이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.7.10. OOO로부터 서울특별시 강서구 OOO일반산업단지 내 산업시설용지 D10-8 토지(OOO, 이하 “이 건 토지”라 한다)를 분양을 원인으로 취득하고, 「지방세특례제한법」(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항에 따른 산업단지 등에 대한 감면 및 「서울특별시 시세 감면 조례」제14조(75% 경감, 이하 “산업단지 감면”이라 한다)를 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “당초 취득세”라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 이후 청구법인은 2021.3.3. 이 건 토지의 지상에 산업용 건축물을 신축하여 취득한 후, 이 건 토지 중 본점 부분에 대하여 「지방세법」제13조 제1항에 따른 취득세 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등에서 당초 취득세를 차감한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(농어촌특별세 환부세액 제외)을 처분청에 신고·납부하였고, 2022.10.14. 이 건 토지에 대한 정산금 OOO원을 과세표준으로 하고 위와 같은 방식으로 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

다. 이후 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 이 건 토지 취득일부터 3년이 경과하여 그 지상에 산업용 건축물을 신축한 사실을 확인하고, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 2023.7.12. 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함, 이하 “이 건 취득세”라 한다)을 청구법인에게 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2017.7.10. 이 건 토지를 취득한 이후 2021.3.3. 준공 및 사용승인에 이르기까지 약 3년 8개월이 소요되었으나, 이 건 토지를 취득한 후 일부 장애사유를 극복하고 산업용 건축물의 신축에 이르기까지 쉬지 않고 진지한 노력을 다하였는바 청구법인에게는 이 건 토지를 유예기간 내 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 존재한다.

(가) 청구법인은 ① 2017년 7월 이 건 토지를 취득한 이후 연구소 건립 및 운영 방향을 설정하고, ② 2018년 4월 설계업무를 수행할 건축사무소를 선정하여 2018년 8월 연구소 건축물에 대한 설계/건축위원회심의/건축허가/굴토심의 과정을 착실히 완료하였고, ③ 2019년 8월 시공사를 선정, 착공하여 유예기간이 경과한 시점 현재까지 중단 없이 계속 건축공사를 진행하였으며, ④ 2021년 3월 건물이 준공된 후 지체 없이 연구소에 입주하여 연구를 시작하는 등 이 건 토지를 취득한 후 유예기간 내에 해당 용도에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였다.

처분청은 이 건 토지 계약일(2017.1.13.)부터 취득일(2017.7.10.)까지 약 6개월의 기간이 존재하므로 이 기간에 노력을 다하였다면 유예기간 내에 용도에 사용할 수 있었을 것이라고 주장하고 있으나, 「지방세특례제한법」제78조 제5항에서는 토지를 취득한 날로부터 3년의 유예기간을 부여하고 있으므로 유예기간 내에 정당한 사유가 있는지를 다투는 사안에서 정당한 사유에 해당하는지 여부는 해당 토지를 취득한 날부터 판단(조심 2022지838, 2023.3.7., 같은 뜻임)하여야 할 뿐 유예기간에 해당하지도 않는 기간의 행위에 근거하여 정당한 사유를 판단하는 것은 그 법문과 취지에 부합하지 않는다.

(나) 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후에도 이 건 토지 방면 도로가 개설되지 않고 출입로는 펜스로 막혀 있어 접근이 불가한 상태임에 따라 건축설계 등에 착수할 수 없었는바, 이는 유예기간 내 이 건 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 사용할 수 없었던 외부적 사유로서 정당한 사유에 해당한다.

이 건 토지는 OOO가 산업단지로 조성하여 분양한 토지이기 때문에 산업단지 조성자인 OOO는 그 기반시설의 설치를 완료하여 산업용지를 분양할 의무가 있으나, 분양공고문상 기재된 토지사용가능시기(2016년 12월)와 달리 이 건 토지를 취득할 당시 진입도로가 개설되어 있지 않은 상태임은 물론 출입로가 펜스로 막혀 있는 상태로 청구법인이 주관 설계사무소와 건축설계 실시 단계로서 토지를 실사하여 경사, 좌표, 경계측량 등을 통한 토지현황측량도를 작성할 목적으로 이 건 토지를 수차례 방문하였으나, 정상적인 방법으로 토지에 접근할 수 없었으며 현장 측량을 진행할 수 없었다.

