이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2022.11.21. 서울특별시 송파구 OOO소재 주택 (토지 214㎡, 건축물 505.92㎡, 이하 “이 건 주택”이라 한다)을 취득한 후, 그 취득가격 OOO원으로 하고「지방세법」제11조 제1항 제7호 다목의 표준세율(1,000분의 30)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고.납부하였다.

나. 청구인은 2022.12.26. 이 건 주택의 부속토지(214㎡, 이하 “이 건 토지”라 한다)에 신축 예정인 다세대주택용 건축물 427.15㎡(전용면적 60㎡ 이하, 장기일반민간임대주택, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 임대목적물로 하여 임대사업자 등록(OOO, 이하 “종전 임대사업자등록”이라 한다)을 하였다.

다. 청구인은 2023.1.6. 이 건 토지를「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 같다) 제31조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택(전용면적 60㎡ 이하)을 건축하기 위해 취득하는 부동산으로 하여, 이 건 주택에 대한 취득세 등의 일부 환급(100분의 85 감면)을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 처분청은 청구인의 경정청구를 받아들여 2023.1.12. 청구인에게 이 건 토지의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 환급하였다.

마. 청구인은 2023.12.28. 주식회사 BBB(이하 “BBB”라 한다)와 공동으로 주택 건설 및 임대사업을 하기로 합의한 후 2024.1.18. 이 건 토지의 2분의 1(107㎡)을 BBB에게 OOO원에 매각한 후 2024.2.6. 종전 임대사업자등록을 말소하고, 같은 날 BBB와 공동으로 임대사업자 등록(OOO, 이하 “신규 임대사업자등록”이라 한다)을 하였다.

바. 청구인은 이 건 토지를 임대 외의 용도에 사용하거나 매각하였다고 하여, 2024.3.19. 이 건 토지에 대해 감면받은 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이자상당액 OOO원 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고.납부하였다.

사. 청구인은 2024.4.16. 이 건 토지의 2분의 1(이하 “쟁점토지”라 한다)은 매각하지 않고, 그 지상에 임대주택인 이 건 건축물을 신축하였으므로 쟁점토지에 대한 취득세 등 OOO원은 환급되어야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나 처분청은 2024.6.7. 이를 거부하였다.

아. 청구인은 이에 불복하여 2024.8.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 이 건 토지(서울특별시 송파구 OOO)에 임대주택인 이 건 건축물을 신축하여 임대사업을 하기 위해 이 건 주택을 취득한 후 2022.12.9. 이 건 건축물의 건축주 명의를 AAA에서 청구인으로 변경하고, 이 건 토지를 임대사업자인 청구인이 임대주택을 건축하기 위해 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 감면받았다.

(2) 이 건 건축물의 신축공사를 진행하던 중 자금 조달 등을 위하여 청구인과 BBB는 2023.12.28. 공동으로 이 건 건축물을 신축하여 임대사업을 하기로 합의하고, 2024.1.18. 이 건 토지의 2분의 1을 BBB에게 매각한 후 BBB를 신축 중인 이 건 건축물의 공동 건축주로하는 건축주 변경신청을 하였으며, 처분청은 2024.2.14. 이 건 건축물의 건축주변경 신청을 허가하였다.

(3) 이 건 건축물의 건축주를 BBB와 공동명의로 변경한 이상, 청구인 단독으로는 임대주택사업을 할 수가 없어, 청구인은 2024.2.6. 청구인 단독명의의 종전 임대사업자등록을 말소하고, 같은 날「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」제4조 제1항에 따라 BBB를 공동사업자로 하여 신규 임대사업자등록을 하였다.

(4) 청구인은 임대사업자의 지위에서 쟁점토지에 이 건 건축물을 신축하여 2024.3.29. 임대주택인 이 건 건축물의 사용승인을 받았고,「지방세특례제한법」제31조 제1항 괄호에서 임대주택을 신축하고자 하는 토지의 경우 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 그 지상에 신축할 임대주택을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우에는 취득세를 감면한다고 규정하고 있다.

