이유
1. 처분개요

가. 청구인의 모 A은 2012년 서울특별시 동작구 OOO 제72호 토지 및 건물(이하 “멸실전주택”이라 한다)을 OOO 지역주택조합(이하 “지역주택조합”이라 한다)에 현물 출자하여 조합원 자격을 취득하였고, 조합원 규칙에 따라 청구인을 조합원으로 지정하였다.

나. 지역주택조합은 2012년 설립인가를 받았고, 2018년 사업승인을 받아 주택 950세대를 신축하였으며, 2021.2.18. 신축된 주택에 대한 사용승인을 받았다.

다. 청구인의 배우자 B(2019.6.10. 결혼)는 2017.2.24. 경기도 김포시 OOO 102동 1502호를 취득하여 2020.10.5. 양도하였고, 같은 날(2020.10.5.) 경기도 김포시 OOO 107동 206호(이하 “신규주택”이라 한다)를 취득하였다.

라. 청구인은 지역주택조합원으로서 취득한 서울특별시 동작구 OOO 105동 1501호(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2023.9.25. 양도가액 OOO원에 양도하고, 2023.11.13. 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였으나, 2024.6.17. 쟁점아파트의 취득시기를 조합원 권리 취득일(2018.7.27.)로 보아 쟁점아파트와 신규주택은 일시적 2주택에 해당하므로 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여 양도소득세 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.8.20. 쟁점아파트의 취득시기는 사용승인일(2021.2.18.)이므로 쟁점아파트와 신규주택은 일시적 2주택에 해당하지 않는 것으로 보아 경정청구 거부통지를 하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2024.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 지역주택조합의 원조합원이므로, 쟁점아파트의 취득시기는 멸실전주택을 취득한 시점(2012년 이전)으로 보아야 한다.(주위적 청구)

청구인은 2012년 이전부터 멸실전주택을 보유하고 있던 원조합원이므로, 쟁점아파트의 취득시점은 쟁점아파트의 사용승인일(2021.2.18.)이 아닌 멸실전주택의 취득일(2012년 이전)로 보아야 하고, 그렇다면 쟁점아파트의 취득일(2012년 이전)이 신규주택의 취득일(2020.10.5.)보다 빠르므로 쟁점아파트가 종전주택이 되고, 신규주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전주택을 양도한 경우에 해당하므로 일시적 2주택에 해당한다.

(2) 설령 쟁점아파트의 취득시기는 멸실전주택을 취득한 시점으로 보지 않는다고 하더라도, 토지의 취득시기는 조합이 토지를 취득한 날(토지대금 청산일, 2016.12.21.)로 보아야 한다.(예비적 청구)

국세청 질의회신(서면5팀-718., 2006.11.7. 등 다수)에 따르면, 지역조합의 조합원 자격으로 취득한 주택의 취득시기를 적용하는 경우 토지부분에 대하여는 그 조합이 조합원을 대위하여 토지대금을 청산한 날과 소유권이전등기 접수일 중 빠른 날을 그 취득시기로 한다고 답변한 바 있다.

따라서, 설령 쟁점아파트의 건물분 취득시기는 쟁점아파트의 사용승인일(2021.2.18.)로 본다고 하더라도, 토지분 취득시기는 조합이 토지대금을 청산한 날(2016.12.21.)로 보아야 하며, 이에 따라 토지분 양도소득에 대해서는 일시적 2주택 비과세 특례를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 지역주택합조합의 조합원으로 취득한 쟁점아파트의 취득시기는 사용승인일(2021.2.18.)로 보아야 한다.

국세청 질의회신(부동산거래관리과-1082, 2010.8.20. 등 다수)에 따르면, “지역주택조합의 조합원 자격으로 취득하는 조합아파트의 취득시기는 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제4호에 따라 사용검사필증교부일로 하는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하는 것”으로 회신한 바 있다.

따라서, 쟁점아파트의 취득시기는 건축물대장에서 확인되는 사용승인일인 2021.2.18.이다.

(2) 청구인은 토지를 지역주택조합에 양도한 후 새롭게 토지를 취득한 것으로 보아야 한다.

쟁점아파트는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발, 재건축이 아닌 지역주택조합아파트이므로 토지를 종전부터 소유하였다 하더라도 토지를 지역주택조합에 출자하는 것은 「소득세법」상 환지에 해당하지 않으므로, 조합에 토지를 양도한 후 주택을 새로이 취득한 것으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점아파트의 취득시기는 사용승인일이므로 쟁점아파트 양도는 종전주택이 아닌 신규주택의 양도에 해당하는 것으로 보아 일시적 2주택 비과세 특례를 부인한 처분의 당부(주위적 청구)

② 토지와 건물의 취득시기를 구분하여 토지분의 양도소득은 일시적 2주택 비과세 특례를 적용해야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

가. 「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우

나. 토지의 경계를 변경하기 위하여 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」 제79조에 따른 토지의 분할 등 대통령령으로 정하는 방법과 절차로 하는 토지 교환의 경우

다. 위탁자와 수탁자 간 신임관계에 기하여 위탁자의 자산에 신탁이 설정되고 그 신탁재산의 소유권이 수탁자에게 이전된 경우로서 위탁자가 신탁 설정을 해지하거나 신탁의 수익자를 변경할 수 있는 등 신탁재산을 실질적으로 지배하고 소유하는 것으로 볼 수 있는 경우

9. “조합원입주권”이란 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조 제6호의 토지등소유자를 말한다)으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.