특히, 분양공고에 따르면 토지사용가능시기란 “조성공사 준공 후 사용이 가능한 시기를 의미함이 원칙이나, 조성공사 준공 전일지라도 도로·전기·수도·가스공급시설, 하수도의 도시기반시설이 설치되어 있거나 도시기반시설을 사용하는데 지장이 없어 건축물 등의 착공 및 토지이용이 가능한 시기”라고 정의하고 있는데, 이 건 토지의 경우 도로가 개설되어 있지 않았고 다른 기반시설 공사로 인해 출입로에 펜스가 설치되어 있어 실제로 기반시설 사용 및 설계를 위한 토지이용에 어려움이 있었다.

청구법인은 이러한 상황 속에서도 연구소 디자인(벤치마크) 검토, 디자인 레퍼런스 검토, 사용계획 내부보고, 3차에 걸친 설계 제안 등 이 건 토지의 지상에 산업용 건축물을 신축하기 위하여 건축준비에 정상적인 노력을 다하였는바, 장애사유에도 불구하고 이 건 토지를 해당 목적에 사용하기 위하여 꾸준히 노력한 청구법인에게 정당한 사유가 인정되어야 한다.

(다) 건축허가 이전 공장신설승인을 득하기 위해 최초 건축허가 신청 민원을 취소하고 즉시 공장신설승인 신청을 한 사실이 있으나, 일반 공장신설승인 절차와 달리 OOO일반산업단지 정책심의위원회의 심의를 거쳐야만 하는 OOO산업단지의 특수성에 따라 승인절차에 소요된 3개월은 청구법인이 어찌할 수 없는 행정절차상 소요된 기간이므로 이는 유예기간 내 이 건 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 사용할 수 없었던 외부적 사유로서 정당한 사유에 해당한다.

청구법인은 2018년 4월 설계계약을 체결한 뒤 2018년 8월 건축심의를 신청하였고 조건부 동의됨에 따라 그 내용을 반영하여 2018년 11월 건축허가를 신청하였으나, 착공 전 공장신설승인 신청을 진행하는 것이 준공 후 공장신설승인 절차보다 간소하게 진행될 수 있다는 처분청 허가 담당자의 안내에 따라 착공 전 공장신설승인 신청을 우선 진행하고자 건축허가를 취하하고 공장신설승인을 신청한 것이다.

다만, 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따르면 허가청은 그 신청을 받은 날부터 2일 이내에 심의회를 개최하여 그 신청을 받은 날부터 20일 이내에 신청인에게 공장설립등의 승인서를 발급하도록 규정하고 있으므로 일반적인 공장신설승인절차에는 20여일이 소요되고, 산업단지의 경우 입주계약시 위 공장신설승인이 함께 의제받도록 정하고 있으나, OOO산업단지의 경우 도시형 공장의 등록을 허용하지 않다가 입주기업들의 지속적인 민원제기에 따라 2018년 초 사업화시설에 대한 도시형 공장의 등록이 다시 허용되게 되는 사정이 있어 청구법인 또한 입주계약시 공장신설승인을 함께 의제받지 못하였다가 규제의 해제 이후 추가적인 공장등록절차를 거치게 된 것으로, 청구법인은 신축할 산업용 건축물 등을 보다 조기에 해당 목적으로 사용하기 위하여 부득이 최초 신청한 건축허가를 취소하고 착공 전 공장설립승인 절차를 먼저 거치게 된 것이다.