(5) 청구인은 2022.11.21. 이 건 토지를 취득한 후 60일 이내인 2022.12.9. 이 건 건축물의 건축허가를 받았고, 그 취득일부터 1년 6개월 내인 2024.2.6. 이 건 건축물을 임대물건으로 하여 임대사업자등록을 하였으므로 청구인이 소유하고 있는 쟁점토지는 취득세 감면(100분의 85) 대상이라 할 것임에도 처분청이 이러한 사정은 전혀 고려하지 않고 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)「지방세특례제한법」제31조 제1항에서 임대주택을 신축하는 토지의 경우 취득세 감면 대상을 ‘건축허가를 받은 날부터 60일 이내 토지로서 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우’로 규정하고 있는데 해당 규정은 종전 규정인 ‘건설임대용 토지 취득일부터 60일 이내 임대사업자로 등록한 경우’에 비하여 그 취득세 감면요건을 완화한 것이나, 과도한 착공 지연 등을 방지하기 위해 임대 등록 시한은 토지 취득일부터 1년 6개월을 초과하지 않도록 단서를 마련한 것이다(행정안전부 ‘2022년「지방세특례제한법」개정 내용 및 적용요령).

(2) 청구인은 이 건 토지의 취득일(2022.11.21.)부터 1년 6개월 이내인 2024.2.6. 임대사업자(신규)로 등록하였으나, 그날은 이 건 건축물의 건축허가일(2022.12.9.)부터 60일이 경과한 후인바, 쟁점토지는「지방세특례제한법」제31조 제1항의 규정을 충족한 것으로 볼 수 없다.

(3)「지방세특례제한법」제31조 제3항 제1호에서 임대의무기간에 대통령령으로 정한 경우가 아닌 사유로 임대 외의 용도로 사용하거나 매각·증여하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있을 뿐 매각·증여한 부분에 대한 취득세를 한정하여 추징하는 것으로 규정하고 있지 아니하므로 감면된 취득세 전체를 추징하는 것이 타당하다(행정안전부 지방세특례제도과-1710호, 2015.6.30.).

(4) 또한,「지방세특례제한법」제31조 제3항 제2호에서「민간임대주택에 관한 특별법」제6조에 따라 임대사업자 등록이 말소된 경우에도 임대주택에 따라 감면된 취득세 등의 추징대상으로 규정하고 있는데 청구인은 2022.12.26. 등록한 종전 임대사업자등록을 2024.2.6.「민간임대주택에 관한 특별법」제6조 제1항 제2호(임대사업자가 제5조에 따라 등록한 후 대통령령으로 정하는 일정 기간 안에 민간임대주택을 취득하지 아니하는 경우)에 따라 말소하였는바, 쟁점토지에 대하여 감면한 취득세 등은 어느 모로 보나 추징 대상이라 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 임대사업자가 임대용 공동주택을 건축하기 위한 부동산으로 보아 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 2022.11.21. 이 건 주택(서울특별시 송파구 OOO)을 AAA으로부터 OOO원에 취득한 후 표준세율(1천분의 30)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고.납부하였다.

(나) 처분청은 2022.11.28. AAA을 건축주로 하여 이 건 건축물(다세대주택 11세대, 427.15㎡)의 건축허가를 한 후, 2022.12.9. 이 건 건축물의 건축주를 AAA에서 청구인(CCC)으로 변경하였다.

(다) 청구인은 2022.12.26. 이 건 건축물을 임대목적물로 하여 종전 임대사업자등록을 한 후, 2023.1.6. 이 건 토지(214㎡)를「지방세특례제한법」제31조 제1항 제1호에 따른 취득세 감면 대상으로 하여 그 취득세 등의 일부 환급(100분의 85)을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 이를 받아들여 2023.1.12. 청구인에게 취득세 등 OOO원을 환급하였다.

(라) 청구인은 2023.5.15. 이 건 건축물의 신축공사를 착공한 후, 사업자금을 조달하고, 향후 공동으로 임대사업을 하기 위해 2023.12.28. 이 건 토지의 2분의 1 지분(107㎡)을 OOO원에 BBB에게 매각하였다.

(마) 처분청은 2024.1.31. 이 건 건축물의 건축주를 당초 CCC(청구인)에서 CCC.BBB로 변경하였고, 청구인은 2024.2.6. 종전 임대사업자 등록을 말소하고, 같은 날 BBB와 공동으로 이 건 건축물을 임대목적물로하여 신규 임대사업자 등록을 하였다.

(바) 청구인은 2024.3.19. 이 건 토지(214㎡)를 임대주택용으로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하였다고 보아 이 건 취득세 등 OOO원을 신고.납부하였다.

(사) 청구인은 2024.3.29. 처분청으로부터 임대주택인 이 건 건축물에 대한 사용승인을 받은 후 2024.4.16. 이 건 토지의 2분의 1인 쟁점토지를 매각하지 않고 임대주택으로 사용하고 있으므로 쟁점토지에 대한 취득세 등은 환급되어야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 하였으나 처분청은 2024.6.7. 이를 거부하였다.

