에 한하여 예외적으로 인정되는 것이라고 판단하였으므로 이 건의 경우와 같이 이에 해당하지 않는 쟁점금액은 손금에 산입할 수 없는 것이다.

(2) 청구법인이 주장하는 손실금액에 대한 객관적인 근거가 없다.

(가) 청구법인은 쟁점법인의 순자산가 약 OOO원이 쟁점법인의 합병 전 재무제표와 청구법인의 2018사업연도 감사보고서에서 확인된다고 주장하나, 이는 제대로 된 평가를 거치지 않은 자의적인 금액으로서 객관적인 근거가 될 수 없다. 또한 청구법인은 합병 전 보유한 쟁점법인 주식의 장부가액과 합병 후 승계한 쟁점법인의 순자산을 비교하였으나 두 자산은 비교대상이 될 수 없는 것이다.

(나) 쟁점법인의 순자산가액을 평가할 때 2017.4.1. 물적분할된 신설법인인 B 주식회사의 가치도 반영되어야 한다.

1) 청구법인은 구 B 주식회사가 물적분할하기 이전부터 해당 법인의 주식 100%를 보유하고 있었고 2017.4.1. 물적분할을 통해 B 주식회사가 신설법인으로 설립되었으므로 청구법인이 취득한 구 B 주식회사의 주식 100%의 가치 안에는 신설법인인 B 주식회사의 가치도 포함되어야 한다.

2) 청구법인이 2018.3.1. 쟁점법인을 합병하며 신고한 신설법인인 B 주식회사의 1주당 가액은 OOO원(15,191,741주)이나, 제3자가 2017.5.11. 거래한 1주당 가액은 OOO원이므로 청구법인이 산정한 쟁점법인의 순자산가액을 신뢰할 수 없음이 확인된다[제3자 거래가로 산정시 약 OOO원(=15,191,741주×OOO원)임].

(3) 쟁점금액은 손금요건을 충족하지 않는다.

(가) ‘합병’이란 두 개 이상의 회사가 「상법」의 절차에 따라 청산절차를 거치지 않고 합쳐지면서 최소한 한 개 이상 회사의 법인격을 소멸시키되, 합병 이후에 존속하는 회사 또는 합병으로 인해 신설되는 회사가 소멸하는 회사의 권리·의무를 포괄적으로 승계하고 그의 사원을 수용하는 상「상법」상의 법률사실로 ‘순자산을 감소시키는 거래’에 해당하지 않는다.

현행 「법인세법」은 합병에 따라 합병법인이 보유한 피합병법인의 주식가치를 어떻게 다룰지는 전혀 규율하고 있지 않으므로 자산의 평가손실에 관한 규정을 적용할 수 밖에 없는데 자산의 평가손실에 반영하는 예외적인 대상에 해당하지 않으므로 쟁점금액을 순자산의 감소로 볼 수 없다.

(나) 청구법인이 주장하는 구조조정은 기업의 기존 사업구조나 조직구조를 더욱 효과적으로 그 기능 또는 효율을 높이고자 실시하는 구조개혁 작업을 말하며, 그 목적은 부실기업이나 비능률적인 조직을 능률적인 사업구조로 개편하는 것으로 성장성이 부족한 사업분야의 축소 내지 폐쇄, 중복성을 띤 사업의 통폐합, 기구 및 인원의 감축, 부동산 등 소유자산의 매각처분 등 수동적 기법이나, 다른 유망 기업과 제휴하여 새로운 기술을 개발한다거나 전략적으로 다른 사업 분야와 공동사업을 추진하는 방법 등의 적극적인 기업을 망라한다. 그러므로 구조조정의 일환으로 자산의 매각, 사업의 양수 등 개별적인 행위가 손금여부를 따지는 ‘사업관련성’이 있는 행위가 될 수 없다.

(다) 청구법인은 실무상 완전자회사를 흡수할 때 유상증자합병은 자기주식을 취득하여 제3자에 양도함으로써 투자재원 등을 마련하기 위한 필요성이 있는 경우 등 극히 이례적이고, 무증자합병이 통상적이므로 손금 요건 중 통상성을 충족한다고 주장하나,

완전자회사를 흡수합병할 때 유증자합병을 할 것인지 아니면 무증자합병을 할 것인지는 해당 기업이 처한 개별적인 상황에 따라 선택할 수 있는 법률행위로서 무증자합병이 통상적이라고 단정할 수 없을뿐 아니라, 무증자합병을 선택한 경우 피합병법인의 주식의 취득가액을 합병법인이 인수한 자산과 비교하여 그 차액을 평가손실이라고 보아 손금으로 인정할 근거도 없다.

(라) ‘수익과 직접 관련된 것’이라는 법문에 비추어 보면, 이는 ‘법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용에는 포함되지 않는 비용으로서 그 법인의 수익과 직접적으로 관련된 것’으로 해석되는바, 예컨대 법인이 보유하고 있던 비업무용 자산을 처분한 경우에 그 취득가액은 사업관련성을 갖추지 못하였지만, 당해 자산의 처분가액, 즉 수익과 직접 관련되므로 손비로 인정될 수 있다(서울행정법원 2016.9.30. 선고 2016구합51658 판결).