특히, 일반 공장신설승인 절차와 달리 OOO산업단지는 「서울특별시 OOO산업단지 지원에 관한 조례」제14조에 따라 OOO산업단지에 대한 중요 정책사항 및 입주기준, 입주자 심의 등에 관한 사항의 심의기구인 ‘OOO산업단지 정책심의위원회’를 설치하고, OOO일반산업단지 관리기본계획 고시(서울특별시 고시 제2011-323호, 2021.10.27.)에 따라 산업단지 유치업종에 대하여 산업단지 정책심의위원회에서 신청기업의 주력업종이나 기술수준을 고려하여 유치가능업종 여부를 최종 판단하도록 정하고 있었던바, 필수적으로 정책심의위원회를 거쳐야 하는 OOO산업단지의 공장신설승인 절차에 소요된 3개월은 청구법인이 신축 등과 관련한 어떠한 행위도 할 수 없던 기간이었을 뿐만 아니라 위 심사과정에서 최초 심의당시의 심의위원회 위원 중 1명이 재선임되어 심의위원회를 재구성함에 따라 심의과정이 지연된 사실 등 청구법인은 이러한 외부적인 사유에도 불구하고 공장신설승인 직후인 2019년 3월에 건축허가 민원을 재신청하여 2019년 4월 건축허가를 받을 수 있었고, 이후에도 굴토심의 신청, 건축물 에너지효율등급 인증까지 일련의 인허가 과정을 1~2개월 이내로 조속히 신청하며 건축공사에 착수하기 위해 꾸준히 노력한바, 장애사유에도 불구하고 이 건 토지를 해당 목적에 사용하기 위하여 꾸준히 노력한 청구법인에게 정당한 사유가 인정되어야 한다.

(라) 코로나19 바이러스가 유행한 기간 중에도 건축공사를 진행하며 고유업무에 직접 사용하기 위한 청구법인의 정상적인 노력 또한 ‘정당한 사유’로 인정하는 것이 타당하다.

행정안전부는 2021.12.28. 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호의 산업단지 감면의 추징규정을 개정하여 2019.1.1.부터 2020.12.31.까지의 기간 동안 산업단지 입주기업이 취득한 산업용 건축물 등에 대해서는 그 취득세 감면에 대한 추징규정의 유예기간을 3년에서 4년으로 완화하였는데, 이는 코로나19 바이러스로 인한 공기지연을 반영한 것으로 청구법인이 비록 그 기간 내 이 건 토지를 취득하지는 않았지만 코로나19로 인하여 직접적인 공기지연에 영향을 받은바, 위 개정취지가 청구법인의 경우에도 참작되어야 한다.

(2) 청구법인은 신고·납부의무를 이행할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로 가산세 부과처분은 위법하다.

대법원은 토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없고, 다만 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유”가 있는 것으로 보아야 한다고 해석(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결)한바 있고, 조세심판원 또한 처분청이 유예기간 내 건축공사에 착공하는 경우 감면받은 취득세 등이 추징되지 않는다고 안내한 경우, 납세자가 유예기간 내 건축공사에 착공한 후 지속적으로 공사를 실시하였다면 정당한 사유가 있다고 결정(조심 2016지942, 2016.12.22.)한바 있다.

뿐만 아니라 처분청은 감면된 취득세를 추징할 수 있었음에도 청구법인의 일련의 신고 과정에서 취득세를 추징하지도 아니하였는바, 이러한 사정들을 고려하여 보면 청구법인은 취득세를 신고·납부할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 산업용 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세의 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 착공신고를 한 이후 공사를 한 기간은 해당 토지를 목적사업에 사용하기 위한 준비행위에 지나지 않는 것이고, 공사 기간 동안에는 부동산을 목적사업에 사용하였다고 볼 수 없으며 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다 할 것(대법원 2015.4.9. 선고 2014두46560 판결 참조)이다.

(가) 청구법인은 2017.1.13. 토지 분양계약을 체결하고, 2017.7.10. 잔금을 완납한 6개월의 기간 동안 충분히 건축을 위한 사전 절차 등을 준비할 시간이 부여되어 있었고, 그 기간동안 공장 설립승인신청과 같은 행정절차를 사전에 준비하여, 일련의 건축과정을 신속히 진행하였다면 이 건 토지 취득일로부터 약 2년 2개월이 소요된 착공시점을 앞당길 수도 있었을 것임에도, 결과적으로 이 건 시공사와의 최초 도급계약서상 건축물은 이 건 토지 취득일부터 3년을 경과한 2020.11.15. 준공될 예정이었던 점, 실제로는 그로부터 약 3개월이 더 지난 2021.3.3. 사용승인된 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다.