(2)「지방세특례제한법」제31조 제1항에서「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자(토지에 대해서는 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 사업자)가 임대할 목적으로 전용면적 60㎡ 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 2024.12.31.까지 취득세를 면제(100분의 85 감면)한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항 제2호에서 임대의무기간 내에 임대사업자 등록이 말소된 경우에는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

또한,「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 제1항 및 같은 법 시행령 제4조 제1항에서 2인 이상이 공동으로 건설하거나 소유하는 주택의 경우 공동 명의로 임대사업자 등록을 하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제6조 제1항 제2호에서 시장·군수·구청장은 임대사업자가 등록한 후 4년 안에 민간임대주택을 취득하지 아니하는 경우에는 등록 전부 또는 일부를 말소할 수 있다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 이 건 건축물의 건축허가를 받은 날(2022.12.9., 이 건 건축물의 건축주를 청구인 명의로 변경한 날)부터 60일이 경과한 2024.2.6. 청구인이 임대사업자 등록(신규)을 하였으므로 청구인은「지방세특례제한법」제31조 제1항에서 규정하고 있는 임대사업자에 해당하지 않는다는 의견이나

청구인은 이 건 건축물의 건축허가를 받은 날(2022.12.9.)부터 60일 이내인 2022.12.26. 이 건 건축물(다세대주택 11세대)을 임대목적물로 하여 임대사업자등록을 하였고, 2024.1.31. 이 건 건축물의 건축주를 청구인과 BBB로 변경한 후 2024.2.6. BBB와 공동으로 신규 임대사업자 등록을 하였는바 청구인이 종전 임대사업자 등록을 말소한 이유는「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」제4조 제1항에 따라 BBB를 공동사업자로 하여 임대사업자 등록을 하기 위한 것으로 보이는 점,

청구인은 2024.2.26. 종전 임대사업자등록을 말소하고, 같은 날 신규 임대사업자등록을 하였으므로 이는 임대사업자의 말소 등록이 아니라 사실상 임대사업자의 변경 등록이라고 보는 것이 타당하므로 이를 두고 건축허가 후 60일이 경과한 후 임대사업자 등록을 하였다고 보는 것은 불합리하다고 할 것인 점,

나아가 청구인은 2022.11.21. 이 건 건축물의 부속토지(이건 주택)를 취득한 후 2023.5.15. 이 건 건축물의 신축공사를 착공하여 2024.3.29. 사용승인을 받아 현재 BBB와 공동으로 임대주택으로 사용하고 있는바, 이는「지방세특례제한법」제31조 제1항의 취득세 감면 요건을 충족하고, 현재까지 같은 조 제3항에서 규정하고 있는 취득세 추징 요건에는 해당하지 않는다고 보이는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제6항,「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것

제31조[임대주택 등에 대한 감면] ①「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서 “단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 “임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조 제1항 또는「공공주택 특별법」 제50조의2 제1항에 따른 임대의무기간에 대통령령으로 정한 경우가 아닌 사유로 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 임대 외의 용도로 사용하거나 매각·증여하는 경우

2.「민간임대주택에 관한 특별법」제6조에 따라 임대사업자 등록이 말소된 경우

(2) 지방세특례제한법 시행령

제13조[추징이 제외되는 임대의무기간 내 분양 등] ① 법 제31조 제3항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정한 경우”란「민간임대주택에 관한 특별법」제43조 제4항 또는「공공주택 특별법 시행령」제54조 제2항 제1호 및 제2호에서 정하는 경우를 말한다.

(3) 민간임대주택에 관한 특별법

제5조[임대사업자의 등록] ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.(이하 생략)

제6조[임대사업자 등록의 말소] ① 시장·군수·구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. (단서 생략)

1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 등록한 경우

2. 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 후 대통령령으로 정하는 일정 기간 안에 민간임대주택을 취득하지 아니하는 경우

(4) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령

제4조[임대사업자 등록 및 변경신고 등] ① 법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 다음 각 호와 같다. 이 경우 2인 이상이 공동으로 건설하거나 소유하는 주택의 경우에는 공동 명의로 등록해야 한다.

2. 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

나. 민간임대주택으로 등록할 주택을 건설하기 위하여「건축법」제11조에 따른 건축허가(이하 “건축허가”라 한다)를 받은 자

제5조[임대사업자 등록의 말소] ① 법 제6조 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 일정 기간”이란 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 말한다.

2. 제4조 제1항 제2호 나목의 자 : 임대사업자로 등록한 날부터 4년