10. “분양권”이란 「주택법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따른 주택에 대한 공급계약을 통하여 주택을 공급받는 자로 선정된 지위(해당 지위를 매매 또는 증여 등의 방법으로 취득한 것을 포함한다)를 말한다.

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(2) 소득세법 시행령

제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 같은 항 제2호 가목 및 같은 항 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 「건축법」 제22조 제2항에 따른 사용승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항 제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

(3) 주택법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

11. “주택조합”이란 많은 수의 구성원이 제15조에 따른 사업계획의 승인을 받아 주택을 마련하거나 제66조에 따라 리모델링하기 위하여 결성하는 다음 각 목의 조합을 말한다.

가. 지역주택조합: 다음 구분에 따른 지역에 거주하는 주민이 주택을 마련하기 위하여 설립한 조합

1) 서울특별시ㆍ인천광역시 및 경기도

2) 대전광역시ㆍ충청남도 및 세종특별자치시

3) 충청북도

4) 광주광역시 및 전라남도

5) 전북특별자치도

6) 대구광역시 및 경상북도

7) 부산광역시ㆍ울산광역시 및 경상남도

8) 강원특별자치도

9) 제주특별자치도

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 쟁점아파트 양도일 현재 청구인과 배우자가 소유한 주택의 내역은 아래 ＜표＞와 같다.

＜표＞ 청구인과 배우자의 주택 보유내역

(나) A(청구인의 모)과 C 주식회사가 작성하고 기명날인한 ‘점유가옥주 공동사업약정서’에 따르면, A은 2012년에 멸실전주택을 현물출자(권리가액 OOO원)하였으며, C 주식회사는 2016.12.21. A의 계좌로 OOO원을 지급한 것으로 나타난다.

(다) 쟁점아파트의 건축물대장에 따르면, 사용승인일은 2021.2.18.인 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점아파트의 취득시기를 멸실전주택을 취득한 시점(2012년 이전)으로 보아 쟁점아파트 양도 시 일시적 2주택 비과세 특례를 적용하여야 한다고 주장하나,

「소득세법 시행령」 제162조는 자기가 건설한 건축물의 취득시기는 사용승인서 교부일로 하되, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하도록 규정하고 있는바, 쟁점아파트의 취득시기는 사용승인일(2021.2.18.)로 보는 것이 타당해 보이는 반면, 소득세법령상 쟁점아파트의 취득시기를 멸실된 주택의 취득시점으로 보아야 한다는 명문의 규정이 없는 점,

「소득세법 시행령」 제155조 제1항은 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(종전주택)을 양도하기 전에 다른 주택(신규주택)을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우 1세대 1주택으로 보아 비과세 특례를 적용한다고 규정하고 있는바, 청구인은 멸실전주택을 현물 출자하여 2018.7.27. 주택을 취득할 수 있는 권리를 취득한 것이므로, 신규주택 취득시점(2020.10.5.)에 1주택을 소유한 1세대에 해당하지 않는 점,

지역주택조합에 멸실전 주택을 현물 출자하는 경우 「소득세법」상 제88조 제1호에 따라 양도로 보지 아니하는 환지처분에 해당하지 않아 멸실전주택을 지역주택조합에 현물 출자하는 시점에 양도소득세 과세대상이 되는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점아파트의 취득시기를 멸실전주택을 취득한 시점으로 볼 수 없다고 하더라도 토지의 취득시기는 조합이 토지를 취득한 날(토지대금 청산일)로 보아 토지분 양도소득에 대해서는 일시적 2주택 비과세 특례를 적용하여야 한다고 주장하나,

소득세법령상 토지분의 양도소득을 별도로 구분하여 일시적 2주택 비과세 특례를 적용한다는 명문의 규정이 없고, 「소득세법」 제89조 제1항 제3호는 양도소득세 비과세 대상을 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택과 주택부수토지의 양도로 발생하는 소득”이라고 규정하고 있는바, 주택과 주택부수토지의 비과세 요건을 달리 보고 있지 않는 것으로 보이는 점,

청구인이 청구주장의 근거로 제시하고 있는 국세청 질의회신(서면인터넷방문상담4팀-2228, 2005.11.17.)은 토지분과 건물분의 취득시기에 따른 세율 적용과 관련된 해석으로 이 건에 그대로 원용하기에는 적합하지 않은 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.