(나) 청구법인은 이 건 토지를 직접 사용하지 못한 것의 주된 원인으로 ① 이 건 토지에 도로개설이 되어있지 않아 토지 취득일인 2017.7.10.부터 도로 포장공사가 완료된 2018년 6월경까지 약 11개월간 이 건 토지에 접근하지 못하여 포장공사가 완료된 시점에 이르러서야 이 건 공사 관련 설계용역 계약을 체결할 수 있었고, ② 최초 건축허가 신청을 취하하고 공장 신설승인이 완료된 이후 건축허가를 재신청하는 과정에서 착공시점이 예상보다 지연되었으며, 이외 ③ 시공과정에서 건설자재 확정지연, 건물 일부 설계 변경, 코로나19에 따른 노동자 수급 부족 등이 발생한바, 위와 같은 사정을 이 건 토지를 취득한 날부터 유예기간 내 해당 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유로 보아야 한다고 주장하고 있다.

그러나, 이 건 토지에 도로개설이 완료되지 아니하였고 해당 부지가 펜스로 둘러싸여져 있었던 사실은 확인되나, 청구법인이 주장하는 펜스로 막힌 곳 외 다른 곳을 통하여 이 건 토지로 접근이 가능하였고, 실제로 청구법인과 비슷한 시기에 주변토지를 분양받은 업체의 경우 펜스로 막힌 곳 외 다른 진입로를 통하여 소유부지의 현장 측량을 마치고 설계를 진행하였는바, 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내 직접 사용하기 위한 적극적인 노력을 다하였다고 보기 어렵다.

(다) 또한, 공장 신설승인 절차로 소요된 부분은 청구법인이 이 건 토지를 취득하기 전부터 시행 중이었던 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」 제19조 제5항에서 “건축허가 신청 전 공장설립승인 신청을 하여야 한다”라는 규정에 기인한 것인바, 법령상 장애사유 내지 외부적인 사유로 보이지 않으며, 이외 시공과정에서 건설자재 확정지연, 건물 일부 설계변경, 코로나19에 따른 노동자 수급 부족 등은 청구법인만의 특수한 사정이라기 보다 청구법인의 경영상 판단에 의한 내부적 사정에 불과한 것으로 보인다.

(라) 특히, 코로나19 사정 등은 청구법인이 이 건 토지를 취득 후 상당한 기간(약 2년)이 지나고 발생되었고, 조세심판원 또한 코로나19 사태는 정당한 사유로 인정할만한 외부적인 사유로 보기 어렵다고 판단(조심 2021지3241, 2022.10.26.)한바 있으며, 설령 청구법인의 주장처럼 코로나19 유행에 따른 사회적 거리두기로 인해 다소 공사 일정에 지연이 발생했다고 하더라도, 청구법인과 시공사와의 건축 공사의 계약 기간은 청구법인에 대한 취득세 감면 유예의 말일(2020.7.10.)이 지난 시기에 공사 종료(2020.11.15.)를 계획한 점, OOO산업단지 내 토지를 분양받아 산업용 건축물을 공사하는 여러 업체들에게도 코로나19 상황은 동일한 문제였을 것으로 판단되는 점 등에 비추어 이를 정당한 사유로 보는 것은 그러한 상황 속에서도 유예기간 내 건축물 준공을 완료하여 사용승인을 받은 다른 성실한 납세자들과의 형평성에도 맞지 않다고 할 것이다.

(2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다 할 것(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결, 대법원 2016.10.27. 선고, 2016두44711 판결 등)이나,

처분청은 이 건 감면규정을 적용함에 있어 청구법인에 대하여 ‘착공행위가 이 건 토지를 해당 용도에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유에 해당한다’는 공적인 견해표명을 한 사실이 없고, 오히려 이 건 토지 취득일부터 3년이 경과하기 전인 2020.11.10. 청구법인에게 ‘산업단지 감면에 따른 의무사항 준수 안내’와 관련한 공문을 발송하여 ‘착공행위는 직접 사용에 해당하지 않으며, 구체적인 사실관계를 통해 개별적으로 정당한 사유 해당여부를 판단할 것’이라는 문구를 기재하였을 뿐만 아니라 처분청이 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 않은 사정이나 취득세 등을 과세할 수 있음을 알면서도 어떠한 특별한 사정 때문에 과세하지 않은 사실이 있다고 보이지는 않는바, 처분청이 청구법인에게 가산세를 포함하여 이 건 취득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 존재하는지 여부

② 청구법인에게 가산세를 부과하지 아니할 만한 정당한 사유가 존재하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2017.1.13. OOO와 이 건 토지에 대한 토지분양계약을 체결한 후 2017.7.10. 잔금을 지급하고 이 건 토지를 취득한 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 2017.9.1. 이 건 토지의 취득이 「지방세특례제한법」제78조 제4항 및 「서울특별시 시세감면조례」제14조에 따른 산업단지 등에 대한 감면(75%)을 신청하여 취득세 등 OOO원을 처분청에 신고·납부한 것으로 확인된다.