위 법리에 비추어 보면, 청구법인이 보유한 쟁점법인 주식을 유상으로 처분하고 일정한 대가를 받는다면, 쟁점법인 주식의 취득가액은 손비로 인정될 여지가 있다. 그러나 청구법인은 쟁점법인 주식을 처분한 것이 아니라 그대로 보유하고 있으면서 흡수합병의 결과 해당 주식이 소멸된 것이고, 이는 청구법인의 수익과 아무런 관련이 없으며 자산 평가의 문제로 손금으로 허용하는 명시적인 근거가 없는 한 손금이 될 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 자회사에서 물적분할된 존속법인을 흡수합병하는 경우 자회사 주식 취득원가에서 존속법인 합병에 따라 승계한 순자산가액을 차감한 금액이 청구법인의 손금에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 구 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

제17조(자본거래로 인한 수익의 익금불산입) ① 다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입(算入)하지 아니한다.

5. 합병차익 : 「상법」 제174조에 따른 합병의 경우로서 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 합병 후 존속하는 회사의 자본금증가액 또는 합병에 따라 설립된 회사의 자본금을 초과한 경우의 그 초과금액. 다만, 소멸된 회사로부터 승계한 재산가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 주식가액을 초과하는 경우로서 이 법에서 익금으로 규정한 금액은 제외한다.

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제22조(자산의 평가손실의 손금불산입) 내국법인이 보유하는 자산의 평가손실은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 제42조 제2항 및 제3항에 따른 평가로 인하여 발생하는 평가손실은 손금에 산입한다.

제42조(자산ㆍ부채의 평가) ① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 “평가”라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도와 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 평가 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항 제2호에 따른 자산과 부채는 그 자산 및 부채별로 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가하여야 한다.

③ 제1항과 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 그 장부가액을 감액할 수 있다.

1. 재고자산으로서 파손ㆍ부패 등의 사유로 정상가격으로 판매할 수 없는 것

2. 유형자산으로서 천재지변ㆍ화재 등 대통령령으로 정하는 사유로 파손되거나 멸실된 것

3. 대통령령으로 정하는 주식등으로서 해당 주식등의 발행법인이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 부도가 발생한 경우

나. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정을 받은 경우

다. 「기업구조조정 촉진법」에 따른 부실징후기업이 된 경우

라. 파산한 경우

(2) 법인세법 시행령 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

9. 자산의 평가차손

24. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 자료를 보면 청구법인은 1998년부터 2010년까지 구 B 주식회사(자회사)의 주식을 OOO원에 취득하였고, 2017.4.1. B 주식회사는 존속법인인 쟁점법인과 신설법인인 B 주식회사(신설)로 물적분할 되었으며, 2018.3.1. 청구법인은 쟁점법인을 무증자흡수합병한 것으로 나타난다.

＜표1＞ 청구법인과 쟁점법인 관계도

1) 청구법인은 구 B 주식회사의 주식 취득가액인 OOO원과 쟁점법인을 무증자흡수합병함에 따라 승계한 순자산 OOO원의 차이인 쟁점금액(OOO원)이 청구법인의 2018~2020사업연도 손금에 해당한다고 주장한다.

2) 처분청은 이에 대하여 ⅰ) 구 B 주식회사가 2017.4.1. 존속법인인 쟁점법인과 신설법인인 B 주식회사(신설)로 물적분할 되었으므로 쟁점법인의 순자산만을 차감한 쟁점금액을 손금으로 볼 수 없으며, ⅱ) 합병에 따른 자산의 평가손실을 순자산의 감소로 볼 수 없어 쟁점금액이 손금에 해당하지 않는다는 의견이다.

(나) 청구법인이 취득한 B 주식회사의 주식 취득내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 청구법인의 구 B 주식회사 주식 취득내역

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 구 B 주식회사 주식 취득가액에서 쟁점법인 흡수합병시 승계한 순자산가액을 차감한 금액이 청구법인의 손금에 해당한다고 주장하나,

회사의 합병으로 인한 주식의 교체 자체를 과세의 계기로 삼아 피합병회사의 주주였던 법인의 손실을 손금에 산입하는 명문의 규정이 없는 이상, 합병신주의 가액이 합병구주의 취득가액에 미달하더라도 손실이 실현된 것이라고 하여 그 차액을 손금에 산입할 수 없고(대법원 2011.2.10. 선고 2008두2330 판결, 참조), 법인세 과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다 할 것인바(대법원 1988.5.24. 선고 86누121 판결 등, 참조),

청구법인은 쟁점법인을 2018.3.1. 흡수합병하며 쟁점법인의 순자산 가액을 승계하였다고 하여, 쟁점법인 주식 취득가액에서 흡수합병에 따라 승계하게 된 쟁점법인의 순자산가액을 차감한 금액이 손실로서 실현되었다고 보기 어려운 점, 손금의 해당여부는 납세의무자에게 유리한 것이고 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것임에도 쟁점법인 흡수합병에 따라 어떠한 금액이 손금에 해당하는지 여부를 명확히 제시하지 못하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.