처분청이 2020.11.1. 청구법인에게 발송한 ‘산업단지 감면에 따른 의무사항 준수’ 관련 안내문에 의하면, 착공행위는 ‘직접 사용’에 해당하지 않으며, 구체적인 사실관계를 통해 개별적으로 ‘정당한 사유’ 해당여부를 판단할 것이라고 기재되어 있다.

(다) 청구법인은 이 건 토지상에 산업용 건축물을 신축할 목적으로 2019.4.5. 건축허가(2019-건축과-신축허가-55)를 받고, 2019.9.23. 건축공사에 착공하여 2021.3.3. 산업용 건축물을 신축하고 사용승인을 받은 것으로 확인된다.

(라) 처분청은 청구법인이 이 건 토지의 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접사용하지 아니한 것으로 보아 2023.7.10. 청구법인에게 이 건 취득세를 부과·고지하였다.

(마) 청구법인은 이 건 토지의 취득일부터 3년 이내에 그 지상에 산업용 건축물의 신축을 완료하지는 못하였으나 꾸준한 노력을 계속하였으므로 정당한 사유가 있다고 주장하면서 아래와 같은 자료를 제출하였다.

1) 청구법인은 착공 이후 중단없이 건축공사를 진행하였다고 주장하면서, 이 건 토지 취득시부터 그 지상에 산업용 건축물을 취득할 때까지의 건축과정을 아래 ＜표＞와 같이 소명하였다.

＜표＞ 청구법인 제출, 건축공사 관련 일정

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2) 청구법인이 지연사유로 제시한 진입도로 개설과 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다.

가) OOO의 제13차 OOO산업단지 분양공고문상 이 건 토지가 2016년 12월 사용가능한 토지라고 명시되어 있다.

＜ OOO산업단지 분양공고문 ＞

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나) 청구법인은 2018년 4월경까지 이 건 토지상에 진입할 수 있는 도로가 개설되지 않았다고 주장하면서 관련 위성사진과 로드뷰 사진을 제출하였고, 해당 사진에서 청구법인 소유 이 건 토지로 진입하기 위한 ‘OOO’의 진입로 초입에는 펜스와 쌓여있는 적재물로 인해 가로막혀 있었음이 확인된다.

다) 청구법인은 OOO에 이 건 토지의 진입도로인 ‘OOO’의 개설시기에 대한 질의를 하였고, 그 회신 내용은 아래와 같다.

＜ OOO 개설시기 관련 답변내용 ＞

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3) 청구법인이 건축허가 지연사유로 제시한 공장신설승인 절차와 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다.

가) 청구법인은 2018.11.22. 처분청에 건축물 신축을 위한 건축허가를 신청하였다가 2018.12.3. 이를 취하하였고, 같은 날 OOO에 공장신설승인을 신청하여 2019.3.18. 공장신설승인을 받은 후 처분청에 건축허가를 재신청하여 2019.4.5. 건축허가를 받은 것으로 확인된다.

나) 청구법인의 이 건 토지가 소재한 OOO일반산업단지는 「서울특별시 OOO산업단지 지원에 관한 조례」제14조에 따라 OOO산업단지에 대한 중요 정책사항 및 입주기준, 입주자 심의 등에 관한 사항을 심의하기 위한 ‘OOO산업단지 정책심의위원회’에서 OOO일반산업단지 관리기본계획 고시(서울특별시 고시 제2011-323호, 2021.10.27.)에 따라 산업단지 유치업종에 대하여 산업단지 정책심의위원회에서 신청기업의 주력업종이나 기술수준을 고려하여 유치가능업종 여부를 최종 판단하도록 정하고 있고, 청구법인이 입주계약을 체결할 당시에는 양산목적의 제조시설의 설치가 허용되지 아니하였다가, 입주기업들의 요청으로 2018년부터 사업화시설(건축연면적 20%) 내 도시형공장 등록이 허용됨에 따라 청구법인은 OOO산업단지 정책심의위원회의 심의절차를 거쳐 신축할 산업용 건축물 내 도시형공장의 등록을 위한 공장신설승인을 받은 것으로 확인된다.

다) OOO일반산업단지 관리기관인 OOO에서 회신(OOO산단운영팀-1961호, 2024.11.4.)한 청구법인의 공장신설승인 관련 일정은 아래와 같다.

＜ 청구법인 공장신설승인 관련 일정 ＞

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4) 청구법인이 제출한 월별 건축공사 현황사진에 의하면, 청구법인은 2019년 9월 착공이후 2021년 3월 사용승인시까지 중단없이 건축공사를 진행한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

1) 「지방세특례제한법」제78조 제4항에서 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다고 규정하면서 그 제1호 가목에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지를, 그 제2호 가목에서 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세를 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하면서, 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.

위 조항에서 규정된 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 등 다수, 같은 뜻임).

2) 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다는 입장이다.

그러나, 청구법인은 2017.7.10. 이 건 토지를 취득한 이후 그 지상에 산업용 건축물을 신축하고자 건축설계 기본계획 및 디자인 레퍼런스 검토 등을 진행하여 2018년 4월 설계계약을 체결하였으며, 2018년 8월 경부터 설계ㆍ건축위원회심의ㆍ굴토심의 과정을 완료하고, 2019년 4월 건축허가를 득하였으며, 2019년 8월 경 시공사를 선정 후 건축공사에 착공한 이후 중단 없이 건축공사를 진행하였고, 2021.3.3. 이 건 토지상에 산업용 건축물을 신축한 후 지체 없이 해당 목적으로 직접 사용을 개시한 것으로 확인되는 점,

청구법인이 OOO로부터 이 건 토지를 분양받을 당시 분양공고문에는 토지가능시기를 조성공사 준공 전이라도 도로 등 도시기반시설이 설치되어 있거나 도시기반 시설을 사용하는데 지장이 없어 건축물 등의 착공 및 토지이용이 가능한 시기라고 정의하고 있고, 이 건 토지의 사용가능시기가 2016년 12월로 기재되어 있었으나, 청구법인이 제시한 위성 및 로드뷰 사진상 이 건 토지를 취득할 당시에는 진입도로가 펜스 등으로 가로막혀 있었던 것으로 확인되고, SH공사의 진입도로 개설시기 관련 질의에서도 청구법인이 이 건 토지를 취득할 당시 그 진입도로가 개설 중에 있었던 사실이 확인되는바, 산업용 건축물의 조기건축을 통한 산업집적활성화를 목적으로 조성된 산업단지 내 용지를 분양받은 청구법인이 취득 직후 용이하게 건축공사를 진행하기에 어려운 측면이 있었던 것으로 보이는 점,

비록 청구법인이 이 건 토지를 취득한 날로부터 기산하여 유예기간인 3년 이내에는 산업용 건축물의 신축을 완료하지 못하였으나, 이 건 토지를 해당 용도로 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 토지 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 판단된다.

따라서, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 유예기간 내 직접 사용하지 아니하였다고 보아 청구법인에게 이 건 취득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리할 실익이 없으므로 이를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2022년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

나. 산업단지등에서 대수선(「건축법」 제2조제1항제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2022년 12월 31일까지 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑦ 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

(2) 서울특별시 시세감면 조례(2018.5.3. 조례 제6866호로 개정되기 전의 것)

제14조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조제8항에 따른 "조례로 정하는 율"은 다음과 같다.

1. 법 제78조제4항제2호가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.

(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. "관리권자"란 제30조제1항 각 호에 따른 산업단지의 관리권한을 가진 자를 말한다.

17. "관리기관"이란 제30조제2항 각 호에 따른 산업단지의 관리업무를 수행하는 자를 말한다.

20. "공장의 설립"이란 공장을 신설 또는 증설하는 것을 말한다.

21. "공장의 신설"이란 건축물을 신축(공작물을 축조하는 것을 포함한다)하거나 기존 건축물의 용도를 공장용도로 변경하여 제조시설등을 설치하는 것을 말한다.

제13조(공장설립등의 승인) ① 공장건축면적이 500제곱미터 이상인 공장의 신설ㆍ증설 또는 업종변경(이하 “공장설립등”이라 한다)을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수 또는 구청장의 승인을 받아야 하며, 승인을 받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 승인을 받은 사항 중 산업통상자원부령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다.

제28조(도시형공장) 시장ㆍ군수ㆍ구청장 및 관리기관은 첨단산업의 공장, 공해발생정도가 낮은 공장 및 도시민생활과 밀접한 관계가 있는 공장등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 도시형공장으로 지정할 수 있다.

(4) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령

제19조(공장설립등의 승인절차) ① 공장설립등의 승인 또는 그 변경승인을 받으려는 자는 공장설립승인신청서에 산업통상자원부령으로 정하는 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 제출해야 한다. 이 경우 둘 이상의 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다)에 걸치는 부지에 공장설립등을 하려는 때에는 제18조의2에 따른 공장건축면적이 가장 많이 포함된 구역을 관할하는 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 제출해야 한다.

⑤ 공장설립승인신청은 공장건설을 위한 건축허가신청 또는 건축신고 전에 하여야 한다. 다만, 법 제13조의2제1항에 따라 공장설립승인으로써 건축허가 또는 건축신고를 의제받으려는 경우에는 그러하지 아니하다.

(5) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행규칙

제6조(공장설립등의 승인신청 등) ① 공장설립등에 대한 승인을 받으려는 자는 별지 제5호서식의 공장설립등의 승인신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 제출하여야 한다.

1. 별지 제2호의2서식의 사업계획서

2. 제7조의3에 따른 서류(법 제13조의2제1항 각 호에 따른 인ㆍ허가등의 의제를 받으려는 경우만 해당한다)

3. 타인 소유의 토지 및 건축물(기존 건축물이 있는 경우만 해당한다)을 사용하는 경우에는 그 사용권을 증명할 수 있는 서류

③ 시장ㆍ군수 또는 구청장은 제1항에 따른 공장설립등의 승인신청을 받으면 그 신청을 받은 날부터 2일 이내에 「민원 처리에 관한 법률 시행령」 제36조에 따른 민원실무심의회를 개최하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 등 토지 관련 법령의 기준ㆍ요건 등을 충족하는지를 종합적으로 검토하여 그 신청을 받은 날부터 20일(공장설립등의 승인신청내용의 전부가 시장ㆍ군수 또는 구청장의 권한에 속하는 경우에는 14일, 제1항제2호에 따른 의제처리가 필요하지 않은 경우에는 7일) 이내에 승인 여부를 결정하고 신청인에게 별지 제5호서식의 공장설립등의 승인서를 발급해야 한다

(6) 서울특별시 마곡산업단지 지원에 관한 조례

제2조(정의) 이 조례에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "마곡산업단지"란 서울특별시고시 제2008-498호(2008.12.30)로 마곡도시개발구역 중 일반산업단지로 지정ㆍ고시된 서울특별시(이하 "시"라 한다) 강서구 가양동 292답 일원에 위치한 ‘마곡일반산업단지’를 말한다.

14. ‘산업단지 관리’란 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조제15호 및 같은 법 시행령 제5조제1항에서 정하는 업무를 말한다.

제13조(관리업무의 위탁) 시장은 마곡산업단지 관리업무의 전부 또는 일부를 서울주택도시공사 또는 서울경제진흥원에 위탁할 수 있다.

제14조(마곡산업단지 정책심의위원회 설치) 마곡산업단지에 관한 다음 각 호의 사항을 심의하기 위하여 위원회를 둔다.

1. 마곡산업단지에 관한 중요 정책사항

2. 제6조에 따른 우선유치업종의 유치 등에 관한 사항

3. 제8조에 따른 입주기준 및 입주자 심의에 관한 사항

4. 제10조부터 제12조까지에 따른 입주자 지원사업에 관한 사항

5. 그 밖에 위원장이 필요하다고 인정하는 사항